Protenas

Paloma Napoleo Pgo

Mestranda do Programa de Biologia das Interaes - UFF

Estrutura de Macromolculas Bioqumica

Aminocidos e Peptdeos

Estrutura de Macromolculas
Ps-Graduao em Biologia Celular e Molecular

Protenas

Introduo


Constituintes bsicos da vida Presentes em todos os seres vivos; Animais correspondem (peso seco):

$ 80% dos msculos; $ 70% da pele; $ 90% do sangue.

Protenas

Definio


Polmeros compostos por n unidades monomricas aminocidos ligados entre si por ligaes peptdicas.

Protena (polmero)
Aminocido 1 Aminocido 2

Aminocido (monmero)
Grupo amina

Grupo carboxila

Dipeptdeo
Ligao Peptdica

Aminocidos

Introduo


Complexidade estrutural das ptns @ propriedades de seus aas constituintes.

COO| H3N+ CE H | R

R: varivel - estrutura, tamanho e carga eltrica influenciando a solubilidade do aa em gua

CE assimtrico: 4 ligantes {s


Centro quiral

Gly: aquiral

Aminocidos

Os 20 Aminocidos
A Ala Alanina C Cys Cisteina D Asp cido Asprtico E Glu cido Glutmico F Phe Fenilalanina G Gly Glicina H His Histidina I Ile Isoleucina K Lys Lisina L Leu Leucina M Met Metionina N Asn Asparagina P Pro Prolina Q Gln Glutamina R Arg Arginina S Ser Serina T Thr Treonina V Val Valina W Trp Triptofano Y Tyr Tirosina

Protenas

Estrutura de Macromolculas
Bioqumica

Protenas

Protenas
Instrumentos moleculares atravs do qual a informao gentica expressa

Macromolculas mais abundantes Diversidade na funo biolgica Produto das vias de informao

Protenas

Ptns evoluram por presso seletiva para efetuar funes especficas

Seqncia de aas = estrutura da ptn, porm no ocorre a conformao oligomrica exata

Protenas

Tipos de Estruturas Proticas

Protenas

Importncia


Componente tamponante das clulas sangneas e dos lquidos biolgicos

Grupos funcionais das cadeias laterais

ptns positivas em pH cido e negativas em pH bsico

Ptns ricas em resduos polares so + solveis em gua Ptns ricas em radicais alifticos ou aromticos so relativamente insolveis em gua porm mais solveis nas membranas celulares

Protenas

Funes


Pr

ri
r l t

ci
t c

l
f

t
si il r

str t r 3
str t r si il r

Ligao com outras molculas

Regulao Gnica

Transporte de O2 nos msculos

Protenas

Catlise

Replicao do DNA

Clivagem de ptns importantes para a maturao do HIV

Interruptores Moleculares

Componentes estruturais

Transduo de sinal - cncer

Seda: fora e flexibilidade

Contrao muscular

Protenas

Funes


Elastina: estrutura de tecidos Colgeno: sustentao mecnica Imunoglobulinas: proteo imunolgica Hemoglobina: transporte e armazenamento de nutrientes e metablitos

Insulina: metabolismo celular

Protenas

Funes


Acetilcolina: transmisso de informao nervosa Miosina e actina: Contrao muscular Controle e regulao do cdigo gentico Sinalizao e regulao celular ...etc...!!!

Protenas

Aes


Capacidade de adotar estruturas tridimensionais estveis

Capacidade de formar superfcies complementares e stios protegidos

Capacidade de interagir com outras molculas e ligantes, por complementaridade estrica e qumica

Flexibilidade dinmica prov regulao fina da atividade

Protenas

Constituio


Aas unidos por ligaes peptdicas As protenas diferem entre si

Quantidade de aa Tipos de aa Seqncia dos aa

Resduos de aminocidos: aa que formam peptdeos ou protenas os aa no se apresentam exatamente como eles so quando esto livres

Protenas

Ligao peptdica


Ligao covalente

Reao de Condensao ou sntese por desidratao

Protenas

Ligao peptdica


Ligao planar

CE - C - N - H - CE Planares

Protenas

Ligao peptdica


Distncias de ligaes

Conformao

Impedimento estrico

Protenas

Ligao peptdica


Grupo planar rgido com distncia e ngulos conhecidos

Protenas

Grfico de Ramachandran

Protenas

Ligao peptdica


Dois graus de liberdade rotacional

Ligao N-C : ngulo phi (J) Ligao C -C: ngulo psi (N)
ngulos phi (J) e psi (N): livre rotao

Protenas

Nveis Estruturais

Protenas

Nveis Estruturais da Insulina

Protenas

Estrutura Primria


Nvel estrutural mais simples Indica a funo da protena @ no pode variar

Protenas

Estrutura Primria


Seqncia linear de aminocidos

Protenas

Estrutura Primria - Importncia



Compreender como as ptns realizam suas aes moleculares

Compreender os efeitos das mutaes resultantes da substituio ou delees de um ou mais aas nas ptns

Verificar como as ptns similares em diferentes organismos podem contribuir com informaes acerca das vias evolutivas

Protenas

Estrutura Primria - Importncia



Comparar sequncias especficas de ptns com funes similares em sps diferentes

Identificar a presena de repeties de sequncias em diferentes ptns para agrup-las em famlias

Predio de estruturas tercirias por modelagem comparativa

Protenas

Estrutura Primria
1953: Frederick Sanger Seqncia de resduos de aas das cadeias polipeptdicas do hormnio insulina

Estrutura primria da sequncia de aas da insulina bovina

1958: Prmio Nobel de Qumica: pelo seu trabalho sobre a estrutura das protenas especialmente da insulina

Protenas

Estrutura Primria


Mutao

Protena diferente

Perda de funo

Anemia Falsiforme: doena gentica Hemoglobina S (cadeias E normais e Glu6 Val nas cadeias F)

Taxa de mutao do gene de uma ptn ao longo da evoluo depende da extenso em que a mudana afeta sua funo

Protenas

Estrutura Secundria


Arranjo espacial dos aas Possvel devido aos ngulos formados pelas ligaes peptdicas
Hlice-E Folhas F Loops

Protenas

Hlice-E


Forma + comum espiral Orientadas no sentido horrio Espiralizadas no sentido anti-horrio

Protenas

Hlice-E


Estabilizada por pontes de H entre resduos no adjacentes (n + 4)

Aa 1 NH CO Aa 2

Protenas

Hlice-E


N resduos por volta completa: ,6 5,4

Distncia entre resduos adjacentes: 1,5

1 = 10 nm

Cerca de de todos os resduos de aas constituem hlices-

Protenas

Hlice-E


Cadeias laterais (volumosas): para fora da hlice Interior compacto: contatos de van der Waals entre seus tomos

Pode ocorrer interaes hidrofbicas entre aas (aromticos e apolares) distantes cadeia posies na

Protenas

Hlice-E

Protenas

Fatores que influenciam a formao de uma hlice

Repulso ou atrao eletrosttica entre resduos carregados positiva e negativamente Tamanho das cadeias laterais dos resduos vizinhos Interaes entre resduos separados entre si posies de distncia na seqncia primria ou 4

Protenas

Fatores que afetam a formao de uma hlice

Presena de prolinas, glicinas e aas carregados

Protenas

Folhas F


Paralelas ou anti-paralelas C

N C

Protenas

Folhas F


Estrutura em ziguezague aspecto de uma folha de papel dobrada em pregas Pode se ordenar lado a lado formando uma folha pregueada

Protenas

Folhas F


Distncia entre resduos adjacentes: ,5 Grupamentos R voltados para cima ou para baixo do plano da folha

3,5

Protenas

Folhas F


Estabilizada por pontes de H

NH CO (cadeia principal) entre resduos no adjacentes

Entre unidades peptdicas diferentes, distendidas e paralelas

Entre segmentos distantes e distendidos da mesma cadeia

Protenas

Loops
 

Estrutura secundria que interliga hlices

e folhas

Mais instveis que as demais estruturas secundrias por no possurem interaes como pontes de H determinadas Dispostos por toda ptn mudam o sentido da cadeia peptdica em s 180

F turns s 4 aas

Protenas

Loops
 

Apresentam angulao phi e psi permitida Geralmente formado por resduos hidrofbicos (geralmente encontrados na superfcie de ptns) q interagem com o solvente estabilizadas por ligaes de H

Protenas

Estrutura secundria


Resduos com tendncia a formar hlice E Ala, Glu, Leu, Met Resduos desestabilizadores de hlice E Val, Ile, Thr, Ser, Asp, Asn Resduos com tendncia a formar folhas F Val, Ile, Tyr, Phe Resduos com tendncia a formar loops Pro, Gly

Protenas

Estrutura Terciria


Voltas e dobras da cadeia protica sobre ela mesma Conformao espacial da protena Forma das protenas: estrutura terciria Estrutura D + conservada que a sequncia primria
Tertiary_structure

Protenas

Estrutura Terciria


Determinada pelas as cadeias laterais dos aas

Cadeias laterais longas e hidrofbicas perturbam a estrutura secundria helicoidal e provoca dobras ou looping

Muitas vezes, as regies hidrofbicas agrupam-se no interior da ptn

Regies hidroflicas expostas na superfcie da ptn

Protenas

Estrutura Terciria


Regies como stio ativos, stios regulatrios e mdulos so propriedades da estrutura terciria

Protenas

Estrutura Terciria

Protenas

Estrutura Terciria

BthTX-I_10C Bothrops jararacussu

Protenas

Enovelamento e estabilidade protica



Foras no-covalentes intramoleculares e interaes intermoleculares PTN-SOLVENTE determinam a forma como a cadeia polipeptdica se dobra no espao

Protenas

Enovelamento e estabilidade protica

 Interaes no-covalentes
Interaes eletrostticas pontes salinas Interaes de Van de Waals Ligao de hidrognio

 Interaes covalentes
Pontes dissulfeto

 Interaes hidrofbicas

Protenas

Protenas

Enovelamento e estabilidade protica

Protenas

Enovelamento e estabilidade protica

Protenas

Interaes Eletrostticas Pontes Salinas



Atrao entre duas cargas pontuais (q) de sinais opostos Energia de estabilizao de ons inversamente proporcional a distncia (r) que os separa no espao

E


q1.q2 k. D.r

K = 332 ; E (kcal/mol) K = 1389; E (kJ/mol)

Energia de interao entre 2 ons de cargas opostas (gua - ,0 de distncia): 1,4 kcal/mol

Protenas

Interaes Eletrostticas Pontes Salinas

 

Presena do solvente afeta enormemente esta interao capacidade do solvente em estabilizar 2 ons separados (constante dieltrica D) Energia de estabilizao decorrente da aproximao do 2 ons

Solues aquosas dos principais meios biolgicos possuem excelente capacidade de estabilizar ons em soluo (D ~ 80)

Protenas

Interaes de van der Waals



Correlao entre os movimentos dos e- de 2 tomos tendendo a aproximao para atingir uma distncia de energia mnima nmero de e- que a molcula dispe mais polarizvel ser @ atrao de van der Waals Ligao no direcional e fraca
Energia menor que 10 kcal.mol-1

Protenas

Interaes de van der Waals



Classificadas de acordo com a natureza das partculas q as compem

Atrao entre um on e uma molcula polar

Atrao entre um on e uma molcula apolar

Atrao entre molculas polares

Atrao entre uma molcula polar e uma molcula apolar

Atrao entre molculas apolares que ao se aproximarem causam uma repulso entre suas nuvens eletrnicas induzindo a formao de dipolos

Protenas

Ligaes de Hidrognio
 

Caso especial de foras dipolo-dipolo Um tomo de H ligado covalentemente a um tomo eletronegativo expe seu prton e pode ser atrado por outro tomo eletronegativo Ocorre entre pares X-HX (X= N, O, (S))

Protenas

Ligaes de Hidrognio


Altamente direcional e preferencialmente linear com tomos envolvidos Interao maximizada quando o ngulo X-X 180 e a distncia X-X ,5 Cada ligao de hidrognio coopera com 1- kcal/mol, podendo totalizar centenas em um protena

Protenas

Pontes Dissulfeto


Ocorre entre dois resduos de aa (cistena)

Ligao covalente forte (energia de 60 120 kcal.mol-1)

Disulfide_bond

Protenas

Interaes Hidrofbicas


Resultam de foras externas com grupos ligados e no de atrao entre dois grupamentos ligados

Ocorrem por repulso de solvente a grupos moleculares

Protenas

Interaes Hidrofbicas


Numerosas at 5 de distncia entre os tomos participantes

manuteno e estabilidade estrutural interao protena / ligante

Ligao fraca (energia de 15 25 kcal.mol-1): dependente da repulso dos solventes ao grupos participantes

Protenas

Estrutura Quaternria


Associao entre cadeias polipeptdicas

Interaes covalentes e no-covalentes Pode ser formadas pela unio de


Molculas Iguais: Homodmeros, Homotrmeros, Homotetrmeros... Molculas Diferentes: Heterodmeros, Heterotrmeros...

Quaternary_structure

Protenas

Protenas

Estrutura Quaternria


Cada cadeia polipeptdica pode se enovelar em independentes conformaes globulares

Complementaridade de formas de superfcies que interagem

Mantida pelas mesmas foras que determinam as estruturas secundrias e tercirias

Interaes hidrofbicas superfcie protica Ligaes de H e salinas cadeias laterais ionizadas

Protenas

Arranjos simtricos de homomolculas

Protenas

Estrutura Quaternria
Uma vez que a protena atinge a sua conformao final, ela pode assumir a sua funo
    

Defesa do organismo (anticorpo) Regulao da expresso gnica (ativador e repressor) Catlise de uma reao (enzima) Transporte de substncias Funes estruturais