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BIOCHIMICA PER LE SCIENZE MOTORIE

Dott.ssa Federica Saponaro, MD, PhD

Dipartimento di Patologia, Università di Pisa

federica.saponaro@unipi.it

Materiale didattico:
-Slides: su e-learning (ogni 5)
-Testi:
Nelson, Cox Introduzione alla Biochimica di Lehninger (Zanichelli)
I livelli di organizzazione strutturale delle proteine
Proteine globulari

• Enzimi
• Mioglobine ed emoglobina
• Trasportatori
ENZIMI
Gli enzimi sono proteine la cui attività catalitica dipende
dall’integrità della loro conformazione nativa.

Praticamente tutte le reazioni biochimiche sono catalizzate


da enzimi.

Sono catalizzatori molto efficaci che aumentano la


velocità delle loro reazioni di vari ordini di grandezza (107
– 1014), SENZA ESSERE MODIFICATI E SENZA
ALTERARE L’EQUILIBRIO DELLA REAZIONE
STESSA
COFATTORI
• Alcuni enzimi non hanno bisogno di altri gruppi
chimici per la loro attività se non quelli dei loro residui
aminoacidici
• Altri invece hanno bisogno di componenti chimici
addizionali chiamati COFATTORI.

• Il cofattore può essere:


• uno o più ioni inorganici (Fe, Mg, Mn, Zn)→ metallo
proteine.
• molecole organiche complesse legate non
covalentemente→ coenzima.
• molecole organiche complesse o ioni metallici legati
covalentemente alla proteina enzimatica→ gruppo
prostetico
ENZIMA

• L’oloenzima è un enzima
cataliticamente attivo con tutti i suoi
cofattori.
• L’apoenzima o apoproteina è la parte
proteica di un enzima.
• Gli isoenzimi sono enzimi esistenti in
forme molecolari diverse catalizzanti lo
stesso tipo di reazione
CLASSI DI ENZIMI
Ossidoreduttasi
(trasferimento di elettroni)
CLASSI DI ENZIMI
Transferasi (reazioni di trasferimento di gruppi)
CLASSI DI ENZIMI
Idrolasi (reazione di idrolisi)
CLASSI DI ENZIMI
Isomerasi (trasferimento di gruppi all’interno di molecole
formando isomeri)

• Liasi (addizione di gruppi a legami doppi o formazione di


doppi legami mediante rimozioni di gruppi)
• Ligasi (formazione di legami C-C, C-S, C-O, C-N, mediante
reazioni di condensazione accoppiate alla scissione di ATP)
CATALISI ENZIMATICA
CATALISI ENZIMATICA
La funzione di un catalizzatore è
quella di aumentare la velocità della
reazione senza modificare gli
equilibri: es. A ↔ B
Allo stato basale, le molecole A e B
contengono una quantità
caratteristica di energia libera.
Tra A e B esiste una barriera
energetica che corrisponde
all’energia necessaria ad allineare i
gruppi reagenti, a formare cariche
transitorie instabili, a riorganizzare i
legami e ad altre informazioni che
sono richieste perché la reazione
possa procedere in una delle due
direzioni.
Per far avvenire la reazione, le
molecole devono superare
questa barriera e raggiungere un
livello energetico più alto.
CATALISI ENZIMATICA
Lo stato di transizione è un momento molecolare transitorio in cui alcuni eventi (rottura di
legami, comparsa di cariche…) devono procedere fino a quel punto preciso in cui il
composto può ritornare substrato o diventare prodotto
Allo stato di transizione (punto più elevato della curva) la molecola ha le stesse probabilità
di decadere verso A o B.
CATALISI ENZIMATICA
Lo stato di transizione è un momento molecolare transitorio in cui alcuni eventi (rottura di
legami, comparsa di cariche…) devono procedere fino a quel punto preciso in cui il
composto può ritornare substrato o diventare prodotto
Allo stato di transizione (punto più elevato della curva) la molecola ha le stesse probabilità
di decadere verso A o B.
CATALISI ENZIMATICA
CATALISI ENZIMATICA
La differenza tra i livelli di energia
dello stato di base e dello stato di
transizione viene detta energia di
attivazione (ΔG**). Il
catalizzatore aumenta la velocità
di reazione abbassando l’energia
di attivazione.

Un enzima può catalizzare


sia in direzione A verso B
che in direzione opposta, B
verso A. l suo ruolo è quello
di accelerare
l’interconversione tra A e B.
L’enzima non viene
consumato
durante questo processo e
il punto di equilibrio resta
inalterato
Cinetica enzimatica
• E’ lo studio della velocità della reazione e di come varia in funzione
della modificazione di parametri sperimentali.
• Cinetica di Michaelis-Menten (cinetica dello stato stazionario):
l’enzima prima si combina con il substrato, si forma il complesso
enzima-substrato che poi si decompone nel prodotto e nell’enzima
libero:
E + S → ES → EP → E + P

Equazione di Michaelis-Menten: equaz. della


velocita’ di una reazione catalizzata da un
enzima con un solo substrato
V0= Vmax [S]
Km+ [S]
Vmax velocità di catalisi massima dell’enzima.
Km costante di Michaelis
[S] concentrazione di substrato
Km, costante di dissociazione

• Km è definita come la concentrazione di substrato a cui V0 è metà


della Vmax:

Vmax =Vmax[S]
2 Km+[S]

Dividendo per Vmax si ottiene:


1 = [S]
2 Km+[S]

Risolvendo per Km si ha: Km+[S]=2[S] →Km=[S]

• E’ una caratteristica di ogni reazione enzimatica e rappresenta una


misura dell’affinità dell’enzima per il substrato: minore è il valore
della Km, maggiore è l’affinità.
Relazione tra concentrazione del substrato e velocità iniziale
per 2 enzimi ( a e b) agenti sullo stesso substrato
• L’enzima a ha una Km più elevata (minore affinità per il
substrato) e produce la Vmax a concentrazioni di substrato più
elevate;
• L’enzima b ha un valore di Km più basso e raggiunge la Vmax a
concentrazioni di substrato più basse (maggiore affinità per il
substrato).
• La reazione catalizzata dall’enzima b è pertanto favorita da
basse concentrazioni di [S], quella catalizzata dall’enzima a è
favorita da concentrazioni elevate di [S].
L’attività enzimatica è influenzata da diversi fattori chimici e fisici

•La concentrazione del substrato;


•La temperatura;
•Il pH;
•I cofattori, come le vitamine e i
coenzimi.

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L’attività enzimatica è influenzata da diversi fattori chimici e fisici
CARATTERISTICHE DEGLI ENZIMI

•L’enzima per poter catalizzare una reazione deve essere


in grado di poter interagire con il proprio substrato.

•Gli enzimi sono molto specifici e possono discriminare tra


molecole molto simili.

•I gruppi catalitici di un enzima interagiscono con il


substrato e lo preparano (attivano) alla reazione.

•L’energia richiesta per abbassare l’energia di attivazione


deriva in genere da interazioni deboli non covalenti
(energia di legame) che si formano tra substrato e enzima
nel sito attivo.

•Queste interazioni tra enzimi e substrato sono ottimali


nello stato di transizione e rappresentano la maggiore
forza trainante della catalisi.
CARATTERISTICHE DEGLI ENZIMI: SPECIFICITA’

La specificità si riferisce alla capacità di un enzima di discriminare tra composti simili.


Essa deriva dalla formazione di una molteplicità di interazioni deboli tra l’enzima e
praticamente tutte le parti della molecola del suo substrato specifico a livello del sito
attivo.

Modello chiave-serratura: il sito attivo dell’enzima si adatta al substrato come una chiave in
una serratura.
CARATTERISTICHE DEGLI ENZIMI: SPECIFICITA’

La specificità si riferisce alla capacità di un enzima di discriminare tra composti simili.


Essa deriva dalla formazione di una molteplicità di interazioni deboli tra l’enzima e
praticamente tutte le parti della molecola del suo substrato specifico a livello del sito
attivo.

Modello dell’adattamento indotto: sia l’enzima che il substrato vengono distorti quando
si legano tra loro, il substrato viene forzato ad assumere una conformazione vicina allo
stato di transizione.
Meccanismi di catalisi enzimatica
• Sono i meccanismi chimici con cui gli enzimi
convertono i substrati in prodotti.

• I principali meccanismi di catalisi enzimatica sono:

• Catalisi acido-basica generale


• Catalisi covalente
• Catalisi da ioni metallici
Catalisi acido-basica generale
• L’enzima stabilizza gli intermedi carichi che si
formano allo stato di attivazione mediante il
trasferimento di un protone al o dal substrato per
formare specie chimiche che si convertono nei
prodotti molto più facilmente.
• La catalisi a cui partecipano solo H+ o solo OH-
presenti nell’acqua viene chiamata catalisi acida o
basica specifica.
Catalisi covalente
• Coinvolge la formazione di uno o più legami
covalenti transitori tra l’enzima e il substrato.
• Il legame covalente si forma tra substrato e gruppi
funzionali di cofattori o catene laterali di
aminoacidi dell’enzima e può attivare il substrato
a promuovere una reazione specifica e dipendente
dal gruppo chimico o coenzima che vi partecipa.
Catalisi da ioni metallici
• I metalli legati all’enzima o assunti dalla soluzione
con il substrato possono partecipare alla catalisi.
• Le interazioni ioniche tra un enzima con un
metallo legato e il substrato possono aiutare a
orientare il substrato per la reazione e/o a
stabilizzare stati di transizione carichi.
REGOLAZIONE ORMONALE
Caratteristiche dei modulatori

• Lo stesso substrato è spesso un attivatore


(modulatore) dell’enzima che viene chiamato
omotropico.
• Se il modulatore è una molecola diversa dal
substrato, l’enzima viene detto eterotropico.
• In alcuni sistemi multienzimatici l’enzima
regolatore viene inibito dal prodotto finale della
via, quando questo si accumula oltre il fabbisogno,
il meccanismo viene chiamato: inibizione
retroattiva o a feedback.

• A→B→C→D→E→F
Gli inibitori enzimatici
• Gli enzimi possono essere inibiti reversibilmente
e irreversibilmente; le sostanze che riducono
l’attività enzimatica sono dette inibitori.

• Inibizione reversibile:
• I.R. competitiva
• I.R. non competitiva
• I.R. mista

• Inibizione irreversibile
Inibizione reversibile
Competitiva: inibitore e substrato competono
per lo stesso sito attivo di un enzima e la
reazione non può avvenire se si lega l’inibitore
perché impedisce il legame al substrato.
L’inibizione può essere rimossa aumentando la
concentrazione di substrato.

Mista: l’inibitore si lega ad un sito diverso da


quello del substrato, ma si lega solo al complesso
enzima-substrato (variazione di Vmax e Km).

Non competitiva: l’inibitore si lega ad un sito


distinto da quello del substrato, e non
interferisce con il legame del substrato, che si
può legare, ma non viene convertito in prodotti
perché l’enzima è inattivo.
Inibizione irreversibile
• Gli inibitori irreversibili sono molecole che si
combinano covalentemente o distruggono un
gruppo funzionale dell’enzima, essenziale per
la sua attività catalitica.
• Una classe speciale sono gli inibitori suicidi;
sono in grado di interagire con il sito attivo
dell’enzima trasformandosi in un composto
altamente reattivo che si combina
irreversibilmente con l’enzima. Vengono
chiamati anche inattivatori basati sul
meccanismo.
PROTEINE LEGANTI L’OSSIGENO:
Mioglobina (Mb) ed Emoglobina (Hb)
emoglobina/mioglobina
• O2 non solubile in acqua

• Esistono due proteine che permettono il


trasporto di O2 nel corpo
– emoglobina (Hb) – si trova nei globuli rossi
RBC
• Trasporta anche CO2 and H+
– Mioglobina (Mb) – si trova nei muscoli
I vertebrati utilizzano le globine per fornire
ai propri tessuti un costante
approvvigionamento di O2.
Emoglobina e mioglobina sono proteine
globulari contenenti gruppi eme che sono
in grado di legare l’O2.
Ruolo dell’emoglobina

L’emoglobina trasporta l’O2


dai polmoni ai tessuti, dove
una parte di esso può
essere direttamente
utilizzata per il metabolismo
nei mitocondri, e CO2 e ioni
H+, rilasciati dai processi
ossidativi, dai tessuti ai
polmoni.
Emoglobina
L’EMOGLOBINA è una
proteina tetramerica,
formata da 2 subunità α
(141 unità) e 2 subunità β
(146 unità).
Le catene α e β sono
molto simili tra loro ma non
identiche e presentano una
struttura molto vicina alla
catena polipetidica della
mioglobina.
Ciascuna catena contiene
un gruppo eme.
Composizione delle proteine
• Proteine semplici: contengono solo aa (es.
sieroalbumina e cheratina).

• Proteine coniugate: sono proteine semplici


combinate con un componente non proteico, il
gruppo prostetico. L’apoproteina è la porzione
proteica, priva di gruppo prostetico, della proteina
coniugata; la proteina completa è detta
oloproteina.

• I gruppi prostetici possono essere: catene


glucidiche, lipidi, ioni metallici, gruppi eme, gruppi
fosforici.
Il gruppo prostetico : eme
L’emoglobina e la mioglobina
contengono il gruppo ferro-porfirinico
EME che conferisce la colorazione
rosso intensa alle proteine.

E’ costituito da una complessa


struttura ad anello, la protoporfirina, a
cui è legato un atomo di ferro (Fe2+).
PirroloPorfinaPorfirinaEme

PIRROLO: composto aromatico


eterociclico, planare a forma di
pentagono quasi regolare. E’
aromatico perché attraverso gli
orbitali p dei suoi 5 atomi sono
condivisi 6 e-
PORFINA: è costituita da 4
subunità di pirrolo (A-D) unite da
ponti α-metilenici (=CH–)
•Le 4 molecole di pirrolo sono
unite a livello dei loro Cα (2 e 5
nella figura in alto)
•La porfine sono molecole planari
•HA UNA BANDA MOLTO
INTENSA NELLA REGIONE
DEL VISIBILE… COLORE
ROSSO
L’atomo di ferro può formare 6 legami di coordinazione: 4 nel
piano con gli atomi di azoto degli anelli porfirinici, 1
perpendicolare al piano con un residuo di istidina ed 1 con
l’ossigeno: questo legame è reversibile
L’atomo di ferro può formare 6 legami di coordinazione: 4 nel
piano con gli atomi di azoto degli anelli porfirinici, 1
perpendicolare al piano con un residuo di istidina ed 1 con
l’ossigeno: questo legame è reversibile
• L’emoglobina, proteina di trasporto, presenta 4 siti di legame per l’O2.

• L’efficienza nel trasporto dell’ossigeno è ottenuta attraverso il legame


cooperativo positivo da parte dei 4 siti e la curva che descrive questo tipo di
legame è una curva sigmoide.
• → Cooperatività positiva: il legame di una molecola di O2 aumenta la
probabilità di legare altro O2 alle altre subunità della proteina.
Curva di saturazione dell’emoglobina

La curva sigmoide di legame riflette


la transizione della proteina da uno
stato conformazionale (T) a bassa
affinità (per O2) in corrispondenza
di basse pressioni di O2 (tessuti
periferici) a uno stato
conformazionale (R) ad alta
affinità in corrispondenza di elevate
pressioni di O2 (polmoni).
Curva di saturazione dell’emoglobina

La relazione tra saturazione dell’emoglobina e pressione di ossigeno nel sangue è rappresentata da


una curva a “esse italica“. Si può notare come all’aumentare della PO2 aumenti la saturazione
dell’emoglobina, in particolare nella porzione centrale ripida della curva, dove a piccole variazioni
in aumento o in diminuzione della pressione di ossigeno corrispondono grandi variazioni della
saturazione. Ciò permette di regolare perfettamente gli scambi gassosi: nei tessuti, infatti, dove la
pressione di ossigeno è bassa, l’emoglobina può cedere facilmente l’ossigeno.  
Deossiemoglobina

contatti di scivolamento
12 e 21

movimento molecolare elica F

Ossiemoglobina

l’ossigenazione avvicina le due


subunità 
Deossiemoglobina/ Ossiemoglobina
Risposta ai cambiamenti di pH:
effetto Bohr.
Una caduta di pH a livello dei
tessuti, indice di un’alta attività
metabolica e di fabbisogno di
O2, determina la protonazione
dell’emoglobina e favorisce la
conformazione deossi (quella
priva di ossigeno), che
promuove il rilascio di O2.
Circa il 40% degli ioni H+ totali
si lega alle catene laterali di
diversi residui aminoacidici della
proteina (es. istidina) per essere
trasportato ai polmoni.
2,3-Bifosfoglicerato
• E’ un effettore allosterico eterotropico che
regola i cambiamenti a lungo termine dell’affinità
di legame per l’O2.
• Il BFG riduce profondamente l’affinità
dell’emoglobina per l’O2 poiché lega e stabilizza
la forma deossi dell’emoglobina.
• Ha una funzione importante nell’adattamento
fisiologico alla bassa pressione di O2.
Struttura della mioglobina

• La MIOGLOBINA è una
proteina globulare di piccole
dimensioni costituita da una
singola catena polipetidica
ripiegata attorno ad un
gruppo prostetico, l’eme,
che contiene il sito di
legame per l’O2.
Ruolo della mioglobina
• L’O2 può essere immagazzinato mediante il legame
alla mioglobina
• La mioglobina è presente nel muscolo scheletrico e nel
muscolo cardiaco.
• Garantisce un veloce spostamento dell’O2 all’interno
delle cellule muscolari.

RUOLO: IMMAGAZZINAMENTO
Ruolo della mioglobina
Si tratta di acqua mescolata con mioglobina,
implicata nel trasporto dell’ossigeno ai tessuti
muscolari; fondamentale per garantire continue
riserve energetiche per la contrazione dei muscoli
stessi.
La mioglobina può legarsi a una  sola molecola di ossigeno, contenendo un solo gruppo eme. L’emoglobina
che invece ne ha quattro può legare quattro molecole di ossigeno.
La mioglobina ha una più alta affinità per l’ossigeno perché la PO2 necessaria per raggiungere
l’emisaturazione dei siti di legame della mioglobina, P50= 1mmHg, mentre per l’emoglobina è uguale a
26mmHg. Più alta è l’affinità più basso è il  valore della P50.
La curva di dissociazione dell’ossigeno della mioglobina ha un andamento a iperbole. Ciò vuol dire
che la mioglobina si lega reversibilmente a una sola molecola di ossigeno, per cui tra forma ossigenata e
non ossigenata esiste un equilibrio semplice:
Mb+O2↔MbO2
La mioglobina ha infatti la funzione di immagazzinare l’ossigeno liberato dall’emoglobina in
condizioni di bassa PO2 presente nei muscoli per poi poterlo utilizzare  in  risposta al consumo.
Differenze tra
emoglobina e mioglobina
• Trasporto di ossigeno dai
polmoni ai tessuti periferici e • Riserva di ossigeno per la
di anidride carbonica dai cellula muscolare
tessuti periferici ai polmoni

• Struttura quaternaria • Struttura terziaria

• Curva di saturazione • Curva di saturazione


sigmoide ( 4 siti di legame: iperbolica (un sito di legame)
legame cooperativo)
• Nessuna modulazione
• Modulazione da parte di
effettori allosterici (protoni,
anidride carbonica,
bifosfoglicerato)
Proteine di
membrana:
canali, pompe e
recettori
Canali, pompe e recettori
• Il doppio strato lipidico delle membrane biologiche
è intrinsecamente impermeabile agli ioni e alle
molecole polari, la permeabilità è conferita da due
classi di proteine: le pompe e i canali.

• I recettori sono canali o altre proteine di


membrane che favoriscono il passaggio di segnali
chimici dallo spazio extracellulare al citoplasma.
I CANALI
• I canali ionici sono complessi
macromolecolari costituiti da diverse
subunità proteiche.

• Attraversano, a tutto spessore, una


membrana biologica e consentono il
passaggio di ioni (attraverso il poro),
nella direzione determinata dal loro
gradiente elettrochimico.

• In presenza di un gradiente elettrico è


possibile che non vi sia flusso
transmembrana di ioni, anche in
presenza di un gradiente di
concentrazione.

• Il canale ionico può essere


estremamente selettivo per particolari
ioni.
I CANALI
• Esiste in uno stato chiuso o in uno
stato aperto.

• La transizione tra lo stato aperto e lo


stato chiuso può avvenire:
1. modificando la differenza di voltaggio
ai due lati della membrana (canali a
controllo di potenziale)
2. legando una sostanza chimica ad un
recettore nel canale o nelle sue
vicinanze (canale a controllo di
ligando).
3. per azione dello stiramento meccanico
o dalla pressione (recettori
somatosensitivi o uditivi).

• Lo stato aperto dei canali spesso si


converte in uno stato inattivato.
Esempio di canali
• Canali del sodio o del potassio sulla
membrana plasmatica delle cellule
eccitabili
• Canali del calcio sul reticolo
sarcoplasmatico
• Recettore dell’acetilcolina (canale
cationico) sulla placca neuromuscolare
LE POMPE ATPasi
• Le pompe ATPasi sono una famiglia di proteine di
membrana che utilizza l’idrolisi di ATP per pompare
ioni attraverso le membrane.
• Le pompe hanno la funzione di generare gradienti
ionici attraverso le membrane o favorire l’accumulo
di ioni in un compartimento cellulare.
Es. di pompe ATPasi

- pompa Na+/K+-ATPasi sulla membrana plasmatica


che genera un gradiente elettrochimico
- pompa protonica sulla membrana dei lisosomi
- Ca2+-ATPasi sulla membrana del reticolo
sarcoplasmatco che determina accumulo di ioni
Ca2+ e sulla membrana plasmatica per favorire
l’allontanamento degli ioni Ca2+.
- la pompa H+/K+-ATPasi sulla membrana plasmatica
delle cellule ossintiche, responsabile del pompaggio
nello stomaco di una quantità sufficiente di protoni
per abbassare il pH al di sotto di 1,0.
La pompa Na+/K+
• L’idrolisi dell’ATP operata dalla pompa
fornisce l’energia necessaria per il
trasporto di 3 ioni Na+ dall’interno
all’esterno e di 2 ioni K+ dall’esterno
all’interno della cellula generando il
gradiente elettrochimico.
• Il gradiente di concentrazione degli ioni
Na+ e K+ nelle cellule animali regola il
volume cellulare, rende elettricamente
eccitabili i neuroni e i miociti e
favorisce il trasporto di zuccheri e
amminoacidi.
I RECETTORI DI MEMBRANA
• Sono proteine transmembrana con un dominio
extracellulare in grado di legare una molecola segnale
(il ligando) e un dominio intracellulare.
• La proteina quando lega il proprio ligando subisce una
modificazione conformazionale anche nel dominio
intracellulare.

• Le informazioni sono trasferite dal complesso ligando-


recettore al citoplasma attraverso molecole dette
secondi messaggeri che attivano le cascate di
trasduzione del segnale o attraverso l’apertura di un
canale ionico.
• Sono di due tipi:
- i recettori ionotropici (recettori-canali ionici)
- i recettori metabotropici (regolano la sintesi di secondi
messaggeri).
I RECETTORI DI MEMBRANA
Es. di recettori 7TM

• Recettori per
l’adrenalina,
l’adenosina, la
dopamina, la
serotonina, la
noradrenalina,
Recettori
ionotropici
• Sono recettori
canale la cui
apertura determina
un flusso di elettroni
verso l’interno della
cellula. Sono attivati
da ligandi specifici.

• Es: recettore del


GABA (acido g-
aminobutirrico) e
dell’acetilcolina.