RIEPILOGO

LEZIONE 2: STRUTTURA DELLE PROTEINE

Legame peptidico
• Gli aminoacidi possono essere Formazione di un dipeptide
legati covalentemente per mezzo
della formazione di un legame
amidico tra il gruppo a-carbossilico
di un aminoacido e il gruppo a-
amminico di un altro.

• Questo legame è definito legame

peptidico e i prodotti formati da
questo legame sono detti peptidi.

• La reazione può essere vista

come semplice eliminazione di
una molecola d'acqua tra il gruppo
carbossilico di un aminoacido e il
gruppo amminico dell'altro.
• La reazione lascia ancora un
gruppo amminico disponibile a
un'estremità del dipeptide e un
gruppo carbossilico libero all'altra.
Formazione di un oligopeptide
• Aggiungendo altri aminoacidi alle estremità si forma un oligopeptide. Quando
un aminoacido viene aggiunto alla catena, un'altra molecola d'acqua deve
essere eliminata.
• Ciascun aminoacido che entra a far parte del peptide viene detto residuo
aminoacidico.
• I residui aminoacidi con cui termina la catena hanno un gruppo aminico a libero
(residuo amino-terminale o N-terminale) e un gruppo carbossilico a libero
(residuo carbossi-terminale o C-terminale).
• La convenzione prevede che si scriva sempre l'N-terminale a sinistra e il C-
terminale a destra.

Oligopeptide
(peptide di pochi
aminoacidi)
Se la catena è
molto lunga, viene
detta polipeptide
LA STRUTTURA DEL LEGAME PEPTIDICO

•Il legame peptidico che si riscontra tra ogni coppia di residui in una
proteina, possiede alcune proprietà molto importanti per la struttura
proteica.

•I legami:—C=O e —N—H sono pressoché paralleli; e gli atomi O, C, N

e H sono praticamente complanari.
•È possibile solo una piccola torsione attorno al legame C—N, poiché il
legame peptidico possiede un sostanziale carattere di doppio legame.
•Il legame peptidico può essere considerato un ibrido di risonanza di
due forme.
Sebbene sia complanare, il gruppo di atomi attorno al legame
peptidico può esistere in due conformazioni, trans e cis.
La forma trans è di solito favorita, poiché nella conformazione
cis gli ingombranti gruppi R legati agli atomi di carbonio a
adiacenti possono interferire.
L'eccezione principale è il legame nella sequenza X-Prolina,
dove X è un aminoacido qualsiasi.
STABILITÀ E FORMAZIONE DEL LEGAME PEPTIDICO

Il legame peptidico si forma mediante l'eliminazione di una molecola

d'acqua tra due aminoacidi, anche se in effetti in un ambiente
acquoso questo processo non è termodinamicamente favorito.
I polipeptidi sono metastabili, ossia rapidamente idrolizzabili solo in
presenza di catalizzatori.
L'idrolisi dei peptidi può essere catalizzata in molti modi: acidi forti (6
M HCl), enzimi proteolitici, o proteasi.
Alcuni di questi enzimi sono secreti nel tratto digerente di animali,
dove frammentano le proteine prima di un'ulteriore digestione.
I peptidi
• I peptidi hanno attività biologiche rilevanti nonostante le loro
piccole dimensioni.

• Esempi di alcuni peptidi:

• Glutatione, GSH (3 aa: glutammil-cisteinglicina) interviene in

molti processi biologici come la sintesi del DNA e delle proteine,
il metabolismo dei farmaci e delle sostanze tossiche ambientali
e il trasporto degli aa; ha azione riducente e protettiva contro gli
effetti distruttivi dei perossidi.

• Met-encefalina e leu-encefalina (5 aa): sono i peptidi oppioidi

presenti in prevalenza nelle cellule del tessuto nervoso.
Alleviano il dolore e producono sensazioni piacevoli, sono i
ligandi naturali dei recettori a cui si legano i farmaci oppiacei
(morfina, codeina…). Antagonizzano gli effetti della bradichinina
e della sostanza P, peptidi che stimolano la percezione del
dolore.
I peptidi
• Neuropeptide Y e galanina: sono peptidi che stimolano
l’appetito.

• Colecistochinina e l’ormone stimolante i melanociti: sono

peptidi che inibiscono l’appettito.

• Vasopressina (ADH) e fattore natriuretico atriale (ANF):

sono peptidi che regolano la volemia, l’ADH viene
rilasciato in risposta ad elevate concentrazioni di sodio nel
sangue o ad un ridotto volume di sangue e favorisce
l’assorbimento di acqua a livello renale, l’ANF prodotto a
livello cardiaco in risposta ad un aumento della pressione
ematica stimola la produzione di urina diluita,
incrementando l’escrezione di sodio.
 Le proteine
Le proteine sono polimeri
di dimensioni maggiore dei
peptidi (> di 50 aminoacidi)
e con diverse funzioni e si
classificano in base alla
loro composizione, forma e
funzione.
Funzioni delle proteine
 Funzioni delle proteine
• Catalisi: gli enzimi sono proteine che dirigono e
accelerano migliaia di reazioni biologiche, aumentando
la velocità di reazione.

• Struttura: alcune proteine forniscono protezione e

sostegno impartendo resistenza meccanica o elasticità
al tessuto (collegene, elastina...).

• Movimento: le proteine intervengono nei movimenti

cellulari e nella struttura del citoscheletro.

• Difesa: molte proteine svolgono funzioni protettive

contro lesioni meccaniche e chimiche (fattori di
coagulazione, anticorpi…)
 Funzioni delle proteine
• Regolazione: ormoni o fattori di crescita si legano a
specifici recettori modificando le funzioni cellulari (insulina,
ormone della crescita...).

• Trasporto: molte proteine sono trasportatori di molecole

ed ioni attraverso le membrane o da una cellula all’altra
(emoglobina, lipoproteine, Na/K ATPasi...).

• Riserva: alcune proteine vegetali e animali svolgono

funzione di riserva di nutrienti essenziali (caseina...).

• Risposta allo stress: molte proteine del nostro organismo

sono in grado di convertire contaminanti organici tossici in
derivati meno tossici o di riparare danni provocati dagli
stessi contaminanti (heat shock proteins...).
 Forma delle proteine
• Proteine fibrose (o
scleroproteine): molecole
filamentose, insolubili in
acqua e fisicamente
resistenti, con funzioni
strutturali e protettive (es.
cheratina nella pelle, nei peli
e nelle unghie…).
• Proteine globulari (o
sferoproteine): molecole
sferiche e compatte,
idrosolubili con funzioni
dinamiche (es. enzimi,
emoglobina, albumina…)
 Composizione delle proteine
• Proteine semplici: contengono solo aa (es.
sieroalbumina e cheratina).

• Proteine coniugate: sono proteine semplici

combinate con un componente non proteico, il
gruppo prostetico. L’apoproteina è la porzione
proteica, priva di gruppo prostetico, della proteina
coniugata; la proteina completa è detta
oloproteina.

• I gruppi prostetici possono essere: catene

glucidiche, lipidi, ioni metallici, gruppi eme, gruppi
fosforici.
 Struttura
delle proteine.
Strutture primaria, secondaria,
terziaria e quaternaria
I livelli di organizzazione strutturale delle proteine
Ogni proteina ha una struttura unica, determinata dalla struttura primaria
 STRUTTURA PRIMARIA
•Le proteine non sono semplicemente polipeptidi: SONO
POLIPEPTIDI A SEQUENZA DEFINITA

•Ogni proteina possiede un ordine definito di residui

aminoacidici e questa sequenza è definita come struttura
primaria della proteina.

•Questo è il livello strutturale fondamentale sul quale sono

basati i livelli superiori di organizzazione.
Es.: insulina
STRUTTURA PRIMARIA siamo simili…
Sequenze aminoacidiche
della mioglobina da
capodoglio e umana.

Cambiamenti conservativi:
conservano cioè la natura
della catena laterale (Asp al
posto di Glu, per esempio).

Cambiamenti non conservativi:

(Asp al posto di Ala, per esempio).
Ma diversi….
• Polipeptidi omologhi: polipeptidi con sequenza
aminoacidica e funzione simile.

• Residui invarianti: residui aminoacidici identici in

tutti gli omologhi di una proteina, molto
probabilmente essenziali per il funzionamento della
proteina.

• Variazioni conservative: sostituzioni in cui si

conserva la natura della catena laterale (Asp al
posto di Glu, per esempio).

• Residui variabili: porzioni sostituite con residui

completamente differenti.
 L’anemia falciforme
• L’anemia falciforme è provocata da una singola
sostituzione aminoacidica (residuo in posizione 6,
valina al posto del glutammato) su un totale di 146
residui nella catena β dell’emoglobina. Questa
variazione provoca l’aggregazione di più molecole
di emoglobine e la formazione di strutture a falce.
Struttura secondaria
 Strutture secondarie
• La struttura secondaria di una proteina si riferisce alla
presenza di organizzazioni regolari e ricorrenti nello
spazio dei residui aminoacidici adiacenti di una
catena polipeptidica.

• Strutture secondarie più rappresentate:

- a-elica
- struttura a foglietto ripiegato (b-struttura o b-foglietto)
- b ripiegamento (struttura supersecondaria)

• Le strutture secondarie sono stabili in quanto

minimizzano le repulsioni steriche e allo stesso
tempo rendono massima la potenzialità di formazione
dei legami ad idrogeno.
 Struttura secondaria delle proteine
il legame ad idrogeno

R
R C O
 
 
C O H N
Il legame a idrogeno o ponte a idrogeno è un caso particolare di forza

R
intermolecolare in cui è implicato un atomo di idrogeno coinvolto in un

R N legame covalente con elementi molto elettronegativi (come fluoro (F),

ossigeno (O), azoto (N)), i quali attraggono a sé gli elettroni di valenza,
acquisendo una parziale carica negativa (δ-) lasciando l'idrogeno con
una parziale carica positiva (δ+). Contemporaneamente l'idrogeno viene
attratto da un atomo elettronegativo di una molecola vicina.

H
 Strutture secondarie
Le possibili conformazioni regolari della catena polipeptidica
dovrebbero possedere i seguenti requisiti:

1. Le lunghezze e gli angoli di legame dovrebbero essere distorti il

meno possibile rispetto a quelli riscontrati su aminoacidi e piccoli
peptidi
2. Due atomi non dovrebbero avvicinarsi tra loro più di quanto sia
loro consentito dai rispettivi raggi di van der Waals.
3. Il gruppo amidico dovrebbe rimanere planare e nella
configurazione trans. Perciò la rotazione è possibile solo attorno
ai due legami adiacenti al carbonio a di ciascun residuo
aminoacidico
4. Dovrebbero essere presenti alcuni tipi di legame non covalente
per stabilizzare i ripiegamenti regolari. La possibilità più ovvia è
costituita dai legami idrogeno tra i protoni ammidici e gli atomi di
ossigeno carbonilici:
>N — H •••O=C<
Strutture secondarie
 Strutture secondarie: a-elica
• L’ a-elica appartiene alle
strutture secondarie più
frequenti. La catena è
attorcigliata con un
andamento elicoidale
destrorso. Ogni giro
dell’elica contiene 3.6 3.6 residui
0.54nm
residui (passo dell’elica,
0.54nm).
• L’a-elica è stabilizzata da
ponti idrogeno tra gruppi
--N-H e >C=O di residui
distanti l’uno dall’altro 4
posizioni nella sequenza.
• I legami ad H sono piu’
stabili nella regione interna
(idrofobica) di una proteina
perche’ l’acqua non compete
per il legame con H
 -elica
Le catene laterali degli amminoacidi (-R) si protendono verso l’esterno rispetto
all’asse della spirale.
 -elica

• A causa di vincoli
strutturali non tutti gli aa
possono formare l’a-elica
per vari motivi (es glicina:
R troppo piccola;
triptofano: R troppo
grande; prolina: struttura
rigida; seq di glutammato
e aspartato per la
carica…).
foglietto 
 foglietto 
• Secondo elemento strutturale piu’ importante nelle proteine
globulari. E’ una struttura ripiegata, formata da 2 o più catene
polipeptidiche (filamenti) quasi completamente distese (si
estende di norma per 5-10 AA)
• I legami a idrogeno sono intercatena e perpendicolari allo
scheletro del peptide.
• I componenti di tutti i legami peptidici partecipano alla
formazione di legami a idrogeno.
• Tali legami si realizzano tra l’ossigeno di un gruppo
carbonilico di un legame peptidico e l’idrogeno del gruppo
ammidico di un altro legame peptidico appartenente ad un
filamento diverso.
• Gruppi R si estendono sopra e sotto il piano del foglietto
• Esclusivo delle proteine fibrose come la seta
 Strutture supersecondarie
• Sono combinazioni di strutture secondarie ad a-elica e a foglietto b.
• I b-ripiegamenti o meandri b si trovano di solito nelle posizioni in cui la
catena peptidica cambia bruscamente di direzione. Questi ripiegamenti
collegano spesso le estremità di due segmenti adiacenti di un foglietto b
ripiegato antiparallelo e comprendono circa 4 residui aminoacidici

-ripiegamento

Altre superstrutture secondarie: unità  tra 2 -eliche,

unità  un’-elica tra 2 foglietti .
Struttura terziaria
 Struttura terziaria

In una proteina, quando la catena polipeptidica si avvolge su

se stessa, gli aminoacidi che sono localizzati in regioni
lontane della sequenza polipeptidica e che fanno parte di
strutture secondarie diverse possono ugualmente
interagire tra loro.
Struttura terziaria:struttura tridimensionale dell’intero
polipeptide che deriva dall’interazione fra le catene laterali di aa
anche distanti nella sequenza primaria

È stabilizzata da legami non covalenti come ponti idrogeno, interazioni

idrofobiche tra amminoacidi non polari e legami ionici (legame/ponte salino) ma
anche da legami covalenti, sotto forma di ponti disolfuro fra due cisteine.
 Struttura terziaria
Ogni proteina globulare e fibrosa possiede una struttura
terziaria caratteristica, composta di elementi di struttura
secondaria ( a-eliche, foglietti b, regioni non regolari) ripiegati
in modo specifico, per adattarsi al particolare ruolo funzionale
che la proteina riveste.
Sulla base della struttura terziaria è possibile distinguere due
classi di proteine: globulari e fibrose
La maggior parte del lavoro chimico di una cellula, le sintesi,
il trasporto e il metabolismo avviene con l'aiuto di una
vastissima classe di proteine, le cui catene polipeptidiche
sono ripiegate in strutture compatte e molte delle quali gruppi
prostetici: proteine globulari.
Le proteine fibrose svolgono funzioni strutturali e sono
costituite dalla ripetizione di un elemento semplice di
struttura secondaria
 Caratteristiche della struttura terziaria
• I modelli di ripiegamento principali sono di due tipi:
1. quelli caratterizzati da un impaccamento di  eliche
2. quelli costruiti su una rete di strutture a foglietto .
I ripiegamenti sono stabilizzati da legami deboli (legami H,
interazioni di van der waals, interazioni carica-carica...)
Quando si esamina la localizzazione degli aminoacidi nella struttura
tridimensionale, si osserva invariabilmente che i residui idrofobici
sono impaccati principalmente all'interno, mentre i residui idrofilici
sono sulla superficie, a contatto con il solvente.
La struttura terziaria non è rigida: le proteine globulari hanno una
certa flessibilità nel loro scheletro e possono andare incontro ad
alcune fluttuazioni a breve raggio.
Interazioni che stabilizzano la struttura delle proteine

• Legami disolfuro (ponti disolfuro): legami covalenti che derivano

dall’unione di due gruppi –SH di 2 residui di cisteina con formazione
di un residuo di cistina R–S-S-R

• Interazioni idrofobiche: tra aa con catene laterali non polari. In

ambiente acquoso gli aa apolari tendono a localizzarsi all’interno
della molecola proteica; in un ambiente lipidico, quale quello delle
membrane, la disposizione è opposta.

• Legami a idrogeno: catene laterali contenenti atomi di H legati a O o

N possono formare legami ad H con atomi fortemente
elettronegativi, es. O di un gruppo carbossilico o carbonilico della
stessa catena polipeptidica o con l’ambiente acquoso cellulare.

• Interazioni ioniche: I gruppi laterali che recano una carica (positiva

–NH3+ o negativa –COO-) possono interagire con gruppi laterali
contenenti cariche opposte.
Interazioni che stabilizzano la struttura delle
proteine
Distribuzione dei residui idrofilici e idrofobici nelle proteine globulari.
a) Sequenza amminoacidica del citocromo c di cuore bovino. I residui idrofobici
(rosso), idrofilici (verde) e anfipatici (bianco)
bianco sono molto dispersi nella sequenza.
b) Struttura tridimensionale. Sinistra: gli amminoacidi idrofobici si concentrano
intorno all’eme e all’interno della molecola. Destra: si notano i residui idrofilici sulla
superficie della molecola
 Domini proteici

Un dominio è una
sottostruttura
prodotta da
qualunque parte di
una catena
polipeptidica che si
possa ripiegare
indipendentemente
in una struttura
compatta stabile.
 I domini
• Le proteine globulari di grandi dimensioni sono
costituite da diversi domini collegati l’uno
all’altro da tratti di polipeptide relativamente
estesi.

• Il dominio è una porzione di catena

polipeptidica che si ripiega su se stessa a dare
un’unità compatta che rimane distinta
all’interno della struttura terziaria dell’intera
proteina.
 Folding delle
proteine
• Per poter svolgere la propria
funzione biologica, una proteina
deve essere strutturata nella
conformazione nativa.
• La conformazione nativa è quella
struttura tridimensionale stabile
e funzionale, caratterizzata da
uno stato a bassa energia e da
un’unica e particolare
conformazione che consente alla
proteina di svolgere
correttamente la funzione a cui
è deputata.
• Folding: processo che, dalla
biosintesi del peptide, porta alla
proteina strutturata nella forma
nativa, biologicamente attiva.
• Durante il processo di folding le
proteine vanno da uno stato ad
alta energia della struttura
unfolded ad uno a bassa energia
della struttura folded.
Struttura quaternaria
 Struttura quaternaria
• Molte proteine esistono nella cellula
(in soluzione e in condizioni
fisiologiche) come aggregati specifici
di due o più catene polipeptidiche
ripiegate, o subunità.
• Questa organizzazione quaternaria
può essere di due tipi:
Tetramero dell’emoglobina
• associazione tra catene polipeptidiche
identiche o quasi identiche (omotipica)
• interazione tra subunità di struttura
molto diversa (eterotipica).

• In entrambi i casi si ha la formazione

di proteine multimeriche.

La struttura quaternaria si riferisce

alla relazione spaziale tra i polipeptidi
o le subunità all’interno di una
proteina. Dimero dell’albumina
 Perché si formano proteine
multimeriche?
1. La sintesi di subunità separate può essere
più efficiente dell’allungamento notevole
di una singola catena polipeptidica e limita
la probabilità di introdurre errori durante
la sintesi della catena polipeptidica.
2. Nei complessi sopramolecolari la
sostituzione di componenti più piccole che
si siano usurate o danneggiate può essere
effettuata più efficientemente.
3. Le interazioni complesse di più subunità
aiutano a regolare la funzione biologica
della proteina.
 PROTEINE MULTIMERICHE:
INTERAZIONI OMOTIPICHE
PROTEINA-PROTEINA

Interazioni tra le catene polipeptidiche

ripiegate nelle proteine multimeriche
• ponti salini
• legami a idrogeno
• interazioni idrofobiche
 INTERAZIONI ETEROTIPICHE
PROTEINA-PROTEINA

L'insieme dei tipi di interazione proteina-

proteina è molto vasto: sono comuni
associazioni specifiche tra molecole
proteiche completamente diverse.
A volte queste associazioni portano a
strutture organizzate che contengono anche
più di una decina di subunità diverse.
Le interazioni che formano questi complessi
sono generalmente forze non covalenti tra
superfici proteiche complementari.
L'inibitore pancreatico bovino della tripsina forma un
complesso stabile con l'enzima tripsina inibendone
l'attività proteolitica nel pancreas. Questa simulazione al
calcolatore mostra che le due superfici proteiche
combaciano perfettamente.
 Il ripiegamento non corretto
delle proteine
• Il ripiegamento delle proteine avviene per
tentativi e per errori e può produrre delle
proteine ripiegate in modo non corretto che
in genere vengono degradate dalla cellula.
• Non sempre il sistema di controllo funziona,
soprattutto durante l’invecchiamento di un
individuo provocando un accumulo di proteine
non correttamente ripiegate.
• Alcune patologie associate a questo
fenomeno sono le amiloidosi e le malattie
prioniche
 Amiloidosi
• Alcune proteine apparentemente
normali dopo un taglio proteolitico
possono formare degli aggregati, con
strutture foglietto ripiegato,
chiamati amiloidi.
• L’accumulo di tali strutture può
essere tossico per il nostro organismo
come nel caso della placca amiloide,
generata dall’accumulo della proteina
amiloide Aβ derivante dalla proteina
precursore dell’amiloide.
• La placca insieme con i grovigli di
neurofibrille (dovuti alla forma
anomala della proteina tau) è
neurotossica e responsabile del morbo
di Alzheimer.
 Soggetto sano soggetto
affetto dal morbo di
Alzheimer

Nel soggetto affetto dal morbo di Alzheimer il cervello tende

a restringersi, si ha degenerazione delle cellule nervose,
filamenti dovuti a grovigli di proteine e lesione da
accumulo di -amiloide
 Malattie prioniche
• La proteina prionica è l’agente causale delle
encefalopatie spongiformi trasmissibili nelle
sue varie forme (umana, ovina e bovina).
• Nel nostro organismo sulla superficie dei
neuroni e delle cellule gliali è presente una
forma normale non infettiva che si
differenzia dalla forma infettiva solo nella
struttura secondaria (un certo numero di α-
eliche sono sostituite da β-foglietto nella
forma infettiva) permettendo al tessuto di
riconoscerla come diversa dalla forma
normale.
• La struttura primaria e le modificazione
post-traduzionali delle due forma sono
identiche
• La forma infettiva è resistente alla proteolisi
e funge da stampo per la versione normale.
• Le particelle infettive tendono a formare
aggregati insolubili di fibrille che provocano
la degenerazione del tessuto nervoso .
Encefalopatie spongiformi
trasmissibili
I 4 livelli della struttura delle proteine:
schema riassuntivo
 Denaturazione
• Per denaturazione si intende ogni perturbazione della conformazione
nativa di una proteina, tale da indurre la perdita della funzione biologica.
• In generale le proteine sono molto fragili e si denaturano facilmente.
• Le proteine si denaturano quando si rompono i legami deboli e si perde la
loro struttura tridimensionale. Spesso per denaturare una proteina basta
fornire l’energia necessaria per rompere 3-4 legami ad idrogeno
• Rottura delle strutture II, III e IV della proteina con:
– Calore/solventi organici (che rompono i legami ad H e le interazioni
idrofobiche)
– Acidi/basi (che rompono i legami ad H tra I gruppi polari e I legami
ionici)
– Ioni di metalli pesanti: Pb, Hg (che reagiscono con I legami S-S)
– Agitazione (che stira le catene finche’ non si rompono i legami)
– Essicamento e liofilizzazione (rimozione delle molecole di solvente)
Applicazioni della denaturazione

• Bollitura dell’uovo
• Cottura dei cibi, per distruggere E. coli.
• Sterilizzazione dei strumenti
• Riscaldamento del latte per fare yogurt e
formaggio
Proteine fibrose
e
proteine globulari
Collageno
 Proteine globulari

• Enzimi
• Mioglobine ed emoglobina
• Trasportatori