Aminoacidos, Proteinas y Enzimas EM2020

Amino Acidos, Proteínas y
Enzimas
● Funciones de las Proteínas
● Amino Acidos
● Amino Acidos como Acidos y Bases
1
Funciones de las Proteínas
Las proteínas desempeñan muchas funciones diferentes en el cuerpo.
2
Amino Acidos
Amino acidos
● Son los bloques de construcción de las proteínas.
● Contienen un grupo ácido carboxílico y un grupo
amino en el carbono alfa (α).
● En solución están ionizados.
● Cada uno contiene un grupo lateral diferente (R).
R cadena lateral R
│ + │
H2N—C —COOH H3N—C —COO−
│ │
H H forma ionizada
3
Ejemplos de Amino Acidos
H
+ │
H3N—C—COO−
│
H glicina
CH3
+ │
H3N—C—COO−
│
H alanina
4
Aprendiendo los nombres de Amino Acidos
Todos los amino ácidos comparten una unidad estructural alrededor

del carbono alfa (click 1). El grupo lateral es R (click 2).
COOH
α
+H N
3 C H
R R
Los grupos R son la única variable en la estructura. El enfoque será en este

grupo para aprender los nombres y estructuras.
Construyendo el grupo R y su interrelación
Cuatro que ilustran este punto son “glicina, alanina, fenilalanina y tirosina. (click 1).
Glicina Alanina Fenilalanina Tirosina
H CH3 CH2 CH2
OH
Con un H, la glicina es el amino ácido más simple, llamado así por su sabor dulzón (click
1). La Alanina con un grupo metilo es el siguiente en sencillez (click 2). La Fenilalanina
surge cuando un grupo fenilo reemplaza un H en el metilo de la alanina (click 3). La
Tirosina evoluciona por la adición de un grupo –OH en la posición para del anillo de fenilo
(click 4).
Amino Acidos Acídicos y Amidas
Los amino ácidos acídicos tienen cargas (–) en su grupo R. Hay dos,
aspártico y glutámico (click 1). El ácido Glutámico tiene un grupo =CH2
(metileno) (click 2).
Acido Acido Asparagina Glutamina
Aspártico Glutámico
CH2 CH2 CH2 CH2
COO– CH2 C=O –

COO CH2
COO– NH2 COO–

C=O
Aspartato
Glutamato NH2
El –COO– puede intercambiar un protón con el solvente y comportarse como ácido.

El sufijo “ato” es usado para designar la forma ácida ionizada. (click 3). Formando las
amidas derivadas de estos ácidos se tienen la asparagina y la glutamina.
Los amino ácidos cargados (+) son representados por la lisina, arginina e
histidina. Desafortunadamente no hay una relación obvia entre ellos, pero se
caracterizan por (+) N en el grupo R.
Lisina Arginina Histidina
CH2 CH2 CH2

CH2 CH2
CH2 CH2
HN NH+
CH2 NH
+H N=C Imidazole
NH3 + 2
NH2
Epsilon amino Guanidinio
En la lisina el grupo N(+) es llamado grupo amino epsilon (click 1). En la

arginina es el grupo guanidinio y para la histidina es el grupo imidazol.
Serina,Treonina, Cisteina y Metionina
La serina tiene un hidroximetilo –CH2OH como R (click 1). La Treonins es la

serina con un grupo metilo (click 1). Y, si se reemplaza el O en la serina con
S, se genera la cisteína (click 1).
Serina Treonina Cisteina Metionina
CH2OH H-C-OH CH2SH CH2
CH3 CH2
S
CH3
La Metionina parece combinar cisteína y tronina. El nombre recuerda que
contiene azufre (tio) y un grupo metilo en la estructura. Como la treonina, la
metionina tiene una cadena de 2 carbonos unida al carbono alfa (click 1).
Esto es seguido por el azufre y termina con el metilo en este átomo.
Valina, Leucina, Isoleucina
Estos amino ácidos con cadenas hidrofóbicas ramificadas contienen

solo C y H eb sus grupos R. La Valina es fácil de recordar debido a que la
cadena se acomoda como letra V (click 1). La Leucina y la isoleucin, ambas
tienen grupos R de 4 carbonos. La Leucina recuerda a la valina pero con un
=CH2 antes de la V (click 1). La cadena latera de la Isoleucina recuerda a la
letra L (click 1).
Leucina Isoleucina
Valin
a
C C C– C
C C C C
C C C
Triptofano y Prolina
Los últimos 2 amino ácidos a considerar son el triptofano y la prolina. El

triptofano contiene el residuo de indol (click 1) unido al grupo com´ún mediante
un metileno (click 1). La Prolina también tiene un anillo, pero es anillo es
saturado.
Triptofano
Prolina
H2C CH2
CH2 H
H2C C
N COO–
N H
H
Indol
Cuestionario rápido
Q: ¿Qué AA tiene la cadena de carbonos más corta en su grupo R?

A: Glicina. No tiene carbonos en su grupo R.
Q: ¿Que característica estructural es común a la alanina, serina y cisteína?

A: Todos ellos tienen un sol átomo de carbono e su grupo R.
Q: ¿Cuál AA tiene la cadena de carbonos más larga en su grupo R?

A: Lisina. Tiene 4. La Leucina e Isoleucina tienen 4 pero sus cadenas son
ramificadas.
Q: ¿Qué característica estructural del grupo R es común a la fenilalanina, tirosina,
triptofano e histidina?
A: Todos ellos tienen anillos unidos al grupo común vía grupos =CH2
Q: ¿Qué característica estructural es común en la isoleucina y treonina?
A: Ambos tienen un carbono asimétrico en su grupo R.

Abreviaciones y Códigos
Alanina A, Ala Leucina L, Leu
Arginina R, Arg Lisina K, Lys
Asparagina N, Asn Metionina M, Met
Acido Aspártico D, Asp Fenilalanina F, Phe
Cisteína C, Cys Prolina P, Pro
Glutamina Q, Gln Serina S, Ser
Ácido Glutámico E, Glu Treonina T, Thr
Glicina G, Gly Triptofano W, Trp
Histidina H, His Tirosina Y, Tyr
Isoleucina I, Ile Valina V, Val
13
Tipos de Amino Acidos
Los Amino ácido son clasificados Nonpolar Polar

como
● No polares (hidrofóbicos) con
cadenas laterales de
hidrocarburo.
● Polares (hidrofílicos) con
cadenas laterales polares o Acidic
iónicas Basic
● Acidos (hidrofílicos) con

cadenas laterales ácidas.
● Básicos (hidrofílicos) con
grupos –NH2 en la cadena
lateral.
14
Amino Acidos No Polares
Un amino ácido es no polar cuando el grupo R es H,

alquilo, o aromático.
15
Amino Acidos Polares
Un amino ácido es polar cuando el grupo R es un alcohol,

tiol, o amida.
16
Amino Acidos Acídicos y Básicos
Un amino ácido es
● Acídico cuano el grupo R un ácido carboxílico.
● Básico cuando el grupo R es una amina.
17
Amino ácidos esenciales
Amino ácidos esenciales
● Deben ser obtenidos de
la dieta.
● Son diez amino ácidos
no sintetizados en el
cuerpo.
● Están en la carne y
productos lácteos.
● Hay deficiencia (uno o
más) en granos y
vegetales.
Niño que padece Kwashiorkor
18
Proyecciones de Fischer de Amino ácidos
Amino ácidos
● Son quirales excepto la glicina.
● Tienen proyecciones de Fischer que son
estereoisómeros.
● Los que son L son los únicos usados en proteínas.
COOH COOH COOH COOH

H2N H H NH2 H2N H H NH2
CH3 CH3 CH2SH CH2SH
L-Alanina D-Alanina L-Cisteína D-Cisteína
19
Estereoquímica de Amino Acidos
● Todos excepto la glicina son quirales.

● Los L-amino ácidos predominan en la naturaleza.
● La nomenclatura D,L-nomenclature se basa en D- y L-
gliceraldehído
● El sistema R,S es superior, dado que los amino ácidos
como isoleucina y treonina (con dos centros quirales)
pueden ser nombrados inequivocamente.
Valores de pKa de los Amino ácidos
Debe saber estos números y lo que significan!

● Grupo carboxilo alfa: pKa = 5-6
● Grupo amino alfa: pKa = 9-10
● Estos números son aproximados, pero muy
adecuados para propósitos generales.
Valores de pKa de Amino ácidos
Debe saber estos números y su significado!

● Arginina, Arg, R: pKa(grupo guanidinio) =
12.5
● Acido Aspartico, Asp, D: pKa = 3.9
● Cisteina, Cys, C: pKa = 8.3
● Acido Glutámico, Glu, E: pKa = 4.3
● Histidina, His, H: pKa = 6.0
Valores de pKa de Amino Acidos
● Lisina, Lys, K: pKa = 10.5

● Serina, Ser, S: pKa = 13
● Treonina, Thr, T: pKa = 13
● Tirosina, Tyr, Y: pKa = 10.1
Amino Acidos, la ecuación de Henderson
Hasselbalch, y los Puntos Isoeléctricos
● En solución ácida, el carboxilato y la amina están es
su forma de ácidos conjugados, un catión global
● En solución básica, los grupos están en su forma de
base, un anión global
● En solución neutra las formas catiónica y aniónica
están presentes
● Este pH donde la carga neta es is 0 el Punto
Isoeléctrico, pI
26
Proporción relativa de especies vs. pH
27
Curvas de Titulación de Amino Acidos
● Si los valores de pKa de un amino ácido son conocidos, las
fracciones de cada estado de protonación pueden ser
calculados (Ecuación de Henderson-Hasselbach)
● pH = pKa – log [A-]/[HA]
● Esto permite culcular la curva de titulación o que él pKa sea
determinado a partir de la curva.
28
Titulación de Glicina
Titulación de Ácido Glutámico
Titulación de Lisina
El pI depende de la cadena lateral
● Los 15 amino ácidos con grupos tiol, hidroxilo o

cadenas de hidrocarburo puras tienen pI = 5.0 to 6.5
(promedio de sus pKa’s)
● D and E tienen grupos ácidos que bajan el pI.
● H, R, K tienen grupos básicos y pI más altos.
32
Revisión
CH3 CH3
+ | |
H3N—CH—COOH H2N—CH—COO–
(1) (2)
¿Cuál estructura representa:
A. Alanina a pH arriba de su pI?
B. Alanina a pH debajo de su pI?
33
Solución
CH3 CH3
+ | |
H3N—CH—COOH H2N—CH—COO–
(1) (2)
¿Cuál estructura representa:
A. Alanina a pH arriba de su pI? (2)
B. Alanina a pH debajo de su pI? (1)
34
Amino Ácidos, Proteínas, y Enzimas
Formación de Péptidos
Copyright © 2005 by Pearson Education, Inc.

Publishing as Benjamin Cummings
35
El Enlace Peptídico
El enlace peptídico
● Es un enlace amida.
● Se forma entre un grupo carboxilo de un amino ácido y
el grupo amino del siguiente amino ácido.
O CH3 O
+ || + | ||
H3N—CH2—C—O– + H3N—CH—C—O–
O H CH3 O
+ || | | ||
H3N—CH2—C—N—CH—C—O–
peptide bond
36
Formación de un Dipéptido
37
Revisión
Escriba el dipéptido Ser-Thr.

OH CH3
| |
CH2 O HCOH O
+ | ║ + | ║
H3N─CH─C─O– + H3N─CH─C─O–
Ser Thr
38
Solución
Escriba el dipéptido Ser-Thr.

OH CH3
| |
CH2 O HCOH O
+ | ║ + | ║
H3N─CH─C─O– + H3N─CH─C─O–
Ser Thr
OH CH3
| |
CH2 O H HCOH O
+ | ║ | | ║
NH3─CH─C─N ─CH─C─O– + H2O
Ser-Thr
39
Nombrando Dipéptidos
Un dipétido
● es nombrado desde la amina libre (NH3+) usando la
terminación –il para el nombre.
● Se nombra el último amino ácido con el grupo
carboxilo libre (COO-) por el nombre del amino ácido.
40
Revisión de aprendizaje
Escriba las abreviaciones de tres letras y los nombres

de los tripéptidos que pueden ser formados a partir
de dos glicinas y una alanina.
41
Solución
Escriba las abreviaciones de tres letras y los nombres

de los tripéptidos que pueden ser formados a partir de
dos glicinas y una alanina.
Glicilglicilalanina Gly-Gly-Ala
Glicilalanilglicina Gly-Ala-Gly
Alanilglicilglicina Ala-Gly-Gly
42
¿Cuáles son los tripétpidos posibles formados con

leucina, glicina y alanina?
43
Solución
¿Cuáles son los tripétpidos posibles formados con

leucina, glicina y alanina?
Leu-Gly-Ala
Leu-Ala-Gly
Ala-Leu-Gly
Ala-Gly-Leu
Gly-Ala-Leu
Gly-Leu-Ala
44
Variedad de péptidos y proteínas
● El número de arreglos lineales de n objetos tomados

en grupos de r a la vez, donde cualquiera de los n
objetos puede ser usado tantas como r veces, esta
dado por:
● Si cada amino ácidos es usado solo una vez en la

secuencia, el número de permutaciones de un
conjunto de n objetos, tomados en grupos de r a la
vez, esta dado por:
45
Variedad de péptidos y proteínas
● El número de combinaciones de n objetos tomados en

grupos de r a la vez (cada uno de los r objetos en una
combinación es diferente), está dado por:
46
Escriba la abreviación de tres letras y el nombre

del siguiente tetrapéptido.
CH3
│
CH3 S
│ │
CH–CH3 SH CH2
│ │ │
CH3 O H CH O H CH2O H CH2 O
+│ ║ │ │ ║ │ │ ║ │ │ ║
H3N–CH–C–N–CH–C–N–CH–C–N–CH–CO–
47
Solución
Ala-Leu-Cys-Met Alanilleucilcisteinilmetionina
CH3
│
CH3 S
│ │
CH–CH3 SH CH2
│ │ │
CH3 O H CH O H CH2O H CH2 O
+│ ║ │ │ ║ │ │ ║ │ │ ║
H3N–CH–C–N–CH–C–N–CH–C–N–CH–CO–
Ala Leu Cys Met
48
Amino Acidos, Proteínas y Enzimas
Niveles de Organización Estructural en

Proteínas

49
Amino Acidos, Proteínas y Enzimas
Niveles de Organización Estructural en Proteínas
50
Estructura Primaria de Proteínas
La estructura primaria de una proteína es

● La secuencia particular de amino ácidos.
● El esqueleto de una cadena peptídica o
proteína.
Ala─Leu─Cys─Met
51
Enlace peptídico
Favorecida
Enlace peptídico trans más común: X-Pro

52
Estructuras Primarias
● Los nonapéptidos Oxitocina y Vasopresina tienen

estructuras primarias similares.
● Solo los aminoácidos en las posiciones 3 y 8 difieren.
53
Estructura Primiaria de la Insulina
Insulina
● Fue la primera proteína a la que se
determino su estructura primaria.
● Tiene dos cadenas de polipéptidos
unidas por enlaces disufuro.
● La cadena A con 21 amino ácidos y
la cadena B con 30 amino ácidos.
54
Estructura Secundaria – Hélice Alfa
La estructura secundaria de
hélice alfa es
● Un arreglo tridimensional de
amino ácidos en una cadena
polipeptídica.
● Una hélice derecha
● Mantenida por puentes de H
entre el H de un grupo –N-H y el
O de un C=O del cuarto amino
ácido siguiente en la cadena.
● Tiene forma de “saca corchos”
que semeja un cordón telefónico.
55
Hélice Alfa
● Hay 3.6 residuos por cada vuelta de hélice.
● El paso de la hélice es de 540 nm.
● La Prolina crea un doblez en la cadena debido a su estructura
cíclica:
● Restringe la rotación entre el N y el C-alfa.
● El grupo alfa-amino no forma puentes de H intra cadena.
56
Hélice Alfa
● Cadenas laterales cargadas y contiguas (dos o más)

desestabilizan la estructura (repulsión electrostática).
Por ejemplo: lisina, glutamato.
● Cadenas laterales voluminosas también
desestabilizan la estructura (repulsión estérica). Por
ejemplo: isoleucina, treonina, valina.
● En estos casos, la cadena asume una estructura
aleatoria.
● Residuos de serina sucesivos rompen la hélice alfa
debido a la tendencia de los OH’s a formar puentes de
hidrógeno con el agua.
57
Estructura Secundaria – Hoja Beta-plegada
La estructura secundaria de Hoja Beta-Plegada

● Consiste de cadenas de polipéptido acomodadas una
al lado de otra.
● Tiene puentes de hidrógeno entre las cadenas.
● Tiene los grupos R arriba y abajo de la lámina.
● Es típica en proteínas fibrosas como la seda.
58
Lámina beta-plegada
59
Lámina beta-plegada
● Sí las cadenas peptídicas corren en la misma dirección (si
están alineadas de acuerdo a sus extremos N y C
terminales) se denomina hoja plegada paralela.
● Si es al contrario, se tiene una hoja plegada antiparalela.
● Una protuberancia-β es una irregularidad repetitiva común
en las hojas antiparalelas. (revisar).
● Giro o vuelta: marca cambios de dirección.
● Por razones estéricas, la se encuentra en giros inversos
en los que la cadena cambia de dirección.
● La prolina posee la geometría correcta para un giro
inverso y también se encuentra en tales giros.
60
Giros inversos
En los giros tipo I la posición 3 puede ser

cualquier AA, mientras que en los del tipo
II solo puede ser Gly. La prolina aparece
normalmente en la posición 2.
Estructuras Secundarias
62
Proteínas Fibrosas
Proteínas fibrosas
● Consisten de formas largas, tipo fibras.
● Tales como las alfa-queratinas que constituyen el
cabello, lana, piel y uñas.
● Como en las plumas que contienen de beta-queratinas
con grandes cantidades de hojas beta plegadas.
63
Estructura Secundaria – Triple Hélice
La estructura secundaria de hélice

triple es
● Tres cadenas de polipéptidos
entrelazadas entre sí.
● Típica en colágeno (proteína más
abundante en los vertebrados), tejido
conectivo, piel, tendones y cartílagos.
64
Colágeno
● Cuenta con una secuencia repetitiva de los tres residuos

aminoácidos X-Pro-Gly o X—Hyp-Gly, donde Hyp es
hidroxiprolina y X pude correspondetr a muchos aminoácidos.
● Pro e Hyp pueden constituir 30% de los residuos en el
colágeno.
● Gly ocupa cada tercer posición porque esta posición debe
estar dentro de la hélice y solo Gly es lo suficientemente
pequeño.
● Las 3 cadenas permanecen juntas por puentes de hidrógeno y
por uniones covalentes entre residuos de lisina e histidina.
● Relación entre escorbuto (deficiencia de vitamina C) y el
colágeno.
65
Revisión
Indiqaue el tipo de estructura protéica.

1) primaria 2) hélice alfa
3) Hoja beta-plegada 4) triple hélice
A. Cadeas de polipéptidos mantenidas juntas por puentes

de hidrógeno.
B. Secuencia de amino ácidos en una cadena de
polipétpido.
C. Forma de “saca corchos” con puentes de H entre amino
ácidos
D. Tres polipéptidos enlazados como en una cuerda.
66
Estructuras supersecundarias (motivos)
67
Estructura Terciaria
La estructura terciaria
De una proteína
● Es la forma
tridimensional global.
● Es determinada por
atracciones y
repulsiones entre las
los amino ácidos en
la cadena peptídica.
68
Entrecruzamiento en estructuras
terciarias
Entrecruzamiento en
estructuras terciarias
involucra atracciones y
repulsiones entre las
los aminoácidos en la
cadena polipeptídica.

69
Seleccione el tipo de interacción terciaria.

1) disulfuro 2) iónica
3) Puente de H 4) hidrofóbica
A. leucina y valina
B. Dos cisteínas
C. Acido aspártico y lisina
D. Serina y treonina
70
Solución
Selecciones el tipo de interacción terciaria.

1) Disulfuro 2) iónico
3) Puente de H 4) hidrofóbico
A. 4 leucina y valina
B. 1 dos cisteínas
C. 2 Acido aspártico y lisina
D. 3 serina y treonina
71
Proteínas Globulares
Proteínas Globulares
● Tienen formas compactas
y esféricas.
● Llevan a cabo síntesis,
transporte y metabolismo
en las células.
● Tales como la
mioglobina, que
almacena y transporta
oxígeno en los músculos.
Mioglobina
72
Estructura Cuaternaria
La estructura cuaternaria
● Es la combinación de
dos o más unidades
protéicas.
● La hemoglobina consiste
de cuatro cadenas de
polipéptidos como
subunidades.
● Esta estabilizada por las
mismas interacciones
encontradas en las
estructuras terciarias.
73
Resumen de estructuras protéicas
74
Resumen de estructuras protéicas
75
Resumen de estructuras protéicas: Dominios
Las vueltas solo ocurren en la superficie de la
proteína. Frecuentemente ofrecen sitios de
unión para otras moléculas.
El dominio de unión de NAD El dominio variable de la cadena

de la deshidrogenasa ligera de la inmunoglobulina,
Citocromo b 562, una compuesta por un sandwich de dos
láctica, compuesto de una
proteína con un solo dominio láminas beta.
mezcla de hélices y láminas
compuesto casi de hélices.
beta.
76
Resumen de Estructuras Protéicas
77
Learning Check
Identify the level of protein structure.

1) Primary 2) Secondary
3) Tertiary 4) Quaternary
A. beta pleated sheet

B. order of amino acids in a protein
C. a protein with two or more peptide chains
D. the shape of a globular protein
E. disulfide bonds between R groups
78
Solution
Identify the level of protein structure.

1) Primary 2) Secondary
3) Tertiary 4) Quaternary
A. 2 beta pleated sheet

B. 1 order of amino acids in a protein
C. 4 a protein with two or more peptide chains
D. 3 the shape of a globular protein
E. 3 disulfide bonds between R groups
79
Desnaturalización
Denaturalización involucra
● El rompimiento de los enlaces en las estructuras
secundaria, terciaria y cuaternarias de las proteínas.
● El calor y compuestos orgánicos que rompen
puentes de H y rompen las interacciones hidrofóbicas.
● Ácidos y bases que rompen puentes de H entre
grupos polares R y rompen interacciones iónicas.
● Iones de metales pesados que reaccionan con
enlaces S-S para formar sólidos.
● Agitación como en el batido que deforma las cadenas
peptídicas hasta el rompimiento de las interacciones.
80
Aplicaciones de la desnaturalización
Dennaturalización de
proteínas ocurre cuando
● Un huevo es cocinado.
● La piel es frotada con
alcohol.
● El calor es usado para
cauterizar vasos
sanguíneos.
● Instrumentos son
esterilizados en
autoclaves.
81
Amino Ácidos, Proteínas, y Enzimas
Enzimas y Acción Enzimática
82
Enzimas
● Tienen propiedades de catalizadores
● Aumentan la velocidad de la reacción directa y reversa de tal
manera que el equilibrio es alcanzado más rápido
● La posición del equilibrio no cambia
● Reducen la energía de activación formando un estado de
transición más estable que el de la reacción no catalizada.
● No se alteran permamentemente durante la reacción reaction
● Pueden actuar una y otra vez = catalíticamente
● Tienen propiedades únicas
● Exhíben especificidad extrema por el sustrato
● Exhíben especificidad de reacción, no hay reacciones laterales
● Pueden acoplar reacciones
● Pueden ser reguladas
Cinética Enzimática
Las enzimas NO cambian el equilibrio, pero

aumentan la velocidad de las reacciones
(bajan la energía de activación)
84
Sitio Activo de Enzimas
85
Sitio Activo de Enzimas
1. El sitio activo es una hendidura tridimensional formada por grupos que

provienen de diferentes partes de la secuencia de aminoácidos.
2. El centro activo supone una porción relativamente pequeña del volumen
total de la enzima.
3. Los centros activos son microentornos únicos.
4. Los sustratos se unen a las enzimas por numerosas fuerzas débiles.
5. La especificidad del enlace depende de la disposició exactamente
definida de los átomos en el centro activo.
86
Estado de Transición
X‡
➢ Estado inestable de
máxima energía. H ΔH‡
➢ No es un intermediario ΔH0
● Estado Metaestable
➢ Los intermediarios son
Reaction coordinate
especies que aparecen intermediate

en el mecanismo de
reacción PERO NO en la
ecuación global H
balanceada.
Reaction coordinate
87
Aumento de velocidad con enzimas
88
Modelo Llave-cerradura
En el modelo de llave y cerradura

● El sitio activo tiene una forma rígida.
● Una enzima solamente une sustratos que ajustan
exactamente en el sitio activo.
● La enzima es análoga a una cerradura.
● El sustrato es la llave que ajusta esa cerradura.
89
90
Modelo de Ajuste Inducido
En el modelo de ajuste inducido

● La estructura de la enzima es flexible, no rígida.
● La enzima y el sustrato se ajustan a la forma del sitio
activo para unir al sustrato.
● El rango de especificidad al sustrato se incrementa.
● Los cambios de forma mejoran la reacción de catálisis.
91
Glucosa-hexocinasa
La hexocinasa, al igual que las
demás cinasas, requiere Mg+2 para
su actividad (u otro ión metálico
divalente, como puede ser Mn+2). El
ión metálico divalente forma un
complejo con el ATP.
En azul, las dos mitades de la

hexoquinasa libre, en rojo, cuando
se unen con la glucosa. Hay un
cambio conformacional
importante: el sitio activo de la
enzima se ajusta al sustrato.
Ejemplo notable del AJUSTE
INDUCIDO.
Temperatura y Acción Enzimática
Enzimas
● Son más activas en
una temperatura
óptima (usualmente
37°C en humanos).
● Muestran poca
actividad a bajas
temperaturas.
● Pierden actividad a
altas temperaturas
por
desnaturalización.
93
pH y acción enzimática
Enzimas
● Son más activas a un
pH óptimo.
● Conitenen grupos R
de amino ácidos con
cargas apropiadas al
pH óptimo.
● Pierden actividad a
bajo o alto pH
conforme se pierde la
estructura terciaria.
94
Valores óptimos de pH
Enzimas in
● El cuerpo tienen un pH óptimo cercano a 7.4.
● En ciertos órganos, las enzimas operan a más bajo o
más alto pH óptimos.
95
ORGANISMOS TERMÓFILOS
● Son organismos que viven a altas tº y realizan

sus reacciones enzimáticas a estas altas tº
● Ejemplos son los que viven en las aguas
termales
● Es tema de investigación el aislamiento de las
enzimas de estos organismos para desarrollar
procesos industriales en condiciones más
extremas
Clasificación y nomenclatura
Nombre sistemático:
Grupo transferido
ATP: hexosa fosfotransferasa

Donador Aceptor Tipo de reacción catalizada
Grupos químicos
Número Enzyme Commission:
Enzyme
Comission
EC 2.7.1.1 Enzimas
Grupo Subgrupo
Nombre común (sustrato+”asa”): Hexokinasa

Clasificación de enzimas por Grupos
EC 1.x ⇒ Oxidorreductasas
EC 2.x ⇒ Transferasas
EC 3.x ⇒ Hidrolasas
EC 4.x ⇒ Liasas
EC 5.x ⇒ Isomerasas
EC 6.x ⇒ Ligasas
Grupo 1: Oxidorreductasas
Catalizan reacciones de oxidorreducción, en que átomos de oxigeno ó hidrogeno son
trasladados entre moléculas:
Ared + Box Aox + Bred
AH2 + B A + BH2
En las reacciones redox, siempre tienen que estar presentes a la vez el aceptor y
el dador electrónico.
Nombre: Dador:Aceptor oxidorreductasa
β-D-Glucosa : O2 1- EC 1.1.3.4
oxidorreductasa
Dador Aceptor
Nombre común:
Glucosa oxidasa
Nomenclatura del subgrupo en oxidorreductasas:
EC 1.1.x - Deshidrogenasas
EC 1.2.x - Oxidasas
EC 1.3.x - Peroxidasas
EC 1.4.x - Oxigenasas
EC 1.5.x - Hidroxilasas
EC 1.6.x - Reductasas
etc.
Aplicaciones: Ensayos de diagnostico clínico (glucosa oxidasa y colesterol oxidasa

Deslignificación ó Bioblanqueamiento
Grupo 2: Transferasas
Catalizan reacciones de transferencia de átomos ó grupo de átomos
entre moléculas:
A-X + B A + B-X
Dador: Aceptor Grupo transferido - transferasa
ATP: D-Hexosa Fosfotransferasa EC 2.7.1.1

Nombre común: hexokinasa
Grupo 2: Transferasas
Clasificación de subgrupo de las transferasas:
EC 2.1.x - Grupos monocarbonados
EC 2.2.x - Grupos aldehido o ceto
EC 2.3.x - Aciltransferasas
EC 2.4.x - Glicosiltransferasas
EC 2.5.x - Alquil- o Ariltransferasas
EC 2.6.x - Grupos nitrogenados
EC 2.7.x - Grupos fosfato
EC 2.8.x - Grupos sulfato
EC 2.9.x - Grupos selenio
Aplicaciones: Síntesis de oligosacáridos

Grupo 3: Hidrolasas
Catalizan reacciones de hidrólisis y también su reverso. Son las más comunes en
el dominio de la tecnología enzimática:
A-B + H2O A-OH + H-B

No se suelen utilizar nombres sistemáticos en las
hidrolasas. Muchas de ellas conservan el nombre
Primitivo. Ejemplo: Quimosina EC 3.4.23.4.
Grupo 3: Hidrolasas
Clasificación de las hidrolasas:
3.1.-.- Esterasas (carboxilesterasas, fosfoesterasas, sulfoesterasas)
3.2.-.- Glicosidasas
3.3.-.- Éter hidrolasas
3.4.-.- Péptido hidrolasas
3.5.-.- Acil anhídrido hidrolasas
etc.
Aplicaciones: Lipasas → Síntesis de tensioactivos

Proteasas → Fabrico de quesos
Glicosidasas → Clarificación de jugos; liberación de aromas en los
vinos; aplicaciones textiles
Grupo 3: Hidrolasas
Caso particular ⇒ Péptido hidrolasas: clasificación común (no
sistemática)
I. Según la situación del enlace atacado:

- Exopeptidasas (extremos de la cadena) (Peptidasas)
- Endopeptidasas (interior de la cadena) (Proteinasas)
II. Según el mecanismo catalítico:
- Serin proteinasas
- Tiol proteinasas
- Aspartil proteinasas
- Metaloproteinasas
Grupo 4: Liasas
Catalizan reacciones reversibles de remoción de grupo de átomos del sustrato
(este grupo no incluye las hidrolasas):
A-B A+B
Ejemplo
Nombre sistemático:
Histidina amonio-liasa (EC 4.3.1.3)
Nombre común:
Histidasa
Grupo 4: Liasas
Clasificación de las liasas:
4.1.x - Actúan sobre enlaces C-C
4.2.x - Actúan sobre enlaces C-O
4.3.x - Actúan sobre enlaces C-N
4.4.x - Actúan sobre enlaces C-S
4.5.x - Actúan sobre enlaces C-Haluro (S-, Cl-, Br-, I- At-)
4.6.x - Actúan sobre enlaces P-O
4.99.x - Otras liases
Aplicaciones: Pectato liasa – Remueve los compuestos indeseables (ceras,

pectinas, proteínas) en fibras en la industria textil – “bioscouring”
Grupo 5: Isomerasas
Catalizan reacciones de isomerización moleculares
A B
Ejemplo:
Glucosa isomerasa (EC 5.3.1.5)
Grupo 5: Isomerasas
Clasificación de las isomerasas:
5.1.x - Rasemasas y Epimerasas

5.2.x - cis-Trans-Isomerasas
5.3.x - Oxidoreductasas Intramolecular
5.4.x - Transferasas Intramoleculares (mutases)
5.5.x - Liasas Intramoleculares
5.99.x - Otras Isomerasas
Grupo 6: Ligasas
Catalizan la unión de dos grupos químicos a expensas
de la hidrólisis de un nucleótido trifosfato (ATP, GTP, etc.).
A + B + ATP A-B + ADP + Pi

Ejemplo: Glutationa sintasa (EC 6.2.2.3)
Nombre sistémico:
G-L-glutamilo-L-cisteina:glicina ligase
Grupo 6: Ligasas
Clasificación de las ligasas:
6.1.x - Forman enlaces C-O

6.2.x - Forman enlaces C-S
6.3.x - Forman enlaces C-N
6.4.x - Forman enlaces C-C
6.5.x - Forman enlaces ésteres fosfóricos
6.6.x - Actúan sobre enlaces N-metal
Cinética de Reacción
Termodinámica – ¿La reacción ocurre?
Cinética – ¿Qué tan rápido procede la reacción?
Velocidad de reacción es el cambio en la concentración de un reactivo o de
un producto con el tiempo (M/s).
A B
Δ[A] Δ[A] = cambio en la concentración de A en

vel = -
Δt el lapso de tiempo Δt
Δ[B] Δ[B] = cambio en la concentración de B en

vel = el lapso de tiempo Δt
Δt
Debido a que [A] disminuye con el tiempo, Δ[A] es negativo.
113
A B
tiempo
Δ[A]
vel = -
Δt
Δ[B]
vel =
Δt
114
Problemas básicos en la cinética enzimática
Suponga una enzima donde reacciona con el sustrato para dar el
producto.
S+E P+E
Si aplicamos la ley de acción de masas a esta

reacción, la velocidad de la reacción se
incrementaría linealmente en función de [S]. Esto no pasa. En realidad, la
Conforme [S] aumenta, así lo haría la velocidad de reacción se
velocidad de reacción. satura.
115
Michaelis y Menten
En 1913, Michaelis y Menten propusieron el mecanismo siguiente

para una velocidad de reacción que se satura
k k
S+E 1
ES P+E
2
k-
1
Complejo.
Producto
117
Cinética de Michaelis-Menten
Cuando la enzima se satura con sustrato, la reacción está

progresando a su Velocidad Máxima, Vmax.
Combinando la suposición de estado estable (d[ES]/dt=0) con la

condición de conservación de enzima ([E]T=[E] + [ES]) se llega a
la Ecuación de Michaelis-Menten de la ciética enzimática:
donde Km es
KM= (k-1 + k2)/k1
118
Michaelis-Menten Kinetics
➢ Cuando [S] << KM, la

reacción se incrementa
linealmente con [S]; I.e. vo =
(Vmax / KM ) [S]
Muy poco [ES] es formado
➢ Cuando [S] = KM, vo = Vmax

/2 (la mitad de la velocidad
máxima); esto es la definición de
KM: la concentración a la cual se
tiene ½ de Vmax. Esto significa
que bajos valores de KM implican
que la enzima alcanza su
eficiencia máxima a bajas [S].
➢ Cuando [S] >> Km, vo = Vmax
Donde la actividad debe ser medida; 1. [S] muy alta

2. Toda la enzima está como el complejo [ES] 119
¿Qué es Vmax y KM ?
➢ KM da una idea del rango de [S] a la cual la reacción ocurrirá.

A mayor valor de KM, más DEBIL la afinidad de enlace de la
enzima por el sustrato.
➢ Vmax da una idea de que tan rápido puede ocurrir bajo

circunstancias ideales.
120
KM
● Unica para cada par E-S

● Su magnitud varia
● Depende de E y S
● Es Función de la Temperatura
● La velocidad se aumenta con T
● T ~ 37°C es óptima para la
mayoría de las enzimas
● Es Función del pH
● Cambia la actividad catalítica
● La mayoría de las enzimas son
activas en un rango de pH muy
estrecho.
KM
● Ejemplo: Algunas personas son sensibles al etanol. Luego de ingerir
incluso pequeñas cantidades de alcohol, muestran rubor facila y
aceleración rápida del corazón (taquicardia). En el hígado, la alcohol
deshidrogenasa convierte al etanol en acetaldehído. Normalmente, el
acetaldehído, que a altas concentraciones es la causa de los síntomas
descritos, se transforma en acetate mediante la acetaldehído
deshidrogenasa.
● Casi todos tenemos dos formas de acetaldehído deshidrogenasas: una
forma mitochondrial de baja KM y otra forma citosólica de alta KM.
● En las personas sensibles al alcohol la enzima mitochondrial es menos
active debido a la sustitución de un solo aminoácido y por lo tanto el
acetaldehído se transforma solo por la enzima citosólica. Como esta tiene
una alta KM, alcanza una veocidad de catálisis alta solo a concentraciones
altas de acetaldehído. Este exceso acumulado explica los efectos
observados.
Determinación de la
cinética enzimática->
Medición de la actividad
(velocidad) a diferentes
concentraciones de
sustrato
Determinación de la
actividad de la Enzima
->
Medida a
concentraciones de
sustrato por arriba de
10KM -> no hay
limitación por sustrato
[E]T=[ES]
123
¿Cómo se determina experimentalmente KM y Vmax ?
(y= d + k x)
Lineweaver-Burk plot
Eadie-Hofstee plot
124
Vmax
Km
Representación Lineweaver-Burke
1/Vmax
-1/Km
Representación Hanes
-Km
Representación de Eadie-Hofstee
Vmax
Deducción de la Ecuación
● Asumir una reacción de la forma:
k1 k2
E+S k-1
ES E+P
● k1 es la velocidad de formación del complejo
ES, y k-1 es la velocidad contraria.
● Deseamos una expresión para la velocidad de
conversión a producto, i.e. k2[ES], pero no
puedes ser resuelta analíticamente.
Simplificando suposiciones
● Asuma que k2 << k1 and k-1, i.e. que hay un quasi-

equilibrio del estado de ES, I.e. asuma que hay un estado
quasi-estable del complejo ES, i.e. d[ES]/dt = 0
● Si, inicialmente [E] << [S], entonces esto significa que
[E]total = [E] + [ES].
● Tenemos la ecuación…
● Sustituyendo la suposición 2 ([E]t = [E] + [ES]), y

Reacomodando..
Dado que vel = k2[ES]

Y dividiendo por k1
Constante Catalítica kcat
kcat = Vmax / [E]T
● Numero (o velocidad) de recambio y se da a concetraciones de

sustrato mucho mayores a KM.
● Cantidad de procesos de reacción que cada sitio activo de la
enzima cataliza por unidad de tiempo
● Mide que tan rápidamente una enzima puede catalizar una reacción
específica
● Para sistemas M-M systems kcat = k2
● El inverso de kcat indica cuanto tiempo es requerido para convertir
un mol de S a P.
kcat / KM
● La mayoría de las enzimas no están
habitualmente saturadas de sustrato.
● La relación [S]/KM suele estar comprendida
entre 0.01 y 1.0.
● Cuando [S]<<KM, la velocidad enzimática es
mucho menor que kcat porque la mayor parte de
los centros activos no están ocupados.
● Bajo estas condiciones, la relación de kcat/KM
mide la eficiencia de catálisis.
kcat / KM
kcat / KM
● Así, kcat/KM es la constante de velocidad para la interacción de S y

E, y se puede usar como una medidade la eficiencia catalítica
porque considera tanto la velocidad de catálisis como la fuerza de
interacción sustrato-enzima.
Eficacia máxima de una enzima
● Si suponemos que la velocidad de formación de producto (kcat) es

mucho mayor que la velocidad de disociación del complejo ES (k-
1), el valor de kcat/KM se aproxima a k1.
● Entonces, el limite alto de esta relación lo establece k1, la velocidad
de formación del complejo ES y ésta velocidad no puede supercar
la velocidad de encuentro de la enzima y el sustrato, controlada por
diffusion.
Eficacia máxima de una enzima
● La velocidad de diffusion está en el orden de 108 y 109 s-1M-1.

● Enzimas con estos valores se dice que han alcanzado perfección
cinética. Su velocidad catalítica está limitada por la velocidad a la
que se encuentran sus sustratos en la disolución.
II. Inhibición enzimática
S P
S P
EE E E E
E+S ES EP E+P
● ¿Qué pasa su el sustrato no deja el sitio activo?
● La enzima se bloquea (inhibida) para interacciones posteriores con el
sustrato.
● ¿Por qué inhibir?

● Para controlar [S] o [P]
● Incrementar [S] no reaccionado
● Disminuir [P] formado
Ejemplos
● Incrementar [S]
● Niveles bajos de GABA causan ataques
● GABA aminotransferasa degrada GABA
● Inhibición de la enzima eleva los niveles de GABA
● Disminución de [P]
● Xanthine se convierte a ácido úrico con la xantina oxidasa
● Exceso de ácido úrico ocasiona gota
● La Inhibición de la enzima baja la producción de ácido úrico.
Regulación Enzimática
● Se tiene regulación positiva y negativa

● Pequeñas moléculas interactúan con la enzima
● Pueden unirse a E para afectar la unión de S para formar ES
● Pueden unirse a ES para afectar la conversión de S a P
● Inhibidores e inhibición
● Inhibición reversible o irreversible inhibition
▪ Interacciones covalentes vs. no covalentes entre E e I
Tipos de Inhibición
● Inhibición Competititva
● Inhibición No competitiva
● Inhibición Acompetititva
● Inhibición Irreversible
Inhibición Competitiva
En la inhibición competitiva, el
inhibidor compite con el
sustrato por el mismo sitio de
unión.
● Es la más común.
● El inhibidor compite con el sustrato natural por le sitio
activo
● El inhibidor es similar en estructura que el sustrato
natural
● Se une más fuertemente
● Puede o no reaccionar
● Si reacciona, lo hace muy lentamente
● Da información acerca del sitio activo a través de la
comparación de estructuras.
● Example: antifreeze poisoning
● I y S compiten por E
● Incrementando [I]
● Aumenta [EI]
● Se reduce [E] disponible para unirse al sustrato
● Es necesario mantener [I] alta para asegurar la
inhibición
Inhibición Competitiva: Mecanismo de
reacción
En la inhibición competitiva, el
inhibidor se une solamente a la
enzima libre, no al complejo ES
Ecuación General Michaelis-Menten
Esta forma de la ecuación de Michaelis-

Menten puede ser empleada para entender
como cada tipo de inhibición afecta la
curva de velocidad de reacción.
En la inhibición competitiva, solamente la Km aparente
es afectada (Km,app> Km).
La Vmax permanece inalterada por la presencia del

inhibidor.
Ecuación de Michealis-Menten para la
inhibición competitiva
● Donde α = 1 + [I]/KI
● Es función de la concentración de inhibidor y su afinidad por la enzima.
● α = 1 cuando [I] = 0
● Conforme [S] aumenta, V0 se aproximará a Vmax para cualquier valor
de α
● S supera los efectos del inhibidor; se satura.
● Conforme [I] aumenta, KM aumenta por α

● Más S se requiere para lacanzar ½ Vmax
● La velocidad no aumenta tan rápido con [S] debido a la inhibición.
Los inhibidores competitivos
alteran la Km aparente, no la Vmax
Vmax,app = Vmax
Km,app > Km
La gráfica de Lineweaver-Burk permite
identificar la inhibición competitiva
Relating the Michaelis-Menten equation, the v vs. [S] plot,
and the physical picture of competitive inhibition
Inhibitor competes
with
substrate, decreasing
its apparent affinity:
Km,app > Km
Km,app > Km
Formation
Formation of of EI
EI Vmax,app = Vmax
complex
complex shifts
shifts reaction
reaction
to
to the
the left:
left: K
Km,app > Km
m,app > Km
Example - Competitive Inhibition
Sulfanilamide is a
competitive inhibitor of
p-aminobenzoic acid.
Sulfanilamides (also
known as sulfa drugs,
discovered in the 1930s)
were the first effective
systemic antibacterial
agents.
Because we do not make
folic acid, sulfanilamides
do not affect human
cells.
Statins are competitive inhibitors of cholesterol synthesis
Noncompetitive Inhibition
the inhibitor
does not
interfere with
substrate
binding (and
vice versa)
Noncompetitive Inhibition - Reaction
Mechanism
In noncompetitive
inhibition, the
inhibitor binds
enzyme
irregardless of
whether the
substrate is bound
Noncompetitive inhibitors decrease
the Vmax,app, but don’t affect the Km
Vmax,app < Vmax

Km,app = Km
Why does Km,app = Km for
noncompetitive inhibition?
The inhibitor binds

equally well to free
enzyme and the ES
complex, so it doesn’t
alter apparent affinity
of the enzyme for the
substrate
The Lineweaver-Burk plot is diagnostic
for noncompetitive inhibition
Relating the Michaelis-Menten equation, the v vs. [S] plot, and
the physical picture of noncompetitive inhibition
Inhibitor doesn’t interfere

with substrate binding,
Km,app = Km
Even at high
substrate levels, Km,app > Km<
Vmax,app
Formation of inhibitor
EI still binds, Vmax,app
V = Vmax
max
complex shifts reaction
[E]t < [ES]
to the left: Km,app > Km< V Km,app = Km
Vmax,app max
Example of noncompetitive inhibition: fructose
1,6-bisphosphatase inhibition by AMP
Fructose 1,6-bisphosphatase is a key regulatory
enzyme in the gluconeogenesis pathway.
High amounts of AMP signal that ATP levels
are low and gluconeogenesis should be shut
down while glycolysis is turned on.
High AMP levels inhibit fructose 1,6-
bisphosphatase (shutting down
gluconeogenesis) and activate
phosphofructokinase (turning on glycolysis).
Regulation of fructose 1,6-bisphosphatase
and phosphofructokinase by AMP prevents a
futile cycle in which glucose is simultaneously
synthesized and broken down.
Uncompetitive Inhibition
● Inhibitor binds to enzyme-substrate complex, not

to free enzyme
● Inhibitor does not need to resemble substrate
● Active site = multisubstrate, or I in second site
● Distorts active site; prevents reaction from
occurring
● Increasing [S] does not change binding of
inhibitor to ES (uncompetitive)
● Vmax is affected by [I]
Uncompetitive Inhibition -
Reaction Mechanism
In uncompetitive
inhibition, the inhibitor
binds only to the ES
complex, it does not
bind to the free enzyme
Uncompetitive inhibitors decrease
both the Vmax,app and the Km,app
Vmax,app < Vmax
Km,app < Km
Notice that at low substrate

concentrations,
uncompetitive inhibitors
have little effect on the
reaction rate because the
lower Km,app of the enzyme
offsets the decreased
Vmax,app
Uncompetitive inhibitors decrease both
the Vmax,app and the Km,app of the enzyme
Notice that uncompetitive

inhibitors don’t bind to the free
enzyme, so there is no EI
complex in the reaction
mechanism
M-M and L-B Equations for
Uncompetitive Inhibition
● Increasing [I]
● Lowers Vmax (y-
intercept increases)
● Lowers KM (x-intercept
decreases)
● Ratio of KM/Vmax is the
same (slope)
The Lineweaver-Burk plot is diagnostic
for uncompetitive inhibition
Relating the Michaelis-Menten equation, the v vs. [S] plot,
and the physical picture of uncompetitive inhibition
Inhibitor
Vmax,app < Vmax
increases
the amount of Km,app< Km
enzyme bound
to substrate
Km,app < Km
Even at high
Formation of EI substrate
complex shiftslevels,
reaction
to the left: Km,app > Km binds,
inhibitor
[E]t < [ES]
Vmax,app < Vmax
Example of uncompetitive inhibition: alkaline
phosphatase inhibition by phenylalanine
At alkaline pH, alkaline phosphatase
catalyzes the release of inorganic
phosphate from phosphate esters. It is
found in a number of tissues, including
liver, bile ducts, intestine, bone, kidney,
placenta, and leukocytes. Alkaline
phosphatase plays a role in the deposition
of hydroxyapetite in osteoid cells during
bone formation. The function of alkaline
phosphatase in other tissues is not
known. Serum alkaline phosphatase
levels are important diagnostic markers
for bone and liver disease.
Irreversible Inhibition
● Inhibitor
● Binds covalently, or
● Destroys functional group
necessary for enzymatic
activity, or
● Very stable noncovalent
binding
● Suicide Inactivators
● Starts steps of chemical
reaction
● Does not make product
● Combines irreversibly with
enzyme
Irreversible Inhibition
In irreversible
inhibition, the
inhibitor binds to
the enzyme
irreversibly
through formation
of a covalent bond
with the enzyme ,
permanently
inactivating the
enzyme
Irreversible Inhibition - Reaction
Mechanism
In irreversible
inhibition, the inhibitor
permanently inactivates
the enzyme. The net
effect is to remove
enzyme from the
reaction.
Vmax decreases
No effect on Km
The Michaelis-Menten plot for an
irreversible inhibitor looks like
noncompetitive inhibition
Vmax,app < Vmax

Km,app = Km
Irreversible inhibition is distinguished from
noncompetitive inhibition by plotting Vmax vs [E]t
Enzyme is
inactivated
until all of the
irreversible
inhibitor is
used up
Examples of Irreversible Inhibitors
● diisopropylphosphofluoridate
● prototype for the nerve gas sarin
● permanently inactivates serine proteases by
forming a covalent bond with the active site serine
Penicillin is a suicide inhibitor
Glycopeptide transpeptidase catalyzes the formation of cross-links

between D-amino acids in the cell walls of bacteria. This enzyme also
catalyzes the reverse reaction, the hydrolysis of peptide bonds.
During the course of hydrolyzing the strained peptide bond in
penicillin, the enzyme activates the inhibitor (penicillin), which then
covalently modifies an active site serine in the enzyme. In effect, the
enzyme “commits suicide” by hydrolyzing the strained peptide bond
in penicillin.
Suicide inhibitors work by
“tricking” the enzyme into
activating the inhibitor, which
then forms a covalent bond with
the enzyme, leading to its
permanent inactivation.
Summary-Enzyme Inhibition
● Competitive Inhibitor
● Binds to substrate binding site
● Competes with substrate
● The affinity of the substrate appears to be
decreased when inhibitor is present (Km,app
>Km)
● Noncompetitive inhibitor
● Binds to allosteric site
● Does not compete with the substrate for
binding to the enzyme
● The maximum velocity appears to be
decreased in the presence of the inhibitor
(Vmax,app <Vmax)
● Uncompetitive Inhibitor
● Binds to the enzyme only after the substrate
has bound
● The affinity of the substrate appears to be
increased and the maximum velocity appears
to be decreased when inhibitor is present
(Km,app <Km, Vmax,app <Vmax),
● Irreversible Inhibitor
● Covalently modifies and permanently
inactivates the enzyme
III. Regulatory Enzymes
● Catalytic activity modified in response to a

signal
● Increase or decrease
● Allow cell to meet changing needs
● Energy
● Substrate
● Product
● Usually located early in multi-enzyme reaction
pathway
Regulation Mechanisms
● Three main mechanisms

● Often used in combination
1. Control enzyme synthesis or degradation

2. Noncovalent conformational change
● Allosteric enzymes
3. Covalent modification
Allosteric Enzymes
● Usually large; multiple

subunits
● Compare to Hb
● Site for allosteric
modulator (R = regulatory)
generally different from
active site (C = catalytic)
● Can be positive or
negative
Aspartate Transcarbamoylase
● Synthesis of pyrimidine nucleotides
Regulator
y
subunits
▪ Feedback
inhibition
▪ Noncovalent
▪ reversible
Catalyti
c
subunits
Kinetics of Allosteric Enzymes
● Differ from Michaelis-Menton

● Sigmoidal curve
● K0.5 instead of KM
Homotropic Enzyme
● Substrate is positive modulator

Heterotropic Enzyme
● Modulator is metabolite
● Activator approach hyperbola
● Deactivator more sigmoidal
Covalent Modification
● Reversible
● Phosphorylation
● Most common
● Catalyzed by kinases
● Change conformation
● Introduce bulky, charged group
● Increase polarity and H-bonding
● Repel negative side chains (Asp and Glu)
Learning Check
Match the type of reaction with an enzyme.

1) aminase 2) dehydrogenase
3) isomerase 4) synthetase
A. Converts a cis-fatty acid to a trans-fatty acid.

B. Removes 2 H atoms to form double bond.
C. Combines two molecules to make a new compound.
D. Adds NH3.
192
Solution
A. The active site is

(2) a section of the enzyme
B. In the induced fit model, the shape of the enzyme

when substrate binds
(2) adapts to the shape of the substrate
193
Enzimas de Diagnóstico
● Determiana la
magnitud del daño en
tejidos.
● Aquellas que estánb
elevadas pueden
indicar daño o
enfermedad en un
órgano particular.
194
Niveles de enzimas CK,

LDH y AST
● Están elevadas luego

de un ataque
cardiáco.
● Son usadas para
determinar la
severidad del ataque.
195
Isoenzimas
Isoenzimas
● Catalizan la misma reacción en diferentes tejidos
del cuerpo.
● Pueden ser usadas para identificar el órgano o
tejido involucrado en un daño o enfermedad.
● Tal es el caso de la lactato deshidrogenasa (LDH),
que convierte lactato a piruvato, consiste en cinco
isoenzimas.
196
Isoenzimas
•Isozimas o Isoenzimas, son enzimas que difieren en su

secuencia de aminoácidos y aún catalizan la misma
reacción.
•La existencia de isoenzimas permite un ajuste fino del
metabolismo para satisfacer las necesidades
particulares de un tejido específico o estado de
desarrollo.
197
Isoenzymes
Días después del nacimiento
198
Learning Check
Sucrase has an optimum temperature of 37°C and an

optimum pH of 6.2. Determine the effect of the
following on its rate of reaction.
1) no change 2) increase 3) decrease
A. Increasing the concentration of sucrose

B. Changing the pH to 4
C. Running the reaction at 70°C
199
Solution
Sucrase has an optimum temperature of 37°C and an

optimum pH of 6.2. Determine the effect of the
following on its rate of reaction
1) no change 2) increase 3) decrease
A. 2 Increasing the concentration of sucrase

B. 3 Changing the pH to 4
C. 3 Running the reaction at 70°C
200
Malonate and Succinate
Dehydrogenase
Malonate
● is a competitive
inhibitor of
succinate
dehydrogenase.
● has a structure that
is similar to
succinate.
● inhibition is
reversed by adding
succinate.
201
Learning Check
Identify each description as an inhibitor that is

1) Competitive 2) Noncompetitive.
A. Increasing substrate reverses inhibition.

B. Binds to enzyme surface, but not to the active site.
C. Structure is similar to substrate.
D. Inhibition is not reversed by adding more
substrate.
202
Solution
Identify each description as an inhibitor that is:

1) Competitive 2) Noncompetitive
A. 1 Increasing substrate reverses inhibition.

B. 2 Binds to enzyme surface, but not to the
active site.
C. 1 Structure is similar to substrate.
D. 2 Inhibition is not reversed by adding more
substrate.
203
Amino Acids, Proteins, and
Enzymes
Cofactores Enzimáticos
204
Cofactores
● En algunas enzimas su actividad catalítica depenbde de la

presencia de moléculas pequeñas llamadas cofactores aunque
su rol específico varia con el cofactor y la enzima.
● Una enzima sin su cofactor es referida como una apoenzima; la
enzima completa, catalíticamente activa es llamada holoenzima.
● Los cofactores pueden ser subdivididos en dos grupos: metales y
moléculas orgánicas pequeñas
205
El NAD es una coenzima aceptora de H
Sustrato
oxidado
El NADH como coenzima que también es modificado y liberado es

llamado también CO-SUSTRATO.
Algunas enzimas requieren metales para mejorar su
actividad
Función de Coenzimas
Una coenzima prepara el sitio activo para la actividad

catalítica.
209
Water-Soluble Vitamins
Water-soluble vitamins are

● soluble in aqueous solutions.
● cofactors for many enzymes.
● not stored in the body.

210
Fat-Soluble Vitamins
Fat-soluble vitamins
● are A, D, E, and K.
● are soluble in lipids, but not in aqueous solutions.
● are important in vision, bone formation, antioxidants,
and blood clotting.
● are stored in the body.

211
Learning Check
Identify each compound as a

1) water-soluble vitamin 2) fat-soluble vitamin.
A. Folic acid
B. Retinol (Vitamin A)
C. Vitamin C
D. Vitamin E
E. Niacin
212
Solution
Identify each compound as a

1) water-soluble vitamin 2) fat-soluble vitamin.
A. 1 Folic acid
B. 2 Retinol (Vitamin A)
C. 1 Vitamin C
D. 2 Vitamin E
E. 1 Niacin
213
Thiamin (Vitamin B1)
Thiamin
● was the first B vitamin identified.
● is part of the coenzyme thiamin pyrophosphate (TPP),
required in the decarboxylation of α-keto carboxylic
acids.
● deficiency results in beriberi (fatigue, weight loss, and

nerve degeneration).
214
Riboflavin (Vitamin B2)
Riboflavin is
● made of the sugar alcohol ribitol and flavin.
● part of the coenzymes flavin adenine dinucleotide (FAD)
and flavin mononucleotide (FMN).
● needed for good vision and healthy skin.
O
H3C N H
N
H3C N N O
D-Ribitol
CH2 CH CH CH CH 2 OH
OH OH OH
215
Niacin (Vitamin B3)
Niacin
● is part of the coenzyme
nicotinamide adenine O
dinucleotide (NAD+)
involved in oxidation- C
reduction reactions. OH
● deficiency can result in
dermatitis, muscle fatigue, N
and loss of appetite.
● is found in meats, rice, and
whole grains.
216
Pantothenic Acid (Vitamin B5)
Pantothenic acid
● is part of coenzyme A needed for energy production
as well as glucose and cholesterol synthesis.
● deficiency can result in fatigue, retarded growth,
cramps, and anemia.
● is found in salmon, meat, eggs, whole grains, and
vegetables.
CH 3 OH O O
HO CH2 C CH C N CH 2 CH2 C OH
CH 3 H
217
Cobalamin (Vitamin B12)
Cobalamin
● consists of four pyrrole
rings with a Co2+.
● is a coenzyme for
enzymes that transfer
methyl groups and
produce red blood cells.
● deficiency can lead to
pernicious anemia and
nerve damage.
218
Ascorbic Acid (Vitamin C)
Vitamin C
● is required in collagen
synthesis.
weakened connective
tissue, slow-healing
wounds, and anemia.
CH2OH
● is found in blueberries, O
citrus fruits, tomatoes, O CHOH
broccoli, red and green
vegetables. HO OH
219
Folic Acid (Folate)
Folic acid (folate)

● consists of pyrimidine,
p-aminobenzoic acid, and
glutamate.
● forms the coenzyme THF
used in the transfer of
carbon groups and the
synthesis of nucleic
acids.
abnormal red blood cells,
anemia, and poor growth.
220
Vitamin A
Vitamin A
● is obtained from meats and beta-carotenes in plants.
● has beta-carotenes that are converted by liver
enzymes to vitamin A (retinol).
Beta-carotene
H3C
CH3 CH3
H3C CH3
H3C CH3
CH3 CH3
CH3
CH3 CH3
H3C CH3
CH2OH
Retinol (vitamin A)
CH3
221
Vitamin D
Vitamin D (D3)
● is synthesized in skin
exposed to sunlight.
● regulates the absorption of
phosphorus and calcium
during bone growth.
● deficiency can result in
weakened bones.
● sources include cod liver
oil, egg yolk, and enriched
milk.
222
Vitamin E
Vitamin E
● is an antioxidant in cells.
● may prevent the oxidation of unsaturated fatty acids.
● is found in vegetable oils, whole grains, and
vegetables.
CH 3
HO
CH 3 CH 3 CH 3
CH 3
H 3C O CH 3
CH 3
223
Vitamin K
● Vitamin K1 in plants has a saturated side chain.

● Vitamin K2 in animals has a long unsaturated side
chain.
● Vitamin K2 is needed for the synthesis of zymogens for
blood clotting.
n
3
224
Learning Check
Identify the vitamin associated with each

1) Thiamin (B1) 2) Vitamin A
3) Vitamin K 4) Vitamin D
5) Ascorbic Acid
A. Collagen formation
B. Beriberi
C. Absorption of phosphorus and calcium in bone
D. Vision
E. Blood clotting
225
Solution
Identify the vitamin associated with each

1) Thiamin (B1) 2) Vitamin A
3) Vitamin K 4) Vitamin D
5) Ascorbic Acid
A. 5 Collagen formation
B. 1 Beriberi
C. 4 Absorption of phosphorus and calcium in bone
D. 2 Vision
E. 3 Blood clotting
226
Zimógenos
● Otras enzimas son sintetisadas como precursores

inactivos que son subsecuentemente activados por
rompimiento de uno o varios enlaces peptidicos
● El precursor inactivo es llamado ZIMÓGENO (o
proenzima).
227
Zimógenos
● Las enzimas digestivas que hidrolizan proteínas son sintetizadas como
simógenos en el estómago y en el páncreas.
● La coagulación de la sangre es mediada por una cascada de
activaciones proteolíticas que aseguran una respuesta rápida y
amplificada a un trauma.
● Algunas horomonas portéicas son sintetizadas como precursores
inactivos. Por ejemplo, la insulina es derivada de la proinsulina por
rewmoción proteolítica de un péptido.
● La proteína fibrosa colágeno, el mayor constituyente de huesos y piel, es
derivada del procolágeno, un precursor soluble.
● Muchos procesos de desarrollo son controlados por activación de
zimógenos. Por ejemplo, durante la metamorfósis de un renacuajo a
rana.
● La muerte celular programada o apoptósis, esta mediada por enzimas
proteolíticas llamadas caspasas, las cuales son sintetizadas en forma de
precursores como procaspasas.
228
Quimotripsinógeno
229
Quimotripsinógeno
Enteropeptidasa inicia la activación de zimógenos pancreáticos por

activación de la tripsina, la cual activa otros zimógenos. Las enzimas
activas están en amarillo, los zimógenos en rosa.
230

Aminoacidos, Proteinas y Enzimas EM2020

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Aminoacidos, Proteinas y Enzimas EM2020

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Amino Acidos, Proteínas y

Las proteínas desempeñan muchas funciones diferentes en el cuerpo.

Todos los amino ácidos comparten una unidad estructural alrededor

Los grupos R son la única variable en la estructura. El enfoque será en este

Glicina Alanina Fenilalanina Tirosina

H CH3 CH2 CH2

CH2 CH2 CH2 CH2

COO– CH2 C=O –

COO– NH2 COO–

El –COO– puede intercambiar un protón con el solvente y comportarse como ácido.

CH2 CH2 CH2

En la lisina el grupo N(+) es llamado grupo amino epsilon (click 1). En la

La serina tiene un hidroximetilo –CH2OH como R (click 1). La Treonins es la

Serina Treonina Cisteina Metionina

CH2OH H-C-OH CH2SH CH2

Estos amino ácidos con cadenas hidrofóbicas ramificadas contienen

Los últimos 2 amino ácidos a considerar son el triptofano y la prolina. El

Q: ¿Qué AA tiene la cadena de carbonos más corta en su grupo R?

Q: ¿Que característica estructural es común a la alanina, serina y cisteína?

Q: ¿Cuál AA tiene la cadena de carbonos más larga en su grupo R?

Q: ¿Qué característica estructural es común en la isoleucina y treonina?

A: Ambos tienen un carbono asimétrico en su grupo R.

Los Amino ácido son clasificados Nonpolar Polar

● Acidos (hidrofílicos) con

Un amino ácido es no polar cuando el grupo R es H,

Un amino ácido es polar cuando el grupo R es un alcohol,

Niño que padece Kwashiorkor

COOH COOH COOH COOH

L-Alanina D-Alanina L-Cisteína D-Cisteína

● Todos excepto la glicina son quirales.

Debe saber estos números y lo que significan!

Debe saber estos números y su significado!

● Lisina, Lys, K: pKa = 10.5

● Los 15 amino ácidos con grupos tiol, hidroxilo o

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Escriba el dipéptido Ser-Thr.

Escriba el dipéptido Ser-Thr.

Escriba las abreviaciones de tres letras y los nombres

Escriba las abreviaciones de tres letras y los nombres

¿Cuáles son los tripétpidos posibles formados con

¿Cuáles son los tripétpidos posibles formados con

● El número de arreglos lineales de n objetos tomados

● Si cada amino ácidos es usado solo una vez en la

● El número de combinaciones de n objetos tomados en

Escriba la abreviación de tres letras y el nombre

Ala Leu Cys Met

Niveles de Organización Estructural en

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La estructura primaria de una proteína es

Enlace peptídico trans más común: X-Pro

● Los nonapéptidos Oxitocina y Vasopresina tienen

● Cadenas laterales cargadas y contiguas (dos o más)

La estructura secundaria de Hoja Beta-Plegada

En los giros tipo I la posición 3 puede ser

La estructura secundaria de hélice

● Cuenta con una secuencia repetitiva de los tres residuos

Indiqaue el tipo de estructura protéica.

A. Cadeas de polipéptidos mantenidas juntas por puentes

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Seleccione el tipo de interacción terciaria.

Selecciones el tipo de interacción terciaria.

El dominio de unión de NAD El dominio variable de la cadena

Identify the level of protein structure.