PTT 101, Science of Soils

Soil Biology
 Soil is alive! Ekologi Tanah, gabungan:
• Ekologi (orientasi
organisma)
• Ilmu Tanah: klasifikasi,
genesis, fisika, kimia,
biologi
 Overlap ke dua ilmu

TANAH :
a. Bahan inorganik (liat, debu,
pasir)
b. Bahan organik
•Hidup (biomas)
•Mati (nekromas)
c. Air
d. Udara GOOD SOIL, MORE DIVERSITY !
 PENDAHULUAN

PERAN PENTING BIOLOGI TANAH

• KESUBURAN TANAH
• PERTUMBUHAN TANAMAN
• KELESTARIAN LINGKUNGAN
 Organisms (BIOTA) ~ involve in
chemical & physical processes

Soil as energy & nutrient

source of biota except:
Plants & mikrobia photo-
Fertility Biology
autotroph ~ sun light
energy source
Microbial
chemoautotroph ~
Soil inorganic; CO2 from the
atmosfer
Symbiont ~plant roots ~
fixed N from the air
 TANAH SEBAGAI
EKOSISTEM
BIOTIK ABIOTIK
• FAUNA TANAH • PARTIKEL TANAH
• FLORA TANAH • UDARA TANAH
• AIR TANAH
HABITAT BAGI JASAD HIDUP TANAH DAN
TANAMAN
 JASAD HIDUP TANAH
FAUNA

MIKRO MESO MAKRO

METAZOA PROTOZOA SEMUT

ARTROPODA RAYAP
AMOEBA
NEMATODA
CACING
TANAH
COLLEMBOLA
 BIOTA pada berbagai kondisi AIR TANAH
Fase 2
Migrasi Uap air
Collembola
Fase 1
Collembola
& kutu
Air bebas
KR =
Tt = T0 100%
= 100C
Air
kapiler
4.7>pF>2.5
KR = 100%

2.5>pF>0
The size of some soil components
Component Diameter, µm
Sand particle 2000 - 20
Roots 200
Soil pore >50
Silt Particle 20 - 2
Root hair 10
Bacterium 1
Storage pore 50 – 0.5
Clay particle <2
Residual pore <0.5
Aluminium atom 5 x 10-5
 Animals (Fauna)

Macro Micro

Largely herbivores Largely Largely

& Detrivores Predators Detrivores,
Predators, or
Squirells,geopers, Moles,
Parasites
woodchucks, mice insects, ants,
beetles, Nematodes
Insects, springtail,
mites,
ants, beetles, grubs, Protozoa
spiders
etc
Rotfers
Millipides, woodlice,
mites, slugs, snails,
earthworm
 Plants (Flora)

Roots Algae Actino- Fungi Bacteria

of higher Green mycetes Mushroom Aerobic
plants Blue of many fungi
green kinds Anaerobic
Yeast
Diatoms Autotrophic
Molds
Heterotrophi
c
 Classification of soil organisms
according to body with (Wood, 1989)
Grouping Body with Organisms

Microflora < 10 µ m Bacteria, fungi

Microfauna < 100 µ m Protozoa,

nematodes
Mesofauna < 2 mm Collembola, acari,
enchytaeids,
termites
Macrofauna <20 mm Millipedes, isopods,
insects, molluses,
earthworms
 Herbi- & detritivores Predators
dungbeetle
spider scorpion
snail
millipede Isopoda
centipede

earthworm termite

protozoa
fungi
bacteria algae

Collembola
nematoda
Beetle larva
Staphylinid beetle
Belowground
ZOO
Komponen Biota Tanah
• Komponen biota tanah yg hidup bebas : bakteri,
fungi, algae dan fauna. Juga virus yg tumbuh hanya
di dlm sel hidup organisme lain
• Virus, terdiri dr molekul DNA dan RNA di dlm
selubung protein. Secara metabolik, virus tdk
melakukan respirasi atau fungsi biosintesis.
Memperbanyak diri hanya di dlm sel-sel inang
Menginduksi sel inang hidup utk menghasilkan
komponen virus yg diperlukan, virus2 baru keluar
dari sel dgn kemampuan menyerang sel baru.
Virus dpt menginfeksi baik manusia, hewan,
tanaman, mikroba
Soil Bacteria
 Mycorrhiza

To improve P-uptake by plants:

• To extend the volume of soil through its
mycellium
• Sollubilising unavailable P
Bakteri
• Bakteri adl mikroba yg paling dominan di tanah. Bkt tdk
memiliki membran inti (prokariot), nukleoplasma tdk terpisah
dari sitoplasma. Ddg sel bakt utamanya tersusun dr
peptidoglikan dan reproduksi melalui pembelahan biner.
• Bakteri predominan di tanah adl genus Arthrobacter (40%)
(plate count method). Ciri, pleomorfisme, Gram variabel dan
motil. Pada awal pertumb. sel G- batang dan kmd sel menjadi
G+ batang pendek dan G+ bulat. Sel batang panjang dan
bercabang dapat diamati setelah 2 jam inokulasi. Laju
pertumb lamban (membentuk koloni kecil pd agar).
• Kelompok bakteri terbanyak kedua (5-20%) di tanah adl.
Streptomyces, Pseudomonas, dan Bacillus.
• Dari hasil isolasi dr tanah, sekitar 90% aktinomisetes adl genus
Streptomyces.
• Pada cawan agar, Streptomyces memiliki miselium bercab dan
koloni padat. Reproduksi melalui produksi spora aerial dan
melalui fragmentasi miselium. Bersifat G+ dan heterotrof
oksidatif. Tidak toleran thd tanah dg air melimpah dan kondisi
asam, serta kurang toleran thd kekeringan. Penyebab penyakit
bopeng kentang. Bbrp isolat mampu menghasilkan antibiotik.
• Genus Pseudomonas memiliki sel bentuk batang lurus atau
bengkok dgn flagella polar. Umumnya aerobik, kecuali species
denitrifikan yg menggunakan nitrat sbg akseptor elektron.
Kebanyakan species heterotrofik, bbrp kemolitotrofik
(Menggunakan H2 atau CO sbg sumber energi). Bbrp species
penyebab penyakit tanaman. Bbrp species juga menghasilkan
pigmen fluoresens terutama dlm media tanpa besi. Bbrp
species diketahui sebagai agensia biokontrol penyakit
tanaman, produksi antibiotik dan pendegradasi senyawa
xenobiotik.
• Anggota genus Bacillus : sel bentuk batang, G+
sampai G-variabel, motil, endospora tahan thd
pemanasan. Kebanyakan heterotrof, metabolisme
dengan respirasi atau fermentasi atau keduanya. Bbrp
species fakultatif kemolitotrofik yi menggunakan H2
sbg sumber energi dlm ketiadaan karbon organik.
Species B. polymyxa mampu menambat N2. Bbrp
species mampu menghasilkan enzim litik dan
antibiotik (klas polipeptida). Bbrp species diketahui
sebagai agensia biokontrol utk serangga (B.
thuringiensis) dan tanaman (B. subtilis). B. anthracis
adl penyebab penyakit anthrak pada binatang. Kisaran
toleransi temperatur : -5 sampai 75 oC, thd asam 2 –
8, dan thd garam sampai 25% NaCl.
• Bakteri penambat N yang termasuk asimbiotik
(asosiatif) : Azotobacter, Azomonas, Beijerenckia,
Derxia, Azospirillum dan yang simbiotik : Rhizobium
dan Bradhyrhizobium. Umumnya bersifat heterotrof
aerobik, kecuali Azospirillum (mikroaerofilik).
Berperan penting dalam peningkatan pertumb
tanaman, beberapa digunakan sebagai agensia
biofertilizer.
Fungi
• Fungi termasuk mikroba eukariot, heterotrof
dan pendekomposisi utama sisa-sisa bahan
organik.
• Beberapa species diketahui sebagai patogen
tanaman (Fusarium, Sclerotium, Phytophthora,
, Rhizoctonia) dan beberapa juga dikenal
sebagai antagonis patogen (Trichoderma,
Gliocladium), beberapa mampu menghasilkan
antibiotik (Penicillium, Trichoderma)
 Biological function Biological/functional group
Key biological functions Decomposition Residue-borne microorganisms,
C-sequestration Microbial biomass (especially
fungi), macrofauna building
compact structures
N-fixation Free and symbiotic N-fixers
OM/ nutrients Roots, mycorrhizas, soil
redistribution macrofauna
Nutrient cycling, Soil microrganisms, soil
mineralization/ microfauna
immobilization
Bioturbation Roots, soil macrofauna
Soil aggregation Roots, fungal hyphae, soil
macrofauna, soil mesofauna
Population control Predators/grazers, parasites,
pathogens
Energy+CO2 Energy + CO2 loss
input
SOIL FAUNA
Detritivores Carnivores (predators, parasites)

Primary Secondary Tertiary

consumers consumers consumers

Soil
Detritus
humus
Feces & dead
bodies
Microphytic
feeders
Feces & dead
bodies

Soil microflora (ultimate decomposers)

Channeling Water
 Natural Soil Mixing (Bioturbation)

Termites
(rayap)
Ants (semut)

Earthworms,
Roots cacing tanah
(akar)
Soil engineering
 Bioturbation

Old tree root

channel
Kelompok cacing tanah berdasarkan tipe ekologinya
Karak- Epigeic Anecic Endogeic
teristik
Lubang tidak ada terbuka permanen ke ekstensif
permukaan tanah dalam
Cast tidak ada di permukaan tanah dalam lubang
berdekatan dengan pori- atau dalam
pori tanah pori-pori
tanah
Pigmen tinggi tingkat sedang, hanya di bag. tidak
tasi samarannya belakang berpigment
Makan-  mendekomposisi  mendekomposisi  mencernak
an litter pada litter yang diambil kan
permukaan tanah dari lapisan atas tanah& BO
 tidak dibawa ke lapisan &akar-akar
mencernakkan dalam mati
tanah  tidak mencernakkan
tanah
 Symbiotic: bacteria and plants (e.g., legumes + rhizobium

Sengon

Bacteria require plant for growth; plant

gains ‘free’ source of available N
 NOT all
Organisms
are usefull
for plant
growth

Nematode
 TANAH TEMPAT HIDUP
BIOTA
Faktor tanah yg berpengaruh
• STRUKTUR TANAH
• ATMOSFIR TANAH
• AIR TANAH
• POTENSIAL REDOKS
• pH TANAH
• TEMPERATUR TANAH
• INTERAKSI ANTAR FAKTOR LINGKUNGAN
 STRUKTUR TANAH
• Tanah terdiri dari partikel tanah
• Berbagai macam ukuran, bentuk, reaksi kimia
• Bercampur dengan biota TANAH, makro dan mikro-
organisme
• agregat tanah terbentuk dari
– kompleks clay-bahan organik tanah dan
– stabilitas clay, sand dan silt partikel
– Clay dasar pembentuk agregat tanah
• Agregat tanah, salah satu faktor penting untuk mengontrol
aktifitas mikroba tanah
• Pembentukan agregat tanah dicirikan dengan adanya
gabungan mikroba dan akar tanaman dimana filamen
kapang dan polisaccharida bercampur dengan clay
membentuk kompleks bahan organik-mineral tanah
• Mikroba hidup :
– Di dalam agregat tanah dan
– di luar agregat tanah
 ATMOSFIR TANAH
 Atmorfir tanah tersusun oleh bermacam gas
 N2, O2 dan CO2
• O2 dalam tanah 18 - 20%
• CO2 dalam tanah 1 – 2%
 Gas di dalam tanah berasal dari udara luar dan
hasil aktifitas mikroba
 N2, hasil fiksasi N oleh mikroba, proses siklus N
tanah
 O2, hasil fotosintesis
 CO2, hasil respirasi mikroba
• Pori-pori dalam tanah mineral atau organik
di isi oleh gas dan air
• Kandungan gas di dalam tanah menentukan
golongan mikroba:
– Aerob mikroba
– Anaerob mikroba
– Fakultatif mikroba
 AIR TANAH
• Air tanah sangat penting untuk kehidupan biota tanah
• Air tanah menentukan
– kelembaban tanah dan
– ketersediaan air untuk biota tanah: kelarutan mineral
untuk nutrien biota mikroba dan tanaman tinggi
• Air tanah menempati pori tanah dengan volume bergantian
dengan gas
– Pada musim hujan seluruh pori di isi air
– Musim kemarau pori tanah di isi gas
 POTENSIAL REDOKS
• Karakteristik kimia tanah adalah adanya reaksi REDOKS =
reduksi dan oksidasi
• Redoks ini berperan penting dalam kehidupan biota tanah
• Biota tanah mendapatkan energi dari hasil reaksi redoks
• Reduksi O2+4 H+ +4e-  2 H2O
• Oksidasi 4 Fe2+  Fe3+ + 4e-
• Elektron donor dan Elektron aseptor merupakan hal penting
dalam sistem kehidupan biota untuk menangkap energi
potensial
 pH TANAH
 pH tanah sangat berperan pada ketersediaan nutrien
tanah untuk biota tanah
 pH tanah berperan pada daya kerja enzim yang di
hasilkan mikroba tanah
 mikroba akan mengeluarkan 1000 jenis enzim,
kebanyakan dari enzim tsb di hasilkan sangat
tergantung pada pH tanah
 Pada tanah masam, unsur hara kurang tersedia untuk
biota tanah,
 Pada tanah netral, unsur hara cukup tersedia untuk
biota tanah
 TEMPERATUR TANAH
• Temperatur tanah berpengaruh terhadap
– reaksi fisiologi sel biota dan
– Karakteristik fisika-kimia lingkungan, misalnya
volume tanah, tekanan, potensi reduksi-oksidasi, difusi,
viscositas, struktur air tanah, tekanan permukaan
• Temperatur tinggi, terjadi denaturasi protein enzim dan
dinding sel mikroba
• Temperatur rendah, aktifitas mikroba terhenti
INTERAKSI ANTAR FAKTOR
LINGKUNGAN
 MIKROBIOLOGI TANAH

• Mikroba sebagai komponen penyusun tanah

• Kelompok mikroba di tanah
• Peranan mikroba di tanah
• Analisis mikroba tanah
 KOMPONEN BIOTA TANAH
 Terdiri dari organisme dan mikroorganisme dari kelompok
 Mikroba
 Virus
 Bakteri
 Archrobakter
 Streptomycetes
 Pseudomonads
 Sporulating bacilli
 Cyanobakteria
 Fungi
 Slime mold
 Flagelata fungi
 Algae
 Lichens
 Protozoa
 Soil Metazoa
 TIGA GOLONGAN POPULASI MIKROBA DI DALAM
TANAH

• Golongan Autohtonous
– Golongan mikroba yang selalu tetap didapatkan di dalam tanah
dan tidak tergantung kepada pengaruh-pengaruh lingkungan luar
seperti iklim, temperatur, dan kelembapan
• Golongan Zimogenik
– Golongan mikroba yang kehadirannya didalam ditanah diakibatkan
oleh adanya pengaruh-pengaruh luar yang baru.
Misalnya : Dengan adanya penambahan senyawa organik
• Golongan Transien
– Golongan mikroba yang kehadirannya bersamaan dengan adanya
penambahan secara buatan.
Misalnya : penambahan dalam bentuk inokulum (biakan hidup)
Rhizobium atau Azotobacter ke dalam tanah
 PENGELOMPOKAN MIKROBA TANAH BERDASARKAN KEGIATAN

Kelompok Bakteri Actinomycet Fungi

kegiatan
Perombak Arthrobacter Nocardia Aspergillus
Selulosa Bacillus Streptomyces Fusarium
Cellulomonas Micromanospora Trichoderma
Perombak - Coprinus
lignin Agaricus
Poria
Perombak Bacillus Aspergillus
pestisida Pseudomonas Cladosporium
Cephalosporium
Pischia, Geotrichum
Endosaccharomyces
Mikroskopis kapang
Flagellata
Rhizopoda
CILIATA
 PERANAN MIKROORGANISME TANAH

• Dalam siklus mineral tanah

– Siklus karbon
– Siklus nitrogen
– Siklus sulfur
– Siklus fosfor
• Dekomposer
– Dekomposer bahan organik di tanah
• Degradasi bahan pencemar/polutan
– Logam berat
– Hidrokarbon
– Pestisida (herbisida, insektisida, fungsida)
– Deterjen
 PERANAN MIKROORGANISME TANAH

• Fungi (yeast, kapang and mushroom)

– Berperan dalam dekomposisi bahan organik (selulosa,
lignin, hemiselulosa)
– Membantu penyerapan mineral yang ada di tanah.
Misalnya : phospor dan sulfur
– Contoh : mikoriza : ektomikoriza dan endomikoriza
• Actinomycetes
– Kelompok mikroba yang potensial dalam mendegradasi
lignin dan selulosa
– Indikator terhadap kesuburan tanah
• Bakteri
– Berperan dalam dekomposisi bahan organik
– Berperan dalam fiksasi nitrogen
 KEPENTINGAN MEMPELAJARI
MIKROBIOLOGI TANAH
• Mengetahui /menganalisis populasi mikroorganisme tanah baik
secara kulaitatif maupun kuantitatif
• Memahami adanya asosiasi kehidupan antara mikroorganisme itu
sendiri; antara mikroorganisme dengan organisme lain di tanah
(hewan dan tanaman). Asosiasi ini dapat berupa simbiosis,
antagonisme, sinergisme, atau parasitisme
• Penguraian bahan organik: humifikasi, kompos, pembebasan unsur
makanan/unsur hara bagi tumbuhan Misal : C sebagai Co2, N
sebagai NH, S sebagai sulfat dll. Hal tersebut berhubungan erat
dengan siklus C,N,S,P dan lain-lain
• Fiksasi N2 secara biologis
– Rhizobium  simbiosis
– Azotobacter  hidup bebas
• Nitrifikasi
• Oksidareduksi yang lain
• Lain-lain seperti
– Pengawetan tanah
– Penguraian pestisida
– Mikroba rizosfer
– Kontrol biologi
 ANALISIS MIKROBA TANAH

• Analisis mikrobiologi bergantung pada

tujuan :
• A. KUALITATIF
• Deteksi mikroba potensial yang ada di tanah
• Eksplorasi mikroba potensial dari tanah
• B. KUANTITATIF
• Kelimpahan mikroba di tanah
• Respon mikroba terhadap suatu perlakuan pada
tanah
• LANGSUNG :
– Metode penetapan populasi mikroba secara
langsung, memberikan gambaran jumlah mikroba
tanpa menumbuhkan pada media buatan
– Keuntungan, cepat tidak perlu pemilihan media,
temperatur, pH, kelembaban, aerasi
– Semua organisme dapat
• Dihitung dan diukur dimensinya
• dilihat langsung posisi organisme di antara partikel
tanah
 LANGSUNG
• Metode irisan tipis (thin sectiqn) dari
contoh tanah yang tidak terganggu
(indisturb soil) dengan resin
• Cara olesan (smear ratio technique), lateks
pada slide cultur
• Cara slide kontak (contact slide technique),
slide cultur yang di benamkan dalam tanah
• TIDAK LANGSUNG
– Mikroskopis :
• Menghitung jumlah koloni pada agar cawan
• MPN (most probable number)
– Mengukur biomasa sel
– Mengukur enzim
Jawablah dengan jawaban yang benar, singkat dan jelas.

1. Cabang ilmu yang mempelajari tanah dengan mengkaitkan kegunaannya sebagai

media tumbuh tanaman disebut :
pedologi

2. Jika kita membuat irisan tegak tanah dengan menggali lubang dan tampak
horizon/lapisan maka penampang tegak tersebut dinamakan : profil tanah

3. Lapisan tanah yang berada di atas batuan induk tanah termasuk yang belum
melapuk, sering disebut :

4. Horison yang mengalami eluviasi maksimum disebut horizon : E

5. Komponen utama tanah mineral adalah :

 6. Udara dan air di dalam tanah selalu kondisinya berkeseimbangan karena menempati
komponen :

7. Tekstur tanah mencerminkan komposisi partikel padatan tanah utama, yaitu partikel :

8. Dalam aplikasi pengolahan tanah sering dikenal dengan istilah tanah berat,
umumnya merupakan tanah yang bertekstur :

9. Kuantifikasi warna tanah dengan nilai HUE, VALUE, dan CHROMA harus
menggunakan pedoman :
Soil Colour Chart System

10. Tanah yang mempunyai drainase buruk dicirikan dengan warna tanah :
warna kelabu di seluruh horizon B
11. Analisis mekanis untuk penentuan komposisi partikel padatan penyusun tanah,
didasarkan hukum :

12. Pemadatan tanah oleh alat-alat pertanian dapat meningkatkan nilai :

13. Penambahan bahan organik pada tanah mineral sangat penting artinya bagi:

14. Kandungan bahan organik tanah yang ideal adalah :

15. Bahan organik tanah menyebabkan warna tanah :