A.

Patogen dengan Tanaman

B. PGPR
A. Patogen dengan Tanaman

1. Abiotic Plant Problems

Abiotic plant problems are caused by
environmental factors, either natural or man-made
non-infectious, non-living (abiotic = without life)
• Unfavorable soil properties or structure
• Nutrient imbalances
• Moisture extremes
• Temperature extremes
• Light extremes
• Physical injuries
• Chemical toxicity
• Can kill plants
• Can predispose plants to infection by plant
pathogens
• Can be natural, such as temperature
extremes
• Can be due to human activity, such as
improper use of fertilizers or pesticides
• It is common to have both biotic and abiotic
problems affecting plant at same time,
independently!
 Abiotic: Low Soil Moisture

4
 Abiotic: Nutrient Deficiency

Tomato: Calcium Palm: Potassium Citrus: Zinc

Sunflower: Iron Celosia: Manganese Palm: Manganese

5 Photos from various UF/IFAS Extension Publications

 Abiotic: Chemical Damage

Herbicide damage

Herbicide damage

Excessive iron chelete applied to soil

6
2. Biotic Plant Problems
Biotic plant problems or diseases
require a second organism that will
infect the plant and disrupt its normal
appearance and growth – infectious,
living
Plant Disease Triangle
Susceptible Host
• Immunity or resistance is the rule
for plants
• Some plant pathogens are very host
specific; others have a wide host
range
Pathogen
• Pathogens are not found
“everywhere”
Favorable Environment
• All the environmental factors
surrounding the host and pathogen
may help the pathogen infect the
host and determine the severity of
disease development.
8
 10
Disease Cycles

Independent
of host

All pathogens go
through a cycle with
similar events.”

Knowing how particular pathogens go

through their disease cycle is important in
developing management strategies.
Beberapa Patogen dan Penyakit Penting pada Tumbuhan

Mikroba Tumbuhan Inang Penyakit atau gejalanya

Fungi:
Pythium Beragam Buah, sayuran Busuk akar & biji
Phytophthora Anggur Busuk akar
Plasmopara Buah & sayuran Downey mildew (bulai)
Rhizopus Tanaman buah Busuk lunak
Podosphaera Sayuran Berfungi seperti tepung
Alternaria Sayuran & tanaman Rusak daun
Fusarium pangan Daun layu
Puccinia Biji-bijian Daun & batang berfungi
Ustilago Biji-bijian Buah berfungi
Rhizoctonia Tumbuhan herba Busuk akar & batang
Armillaria Tanaman buah Busuk akar
Tembakau, sayuran
 Mikroba Tumbuhan Inang Penyakit atau gejalanya
Bakteria:
Pseudomonas syringae Kentang Bercak daun
P. fluorescens Biji-bijian, buah Busuk lunak
Xanthomonas campestris Crucifera Bercak daun
Erwinia tracheiphila Ketimun, melon Bercak daun, busuk hitam
E. carotovora Buah dan sayuran Kerusakan vaskular, busuk lunak
Agrobacterium Tanaman buah Tumor pangkal akar
tumefaciens
Streptomyces scabies Kentang Kerusakan kulit umbi
Xylella fastidiosa Anggur Penyakit Pierce
 Mikroba Tumbuhan Inang Penyakit atau gejalanya
Virus :
Tobacovirus Tembakau Khlorosis dan distorsi
Furovirus Gandum Daun kerdil dan bercak-bercak
Potexvirus Kentang Pertumbuhan terhambat
Potyvirus Kacang-kacangan Daun khlorosis, berbercak
Phytoreovirus Padi Tumor
Caulinovirus Kol Pertumbuhan terhambat
Contoh patogen

By Beth Des Jardin, UF/IFAS, FLREC

By CarmelitaLevin - Own work, CC BY-SA 4.0,

https://commons.wikimedia.org/w/index.php?curid=41198109

By CarmelitaLevin - Own work, CC BY-SA 4.0, By Beth Des Jardin, UF/IFAS, FLREC
https://commons.wikimedia.org/w/index.php?curid=41198837

Sordaria asci and ascospores Serenomyces asci and ascospores

 Pestalotiopsis Lasiodiplodia Exserohilum

Phomopsis Fusarium Cylindrocladium

15 All photos by Beth Des Jardin, UF/IFAS, FLREC
Agrobacterium tumefaciens
 Contoh gejala
Smuts
Ustilago maydis
Corn Smut

By Boom10ful (Own work) [CC BY-SA 4.0 (http://creativecommons.org/licenses/

17 by-sa/4.0)], via Wikimedia Commons
Gb A. Gall yang terbentuk di pangkal batang tanaman mawar.
Gb B. Sejumlah gall sepanjng batang anggur
Agrobacterium tumefaciens
 B. PGPR
 Plant Growth-Promoting
Rhizobacteria (PGPR)/ RPTT
(Rhizobakteri Pemacu Tumbuh
Tanaman) yaitu sejenis bakteri
menguntungkan yang hidup dan
berkembang biak di sekitar
perakaran (rizosfer) tanaman.
 Rhizosfer merupakan habitat yang
kaya nutrisi dan tempat hidup
berbagai bakteri dan jamur yang
masing-masing dapat bersifat
netral, menguntungkan atau
merugikan bagi tanaman.
 Rizosfer akan dikolonisasi oleh
PGPR (plant growth promoting
rhizobacteria) dan PGPF (plant
growth promoting fungi).
 Bakteri itu hidupnya secara
berkoloni menyelimuti akar
tanaman.
 Rhizobakteria adalah
kelompok bakteri yang
menguntungkan yang
agresif mengkolonisasi
rizosfir Rhizosfer
 Laporan tentang PGPR
adalah pada tanaman lobak,
kentang, bit gula, barley,
kacang- kacangan, canola,
kapas, kacang tanah,
peanut, pea, padi, kedelai,
sayur-sayuran, apel dan
jeruk.
 Misal: PGPR sbg APH
menyebabkan
berkurangnya populasi
jamur rizoplan (23-64%)
dan bakteri gram positif
(25-93%).
Rhizosfer
Rhizobakteria di akar
Akar dengan rhizobacteria (kanan) Rhizobakteria di dalam sel
dan tanpa rhizobakteria (kiri)
Mikroskop
cahaya

bakteri

Mikroskop
elektron
 PGPR atau RPTT
((Rhizobakteri Pemacu
Tumbuh Tanaman)
berpengaruh terhadap tanaman
baik secara langsung maupun
tidak langsung.
 Pengaruhnya secara langsung
adalah kemampuan
menyediakan dan memobilisasi
penyerapan berbagai unsur hara
dan mengubah konsentrasi
fithothormon pemacu tumbuh.
 Keuntungan tidak langsung
adalah kemampuannya
menekan aktifitas patogen
dengan menghasilkan berbagai
senyawa atau metabolit seperti
antibiotika.
Fungsi dan peran menguntungkan dari PGPR atau RPTT :
a. Merangsang pembentukan hormon (ZPT) IAA, auksin,
giberelin, sitokinin, etilen dll,
b. Menekan penyakit tanaman di sekitar perakaran dengan
antibiotika yang dihasilkannya (glukanase dan kitinase),
c. Melarutkan meningkatkan ketersediaan unsur P dalam tanah,
d. Meningkatkan ketersediaan unsur Mn (Mangan),
e. Melarutkan unsur sulfur (S) dan meningkatkan daya serap
tanaman terhadap unsur tersebut,
f. Meningkatkan daya serap tanaman terhadap unsur Fe,
g. Meningkatkan penyerapan unsur nitrogen (N),
h. Menghambat pertumbuhan dan perkembangbiakan penyakit
perakaran,
i. Menjadi pesaing patogen dalam mendapatkan makanan
sehingga populasi patogen berkurang,
j. Menghambat proses penuaan dini tanaman dengan cara
menghambat produksi etilen (zat yang menyebabkan tanaman
cepat tua dan mati),
k. Meningkatkan populasi bakteri dan jamur menguntungkan.
Contoh PGPR-langsung

 Aktifitas pemacu pertumbuhan oleh P. putida strain

GR12-2
 Inokulasi kanola (Brassica campetris) dengan
strain GR12-2 secara nyata meningkatkan
pertumbuhan akar, tinggi tunas dan pengambilan
23p oleh akar dan tunas; meningkatkan
perkecambahan benih.
 P.fluorescens strain CHAO menyebabkan
peningkatan pembentukan rambut-rambut akar
pada tembakau dalam pengujian gnotobiotik yang
bebas patogen.
 Selain itu juga meningkatkan rambut-rambut akar
lateral dan pemanjangan akar secara keseluruhan
sesudah perlakuan benih gandum dengan
beberapa strain PGPR.
 PGPR kegiatan secara langsung dapat
menyebabkan perubahan fisiologi tanaman, yaitu
dapat meningkatkan pertahanan tanaman inang
terhadap serangan patogen (misalnya: ketahanan
induksi).
Contoh PGPR-tdk langsung

 Inokulasi potongan-potongan benih kentang

dengan dua strain PGPR Pseudomonas
fluorescent dapat meningkatkan hasil secara nyata
di percobaan lapangan, sebagai akibat
berkurangnya populasi Erwinia carotovora pada
akar, berkisar dari 95%-100%.
 Kolonisasi akar oleh PGPR menyebabkan
berkurangnya persentase umbi anakan yang
terinfestasi E. carotovora,berkisar dari 28%-29%
 Properties of PGPR
- Stimulate growth
• N fixation
• Increase solubility of limiting
nutrients (siderophores)
• Stimulate nutrient delivery and
uptake
• Production of phytohormones
• Modulation of plant development
(e.g. reduce ethylene enhances
root growth)

- Plant-mediated disease suppression

• Non-pathogens antagonize
pathogens (competition,
antibiotics, lytic enzymes)
• Activating plant to better defend
itself (ISR) ACC deaminase: 1-aminocyclopropane-1-
carboxylate (ACC) deaminase
• Induced resistance observed
on spatially separated parts of
same plant
 The nature of systemically induced resistance in plants

(A) Characteristics of induced systemic resistance

• The defensive capacity of the plant is enhanced through microbial
stimulation or similar stresses
• The enhanced defensive capacity is expressed systemically
throughout the plant
• Induced systemic resistance is active against fungi, bacteria, viruses
and, sometimes, nematodes and insects
• Once induced, systemic resistance is maintained for prolonged
periods
(B) Mechanisms of induced systemic resistance
• Developmental, escape: linked to growth promotion
• Physiological, tolerance: reduced symptom expression
• Environmental: associated with microbial antagonism in the
rhizosphere; altered plant-insect interactions
• Biochemical, resistance: induction of cell wall reinforcement,
• Induction of phytoalexins
• Induction of pathogenesis-related proteins
• ‘Priming’ of defence responses (resistance)
Mekanisme PGPR

Ada 6 mekanisme
PGPR yi:
1. Fiksasi nitrogen
2. Produksi hormon
3. Membantu dalam
nodulasi
4. Pengambilan
nutrisi
5. Produksi siderofor
6. Pengendalian
hayati
1. Fiksasi N
Biological Nitrogen Fixation

nitrogenase
N2 NH3
 Pea Plant

R. leguminosarum
nodules

Pink color is leghaemoglobin a protein

that carries oxygen to the bacteroids
 Rhizobium-legume symbioses

Host plant Bacterial symbiont

Alfalfa Rhizobium meliloti

Clover Rhizobium trifolii
Soybean Bradyrhizobium japonicum
Beans Rhizobium phaseoli
Pea Rhizobium leguminosarum
Sesbania Azorhizobium caulinodans

Complete listing can be found at at:

http://cmgm.stanford.edu/~mbarnett/rhiz.htm

Both plant and bacterial factors determine specificity

Some nitrogen fixing organisms
• Free living aerobic bacteria • Free living associative bacteria
– Azotobacter – Azospirillum
– Beijerinckia
– Klebsiella
– Cyanobacteria (lichens)

• Free living anaerobic bacteria • Symbionts

– Clostridium – Rhizobium (legumes)
– Desulfovibrio – Frankia (alden trees)
– Purple sulphur bacteria
– Purple non-sulphur bacteria
– Green sulphur bacteria
 legume

Fixed nitrogen Fixed carbon

(ammonia) (malate, sucrose)

rhizobia
The Nodulation Process

 Chemical recognition of roots and Rhizobium

 Root hair curling
 Formation of infection thread
 Invasion of roots by Rhizobia
 Cortical cell divisions and formation of nodule
tissue
 Bacteria fix nitrogen which is transferred to
plant cells in exchange for fixed carbon
 The Colonization Process
Signaling
 Rhizobia sense flavonoid
compounds release by roots
 specific species sense particular
flavonoids specific to a plant Correct
 Rhizobia move by use of flagella signal
propelling cell through soil water
 Rhizobia produce lipo-
oligosaccharides or nod factors
 these initiate root hair deformation
and curling and the division of
cortical cells in the root at very low Incorrect
concentrations. signal
 The Colonization Process
 Infection Thread
 Protein called recadhesin and polysaccharides from Rhizobia and lectins
from plants interact to adhere the bacterium to the root hair
 curling of the root hair and hydrolysis of root epidermis
 Rhizobia move down centre of the root hair toward the root cortex
 plant produces tube called an infection thread
 in the cortex Rhizobia enter enclosed area within a plant-derived
peribacteroid membrane.
 membrane protect the rhizobia from plant defense responses.
 Role of Root Exudates

General

 Amino sugars, sugars

Specific

 Flavones (luteolin), isoflavones

(genistein), flavanones, chalcones
 Inducers/repressors of nod genes
 Vary by plant species
 Responsiveness varies by rhizobia
species
 Genetics of Nodulation

 Legume plants secrete specific

flavonoids, which are detected by
interaction with bacterial NodD
proteins.
 Sinorhizobium meliloti

chromosome
NodD
nod-gene inducers
from alfalfa roots plasmid
(specificity)

pSym
activated NodD
positively regulates
nod genes

nod genes
The Biology of Symbiotic
Development
nod Gene Expression

Common
nod genes

Nod factor–LCO
(lipo-chitin oligosaccharide)
Nod factor
biosynthesis

Nod factor R-group

“decorations”
determine host
specificity

Nod Factor: a
lipooligosaccharide
 Rhizobium Attachment and infection

Nod factor
(specificity)
Invasion through infection tube
Flavonoids
(specificity)

Bacteroid Nitrogen
differentiation fixation

Formation of
nodule primordia
Physiology of a legume nodule
6 days

7 days
Rhizobium Root Nodules
2. Produksi hormon tumbuhan
Pengatur Pertumbuhan
Tanaman (PPT)
 Berupa substansi (bahan)
organik (selain vitamin dan
unsur mikro) yang dalam
jumlah sedikit merangsang,
menghambat atau sebaliknya
mengubah proses fisiologis
(Wareing dan Philips, 1978)
 PPT dibagi 2 yi: a) eksogen
(berasal dari luar) , b) endogen,
diproduksi dari bagian dalam
tanaman dikenal sebagai
hormon tumbuhan atau
fitohormon.
 Seringkali pasokan
fitohorman secara alami di
bawah normal sehingga
dibutuhkan pasokan dari
luar
 Fitohormon bekerja secara
sinergis dengan hormon-
hormon lainnya dalam
menimbulkan suatu respons
 Pada dasarnya PPT
endogen atau eksogen
menghasilkan respons
tanaman yang sama
Kriteria dikatakan sebagai
fitohormon (Franklin et. al.,
1991) yaitu :
a. Tempat sintesis
berbeda dari tempat
aktivitasnya
b. Respons dihasilkan
oleh jumlah yang
sangat kecil
c. Respons berbentuk
formatif dan plastik
(tidak terpulihkan)
misalnya respons
tropi
Definisi
 Fitohormon merupakan suatu zat organik yang
dihasilkan dalam tumbuhan tingkat tinggi secara
alami yang mengatur pertumbuhan atau fungsi-
fungsi fisiologis lain dan bekerja pada suatu
tempat yang jauh dari tempat pembentukannya,
dan aktif dalam jumlah yang kecil.
 Hormon merupakan suatu zat yang dibentuk
pada suatu bagian dari organisme, diangkut ke
bagian organisme lain dan mempengaruhi proses
fisiologi tertentu
 Hormon tumbuh adalah suatu zat yang dibentuk
dalam sel tertentu yang diangkut ke sel lain dan
dalam jumlah yang sangat kecil mempengaruhi
proses pertumbuhan
Fitohormon dan fungsinya
Fitohormon dibagi menjadi lima kelas yaitu:
1. Auksin
2. Giberelin
3. Sitokinin
4. Penghambat pertumbuhan
5. Etilen
1. Auksin
1.1 Metabolisme auksin

- Auksin diproduksi oleh jaringan meristem aktif

- Imobilisasi auksin diakibatkan oleh adanya foto-
oksidasi dan oksidasi enzim (IAA-oksidase)
- Transpor auksin terjadi secara basipetal
- Laju auksin adalah linear, umumnya terjadi dalam
floem dan aktif
- Menurun tanpa O2 atau dengan adanya CO2
- Sitokinin dan Giberelin mempercepat transport
auksin
- Konsentrasi tinggi menghambat pertumbuhan
- Pada respon fototropi auksin pada sisi yang tersinari
dirusak oleh sinar
- Pada respons geotropi auksin berpindah pada sel-sel sisi
bawah organ yang horisontal , memacu pemanjangan sel
dan perlengkungan secara asimetris
- Respon bervariasi tergantung pada kepekaan organ
tanaman (mis: batang merespon auksin pada kisaran
yang cukup lebar, akar akan terhambat umumnya pada
hampir semua kisaran hormon)
Fungsi auksin dalam pertumbuhan & perkembangan
1.2 Auksin Sintetik
- Indol -3-acetic acid (IAA)
- Indol-3-butyric acid (IBA)
- 2,4-dichlorophenoxy acetic acid (2,4-D)
- Alpha-Indole propionic acid (IPA)
- 2,4,5-trichlorophenoxy acetic acid (2,4,5 T)
- Alpha dan Beta-Naphthalene acetic acid (NAA)
- Asam pikolinat
- Asam fenoksiasetat
- Asam benzoat auksin sintetik sebagai
herbisida
- Dinitrofenol
1.3 Dominansi Apikal

- Thimann dan Skoog

(1933) membuktikan
bahwa kinerja auksin
menghambat
pembentukan tunas
lateral.
- Pemotongan tunas
apikal mengakibatkan
tumbuhnya tunas
lateral
1.4 Fungsi Auksin

- Memacu pemanjangan koleoptil pada kadar yang rendah

- Mendorong pertumbuhan akar lateral
- Mengatur pembesaran sel
- Mencegah pengguguran buah dan menyebabkan
parthenocarpi
- Pemberantas gulma daun lebar
- Mempengaruhi tekanan osmotic serta reaksi molekuler
- Mempengaruhi enzim dan aktivitas asam nukleat
- Konsentrasi tinggi menghambat pertumbuhan
 Akropetal

Basiptal
2. Giberelin
2.1 Metabolisme Giberelin

- Biosintesis terutama berlangsung di dalam buah dan biji

yang belum masak, dalam tunas, daun dan juga akar
- Translokasi dalam semua jaringan (xylem/floem)
- Pergerakan bebas (ke semua jurusan) baik secara
basipetal ataupun akropetal
- Aktivitas dapat dihambat secara kimiawi (mis, dengan
morfaktin dan etilen)
- Bekerja secara sinergis dengan enzim yang lain seperti
sitokinin dan auksin
- Respon tanaman terutama pada perangsangan
pemanjangan antarbuku (interkalar)
- Respon positif terhadap Giberelin terjadi pada kisaran
yang luas, yaitu pada kisaran yang tinggi tidak bersifat
racun atau tidak memberikan respons negatif (berlawanan
dengan auksin)
- Semua organ tanaman mengandung berbagai macam
Giberelin pada tingkat yang berbeda-beda tergantung
spesies serta umur jaringan
- Sumber terkaya dan merupakan tempat sintesisnya adalah
pada buah, biji, tunas, daun muda dan pada akar
2.2 Fungsi Giberelin
- Mencegah kekerdilan fisiologis dan genetis
- Perkecambahan biji dan pematahan dormansi
- Menimbulkan pembungaan
- Memacu perpanjangan sel
- Pembentukan buah parthenocarpi pada bakal buah
tertentu
- Mengakibatkan pengembangan luas daun
Ket :
GA : Dengan penambahan giberelin
O : Kontrol
3. Sitokinin
kinetin (zat yang mengakibatkan pembelahan sel)
cytokinesis (proses pembelahan sel)

3.1 Metabolisme Sitokinin

- Sitokinin merupakan substansi khusus yang merangsang
pembelahan sel (sitokinesis)
- Akar muda, biji dan buah yang belum masak, jaringan
pemberi makanan, kelapa muda (endospermnya seperti
susu) merupakan sumber yang kaya
- Ada secara alami terbentuk dengan cara fiksasi rantai
beratom C-5 (Isoprena)
- Sitokinin dari akar ditranslokasikan ke seluruh tanaman
melalui aliran transpirasi
- Translokasi dari akar memberikan pengaruh pada
perangsangan tunas lateral/kuncup ketiak (axial bud) yang
tersembunyi akibat dominansi apikal
- Pemanfaatan pada kuncup merupakan pemanfaatan yang
terbesar dibandingkan pada daun
- Sitokinin bekerja sinergis dengan hormon auksin (mis,
pada pembentukan kuncup) namun menghambat
pertumbuhan awal perakaran pada stek batang
- Pemasokan dari luar (eksogen) dapat dengan
meningkatkan pengiriman sitokinin dari akar untuk
memperlambat penuaan dan mengawetkan hasil
fotosintesis
3.2 Fungsi Sitokinin
- Mengatur dan berhubungan dengan aktivitas dalam
morfogenesis
- Pembelahan dan perbesaran sel
- Pematahan dormansi
- Melawan dominansi apikal
- Meningkatkan sintesis protein

» Sitokinin : Memacu pertumbuhan melalui

pembelahan sel dan perbesaran sel
» Auksin : Memacu pertumbuhan melalui
pemanjangan sel dan dominansi apikal
3. Membantu nodulasi

How
Legumes
Make
Nodules
LEGUME NODULES

• Legume nodules are

special plant organs that
house nitrogen-fixing
bacteria called
Rhizobium
• Nodules form on
Legume roots
• Nodules can also form
on stems in some species
www.cilr.uq.edu.au
 Vascular Bundles

Nodule Cortex

Sclerenchyma
Rhizobium
Filled Cells
>25,000 per cell
www.cilr.uq.edu.au
Nodule Cross-Section
NODULE FORMATION

1. Rhizobia attracted to root

2. Rhizobia attach to root hairs

3. Root hair curling

4. Infection thread formation

NODULE FORMATION

5. Root cortical cell division

6. Rhizobia invade cortical cells

7. The nodule grows

8. Fully functional nodule

1: RHIZOBIA ATTRACTED TO ROOT
1. RHIZOBIA ATTRACTED TO ROOT

• Legume roots exude

flavonoids
(Soybean exudes the
isoflavone genistein)
• Rhizobia are attracted to
flavonoids

Petri dish Bacteria turn

contains a blue when a
bacterial lawn reporter gene
is switched
on by plant
exudates
(flavonoids)
2. RHIZOBIA ATTACH TO ROOT HAIRS

Rhizobia

Root Hair

10 mm
2. RHIZOBIA ATTACH TO ROOT HAIRS

Deformed root
hairs
Curled root
hair

Vascular
bundle
3. ROOT HAIR CURLING

50 mm
4. RHIZOBIA INFECT ROOT HAIR

Root Hair Root Hair Curling Infection Thread

Rhizobia Infection Pocket

Legume Root
Vascular Bundle
4. RHIZOBIA INFECT ROOT HAIR

50 mm
5. ROOT CORTICAL CELLS DIVIDE

100 mm
5. ROOT CORTICAL CELLS DIVIDE

100 mm
6. RHIZOBIA INVADE CORTICAL CELLS

50 mm
7. THE NODULE GROWS

2-4 mm
8. FULLY FUNCTIONAL NODULE

root nodule

Rhizobia (green
marker)

100 mm
NODULATION TIMELINE

Roots Inoculation 1-2 days post 4 dpi

(day 0) inoculation (dpi)

4-6 dpi 10 dpi 3 weeks pi

CHEMICAL SIGNALS

• Nodulation involved chemical signals

• Released by both the Legume plant and the Rhizobium
bacteria

Flavones

Nod Factors
FLAVONES AND ISOFLAVONES

• Released by Legume roots

• Signal Rhizobia in the soil that a Legume is
present and ready to nodulate
• Soybean releases Genistein, an isoflavone
FLAVONES AND ISOFLAVONES

Flavonoids in

Root tip and

Thickened root
NOD FACTORS

• Rhizobia in response to
flavones release Nod factors
• Nod factors are sugars with
specific signalling functions
• Nod factors signal to a
legume that Rhizobia are
present in the soil and ready
to live in nodules
NOD FACTORS

• Each Rhizobum species releases unique Nod factors

• All Nod factors have a concerved backbone
• Difference is in the decorations (R1 R2 R3 R4 R5) and number
(n) of sugar repeats
NOD FACTOR RECEPTORS

• Each legume species has receptors specific to a

unique Nod factor
• Therefore each legume species nodulates with its
own Rhizobium
• Soybean -Bradyrhizobium japonicum
• Lotus – Mesorhizobium loti
• General – Rhizobium NGR234
4. Pengambilan nutrisi
What is meant by “plant nutrition”

Uptake from the soil of

mineral elements
“Plant nutrition” specifically
does not refer to
photosynthesis.
The uptake of nutrients from
the soil directly by roots
Mutualistic relationships
between plants and fungi
and microrganisms
The chemical elements required by plants

 Plants require 13 mineral nutrient elements for

growth.
 The elements that are required or necessary for
plants to complete their life cycle are called
essential plant nutrients.
 Each has a critical function in plants and are
required in varying amounts in plant tissue, see
table on next slide for typical amounts relative to
nitrogen and the function of essential nutrients .
 The nutrient elements differ in the form they are
absorbed by the plant, by their functions in the
plant, by their mobility in the plant and by the plant
deficiency or toxicity symptoms characteristic of
the nutrient.
Name Chemical Relative Function in plant
symbol % in plant
to N
Primary macronutrients
Nitrogen N 100 Proteins, amino acids
Phosphorus P 6 Nucleic acids, ATP
Potassium K 25 Catalyst, ion transport

Secondary macronutrients
Calcium Ca 12.5 Cell wall component
Magnesium Mg 8 Part of chlorophyll
Sulfur S 3 Amino acids
Iron Fe 0.2 Chlorophyll synthesis

Micronutrients
Copper Cu 0.01 Component of enzymes
Manganese Mn 0.1 Activates enzymes
Zinc Zn 0.03 Activates enzymes
Boron B 0.2 Cell wall component
Molybdenum Mo 0.0001 Involved in N fixation
Chlorine Cl 0.3 Photosynthesis reaction
How plants take up mineral elements from soil
A. Bulk flow: Uptake in the transpiration stream
Nutrients diffuse to regions of low concentration
and roots grow into and proliferate in soil zones
with high nutrient concentrations (horse manure
in sand).
Dominant in mineral soils:

B. Mycorrhizae: symbiotic relationship with

fungi
Roots are slow growing but mycorrhizal fungi
proliferate and ramify through the soil.
Symbiotic relationship: carbon-nitrogen
exchange.
Dominant in organic soils:
 Mineral soils
Nutrients are available through WATER in the soil

Soil acidity determinesMINERAL

how nutrients become available to plants
SOILS

Small quantities of water molecules dissociate:

H2O OH- + H+
The concentration of dissociated water in freshly-distilled water is
10-7 M. This is used to describe acidity-alkalinity, originally called the pouvoir
Hydrogéne, which we know now as pH.

pH = - log [H+] = - log [10-7M] = 7 for fresh distilled water

A clay particle (much enlarged here) is covered with HOW CLAY PARTICLES PROVIDE
NUTRIENTS

negative charges, anions:

Opposites attract, so metal ions with positive

charge(s), cations, stick all over the surface of the
clay particle:

The root hair cells of plant roots secrete H+ into the water around nearby clay
particles. These smaller H cations replace the larger macro- and micro-nutrient
cations:

2H+

Ca2+

The released cations are now available for uptake into roots.
In this summary occurrence of H+ in soil water
is shown as the result of respiration of CO2
and disassociation of carbonic acid H2CO3 that
forms

Water flow
SUMMARY OF SOIL WATER CHEMISTRY
SINGLE CELL ROOT
HAIRS
Apoplastic and symplastic transport
Recall transport of sucrose from photosynthesizing cells to phloem

Water and cations can be taken up by roots:

1. apoplastically, i.e. through the cell walls and

intercellular spaces,
2. symplastically, i.e. from protoplast to protoplast via
plasmodesmata

However, at the endodermis the apoplastic pathway is blocked

by a waxy deposit of the wall called the Casparian strip.

In some plants is the Casparian strip located in the exodermis

so that the apoplastic barrier works sooner.
 Cross section of endodermis with
the Casparian strip stained pink.
The Casparian strip contains
suberin and lignin
CASPARIAN STRIP

Cross section of Smilax root Cross section of Zea mays root

showing heavily thickened using fluorescence microscopy
endodermis walls showing thickened cell walls on
the inside of endodermis
UPTAKE OF WATER AND NUTRIENTS BY ROOTS

See Equivalent Fig. 32.2B

Water uptake by the root

The ions that have passed through the endodermis are

contained within the vascular tissue.

Water can then be drawn into the root from the soil by
osmosis, the endosmotic root pressure. This can be
sufficient to force water up through the xylem and may be
particularly important when there is not a strong water
potential gradient due to transpiration

Some plants have hydathodes at their leaf margins that

secrete water as droplets, a process called guttation.
FILM CLIP
5. Produksi siderofor
Siderofor adalah senyawa organik
selain antibiotik yang dapat
berperan dalam pengendalian
hayati penyakit tumbuhan.
Siderofor diproduksi secara
ekstrasel, senyawa dengan berat
molekul rendah dengan affinitas
yang sangat kuat terhadap besi (III).
Kemampuan siderofor mengikat
besi (III) merupakan pesaing
terhadap mikroorganisme lain,
Banyak bukti-bukti yang Sumber: Yeni
menyatakan bahwa siderofor
berperan aktif dalam menekan
pertumbuhan mikroorganisme
patogen (Fravel 1988).
 Selain peranannya sebagai agen pengangkutan besi (III), siderofor
juga aktif sebagai faktor pertumbuhan, dan beberapa diantaranya
berpotensi sebagai antibiotik (Neilands 1981).
 Siderofor berpendarfluor kuning-kehijauan yang dihasilkan oleh
Pseudomonas fluoresense disebut sebagai pseudobactin
bermanfaat untuk pertumbuhan tanaman (Neilands & Leong
1986; Leong 1986).
 Pigmen pendarfluor hijau-kekuningan larut dalam air, dikeluarkan
oleh kebanyakan spesies Pseudomonas.
 Contoh: P. airuginosa, P. ovalis, P. mildenbergil, P. reptilivora, P.
geniculata, P. calciprecipitans.
 Pengenalan terhadap pigmen ini tidak susah, terutama jika bakteri
dikulturkan pada medium King’s B (KB).
 Ciri-ciri sebagai pengeluar pigmen ini digunakan sebagai penanda
taksonomi untuk identifikasi bakteri yang disebut sebagai bakteri
Pseudomonas pendarfluor (Meyer et al. 1987).
 Menurut Neilands dan Leong (1986) mungkin
semua Pseudomonas fluoresense dapat
menghasilkan siderofor sejenis pseudobaktin yang
masing-masing berbeda dalam hal jumlah dan
susunan asam amino dalam rantai peptide.
 Pseudomonas fluoresense banyak diteliti
sehubungan dengan kemampuan bakteri ini
sebagai perangsang pertumbuhan (Plant Growth
Promoting Rhizobacteria=PGPR) dan menekan
serangan penyakit yang disebabkan Fusarium
oxysporum dan penyakit akar yang disebabkan
Gaeumannomyces graminis.
 Mekanisme kerja PGPR diketahui sebagai
senyawa yang berfungsi sebagai pemasok zat
makanan, bersifat antibiosis, atau sebagai hormon
pertumbuhan, atau penggabungan dari berbagai
cara tersebut.
 Pseudomonas fluoresense yang diisolasi dari
tanah yang secara alami menekan pertumbuhan
Fusarium juga menekan pertumbuhan
Gaeumannomyces graminis var. tritici penyebab
penyakit take-all
6. Pengendali hayati

 adalah mereduksi kepadatan inokulum/aktivitas

pathogen penyakit sehingga tidak menimbulkan
gejala pada tanaman
 Rhizosphere microorganisms are found in the
area surrounding and influenced by the plant roots.
 Rhizoplane microorganisms are found on the
surface of plant roots.
Why use biological control?

•Biological control agents are

•Expensive
•Host specific
•Chemical pesticides are:
•Cost-effective
•Easy to apply
•Broad spectrum
•Chemical pesticides
•Implicated in ecological, environmental,
and human health problems
•Require yearly treatments
•Broad spectrum
•Toxic to both beneficial and pathogenic
species
•Biological control agents
•Non-toxic to human
•Not a water contaminant concern
•Host specific
•Only effect one or few species
WHEN :
•Biological control agents are
•Expensive
•Labor intensive
•Host specific
WHILE :
•Chemical pesticides are:
•cost-effective
•easy to apply
•Broad spectrum
WILL:
•Chemical pesticides
•Implicated in ecological, environmental, and
human health problems
•Require yearly treatments
•Broad spectrum
•Toxic to both beneficial and pathogenic
species
BUT:
•Biological control agents
•Non-toxic to human
•Not a water contaminant concern
•Once colonized may last for years
•Host specific
•Only effect one or few species
Mechanisms of biological control of plant
pathogens
1. Antibiosis – inhibition of one organism by another as a
result of diffusion of an antibiotic
• Antibiotic production common in soil-dwelling
bacteria and fungi
• Example: zwittermicin A production by B. cereus
against Phytophthora root rot in alfalfa
2. Nutrient competition – competition between
microorganisms for carbon, nitrogen, O2, iron, and other
nutrients
• Most common way organisms limit growth of others
• Example
• P. fluorescens, VITCUS, prevents bacterial blotch by
competing with P. tolaasii
3. Destructive mycoparasitism – the parasitism of
one fungus by another
• Direct contact
• Cell wall degrading enzymes
• Some produce antibiotics
• Example
• Trichoderma harzianum, BioTrek, used as seed
treatment against pathogenic fungus
Requirements of successful biocontrol
1. Highly effective biocontrol strain must be obtained or produced
a. Be able to compete and persist
b. Be able to colonize and proliferate
c. Be non-pathogenic to host plant and environment
2. Inexpensive production and formulation of agent must be
developed
a. Production must result in biomass with excellent
shelf live
b. To be successful as agricultural agent must be
i. Inexpensive
ii. Able to produce in large quantities
iii. Maintain viability
3. Delivery and application must permit full expression of the
agent
a. Must ensure agents will grow and achieve their purpose
Contoh:

Coiling of Trichoderma around a pathogen.

(Plant Biocontrol by Trichoderma spp. Ilan
Chet, Ada Viterbo and Yariv Brotman)

Pseudomonas flurescens dengan Ralstonia

solanacearum (Yeni)
• Action against pathogenic fungi

1. Attachment to the host

hyphae by coiling
a. Lectin-carbohydrate
interaction

(Hubbard et al., 1983. Phytopathology 73:655-659).