GLI ENZIMI

La via per accelerare i processi biologici

 ENZIMI
Sono delle proteine altamente specializzare con attività catalitica, accelerano
le reazioni chimiche rimanendo inalterati al termine della reazione stessa.
La loro struttura, come quella delle proteine, è molto complessa e caratterizzata da
una ben precisa configurazione tridimensionale con ripiegamenti, rientranze e
sporgenze.
Il sito attivo dell’enzima è un regione (estremamente piccola della molecola) a
forma di fessura o di tasca che istaura legami con il substrato. E’ costituito da pochi
residui di amminoacidi con una configurazione spaziale ben definita,
complementare a quella del substrato con cui interagisce.
Per l’interazione enzima substrato è stato suggerito il modello chiave serratura:
La maggior parte degli enzimi portano nella loro molecola una parte non proteica.
In questo caso l’enzima intero prende il nome di oloenzima,
la componente proteica di apoenzima,
la non proteica di gruppo prostetico
Se il gruppo prostetico è facilmente dissociabile dall’apoenzima esso prende il nome di
coenzima.
La nomenclatura e la classificazione degli enzimi si basa sul tipo di reazione catalizzata, si hanno
così 6 classi di enzimi:

All’interno delle classi gli enzimi vengono generalmente classificati in base al nome del
substrato specifico
 DIFFERENZE TRA ENZIMI E CATALIZZATORI INORGANICI

Gli enzimi si distinguono dai comuni catalizzatori inorganici per le seguenti significative
caratteristiche:
A differenza dei catalizzatori della chimica inorganica che sono composti molto
Peso semplici spesso anche semplici atomi, gli enzimi sono molecole proteiche e,
pertanto, espressione dei geni. Sono caratterizzati da un peso molecolare molto
molecolare alto e da una configurazione tridimensionale piuttosto complessa, articolata nelle
quattro strutture proprie delle proteine.

Diversamente dai catalizzatori inorganici che molto spesso si comportano da

pas-partout e catalizzano numerose reazioni anche molto diverse tra loro, gli
Specificità enzimi sono altamente specifici sia verso il substrato sul quale agiscono, sia
verso il tipo di reazione che catalizzano. La maggior parte di enzimi agisce su
di un unico substrato o su un numero molto limitato di composti.

Potere Gli enzimi accelerano le reazioni almeno di un milione di volte.

catalitico
 ENERGIA DI ATTIVAZIONE
Perché una reazione chimica possa avvenire, si devono rompere i legami preesistenti e si
devono eventualmente formare nuovi legami.
Consideriamo una popolazione di molecole R-X che devono reagire per formare il prodotto R+
X-.
Affinché una reazione chimica avvenga è necessario:
• le molecole si urtino
• urto efficace, nel senso che le molecole che si urtano devono avere un contenuto energetico
tale da permettere loro di formare il complesso attivato (Rδ+--- X δ-) ad alto contenuto
energetico e bassa stabilità.
Il livello energetico a cui è localizzato il complesso attivato si chiama stato di transizione.

La differenza di energia tra i reagenti e lo stato

di transizione viene detta energia di attivazione
(Ea).
Ea rappresenta quindi una barriera energetica che i
reagenti devono superare per trasformarsi nei
prodotti.
Il tutto può essere simpaticamente rappresentato come un sasso (reagente) che per arrivare a
valle (prodotto) deve superare la montagna (Ea)

Maggiore è il numero di molecole R-X capaci di

formare, nell’unità di tempo, il complesso attivato
maggiore sarà la velocità di reazione.

La velocità di reazione è definita come la quantità di sostanza

consumata o prodotta nell’unità di tempo:

v = dc/dT

Una reazione chimica può essere accelerata aumentando la temperatura. Infatti

aumentando la T aumenta l’energia cinetica delle particelle aumenta il numero
degli urti efficaci tra le molecole un maggior numero di particelle, nell’unità di tempo,
formerà il complesso attivato.
 CATALISI ENZIMATICA
Un altro modo per accelerare una reazione è quello di aggiungere un enzima (E). E si lega
alle molecole R-X per formare il complesso attivato (E-Rδ+---Xδ-) il cui stato di transizione è
più basso rispetto a quello della reazione non catalizzata. Così alcune molecole di R-X che
prima non erano in grado di reagire, adesso legandosi a E entrano nello stato di transizione (più
basso) per formare i prodotti.

Gli Enzimi catalizzano tutte le reazioni che

avvengono nell’ambiente cellulare dove le
condizioni di temperatura e concentrazione
esistenti comporterebbero tempi di reazione
molto lunghi.
 Come si misura la velocità di una reazione catalizzata
La velocità di reazione è definita come la quantità di sostanza consumata o prodotta
nell’unità di tempo.

Un altro modo per esprimere la velocità di una reazione catalizzata è il numero di

turnover. Esso indica il numero di molecole di substrato che reagiscono con una
sola molecola di enzima nell’unità di tempo. La velocità di reazione cambia da
enzima ad enzima ed è caratteristica di ognuno di essi.

[P] Andamento nel tempo di una reazione

Concentrazione

enzimatica misurata come comparsa del

prodotto (P) o scomparsa del substrato (S).
La linea tratteggiata tangente alla curva
rappresenta la velocità iniziale v0
vo [S]

Tempo

All’inizio quando è praticamente presente tutto il substrato la velocità segue un andamento rettilineo (v0), a mano a mano
che il substrato viene consumato la velocità rallenta fino a raggiungere un plateau quando tutto il substrato è stato
convertito in prodotto.
 La velocità di una reazione catalizzata è influenzata dai
seguenti fattori

✴Concentrazione del substrato

✴Concentrazione dell’enzima

✴ Temperatura

✴ pH

✴ Inibitori
 CONCENTRAZIONE DEL SUBSTRATO

A parità di altre condizioni (temperatura, concentrazione

di enzima, pH, ecc.) riportando in grafico la
concentrazione di substrato in funzione della v0 si ottiene
una curva iperbolica.
Si osserva che, nel primo tratto della curva (rettilineo) la
v0 è direttamente proporzionale alla concentrazione di
substrato (aumentando la concentrazione di S aumenta
proporzionalmente il numero di molecole che formano il
complesso ES).
Una volta raggiunta una certa concentrazione di S la v0
cresce più lentamente fino a raggiungere un valore
massimo quando tutto l’enzima è saturato dal substrato e
pur continuando ad aumentare la concentrazione di S la v0
rimane costante (Vmax).
E’ possibile risalire alla velocità di una reazione enzimatica dall’equazione v0= Vmax [S] / [S]
+ Km proposta dai due studiosi Michaelis e Menten. Nell’equazione, v è la velocità di
reazione, Vmax la velocità massima, [S] la concentrazione del substrato e Km è la costante di
Michaelis-Menten.
Km corrisponde alla concentrazione di S alla quale la velocità è = Vmax/2
 Equazione di Michaelis-Menten
Vmax [S]
v0 =
Km + [S]
A basse concentrazioni di substrato, quando [S] è molto più piccola di Km e quindi trascurabile, si ha
v0 = Vmax [S] / Km cioè, la velocità è direttamente proporzionale alla concentrazione del substrato.
Ad alte concentrazioni di substrato, quando [S] è molto più grande di Km, Km diventa trascurabile e si ha
v0 = Vmax, cioè, la velocità è la massima, indipendentemente dalla concentrazione del substrato.
I valori di Km variano moltissimo da enzima ad enzima ed esprimono l’affinità che l’enzima ha per il
substrato. Osservando la posizione di Km sul grafico velocità contro concentrazione di substrato, si può
notare che se Km è bassa, in ogni istante è necessaria una bassa concentrazione di substrato per saturare metà
delle molecole di enzima e questo è segno di alta affinità dell’enzima per il substrato, mentre se Km è alta,
occorre una più alta concentrazione di substrato per saturare metà delle molecole di enzima in ogni istante e
questo vuol dire che l’enzima presenta bassa affinità per il substrato. Il valore di Km è indipendente dalla
concentrazione dell'enzima e dalla concentrazione del substrato.
 Per un calcolo più accurato della Vmax e della Km è opportuno trasformare
matematicamente l’equazione di Michealis-Menten facendo il reciproco di
entrambi i lati dell’equazione

Vmax [S] 1 KM 1 1
v0 = ………… = +
Km + [S] v0 Vmax [S] Vmax

Si ottiene il grafico dei doppi reciproci (o grafico di Lineweaver-Burk) mediante il

quale la curva iperbolica viene convertita in una retta
 CONCENTRAZIONE DELL’ENZIMA

La velocità iniziale v0 di una reazione

enzimatica è direttamente proporzionale alla
concentrazione dell’enzima.

v0
5
Km è indipendente dalla concentrazione
dell’enzima

Unità enzimatica: quantità di enzima capace

di trasformare una μmole di S in 1 minuto a
25 °C nelle condizioni ottimali del saggio.

È quindi possibile misurare l’attività di un enzima

(cioè la sua concentrazione espressa come unità per
volume o per g di peso fresco o secco) mediante una
misura della Vo ed in particolare della Vmax. Tali
misure si effettuano utilizzando una concentrazione
saturante di substrato (∼ 5 volte la Km quando la
vo=Vmax) e monitorando la reazione nei primi
minuti, quando tutto il substrato è praticamente
disponibile.
 TEMPERATURA
La velocità delle reazioni enzimatiche varia col
crescere della temperatura secondo il grafico a
campana riportato. Si può osservare che,
inizialmente, la velocità cresce al crescere della
temperatura, raggiunge un massimo in
corrispondenza di una certa temperatura definita
ottimale, si riduce, in seguito, per effetto della
denaturazione dell’enzima.

pH
Come la variazione della temperatura, in
modo un poco più complesso, anche la
variazione del pH influenza la velocità delle
reazioni enzimatiche. Anche in questo caso,
la curva presenta un andamento a campana e
l’attività enzimatica manifesta un massimo in
corrispondenza di un valore definito pH
ottimale legato alla natura del substrato.
 Inibitori
In molti casi, molecole specifiche o ioni possono competere con le molecole di substrato nel legarsi con
l’enzima ed inibire l’attività dell’enzima.
L’inibizione può essere irreversibile e reversibile.

IRREVERSIBILE
E’ irreversibile quando l’inibitore si va a legare al sito catalitico dell’enzima con un legame molto forte,
impedendo l’accesso del substrato.

I+E Ki EI inattivo

Un esempio di inibizione irreversibile è dato dall’azione dei gas nervini che bloccano l’azione
dell’enzima acetilcolinesterasi, un enzima che ha un ruolo importantissimo nella trasmissione
degli impulsi nervosi.
 REVERSIBILE
L’inibizione reversibile può essere competitiva, quando gli inibitori sono, da un punto di
vista chimico, molto simili alle molecole di substrato e si legano agli stessi siti attivi, e
non competitiva, quando gli inibitori si legano a siti dell’enzima diversi da quelli che
legano il substrato e, pertanto, possono legarsi sia all’enzima che al complesso ES.
COMPETITIVA NON COMPETITIVA

L’inibitore possiede una struttura molto simile a quella

del substrato la similitudine porta il substrato e
l’inibitore a competere per lo stesso sito attivo
dell’enzima. L’esito della competizione dipende dalla
concentrazione delle due molecole che si contendono il
sito attivo
Può essere completamente rimossa aumentando
notevolmente la concentrazione di substrato
L’inibitore si lega all’enzima in una zona diversa da
quella del sito attivo dando luogo al complesso EI
inattivo. Il legame dell’inibitore deforma la
conformazione spaziale dell’enzima ed il suo sito
catalitico pur potendosi legare al substrato risulta
inattivo.
E’ possibile distinguere la inibizione competitiva da quella non competitiva
1/Vmax
In presenza di inibitore per ottenere la
stessa velocità di reazione che in sua
assenza, è necessario aumentare la
concentrazione di substrato. La Vmax
rimane invariata (infatti a concentrazione
elevata di substrato tutta l’inibizione
viene rimossa) mentre la Km aumenta -
1/Km diminuisce.
1/Vmax
A qualsiasi concentrazione di
substrato la velocità di reazione in
presenza di inibitore è sempre minore
che in sua assenza. Quindi la Vmax
diminuisce 1/Vmax aumenta,
mentre la Km rimane costante.