Herramientas computacionales

para el diseño de rutas

bioquímicas sintética
• Al concebir el diseño de una nueva vía biosintética tiene que
encontrar soluciones óptimas para la selección de camino maneras,
enzimas u organismos
• explorar cómo el uso de herramientas computacionales potentes
puede conducir a un mejor y más rápido diseño e implementación de
nuevas vías.
• examinamos cómo buscar con eficacia las bases de datos de
secuencia para obtener una lista de candidatos partes (tales como los
genes y Operones)
Predicción y priorización de las posibles vías
• Durante la última década, una serie de algoritmos de predicción de
vía de cálculo se ha generado que puede ayudar en la vía (re) diseño.
• Algunos predictores se centran en el cambio de vías existentes a
través de hacer knockouts o la adición de nuevas enzimas .
• Otros predictores se han construido para identificar posibles vías
metabólicas
• Más recientemente, varios algoritmos han sido construidos
complejas heurísticas de búsqueda para encontrar y clasificar todas
las vías posibles.
 Software para la identificación vía metabólica
y su clasificación
• Un sistema accesible y fácil de usar para la identificación vía es a
partir de metabolitos de metabolitos (FMM).
• Servicio web disponible gratuitamente a través del cual uno puede
buscar posibles caminos entre entrada conocida y compuestos de
salida
Combina la KEGG información mapas y KEGG ligando a
formar mapas Path-

Los inconvenientes de este sistema son que se

limita a las vías caracterizadas que están presentes en el marco
KEGG
Identifica los correspondientes
genes y organismos y da una salida en la que diferentes formas
Pathse pueden comparar
• Bnice ; predice nuevas vías sobre la base de las reglas de reacción
algo más amplia de la clasificación de la Comisión de Enzimas sistema.
• no se limita a las entradas de una base de datos específica sino que
también puede predecir las vías desconocidas
• puede escoger solamente búsqueda de una vía utilizando reacciones
enzimáticas de una vía conocida, una combinación de múltiples vías o
de toda la red metabólica.
• Bnice predice más de 10.000 diferentes vías para la biosíntesis o
degradación de un determinado compuesto .
• Recientemente, han sido pioneros en un enfoque de prioridades en
el marco Bnice por la clasificación de nuevas 3-hidroxi-propanoato de
rutas de biosíntesis por viabilidad termodinámica, la longitud de la
vía, el rendimiento máximo alcanzable y la actividad máxima
alcanzable .
• DESHARKY , está basado en reacciones enzimáticas, pero se acerca a
la búsqueda de nuevas vías de manera muy diferente
• para DESHARKY es el primer paso de la vía de predicción después del
diseño compuesto

• Nature Reviews han construido un sistema unificado que tanto

predice y se ubica vías.
• Un algoritmo ing Rank- entonces prioriza las vías sobre la base de
covalencia sitio de unión (similitud de las reacciones en términos de
cambios en la estructura química), la similitud química
CRITERIOS PARA LA CLASIFICACION DE LAS VIAS
Suele ser deseable buscar vías antes de elegir un huésped adecuado.
Mejores vías tienes que ser elegidos sobre la base de unos criterios teóricos.

Al combinar inteligentemente las ventajas de varias herramientas, las predicciones

tienen el potencial de hacer posible la exploración de las vías que son
químicamente más versátiles.

MODELADO METABOLICO EN ORGANISMOS HUESPEDES

CANDIDATOS

La competencia con las vías de nativos y metabolitos, productos secundarios

imprevistos y circuitos de retroalimentación son solo algunos de los posibles
efectos que el contexto del organismo huésped puede tener en la nueva vía.
Algoritmos tales como OptKnock y OptFlux están disponibles para proveer al
investigador con sugerencias sobre qué camino noquear sobre la base de flujo
metabólico simulaciones.

GENOMA ESCALA DE MODELADO METABOLICO

Tales modelos permiten in silico la predicción del comportamiento de una vía
utilizando el análisis de flujo de equilibrio basado en restricciones.

El MATLAB basado en COBRA, se puede utilizar para llevar a cabo TMFA, pero
también se puede realizar con los servidores fáciles de usar web o interfaces
gráficas de usuario (GUIs), tales como SurreyFBA, CycSim y el Biomet.

Uno de los principales cuellos de botella en el uso de modelos metabólicos es el

bajo nivel de estandarización de los archivos SBML, a veces haciendo modelos
incompatibles entre las herramientas.
Alrededor de 40 manualmente reconstrucciones genoma escala metabólica de
diferentes bacterias se han publicado hasta la fecha. Curiosamente, un nuevo
enfoque recientemente se ha publicado que pueden generar automáticamente
modelos metabólicos sobre la base de las secuencias del genoma de la anotación
de ellos de una manera uniforme, que une enzimas predichos a reacciones y
llenando vacíos.

ESTRATEGIAS PARA LA IDENTIFICACION DE PIEZAS

Para construir una vía, está la necesidad de encontrar las partes en forma de
dominios de genes y operones.

Una gama de piezas ya está disponible en los registros de piezas en línea y varios
esfuerzos importantes están en marcha para sistemáticamente estandarizar un
gran número de partes biológicas de una manera consistente.
Identificación de genes y dominios

Los dominios de genes con mayor facilidad pueden ser identificados mediante la
búsqueda tradicional para los dominios de proteínas codificadas con los modelos
ocultos de Markov, INTELIGENTE, o bases de datos TIGRFAM.

Si la partes deseadas son genes individuales, pueden ser identificados por una
simple búsqueda en BLAST.

Identificación de los módulos de múltiples genes

Uno de los medios disponibles en la actualidad que identifique los valores de
regiones genómicas que son homólogas a un determinado modelo operón es el
«identificar las regiones homólogas herramienta en el Integrado genoma
microbiano (IMG) del sistema del Instituto Conjunto del Genoma».
SOFTWARE DE DISEÑO ASISTIDO POR ORDENADOR
• GeneDesign, ofrece varias opciones adicionales, tales como la adición de
sitios de restricción.
• Diseñador gen 2.0 , ofrece una interfaz de usuario de arrastrar y soltar
integral para construcciones genéticas que incluyen partes reguladoras como
promotores, RBS, y terminadores de transcripción.
• GenoCAD, más fácil de manejar, menos amplio, ayuda al usuario en el diseño
de construcciones genéticas correctamente comprobando de forma interactiva
contra un conjunto especificado por el usuario.

SINTESIS DE ADN Y LA INTEGRACION

DNAWorks y TmPrime, están disponibles para diseños oligonuclétidos para la

síntesis de genes basado en PCR.
Perspectivas futuras
La capacidad de predecir las vías computacionalmente, identificar variantes de las
piezas necesarias y las redes de modelo en el genoma escala metabólica de los
organismos huésped candidatos ofrece una gran promesa para acelerar el campo
en desarrollo de la ing. ruta sintética.

La velocidad del progreso dependerá en gran medida los avances alcanzados en

el desarrollo de software y datos sistemáticos.

El campo de la metaboloma, que tiene su propia rama fundamental del desarrollo

de software, será calve en el acoplamiento de las predicciones a mediciones
experimentales reales.