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Árvores filogenéticas
Por exemplo:
Só devem ser utilizadas características exclusivas
do grupo em questão, eliminando as
características compartilhadas com outros
grupos, surgindo assim a ideia de caráter derivado.
Ex: Segmentos nos anelídeos se comparado com nematóides
• A utilização apenas dos caracteres derivados privilegia a
novidade evolutiva (apomorfia) que cada grupo apresenta
e elimina muitos aspectos compartilhados com outros
grupos.
00
0
1
• Através de procedimentos matemáticos (algoritmo), com o uso de
programas para computador (Hennig 86, PAUP, TNT), produz-se árvores
filogenéticas ou cladogramas, que representam as relações de
parentesco dos organismos analisados, ou seja, as relações filogenéticas.
Clado:
É a denominação destes grupos, daí o nome
Cladismo também aplicado a esta escola.
Exemplo de grupos-irmãos.
A forma de classificação dos organismos sofreu uma
profunda modificação nas últimas quatro décadas, em
função do advento da Sistemática Filogenética.
casuais
Modelo de um parâmetro
(Jukes e Cantor)
A taxa de substituição
em cada direção é
A taxa de substituição
para qualquer nt é 3
A probabilidade que um
nt não mude é 1 - 3
Árvore: processo de ramificação
Espécies Lugares
Genes
TAXA
(unidade sob comparação)
então...
Fonte:
Nature.com
Partes de uma árvore
Raiz (root)
tempo
Ramo
(branch)
Nó interno (joint)
Nó externo (joint)
Inferência de uma
árvore com métodos
baseados em distância
Fonte:
Nature.com
Inferência de uma
Como inferir uma árvore?
árvore
• A partir da distância genética.
Inferência de uma árvore
Como inferir uma árvore?
• A partir da distância genética
Isso é tudo?
• Distâncias têm que ser corrigidas por causa
de múltiplas substituições
Inferência de uma árvore
Como inferir uma árvore?
• A partir da distância genética
Isso é tudo?
• Distâncias têm que ser corrigidas por causa
de múltiplas substituições
• Exemplo: algoritmo de Jukes-Cantor
Métodos de construção de árvores
filogenéticas
Métodos baseados em distância
Evolução mínima – estima-se para cada árvore
alternativa o comprimento de cada braço a partir das
distâncias entre os táxons. A árvore escolhida é a que
tem menor somatória do comprimento de braços.
Métodos de construção de árvores
filogenéticas
Agrupamento de vizinhos (Neighbor Joining):
Baseado no método de evolução mínima – não examina
todas as topologias possíveis, mas procura encontrar vizinhos
que minimizem o comprimento total da árvore.
Neighbor-Joining
A
C
centro
B
Neighbor-Joining
• Usa condição de 4-pontos para selecionar nós
vizinhos a serem combinados
– Supor que 1 e 2 são vizinhos
i
1
centro
j
2
36 Árvores Filogenéticas
37 Árvores Filogenéticas
Proteinas sem relação
Nivel de reacao
Figure 2. Phylogenetic tree of GH12 endoglucanases. The tree was constructed
with Neighbor-joining method implemented in MEGA5.0. Bootstrap with 500
replicates. The values at the nodes are the bootstrap values.
►GenBank
GenBank
Busca de seqüências
Xilanase recombinante de C. crescentus codificada
pelo gene xynA1 (CCNA 02894
Se for GENE seguir
GENE!
Alinhamento de seqüências
►Mega
http://www.megasoftware.net/
"O software (MEGA) Análise Genética da Evolução foi
desenvolvido com o objetivo de fornecer um conjunto
integrado de ferramentas biológicas para análises estatísticas
de dados de DNA e sequências de proteínas a partir de um
ponto de vista evolutivo."
VAMOS PRATICAR?
PROTOCOLO.
http://www.megasoftware.net/mega4/