Bioquímica Fundamental

Prof. Rodrigo Santos

Unidade Temática I

 Introdução à Bioquímica

 Origem da Vida

 Química da Água

 Nucleotídeos e Ácidos Nucléicos

 Vitaminas
Unidade Temática II

 Aminoácidos e Proteínas

 Enzimas e Cinética Enzimática

 Carboidratos

 Lipídios
Prof. Rodrigo Santos

João Pessoa/2015
Introdução
Complexidade de células e organismos vivos

Macromoléculas
biológicas Utilizam Energia

Proteínas Lipídeos
Carboidratos Ác. Nucléicos

Rotas complexas e integradas Bioquímica

Introdução
“É a ciência que estuda a estrutura e as propriedades das
biomoléculas, a sua origem e os seus destinos, bem como o
controle da síntese e degradação dessas substâncias” (Siqueira,
2001).

Elucidação da
natureza molecular
Multidisciplinaridade dos processos vitais

Similaridade entre A partir de

Tipos de
células de todos os moléculas
Biomoléculas
organismos menores
Introdução

Quais as estruturas químicas e tridimensionais das moléculas

biológicas;
Como as moléculas biológicas interagem;
Como as células sintetizam e degradam as moléculas
biológicas;
De que maneira a energia é conservada e utilizada pela célula;
Quais os mecanismos de organização das moléculas biológicas;
Quais os mecanismos de coordenação das atividades
biológicas;
De que maneira a informação genética é armazenada,
transmitida e expressa.
Introdução
“Força Vital”

Friedrich Wöhler
(1828)

Engloba reações da
Química Orgânica

Grupos funcionais
Prof. Rodrigo Santos

João Pessoa/2015
 O que é vida???
Um ser vivo é algo que atenda o
conjunto das definições a seguir:
A definição Fisiológica:
Um ser vivo é definido como sendo um ser capaz
de realizar algumas funções básicas, como comer,
metabolizar, excretar, respirar, mover, crescer,
reproduzir e reagir a estímulos externos.

Várias máquinas realizam todas estas funções e, entretanto,

não são seres vivos. Um automóvel, por exemplo, come e
metaboliza a gasolina, e joga seus excrementos pelo escape.
Respira oxigênio e expira gás carbônico. Por outro lado,
algumas bactérias vivem na ausência completa de oxigênio,
isto é, não respiram, e, sem dúvida, são seres vivos.
A definição, portanto, tem falhas!
 O que é vida???
A definição Metabólica:

Um ser vivo é um objeto finito, que troca matéria

continuamente com as vizinhanças, mas sem
alterar suas propriedades gerais.

A definição parece correta mas, novamente, existem

excessões: certas sementes e esporos são capazes de
permanecer imutáveis, dormentes, durante anos ou séculos
e, depois, nascerem ao serem semeados. A chama de uma
vela, por outro lado, também tem uma forma definida, e
troca matéria continuamente com as vizinhanças.
 O que é vida???
A definição Bioquímica:

Seres vivos são seres que contém

informação hereditária reproduzível
codificada em moléculas de ácidos
nucléicos e que controlam a
velocidade de reações de
metabolização pelo uso de catálise
com proteínas especiais chamadas de
enzimas.
 O que é vida???
A definição Termodinâmica
O segundo princípio da termodinâmica diz que, em
um sistema fechado, nenhum processo que leve a um
aumento da ordem interna do sistema pode ocorrer.
O universo, como um todo, está constantemente indo
para uma situação de maior desordem - a entropia
do universo aumenta com o passar do tempo.

No organimo vivo a ordem parece aumentar: uma

planta pega moléculas ordinárias de água e gás
carbônico e as transforma em clorofila, açúcares e
outros carboidratos, moléculas bem mais
elaboradas e ordenadas.
Isto ocorre porque um ser vivo é um sistema
aberto, que troca massa e energia com as
vizinhanças.
 Qual a origem da vida?
Geração Espontânea & Panspermia

Panspermia - a
vida foi "semeada"
em nosso planeta,
vinda do espaço;

Geração Espontânea - a vida se formou

aqui, a partir dos elementos químicos que deram
origem ao nosso planeta;
 Origem da vida
 Anaxágoras, precessor de Sócrates, advogava a
favor da "Panspermia".

 Aristóteles defendia a "Geração Espontânea".

 A teoria da "Geração Espontânea" teve a

preferência da ciência há mais de 2.000 anos.
Durante a idade média, contou com inúmeros defensores,
tais como Santo Agostinho, São Tomas de Aquino, René
Descartes e Isaac Newton.

No século XVII, os experimentos levavam a acreditar na

geração espontânea da vida:
•Do lixo ou qualquer matéria em decomposição surgiam,
inexplicavelmente, larvas de moscas e mosquitos.
 A Origem da vida
 Um dos primeiros opositores de destaque
à "teoria oficial" da Geração Espontânea
foi o naturalista Francesco Redi (1626-
1698). Em resposta a Aristóteles, Redi
demonstrou experimentalmente que só
aparecem larvas de moscas no lixo,
quando deixamos moscas pousarem nessa
carne.
• Lazzaro Spallanzani, provou que os espermatozóides eram
necessários para a reprodução dos mamíferos.

Mas, mesmo assim, a idéia da geração espontânea sobrevivia:

como explicar a fermentação do suco de uva? De onde vinham
as "criaturas minúsculas" que promoviam a transformação do
açúcar em álcool?
A Origem da vida
 A Origem da vida
• A teoria da Geração Espontânea, tal como formulada por
Aristóteles, só foi refutada definitivamente no séc. XIX, graças
ao trabalho de Louis Pasteur.

Somente em 1850, Louis Pasteur demonstrou que quem

promovia a fermentação do suco de uva eram germes
microscópicos.
Mostrou que o calor era capaz de ‘‘remover’’ os germes e evitar
a fermentação.
 O Mundo Pré-Biótico
Fonte e
Terra e suas
Surgimento ??? principal
águas
suporte à vida

Big Bang

Estrelas Planetas

Decréscimo por
expansão

Temperatura em
torno de 15 x 109 K
 O Mundo Pré-Biótico
Estágios iniciais do universo com Hidrogênio, Hélio e pouco Lítio

Reações termonucleares nas estrelas;

Elementos Químicos Explosões de estrelas;

Restantes Ação dos raios cósmicos fora das estrelas
desde a formação da galáxia.

Isótopos mais abundantes com

núcleos particularmente estáveis

Terra e sistema solar com 4

a 5 bilhões de anos

Supernovas
 O Mundo Pré-Biótico
 Elementos constituintes da matéria viva: (98%)
◦ C, N, O, H, P, S;

 Atmosfera Minerais Demais

primitiva fatores
◦ H2O Fe
◦ N2 Si Temperatura
◦ CO2 Cu Radiação
◦ CH4 Al Eletricidade
◦ NH3 Na
◦ SO2 K
◦ H2 Cl
◦ CO
◦ H2S
O Mundo Pré-Biótico
O Mundo Pré-Biótico

Experimento de Miller-Urey
 O Mundo Pré-Biótico

A partir de H2O + HCN + HCHO

O Mundo Pré-Biótico
O Mundo Pré-Biótico
Surgimentos de grupos funcionais
de compostos orgânicos
 Importância na ordem de
polimerização
Moléculas catalíticas poderiam ter facilitado a produção em grande
quantidade de moléculas complexas, permitindo suas acumulações.

Permitindo surgimento de sistema complexo com algumas

características dos organismos vivos.

Com organização não-aleatória; tendendo a reproduzir-se e

competindo com outros sistemas pelas moléculas orgânicas simples
presentes no ambiente.

Código genético é a relação entre a sequência

nucleotídica nos ácidos nucléicos e a sequência de
aminoácidos nas proteínas.
 Reações entre grupos
funcionais

 Evolução Química

 "A combinação de diferentes grupos funcionais

numa molécula maior aumenta a versatilidade
química da molécula"

O Inteiro é maior que a soma das partes!

 De moléculas a Células
Argila deve ter catalisado as primeiras reações de polimerização

O tamanho e a composição das macromoléculas eram limitados

Pela matéria Disponibilidade Eficiência dos

inicial de moléculas de processos e
partida resistência à
degradação

A existência de numerosas teorias sobre a origem da vida indicam

que muito desse processo encontra-se obscuro para a ciência e que
há vários tópicos a serem intensamente investigados.
 De moléculas a Células

Descoberta da função catalítica da molécula de RNA

Ponto principal na origem da vida – Replicação e Catálise

Evolução para um sistema de catálise mais específicos e eficientes

– Proteínas.

DNA assumindo a função de material genético principal

 Complementariedade

Tornar possivel uma molécula replicar-se ou copiar-se

através da montagem de uma nova molécula a partir de
unidades complementares menores.
Momento crítico
DNA
Surgimento de sistemas autônomos de replicação.
Com o passar dos tempos a seleção natural favoreceu as moléculas que
fizessem cópias mais precisas de si.
 Evolução – Primeiras “células”

SELEÇÃO NATURAL
 Todos esses componentes competiam
entre si na « sopa primordial ».

 Compartimentalização:
◦ formação de vesículas que englobaram os
sistemas de replicação autônomos e
catalisadores.

Coacervados & microesferas?

Evolução – Primeiras “células”
Coacervados ou microesferas?

Diferente, em
composição, do
meio externo

Proteinóide

Compartimentalização impede que moléculas precursoras se

dissipem nas águas primitivas.

Diferença nas condições de formação de aminoácidos e ácidos

nucléicos
 Coacervados ou microesferas?

 Teoria de Oparin. – Coacervados

◦ Modelo para explicar como moléculas grandes,
tipo proteinóides, teriam se agregado na água,
formando estruturas maiores.

Corte em uma
Formação de coacervados microesfera
(protocélula)
 Compartimentalização
 Vantagens:
◦ Proteção contra efeitos ambientais
◦ Manutenção de ambientes com
concentrações diferentes de substâncias
(favorecimento de reações)

 Desvantagem:
◦ Esgotamento de energia, nutrientes e/ou
moléculas indispensáveis do lado interno da
membrana.
Necessidade do desenvolvimento de vias
metabólicas para geração de Energia e
Metabólitos
 Evolução – Primeiras “células”
A seleção natural favoreceu os organismos que desenvolveram
mecanismos para a síntese de compostos a partir de precursores
mais simples e mais abundantes.

Necessidade de fontes energéticas.

Esgotamento de substâncias ricas em energia.

Desenvolvimento de rotas energéticas.

 Respiração e Fermentação
• Suponhamos que o primeiro organismo era
heterótrofo, como ele obteria energia?

Respiração ou Fermentação?
◦ respiração que depende de O2 molecular, inexistente na época;
◦ fermentação, processo mais simples, cuja realização dispensa a
presença de oxigênio.

• O primeiro organismo deve ter sido um

heterótrofo fermentador, ou
quimiosintetizante.

Até agora os seres eram – Anaeróbicos!

 Problema!!!
A velocidade de consumo do alimento,
no entanto, cresce continuamente, já
que o número de organismos aumenta;
a reposição desse alimento orgânico
através das reações químicas que
descrevemos é obviamente muito mais
lenta que o seu consumo.

Tendência a grande colapso, e morte « por

fome » desses primeiros seres vivos.
 Surge a fotossíntese

 Antes do esgotamento total do alimento

nos mares, surgiram os primeiros
organismos capazes de realizar
fotossíntese;

 A capacidade de produzir alimento fecha o

ciclo produtor/consumidor e permitiu o
prosseguimento da vida.

• Fonte inesgotável de energia – Sol

• Produção de O2 - mudança na atmosfera
 Oxigênio

 Agente oxidante forte!

 Inflamável!

 Novo grande processo de reformulação

metabólico (nova seleção natural)
◦ Evitar os danos oxidativos;
◦ Usar O2 para metabolismo oxidativo
(E favorável) – desenvolvimento da respiração
 Surge a respiração
 Com o aumento da concentração de O2, puderam surgir
organismos capazes de respirar aerobicamente.

 A respiração, permite extrair do alimento maior

quantidade de energia do que a fermentação.
• A presença de oxigênio molecular na atmosfera acabou
permitindo o aparecimento, na atmosfera, da camada de
ozônio - filtração da radiação UV (mutagênica);

• O aparecimento do ozônio prepara o terreno para uma

futura conquista do ambiente seco.
 Estratégias
Conservar e Utilizar
metabólicas para a
energia
síntese de moléculas

Seleção Natural

Reproduzirem-se dentro
Diversidade biológica
de compartimento
atual
protetor

Especialização de células
individuais
Procariotos e Eucariotos
A célula

Vírus
Invariavelmente Multi e unicelulares
unicelulares
 Procariotos
Adaptados a uma grande Membrana celular como
variedade de habitats única membrana

Citoplasma não é
homogênio
Eucariotos
 Procariotos e Eucariotos
Apesar da alta complexidade de eucariotos, procariotos são mais
eficientes em muitos aspectos.

Altas taxas de crescimento Adaptações a ambientes de

oscilação drástica

Complexidade dos eucariotos fornece vantagens em ambientes

estáveis com recursos limitados.

Ambos os tipos de organismos estão bem adaptados aos seus

respectivos ambientes.
 Origem de algumas organelas
 Endossimbiose  organismos procariontes teriam
sido “engolidos” por células
maiores de eucariontes, ficando no
interior da célula, mas com
capacidade de reprodução
independente e realizando
determinadas funções.

Cloroplastos e mitocôndrias possuem material genético próprio,

semelhante ao DNA de bactéria.

Esse DNA tem capacidade de duplicação, de transcrição;

ribossomos existentes no interior desses orgânulos produzem
também proteínas próprias.

Ou seja, ambas organelas têm sua independência de se reproduzir

no interior da célula “hospedeira”.
 Endossimbiose
• Uma “troca de favores” se estabeleceria entre a célula maior e a
menor.
Exemplos:

• A mitocôndria obteve proteção e

alimento, e permitiu que a célula maior
“aprendesse” a RESPIRAR oxigênio, com
todas as vantagens inerentes.

•A simbiose com um procarionte

fotossintetizante (cloroplasto) faria que os
eucariontes hospedeiros tivessem síntese de
alimento no interior da célula, obviamente
um processo muito vantajoso.
 Formas de utilização de energia
 3 processos biológicos básicos, fermentação,
respiração e fotossíntese:

Fermentação (alcoólica):
glicose  etanol + CO2 + energia
Fotossíntese:
CO2 + H2O + luz (Clorofila)  glicose e O2
Respiração:
glicose + oxigênio  CO2 + H2O + energia
Origem da Vida