Sei sulla pagina 1di 36

Il “dogma centrale”

della biologia molecolare



Replicazione
Replicazione

trascrizione traduzione
trascrizione proteina
traduzione
maturazione Proteina
Trascrizione
inversa


Replicazione del DNA: da ..ogni volta che si
DNA a DNA.. divide una cellula
(ovvero, mantenimento
dell’informazione genetica)
.. il suo DNA si replica

……è il passaggio più delicato per



l’integrità dell’informazione……
La fedeltà della replicazione del DNA deve
essere assoluta, ed è garantita in prima istanza
dalla DNA polimerasi

DNA polimerase


DNA polimerasi: (5' -> 3' polimerasi)

RNA primer
OH
OH

5' OH OH

A
C C C

C U U C C oops!
G G A
G A A G A G A
C C T T

3' 5'

DNA polimerasi (3' -> 5' esonucleasi)


“proof reading” (correttore di bozze)


L’intensa attività della DNA
polimerasi è comunque gravata
da un elevato margine di errore:
1 nucleotide ogni 100,000 viene
inserito erroneamente!
Questo valore potrebbe essere
anche considerato di lieve
entità.. ..ma se consideriamo l’ammontare totale
di nucleotidi del genoma umano (~>3
miliardi di pb) che si replica ad ogni ciclo
cellulare, ne risulta una media di 120.000
errori per singola divisione cellulare!

mutazioni

Fortunatamente le cellule hanno trovato il
modo, nel corso dell’evoluzione, di attuare
sofisticati meccanismi per rimediare a
quasi tutti gli errori.
Oltre alla stessa DNA polimerasi che
opera come esonucleasi in senso 3’5’
(“proof reading”) correggendo la
stragrande maggioranza dei mismatch (99%), sono
attivi vari meccanismi di riparazione : base excision,
nucleotide excision e mismatch repair.
Proteine e enzimi che riconoscono e
rimuovono i nucleotidi erroneamenti
inseriti e, utilizzando lo stampo originale
di DNA, li rimpiazzano con quelli corretti.


Meccanismi di
riparazione

•base excision

•nucleotide excision

•mismatch repair


Base excision: il sito con
la base alterata (sito AP)
viene riconosciuto dalla
DNA glicosilasi che la
rimuove, l’AP
endonucleasi allarga il
sito. La DNA polimerasi e
DNA ligasi provvedono poi
a riempire il varco
basandosi sul nastro
stampo.



Nucleotide excision: RAD3, RAD10
le proteine RADxx
rimuovono i
nucleotidi alterati
allargando il sito, DNA
polimerasi e DNA
ligasi provvedono a
“riempire” il varco
posizionando sullo
stampo i nucleotidi
complementari


mismatch repair: in caso di
errati appaiamenti, un
complesso formato da
enzimi quali hMSH2-6 e
hMLH1 e esonuclesi (EXO1)
e diversi fattori proteici,
rimuovono la base errata; il
vuoto viene poi riempito
con la base corretta dalla
DNA polimerasi.
La DNA ligasi provvede
quindi a ripristinare i ponti
zucchero-fosfato.

I nucleotidi che comunque sfuggissero a questi
interventi di riparazione diventerebbero mutazioni
permanenti alla successiva divisione cellulare!

Linea somatica

Linea geminale

malattie ereditarie neoplasie


Il “dogma centrale”

della biologia molecolare



Replicazione
trascrizione traduzione
Trascrizione
Trascrizione
Traduzione
proteina

maturazione Proteina
Trascrizione
inversa

Trascrizione negli eucarioti
trascritto primario di mRNA
prodotto grezzo della copiatura del
DNA (hnmRNA)


Trascrizione
TF II E: richiama il TF II H,
modula l'azione elicasica del TF II H e
l'azione delle attivita' ATPase e chinasica TF II H: Melting del
promotore
(apertura doppia elica)
TF II F aiuta la RNA
Contributo dei fattori di
per azione della attivita'
polimerasi II a
raggiungere il promotore trascrizione (TF) all’inizio
elicasica intrinseca.

della trascrizione
TAFs:
coopera al processo di attivazione,
coopera al processo di riconoscimento
del promotore

TF II A:
sabilizza il
legame tra il
TF II D ed il
promotore
TF II D – TBP:
riconosce il "core"
promoter
richiama il TF II B
TF II B:
richiama la RNA
polimerasi II
ed il TF II F

Processo finemente regolato!!


Molteplici
Molteplicifattori coinvolti!!
possibilità di errori!!

Trascrizione: maturazione del trascritto
esone 1 esone 2 esone 3 esone 4
promotore Introne 1 Introne
Introne1 2 Introne 3

DNA
Trascritto primario

Maturazione del trascritto splicing

RNA maturo

sintesi proteica

Proteina

2° Maturazione del trascritto


Trascrizione: maturazione del trascritto
esone 1 esone 2 esone 3 esone 4
promotore Introne 1 Introne
Introne1 2 Introne 3

DNA trascrizione

Maturazione del trascritto splicing

RNA maturo

sintesi proteica

Proteina

2° Maturazione del trascritto


Trascrizione: maturazione del trascritto
esone 1 esone 2 esone 3 esone 4
promotore introne 1 Introne
introne12 introne 3

DNA trascrizione
Trascritto primario
RNA
gigante
Guanosina metilata
Maturazione del trascritto splicing
Capping
RNA maturo

sintesi proteica

Proteina
Maturazione del trascritto: “capping”
2° Maturazione del trascritto
Funzioni del Cap

1. Protezione: protegge l’RNAm dall’azione della RNA


nucleasi

2. Trasporto e localizzazione degli RNAm

3. Traduzione: dirige l’RNAm verso i ribosomi

4. Regolazione; influenza lo”splicing” del trascritto


primario


Trascrizione: maturazione del trascritto
esone 1 esone 2 esone 3 esone 4
promotore introne 1 Introne
introne12 introne 3

DNA trascrizione
Trascritto primario Poli-A
RNA
gigante Cap
Aggiunta di stringa di poli Adenina
Maturazione del trascritto splicing
(150-200)

RNA maturo

sintesi proteica

Proteina
Maturazione del trascritto: poliadenilazione
2° Maturazione del trascritto
Quale funzione per la “coda” di poli A?
Protegge l’RNAm dalla degradazione controlla la sintesi proteica


Trascrizione: maturazione del trascritto
esone 1 esone 2 esone 3 esone 4
promotore introne 1 Introne
introne12 introne 3

5’ 3’
DNA trascrizione
Trascritto primario
RNA 5’ 3’
gigante Cap Poli-A

ovvero rimozione degli introni e riunione degli esoni


(“taglia e cuci”)
sintesi proteica

Proteina
Maturazione del trascritto: “splicing”

Lo “splicing” richiede il riconoscimento di segnali di “splicing”
esone 1 esone 2 esone 3 esone 4
introne 1 Introne
introne12 introne 3


Lo “splicing” richiede il riconoscimento di segnali di “splicing”
esone 1 esone 2 esone 3 esone 4
introne 1 Introne
introne12 introne 3

Gli “splicing sites” e il “branch point” sono altamente conservati


2° Py = C o U

Esistono tre tipi di meccanismi di splicing: I,II,III.

Lo splicing I,II è detto anche autosplicing (self splicing)


La differenza tra il tipo I e il II consiste nel diverso nucleotide intronico che
viene coinvolto nel processo: nel tipo I è una G, nel tipo II è una A

G
Reazione intermedia
esone 1 esone 2

introne 1
introne rimosso
G
RNA maturo
esoni saldati esone 1 esone 2


Self splicing tipo II

introne 1 OH di una specifica A


intronica si attacca al
RNA precursore G sito di splicing 5’
esone 1 esone 2

introne 1

G
Reazione intermedia
esone 1 esone 2

introne 1
introne rimosso
G
RNA maturo
esoni saldati esone 1 esone 2


Esempio di self splicing tipo II

introne 1 OH di una specifica A


intronica si attacca al
RNA precursore G sito di splicing 5’
esone 1 esone 2

introne 1
Si forma un anello o
G “lariat”(cappio)
Reazione intermedia
esone 1 esone 2

introne 1
introne rimosso
G
RNA maturo
esoni saldati esone 1 esone 2


Esempio di self splicing tipo II

introne 1 OH di una specifica A


intronica si attacca al
RNA precursore G sito di splicing 5’
esone 1 esone 2

introne 1
Si forma un anello o
G “lariat”(cappio)
Reazione intermedia
esone 1 esone 2

introne 1
introne rimosso
G
RNA maturo
esoni saldati esone 1 esone 2


Splicing tipo III

Prevede l’intervento dello


Spliceosoma

Lo spliceosoma è un grosso
complesso enzimatico formato
da proteine e piccole molecole di
RNAnucleare (snRNA, small
nuclear RNA), tra cui
U1,U2,U4/U6,U5. Lo snRNA, unito
a proteine, costituisce complessi
chiamati snRNP (small nuclear
ribonucleoproteins), che
riconoscono specificamente le
sequenze di consenso dei siti di
spicing al 5' e al 3' di ogni introne
e il residuo di adenosina che
andrà a costituire il sito di
ramificazione dell'intermedio di
maturazione "a cappio".


Trascrizione: maturazione del trascritto
esone 1 esone 2 esone 3 esone 4
promotore Introne 1 Introne
Introne1 2 Introne 3

5’ 3’
DNA trascrizione
Trascritto primario
RNA 5’ 3’
gigante Cap Poly-A
splicing

RNA maturo 5’ Cap- -Poly-A 3’

gene da tradurre
sintesi proteica

Proteina
Maturazione del trascritto: assemblaggio del gene

da A a G, introni
l’RNAm appaiato
agli esoni (a - g)

a
b

c
d
f


Il “dogma centrale”
della biologia molecolare

Replicazione
Trascrizione
Traduzione
Traduzione
Proteina

Trascrizione
inversa
ribosoma

Normal translation

Traduzione normale

Proteasome
Errori nella traduzione:
degradazione accelerata

Proteasome
Errori nella traduzione:
degradazione accelerata

X X

Proteasome