Universidad Nacional Micaela Bastidas de Apurmac

Facultad de Medicina Veterinaria y Zootecnia

Marcadores Moleculares (04)

Por Gabriela Iglesias

1
 Marcadores Moleculares
Un gen o secuencia de ADN que se puede usar para identificar
a un organismo, a una especie, a una cepa o a una
caracterstica fenotpica asociada con l.
Una seal usada en el aislamiento de genes eucariticos: una
sonda de RFLP o un lugar de unin de partidor para
amplificacin.
Secuencias de ADN que pueden ser identificadas mediante un
simple ensayo: tan pequeo como un SNP o un frag. de ADN
generado por ERs.
Un marcador se refiere a cualquier molcula (protena, ARN o
ADN) de tamao o peso molecular conocido.

2
 QU ES UN MARCADOR GENTICO?

Es un sitio de referencia en el ADN que puede

caracterizarse en el laboratorio y que da informacin
sobre la constitucin gentica del animal antes de
tener informacin productiva del mismo.
 CMO SE OBTIENE UN MARCADOR
GENTICO?
Cariotipo BOVINO Ubicacin del cromosoma portador
del gen de inters

Identificacin de la regin del

2n=60 cromosoma donde se encuentra el gen
(58 autosomas y un par
sexual)
Estudio de la
secuencia del
Identificacin de alelos
gen de inters
(variantes) del gen y
establecer la asociacin de
cada alelo con la expresin
de la caracterstica
 PARA QU LE SIRVE ESTO AL SECTOR
PECUARIO?

Anlisis de paternidad y parentescos

seguimiento de productos (trazabilidad)

Deteccin de portadores de genes favorables o

desfavorables (caractersticas productivas
enfermedades)

Seleccin asistida por marcadores (SAM)

 CMO SE ACCEDE A UNA PRUEBA PARA
IDENTIFICAR UN MARCADOR MOLECULAR?
Toma y envo de Extraccin y Purificacin
la Muestra del DNA

Diagnstico y
Uso del marcador
Recomendaciones

Amplificacin y Definicin
de variantes gnicas
 RASGOS DE IMPORTANCIA ECONMICA
CON MAYORES BENEFICIOS POTENCIALES

Poseen baja heredabilidad (caracteres reproductivos).

Son difciles o costosos de medir (resistencia a enfermedades).
Pueden ser medidos luego que el animal dej descendencia
(reproduccin y longevidad productiva).
nicamente se miden en estado postmortem (terneza).
comnmente no se seleccionan porque no existen mediciones
rutinarias (eficiencia de conversin).
estn correlacionados genticamente con otra variable que no se
desea modificar (grasa intramuscular vs espesor de grasa dorsal).
USOS COMERCIALES DE LOS MARCADORES
GENTICOS

Caractersticas Bsqueda de
coordinadas por GENES MAYORES
varios genes O CANDIDATOS
USOS COMERCIALES DE LOS MARCADORES
GENTICOS
USOS COMERCIALES DE LOS MARCADORES
GENTICOS
 GEN DE LA CALPANA Y LA
CALPASTATINA

Enzimas presentes en el msculo y actan

coordinadamente sobre los procesos de maduracin post
mortem fragmentando las protenas de las clulas
musculares en unidades ms pequeas,
lo cual le proporciona una mayor terneza
Calpana (CAPN1316) Calpastatina (CAST2959)
localizado en el cromosoma Localizado en el cromosoma
29 7
dos variaciones en la dos variaciones en la
posicin 316 posicin 2959
EVALUACIN DE LA TERNEZA DE
LA CARNE
Con una heredabilidad del 35%, la terneza es
el factor de calidad intrnseca de la carne
ms importante y ms variable.

existen numerosas tecnologas post-mortem

tendientes a mejorarla, la totalidad de la
industria se beneficiara con la produccin
consistente de carne genticamente tierna.

Un toro padre completa una evaluacin para

terneza cuando sus hijos fueron faenados,
es decir a una edad promedio de 5/6 aos.
Consume
mucho tiempo y dinero, siendo adems
difcil evaluar animales jvenes y en gran
escala.
CASAS E, 2010 REDBIO MX
EVALUACIN DE LA TERNEZA DE LA
CARNE
Ambos
alelos
para el
gen de
inters
 GEN DE LA
KAPPA CASENA

La leche contiene como trmino medio un 3.2%

de protenas, de las que el 80% son casenas .

Tiene la capacidad de estabilizar a otras casenas

contra la precipitacin por calcio formando micelas
coloidales.

Se hidroliza por la accin de la enzima renina,

originando la desestabilizacin de las micelas y la
formacin de precipitados .
 Marcadores Moleculares
Pueden ser de dos tipos:
Las protenas (principalmente las isoenzimas)
Marcadores de ADN: Dominantes y
Codomintantes

18
 Marcadores Moleculares
Isoenzimas:
Son variantes de una misma enzima
Difieren en su movilidad electrofortica
Incluyen todos los polmeros de subunidades
producidas por diferentes loci o por alelos diferentes en
el mismo locus.

19
 Polimorfismo en la longitud de los fragmentos
amplificados (AFLP)

Son considerados marcadores de alta eficacia.

Permiten el anlisis de un elevado nmero de loci por
experimento sin requerir informacin previa sobre su secuencia
Son dominantes y altamente reproducibles.
La tcnica es ms complicada de ejecutar que la de los RAPD
y el SSR, adems requieren una mayor cantidad de ADN (Karp
et al. 1997; SIDTA 1999).

20
Dendrograma utilizando las 47 introducciones de C. pepo utilizando AFLP.
21
 Marcadores Moleculares
Los microsatlites o secuencias simples repetidas (SSR):

Son regiones de secuencias pequeas (2 a 10 pares de

bases) repetidas, arregladas en serie, las cuales se asume
que estn distribuidas azarosamente por todo el ADN.

Estas regiones son a menudo altamente variables y

consecuentemente tiles para medir el polimorfismo entre
especies o variedades muy relacionadas (Phillips et al.
1995; Valadez y Kahl 2000)

22
Marcadores moleculares en Pollos Camperos

Utilizacin en el mejoramiento animal: Evaluar los

marcadores moleculares asociados a caracteres de
produccin permite lograr una estimacin ms precisa
del valor de cra de los animales.
El uso de marcadores, es ms preciso ya que explica
la porcin de la varianza del carcter debida al
marcador.

23
Aplicacin de la gentica molecular a la
seleccin
Desde los aos 80 aproximadamente se han empezado a
utilizar los conocimientos adquiridos del estudio del genoma
(era genmica).
Se ha vuelto una herramienta fundamental para anlisis de
genotipos y seleccin de los mejores individuos, para el
estudio de otros aspectos muy importantes como la
expresin gnica (era protemica) y recientemente el estudio
de todas las interacciones celulares y su metabolismo (era
metabolmica).

24
 Genoma y Genmica
Genoma:
Complemento gentico entero y haploide de un organismo.
. Es decir toda la secuencia de ADN, codificante o no
codificante y su posicin en los cromosomas.

Genmica:
Disciplina que se ocupa de la caracterizacin de los
genomas. Se encuentra dividida en Genmica Estructural y
la Genmica Funcional.
Objetivo de la Genmica Estructural es conocer el/los
genoma/s de una especie en particular/diferentes especies.

25
Aplicaciones del estudio de los genomas

Predecir genes, secuencias promotoras y

reguladoras de la transcripcin.
Comparar genomas de diferentes individuos de la
misma especie para detectar variaciones o
polimorfismos a nivel poblacional. Estas variaciones
pueden ser sustituciones, deleciones/inserciones, o
rearreglos cromosmicos (cambio de posicin en el
genoma).
Comparar genomas de diferentes especies. Esto
permite hacer inferencias acerca de los procesos
evolutivos de remodelacin de genomas.
Otras.

26
 1990 2003 -
-2003
PROYECTO 2009
GENOMA BOVINO
GENOMA
HUMANO

L1 Dominette
01449
Hereford cow

published in the journal Science

on April 24, 2009, They were
obtained by more than 300
scientists in 25 countries after six
years of effort.
 PARTICULARIDADES DEL DNA Y DEL
GENOMA

Todas las diferencias genticas de

produccin entre animales se deben a
caractersticas de su ADN.

Est presente en todas las partes del

animal, a todas las edades.

Tiene una gran variabilidad entre

animales, ya sea entre o dentro de razas.
 PARTICULARIDADES DEL DNA Y DEL
GENOMA
Se mantiene en los productos animales
(Ej: carne, leche).

Se puede extraer, procesar y conservar en

forma relativamente sencilla en el laboratorio.

De la totalidad del genoma, slo el 10% son

regiones codificantes.

80%
Genes en comn
BOVINO HUMANO
(22.000 Genes) (20.500 Genes)
Mayor homologa que el ratn
 Distintas especies,
fenotipos parecidos, el
mismo gen afectado
(miostatina)
Sizes of eukaryotic genomes
Species Genome size (Mb)
Fungi
Saccharomyces cerevisiae 12.1
Aspergillus nidulans 25.4
Protozoa
Tetrahymena pyriformis 190
Invertebrates
Caenorhabditis elegans 97
Drosophila melanogaster 180
Bombyx mori (silkworm) 490
Strongylocentrotus purpuratus (sea urchin) 845
Locusta migratoria (locust) 5000
Vertebrates
Takifugu rubripes (pufferfish) 400
Homo sapiens 3200
Mus musculus (mouse) 3300
Plants
Arabidopsis thaliana (vetch) 125
Oryza sativa (rice) 430
Zea mays (maize) 2500
Pisum sativum (pea) 4800
Triticum aestivum (wheat) 16000
Fritillaria assyriaca (fritillary) 120000
31
 Secuencias repetitivas
Distintos tipos de secuencias repetitivas se encuentran
en muchos organismos y ocupan gran parte de los
genomas:
Satlites
Pseudogenes
Transposones y retrotransposones
Pueden estar esparcidas por el genoma o en tandem y
varan mucho en tamao.

32
 Cmo se estudian los genomas?

Mapeo gentico
Mapeo fsico
Secuenciacin exhaustiva

33
 El mapeo gentico

El mapeo gentico est basado en la utilizacin de

tcnicas genticas para construir mapas que muestran
la posicin de marcadores genticos o de marcadores
moleculares. Las tcnicas genticas incluyen
experimentos de recombinacin y estudio de pedigrees
en humanos.

34
 El mapeo fsico

El mapeo fsico utiliza tcnicas de Biologa Molecular

para examinar directamente las molculas de ADN para
la construccin de mapas que muestran la posicin de
fragmentos de ADN (en general de secuencia
desconocida) en el genoma.

35
 Bibliotecas genmicas
Como no es posible secuenciar un genoma en una sola
reaccin de secuenciacin se lo divide en fragmentos,
los cuales se almacenan en clones (bibliotecas
genmicas).
Una biblioteca genmica es un conjunto de clones,
cada uno de los cuales contiene un fragmento de un
genoma de un organismo dado.
Las bibliotecas genmicas se consiguen clonando los
fragmentos en vectores.

36
Ejemplo de genomas de los cuales se ha publicado la secuencia
en versin completa o borrador
Especie Tamao del genoma Nro de genes
(Mb) estimados
Eukarya
Arabidopsis thaliana (plant) 125 25 500
Caenorhabditis elegans 97 19 000
(nematode)
Drosophila melanogaster (fruit 180 13 600
fly)
Homo sapiens (human) 3200 30 000 - 40 000
Saccharomyces cerevisiae 12.1 5800
(yeast)
Eubacteria
Escherichia coli K12 4.64 4400
Mycobacterium tuberculosis 4.41 4000
H37Rv
Mycoplasma genitalium 0.58 500
Pseudomonas aeruginosa PA01 6.26 5700
Streptococcus pneumoniae 2.16 2300
Vibrio cholerae El Tor N16961 4.03 4000
Yersinia pestis CO92 4.65 4100
Archeae
Archaeoglobus fulgidus 2.18 2500
Methanococcus jannaschii 1.66 1750
37
 Mapa gentico
del Cromosoma 1
Homo sapiens.

38
 Arquitectura
del genoma de
Haemophilus
influenzae

39
Cada genoma completo suministra una copia de
informacin biolgica:

Conocimiento del nmero total de genes.

Principios sobre la organizacin bsica del
organismo (clases funcionales,...).
Conocer funciones bsicas de los genes
conservados en distintas especies (lxico biologa
molecular).
Miramos el bosque, no el rbol

40
 QUE ES EL GENOMA HUMANO?

El Proyecto Genoma Humano es una

investigacin internacional que busca seleccionar
un modelo de organismo humano por medio del
mapeo de la secuencia de su DNA.

41
 HISTORIA
El proyecto fue fundado en 1990
por el Departamento de Energa y
los Institutos de la Salud de los
Estados Unidos, con un plazo de
realizacin de 15 aos.

Debido a la amplia colaboracin

internacional, a los avances en el
campo de la genmica y la
informtica un borrador inicial del
genoma fue terminado en el ao
2000.
El consorcio estaba compuesto por
20 centros de 6 pases (China,
Francia, Alemania, Japn, Reino
Unido y Estados Unidos).

42
 OBJETIVOS
El objetivo inicial del Proyecto Genoma Humano fue no slo
determinar los 3 mil millones de pares de bases en el genoma
humano, sino tambin identificar todos lo genes en esta gran
cantidad de datos.
Tambin tuvo como objetivo el desarrollo rpido de mtodos
eficientes para secuenciar los aproximadamente cien mil
genes del ADN.
Otros objetivos fueron:
- Guardar toda esta informacin en bases de datos de libre
acceso.
- Desarrollar herramientas para facilitar el anlisis de esta
informacin y trabajar los aspectos ticos, legales y sociales

43
 Este proyecto supone la realizacin de dos
tipos de mapas:
Mapas genticos: Estos mapas indican la posicin relativa de
los diferentes genes. Para esta confeccin se estn estudiando
la transmisin de caracteres hereditarios, capaces de ser
objetivados de una generacin a otra en grandes familias. Por
ejemplo, en Estados Unidos se han localizado muchos genes
gracias a estudios realizados en comunidades mormonas, cuya
endogamia es notoria.

En 1994 se termin el primer mapa gentico de todo el genoma

humano.

44
Mapas Genticos:

45
Mapas Fsicos: de mayor resolucin, pues muestra la secuencia
de nucletidos en la molcula de ADN que constituye el
cromosoma.
Se obtiene la secuencia de nucletidos de un gen.
Se realiza fundamentalmente mediante la electroforesis en gel
de distintos fragmentos de ADN y la ayuda de ordenadores.
El completar este mapa se ha conseguido cinco aos antes de lo
que se esperaba.

Secuenciacin de
ADN por ordenador
con letras y
colores.

46
 Qu resultados se esperan del PGH?

1. Prevenir y curar enfermedades hereditarias.

2. Conseguir mayor longevidad a partir del estudio de los

genes implicados en el envejecimiento.

3. Recaudar informacin acerca de nuestro origen, el de

nuestros antepasados y el de otras civilizaciones a
travs el anlisis del ADN.

4. Conocer la huella gentica de un delincuente a travs

del anlisis del pelo, uas o una gota de sangre.

47
 VENTAJAS

- Beneficio de conocer e interpretar el

genoma sean fructferos en campos de la
medicina y biotecnologa.

- En nivel filosfico, el anlisis de

semejanzas entre secuencias de ADN de
diferentes organismos abre un nuevo
camino en el campo de la evolucin.

48
 VENTAJAS
- La informacin contenida en los genes ha sido decodificada y
permite a la ciencia conocer mediante tests genticos, qu
enfermedades podr sufrir una persona en su vida. Tambin con
ese conocimiento se podrn tratar enfermedades hasta ahora
incurables.
- El conocimiento del genoma permitir que se creen nuevas
drogas teraputicas que desplazarn a las anteriores en la
medida que los presupuestos permitan comprarlas. De este modo
se podr polarizar la industria farmacutica. Las nuevas drogas
prometen tener menores efectos colaterales que las actuales.
- Con el genoma humano, conocemos el cdigo, antes slo
podamos configurar el programa. Ser pues el mayor avance
mdico de la humanidad.

49
 VENTAJAS

Se le podr informar a una persona, que puede comer

alimentos grasos porque carece de predisposicin
gentica a la obesidad y a enfermedades cardacas,
pero que debe huir del alcohol porque es
genticamente propenso al alcoholismo.

Es una prediccin absoluta, de su futuro. Podramos

hablar de genomancia o sea la adivinacin del futuro
mediante el cdigo gentico.

50
 DESVENTAJAS
- Conocido el cdigo de un genoma abre las puertas para
nuevos conflictos tico-morales. Esto atentara contra la
diversidad biolgica y reinstalara entre otras la cultura de una
raza superior, dejando marginados a los dems. Quienes
tengan desventaja gentica serian discriminados.
- Que las aseguradoras, empresario, ejrcito u otras personas
utilizaran de manera deshonesta este tipo de informacin.
- Prdida de la privacidad y confidencialidad de la informacin.
- Impacto psicolgico y estigmatizacin de la sociedad ante un
individuo genticamente diferente.
- Mejoras genticas para determinar caractersticas especficas
de los individuos, pero que no estn relacionadas con el
tratamiento de enfermedades.
- Comercializacin de la informacin gentica.

51
 APORTACIONES
En bioarqueologa, evolucionismo y migracin humana tiene su
utilidad en las mutaciones de linaje, migraciones de diferentes grupos
poblacionales basados en el DNA mitocondrial, mutaciones del
cromosoma Y, adems de comparar los cambios evolutivos con eventos
histricos.
En identificacin forense, para potenciales sospechosos en los cuales
el DNA puede conducir a liberar a personas que fueran acusadas de
crmenes injustamente, para identificar vctimas de catstrofes,
paternidad y otras relaciones familiares.
En agricultura, ganadera y bioprocesamientos, se utiliza para mejorar
la resistencia de cultivos ante insectos, sequas, para hacerlos ms
productivos y saludables igualmente para producir animales ms
saludables y nutritivos, elaborar biopesticidas, vacunas comestibles y
nueva limpieza del medio ambiente de plantas como tabaco.

52
 El futuro del prximo siglo estar determinado por
la gentica y la informtica. El futuro de la especie
humana depender del uso que les de el mismo
hombre

Federico Mayor
(Director de la UNESCO) 1997

53