I genomi dei virus a RNA

Polarit (+)
il genoma ha la STESSA polarit degli mRNA
viene direttamente tradotto come un mRNA

Polarit ()
il genoma COMPLEMENTARE (polarit opposta) agli mRNA
il virus utilizza il genoma per trascrivere gli mRNA
il virus deve contenere una trascrittasi (RNA-polimerasi RNA-dipendente)
per trascrivere gli mRNA

Doppio filamento ()/(+)

il virus trascrive gli mRNA messaggeri utilizzato il filamento
negativo del genoma.
il virus deve contenere una trascrittasi (RNA-polimerasi RNA-dipendente)

1
per trascrivere gli mRNA

Morfologia dei virus a RNA

Tutti I virus a RNA (-) presentano involucro

Alcuni virus a RNA (+) presentano involucro (Togavirus)
I virus a RNA ds (Reovirus) hanno un capside doppio

VIRUS a RNA
i virus ad RNA replicano nel citoplasma
eccezioni: virus dellinfluenza e retrovirus

Svantaggi
Le cellule non esprimono costitutivamente gli enzimi necessari
per replicare o trascrivere molecole di RNA (il virus deve
codificare la sua propria RNA polimerasi RNA-dipendente:
replicasi/trascrittasi)

Vantaggi
la RNA polimerasi-RNA dipendente non richiede primer (la
trascrizione e/o replicazione dell RNA inizia allestremit della
molecola lineare)
la sintesi de novo inizia allestremit della molecola stampo
Sintesi 5
3

La RNA polimerasi RNA-dipendente dei virus a RNA

RdRP codificata dal virus
non ha funzioni di editing (highly error prone), responsabile
dellalto tasso di mutazione e dellevoluzione dei virus a RNA
pu necessitare di proteine accessorie di origine virale o cellulare
alcune richiedono come primer: - proteina legata covalentemente al 5
- strutture cap di derivazione cellulare
Caratteristiche delle RNA polimerasi RNA dipendenti
Resistenti a sostanze che inibiscono le RNA polimerasi DNAdipendenti (actinomicina D)

TRASCRIZIONE DEI VIRUS ad RNA

i virus ad RNA non hanno elementi di controllo
dellespressione genica simili a quelli dei virus a
DNA
meccanismi differenti per regolare lespressione
dei geni virali

gli mRNA virali devono essere organizzati e tradotti

come gli mRNA cellulari
i virus a RNA eucariotici devono avere una
struttura
genomica
che
genera
mRNA
monocistronici

Enterovirus
virus Polio (1, 2, 3)
virus Coxsackie A (1-24)
virus Coxsackie B (1-6)
virus ECHO* (1-34)
Enterovirus (68-71)
Enterovirus 72 (Epatite A)

22-30 nm
capside icosaedrico
nudo

Rhinovirus
120 sierotipi

*Enteric Cytopathogenic
Human Orphan

Genoma a RNAss di polarita positiva

7441b

vPg clivata da enzimi cellulari: il genoma diventa un mRNA

240 KDa

attive nella forma di

precursore

2C e 3AB ancorano la
replicasi alle membrane
ER

Replicasi
3D 7

POLIOVIRUS
PVR =
PolioVirus Receptor
(Ig-like membrane
glycoprotein)

RHINOVIRUS
ICAM-1 =
Adhesion molecule

Ruolo di VPg nella replicazione del genoma

di Poliovirus
Sintesidelfilamento():

3AB (precursore di VPg) ancora vRNA

alle membrane del ER
3Dpol

3Cpro

lega 3AB

processa 3AB

VPg

VPg-

funge da primer per il processo di

elongazione da parte di 3Dpol

Poliovirus: regolazione della replicazione del genoma

A. RNA(+) non incapsidato

RNA(+) neoformato = mRNA

B. RNA(+) incapsidato
Non partecipa al processo di
replicazione/traduzione

10

Togavirus

Gruppo IV: Virus a RNA (+)

Famiglia

Genere

Specie

Ospite

Togaviridae

Alphavirus*

Sindbis virus

Vertebrati

Rubivirus

Rubella virus

Vertebrati

Particelle di 80 nm
con capside icosaedrico ed involucro

Genoma a RNAss di polarita positiva

11.7 kb simile a mRNA cellulare
(5cap e 3poly-A)

11

Strategia replicativa del virus Sindbis:

RNA subgenomici
proteasi (nsP2)
codificata dal virus

genoma

(subgenomic
promoter)

proteasi virali e cellulari

proteine
strutturali
del virione

RNA subgenomici: strategia comune dei virus delle piante a RNA (+)
controllo temporale dellespressione
genica virale

12

Genoma a RNAss di polarita positiva

Envelope (80-220 nm)
Capside elicoidale
HE

E2/S = fusione
E1/M = matrice
E = (9-12 kD)
N = nucleoproteina
HE = emagglutininaesterasi
(solo in alcuni tipi)

Malattie respiratorie
(vie aeree superiori) - Gastroenteriti

13

CLASSIFICAZIONE

ORDINE
Nidovirales
FAMIGLIA
Coronaviridae

SARS virus

GROUP IV

GENERE
Coronavirus
15 specie di HCoV note

14

Genoma a RNAss di polarita positiva 7 x 106 d

Trasporto in vescicole
secretorie

Endocitosi o
fusione
a
Genoma RNAss(+)
b

QuickTime e un decompressore TIFF (Non compresso) son o n ecessari per visualizzare quest'immagi

Gemmazione
dal Golgi

a) Genoma RNAss (+)

b) Genoma RNAss (+)

polimerasi
antigenoma RNAss

Trascrizione di mRNA subgenomici per proteine strutturali con sequenze

15
identiche al 3 e identiche sequenze leader non-tradotte al 5 (72 nt)

VIRUS PARAINFLUENZALE
Genoma a RNAss di polarita negativa (17-20 Kb)

QuickTime an d a
GIF decompressor
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16

Terminazione e Ri-iniziazione nelle Regioni Intergeniche

Modello Start-Stop

Pol (P+L) inizia la sintesi al terminale 3

L: RdRP. P: recruita L sul templato.

sintesi della sequenza Leader

la Pol si ferma alla sequenza IR

la trascrizione ricomincia al 3 del gene N

la trascreizione di N mRNA si blocca

alle sequenze IR

Pol ricomincia la sintesi al 3 del gene P

Start-Stop continua fino alla sintesi dei 5 mRNA virali

17

Sintesi della coda poli-A e del cap: Ruolo delle sequenze EIS

Sintesi di sequenze A7 da U7

Sintesi continua per scivolamento

di sequenze poliA (fino a 200A)
allestremit 3

Terminazione del trascritto

Iniziazione e capping del mRNA successivo

dinucleotide

NA non copiato

18

Trascrizione polarizzata
Sequenze EIS

L
P
3

(mRNA cascade)

mRNA provvisti di sequenze cap e poly A

19

Transizione tra trascrizione e replicazione del genoma

dei PARAMYXOVIRUS

bassi livelli di NP: favoriscono la sintesi di mRNA (non incapsidato)

alti livelli di NP: la RpRd continua la sintesi di RNA attraverso le

sequenze EIS

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VIRUS PARAINFLUENZALE

FUSIONE

Trascrizione mRNA

Trascrizione vRNA

Assemblaggio e
gemmazione

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