Estructura y Propiedades fsico-

qumicas del ADN

Gentica general BI346
1
Acidos Nucleicos son polmeros
Monmeros---nucletidos
Bases Nitrogenadas
Purinas
Pirimidinas
Azcares
Ribosa
Desoxiribosa

Fosfatos
+ nuclesido=nucletido
Nuclesidos
Composicin de cidos Nucleicos

2
Constituye el 13-34% del peso seco de la bacteria
cido deoxyribonucleico (DNA) y cido ribonucleico (RNA)

O
C C
C C
Base
H
H or OH
H H
H
H
CH
2
O P
OH

O
HO

Nucletido:
Azcar:
RNA ribosa (OH)
DNA desoxyribosa (H)

Bases:
adenina (A), citosina (C), guanina (G),
timina (T)
RNA usa uracilo (U) en vez de timina (T)
Nuclesido: base + azucar

Composicion de Acidos Nucleicos

3
Los Azcares
4
Nucletidos y Nuclesidos
5
Nucletidos y Nuclesidos
Nucletidos son nuclesidos + fosfato
6
ciertos nucleotidos sirven como fuente de energa
ejem: ATP -> ADP -> AMP
hidrolisis (energa es liberado)
7
Modelo del DNA

J. Watson y F. Crick
La estructura del DNA es una
doble hlice, formada por
cadenas orientadas en
direcciones opuestas
(antiparalelas). La estructura se
mantiene gracias a enlaces de
hidrgeno entre las bases
nitrogenadas que se encuentran
orientadas hacia el interior de
las cadenas

8
Estructura qumica de DNA y RNA
Figure 4.1
RNA
DNA
Nucleotido
Nucleosido
1
2
4
El C es
denominado
1-5
9
Azcar Deoxiribosa
Unin fosfodiester
Direccional
4 bases nitrogenada
Purinas: adenina,
guanina
Pirimidinas: timina,
citosina
5
3
A U/T C Gp
10
DNA is:1) doble hebra
2) una helice right-handed
11
Los puentes de H permiten que las dos hebras de ADN se junten
A-T bp tiene 2 puentes de H
G-C bp tiene 3 puentes de H
G-C bp son mas estables
1) Purinas siempre se aparea
con pirimidinas
2) La distancia de los punetes de H
entre A-T y G-C bp es la misma
La Helice tiene diametro constante
12
Las hebras de ADN son antiparalelas
Porque?
Para formar los puentes de H.
Los enlaces fosfodiester une
los nucleotidos adjacentes
Enlace fosfoester
13
Physical Structure (contd)
Chains are anti-parallel (i.e in opposite
directions)
Diameter and periodicity are consistent
2.0 nm
10 bases/ turn
3.4 nm/ turn
Width consistent because of
pyrimidine/purine pairing
14
15
La doble helice tiene surcos mayor y menor alternados
16
FORMAS del DNA

17
Ventajas de la doble Helice
Estabilidadproteje las bases del ataque del
compuestos solubles en H
2
O y del H
2
O mismo.
Provee mecanismos fciles para la replicacion
18
Estructura del RNA
La mayora de las molculas de
RNA contienen una sola hebra
de Acido nucleico que se auto-
pliega en si misma para formar
una doble helice.
Note que G se apareja con C y
A con U.
Base no apareadas
forman loops
19
Does RNA have a secondary structure?
RNA is single stranded and is most stable when it
Engages in intrastrand base pairing
A tRNA
16S rRNA
20
La estructura de un simple RNA
es compleja: tRNAphe
Cloverleaf depiction Estructura en cristal
21
How about the 3-D structure of RNAs?
22
Ejemplos del RNAs Catalticos
A) RNaseP corta en el extremo 5 del tRNA B) Group II intron (self-splicing)
El mRNA transfiere la informacin gentica del DNA a
los ribosomas para la sntesis proteica.

El tRNA y el rRNA tambin estn implicados en la
sntesis proteica.

El RNA puede ser estructuralmente complejo; las
cadenas sencillas de RNA pueden formar horquillas,
regiones de doble cadena y bucles complejos
23
Estabilizacin del DNA Apareamiento de
bases complementarias
24
Contenido G-C
A=T, G=C, pero ATGC
Generalmente GC~50%, pero es muy
variable
Levaduras~22%
Mycobacterium~73%
Distribucin de GC no es uniforme en los
genomas
25
CONSECUENCIAS DEL CONTENIDO DE
GC
GC es ligeramente ms denso
Mayor GC DNA se moviliza mas en una gradiente
A mayor nmero de pares de bases=ms
estable es el DNA, las hebras no se separan tan
fcilmente.
26
Acidos Nucleicos pueden ser Precipitados
1. Sales
(0.3M NaO Ac, 0.5M NH
4
OAc, 0.4 M LiCl)
2. Alcohol
(70% Etanol o 50% isopropanol)
Para concentrar DNA/RNA exluyendo H
2
0
Cationes Monovalentes neutraliza los efectos
repulsivos de los grupos fosfatos
27
28
Fase G1: Fase de
crecimiento
celular.

Fase G2: la celula ya duplic
su
material genetico, y se
prepara para la mitosis.

Fase M: fase de divisin
propiamente dicha.

Fase S: fase de
sntesis.
Duplicacin del ADN
Duplicacin del ADN

Es la capacidad que tiene el ADN de hacer
copias o rplicas de su molcula. Este proceso
es fundamental para la transferencia de la
informacin gentica de generacin en
generacin.

29
Posibles modelos de replicacin

30
31
El experimento de Meselson-Stahl
Semiconservativa: una cadena sirve de molde para una nueva cadena
El experimento de M. Meselson y F. Stahl (1958) demuestra que la
replicacin es semiconservativa.
32
33
FIGURA 11.5 Experimento de Taylor,
Woods y Hughes, que demuestra el
modelo de replicacin semiconservativo
del DNA en meristemos radiculares de
Vicia faba. En la fotografa superior se
muestra un fragmento de la planta. (a)
Una cromtida no marcada realiza el
ciclo celular en presencia de timidina-
3
H.
Al entrar en mitosis, ambas cromtidas
hermanas del cromosoma estn
marcadas, como muestra la
autorradiografa. Despus de una
segunda generacin de replicacin(b),
esta vez en ausencia de timidina-
3
K, se
espera que slo una cromtida de cada
cromosoma est rodeada de granos.
Excepto donde se han producido
intercambios recprocos entre
cromtidas hermanas (c), se cumple lo
previsto. Las micrografas pertenecen a
los autorradiogramas originales
obtenidos en el experimento.

Experimento de Taylor, Woods y Hughes
34
Modelo de replicacin semiconservativo
Duplicacin del ADN
Cuando hablamos de replicacin del ADN, se
mencionan tres caractersticas:

a. Semiconservativa

b. Bidireccional

c. La sntesis de ADN transcurre en direccin 5 3 y
es semidiscontinua
35
a. Semiconservativa

Significa que como
resultado de la
Duplicacin, se obtienen
dos molculas de ADN-
dos dobles hlices-
ambas compuestas por
una hebra parental, y
una recientemente
sintetizada.

36
b. Bidireccional

Como la molcula de ADN es muy larga,
existen mltiples Orgenes de replicacin para
hacer la duplicacin mas rpida.
37

38
c. La sntesis de ADN transcurre en direccin
5 3 y es semidiscontinua
Las cadenas de ADN siempre son sintetizadas en la direccin 5 3,
siendo el 3OH libre el punto de elongacin del ADN. Debido a que las
cadenas de ADN son antiparalelas, la cadena que acta de molde es leda
del extremo 3 al 5.

39
Si la sntesis transcurre siempre en la direccin 5 3, cmo pueden
sintetizarse simultneamente las dos cadenas? Si las dos cadenas fuesen
sintetizadas continuamente a medida que avanza la horquilla de
replicacin, una tendra que se sintetizada en direccin 3 5. Este
problema fue resuelto por Reiji Okazaki y col. en la dcada de 1960, al
descubrir que una de las cadenas es sintetizada en forma de trozos cortos,
denominados fragmentos de Okazaki. Este trabajo condujo a la conclusin
de que una de las cadenas es sintetizada de forma continua y la otra
discontinua. La cadena continua o cadena conductora es aquella cuya
sntesis en direccin 5 3 transcurre en la misma direccin que el
movimiento de la horquilla de replicacin. La cadena discontinua o cadena
rezagada es aquella cuya sntesis en direccin 5 3 transcurre en
direccin opuesta a la direccin del movimiento de la horquilla. La sntesis
de la hebra conductora y rezagada estn estrechamente coordinadas.

40
41
42
Replicacin
bidireccional del
cromosoma de E. coli. Las
flechas finas sealan el
avance de las horquillas
de replicacin. La
micrografa muestra un
cromosoma bacteriano en
proceso de replicacin,
comparable al dibujo de
al lado.
Replicacin
bidireccional del
cromosoma de E. coli.

43
44
Figura 3-15 La transferencia de informacin desde el DNA hasta la protena. La
transferencia tiene lugar a travs de un intermediario de RNA llamado RNA mensajero
(mRNA). En las clulas procariotas el proceso es ms simple que en las clulas
eucariotas. En eucariotas, las regiones codificantes del DNA (situadas en los
exones, dibujados en color) estn separadas por regiones no codificantes
(llamadas intrones). Tal como se indica en la figura, estos intrones pueden
eliminarse a travs de una reaccin, catalizada por enzimas, de maduracin por corte
y empalme (splicing) del RNA, formando as una molcula de mRNA.
La transferencia de informacin desde el DNA hasta la protena

45
El cdigo gentico. En el
transcurso de la sntesis proteica, los
grupos de tres nucletidos (codones)
de una molcula de mRNA son
traducidos a aminocidos de acuerdo
con las reglas indicadas aqu. Los
codones GUG y GAG, por ejemplo, se
traducen a valina y a cido glutmico
respectivamente.
El cdigo gentico
46
Figura. Las tres pautas de lectura
posibles en la sntesis proteica. En el
proceso de traduccin de una
secuencia de nucletidos (azul) en una
secuencia de aminocidos (verde), la
secuencia de nucletidos de un mRNA
es leda desde el extremo 5 hacia el
extremo 3, en grupos consecutivos de
3 nucletidos. Por consiguiente, segn
cual sea la "pauta de lectura utilizada,
cada secuencia de RNA puede
codificar, en principio, tres secuencias
de aminocidos completamente
diferentes entre s.
47
48
49
Protenas
Las protenas constituyen un grupo de
biomolculas caracterizado por su gran variedad
estructural y enorme diversidad de funciones
biolgicas. Sin embargo, todas las protenas
tienen en comn el ser polmeros de
aminocidos, ordenados en secuencia lineal.
50
Protenas
Hay unos veinte aminocidos diferentes. Cada
protena suele contener de cien a trescientos
residuos de aminocidos; la variedad estructural
se debe a las mltiples ordenaciones o
secuencias que pueden adoptar estos veinte
aminocidos, que naturalmente se repiten
muchas veces en cada molcula.

51
Protenas
Funcin cataltica
Funcin estructural
Funciones de transporte y reserva
Funciones de reconocimiento celular y
defensa
Funcin contrctil
Funcin hormonal
Etc
52