La replicacin del material gentico es un proceso

complejo en el que participa un gran nmero de protenas

que reconocen la molcula de material gentico y llevan a
cabo la polimerizacin de otras molculas
complementarias cada una de sus hebras de forma que, al
final, se logra disponer de dos molculas idnticas
Replicacin de ADN

El proceso de replicacin de ADN es el mecanismo que
permite al ADN duplicarse (es decir, sintetizar una copia
idntica).





El DNA de doble cadena es desenrollado por la
actividad de la Helicasa.

Sin embargo, para evitar el superenrollamiento que sera
inhibitorio de la replicacin de la molcula de DNA, se
puede realizar por la accin de una topoisomerasa del
Tipo II (DNA girasa)

un mecanismo semiconservativo, que indica que las dos
cadenas complementarias del ADN original, al separarse,
sirven de molde cada una para la sntesis de una nueva
cadena complementaria de la cadena molde.
tiene la importante propiedad que permite que la
informacin gentica se transmita de una clula madre a
las clulas hijas.


Naturaleza semiconservativa.
Protenas que participan en la replicacin

Helicasas: separan la cadena de ADN

Girasa: encaradas de desenrollar la cadena de doble hlice de ADN

Topoisomerasas: cortan una hebra y permiten que la molcula de ADN roten

Primasa: es un ARN polimerasa que sintetiza pequeos fragmentos llamados
cebador.

Protenas SSB: son protenas de cadena sencilla.

ADN ligasa : se encargan de unir fragmentos adyacentes de ADN que se
encuentran correctamente emparejados con la hebra complementaria

Alivio de las tensiones de torsin
Las clulas poseen enzimas que pueden realizar el
proceso de corte y unin. Estas enzimas se denominan
topoisomerasas, las cuales regulan la superhelicoidad
de las molculas de DNA naturales.

Cuando se introducen vueltas superhelicoidales en una
molcula de DNA puede pasar de relajada a tensa. Lo
cual produce un desgate de energa para formar una
molcula de DNA superenrollada.
Existen dos clases de topoisomerasas:
Las enzimas de tipo I

Las enzimas de tipo II


Las topoisomerasas de tipo I rompen y vuelven a cerrar
una hebra de DNA y las topoisomerasas de tipo II
catalizan la ruptura y la nueva unin de dobles hebras.
Algunas clulas procariotas como la E. coli tiene una
topoisomerasa especial denominada DNA girasa (tipo
II). Esta enzima tiene la funcin de producir giros
superhelicoidales a izquierdas mediante una reaccin
impulsada por la hidrolisis de ATP.
Las otras topoisomerasas (tipo I) solo se encargan de
relajar DNA superenrollado. Por lo cual no requieren
ATP.
Hebra gua y hebra retardada.
Horquilla de replicacin
La molcula de DNA consta de dos hebras
antiparalelas: mientras que una de ellas discurre en la
direccin 5' a 3', la otra lo hace en la direccin opuesta
3' a 5'. Sin embargo, las cadenas nuevas de DNA slo
se pueden sintetizar en la direccin 5' a 3' porque las
DNA-polimerasas slo pueden catalizar la adicin de
nuevos nucletidos en el extremo que contiene el
grupo hidroxilo libre en posicin 3' de un DNA ya
existente.
En una horquilla de replicacin, una de las hebras (la
llamada hebra gua) se replica en la direccin
adecuada 5' a 3'. La otra hebra (hebra retardada)
debe crecer de otra manera.
Reiji Okazaki sugiri que en la hebra retardada el DNA
se formaba mediante fragmentos cortos (entre 1000 y
2000 nucletidos) que despus se unan gracias a una
DNA-ligasa que cataliza la formacin de un enlace
covalente fosfodister entre el extremo 3' de una
cadena de nucletidos y el extremo 5' de otra. Estos
fragmentos cortos reciben el nombre de fragmentos de
Okazaki. Para iniciar su replicacin necesita de un
RNA cebador.



Un ciclo de replicacin comienza cuando varias
unidades monomricas de la protena especfica DNA A
se fijan sobre las correspondientes secuencias
especficas.

Estas secuencias son ricas en pares A-T, lo que facilita la
apertura de la doble hlice.







La protena DNA A tiene la funcin de reconocer el
origen de replicacin, provocar la apertura de la
burbuja y facilitar la entrada.

Una vez abierta la burbuja de replicacin se introducen
en ella las protenas denominadas DNA B y DNA C.

DnaB pertenece a la familia de protenas helicasas, que
habren el DNA a costa de la hidrlisis de ATP.




A medida que la burbuja de replicacin se va haciendo
mayor van quedando expuestos tramos cada vez
mayores de DNA de cadena sencilla.

Se unen las protenas SSB con el objeto de protegerlos
del ataque de nucleasas que podran degradarlos y de
evitar que se reconstruya la doble hlice cerrndose
con ello la propia burbuja de replicacin.
Primasa

Enzimas capaces de sintetizar una cadena corta de RNA
utilizando un molde de DNA (en realidad son RNA
polimerasas-DNA).

Son las encargadas de crear los cebadores de RNA sobre
los que despus han de actuar las DNA polimerasas.
Enzima en cargada de la sntesis de los primeras
(partidores) para la sntesis del DNA en E. coli.

Esta inicia los fragmentos de Okazaki.
.
Crea un iniciador corto de RNA para proporcionar un
extremo 3` OH para que la DNA Pol III inicie la
sintesis.
Funcin del ADN polimerasa III.
Esta es la enzima que realiza el proceso replicativo, su
funcin es la sntesis de DNA.

Tambin cuenta con actividad revisora, 3-5
exonucleasa.

La DNA polimerasa III acta nicamente en las
horquillas de replicacin.
La ADN polimerasa III solo sabe leer las secuencias
de las hebras molde en sentido 3 5.

Esta se coloca en la horquilla de replicacin de manera
que se encarga simultneamente de la sntesis en las
dos hebras, de un complejo mecanismo.


EL REPLISOMA
El replisoma: complejo enzimtico de la replicacin
que coordina la sntesis de las dos cadenas,
maquinaria molecular.
-Dmero de la DNA pol III (ncleos catalticos)

Primosoma: Formado por dos enzimas
-Primasa
-Helicasa

-Protena de unin a cadena sencilla, ssb (Unin y,
estabiliza el DNA de cadena sencilla)

El replisoma: una maquinaria de
replicacin extraordinaria

SNTESIS DE ADN EN PROCARIOTAS
PROCARIOTAS
-En procariotas una sola polimerasa (RNA Polimerasa) se encarga
de transcribir el DNA en las diferentes clases de RNA.
ESTRUCTURA
Se compone de 5 unidades: 2 subunidades idnticas ,
,w, ms el cofactor .

-El cofactor tiene la propiedad de disociarse del resto de
subunidades durante el proceso dejando el ncleo central
de la enzima al descubierto.

-Holoenzima= 5 subunidades (activa)
-Apoenzima= 4 subunidades (inactiva)

Mecanismos de replicacin del DNA procaritico:
Iniciacin
Caractersticas generales de la replicacin.
Conservacin y dinamismo del material gentico.
Replicacin semiconservativa y semidiscontinua.
Caractersticas generales de DNA polimerasas.
Origen de replicacin de E.coli. Protenas implicadas
en iniciacin. Sntesis de RNA iniciador. Primosoma.

Mecanismos de replicacin del DNA procaritico:
Elongacin
DNA polimerasa I de E. coli: actividades enzimticas y
funcin biolgica. DNA polimerasa III de E. coli.
Composicion y funcin de subunidades. Horquilla de
replicacin. Replisoma. Topologia del DNA durante la
replicacin.

Mecanismos de replicacin del DNA procaritico:
Terminacin y control.
Sitios especficos. Mecanismo de terminacin. Control
de replicacin. Localizacin celular de la replicacin.
Replicacin de plsmidos y virus. Mecanismo de
replicacin de crculo rodante. El problema de los
DNAs lineales. Protena terminal.

En E. Coli (procariotas) se conocen
tres polimerasas:

-ADN polimerasa I

-ADN polimerasa II

-ADN polimerasa III

ELONGACIN
La ADN polimerasa III solo es capaz de elongar la
nueva cadena, pues para adicionar
desoxirribonuclitidos necesitan una cadena
previamente formada que suministre un grupo
hidroxilo (-OH) 3 que este libre.

TRANSCRIPCIN: Elongacin

En esta etapa se va aadiendo los ribonucletidos y la
cadena de ARN se va formando.
El proceso ocurre de la siguiente manera: la ARN-pol,
se desplaza por la hebra molde y va leyendo la
secuencia de nucletidos en sentido 3-5 y va
aadiendo ribonucletidos.

Terminacin
Las horquillas de replicacin de la E. Coli, se encuentra
en una regin terminal que contiene mltiples copias de
una secuencia de 20 pares de bases denominando ter.

La secuencia de ter acta en el cromosoma como una
especie de trampa donde la horquilla de replicacin
puede entrar pero no salir.



Las secuencias ter son sitios de unin para una protena
denominada tus (sustancia de utilizacin del terminal).

El complejo tus-ter puede detener las horquillas de
replicacin desde una sola direccin.
a). Las secuencias ter se encuentran dispuestas en el
cromosoma en dos grupos con orientacin opuesta.

Reparacin de ADN
El ADN puede resultar daado por diversos
procesos, algunos espontneos, otros catalizados
por agentes ambientales, la propia replicacin
puede, ocasionalmente, daar la informacin
gentica al dejar bases mal apareadas (G
apareada con T).
Se producen alteraciones qumicas en todas las
macromolculas biolgicas, ya sea por daos de
causa ambiental, por errores de la sntesis.

Tipos de reparacin:

Reparacin de apareamientos incorrectos.

Reparacin por escisin de bases.

Reparacin por escisin de nucletidos.

Reparacin directa.

Reparacin de mal apareamiento.

Los mal apareamientos, es decir, pares de bases que no
corresponde a los de Watson-Crick en la doble cadena del
DNA, pueden producirse por errores de la replicacin, por la
desaminacion de la 5-metilcitosina del DNA para dar timina
o por la recombinacin entre segmentos de DNA que no son
completamente homlogos.

El sistema de correccin de mal de apareamiento examina el
DNA recin replicado, buscando tanto las bases mal
apareadas como las inserciones y las prdidas de bases
aisladas. Cuando se encuentra un mal apareamiento, parte de
la hebra que contiene la regin mal apareada se elimina y se
sustituye.

Reparacin por escisin de
bases.
Todas las clulas contienen una clase de
enzimas denominadas DNA glucosilasas, que
reconocen lesiones del DNA muy frecuentes
(tales como los productos de desaminacion de
la citosina y la adenina) y eliminan las bases
afectadas rompiendo el enlace N-glucosilo.
Proceso de reparacin.
1. El DNA glucosilasa reconoce la base daada y corta
entre la base y la desoxirribosa de la cadena de
azcar-fosfato.
2. Una AP endonucleasa corta la cadena fosfodister
cerca del sitio AP.
3. El ADN polimerasa 1 inicia la sntesis de reparacin
desde el 3hidroxilo libre de la mella, eliminando una
porcin de la hebra daada y remplazndola por
ADN no daado.
4. La mella que queda despus de disociarse el DNA
polimerasa 1 es sellada por el DNA ligasa.

Reparacin por escisin de
nucletidos.
Las lesiones que producen grandes distorsiones
en la estructura helicoidal del ADN se reparan
mediante el sistema de escisin de nucletido,
una va de reparacin esencial para la
supervivencia para todos los organismos de vida
libre.

Mecanismo de reparacin.
1. Una excinucleasa se una al ADN en los
lugares donde hay lesiones de importancia y
corta la hebra daada a ambos lados de la
lesin.
2. El segmento de ADN, de 13 o 29 nucletidos,
es eliminado con ayuda de una helicasa.
3. El hueco resultante es rellenado por ADN
polimerasa.
4. La mella restante es sellada por la ADN
ligasa.


Reparacin directa.
Fotoreactivacin.

De la media docena de procesos de reparacin del
DNA conocidos, la mayor parte se basan en la
eliminacin de los nucletidos daados, junto con
varios residuos adyacentes, y la sustitucin de la
zona eliminada mediante el usos de la informacin
codificada en la hebra complementaria (no daada).
Sin embargo, hay al menos dos procesos en los que
intervienen reacciones que cambian directamente
las bases daadas, en vez de eliminarlas

Fotoreactivacion:

Una enzima muy extendida, denominada enzima
fotoreactivadora o DNA fotoliasa, repara los
dmeros de ciclobutano pirimidina en presencia de
luz visible. La longitud de onda de 370 nm es la ms
eficaz. La enzima se une al ADN en un proceso que
es independiente de la luz, especficamente en el
lugar de los dmeros de pirimidina. En presencia de
luz de longitud de onda visible, se rompen los
enlaces que ligan los anillos de pirimidina, tras lo
cual la enzima puede disociarse en la oscuridad.
Algunas de las claves para aclarar este mecanismo
proceden de la observacin de que la enzima
contienen dos cromforos.
Recombinacin de ADN.
En un sentido estricto, recombinacin, es cualquier
proceso que comporte la formacin de un nuevo DNA a
partir de molculas de DNA distintas, de manera que la
informacin gentica procedente de cada molcula de
DNA original est presente en las nuevas molculas. La
recombinacin interviene tambin la transposicin, un
proceso que comporta el movimiento del DNA de un
lugar de integracin cromosmica a otro.
Clasificacin de los procesos de recombinacin.

A. recombinacin gentica homologa (tambin
llamada recombinacin general) consiste en el
intercambio gentico entre dos molculas de DNA
cualesquiera (o segmentos de la misma molcula)
que comportan una regin extensa de secuencia casi
idntica. La secuencia concreta de bases es
irrelevante, siempre que sea la misma en los dos
DNA.

En la meiosis en los eucariotas, este tipo de
recombinacin contribuye a asegurar la correcta
segregacin de los cromosomas y a crear diversidad
gentica.



B. Recombinacin especifica de sitio difiere en la
recombinacin homloga en que los intercambios solo
tienen lugar en una secuencia de DNA determinada.
Las recombinasas cortan el ADN en sitios especficos y
ligan las hebras con nuevas secuencias.

Pasos de esta recombinacin.
1. Una recombianasa independiente reconoce y se fija a
cada uno delos sitios de recombinacin en dos molculas
diferentes de DNA o dentro del mismo DNA. En cada
sitio se corta una cadena de DNA en un punto especfico,
la recombinasa queda unida covalentemente al DNA en
el sitio del corte mediante un enlace fosfotirosina, Paso
(1).
2. El enlace transitorio protena-DNA conserva el enlace
fosfodister perdido en el corte del DNA, haciendo
innecesarios los cofactores de elevada energa tales
como el ATP en los pasos posteriores. Las hebras de
DNA cortadas se unen a nuevas hebras, formando un
intermediario Holliday con nuevos enlaces fosfodister,
creados a expresas de la unin protena-DNA.

3 y 4. Para completar la reaccin, el proceso se ha
de repetir en un segundo punto dentro de cada
uno de los sitios de recombinacin.


C. Transposicin de DNA es diferente a las otras dos clases
de recombinacin, pues normalmente intervienen un
segmento corto de DNA con la notable capacidad de
trasladarse de un lugar a otro del cromosoma.
La homologa de las secuencias de DNA normalmente no es
necesaria para este movimiento, denominado transposicin,
la nueva localizacin es elegida ms o menos al azar. La
insercin de un transposn en un gen esencial podra matar
la clula, por lo que la transposicin est estrechamente
regulada y normalmente es muy poco frecuente. Los
trasnposones tal vez los parsitos moleculares ms simples
que han logrado replicarse pasivamente dentro del
cromosoma de la clula husped.
Actividad Complementaria:
Horquilla de replicacin
Transcripcin del ADN
Replicacin del ADN parte I
Recombinacin del ADN
Replicacin del ADN parte II