QUMICA COMPUTACIONAL I

II?

Jess M. Lpez

Universidad de Crdoba

Lectura 1. Conceptos Bsicos de
la Qumica Computacional

La qumica computacional es una disciplina que
permite la investigacin de tomos, molculas y
macromolculas mediante uno o varios ordenadores
cuando la investigacin de laboratorio es inapropiada,
impracticable o imposible.
Continuacin...
La qumica computacional incluye aspectos como:

El modelado molecular.

Los mtodos computacionales.

El diseo molecular asistido por ordenador.

Las bases de datos qumicas.

El diseo de sntesis orgnica.

La bsqueda de datos en bases qumicas.
Continuacin...
Aunque hay distintas definiciones de qumica
computacional quizs las mas apropiada sea la dada por
Lipkowitz y Boyd:

Aquellos aspectos de la qumica que son
explicados o realizados mediante ordenadores
Qumica Computacional vs. Qumica Terica
La Qumica Terica se preocupa de la descripcin
matemtica de la Qumica.

La Qumica Computacional se refiere a su implementacin
computacional para la resolucin de las ecuaciones
correspondientes.


La complejidad de resolucin de las ecuaciones
propuestas obliga a abordar el estudio mediante la
introduccin de aproximaciones y el empleo de
ordenadores.
Qumica Computacional vs. Qumica Terica
La Qumica Cuntica proporciona una descripcin precisa
del comportamiento de los electrones y por tanto de la
estructura de tomos y molculas. Sin embargo, las
ecuaciones resultantes slo han podido resolverse
exactamente para el tomo de hidrgeno.

Su aplicacin a otros problemas qumicos se realiza en base
a dos estrategias:

- Aproximaciones

- Uso de Modelos
Qumica Computacional vs. Qumica Terica
El uso de aproximaciones: muy pocos problemas qumicos pueden ser
resueltos exactamente. Pero eso no significa que una solucin aproximada
no sea til:

A veces una solucin aproximada puede ser ms precisa que el mejor de
los Experimentos

Frecuentemente slo se requiere un cierto grado de precisin en la
solucin. Por ejemplo, para las energa se suele aceptar que la precisin
necesaria para aplicaciones qumicas es del orden de 1 kcalmol
1

Una solucin aproximada o cualitativa puede a veces proporcionar una
comprensin del problema ms profunda de la que se puede obtener
mediante un experimento.

Por ejemplo, un clculo de una energa de disociacin aproximado puede
permitir conocer ms sobre el enlace estudiado que un experimento que
mida la energa de disociacin con precisin.
USO DE MODELOS
Electiva de Qumica Computacional
En general, existen dos formas de emplear la Qumica
Computacional:

De forma interpretativa: reproduciendo un experimento y
obteniendo un conocimiento detallado que permita
explicar los resultados observados y a partir de esto poder
elaborar una hiptesis de trabajo.

De forma predictiva: estudiando modificaciones de la
composicin de las molculas que permitan obtener las
propiedades deseadas
Mtodos Computacionales
La qumica computacional abarca un amplio rango de mtodos
matemticos que pueden dividirse en dos grandes categoras:


La mecnica molecular: Aplica las leyes de la fsica clsica al
ncleo molecular sin considerar explcitamente a los electrones.

La mecnica cuntica: Se basa en la ecuacin de Schrdinger
para describir una molcula con un tratamiento directo de la
estructura electrnica.
Mtodos Computacionales
MECNICA MOLECULAR (MM)
La MM utiliza las leyes de la fsica clsica para predecir estructuras y
propiedades moleculares. Cada mtodo de MM est caracterizado por:

A. Un campo de fuerza (FF) particular, compuesto por un conjunto de
ecuaciones que define como varia el potencial con la posicin de los
tomos en la molcula.

B. Una serie de tomos tipo que definen las caractersticas de un
elemento en un contexto qumico especfico. Por ejemplo, el tomo de
carbono en un carbonilo es tratado de diferente forma al tomo de
carbono enlazado a tres hidrgenos. Por tanto, el tipo de tomo depende
de su hibridacin, carga y tipo de tomos a los que se encuentra
enlazado.
MECNICA MOLECULAR (MM)
C. Uno o ms conjuntos de parmetros que ajustan las ecuaciones y
tipos de tomos a los datos experimentales.

Estos parmetros estn definidos como constantes de fuerza, las cuales
dan los valores utilizados en las ecuaciones que relacionan las
caractersticas atmicas con las componentes de energa y datos
estructurales como longitudes y ngulos de enlace.
Caractersticas
- Clculos en MM no tratan los electrones de un sistema molecular
explicitamente, pero est optimizada en el clculo basado en la
interaccin electrn-ncleo.

- Los efectos electrnicos se encuentran implcitos en los campos de
fuerza.

- Alta eficiencia computacional y pueda ser utilizado para hacer
clculos en molculas muy grandes (del orden de 10
3
tomos)

- No todos los FF pueden ser usados para los sistemas de inters.

- Los efectos electrnicos no son predominantes, por lo que no se
pueden hacer estudios sobre procesos que involucren formacin o
rompimiento de enlaces;

- las propiedades moleculares que dependan del ambiente electrnico
no son reproducibles.
Clculos Qumica Cuntica vs MM

-QC:
-Ms apropiado para el clculo de propiedades moleculares
-No requiere (en general) de informacin experimental
-Aplicabilidad restringida: pequeas molculas (up to 200 tomos con SE y DFT)
-Apropiados para estudiar nuevas molculas (incluyendo estados de transicin)
-Clculos costosos computacionalmente (tiempo = $$$)

MM:
-A menudo resultados menos confiables que QC (poca exactitud)
-Requiere informacin experimental (y/o de QC!)
-Mucha mayor aplicabilidad: macromolculas (miles de tomos)
-Apropiados para estudiar molculas (estables) de clases ya estudiadas
-Clculos baratos computacionalmente.


Un par de tomos o molculas neutros estn sujetos a dos
fuerzas distintas en el lmite de una gran separacin y de una
pequea separacin: una fuerza atractiva acta a grandes
distancias (fuerza de Van Der Waals, o fuerza de dispersin)
y una fuerza repulsiva actuando a pequeas distancias (el
resultado de la sobreposicin de los orbitales electrnicos,
conocido como la repulsin de Pauli).


El potencial de Lennard-Jones (tambin conocido como el
potencial L-J, el potencial 6-12 o, con menor frecuencia,
como el potencial 12-6) es un modelo matemtico sencillo
para representar este comportamiento.
Aclaracin