Una Revisin a la escala de tiempo

de la evolucin humana, basado en

el antiguo genoma mitocondrial
Antecedentes
Reciente anlisis de mutaciones de Novo del ADN en
seres humanos han sugerido una tasa de sustitucin
nuclear que es aproximadamente la mitad de las
estimaciones previas basndose en la calibracin fsil.
Este resultado ha conducido a la sugerencia de que
acontecimientos en la evolucin humana se produjeron
mucho antes de lo que se pensaba anteriormente.
Introduccin
Las diferencias en la secuencia de ADN corresponden a las sustituciones de nucletidos
que se han acumulado desde su separacin de un antecesor comn ms reciente
(MRCA). Cuando el nmero promedio de sustituciones que se producen por unidad de
tiempo puede ser determinado, la tasa del reloj molecular puede ser estimada.
Bajo el supuesto de tasas constantes de cambios entre los linajes, los relojes
moleculares se han utilizado para estimar los tiempos de divergencia entre especies
estrechamente relacionadas o entre poblaciones. La evidencia fsil se ha utilizado
frecuentemente para estimar una fecha para el MRCA de dos grupos relacionados,
proporcionando as un punto de calibracin del reloj molecular.
La escases del registro fsil, sin embargo, presenta limitaciones sobre fiabilidad de
dichas estimaciones. Por ejemplo, en la evolucin humana, ningn fsil ha sido
identificado para representar la indiscutible MRCA para los seres humanos, chimpancs
y otras especies de primates estrechamente relacionadas. Como consecuencia, la tasa
de mutacin mitocondrial y nuclear para el linaje humano han sido fuertemente
debatidos.
ADN, PRESERVACION Y
CONSERVACION
La secuenciacin de alto rendimiento de las bibliotecas enriquecidas produjo entre 4.898 y
27.022.382. Estas secuencias se utilizaron como insumos para el ensamblador de asignacin
iterativa (MIA). Los genomas mitocondriales completos o casi completos, que poseen una cobertura
de al menos 3 veces, podran ser reconstruidos por 11 individuos, incluyendo la muestra de China.
La duracin media de los fragmentos de ADN mitocondrial obtenidas oscilaron 54-77pb. El uso de
un mtodo de estimacin de la contaminacin publicado previamente, cuatro muestras mostraron un
bajo porcentaje de fragmentos inconsistentes, lo que sugiere que el ADN se origin a partir de una
sola fuente biolgica, mientras que las otras secuencias no contienen suficientes sustituciones
nicas de diagnstico para evaluar la contaminacin utilizando este mtodo. Nuestra ms potente
estimacin bayesiana contaminacin (Informacin adicional, seccin 5) sugiere que todas las
muestras con la excepcin de Oberkassel 999 no estn contaminados dentro de los lmites de
nuestra resolucin (Tabla 1). Sobre esta base, se excluyeron Oberkassel 999 de anlisis anteriores.
A fin de evaluar la autenticidad de la antigua ADN se calcul la proporcin de incorporaciones
errneas de nucletidos derivados de daos en el ADN, una cantidad que se sabe que aumenta con
el tiempo despus de la muerte de un individuo [12] y se ha utilizado como un indicador de la
autenticidad en la anterior trabajada [10]. Se sugiri que las muestras seas 100 aos de edad o
ms tienen un mnimo de 20% de C a T incorporaciones errneas concentradas
Anlisis Evolutivo
Todas menos una de las antiguas secuencias humanas modernas de Europa
pertenecan a ADNmt hg U, lo que confirma hallazgos previos de que HG U fue
el tipo dominante de ADNmt antes de la difusin de la agricultura en Europa. La
excepcin fue la muestra Cro-Magnon 1, que perteneca a la deriva hg T2b1, un
inesperado hg dada su edad supuesta de 30.000 aos. Desde la fecha de
radiocarbono para este espcimen se obtuvo de la asociacin de una cscara,
datamos la misma muestra utilizando el acelerador de espectrometra de masas
(AMS). Sorprendentemente, la muestra tena una edad mucho ms joven de
700 aos, lo que sugiere un origen medieval. En consecuencia, este fragmento
de hueso se ha quitado de la coleccin de Cro-Magnon en el Muse de
IHomme (Museo del Hombre) en Paris. Los intentos de fecha directo de otros
restos de los tipos de Cro-Magnon desafortunadamente fallaron. La buena
conservacin de nuestra muestra molecular para tanto el ADN como la datacin
AMS, por el contrario, sugiere que este hueso en particular tiene un origen
diferente de los otros restos de la coleccin.
Para los restantes ocho antiguos europeos, hemos construido un rbol
filogentico para hg U, los que incluyeron 63 genomas mitocondriales
contemporneos de este haplogrupo.
La diversidad gentica del ADN mitocondrial que se mide en los primeros
europeos modernos es aproximadamente 2 veces menor que la diversidad de
ADN mitocondrial en los europeos de hoy en da, pero cerca de 1.5 veces
superior a la medida en los neandertales contemporneos con estos primeros
humanos modernos (con exclusin de la persona ms vieja Mezmaiscaya).
Aunque estas mediciones indican provisionalmente que un tamao de poblacin
mayor puede haber contribuido a los primeros modernos superando a los
neandertales despus de su llegada a Europa, hay advertencias de este
anlisis. En primer lugar, tenemos un tamao de muestra limitado de ejemplares
antiguos. En segundo lugar, hemos probado de varios periodos distintos, una
prctica que sobreestima la diversidad gentica real. En tercer lugar, nuestro
muestreo no es aleatorio; por ejemplo: se incluyeron varios individuos de dentro
del mismo lugar de entierro (Dolni Vestonice), donde es posible la relacin de la
madre y le dara una subestimacin de la verdadera diversidad. Ms datos son
necesarios para proporcionar una evaluacin definitiva de la diversidad gentica
de estas poblaciones prehistricas.
Estimaciones de Tiempo de Divergencia del
Haplogrupo
El uso de la tasa de sustitucin para todo el genoma del ADNmt obtenido por
estimacin bayesiana, se estimo el tiempo de la MRCA para todos los seres
humanos modernos en el 157 kya (120-197 kya, 95% HPD). Nuestra tasa
implica tambin una divisin de todos HGS no africanos del hg cercano
generalizada en frica Subsahariana (L3) de 78,3 kya (62,4-94,9 kya) (Tabla 3).
El MRCA de hg Q, a menudo referido como una edad mxima para la solucin
de Australia, se calcul en 42 kya (30-54,2 kya). El tiempo para el ancestro
comn ms reciente (TMRCA) de U5 hg, suele argumentarse que han
evolucionado dentro de los primeros humanos modernos en Europa, se calcul
en 26,9 kya (22,7-37,2 kya).
Para probar si las tasas de mutacin inferidos son dependientes de una
datacin directa de una secuencia de ADN mitocondrial (que en principio podra
tener una fecha de carbono inexacta), se realizo un anlisis bayesiano MCMC
para las regiones de codificacin con un modelo de tamao constante y reloj
relajado utilizando cada secuencia de ADNmt ms antigua de 4.000 aos de
forma independiente como calibraciones de puntas separadas. Los resultados
van desde 1,14 x 10
-8
sustituciones por sitio por ao para la muestra Kostenki a
4,5 x 10
-8
sustituciones por sitio por ao para la muestra Boshan. Los intervalos
de confianza para todas las muestras se superponen al valor obtenido para el
conjunto de datos, lo que sugiere hay una nica muestra impulsando nuestra
estimacin global de los tipos de mutaciones.
Discusin

Hemos sido capaces de reconstruir tres genomas mitocondriales completos y
casi seis incompletos de restos humanos antiguos que se encuentran en Europa
y el Este de Asia y que abarcan 40.000 aos de historia humana. Todas las
muestras europeas del Paleoltico y Mesoltico pertenecen al ADNmt hg U,
como se sugiri anteriormente para pre-neolticos europeos. Dos de las tres
personas del triple entierro de la Dolni Vestonice relacionados con la cultura de
la pre-edad Glacial, muestran ADNmts idnticos, lo que sugiere una relacin
maternal. Por otra parte, los individuos muestran una secuencia mitocondrial
que cae en la base de un rbol filogentico en comparacin con las muestras
cazadores-recolectores de la post-era de hielo en Italia y Europa Central, as
como el ADNmt contemporneo hg U5.
Se ha argumentado que hg U5 es el subhaplogrupo ms antiguo del linaje de
la U, originaria de los primeros humanos modernos en Europa. Nuestros
resultados apoyan esta hiptesis, porque nos encontramos que los dos
individuos Dolni Vestonice fechados por radiocarbono a 31,5 kya llevan a un
tipo de ADN mitocondrial que aun no se ha caracterizado, se encuentra cerca
de la raz de hg U, y lleva dos mutaciones que son especficos de hg U5.
Con nuestro reloj molecular recalibrado, fechamos la edad de la rama U5
hasta aproximadamente 30 kya, precediendo asi la LGM. Debido a que la
mayora de los fines del ADNmt Paleoltico y Mesoltico analizados hasta la
fecha cae en una de las ramas de U5, nuestros datos proporcionan cierto
apoyo a la continuidad gentica materna cazadores recolectores europeos
entre las pre y post era de hielo desde el momento del primer
establecimiento de la aparicin del Neoltico. U4, otro hg se encuentra
comnmente en los cazadores recolectores del Mesoltico, hasta ahora no ha
sido secuenciado en un individuo Paleoltico, y nos encontramos con HGS
U8 y U2 en pre individuos LGM pero no en cazadores recolectores
posteriores.

Cazadores-Recolectores del
Mesoltico
Los Humanos Arcaicos
Debido a que no sabemos la edad de radiocarbono de algunos de los ADNmt de
los Neandertales completos y el individuo Denisovan, el TMRCA de ADNmt de
humanos modernos y arcaicos se estimo a partir de nuestra tasa de sustitucin
de inferidos. Para este enfoque se suma 54 ADNmt de humanos modernos de
un conjunto de datos en todo el mundo con 6 ADNmt Neandertal, 1 Denisovan,
un chimpanc y un bonobo utilizando MUSCLE. Una prueba del reloj molecular
se realiz mediante MEGA5 comparando el valor de mxima verosimilitud para
la topologa dada con y sin las limitaciones del reloj molecular en el marco del
tiempo en general reversible modelo (GTR + I + G). Las diferencias en las tasas
de evolucin entre los sitios se modelaron usando una distribucin discreta
gamma (G) que permiti (I) sitios invariante. La hiptesis nula de la tasa de
evolucin de igualdad en todo el rbol no fue rechazada. Por lo tanto, Por lo
tanto, se utiliz la tasa de sustitucin estimada para extrapolar el TMRCA de
ADNmt de humanos modernos y arcaicos. Todas las posiciones que contienen
lagunas y los datos faltantes fueron eliminados. Hubo un total de 16.518
posiciones en el conjunto de datos final. Para el clculo de los tiempos de
divergencia del ADNmt, se utiliz la tasa de sustitucin determinado calculado
para todo el genoma de ADNmt (de la seccin anterior, sobre la base de diez
ADNmts antiguas), como antes en el paquete de software bayesiano BEAST.

Conclusin
Aunque un nico loci del ADN mitocondrial (ADNmt) solo puede proporcionar
estimaciones sesgadas de los tiempos de divergencia de una poblacin, puede
proporcionar los lmites temporales superiores (ms antiguos) vlidos. Los
resultados que se presentaron excluyen las mayoras de las fechas ms
antiguas de frica y las divergencias de poblacin no africana sugeridos
recientemente por de novo estimaciones de la tasa de mutacin en el genoma
nuclear.

Por su Atencin Muchas Gracias