PROJETOS GENOMA E

PROTEOMA HUMANOS
Haline Reis de Oliveira 07/33091
Nathlia de Vargas Haar 07/50751
Gentica Bsica
Projeto Proteoma
Humano
Por muitos anos a genmica funcional propagou a noo de que no seria
necessrio estudar nveis de protenas para obter-se dados de up and
down regulation. Tudo o que era necessrio seria a determinao dos
nveis de mRNA

Em 1997, Anderson apresentou um trabalho mostrando a primeira
comparao da abundncia de mRNA e protenas correspondentes. A
correlao foi de 0,43
Anderson &Seihamer (1997) Electrophoresis 18, 533-537
Esses resultados vem sendo confirmados por outros grupos.

A protemica, portanto, parece ser a ferramenta mais apropriada para
entender-se o funcionamento dos genes, pois analisa o produto final do
genoma
O que significa ?
Proteoma significa o conjunto de protenas expressas a partir de um
determinado genoma.
Separar e visualizar simultaneamente o mximo de protenas possvel do
proteoma de uma amostra, permitindo que depois sejam identificadas e
catalogadas
Quais so seus objetivos?
Atualmente, uma tcnica chamada eletroforese bidimensional o mtodo mais
eficiente de separao de protenas. Hoje em dia, ela considerada o
corao da anlise de proteomas pois esta talvez seja a etapa menos
automatizada e que exija mais habilidade do pesquisador.
Como a separao do proteoma?
Eletroforese bidimensional
uma tcnica na qual uma mistura de molculas que possuam cargas
eltricas (como o caso das protenas) so aplicadas em um tipo de gel e,
em seguida, submetidas a um campo eltrico. Deste modo, as protenas
que tiverem carga negativa migraro em direo ao plo positivo e as de
carga positiva migraro para o negativo.
Protenas de cargas e tamanhos diferentes migraro no gel com
velocidades diferentes; quanto maior a carga e menor o tamanho,
maior ser sua velocidade.
Aps a eletroforese, o gel pode ser corado e cada tipo de protena ser
visualizada como uma mancha colorida

Atravs desta tcnica as protenas so submetidas a dois processos
consecutivos (dimenses) de separao baseados com duas propriedades
diferentes das protenas:


1)Focalizao isoeltrica: as protenas migram em um gel especial at atingirem
uma posio estacionria onde possuem carga zero(ponto isoeltrico). Com
carga zero, as protenas no podem se mover e, ento, diz-se que esto
focalizadas.
Como cada protena tem seu ponto isoeltrico especfico, o gel possura
manchas em diferentes posies ao final da focalizao, cada uma
correspondendo a um tipo de protena. Cada mancha no contm apenas
uma molcula de protena e sim milhes de molculas do mesmo tipo de
protena.
2)Massa molecular : o gel da primeira dimenso submetido a um segundo
tipo de eletroforese de modo que as protenas focalizadas sejam separadas
pelo seu tamanho(massa molecular). As protenas presentes o gel podem
ento ser coradas e visualizadas, permitindo que, ao final do processo,
mais de 5000 manchas de protenas possam ser observadas em um nico
gel bidimensional.

Aparelho utilizado na eletroforese bidimensional-
focalizao isoeltrica
O comportamento de diferentes protenas
durante a focalizao
Imagem de protenas em seu ponto isoeltrico
Eletroforese em gel bidimensional das protenas de E.
coli -mais de 2,000 protenas podem ser visualizadas
Como ocorre a identificao das protenas ?
A seqncia de aminocidos o que d a identidade da protena. Para a
anlise de proteomas no necessrio sequenciar completamente cada
protena a fim de identific-las. Um pedao de seqncia juntamente com
dados fornecidos pelo prprio gel bidimensional(massa molecular e ponto
isoeltrico) so muitas vezes, suficientes para isso.
A identificao da protena muito facilitada se sua seqncia completa for
conhecida e j estiver depositada em bancos de dados de seqncias (j
existem mais de um milho de seqncias depositadas) , os quais podem
ser acessados via internet.

Como pode-se obter a seqncia completa de uma
protena?
Sequenciando diretamente os aminocidos da protena

Sequenciando o DNA e, a partir da, deduzindo a seqncia das protenas
utilizando o cdigo gentico, muito mais rpido que o de protenas,
portanto a maior parte das sequencias de bancos de dados foi obtida desta
forma.

Como identificar protenas do proteoma?

Seqenciador automtico de protenas:programas computacionais de busca
fariam uma comparao da seqncia VLSPADKTD com a seqncia de todas
as protenas nos bancos de dados seqncia de aminocidos V
Espectrometria de massa: o espectrmetro de massa agiria como se fosse um
balana molecular. A metodologia utilizada denominada de peptide mass
fingerprinting ( impresso digital por massas de peptdeos) .
- Quebra de protenas em locais bem especficos, para formar peptdeos. A
massa desses peptdeos so ento determinadas no espectrmetro de
massa com incrvel preciso, elas formam uma espcie de impresso digital.
Cada protena composta de peptdeos de massas moleculares definidas.
- A seguir programas computacionais tomam as mais de um milho de
seqncias de protenas depositadas nos bancos de dados e as quebram
teoricamente com a protease. Ento para cada protena do banco de dados
obtido um conjunto de nmeros que correspondem s massas dos peptdeos
produzidos teoricamente.
- Cada um desses conjuntos comparado com os dados experimentais e, se
a seqncia da protena-problema estiver no banco de dados, ela
imediatamente identificada atravs dessa comparao. Com os dados de
identificao de protenas so preparados ento os chamados mapas de
proteoma.
Apesar da enorme quantidade de trabalho protemico, continuamos
observando a ponta do iceberg.
A grande maioria das protenas protenas raras (e preciosas) ainda esto
escondidas.
Todos esto identificando as mesmas protenas (as mais abundantes)

Afinal para que servem os mapas de proteomas?
Permite que pesquisadores possam identificar mais facilmente as protenas
que foram afetadas em fenmenos biolgicos envolvendo diferenas na
expresso de protenas, tais como efeito de frmacos, condies
patolgicas, diferenciao celular, comparao de variedades da mesma
espcie e outros assuntos.

Mapa protemico do fluido crebro-espinhal de um
indivduo sem patologia

Mapa protemico do fluido crebro-espinhal de um indivduo
com patologia


Um Projeto Proteoma Humano?

Um projeto Proteoma Humano ainda no existe oficialmente, entretanto os
avanos que esto ocorrendo so inegveis, empresas j comeam a lanar
equipamentos que automatizam quase totalmente a separao de protenas por
eletroforese bidimensional, mas dificuldades ainda existem.
Por exemplo, como seria
possvel definir um
proteoma humano, j que,
para cada tipo de clula e
para cada condio do
organismo, o conjunto de
dados seria diferente.

Proteoma no mundo

A Era ps-genmica que se inicia vem recebendo apoio de pases
como EUA, Dinamarca, Sua, Sucia, Frana, Alemanha,
Inglaterra, Japo e Austrlia. Empresas como Large Scale Biology,
Oxford Glycosciences e a Protana prestam consultorias para
empresas farmacuticas.
No Brasil...

Centro Brasileiro de Servios e Pesquisas em Protenas(CBSP) da UnB, que
foram pioneiros na utilizao de tecnologia protemica desde 1995.
Pesquisadores na UnB realizaram o primeiro sequenciamento completo dos
aminocidos uma protena .
Hoje se estuda proteomas de neutrfilos humanos, de venenos de aranha e
serpentes, alm do proteoma do Trypanossoma cruzi.
Pesquisas na Unicamp envolvendo a anlise de proteoma da Xilella
fastidiosa, o mesmo microorganismo no qual se realizou o mapeamento
completo do genoma no pas.

Questo ticas
Testes de DNA

Confirmao de diagnsticos
Auxilio para escolha de
tratamento apropriado

Resultados positivos podem
ser apresentados por pessoas
que nunca desenvolvero a
doena
Gerao de ansiedade
desnecessria
Riscos para produo de
discriminao e
estigmatizao sociais
Privacidade gentica
Quem, como, quando, onde e por que os dados de DNA
podero ser utilizados e divulgados?

No Brasil, o assunto ainda no entrou em pauta para
discusso nas agendas do Governo Nacional ou no
Congresso Federal.
Nos EUA, no h nenhuma lei federal que regulamente
o assunto, mas leis anteriores relacionadas a deficientes
fsicos e planos de sade possam ser interpretadas para
incluir discriminao gentica.




Terapia gnica
uma nova abordagem para tratar, curar ou prevenir
doenas atravs da interferncia na atividade de um gene
em um indivduo.
Dificuldades...
-dos 100000 genes estimados, a funo de poucos
conhecida, e tentar terapia gnica sem ter o quadro geral
das inter-relaes de genes em uma doena pode dirigir o
tratamento a apenas alguns dos genes implicados;
-severas regulamentaes na maioria dos pases dificultam
a realizao de experimentos com seres humanos;
-alto custo para desenvolvimento de tecnologia de terapia
gnica ;
Patenteamento de genes
Como se protege o trabalho e o investimento de um pesquisador e
uma empresa que trabalham nesse novo campo de anlises
genmicas e protemicas?
lcito patentear um genoma, um proteoma, um gene ou uma
protena?
H limites ticos para tais prticas?
A favor...os recursos das patentes so convertidos em novas
pesquisas, duplicao desnecessria de esforos evitada,a
concesso de monoplio encoraja investimentos privado ou pblico,
segredos so reduzidos e a informao fica mais disponvel.
Contra... O desenvolvimento de mtodos diagnsticos seria impedido
por terceiros devido aos custos na obteno da licena e no
pagamento dos royalties,empresas de biotecnologia que possurem
as patentes podero controlar mercados monopolizados.
Farmacogenmica
Estuda o efeito da herana gentica individual sobre a
ao de drogas, combina conhecimentos farmacolgicos
e farmacuticos tradicionais com os novos
conhecimentos de genoma e proteoma.
Ser responsvel por terapias mais voltadas a
constituio gentica de cada paciente
Fim!