Qu es una enzima?

Es un catalizador biolgico que produce un

cambio qumico especfico sobre otras sustancias
sin que exista un cambio sobre s mismas.
Cmo esta compuesta una enzima?
Enzimas con naturaleza
proteica
Enzimas ribozimas
Enzimas simples.
Una sola protena.
Enzimas complejas.
Varias protenas y
otras pequeas
molculas.
[Ligandos
alostricos]
Nmero Clasificacin Propiedades bioqumicas
1. Oxidoreductasas
Actan sobre varios grupos qumicos para aadir o
remover hidrgenos.
2. Transferasas
Transfieren grupos funcionales entre molculas donadoras
y aceptoras. Las cinasas son transferasas especializadas
ya que regulan el metabolismo transfiriendo grupos
fosfatos del ATP a otras molculas.
3. Hidrolasas Adicionan agua a travs de enlaces, hidrolizandola.
4. Liasas
Aaden agua, amonio o dixido de carbono a travs de
dobles enlaces, o eliminando estos elementos para
producir dobles enlaces.
5. Isomerasas
Llevan a cabo diferentes tipos de isomerizacin: de L a D,
reacciones de mutasa (cambio de grupos qumicos) y
otras.
6. Ligasas
Catalizan reacciones en las cuales dos grupos qumicos se
unen (o ligan) utilizando energa del ATP.
Clasificacin de las enzimas (IUBMB-IUPAC)
http://www.chem.qmul.ac.uk/iubmb/enzyme
No Clasificacin Propiedades bioqumicas
1. Oxidoreductasas
EC 1.1 Grupo donador de CH-OH EC 1.1.1 Aceptor de NAD o NADP
EC 1.2 Grupos donadores de aldehdos o grupos
oxo
EC 1.2.1 Aceptor de NAD o NADP
EC 1.3 Grupos de donadores de CH-CH EC 1.3.1 Aceptor de NAD o NADP
2. Transferasas
EC 2.1 Transfieren un grupo carbono EC 2.1.1 Metiltransferasas
EC 2.2 Transfieren aldehdos omcetonas EC 2.2.1 Transcetolasas y transaldolasas
EC 2.3 Aciltransferasas EC 2.3.2 Aminoaciltransferasas
3. Hidrolasas
EC 3.1 Acta sobre enlaces ster EC 3.1.1 Hidrolasas ster carboxlicas
EC 3.2 Glucolasas EC 3.2.1 Glucosidasas
EC 3.3 Acta sobre enlaces ter EC 3.3.1 Tioeter hidrolasas
4. Liasas
EC 4.1 Liasas carbono-carbono EC 4.1.1 Carboxiliasas
EC 4.2 Liasas carbono-oxgeno EC 4.2.1 Hidroliasas
EC 4.3 Liasas Carbono-nitrgeno EC 4.3.1 Amonioliasas
5. Isomerasas
EC 5.1 Racemasas y epimerasas EC 5.1.1 Actan sobre aa y derivados
EC 5.2 cis-trans-Isomerasas EC 5.2.1 Solo una subclase
EC 5.3 Isomerasas intramoleculares EC 5.3.1 Interconvierte aldosas y cetosas
6. Ligasas
EC 6.1 Forma enlaces carbono-oxgeno EC 6.1.1 Forma a los aminoacil-tARN
EC 6.2 Forma enlaces carbono-sulfihidrilo EC 6.2.1 Ligasas cido-tiol
EC 6.3 Forma enlaces carbono-nitrgeno EC 6.3.1 Ligasas cido-amonio
EC: Enzyme Commission
Las enzimas se caracterizan por:
Poder cataltico
Especificidad
Regulacin
Poder cataltico
Las enzimas despliegan un enorme poder cataltico acelerando la
reaccin a velocidades por arriba de 10
16
de los niveles de las no
catalizadas, lo cual es mayor que lo que cualquier reaccin sinttica
puede llevar a cabo, adems de realizarlo sorprendentemente en
soluciones diluidas en condiciones suaves de temperatura y pH.
Las enzimas transforman diferentes
formas de energa
Energa luminosa Energa qumica
Ejemplo: Fotosntesis
Energa libre Energa libre
Ejemplo: Gluclisis
Especificidad
La afinidad de la enzima por un sustrato.
ADN polimerasa I
Trombina
Tripsina
Subtilisina
Alcohol deshidrogenasa (cualquier alcohol,
prefiere etanol)
E
s
p
e
c
i
f
i
c
i
d
a
d

ESPECIFICIDAD (RECONOCIMIENTO DEL SUSTRATO)
Cmo funcionan las enzimas?
Como catalizadores que aumentan la velocidad qumica
de la reaccin y puede hacerlo porque disminuye la
energa de activacin requerida para esto.
En otras palabras, provee de una ruta de reaccin
alterna que requiere menos energa.
G

es la cantidad de energa
requerida para convertir un mol
de sustrato desde el estado basal
hasta el estado de transicin.
La cintica enzimtica estudia la velocidad
de las reacciones catalizadas por enzimas.
Informacin directa acerca del mecanismo de la
reaccin cataltica y de la especificidad de la enzima.
Puede medirse con relativa facilidad, ya que en
muchos casos no es necesario purificar o aislar la
enzima.
La velocidad puede determinarse bien midiendo la
aparicin de los productos o la desaparicin de los
reactivos.
Al seguir la velocidad en funcin del tiempo se
obtiene la cintica de la reaccin.
A medida que la reaccin transcurre, la velocidad de
acumulacin del producto disminuye porque se va
consumiendo el sustrato. Para evitar esta
complicacin se mide la velocidad inicial de la
reaccin (v
0
).
En una reaccin de orden cero, la velocidad de formacin del
producto es independiente de la concentracin de sustrato: v = k
En una reaccin de primer orden la velocidad de formacin de
los productos es directamente proporcional a la concentracin
del sustrato: v = k [A].
Una reaccin de segundo orden es aquella en la que la velocidad
de formacin del producto depende

de la concentracin de dos sustratos (como en una reaccin de
condensacin): v = k [A
1
] [A
2
]
del cuadrado de la concentracin de un nico sustrato
(reaccin de dimerizacin): v = k [A]
2
sacarosa + agua glucosa + fructosa
ORDEN CERO PRIMER ORDEN SEGUNDO ORDEN
Expresin
diferencial de la
velocidad

Ecuacin integrada
de la velocidad
[A] = -kt + [A]
0
Ln[A] = -kt + Ln[A]
0


Vida media (t
1/2
)



Representacin que
da lugar a una recta
[A] vs t Ln[A] vs t 1/[A] vs t
Signo de la
pendiente
negativo negativo positivo
Significado de la
pendiente
-k -k k
Significado de la
ordenada en el
origen
[A]
0
Ln[A]
0


[A]
0
es b e
b
1/b

La velocidad inicial de la
reaccin es igual a la
pendiente de la curva de
avance a tiempo cero
La medida de v
0
se realiza
antes de que se consuma el
10% del total del sustrato,
de forma que pueda
considerarse la [S] como
esencialmente constante a
lo largo del experimento.
Para estudiar la cintica
enzimtica se mide el efecto de la
concentracin inicial de sustrato
sobre la velocidad inicial de la
reaccin, manteniendo la cantidad
de enzima constante. Cuando [S]
0

es pequea, la velocidad inicial es
directamente proporcional a la
concentracin de sustrato, y por
tanto, la reaccin es de primer
orden. A altas [S]
0
, la enzima se
encuentra saturada por el
sustrato, y la velocidad ya no
depende de [S]
0
. En este punto,
la reaccin es de orden cero y la
velocidad es mxima (V
max
).
Leonor Michaelis
Maud Menten
[S] pequea V [S]
[S] V es independiente de [S]
E + S ES
E + P
k
1
ES
E + S
k
2
k
3
Casi ninguno de los productos
es reversible a su estado
inicial.
Velocidad cataltica V= k
3
[ES]
Velocidad de formacin ES ES= k
1
[E][S]
Velocidad de ruptura ES= (k
2
+ k
3
)

[ES]
v
1
= k
1
[E] [S]
v
2
= k
2
[ES]
v
3
= k
3
[ES]
En este esquema, k1, k2 y k3 son las constantes cinticas individuales
de cada proceso y tambin reciben el nombre de constantes
microscpicas de velocidad. Segn esto, podemos afirmar que:
Se puede distinguir entre enzima libre (E) y enzima unido al sustrato
(ES), de forma que la concentracin total de enzima, [ET], (que es
constante a lo largo de la reaccin) es:
[ET] = [E] + [ES]
Como [E] = [ET] - [ES], resulta que: v
1
= k1[S] [ET] - k
1
[S] [ES]
Este modelo cintico adopta la hiptesis del estado estacionario,
segn la cual la concentracin del complejo enzima-sustrato es
pequea y constante a lo largo de la reaccin. Por tanto, la velocidad
de formacin del complejo enzima-sustrato (v
1
) es igual a la de su
disociacin (v
2
+ v
3
):
v
1
= v
2
+ v
3
Adems, como [ES] es constante,
la velocidad de formacin de los
productos es constante:
v = v
3
= k
3
[ES] = constante
Como v
1
=v
2
+v
3
, podemos decir que:
k
1
[S] [ET] - k
1
[S] [ES] = k
2
[ES] + k
3
[ES]
Despejando [ES], queda que:
Siendo que
Constante de:
Michaelis-Menten
| |
| || |
( )
1
3 2
k
k k
S E
ES
+
=
Por lo tanto:
En condiciones de estado estacionario, las concentraciones de los
intermediarios permanecen igual, mientras que las concentraciones
de los sustratos y los productos cambian.
Por lo tanto, en el estado estacionario, la velocidad de formacin del
producto es:
v = v3 = k3 [ES] =
Para cualquier reaccin enzimtica, [ET], k
3
y KM son constantes.
Vamos a considerar dos casos extremos:
1. Si ([S] << KM) v = (k
3
[ET]/KM) [S] constantes
k
obs
Por lo tanto: v = k
obs
[S], con lo cual la reaccin es un proceso
cintico de primer orden.
2. ([S] >> KM) v = k
3
[ET]
la velocidad de reaccin es
independiente de la
concentracin del sustrato, y por
tanto, la reaccin es un proceso
cintico de orden cero.
Adems, tanto k
3
como [ET] son constantes, y nos permite definir un
nuevo parmetro, la velocidad mxima de la reaccin, (V
max
):
V
max
= k
3
[ET]
que es la velocidad que se
alcanzara cuando todo el enzima
disponible se encuentra unido al
sustrato.
| |
| | S K
S V
v
M+
=
max
Ecuacin de Michaelis-Menten
Cintica No-Michaeliana
Alosterismo
Clculo de la K
M
y de la V
mx
de una enzima
Para determinar grficamente los valores de K
M
y V
max
es ms
sencillo utilizar la representacin doble recproca (1/v
0
frente a
1/[S]
0
), ya que es una lnea recta. Esta representacin doble
recproca recibe el nombre de representacin de Lineweaver-
Burk. Es una recta en la cual:
La pendiente es K
M
/V
max

La abscisa en el origen (1/v
0
= 0) es -1/K
M

La ordenada en el origen (1/[S]
0
= 0) es 1/V
max

[1/v] = [K
M
(1)/ V
max[
S] + (1)/V
max
]
Inhibicin competitiva
Sustrato
Enzima
Inhibidor
Esta clase de inhibicin es reversible.
| |
| |
| | | |
= + +
| |
|
\ .\ .
1 1 1
1
M
max max i
I
K
V V V K s
Inhibicin no competitiva
| |
=
+ 1
max
max
i
V
V'
I
K
Enzima
Inhibidor
Sustrato
Enzima
Inhibidor
Sustrato
Sustrato
Enzima
Inhibidor
Inhibicin acompetitiva
Sustrato
Enzima
Inhibidor
| |
(

= +
= +
1 1
1 1
I
i max max
M
max max
K
V V' I V'
K
V V S V
Concentracin de sustrato
Concentracin de producto
Temperatura
pH
Regulacin de la actividad enzimtica
ENZIMAS ALOSTRICAS
Enzimas formadas por ms de una subunidad (protmero)

MONOVALENTES (Reconocen a un solo modulador + - )
a) Homotrpica (El modulador es el mismo sustrato)
b) Heterotrpica (El modulador es diferente al sustrato)


POLIVALENTES (Reconocen a ms de un modulador + - )
a) Homotrpica
b) Heterotrpica
Alosterismo
Inhibicin
Activacin