BIOQUMICA APLICADA

CAPITULO 3
PROTENAS

Las protenas son polmeros de aminocidos

El enlace peptdico tiene una geometra plana

slo existe libre rotacin en torno al C

PEPTIDOS
NOMENCLATURA Se nombran desde el extremo N Polmeros de terminal al C-terminal, usando la aminocidos de PM terminacin il, excepto para el ltimo menor a 6000 daltons ( aa. <50 aa) Ej: ser-asp-tyr-lis-ala-cys Dipptido: 2 aa Tripptido: 3 aa seril-aspartil-tirosil-lisil-alanil-cystena Tetrapptido: 4 aa Pentapptido: 5 aa DEFINICION

Peptidos
EJEMPLOS:
OCITOCINA: hormona que estimula la contraccin del tero. GLUCAGN: hormona que tiene acciones contrarias a la Insulina. ANTIBITICOS. Bacitracina, polimixina GLUTATIN: glu-cys-gli, participa en reacciones Redox de la clula.
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 Ej. Glutatin. Es un tripptido constituido por: glicina, cistena y cido glutmico. Es un antioxidante intracelular para lo cual usa el grupo tiol de la cistena como agente reductor. Acta reduciendo especies reactivas del oxgeno como perxido de hidrgeno gracias a la enzima glutatin peroxidasa la cual cataliza la siguiente reaccin:

H2O2 + 2GSH------- GSSG + 2 H2O.

PROTEINAS
DEFINICIN Biopolmeros de aminocidos de mas de 6000 daltons, indispensables para la procesos vitales de los seres vivos. Estan formadas por L-aminoacidos

Proteinas =combinaciones
Potencialmente, con 20 aminocidos Se podran formar: 202=400 dipptidos diferentes 203=8000 tripptidos diferentes 20100=1.27x10130 Protenas diferentes con 100 AA.

DATOS SOBRE ALGUNAS PROTEINAS PM

nmero de aminocidos
nmero de cadenas polipeptdicas

 COMPOSICIN ELEMENTAL
Carbono Oxgeno 50 % 23 %

Nitrgeno
Hidrgeno Azufre

16 %
7% 3%

(Vlido para las protenas simples)

FUNCIONES BIOLOGICAS
Rol catalizador de las reacciones qumicas celulares Rol estructural Rol energtico Rol en el transporte intracelular y extracelular de metabolitos Rol en la respuesta inmune Rol de mensajero qumico Rol en funciones especializadas Rol en el crecimiento y proliferacin celular Rol regulador del Ph
NO HAY FUNCION CELULAR QUE NO SEA MEDIADA POR LAS PROTEINAS

Ejemplos
PROTEINAS DE ESTRUCTURA COLAGENO (HUESO Y PIEL) KERATINA (PELO Y UNAS) FIBRINA (AYUDA A LA COAGULACION) ELASTINA (LIGAMENTOS)

PROTEINAS DE FUNCION HORMONAS (CONTROLAN FUNCIONES DEL ORGANISMO) ANTICUERPOS (LUCHAN INFECCIONES) ENZIMAS (ACELERAN REACCIONES EN EL ORGANISMO) HEMOGLOBINA (LLEVAN OXIGENO)

SIMPLES

Por su naturaleza qumica

CONJUGADAS

CLASIFICACIN DE LAS PROTEINAS

FIBROSA

Por la forma que adopta

GLOBULAR

ENZIMAS PROTENAS

Por su funcin Biolgica

DE TRANSPORTE CONTRCTILES Y MTILES DE DEFENSA REGULADORAS NUTRIENTES HORMONAS

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Tipos
Enzimas Reserva
Transportadoras

Ejemplos
cido-grasosintetasa

Localizacin o funcin
Cataliza la sntesis de cidos grasos.

Ovoalbmina Hemoglobina Anticuerpos

Clara de huevo.
Transporta el oxgeno en la sangre. Bloquean a sustancias extraas.

Protectoras

Hormonas
Estructurales Contrctiles

Insulina
Colgeno Miosina

Regula el metabolismo de la glucosa.

Tendones, cartlagos, pelos. Constituyente de las fibras musculares

ESTUDIO DE LA ESTRUCTURA DE LAS PROTEINAS

Estructura primaria. Estructura secundaria Estructura terciaria Estructura cuaternaria

ESTRUCTURA PRIMARIA
Es la secuencia de aminoacidos.

Puentes di sulfuro

La oxidacin de 2 cistenas vecinas permite formar puentes dislfuro. Estos enlaces pueden unir covalentemente cadenas polipeptdicas diferentes o tambin imponerle restricciones espaciales a una misma cadena polipeptdica.

ESTRUCTURA SECUNDARIA
LA RESTRICCION EN LAS ROTACIONES DEL ENLACE PEPTIDICO FAVORECE ALGUNAS CONFORMACIONES DE LA CADENA POLIPEPTIDICA

-hlice

lmina plegada

-hlice
los puentes de hidrgeno son paralelos al eje central de la hlice

Los radicales van dirigidos hacia afuera

3,6 aminocidos / vuelta

la -hlice es right-handed

La presencia de prolina interrumpe la helice

Colageno
Triple hlice Cada hlice posee la secuencia

LAS LMINAS se estabilizan por puentes de H entre los grupos >C=O y >NH de enlaces peptdicos de cadenas diferentes A. lmina antiparalela
vista desde arriba

vista lateral

Los radicales de los aminocidos van sobre y bajo el plano medio de la lmina, en forma alternada. Es ms estable en aminocidos con R pequeos.

B. paralela

vista desde arriba

vista lateral

Lmina plegada entre segmentos de una misma cadena

LA ESTRUCTURA TERCIARIA
Es la forma que manifiesta en el espacio una protena. Puede ser redondeada y compacta, adquiriendo un aspecto globular. Tambin puede ser una estructura fibrosa y alargada. La conformacin espacial de la protena condiciona su funcin biolgica.

Mioglobina

Estructura terciaria

FORMACION DE PUENTES DISULFURO

Los radicales hidrofbicos se alejan del agua

En las protenas en un medio acuoso, los aminocidos apolares (amarillos) se localizan preferentemente hacia el interior de la protena

mioglobina

seccin transversal de la mioglobina

Fuerzas que conforman a las protenas

Enlace peptdico: La unin de los pptidos se producen por condensacin entre dos aminocidos. Esta es una unin covalente fuerte, resistentes al calor, a los extremos de pH y a los detergentes, con una energa de enlace de 380KJ/mol y una longitud de 0.15nm. Al tener un doble enlace parcial el grupo peptdico es aplanado. Enlaces de hidrgeno: Se producen entre tomos del enlace pptidico y grupos polares colaterales, donde un tomo de hidrgeno es compartido por dos tomos electronegativos, y son importantes para la formacin de los bucles en las estructuras secundarias y para el plegamiento de las estructuras terciarias. Tienen una energa de enlace de 20KJ/mol y una longitud de 0,3nm. Interacciones hidrfobas: Los residuos hidrfobos producen interacciones, ms que verdaderos enlaces, all donde forman agrupamientos muy compactos. La energa del enlace viene del desplazamiento del agua

Interacciones inicas: Atracciones entre tomos positivos y negativos. Tienen una energa de enlace de 335KJ/mol y una longitud de 0,25nm Fuerzas de Van der Waals: (dipolos inducidos por dipolos) son fuerzas de atraccin dbiles entre dos tomos cuando los orbitales de sus electrones se acercan uno al otro. La energa de enlace es muy dbil, de 0,8 KJ/mol y la longitud de 0,35nm. Interacciones de las cadenas laterales: Los ms importantes, son los producidos entre los grupos tiol de los residuos de cistena, que forman una unin covalente de 210 KJ/mol llamada puente disulfuro.

ESTRUCTURA CUATERNARIA
Corresponde a la asociacion de cadenas polipeptdicas o SUBUNIDADES, cada una de ella con su estructura terciaria.

Se mantiene por enlaces entre los radicales de cadenas diferentes. Son los mismos enlaces que mantienen la estructura terciaria, pero intercadenas. Se excluye el puente disulfuro.

HEMOGLOBINA

dmero

TBP

tetrmero

HEMOGLOBINA

Niveles de la estructura de protenas

I: secuencia de aminocidos

II: Estructura 3D Estabilizada por Puentes de Hidrgeno De cadena principal (establecidos por el Grupo amida formado Por el enlace peptdico. Puentes hidrgeno intramoleculares(alfa hlice); Puentes hidrgeno intermoleculares (lmina beta plegada

III: Estructura 3D de una Cadena polipeptdica Completa. Involucra arreglos de Estructura II (estructura super-II) e interacciones de cadena lateral, mediante puentes de Hidrgeno, interacciones hidrofbicas, interacciones inicas (puentes salinos) y eventualmente, puentes dislfuro.

IV: Ensamble de cadenas Polipeptdicas en un complejo Funcional. Todas las interacciones Presentes en III pueden estar Presentes en IV

Desnaturalizacin
Denaturacion. perdida de las estructuras cuaternaria, terciaria y secundaria de una proteina no se altera la estructura primaria Ejplo. huevo duro HIDROLISIS. escisin en aminocidos (ruptura de un enlace covalente por adicin de agua).

Agentes desnaturalizantes
Pueden ser: Calor excesivo; mercaptoetanol, urea, guanina, dodecialsulfato sodico (DSS), sustancias que modifican el pH; alta salinidad; agitacin molecular; etc.
Efectos: pH. Provoca ruptura de puente-H Soluciones concentradas. Las sales ionizadas compiten con los puentes-H Detergentes. Unen los grupos hidrofobos con el solvente. Calor. Exista la estructura

DENATURACION

DENATURACION PUEDE SER REVERSIBLE O IRREVERSIBLE

DENATURACION PUEDE SER

TOTAL O PARCIAL

puentes disulfuro

DENATURACIN urea + bmercaptoetanol PLEGAMIENTO o RENATURACION

(se retiran los

agentes denaturantes)

cistenas

puentes disulfuro

DENATURACION IRREVERSIBLE

1. CALOR: Rompe todas las interacciones debiles. 2. pH EXTREMOS: Cambia la carga de los radicales de aminoacidos ionizables, alterandose los enlaces en que participan.

PROPIEDADES CIDO-BASE

Las protenas tienen un comportamiento anftero y esto las hace capaces de neutralizar las variaciones de pH del medio, ya que pueden comportarse como un cido o una base y por tanto liberar o retirar protones (H+) del medio donde se encuentran

Solubilidad y fuerza inica

Las protenas son solubles en agua cuando adoptan una conformacin globular. La solubilidad es debida a los radicales (-R) libres de los aminocidos que, al ionizarse, establecen enlaces dbiles (puentes de hidrgeno) con las molculas de agua. As, cuando una protena se solubiliza queda recubierta de una capa de molculas de agua (capa de solvatacin) que impide que se pueda unir a otras protenas lo cual provocara su precipitacin (insolubilizacin). Esta propiedad es la que hace posible la hidratacin de los

Presipitacion por salado. El exceso de sal secuestra el agua de hidratacin

MTODOS DE SEPARACIN DE PROTENAS.

Electroforesis, Cromatografa Tcnicas de afinidad. Dialisis Por su solubilidad

a. Por su tamao
a) Dilisis b) Ultracentrifugacin

Dialisis
Proceso de separar molculas de una solucin por diferencia del ndice de difusin a travs de una membrana semipermeable. Una solucin de varios tipos de molculas es puesta en un bolso semipermeable de dilisis (acetato de celulosa u otro). El bolso de dilisis sellado se coloca en un envase con una solucin diferente, o agua pura. Las molculas lo suficientemente pequeas como para pasar a travs de los poros (a menudo agua, sales y otras molculas pequeas) tienden a moverse en la direccin de la concentracin ms baja. Molculas ms grandes (a menudo protenas, ADN, o polisacridos) que tiene dimensiones significativamente mayores que el dimetro del poro son retenidas dentro del bolso de dilisis.

Dialisis

Separacin por su tamao

Separacion por centrifugacion

b. Por su solubilidad
a) Precipitacin Salina. Son solubles en agua con conformacin globular. La solubilidad es debida a los radicales (-R) libres de aminocidos que, establecen enlaces (puentes de hidrgeno) con molculas de agua. b) Precipitacin Isoelctrica (Isoelectroenfoque). Las protenas tienen un comportamiento anftero y esto las hace capaces de neutralizar las variaciones de pH del medio Liberan o retiran protones (H+) del medio donde se encuentran

curva de solubilidad de una protena.

Aumentan solubilidad a concentraciones bajas y precipitan a altas concentraciones salinas

Separacion por su punto isoelctrico

c. Por su carga electrica

a)Cromatografa de intercambio inico b)Electroforesis

Cromatografa de intercambio catinico. La matriz slida (fase estacionaria) est cargada negativamente De modo que interacta con cationes (cationes son retardados en la columna, Mientras que los aniones son repelidos y eluyen inmediatamente. Los cationes pueden ser eluidos despus de adicionar cationes Que interacten con la matriz, permitiendo la elucin de protenas bsicas. Esto es, cargadas positivamente.

Ambos son casos de cromatografas de intercambio inico.

d.-Por su capacidad de unin

Cromatografa por afinidad

Otras : Cromatografa Lquida de Alta Presin

CROMATOGRAFIA POR

AFINIDAD

Cromatografa de Filtracin en Gel (o de exclusin molecular)

Una matriz slida porosa permite incluir en ella protenas de bajo peso molecular (eluyen tardiamente de la columna porque recoren un camino ms largo), y excluir protenas de Mayor peso molecular (que no caben en los poros de la Fase slida. La separacin ocurre en solucin.

Cromatografa por exclusin molecular

PROCESOS CON PROTEINAS

Curtido Queratina.

Curtiembre.
El curtido es el proceso qumico mediante el cual se convierten los pellejos de animales en cuero. El proceso de curtido consiste en reforzar la estructura proteica del cuero creando un enlace entre las cadenas de ppticos. El cuero consta de tres capas: epidermis, dermis y capa subcutnea. La dermis comprende aproximadamente un 30 a un 35 % protena, que en su mayor parte es colgeno, siendo el resto agua y grasa. La dermis se utiliza para fabricar despus de eliminar las dems capas con medios qumicos y mecnicos. En el proceso de curtido se emplean cidos, lcalis, sales, enzimas y agentes curtientes para disolver las grasas y las protenas no fibrosas y para enlazar qumicamente las fibras de colgeno entre s.

Etapas del curtido

A.- Preparacin. (procesos de rivera) Primero se seleccionan los cueros, se recortan y seguidamente se lavan en tinas o tambores, se depilan. B.- Curtido.- El curtido comprende los siguientes pasos: desencalado, purga, piquelado y curtido. El desencalado es la preparacin de las pieles para la curticin, mediante lavados con agua limpia, tratando de reducir la alcalinidad y removiendo los residuos de cal y sulfuro de sodio. Se utilizan aguas que contienen sulfato de amonio y cidos. La operacin de piquelado se realiza como preparacin para el curtido, consiste en la acidulacin de las pieles, con el objetivo de evitar el hinchamiento y para fijar las sales de cromo entre las clulas.

 En el piquelado los cueros se ponen en un entorno acido formado por cloruro sdico y acido sulfrico. El acido es necesario por que los agentes curtientes de cromo no son solubles en condiciones alcalinas, al contrario, en soluciones alcalinas las sales de cromo reaccionan rpidamente con las fibras del colgeno, por lo que podra producirse una sobrecurticin en las etapas externas dificultando la difusin a las capaz internas.(Germillac, 2004). La velocidad de difusin de los componentes del piquelado puede aumentarse incrementado la temperatura del sistema, pero hay riesgo de provocar la hidrlisis acida de la protena (a 36C). Estas operaciones no se aplican en el curtido vegetal (con tanino).

 El curtido tiene el objetivo de convertir las pieles en materiales fuertes y resistentes a la putrefaccin. Existen tres tipos de procesos de curtido, segn el curtiente empleado, a saber: curtido vegetal, curtido mineral, curtido sinttico: El curtido mineral es el mas usado y tpicamente se usa sales de cromo trivalente (por ejemplo: sulfato de cromo y/o xido crmico, Cr2O3) con una concentracin que vara de 1,5 a 8 por ciento de Cr2O3. El insumo se agrega en forma de sulfato de cromo en solucin coloidal hasta que se completa el curtido, en el que se provoca la reaccin entre los grupos carboxilo (-COOH) del colgeno con el cromo

Acabado. Post-curtido. Estos procesos que incluyen las operaciones en hmedo a partir del estado de wet-blue, vale decir lavado, neutralizado, recurtido, teido y engrase El proceso de acabado del cuero al cromo incluye una serie de operaciones mecnicas y normalmente la aplicacin de una capa de cubricin a la superficie del cuero. El ablandado es una operacin mecnica de batido que se utiliza para hacer el cuero ms suave. Para mejorar el aspecto final, el lado de flor del cuero se esmerila utilizando un cilindro de esmerilado