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Processi biochimici che permettono di assimilare, trasformare, sintetizzare e degradare molti dei nutrienti e dei componenti cellulari

Organismi fototrofi autotrofi


H2 O NH3

Organismi chemiotrofi eterotrofi

Le cellule prelevano lenergia da fonti esterne allo scopo di far procedere le reazioni che consumano energia. Lenergia pu derivare dalla conversione dellenergia solare in energia chimica (organismi fototrofi) o dallassunzione e degradazione di composti chimici (organismi chemiotrofi)

Il metabolismo l'insieme delle trasformazioni chimiche che si verificano nelle cellule, attraverso una serie di reazioni catalizzate, che costituiscono le vie metaboliche, mediante le quali gli organismi viventi acquistano ed utilizzano l'energia di cui hanno bisogno per poter portare a termine le loro varie funzioni. Tutto ci reso possibile nei sistemi viventi dall'accoppiamento tra le reazioni ESOERGONICHE delle sostanze nutrienti con i processi ENDOERGONICI richiesti per mantenere lo stato vivente. Le vie cataboliche ed anaboliche avvengono contemporaneamente ma, a seconda delle condizioni, c sempre una netta prevalenza dell una rispetto allaltra.

Le attivit cellulari devono essere modulate in proporzione alle disponibilit energetiche

Le reazioni cataboliche sono coinvolte nella degradazione di grosse molecole per liberare molecole pi piccole ed energia

Le reazioni anaboliche sono quelle responsabili della sintesi di tutti i componenti necessari per il mantenimento, la crescita e la riproduzione cellulare

Metabolismo: insieme delle reazioni enzimatiche svolte nelle cellule viventi

Organizzazione delle vie metaboliche

LINEARI (il prodotto di una reazione substrato della reazione successiva)

CICLICHE (una delle molecole di partenza della via viene rigenerata quando il ciclo si completa)

A SPIRALE (la stessa serie di enzimi viene usata pi volte in sequenza per allungare o accorciare progressivamente una molecole)

RAMIFICATE

Durante un processo CATABOLICO (come lossidazione del GLUCOSIO ad CO2 ed H2O, che produce circa 2800 KJ mole-1) lenergia non viene liberata tutta in una volta, ma trasferita tappa dopo tappa a singoli accettori GLUCOSIO + O2
combustione incontrollata Via metabolica a tappe ENERGIA Aliquote di energia facilmente utilizzabili

ENERGIA ENERGIA ENERGIA

CO2 + H2O

Possibilit di stabilire dei punti di controllo

Accoppiamento tra :
Reazioni CATABOLICHE = ossidative = ESOERGONICHE

DG < 0 DG > 0

ATP
CO2 H2 O

Reazioni ANABOLICHE = riduttive = ENDOERGONICHE

Catabolismo

Biosintesi

Trasporto di membrana Motilit cellulare Contrazione muscolare

O2 Sostanze organiche
Lenergia delle reazioni ossidative viene conservata anche sotto forma di coenzimi ridotti (POTERE RIDUCENTE), come lNADH ed il FADH2

ADP + Pi

Y
2H+,2eYH2 2H+,2e-

(ADP) X + Pi ENERGIA X-P (ATP) ENERGIA

CATABOLISMO Composti ad alta energia

Conservazione di energia in COMPOSTI FOSFORILATI

Y 2H+,2e2H+,2e-

CATABOLISMO Composti ridotti

YH2 Conservazione di energia sotto forma di POTERE RIDUCENTE

NADH FADH2 QH2 NADPH reazioni biosintetiche

CATENA RESPIRATORIA (ATP)

La bioenergetica riguarda il trasferimento e lutilizzazione dellenergia nei sistemi biologici e si basa su alcuni concetti fondamentali della termodinamica

Il tipo di energia che le cellule possono e devono usare lenergia libera acquistata dagli organismi eterotrofici dalle molecole dei nutrienti

La variazione di energia libera, DG la variazione di energia che si ha quando un sistema passa dallo stato iniziale a quello di equilibrio, in condizioni di pressione e temperatura costanti

DG = DH TDS Nei processi spontanei: DH < 0 DS > 0 ESOTERMICA AUMENTO DEL DISORDINE
ripiegamento delle proteine formazione dei doppi strati lipidici

DG < 0

ESOERGONICA

Negli organismi viventi, lordine interno viene conservato prelevando energia libera dall ambiente circostante sotto forma di sostanze nutrienti o di luce solare e restituendo allambiente una quantit uguale di energia sotto forma di calore e di entropia

Reazione esoergonica

Reazione endoergonica

DG negativo - DG < 0 il processo spontaneo cio pu procedere in assenza di un apporto di energia dallesterno del sistema

DG positivo - DG > 0 il processo non pu avvenire spontaneamente, sar pertanto necessario fornire dallesterno una quantit di energia sufficiente a rendere negativa la variazione complessiva di energia libera

La variazione dellenergia libera di una reazione dipende dalle condizioni in cui tale reazione avviene

DG---- Variazione di energia


e

libera standard biochimico

(pressione 1atm, temperatura 25C, concentrazione reagenti prodotti 1M, pH 7)

DG ---- Variazione di energia

libera reale (condizioni cellulari)

Esiste una relazione importante tra leffettiva variazione di energia libera, ossia la variazione di energia libera in condizioni non standard (DG), la variazione di energia libera standard (DG) ed il rapporto [P]/[S]

S -----> P
Il DG dipende dalla concentrazione dei reagenti e dei prodotti

DG =

DG+

[P] RT ln [S]

R = costante dei gas (1,987 cal/mol K) T = temperatura assoluta (K= C+273) [S] e [P] = concentrazioni effettive dei reagenti e dei prodotti ln = logaritmo naturale

Per una reazione S -- P

il

DG reazione = DG reazione + RT ln [P]/[S]

Molte reazioni metaboliche hanno variazioni standard di energia libera, DG, positive ma il fattore pi importante che determina la variazione di energia libera nella cellula (DG) la concentrazione dei PRODOTTI e dei SUBSTRATI In una reazione all equilibrio, la velocit delle reazioni nei due sensi opposti si eguaglia, il DG di reazione = 0 ed il rapporto [P]/[S] rappresenta la costante di equilibrio (Keq), quindi sar: DG reazione = - RT ln Keq se Keq =1, DG=0 se Keq >1, DG<0 se Keq <1, DG>0 S S S P P P

In una reazione non allequilibrio il rapporto [P]/[S] rappresenta Q, il rapporto di azione di massa e sar:

DG = DG + RT ln Q

se Q Keq ----- reazioni prossime allequilibrio, DG 0 (REVERSIBILI)


se Q Keq ----- reazioni metabolicamente IRREVERSIBILI

(se la rimozione rapida e continua dei prodotti tende a mantenere Q molto al di sotto di 1, il termine RT ln Q acquista un valore grande e negativo -- DG <0)

In biochimica le reazioni sono unite dallaccoppiamento energetico. I DG di due reazioni consecutive o delle reazioni di una via biochimica si sommano.

Intermedio comune:
A+B C+D C E DG1 > 0 DG2 < 0 E DG3 = DG1+ DG2 Lesempio pi semplice di accoppiamento energetico delle reazioni biologiche si ha tra due reazioni, una che assorge energia e una che libera energia; le due reazioni devono condividere almeno un intermedio

Le due reazioni sono accoppiate da un intermedio comune:

A+B+D Se DG1 > 0 e

DG2 < 0 in modo che

DG3 < 0

La reazione netta pu essere ancora ESOERGONICA


GLU + Pi ---> GLU6P + H2O ATP + H2O --->ADP + Pi DG= + 14 kJmol-1 DG= - 31 kJmol-1

Reazione endoergonica Reazione esoergonica


Reazione esoergonica (irreversibile)

GLU + ATP ---> GLU6P + ADP

DG= -17 kJmol-1

LATP = adenosina trifosfato il principale intermedio ad alto contenuto energetico nelle cellule viventi
Composto ad alto potenziale energetico

ATP + H2O ---> ADP + Pi ATP + H2O ---> AMP + PiPi AMP + H2O ---> Adenosina + Pi

DG= -31 kJmol-1 DG= -46 kJmol-1 DG= -14 kJmol-1

Legame fosfoestere

- N.B. Il valore di DG, la variazione reale dellenergia libera di idrolisi dellATP, nella maggior parte delle cellule molto pi elevato (da -50 a -65 kJ/mole) di quello della variazione di energia libera standard (-31 kJ/mole) sulla base delle concentrazioni di ATP e dei suoi prodotti di idrolisi presenti in vivo.

La spiegazione dellelevata energia libera di idrolisi risiede nelle particolari propriet dei reagenti e dei prodotti: lidrolisi elimina la repulsione elettrostatica tra le 4 cariche negative N.B. - il legame dell Mg2+ introduce una distorsione nella molecola di ATP che favorisce lidrolisi il fosfato inorganico possiede unampia variet di forme di risonanza ionizzazione immediata dellADP a pH 7 ulteriore idratazione dei prodotti di idrolisi

COMPOSTI FOSFORILATI AD ALTO CONTENUTO ENERGETICO DGo di Idrolisi ( potenziale di trasferimento di fosfato)

1 cal = 4.184 Joule


GLICOLISI

LATP ha la funzione di valuta energetica in tutte le cellule grazie alla sua posizione intermedia nella scala dei potenziali di trasferimento di gruppi ed alla propriet di essere un composto termodinamicamente instabile ma cineticamente stabile (Alta energia di attivazione)

L1,3-bisfosfoglicerato (1,3-BPG) contiene un legame anidridico

acil-fosfato

Il fosfoenolpiruvato (PEP) contiene un gruppo fosforico legato con un legame estere

Estere enolico

ADP + Pi ---> ATP + H2O

DG= + 31 kJmol-1

fosfoammide

tioestere

Reazione del Ciclo di Krebs

Succinil-CoA sintetasi Succinil-CoA Succinato

GTP + ADP

GDP + ATP
DG 0

Nucleoside difosfato chinasi

LATP come moneta di scambio dellenergia libera

PRODUZIONE DI ATP (processo endoergonico):


Fosforilazione ossidativa
La reazione netta : NADH + O2 + H+ ------ NAD+ + H2O DG = -220 kJ/mole

Fosforilazione a livello di substrato: quota di ATP che si forma mediante reazioni ESORGONICHE di molecole le quali su scala idrolitica hanno un contenuto energetico superiore a quello dellATP Es.
PEP + H2O ---> PIR + Pi ADP + Pi ---> ATP + H2O PEP + ADP ---> PIR + ATP DG= -62 kJmol-1 DG= + 31 kJmol-1 DG= -31 kJmol-1

Reazione irreversibile

Le reazioni in cui interviene lATP sono generalmente sostituzioni nucleofile in cui il nucleofilo pu essere lossigeno di un gruppo alcolico o carbossilico oppure lazoto della creatina o della catena laterale di Arg e Hist

Reazione di adenililazione

Scissione fosforica

Scissione pirofosforica

Viene idrolizzato a due Pi dallenzima ubiquitario PIROFOSFATASI INORGANICA rilasciando 19 kJ/mole

ATP + Metionina ---- S-adenosilmetionina + Pi + PiPi

Le reazioni che coinvolgono lATP sembrano semplici reazioni di idrolisi e si tentati di dire che una reazione ATP-dipendente guidata o favorita dall idrolisi dellATP; nella maggior parte dei casi coinvolto anche un trasferimento di un gruppo e non una semplice idrolisi. Es. reazione catalizzata dalla GLUTAMMINA SINTETASI

fosfoanidride

Alcuni processi utilizzano direttamente lidrolisi di ATP: cambiamenti conformazionali delle proteine contrazione muscolare

Metabolism is a series of chemical reactions, which are linked and regulated

Come viene regolato il metabolismo?

La regolazione della macchina metabolica dipende dallo stato energetico cellulare


Come valutare lo stato energetico della cellula? deficit energetico benessere energetico

Variazioni della concentrazione dei nucleotidi adeninici ATP


(mM)

ADP
(mM)

AMP
(mM)

4.8 4.5 3.9 3.2


[ATP] [ADP] + [Pi]

0.2 0.5 1.0 1.5

0.004 0.02 0.11 0.31

Potenziale di fosfato =

Carica energetica =

[ATP] + 1/2 [ADP] * [ATP] + [ADP] + [AMP]

0 < C.E. < 1

C.E. = 0 ---> presente solo AMP C.E. = 1 ---> presente solo ATP

una misura della frazione del pool di adenilato che disponibile sotto forma di ATP

* La concentrazione intracellulare di ATP in parte regolata dallazione dellADENILATO CHINASI


2ADP AMP + ATP

N.B Quando la concentrazione di AMP alta, si forma ADP che viene convertito in ATP mediante la fosforilazione ossidativa

(catabolismo)

Come varia il metabolismo con il valore della carica energetica?


(anabolismo)

Reazioni CATABOLICHE = ossidative = ESOERGONICHE

DG < 0

Nelle reazioni catalizzate da enzimi gli elettroni passano da diversi intermedi metabolici a trasportatori di elettroni specializzati

Y
2H+,2e2H+,2e-

CATABOLISMO Composti ridotti

YH2

Conservazione di energia sotto forma di POTERE RIDUCENTE

NADH FADH2 QH2 NADPH

CATENA RESPIRATORIA (ATP)

reazioni biosintetiche

Arid + Boss

Aoss + Brid

Enzimi NAD-dipendenti

Enzimi FAD-dipendenti

REAZIONI DI OSSIDO-RIDUZIONE
Reazioni di trasferimento di elettroni da un donatore (agente riducente) ad un accettore (agente ossidante).

Arid + Boss
Arid Semireazione Boss + eSemireazione

Aoss + Brid
Aoss + eBrid

La tendenza di un donatore di elettroni a ridurre il suo accettore coniugato chiamata potenziale redox, E (in volt) Il potenziale redox standard, E0, misurato a 25C, rispetto ad una semicella di riferimento (elettrodo a idrogeno, E0=0 V) con entrambe le specie (Ox e Rid) a concentrazione [1 M]. I biochimici usano un valore standard detto E0 riferito al pH=7 E = E + RT/nF ln [accettore di elettroni]/[donatore di elettroni]

Equazione di Nernst

Gli elettroni tendono a fluire verso la coppia che ha un valore di E pi positivo e questa tendenza proporzionale alla DE tra i due potenziali di riduzione

Ogni valore rappresenta la differenza di potenziale che si genera quando la coppia coniugata redox alla concentrazione di 1M e a pH 7 viene collegata allelettrodo standard di idrogeno

Elettrodo standard di idrogeno

Reazione complessiva di ossidoriduzione

Componenti delle reazioni redox

La variazione di energia libera standard (DG) delle reazioni di ossido-riduzione direttamente proporzionale alla DE:

DG = -nFDE0 = -nF [E0(accettore)- E0(donatore)]

(DG = -nFDE)

N.B. Un valore positivo di DE (per convenzione espresso come la differenza tra il valore di E0 dellaccettore di elettroni ed il valore di E0 del donatore di elettroni) indica che una reazione spontanea, gli elettroni tendono a fluire da una coppia redox con un valore di E pi negativo ad una coppia redox con un valore di E pi positivo

Es.: NAD+ + 2H+ + 2e O2 + 2H+ + 2eNADH + H+ H2 O E = -0.32 V E = 0.82 V

La reazione netta :
NADH + O2 + H+ Applicando : NAD+ + H2O DE = 1.14 V

DG = - nFDE

DG = -220 kJ/mole