Variabilidade Gentica Dentro e Entre Populaes

Mtodos de Anlise da Variabilidade Gentica

Prof. Msc. Ronaldo Celerino
Centro Acadmico de Vitria
Universidade Federal de Pernambuco
Ao Foras Evolutivas
DERIVA
BASE
GENTICA
POPULAO
FLUXO
GNICO
SELEO
BASE
GENTICA
MUTAO
Variabilidade Intra e Inter Populacional
Importncia do Estudo da
Variabilidade
Distribuio da variao gentica
entre e dentro de populaes de
uma espcie de fundamental
importncia para:

Delimitar as estratgias timas para
conservao, manejo e melhoramento
dos organismos;

Conhecimento do sistema reprodutivo
visto que determina como os genes so
recombinados e mantidos pela espcie
para a perpetuao de sua
variabilidade gentica natural.
Va
Estrutura Gentica de
Populaes Naturais
Variao entre populaes
surge de adaptaes das
espcies s condies
ambientais;

Dentro de uma mesma
espcie, observa-se
constituies genticas
distintas em resposta aos
inmeros habitats
Divergncia gentica;

Diferenas podem ser
minimizadas por fluxo gnico
entre populaes;

Quanto maior a divergncia
entre populaes maior a
distncia entre populaes
Floresta Populaes
Condies Ambientais
Ambiente Seco Ambiente mido
Adaptao
Divergncia Gentica
Polimorfismos
Considera-se um lcus
polimrfico quando o alelo
mais frequente tem
frequncia inferior a 0,9.
RFLP PCR
Sequenciamento
Eletroforese Genoma Wide
Dados Biolgicos
Heterozigosidade (H)
Medida de variabilidade gentica;

A heterozigosidade de um marcador a probabilidade de um
indivduo ser heterozigoto no lcus marcador e depende do nmero
de alelos e de sua frequncia na populao;

Divises:

Heterozigosidade observada (Ho)

Heterozigosidade mdia esperada (He)
Heterozigosidade Observada
(Ho)
Determina a proporo de genes que so heterozigotos e o
nmero de indivduos que so heterozigotos para cada gene em
particular;

Para apenas um lcus:



Exemplo: Em uma populao composta por 100 indivduos para o
lcus gnico A, observou-se 35 indivduos AA, 25 Aa e 40 aa. Qual
a heterozigosidade observada?



E para vrios loci?



Heterozigosidade observada = N de heterozigotos em cada lcus
N total de indivduos pesquisados

Heterozigosidade observada = 25 heterozigotos = 0,25
100 indivduos

Heterozigosidade Observada
(Ho)
Exemplo: Um populao de aves, composta por 100 indivduos foi
analisada para cinco loci gnicos, obtendo-se os seguintes
resultados dispostos na tabela. De posse dos dados, determine a
heterozigosidade observada para todos os loci na populao.





Ho= 25/100 = 0,25


Lcus
Gentipos

Total
AA Aa aa
1 35 25 40 100
2 50 0 50 100
3 45 10 45 100
4 50 5 45 100
5 60 25 15 100
Ho= 0/100 = 0,00

Ho= 10/100 = 0,10

Ho= 5/100 = 0,05

Ho= 25/100 = 0,25

Ho= (0,25+0+0,10+0,05+0,25)/5 = 0,13

Heterozigosidade Esperada
(He)
Definio: frao estimada de todos os indivduos que poderiam
ser heterozigticos para um lcus escolhido randomicamente;

obtida pela mdia aritmtica de todos os loci estudados;

He difere de Ho devido ser uma previso baseada na frequncia
allica conhecida, oriunda de amostras individuais;

He calculado com base na frequncia de alelos.
He = 1 p
i
2
Heterozigosidade Esperada
(He)
Exemplo: Uma populao de 100 tartarugas marinhas foi estudada
quanto ao lcus gnico ZT e foram obtidos os seguintes gentipos:
ZZ = 20, Zz= 20 e zz=60. Calcule a heterozigosidade esperada (He)
desta populao.
Passo 1 - clculo das frequncias allicas:
f (Z) = [(2x20) + 20)]/ 2 x 100 = 0,3
f (z) = [(2x60) + 20)]/ 2 x 100 = 0,7

p
2
=(0,3)
2
=0,09
q
2
=(0,7)
2
=0,49

He = 1 p
i
2
p
2
+ 2pq + q
2
He = 1 (0,09+0,49)

He = 1 (0,58)

He = 0,42

Distncia Gentica
Distncia gentica a medida das diferenas
genticas entre frequencias allicas em duas
populaes ou espcies.


Atributos da Distncia
Gentica
Ser mtrica;

Utilizar frequncias allicas para seu clculo;

Refletir predomnio dos fatores de NATUREZA GENTICA sobre
os fatores ambientais que esto sendo avaliados.

Medida de distncia calculada a partir de dados fenotpicos pode
ser de NATUREZA GENTICA.

Magnitude dos coeficientes de herdabilidade ou repetibilidade
poder ser utilizada para inferir sobre a NATUREZA GENTICA ou
no da medida de distncia empregada.


Atributos da Distncia
Gentica
Natureza Gentica depende:
Do tipo de dado empregado em seu clculo (se
fenotpico, isoenzimtico ou de DNA);
Do modo como foram gerados esses dados.
Medindo Distncias
Diversidade entre populaes
Coeficiente de divergncia entre populaes G
ST
(NEY,
1978)
T ST ST
H D G + =
D
ST
= H
T
H
S

Exemplo
ALELOS
POPULAES N 1 2
A 33 0,47 0,53
B 42 0,78 0,22
75
Lcus: LAP
T ST ST
H D G + =
D
ST
= H
T
H
S

Exemplo
ALELOS
POPULAES N 1 2
A 33 0,47 0,53
B 42 0,78 0,22
75
Lcus: LAP
Passo 1: Calcular a mdia ponderada para cada alelo
( ) | | ( ) | |
3564 , 0
75
22 , 0 . 42 53 , 0 . 33
2
=
+
= p
( ) | | ( ) | |
6436 , 0
75
78 , 0 . 42 47 , 0 . 33
1
=
+
= p
( ) | | ( ) | |
total
B Alelo B A Alelo A
N
F N F N
p
1 1
1
. . +
=
( ) | | ( ) | |
total
B Alelo B A Alelo A
N
F N F N
p
2 2
2
. . +
=
Exemplo
ALELOS
POPULAES N 1 2
A 33 0,47 0,53
B 42 0,78 0,22
75
0,64 0,36
Lcus: LAP
Passo 2: Calcular a heterozigosidade esperada total
H
T
= 1 [(0,64)
2
+ (0,36)
2
]
H
T
= 1 p
i
2
H
T
= 0,46
Exemplo
ALELOS
POPULAES N 1 2
A 33 0,47 0,53
B 42 0,78 0,22
75
0,64 0,36
Lcus: LAP
Passo 3: Calcular a heterozigosidade esperada para cada populao
H
A
= 1 [(0,47)
2
+ (0,53)
2
]
H
A
= 1 p
i
2
H
A
= 1 (0,22 + 0,28)
H
A
= 1 (0,5) = 0,50
H
B
= 1 [(0,78)
2
+ (0,22)
2
]
H
B
= 1 p
i
2
H
B
= 1 (0,61 + 0,05)
H
B
= 1 (0,66) = 0,34
Exemplo
ALELOS
POPULAES N 1 2
A 33 0,47 0,53
B 42 0,78 0,22
75
0,64 0,36
H
T
= 0,46
Passo 4: Calcular a heterozigosidade ponderada para a populao
H
B
= 0,34
H
A
= 0,50
H
S
= [(33 x 0,50) + (42 x 0,34)]/75
H
S
= [(N
A
x H
A
) + (N
B
x H
B
)]/N
T

H
S
= 0,41
Exemplo
ALELOS
POPULAES N 1 2
A 33 0,47 0,53
B 42 0,78 0,22
75
0,64 0,36
H
T
= 0,46
Passo 5: Calcular a diversidade entre as populaes D
ST
H
B
= 0,34
H
A
= 0,50
H
S
= 0,41
D
ST
= 0,46 0,41
D
ST
= H
T
H
S

D
ST
= 0,05
Exemplo
ALELOS
POPULAES N 1 2
A 33 0,47 0,53
B 42 0,78 0,22
75
0,64 0,36
H
T
= 0,46
Passo 6: Calcular o coeficiente de diversidade entre as populaes G
ST
H
B
= 0,34
H
A
= 0,50
H
S
= 0,41
11 , 0
46 , 0
05 , 0
= = =
T
ST
ST
H
D
G
Concluso
Variao Gentica
Entre (11%)
Dentro (89%)
Distncia Gentica de Nei
(1978)
Pode ser estimada, segundo NEI (1972):


I ndice de identidade gentica:


Varia 0 a 1 e baseia-se nas frequncias allicas de locos
homlogos nas diferentes populaes;

I D ln =
B A
AB
J J
J
I
.
=

=
=
=
iB iA AB
iB B
iA A
p p J
p J
p J
.
;
;
2
2
Probabilidade de escolha de dois genes
idnticos em uma populao:
Exemplo
ALELOS
POPULAES N 1 2
A 33 0,47 0,53
B 42 0,78 0,22
75
Lcus: LAP
I D ln =
B A
AB
J J
J
I
.
=
em que:
Exemplo
D = -ln 0,8417 D = -(-0,1724) D = 0,1724
ALELOS
POPULAES N 1 2
A 33 0,47 0,53
B 42 0,78 0,22
75
Lcus: LAP
Passo 1: Calcular a probabilidade de escolha de genes idnticos
Passo 2: Calcular a identidade gentica
J
A
= (0,47)
2
+ (0,53)
2
J
A
= 0,5018
J
B
= (0,78)
2
+ (0,22)
2
J
B
= 0,6568
J
AB
= (0,47).(0,78) + (0,53).(0,22) J
AB
= 0,4832
I = J
AB
/(J
A
.J
B
) I = 0,8417
Passo 2: Calcular a distncia gentica de Ney
Distncia Gentica de Wright
(1978)
Relao da mdia da
diferena de pares de
cromossomos de indivduos
diplides amostrados com a
mdia obtida de uma
amostragem aleatria de
cromossomos de uma
populao;

Considera agrupamentos
como uma sub-populao, ao
invs de individuais;

o
=
) 1 (
2
I I
I
ST
p p
F
em que:
2 2 2
I I I
p p = o
ndices de Fixao
Estatstica F

A reduo da heterozigosidade pode ser usada para
quantificar o nvel de diferenciao gentica entre as
sub-populaes.

Indice de fixao F
ST

Mede a reduo mdia em H de uma sub-populao
(em relao a populao total) devido a deriva gentica
entre sub-populaes

Estimativa de diferenciao gentica entre sub-
populaes, medindo o grau de isolamento das sub-
populaes.

Exemplo
ALELOS
POPULAES N 1 2
A 33 0,47 0,53
B 42 0,78 0,22
75
Lcus: LAP

o
=
) 1 (
2
I I
I
ST
p p
F
2 2 2
I I I
p p = o em que: em que:
Exemplo
ALELOS
POPULAES N 1 2
A 33 0,47 0,53
B 42 0,78 0,22
75
Lcus: LAP
Passo 1: Calcular a mdia ponderada para cada alelo
( ) | | ( ) | |
3564 , 0
75
22 , 0 . 42 53 , 0 . 33
2
=
+
= p
( ) | | ( ) | |
6436 , 0
75
78 , 0 . 42 47 , 0 . 33
1
=
+
= p
( ) | | ( ) | |
total
B Alelo B A Alelo A
N
F N F N
p
1 1
1
. . +
=
( ) | | ( ) | |
total
B Alelo B A Alelo A
N
F N F N
p
2 2
2
. . +
=
Exemplo
ALELOS
POPULAES N 1 2
A 33 0,47 0,53
B 42 0,78 0,22
75
Lcus: LAP
Passo 2: Calcular a mdia ponderada ao quadrado para cada alelo
( ) | | ( ) | |
1507 , 0
75
22 , 0 . 42 53 , 0 . 33
2 2
2
2
=
+
= p
( ) | | ( ) | |
4379 , 0
75
78 , 0 . 42 47 , 0 . 33
2 2
2
1
=
+
= p
( ) | | ( ) | |
total
B Alelo A Alelo A
N
F NB F N
p
2
1
2
1
2
1
. . +
=
( ) | | ( ) | |
total
B Alelo A Alelo A
N
F NB F N
p
2
2
2
2
2
2
. . +
=
Exemplo
Passo 3: Calcular a varincia de cada alelo entre as populaes
Passo 4: Calcular a soma das varincias de todos os alelos
( ) ( ) 0237 , 0 6436 , 0 4379 , 0
2 2
1
2
1
2
1
= = = p p o
( ) ( ) 0237 , 0 3564 , 0 1507 , 0
2 2
2
2
2
2
2
= = = p p o
0474 , 0 0237 , 0 0237 , 0
2
= + =

o
Exemplo
Passo 5: Calcular
( )
i i
p p 1
( ) ( ) ( )
( ) ( )
4588 , 0 2294 , 0 2294 , 0
3564 , 0 1 3564 , 0 6436 , 0 1 6436 , 0
1 1 1
2 2 1 1
= + =
+ =
+ =

p p p p p p
i i
Passo 6: Calcular a distncia gentica de Wright (1978)
1032 , 0
4588 , 0
0474 , 0
) 1 (
2
= =

I I
I
ST
p p
F
o
Interpretando a Distncia
Gentica de Wright (1978) - FST
F
ST
0 0,05 baixo nvel de diferenciao
gentica
F
ST
0,05 0,25 diferenciao gentica
moderada
F
ST
> 0,25 alto nvel de diferenciao
gentica
Prof. Ronaldo Celerino
ronaldocelerino@yahoo.com.br
Material didtico:
http://ronaldocelerinogenetica.blogspot.com