UNIVERSIDAD AUTNOMA DE CAMPECHE Facultad de Ciencias Qumico Biolgicas Ingeniera Bioqumica Ambiental

Materia

Bioqumica
Profesora Elodia del Carmen Garca Cervera Integrantes: Barrera Lara Luz Elizabeth Beltrn Ch Isa Cambranis Acosta Kareli Guadalupe Colunga Ventura Joanna Hernndez May Gerardo Elas Morgan Pancardo Karen Margarita Prez Alpuche Carlos Alberto

Las protenas no tienen estructuras uniformes y regulares. Esto se debe, en parte, a que los 20 residuos de aminocidos que las forman tienen propiedades qumicas y fsicas muy diferentes. La secuencia con la que se unen estos aminocidos puede analizarse directamente o indirectamente mediante la secuenciacin del DNA. En cualquiera de los dos casos, la informacin sobre la secuencia de aminocidos nos da una idea de las propiedades qumicas y fsicas de las protenas, sus relaciones con otras protenas y, en ultima instancia, de sus mecanismos de accin en los organismos vivos

Serie de procesos que permiten aislar un slo tipo de protena de una mezcla compleja.

Vital para la caracterizacin de la funcin, estructura en interacciones de la protena de inters.

El material inicial es generalmente un tejido biolgico o un cultivo microbiano

Hay varios pasos en el proceso de purificacin; puede liberar a la protena de la matriz que lo confina, separar las partes proteica y no proteica de la mezcla, y finalmente separar la protena deseada de todas las dems.

Homogeneizador
Elemento del equipamiento de laboratorio utilizado para la homogeneizacin de distintos tipos de materiales, tales como tejidos, plantas, alimentos, suelo, y muchos otros. Los homogeneizadores tratan de disgregar los tejidos y romper las clulas, con el menor dao a la membrana plasmtica.

El proceso de rotura celular se puede producir por cuatro mecanismos:

Fundamento Fuerzas de cizalladura producidas por lquidos Fuerzas de cizalladura producidas por slidos Cavitacin gaseosa Medios qumicos y bioqumicos

Homogeneizador Potter-Elvehjem Polytron Prensa de French Mortero con mazo Prensa Hugens Bomba de nitrgeno Sonicador Medio hipotnico Rotura celular con lisozima

Materiales Tejidos blandos Tejidos blandos y duros Bacterias Vegetales Bacterias Clulas Orgnulos y clulas Clulas de la sangre Rotura pared bacteriana

Fraccionamiento celular o centrifugacin diferencial Tcnica de laboratorio, tras la disgregacin, en la que se intenta reagrupar las partculas, generalmente clulas u orgnulos celulares, en funcin de sus propiedades biofsicas. Mediante el fraccionamiento celular se consigue separar conjuntos homogneos, por lo general de orgnulos, a partir de una poblacin heterognea de clulas.

Tiene 3 fases Homogeneizacin Filtracin Habitualmente, la filtracin se realiza ya sea mediante el vertido a travs de un tejido poroso o con un filtrado por succin empleando el correspondiente filtro de cermica con un tamao de poro adecuado. Purificacin Se realiza por centrifugacin en gradiente de densidad o por centrifugacin diferencial, aumentando secuencialmente la velocidad de giro y la fuerza gravitacional, dando como resultado una separacin secuencial de los orgnulos de acuerdo con su densidad.

Cromatografa Tcnica que permite la separacin de los componentes de una mezcla debido a la influencia de dos efectos contrapuestos. Tipos de Cromatografa:

Cromatografa plana. La fase estacionaria se sita sobre una placa plana o sobre un papel. Las principales tcnicas son: Cromatografa en papel Cromatografa en capa fina

Cromatografa del griego chroma, color y grafein, escritura

Esta tcnica fue usada por primera vez a comienzos del siglo XX para separar pigmentos de plantas con colores fcilmente visibles.
La cromatografa est basada: En el hecho de que diferentes compuestos se pueden repartir en varios grados entre diferentes fases o porciones separables de materia.

Cules son los diferentes tipos de cromatografa?

La fase estacionaria se sita dentro de una columna. Segn el fluido empleado como fase mvil se distinguen: Cromatografa de exclusin por tamao

Cromatografa de afinidad
Cromatografa por intercambio de iones

Tambin llamada cromatografa de filtracin en gel. Separa las molculas en base a su tamao, haciendo de ello una forma til de clasificar las protenas de diversos pesos moleculares.

Las bolas de gel estn recubiertas de un ligando por el que tiene afinidad alguna de las protenas a aislar. Al pasar la mezcla compleja a travs de la columna esta protena es retenida en la superficie de las bolas, efluyndose de las dems.

Para eluir la protena retenida pos afinidad se suele aumentar la fuerza inica de la solucin de solvente o incluir en este el ligando soluble a alta concentracin de forma que compita con el que esta unido a las bolas de gel por la unin a la protena.

Las particulas cargadas negativamente se unen a la matriz solida cargada positivamente, y son retenidas.

Las particulas cargadas positivamente son rechazadas por la matriz solida cargada positivamente y son eluidas.

La elucin de las particulas cargadas negativamente se consigue cambiando el pH del solvente hasta igualarlo a su punto isoelctrico o hasta invertir su carga neta.

La electroforesis de protenas es una metodologa que permite separar las protenas presentes en sangre (suero) o en orina.

La electroforesis est basada en el movimiento de partculas cargadas en un campo elctrico hacia un electrodo de carga opuesta.

Los geles de agarosa son ms usuales en la preparacin de cidos nucleicos.

La agarosa es un polisacrido formado por galactosas alfa y beta que se extrae de las algas de los gneros Gellidium y Gracillaria.

El mtodo de SDS-PAGE puede ser usado para estimar los pesos moleculares comparando la muestra con muestras estndar.

Las protenas en acrilamida, tambin se pueden separar sin la ayuda de SDS, en cuyo caso el gel es llamado gel nativo.

Se refiere a que tienen el mismo potencial elctrico de carga (+) y carga (-). Se aplica a las protenas que se desplazan por electroforesis a la misma velocidad.

Tambin conocido como: Isoelectroenfoque.

En un experimento de enfoque isoelctrico, el gel se prepara con una gradiente de pH paralelo al gradiente del campo elctrico. Cada protena permanece en la posicin del gel correspondiente a su pI (pH isoelctrico), logrando as un mtodo efectivo d separacin.

Se basa en la formacin de gradiente pH en el medio estabilizante donde al colocar la mezcla de sustancias a separar, que necesariamente deben ser anfolitos (es decir tiene grupos cidos y bsicos en la misma molcula comportndose tanto como cido como base), estos se mueven hacia el ctodo o el nodo hasta llegar a la zona de pH en que se alcanza su punto isoelctrico.

La estructura primaria de protenas se refiere al nmero lineal y al orden de los aminocidos presentes. Se divide en 4 pasos importantes:

Es un tipo de cromatografa en columna utilizada frecuentemente en bioqumica y qumica analtica. Tambin se la denomina a veces Cromatografa lquida de alta presin o Cromatografa Lquida de Alta Resolucin (High pressure liquid chromatography) (HPLC), aunque esta terminologa se considera antigua y est en desuso. El HPLC es una tcnica utilizada para separar los componentes de una mezcla basndose en diferentes tipos de interacciones qumicas entre las sustancias analizadas y la columna cromatogrfica.

Hendimiento de la protena para dar pptidos

Hendimiento de protenas con enzimas

Enzima Tripsinaaminocidos que tienen grupo R con carga positiva.

Enzima Quimo-tripsina: hiende enlaces peptdicos en los aminocidos aromticos.

La degradacin de Edman, desarrollada por Pehr Edman, es un mtodo de secuenciacin de aminocidos en un pptido. Es una serie de reacciones basadas en el acoplamiento del Fenilisotiocianato (PITC) con una protena purificada y el uso de hidrlisis cida. El procedimiento de la degradacin de Edman o secuenciacin de Edman marca y elimina slo el residuo N-terminal de un polipptido, dejando el resto de enlaces peptdicos intactos. En este mtodo, el residuo amino terminal se etiqueta y se separa del pptido sin afectar a los enlaces peptdicos entre los otros residuos.

Marcaje del aminocido N-terminal Fenilisotiocianato (PITC) en medio alcalino.

con

Hidrlisis entre los aminocidos 1 y 2 en medio cido, resto pptido intacto. Identificacin del aminocido N-terminal por cromatografa lquida de alta resolucin (HPLC). Repeticin.

Existen diversas tcnicas para la identificacin de protenas

Para obtener: Peso molecular, punto isoelctrico, numero de subunidades y de aminocidos, as como el tipo y secuencia de aminocidos Purificacin de protenas Cromatografa de columna Determinacin de la estructura primaria Consta de 4 pasos: Separacin individual Identificacin de los terminales N y C Determinacin de pptidos pequeos Secuenciacin

Electroforesis

Aislamiento

Afinidad, exclusin de tamao y por intercambio inico

Gel Agarosa, Gel SDSPoliacrilamida y por enfoque isoelctrico