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Genomas
(generalidades)
Clula- compartimentos celulares delimitados por membranas
Eucariotas
Genoma- 2 ou mais molculas de DNA lineares - DNA mitocondrial e plastidial . menores dimenses . circular - 1x102 Mb- 1x105 MB (o mais pequeno = 10 Mb) Clula- no compartimentalizao interna
Procariotas
Genoma- 1 molcula DNA circular - haplides - 1- 10 Mb - plasmdios (1 kb-250 kb), profagos e elementos mveis - informao gentica mais compacta - grande diversidade de organizao
Ex: Borrelia burgdorferi cromossoma linear: 911 kb (835 genes) 17 ou 18 molculas lineares e circulares: 533 kb (430 genes)
Dimenses de Genomas
2) Paradoxo C Salamandra- 90 Gb
vs Homem- 3 Gb
S. cerevisae - 12 Mb
ARROZ
MILHO
Mesmo nmero de genes
0,43 Gb
2,5 Gb
Organismos semelhantes diferem na dimenso do genoma, mantendo o mesmo nmero de genes aproximadamente
DNA supercoiling
DNA within the cells adopts several forms of ordered
Supercoiling
(sobrenrolamento ou subenrolamento)
A dupla hlice do DNA uma hlice o que significa que tem enrolamento right-handed, ie, no sentido dos ponteiros do relgio O supercoliling consequncia de: demasiadas rotaes (superrotao- overwound ) da hlice sob si prpria (positive supercoiling), ou perda de rotaes (subrotao- underrotating) sob si prpria (negative supercoiling)
Supercoiling
Positive supercoil
Ocorre quando o DNA est overrotated Enrolamento no mesmo sentido do enrolamento da dupla hlice
Negative supercoil
Ocorre quando o DNA est underrotated Enrolamento no sentido contrrio do enrolamento da dupla hlice
DNA coiling
Topoisomerases
Enzimas que adicionam ou removem rotaes da dupla hlice de DNA, quebrando temporariamente a dupla hlice, permitindo a rotao de uma cadeia em volta da outra, e depois ligando-a de novo. Topoisomerase I- quebra de uma cadeia, e reduz o supercoiling devido a remoo de rotaes Topoisomerase II- quebra de ambas as cadeias, adicionando ou removendo rotaes
Tipos de topoisomerases
Genomes
Cromossoma de E.coli
- Molcula de DNA circular-fechada, negativamente enrolada - 4 600 kb - 99-100% codificante - aproxi. 4280 genes
-Nucleide (estrutura condensada): . 40-50 domnios independentes ou loops de 10-100 kb . Topoisomerases . Protenas de ligao ao DNA
- HU - H-NS (H1) - Fis - IHF
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Structure of a nucleosome
H3 and H4 are among the most conserved proteins. H2A and H2B an be recognized in all eukaryotes, but show species-specific variation in sequence. H1, closely related proteins that show appreciable variation between tissues and species (and are absent from yeast)
The nucleosome core particle consists of 146 bp of DNA wrapped 1.65 turns around a histone octamer consisting of two molecules each of H2A, H2B, H3, and H4.
A nucleosome (chromatosome) contains two full turns of DNA locked in place by one molecule of H1.
Octmero de histonas
Dmero: H2A Tetrmero: 2H3, 2H4 Dmero: H2B
Outras protenas no-histonas presentes no cromossoma No cinetocro Nos telmeros No scaffold Protena da maquinaria da replicao
DNA polimerases Helicases Primases
Proteins scaffold
Papel importante na estrutura do cromossoma
The centromere is identified by a DNA sequence that binds specific proteins. These proteins do not themselves bind to microtubules but establish the site at which the microtubule-binding proteins bind in turn.
Heterocromatina e eucromatina
Heterocromatina- geralmente mantm estado de condensao durante o ciclo celular. Heterocromatina facultativa vs constituitiva
Tcnica G-banding
Padro de bandas Bandas escuras so ricas em AT Bandas claras em GC Bandas escuras so ricas em GC Bandas claras em AT Bandas escuras contm heterocromatina constituitiva
Q-banding
C-banding
Padres citogenticos
O que um gene?
-Unidade de informao gentica contida num segmento de DNA. O produto final pode ser uma protena ou um transcrito (ex. tRNA) -Pode variar entre 75 pb e 2 300 000 pb - A informao biolgica est contida na sequncia de nucletidos e tornada disponvel atravs da expresso gentica, que altamente REGULADA
lacZ
lacY
lacA
Feature
Yeast
Fruit fly
Human
Gene density (average number per Mb) Introns per gene (average) Amount of the genome that is taken up by genome-wide repeats
76 3 12%
11 9 44%
Chromosomal rearranjements