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La lgica molecular de los organismos vivos (Lehninger, A. 1981. Curso Breve de Bioqumica. Ed.

Omega 447 p)
Los seres vivos estn integrados por molculas inanimadas. Cuando se examinan individualmente, estas molculas aisladas se ajustan a todas las leyes fsicas y qumicas que rigen el comportamiento de la materia inerte. Sin embargo, los organismos vivos poseen, adems, unos atributos extraordinarios que no exhiben los cmulos de materia inanimada. Si examinamos algunas de estas propiedades especiales, podremos emprender el estudio de la bioqumica con una mejor comprensin de los problemas fundamentales que trata de explicar. Caractersticas que identifican a la materia viva El atributo ms sobresaliente de los seres vivos es, quiz, su complejidad y su alto grado de organizacin. Poseen estructuras internas intrincadas, que contienen muchas clases de molculas complejas. Se presentan, adems, en una variedad asombrosa de especies diferentes. Por contraste, la materia inanimada de su entorno, representada por el suelo, el agua y las rocas, est constituida, habitualmente, por mezclas casuales de compuestos qumicos sencillos, y su organizacin estructural es ms bien escasa. En segundo lugar, cada una de las partes componentes de un organismo vivo cumple un propsito o funcin especficos. Ello es cierto, no solamente en lo referente a estructuras intracelulares, tales como el ncleo y la membrana celular, sino tambin para los compuestos qumicos individuales de la clula, como son los lpidos, las protenas y los cidos nucleicos. En los organismos vivos, es completamente legtimo preguntarse, cual es la funcin de una molcula determinada. En cambio, carece de sentido plantear dicha pregunta en relacin a la materia inerte. En tercer lugar, los organismos vivos poseen la capacidad de extraer y transformar la energa de su entorno, que utilizan, juntamente con materia primas sencillas, para construir y mantener sus propias e intrincadas estructuras. Pueden realizar, adems, otras formas de trabajo til, como por ejemplo, el esfuerzo mecnico de la locomocin. La materia inanimada no posee esta capacidad de emplear la energa externa para mantener su propia organizacin estructural. De hecho, habitualmente, se degrada a un estado ms desordenado cuando absorbe energa externa, ya sea en forma de calor o de luz. Pero el atributo ms extraordinario de los organismos vivos, es su capacidad de producir una rplica exacta de s mismos, propiedad que puede considerarse como la quinta esencia de la vida. El conjunto de la materia inanimada que nos es familiar, no muestra la capacidad de reproducirse, de generacin en generacin, en formas idnticas en masa, forma y estructura interna. Bioqumica y el estado vital Podemos preguntarnos ahora: si los organismos vivos estn compuestos por molculas intrnsecamente inanimadas, cmo es que la materia viva se diferencia, de un modo tan radical, de la inerte, que tambin est constituida por la misma clase de molculas inanimadas? por qu los organismos vivos son algo ms que la suma de sus partes inanimadas?. Los filsofos medievales habran contestado que los organismos vivos estn dotados de una fuerza vital misteriosa y divina. Pero esta doctrina, que recibe el nombre de < vitalismo>, es una supersticin y ha sido descartada por la ciencia moderna. La meta bsica actual de la bioqumica consiste en determinar de qu modo el conjunto de molculas inanimadas que constituyen los organismos vivos, se influyen mutuamente para mantener y perpetuar el estado de vivencia. Las molculas que integran los organismos vivos se rigen por todos los principios qumicos familiares. Adems ejercen acciones mutuas, de acuerdo con otro conjunto de principios, a los cuales nos referimos de modo colectivo, como a la lgica molecular de la vida. Estos principios no incluyen, necesariamente, ninguna ley o fuerza fsica

nueva, o todava por descubrir. Deben considerarse ms bien como un conjunto nico de < reglas fundamentales >, que gobiernan la naturaleza, la funcin y las interacciones de los tipos especficos de molculas presentes en los organismos vivos, a las que llamaremos biomolculas. Veamos ahora, si podemos identificar alguno de los axiomas importantes de la lgica molecular de la vida. Biomolculas La mayor parte de los componentes qumicos de los organismos son compuestos orgnicos de carbono, en los que el elemento se halla, relativamente, reducido o hidrogenado. Muchas biomolculas orgnicas contienen tambin nitrgeno. Los compuestos orgnicos presentes en la materia viva, muestran enorme variedad, y la mayor parte de ellos, son extraordinariamente complejos. Por ejemplo, an en las ms sencillas y pequeas de las clulas, las bacterias contienen gran nmero de molculas orgnicas. Se calcula que la bacteria Escherichia coli contiene alrededor de 5000 compuestos orgnicos diferentes entre ellos, unas 3000 clases diferentes de protenas, y 1000 tipos distintos de cidos nucleicos. Adems, las protenas y los cidos nucleicos son molculas complejas (frecuentemente llamadas macromolculas) y solamente se conoce la estructura de unas pocas. En el organismo humano, por ejemplo, puede haber hasta 5 000 000 de protenas diferente. Ninguna de las molculas proteicas de E.coli es idntica a alguna de las protenas encontradas en el hombre, aunque varias acten del mismo modo. De hecho, cada especie de organismo posee su propio conjunto de molculas proteicas y de cidos nucleicos qumicamente diferentes. Puesto que, es probable, existan alrededor de 1 200 000 especies de organismos vivientes, que en complejidad, van desde el E.coli hasta el organismo humano, puede calcularse que el conjunto de las especies vivientes, debe contener entre 1010 y 1012 tipos distintos de molculas proteicas, y una 1010 clases diferentes de cidos nucleicos. Parecera una empresa sin esperanza, que los bioqumicos intentasen aislar, identificar y sintetizar todas las diferentes molculas orgnicas presentes en la materia viva. Constituye una paradoja, sin embargo, que la inmensa diversidad de molculas orgnicas de los organismos vivos se pueda reducir, en ltimo trmino, a una casi absurda simplicidad. Sabemos ahora, que las macromolculas de la clula se hallan formadas por molculas sencillas, pequeas unidades estructurales que estn ligadas entre s, constituyendo largas cadenas. Las protenas, por ejemplo, estn formadas por cadenas de 100 o ms restos de aminocidos, compuestos menores de estructura conocida, unidos covalentemente. En las protenas, slo se encuentran 20 aminocidos diferentes, pero estn ordenados en muchas secuencias distintas, de modo que forman numerosos tipos de protenas. As, las 3000 protenas o ms, que existen en la clula de E.coli estn integradas tan slo, por 20 pequeas molculas diferentes. Anlogamente, los 1000 o ms cidos nucleicos de la clula de E.coli , que son tambin molculas largas y polimricas, estn construidos a partir de conjuntos de solamente 4 unidades estructurales, los nucletidos. Adems, los 20 aminocidos distintos, constituyentes de las protenas, y los 4 nucletidos diferentes, que integran los cidos nucleicos, son idnticos en todas las especies vivientes, sugiriendo que todos los organismos vivos descienden de un antepasado comn. Las molculas sillares con que estn construidas todas las macromculas, poseen otra sorprendente caracterstica: cada una de ellas desempea ms de una funcin en las clulas vivientes. Los aminocidos no slo actan como sillares de construccin de las molculas proteicas, sino tambin como precursores de las hormonas, los alcaloides, las porfirinas, los pigmentos y otras muchas biomolculas. Los mononucletidos no slo constituyen las unidades fundamentales de los cidos nucleicos, sino que actan tambin como coenzimas y molculas transportadoras de energa. Por lo que sabemos hasta ahora, los organismos vivos no contienen normalmente compuestos sin una funcin definida, aunque existen algunas biomolculas cuyas funciones an no se comprenden. Ahora se pueden identificar algunos de los axiomas de la lgica molecular: Existe una simplicidad fundamental en la organizacin molecular de la clula. Todos los organismos vivos proceden de un antepasado comn. La identidad de cada una de las especies de organismos est por su posesin de un conjunto

distintivo de cidos nucleicos y de protenas. Adems, existe un principio fundamental de economa molecular. Las clulas vivas slo contienen las molculas ms sencillas posibles en el mnimo nmero de tipos diferentes, nada ms que las indispensables para dotarlas del atributo de la vida, y de la identidad de las especies, en las condiciones ambientales en que viven. Transformaciones energticas en las clulas vivas Los organismos vivos no constituyen excepciones de las leyes de la termodinmica. A su elevado grado de ordenacin molecular debe contribuirse de alguna manera, puesto que no puede surgir del desorden espontneamente. Los organismos vivos absorben de su entorno formas de energa que les son tiles en las condiciones especiales de temperatura y presin en que viven, y que devuelven despus al entorno, en cantidad equivalente, pero en alguna otra forma menos til. La forma aprovechable de energa que absorben las clulas es energa libre, la cual puede definirse sencillamente, como el tipo de energa capaz de realizar trabajo, a temperatura y presin constantes. El tipo de energa menos til, que las clulas devuelven a su entorno consiste, en su mayor parte, en calor, que rpidamente se distribuye al azar en el entorno, de modo que aumenta su desorden o entropa. Podemos establecer otro axioma en la lgica molecular de la vida: Los organismos vivos crean y mantienen su ordenacin esencial a expensas de su entorno, al que transforman, hacindolo, cada vez, ms desordenado y catico. La maquinaria de transformacin de energa de las clulas vivas est construida, por entero, con molculas orgnicas relativamente frgiles e inestables, incapaces de resistir temperaturas elevadas, corrientes elctricas intensas o concentraciones extremas de cidos o de bases. La clula viva es, por tanto, esencialmente isotrmica; en un instante determinado, todas sus partes tienen, prcticamente, la misma temperatura. Adems, no existen diferencias importantes de presin, de una parte a otra de la clula. Por estas razones, las clulas son incapaces de utilizar el calor como fuente de energa, ya que aqul slo puede transformarse en trabajo a presin constante, si se transfiere desde una zona de temperatura superior a otra de menor temperatura. Las clulas vivas no se parecen, por tanto, a las mquinas trmicas o elctricas, que son los tipos de maquinaria con que estamos familiarizados. Por el contrario, y esto constituye otro axioma importante de la lgica molecular de la vida: Las clulas vivas son mquinas qumicas que funcionan a temperatura constante. Las clulas extraen energa qumica de sus nutrientes orgnicos o de la luz solar, y la utilizan para realizar trabajo qumico implicado en la biosntesis de los componentes celulares, en el trabajo osmtico, necesario para el transporte de los materiales al interior de la clula, o en trabajo mecnico de la contraccin y de la locomocin. Enzimas y catlisis de las reacciones qumicas en las clulas vivas Las clulas pueden actuar como mquinas qumicas porque poseen enzimas, catalizadores capaces de aumentar mucho la velocidad de reacciones qumicas especficas. Los enzimas son molculas proteicas, muy especializadas, elaboradas por las clulas a partir de aminocidos sencillos. Cada enzima puede catalizar solamente un tipo especfico de reaccin qumica. Se conocen un millar de enzimas diferentes. Los enzimas superan notablemente a los catalizadores confeccionados por el hombre, en su especificidad de reaccin, en su eficacia cataltica y en su capacidad de actuacin, bajo condiciones suaves de temperatura y de concentracin de iones hidrgeno. En milsimas de segundo, pueden catalizar secuencias de reacciones muy complejas, las cuales requeriran das, semanas o meses de funcionamiento en el laboratorio qumico. Las reacciones catalizadas enzimticamente tienen lugar con un rendimiento del 100 % y no hay subproductos, en cambio, las reacciones de la qumica orgnica realizadas en el laboratorio mediante catalizadores producidos por el hombre van, casi siempre, acompaadas de la formacin de uno o ms subproductos. Del mismo modo que los enzimas pueden acelerar una sola transformacin de una molcula determinada, sin inducir ninguna otra de sus posibles reacciones, los organismos vivos pueden llevar a cabo de modo simultneo, muchas reacciones qumicas diferentes, sin perderse en un mar de subproductos intiles.

Los centenares de reacciones qumicas catalizadas enzimticamente, que tienen lugar en la clula no se realizan de modo independiente, unas de otras, sino que se hallan relacionadas entre s, y constituyen muchas secuencias diferentes de reacciones consecutivas. Tales secuencias, que pueden poseer de 2 a 20 o ms etapas de reaccin, se hallan ligadas, a su vez, formando retculos de esquemas convergentes o divergentes. Esta ordenacin determina diversas consecuencias biolgicas importantes. Una de ellas consiste en que tales sistemas de reacciones se canalicen por rutas especficas. La otra es que las reacciones secuenciales hacen posible la transferencia de energa qumica desde una biomolcula a otra. El ciclo de energa en las clulas Los organismos vivos recuperan y utilizan la energa, en su mayor parte, en forma de una molcula especfica, el trifosfato de adenosina o ATP, el cual acta como el transportador de energa qumica ms importante en las clulas de todas las especies vivientes. A medida que el ATP transfiere su energa a otras molculas, pierde su fosfato terminal y se transforma en difosfato de adenosina o ADP, que puede, a su vez, aceptar energa qumica de nuevo, por recuperacin de un grupo fosfato, para transformarse en ATP, ya sea a expensas de la energa solar, en las clulas fotosintticas, o de energa qumica, en las clulas animales. El sistema del ATP es el nexo de unin entre dos grandes redes de reacciones catalizadas enzimticamente en la clula. Una de dichas redes conserva la energa qumica obtenida del entorno al producir la fosforilacin del ADP, pobre en energa, y transformarlo en ATP, de elevado contenido energtico. La otra red utiliza la energa del ATP para realizar la biosntesis de componentes celulares a partir de precursores sencillos, con la degradacin simultnea del ATP, que se transforma en ADP. A semejanza de los sillares estructurales bsicos de las biomolculas, estas redes de reacciones consecutivas catalizadas por enzimas son, esencialmente, idnticas en todas las especies vivientes. Las clulas en desarrollo pueden sintetizar simultneamente millares de clases diferentes de molculas proteicas y de cidos nucleicos, en las proporciones precisas para constituir el protoplasma funcional vivo. Las reacciones enzimticas metablicas son as, estrechamente reguladas, de modo que produzcan solamente el nmero preciso de molculas sillares y las renan, dando lugar a un determinado nmero de molculas de cada tipo de protena, de cido nucleico, de lpido o de polisacrido. Las clulas vivas poseen tambin la capacidad de regular la sntesis de sus propios catalizadores. As, la clula puede < interrumpir > la sntesis de los enzimas necesarios para la produccin de un producto determinado a partir de sus precursores, cuando tal producto puede obtenerlo, ya fabricado, del entorno. Tales propiedades de autoajuste y autorregulacin, son fundamentales para mantener el estado estacionario de la clula viva, y son esenciales para su eficacia en la transformacin de la energa. Podemos, por tanto, definir otro axioma de la lgica molecular de la vida: Las clulas vivas son mquinas autorreguladas, que estn ajustadas de modo que trabajen bajo el omnipresente principio de la mxima economa. Autorrplica de los organismos vivos La propiedad ms notable de las clulas vivas es su capacidad de reproducirse con fidelidad casi perfecta, no solamente una o dos veces, lo que ya sera bastante notable, sino por centenares y millares de generaciones. Tres caractersticas resaltan inmediatamente. En primer lugar, algunos organismos vivos son tan complejos que la cantidad de informacin gentica que se transmite parece desproporcionada al pequeo tamao de las clulas que la deben transportar: por ejemplo, la simple clula espermtica o la del huevo. Sabemos hoy da que toda esta informacin se halla comprimida en el ncleo de estas clulas, contenida en la secuencia nucleotdica de una o de unas pocas grandes molculas de cido desoxirribonucleico ( DNA ), que pesan en conjunto no ms de 6.10-12 g. Llegamos, por tanto, a otro axioma de la lgica molecular de la vida: los smbolos en los que est codificada la informacin gentica, poseen las dimensiones de porciones de simples molculas de DNA. La segunda caracterstica notable de la propiedad de autorrplica de los organismos vivos, consiste en la extraordinaria estabilidad de la informacin gentica

almacenada en el DNA. Muy pocas de las primitivas inscripciones histricas realizadas por el hombre han sobrevivido tanto tiempo, a pesar de que fueron labradas en piedra o en cobre, y preservadas de la accin de los elementos. Los manuscritos del Mar Muerto y la piedra de Rosetta, por ejemplo, tienen slo unos pocos miles de aos. Pero existen buenas razones para creer que las bacterias actuales poseen, aproximadamente, una misma forma, tamao y estructura interna, y que contienen idntica clase de molculas estructurales, as como los mismos tipos de enzimas, que las que vivieron hace millones de aos, a pesar de que las bacterias, como todos los organismos, han experimentado una evolucin constante. La informacin gentica no se conserva en planchas de cobre o grabada en piedra, sino en forma de cido desoxirribonucleico ( DNA ), una molcula orgnica tan frgil, que cuando se asla en disolucin, o pipetendola. En la actualidad se tiene la certidumbre de que, aun en la clula intacta, las hebras de DNA pueden romperse con frecuencia, pero son rpida y automticamente reparadas. La notable capacidad de las clulas vivas, para preservar su informacin gentica, es el resultado de la complementaridad estructural. Una hebra de DNA acta como patrn, para la rplica enzimtica de otra hebra de DNA, estructuralmente complementaria. En la transferencia de la informacin gentica en los organismos vivos existe an una tercera caracterstica digna de mencin. La informacin gentica se halla codificada en forma de una secuencia lineal, unidimensional, de diferentes sillares del DNA; pero las clulas vivas poseen una estructura tridimensional y constan de partes o componentes tambin tridimensionales. La informacin unidimensional del DNA es transferible a la informacin tridimensional, inherente a los organismos vivos, gracias a la traslacin de la estructura del DNA a la estructura proteica. A diferencia de las molculas de DNA, las molculas proteicas se enroscan espontneamente, y se pliegan originando estructuras tridimensionalmente estables. La geometra precisa de cada tipo de protena est determinada por su secuencia aminocida. Podemos resumir ahora los diversos axiomas del estado de vida, mediante el siguiente aserto: Una clula viva es un sistema isotrmico de molculas que se ensambla, ajusta y perpeta, por s mismo. El sistema est constituido por muchas reacciones orgnicas consecutivas, promovidas por unos catalizadores orgnicos producidos por la clula; opera segn el principio de la mxima economa de partes y procesos, asegurando su precisa autorrplica mediante un cdigo molecular lineal. En ningn momento de nuestro examen de la lgica molecular de las clulas vivas, hemos encontrado violacin alguna de las leyes fsicas conocidas, ni hemos necesitado definir ninguna ley nueva. La maquinaria de las clulas vivas, acta dentro del mismo conjunto de leyes que rigen la actuacin de las mquinas construidas por el hombre, pero las reacciones qumicas y los procesos de las clulas, se ha perfeccionado mucho ms all de las posibilidades presentes en la ingeniera qumica. En esta revisin orientadora hemos podido ver que la bioqumica posee un sistema fundamental, un conjunto de principios de organizacin. No es una mera recopilacin de hechos qumicos, sin relacin, acerca de la materia viva. Al comenzar un estudio, ms detallado, de la bioqumica, estos principios de organizacin nos servirn como marco de referencia. Lo iniciaremos con la descripcin de las diversas clases de biomolculas (parte I ). Continuaremos con el anlisis de las reacciones enzimticas, isotrmicas, autoajustadas y consecutivamente enlazadas, las cuales hacen posible el metabolismo; es decir, el flujo de materia y de energa entre el organismo y el entorno. El metabolismo consiste en dos redes de reacciones: la red productora de energa qumica en forma de ATP, que se estudiar en la parte II de este libro, y el otro gran retculo que utiliza el ATP para la realizacin del trabajo qumico de la biosntesis, que se examinar en la parte III. Finalmente, en la parte IV, consideraremos la base molecular de la autorrplica de las clulas y la traslacin de la informacin unidimensional del DNA, a la tridimensional de las protenas.