Le proteine

Le proteine sono composti azotati ad alto peso molecolare fondamentali nel determinare la struttura e le funzioni di ogni singola cellula. Tutte contengono C, H, O e N. In pi, alcuni degli aminoacidi proteici contengono S e P mentre porzioni non proteiche indispensabili per la funzione sono legate a ioni quali Fe, Mn, Cu, Zn. Sono importantissime dal punto di vista nutrizionale (alimenti plastici) negli organismi in crescita ma anche per il normale turnover cellulare

Che cosa Formaggio grana Prosciutto crudo Petto di pollo Merluzzo fresco

Quanto 34% 27% 23% 17%

Di che tipo Soia secca Lenticchie secche crude Fagioli freschi crudi Farina di frumento
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Dove 37% 27% 10% 11% 2%

1

Latte vaccino intero 3%

Patate bollite

Gli aminoacidi
I costituenti fondamentali delle proteine sono gli aminoacidi La struttura fondamentale di un aminoacido :

Sapere la formula!

Sapere la formula!

(zwitterione)

Il gruppo R 06. Proteine_2011_2012 caratterizza i singoli aminoacidi

I diversi gruppi di aminoacidi

A seconda della natura del gruppo R possiamo avere 1) AA non polari (-R idrofobico) 2) AA polari (-R idrofilico) 3) AA aromatici (-R con anello aromatico) 4) AA basici (-R si carica positivamente al pH cellulare) 5) AA acidi (-R si carica negativamente al pH cellulare)
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1)

2)

essenziale
(essenziale)

NB: I residui di cisteina per la loro capacit di formare, in seguito ad ossidazione, ponti disolfuro (legami covalenti) sono importanti per stabilizzare 06. Proteine_2011_2012 4 la struttura tridimensionale delle proteine

3)

3) NB: un gruppo aromatico rappresentato da un residuo benzenico sostituito (benzene:C6H6)

(essenziale )

(essenziale )

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4)

(essenziale)
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5)

*Glutammato di Na: esaltatore di sapidit 06. Proteine_2011_2012 7

Gli AA essenziali
Essenziale per un certo organismo significa che quellorganismo non lo pu sintetizzare con il proprio metabolismo ma deve introdurlo con la dieta Gli AA essenziali per luomo sono: Adulto (8) Valina Leucina Isoleucina Fenilalanina Triptofano Treonina Metionina Lisina La proteina ideale dal punto di vista nutrizionale quella la cui composizione percentuale in AA essenziali ricalca pi da vicino la composizione globale delle proteine che costituiscono il ns organismo. Se questa condizione soddisfatta, la 06. Proteine_2011_2012 8 proteina potr essere utilizzata interamente per scopi plastici. Bambino (2) + Arginina + Istidina

Ci tanto pi importante in quanto il nostro organismo non sa accumulare riserve proteiche, a differenza di quanto sa fare per lipidi (tessuti adiposo) e glucidi (glicogeno). Le proteine di origine animale hanno una composizione aminoacidica media che rispecchia abbastanza da vicino la composizione del corpo umano. Proteine_2011_2012 06.

Il concetto di proteine nobili e gli aminoacidi essenziali

Le piante, diversamente da noi: Importante! Sono capaci di sintetizzare tutti gli aminoacidi proteici Accumulano proteine di riserva nei semi (per fornire la giovane plantula di azoto organico sotto forma di gruppi NH2) Data la competenza biosintetica delle piante, le loro proteine di riserva dovranno semplicemente avere una composizione aminoacidica che le renda facilmente stoccabili in uno spazio limitato ed in forma disidratata (il seme). Infatti, lembrione ha solo bisogno di trovare a propria disposizione dei gruppi NH2 gi pronti. Quindi sono ricche di aminoacidi con R relativamente piccolo (poco ingombrante) e generalmente idrofobico.

Le proteine di riserva nei semi, abbondanti e a buon mercato, sono povere di alcuni AA essenziali per il nostro metabolismo. Per, fortunatamente, le proteine di riserva di cereali e leguminose si complementano.

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Il concetto di aminoacido limitante

Se la miscela proteica carente anche di un solo amminoacido, solo una parte della razione di proteine potr essere usata a fini plastici; il resto verr bruciato. E lAA presente in quantit minore che rappresenta il fattore limitante.

Totale
LEU ILE LYS MET VAL PHE TYR TRY

Utile
lEU ILE LYS MET VAL PHE TYR TRY LEU ILE LYS MET VAL PHE TYR TRY

Totale

Utile
(in teoria) lEU ILE LYS MET VAL PHE TYR TRY

Utile
(di fatto)

lEU ILE LYS MET VAL PHE TYR TRY

Met: AA limitante
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Utilizzo totale:

lEU ILE LYS MET VAL PHE TYR TRY

lEU ILE LYS MET VAL PHE TYR TRY

Se invece le diverse carenze vengono complementate contemporaneamente, lutilizzo globale a scopi plastici risulta maggiore.

Utile + Utile
lEU ILE LYS
lEU ILE LYS MET

MET

VAL VAL PHE PHE6.Proteine TYR TYR 06. Proteine_2011_2012 TRY TRY

12

Totale proteine riso

Quota utilizzabile riso

Quota non utilizzabile riso

Totale proteine fagiolo

Quota utilizzabile fagiolo (teoria) 6

Quota utilizzabile fagiolo (pratica) 3.2

Quota non utilizzabile fagiolo

4.8

3.2 limitante!

1.6

10

6.8

+
Totale proteine insieme Quota utilizzabile insieme Quota non utilizzabile insieme

14.8

9.2

5.6

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Valore proteico delle proteine di origine vegetale in relazione al contenuto in AA essenziali Uovo di pollo Mais (3 kg di proteine da seme/ha)* Frumento Riso Soia (500 kg di proteine da seme/ha) 100 49 62 69 67

*: carente di lisina
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Gli stili alimentari

Bench in certe et della vita (infanzia, gravidanza, vecchiaia) lalimentazione richieda un apporto di proteine nobili particolarmente elevato, importante ricordare che limpatto ambientale di una alimentazione ricca di carne (energia e acqua necessarie per produrre il foraggio per lallevamento dei bovini, inquinamento ambientale da parte degli allevamenti, effetto serra e riscaldamento globale) molto pi elevato di quello di una alimentazione ricca di vegetali

Il dilemma dell'onnivoro Michael Pollan

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Limpronta idrica degli alimenti

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Malattie metaboliche legate ad errori nel metabolismo di alcuni aminoacidi: la fenilchetonuria

Nellorganismo umano, la Phe degradata a Tyr. Alcuni individui, per un difetto congenito, non producono lenzima che trasforma Phe in Tyr.

Ci porta allaccumulo di metaboliti tossici nel sangue e nei fluidi interstiziali (edema cerebrale). Se non curata fin dai primi mesi di vita porta a grave ritardo cerebrale. Tuttavia, ora diagnosticabile precocemente ed evitabile con una dieta opportuna (cibi poveri di proteine animali).

Laspartame (dolcificante artificiale) un dipeptide formato da acido 06. Proteine_2011_2012 aspartico e fenilalanina. Da evitarsi in individui con fenilchetonuria

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Dagli AA alle proteine: formazione del legame peptidico

Saper indicare come si forma il legame peptidico!

N- terminale C- terminale

Dipeptide* *un polipeptide formato da un numero esiguo (fino a qualche decina) di AA, una proteina06. Proteine_2011_2012 migliaia di residui AA* pu constare di

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Tirosina Leucina

Serina

Glicina

Alanina

Negli organismi animali, numerosi ormoni sono di natura peptidica: Ossitocina: stimola le contrazioni della muscolatura liscia. coinvolta nellinduzione delle contrazioni del parto e nel meccanismo di secrezione del latte. Piccolo polipeptide formato da 9 AA Insulina: regola il metabolismo del glucosio, composta da 51 AA Altri piccoli peptidi sono antibiotici: gramicidina
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Il legame peptidico ha caratteristiche peculiari

1) Il legame peptidico ha un parziale carattere di doppio legame, che rende impossibile la rotazione delle due parti della molecola attorno al suo asse (punto di rigidit).

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Il legame peptidico planare

Le frecce nere in figura rappresentano delle possibilit di rotazione teoriche, in quanto bisogna tenere conto dellingombro sterico dei gruppi R.
R1

R1

R2

R3

06. Proteine_2011_2012 definiscono il piano di rigidit 21 NB: le barrette rosse

Il legame peptidico ha caratteristiche peculiari

2) Degli atomi coinvolti nel legame peptidico, lO del carbonile presenta una parziale carica negativa, e lN amidico presenta una parziale carica positiva. Ci il presupposto per la possibilit di instaurare legami H. Vedremo che ci ha imprtanti ripercussioni nel determinare la forma tridimensionale delle proteine.

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Le proteine sono caratterizzate da diversi livelli di struttura

Struttura primaria

NB: a parit di composizione aminoacidica, polipeptidi con diversa sequenza hanno caratteristiche diverse (cos come una parola ha significato diverso dal suo anagramma)
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Roma amor

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La struttura secondaria delle proteine

Il termine struttura secondaria implica lassunzione di una forma tridimensionale della catena polipeptidica. Nella determinazione della struttura secondaria sono coinvolti: La formazione di legami H intracatena, che si creano per la presenza di cariche parziali a livello dei legami peptidici. la minimizzazione dell'ingombro sterico fra i gruppi R Gli elementi di struttura secondaria si possano ricondurre sostanzialmente a tre diverse tipologie:

-elica strutture anse o ripegamenti (loop)

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La struttura secondaria: -elica

In certe zone, la catena polipeptidica si arrotola intorno ad un immaginario asse longitudinale, formando unelica. Questa stabilizzata da legami idrogeno che si instaurano fra lO di un C=O e lN di un gruppo NH del residuo aminoacidico in posizione corrispondente (4 residuo successivo in senso longitudinale) Tutti gli NH e i C=O dei gruppi peptidici sono impegnati in legami idrogeno; i ponti H sono PARALLELI alla direzione principale della catena polipeptidica

Nell-elica i gruppi R di ciascun AA sporgono verso lesterno

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06. Proteine_2011_2012

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-elica
IMPORTANTE: Supponendo che in una proteina, formata da migliaia di residui AA, esistano numerose zone ad -elica, i legami idrogeno possibili sono numerosissimi e quindi danno un grande contributo alla stabilit della struttura (come peraltro nel -foglietto. Tuttavia, questa pu essere alterata da altri fattori quali ad esempio interazioni elettrostatiche o steriche (ingombro) sfavorevoli fra gruppi R vicini

Rappresentazione di una proteina dotata di numerosi domini ad elica

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La struttura secondaria: -foglietto a piani pieghettati

Nelle strutture , i legami a H si formano (sempre fra NH e C=O) fra tratti di catene affiancate (appartenenti alla stessa catena o catene diverse ) anzich fra residui vicini del medesimo tratto (come accade nell'-elica). I ponti H sono PERPENDICOLARI alla direzione della catena polipeptidica

-foglietto

I gruppi R sporgono al di sopra e al di sotto del piano

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La formazione di -elica o -foglietto dipende dalla frequenza relativa di aminoacidi nella struttura primaria

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La struttura secondaria: i loop (ripiegamenti o anse)

Nelle proteine sono presenti anche tratti apparentemente disorganizzati, di lunghezza anche molto variabile e pi o meno convoluti: i loops. Questi tratti collegano eliche o filamenti ed hanno un ruolo importante nella organizzazione 3D della catena peptidica in quanto sono relativamente flessibili e consentono cambi di direzione alle sequenze con conformazione e . Quindi, in una singola molecola proteica possono coesistere zone (domini) ad -elica, -foglietto a piani pieghettati e loops.

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La struttura terziaria
data dal ripiegamento nello spazio della molecola proteica dettato dalla presenza di zone ad -elica, zone -foglietto, dalle interazioni deboli (attrattive o repulsive) dei gruppi R degli aminoacidi che sporgono dalla struttura (legami H ed interazioni ioniche ed idrofobiche), dalla presenza di legami covalenti S-S-, e dallingombro sterico dei gruppi R. Si prende in considerazione anche la presenza di porzioni non proteiche (gruppi prostetici, spesso legati a ioni)

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La struttura terziaria stabilizzata principalmente da interazioni deboli, con leccezione rappresentata dai legami covalenti (ponte S-S-)

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I ponti disolfuro

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Denaturazione delle proteine

La proteina funzionale quando la sua struttura terziaria intatta (in forma nativa). Se la proteina perde la sua forma (estremi di T, pH, concentrazione salina) si dice che si denatura e perde attivit.

Agenti denaturanti sono quegli agenti che possono interferire con le interazioni tra gruppi R: agenti riducenti, alte concentrazioni saline, 06. Proteine_2011_2012 estremi di pH, detergenti, solventi organici

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La struttura quaternaria
Si parla di struttura quaternaria quando la proteina funzionale formata da due o pi catene polipeptidiche (emoglobina, Rubisco*). Le singole catene polipeptidiche prendono il nome di SUBUNITA. Anche la struttura quaternaria deve essere intatta affinch la proteina sia funzionale.

*La Rubisco (ribulosio-difosfato carbossilasi) lenzima chiave della fotosintesi. 06. Proteine_2011_2012 35 formata da 16 subunit (16 catene polipeptidiche diverse)

Poich lattivit biologica di una proteina legata alla sua forma tridimensionale, e questa in ultima analisi dettata dalla sua struttura primaria, la sostituzione di 1 solo AA (per mutazione nel DNA) pu portare a perdita di funzione e quindi a una situazione patologica
Anemia falciforme: lemoglobina mutata ha una Val (AA alifatico) al posto di Acido Glutammico (AA Acido); diventa meno solubile e tende a cristallizzare, deformando i globuli rossi

Le cellule deformate sono fragili e spesso si rompono; la perdita di emoglobina porta allanemia. I globuli deformati hanno difficolt a transitare nei piccoli capillari determinando vasocclusioni (con possibilit di ictus), gravi crisi dolorose, alterazioni a carico della milza. I protozoi che provocano la malaria (plasmodi) passano parte del loro ciclo vitale nei globuli rossi, ma non possono riprodursi nei globuli falciformi. Cos le persone con anemia falciforme sono piuttosto resistenti 06. Proteine_2011_2012 alla malaria.

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Proteine anomale: i prioni ed il morbo della mucca pazza

Nei prioni, una porzione di alfa-elica del prione normale si trasforma in foglietto a piani pieghettati nel prione malato. Questo pu fungere da stampo per indurre una deformazione di altri prioni sani. S. Prusiner, Premio Nobel per la Medicina 1997

Morbo di Alzheimer, morbo di Parkinson, sclerosi laterale amiotrofica, che risultano da degenerazioni nella conformazione proteica e (sembra) dalla deposizione di ammassi proteici 06. Proteine_2011_2012 (amiloidi) nelle cellule malate

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Proteine fibrose e proteine globulari

Proteine fibrose Insolubili in acqua Forma allungata Un solo tipo di struttura secondaria Funzione strutturale Cheratine (tessuti protettivi: pelle, capelli, piume, unghie) Collagene: tessuti connettivi , cartilagini, tendini, vasi sanguigni Fibroina della seta Proteine contrattili Proteine strutturali del citoscheletro Proteine globulari Solubili in acqua Catene ripiegate in forma sferica compatta Pi tipi di struttura secondaria Funzione eterogenea Enzimi Anticorpi (negli animali)

Ormoni (negli animali Proteine di trasporto e deposito Proteine di protezione e attacco (veleni)
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Nelle proteine globulari (solubili) gli aminoacidi idrofobici sono posizionati allinterno e gli aminoacidi polari allesterno

Alcuni esempi di proteine fibrose

Collagene Cheratina Fibroina 06. Proteine_2011_2012 (-foglietto)

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Le proteine possono presentare porzioni non aminoacidiche: proteine coniugate

Classe Lipoproteine Tipo di porzione non proteica Lipidi Esempio Proteine di trasporto dei lipidi nel sangue (albumina, LDL, HDL) Proteine di membrana Emoglobina, mioglobina, citocromi, emocianina

Glicoproteine Metalloproteine (Fe, Cu, Zn, ecc)

Glucidi

Il gruppo eme (si noti latomo di Fe)

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La mioglobina
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Le proteine globulari possono essere solubili (nel citosol) o associate a strutture quali pareti cellulari o membrane
Enzimi coinvolti in reazioni sequenziali del metabolismo Trasporto attraverso le membrane di sostanze idrofiliche (polari o cariche) Adesione cellulare

Recettori Ancoraggio di strutture del citoscheletro

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Le proteine hanno funzione Enzimatica (catalizzatori biologici) Strutturale (citoscheletro, collagene del connettivo, cheratina dei peli e unghie, estensina nelle pareti cellulari delle piante*) Di movimento (proteine contrattili: miosina, actina, dineina) Di trasporto a livello cellulare: di elettroni (citocromi) , di sostanze nelle proteine di membrana, o a lunga distanza: di O2 (emoglobina degli animali, lipidi (albumina del sangue, LDL e HDL) Recettori di stimoli ambientali (luce) o interni allorganismo (ormoni) Ormonale (solo negli animali: insulina coinvolta nel controllo del metabolismo degli zuccheri, ossitocina per le contrazioni del parto) Di difesa (negli animali: anticorpi contro agenti patogeni; nelle piante proteine di difesa nei confronti di MO o di animali: ricina nei semi del ricino) Regolazione delle funzioni cellulari

Funzioni delle proteine

Nei semi dei vegetali sono presenti proteine di riserva, la cui composizione AA ricca di AA piccoli e idrofobici (si impaccano senza legare acqua): importante fonte proteica ma in qualche misura sbilanciate (AA essenziali); riserva di ferro (fitoferritina)
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* NB molte proteine 42 strutturali sono proteine fibrose