Genetica di Popolazione

Una genetica dal punto di vista pi generale servir a capire come funziona la popolazione e ci premetter di stimarne le frequenze geniche. Nella genetica di popolazione tutta la popolazione viene presa in esame. Ci aiuta quindi a capire come sono distribuiti i geni nelle diverse popolazioni, quali sono i fattori mantengono e cambiano la frequenza dei geni e dei genotipi. Se io prendo la popolazione di origine veneta, attuale, e calcolo la frequenza di un qualunque gene, posso affermare che questa frequenza era valida anche nel 1800, nel 1600, nel 1200 perch invariata di generazione in generazione. Perch i geni letali si mantengono? Per definizione un gene letale dovrebbe scomparire. Nelle malattie dominanti si arrivato allequilibrio, poich perdiamo tanti soggetti malati quanti ne acquisiamo de novo. Come mai ci sembra funzionare anche per le malattie X-linked, recessive e multifattoriali? Come mai esistono differenze tra popolazioni per le malattie ma soprattutto per i polimorfismi? I polimorfismi sono le varianti innocue: un polimorfismo una variante, neutra, che apparentemente non d malattia (dato che i polimorfismi cromosomici interessano spesso regioni cromosomiche costituite da DNA ripetitivo e quindi trascrizionalmente inattivo. N.d.S), ma che per pu avere una frequenza diversa nelle diverse popolazioni. Il gruppo sanguigno pi comune 0 in Italia, B in Asia. Non ce nessun vantaggio ad avere A, B, 0. E assolutamente indifferente e innocuo. Tuttavia queste differenze ci sono, per tutte le popolazioni e per tutti i polimorfismi. Se devo studiare una malattia complessa, non posso usare persone di popolazioni diverse quando faccio lesame molecolare. Tramite la genetica di popolazione possiamo spiegare levoluzione e gli effetti di misure preventive o sanitarie.

Frequenza Genica e Frequenza Genotipica

Per frequenze geniche e frequenze genotipiche intendiamo due nozioni diverse. Esempio (ho fatto del mio meglio per renderlo comprensibile N.d.S) Partiamo con un solo gene. Tramite lanalisi dei polimorfismi, che sono le varianti neutre in cui una persona pu ad esempio avere AC ripetuto tot volte (10,11,12,13,14 etc), ovvio che avendo 2 alleli, un soggetto pu essere 11-12, 11-13, 14-15 e ciascuno di questi alleli avr una certa frequenza nella popolazione. Se io prendo tot individui e conto quanti hanno 10, 11, 12 ripetizioni io sapr qual la probabilit a priori che un individuo nella popolazione abbia un allele 10, 11 o 18. Facciamo finta di avere un unico gene che ha 2 alleli: A (grande) e a (piccolo). In questo caso non posso distinguere il fenotipo secondo il numero di ripetizioni ma possiamo distinguere chi AA (omozigote dominante) Aa (eterozigote) aa (omozigote recessivo). Frequenza genica la frequenza nella popolazione di A grande e a piccolo. Frequenza genotipica la frequenza nella popolazione degli omozigoti dominanti (AA), recessivi (aa) e eterozigoti(Aa). Facciamo finta di riuscire a riconoscere il genotipo dei soggetti presi in esame.

 La frequenza genotipica il numero di persone che hanno un determinato genotipo del totale della popolazione. AA/(AA+Aa+aa) Aa/(AA+Aa+aa) aa/(AA+Aa+aa) Le frequenze vengono sempre descritte in un intervallo compreso tra 0 e 1, e non sono mai espresse in percentuale. La somma di tutte le frequenze deve dare 1.

La frequenza genica la frequenza dei due alleli, A grande e a piccolo, nella popolazione. Il denominatore sar costituito dalla popolazione moltiplicata per 2, visto che ogni persona possiede due alleli. Ammettiamo di avere 10 AA 30 Aa e 15aa. Il denominatore sar (10+30+15)x2=110. Gli omozigoti dominanti (AA) possiedono 2 alleli A grande. Gli eterozigoti (Aa) ne possiedono uno soltanto. Di conseguenza il numeratore, che consiste degli alleli presenti tra omozigoti dominanti ed eterozigoti sar (10x2)+30=50. Gli omozigoti recessivi (aa) possiedono 2 alleli a piccolo. Gli eterozigoti (Aa) ne possiedono uno soltanto. Il numero di alleli a piccoli presenti tra omozigoti recessivi ed eterozigoti sar: (15x2)+30=60. Questa procedura la utilizziamo perch noi siamo in grado di distinguere perfettamente il fenotipo. Per trovare la frequenza genica dobbiamo moltiplicare 2 volte la frequenza di A grande pi la frequenza di Aa tutto diviso per 2, perch abbiamo contato entrambi gli alleli. p(A)=(2F(AA)+F(Aa)/2 dove F sta per la frequenza genotipica

Per trovare la frequenza di a piccolo o facciamo lo stesso processo, oppure sottraiamo il valore della frequenza di A grande a uno, 1-p(A)=q(a). Allesame non verr mai fuori come risultato di un calcolo un numero con pi di una, massimo due cifre decimali.

Legge Di Hardy-Weinberg
Nel 1908 due ricercatori, un matematico (Hardy) e un oculista (Weinberg) svilupparono in maniera indipendente questa legge, che dice che se vengono rispettate determinate condizioni le frequenze geniche non si modificano di generazione in generazione. Fecondazione casuale tra uova e spermatozoi di salmoni prelevati da un allevamento e immersi e mescolati in una vasca da bagno. La frequenza genica di A grande la chiamiamo p (p sempre lallele A grande o quello pi frequente) e lallele a piccolo q. Nella popolazione l80% alleli A grande, mentre a piccolo sar 0,20. Nelle uova, segregando, la

frequenza di A grande sar p, la frequenza di a piccolo sar q. Cos come gli spermatozoi, dove uno 0,80 sar p, e uno 0,20 sar q. A p a q questa sar la distribuzione nei figli: A p P2 pq p2 + 2pq + q2 = (p+q)2

pq

q2

I due ricercatori hanno solamente detto che se abbiamo una determinata frequenza in una popolazione iniziale e lincrocio completamente casuale, nella generazione successiva le frequenze geniche restano costanti. Se non c qualcosa che impedisca un accoppiamento casuale, o panmissia, le frequenze geniche restano uguali. Oggigiorno non ci sono limitazioni di casta, limitazioni culturali o obbligo di consanguineit. In passato non cerano incroci casuali dovuti alle limitazioni per gruppi etnici, religiosi e culturali. Laccoppiamento casuale potrebbe non esistere per una popolazione piccola, ad esempio in un isolato geografico, che sar quindi dotata di un tasso di consanguineit. Affinch gli incroci siano casuali necessario che la popolazione presa in esame sia sufficientemente grande. i gameti si devono unire casualmente e le frequenze restano costanti. la frequenza di A nei gameti maschili sar la frequenza genica di A, nei gameti femminili sar la frequenza genica di A e la frequenza genica di A nei maschi e nelle femmine sar uguale. la somma di frequenza genica di A grande e a piccolo uguale a 1 sia per maschi che femmine. la probabilit che si incrocino sar uguale al prodotto delle 2 probabilit: p2 + 2pq + q2 lo sviluppo quadratico di p+q ed sempre uguale a 1 di generazione in generazione resteranno costanti. Normalmente, lo studio di questi alleli viene studiato per le malattie. Essendo piccola la frequenza di q (q 0,01), noi per comodit consideriamo p=1. Ammettiamo di avere una malattia, in cui non riesco a distinguere il fenotipo, una malattia autosomica recessiva, quindi una malattia che nella popolazione mi dar p2 + 2pq di individui sani e q2 di soggetti malati, ovvero gli omozigoti aa. Se io so che la frequenza della malattia 1/6400 nella popolazione, e corrisponde a q2, la 1/6400 sar uguale a q. Quindi q sar 1/80, mentre la frequenza di p sar 79/80. Nella popolazione i portatori sani saranno 2x(1/80)=1/40. (Abbiamo assunto che p, ossia 79/80 sia uguale a 1: i portatori sani corrispondono a 2pq, quindi a 2x1x1/80 N.d.S) I geni malati si mantengono grazie al grande serbatoio costituito dai portatori sani, mentre i malati

sono pochissimi. In una malattia con una frequenza di 1/62500, la frequenza di q sar 1/250, e la frequenza del portatore sano sar 1/125. Non c paragone tra rarit della malattia e frequenza delleterozigote, perche gli eterozigoti sono molti di pi di quello che pensiamo per il problema dello sviluppo quadratico. Anche le malattie molto rare non riusciranno a scomparire. Per dimezzare la frequenza della fibrosi cistica serviranno 600/700 generazioni. Essendo la popolazione mondiale circa 6 miliardi di abitanti, le frequenze geniche si sono stabilizzate. La legge di Hardy-Weiberg ci consente conoscendo la frequenza di una malattia, conoscere la frequenza del portatore sano. Se io fossi eterozigote per una condizione e vorrei sapere qual il rischio di sposare un altro eterozigote, tramite Hardy-Weinberg posso calcolare quale sia il rischio di avere un portatore nella popolazione.

PROBABILITA DI ETEROZIGOSITA.
Recentemente utilizzato anche in biologia molecolare. Se io ho un marcatore di 10 alleli con frequenza 0,1, e poi un altro con 10 alleli ma frequenza diversa (la somma delle frequenze deve sempre fare 1! N.d.S.) ,devo utilizzare il marcatore che possiede la maggior probabilit di eterozigosit. Se io facessi un test con un allele in cui tutte le persone sono 11-11 e lo utilizzassi, non avrei alcuna informazione perch ogni persona sottoposta al test sarebbe colpevole. Leterozigosit la proporzione di persone che sono eterozigoti. Dobbiamo trovare la frequenza degli eterozigoti. (p+q+r+s+t+u+v+z+x+y)2 = p2+q2+r2+s2+..+y2+2pq+2pr+2ps+ Per leterozigosit basta calcolare 2pq+2pa+2pr+ La vera regola, visto che la somma dovr essere 1, baster fare 1-( p2+q2+r2+s2+..+y2) Usando il marcatore 1, che ha tutti e 10 gli alleli con frequenza 0,1, avr 1-(0,1)2x10=0,9. Il 90% della popolazione sar eterozigote per quel marcatore. Usando il marcatore 2, sar 1-0,145=0,855. Marcatore1 Marcatore2 Allele 10 Allele 11 Allele 12 Allele 13 Allele 14 Allele 15 Allele 16 Allele 17 Allele 18 Allele 19 p q r s t u v z x y 0,1 0,1 0,1 0,1 0,1 0,1 0,1 0,1 0,1 0,1 0.2 0,05 0,05 0,2 0,05 0,05 0,2 0,05 0,05 0,1

Domanda: Qual la proporzione di eterozigoti con p=0,3, q=0,5, r=0,2, s=0,2? Risposta:La somma delle frequenze non d 1.

Variazioni che modificano la legge di Hardy-Weinberg

1. mancanza di incroci casuali (no panmissia) Le eccezioni allincocio casuale sono: stratificazione: persone che sono divise per classi sociali e tenderanno a sposarsi fra loro (dipende dal numero, perch se i numeri fossero molto grandi avremo frequenze diverse nelle varie classi sociali.) consanguineit 2. popolazione finita, piccola Quando la popolazione infinita, abbiamo di conseguenza la panmissia. Una popolazione infinita quando sufficientemente grande e non ci sono limitazioni di movimento. 3. isolato geografico/socio-culturale. 4. mutazioni Una mutazione qualcosa di molto raro. Va bene se fossimo popolazione molto piccola. Pu avere qualche effetto se c fattore di selezione (un valore adattativo), se un carattere favorisce quelle persone, esse avranno pi figli e quindi quei geni sopravviveranno. La selezione naturale che lavora sui fenotipi. In un isola ci sono delle formiche con un gene che d ali vestigiali, non sufficienti per volare. Ogni tanto per, siccome si riproducono tanto, c una mutazione che permette a una formica ogni cento di riuscire a volare. Saluta le amiche e gli uccelli la mangiano. La selezione completamente sfavorevole. Cambia il clima, inizia a piovere molto. Acqua sul terreno. Quelle con le ali vestigiali si mettono sugli alberi ed iniziano ad avere figli. Ogni tanto c una mutazione inversa che rende le ali vestigliali, e la formica che non riesce a volare va gi nellacqua e muore. Cambia il clima e le parti si invertono di nuovo. Non sono i geni, ma il fenotipo che ne risulta che deve fare i conti con lambiente. Dipende da carattere. Se un carattere d pi figli, quel gene sopravvive. Nella popolazione veneta i fattori che possono cambiare le frequenze geniche non saranno le mutazioni, perch una mutazione nella regione Veneto ininfluente. La mutazione per un fattore evolutivo. 5. migrazione La legge di Hardy-Weinberg tiene conto della migrazione se c panmissia. Ogni popolazione porta i suoi geni, contribuisce per la frequenza genica e per il numero di gameti e si arriva allequilibrio nel giro di una generazione. Avr una nuova frequenza che si manterr costante nel tempo. Se le frequenze geniche sono diverse tra le popolazioni chiaro che ogni popolazione porter dei geni. Dipende da quanto si mescolano. Se si mescolano avremo alla generazione successiva una frequenza diversa e poi ci sar panmissia.

Si creer un equilibrio definito dalla formula: (formula che non ha chiarito a lezione ma solo fatta vedere dalle slide senza soffermarsi ma presente su Genetica Medica di Clementi N.d.S) [(1-m)pr+mpi=pr1] m=proporzione dei geni immigrati r=proporzione dei geni residenti pr1=frequenza genica alla prima generazione Se non si mescolano noi possiamo ricavarci le frequenze di ogni popolazione. Nella popolazione afroamericana la frequenza di geni bianchi il 30%

Deriva Genica
(Definizione tratta dal libro Genetica Medica di Clementi: La deriva genetica dovuta allesito di fluttuazioni casuali in popolazioni finite che possono portare a scomparsa (p=0) o fissazione (p=1) di un allele. Per effetto del caso un allele pu essere trasmesso alla generazione successiva con una frequenza diversa dal 50% teorico e i gameti che ne risultano non sono pienamente rappresentativi della frequenza genica parentale. N.d.S) Pi piccola la popolazione pi facile che si arrivi a cancellare un allele, per caso. Non perch sia deleterio ma perch non viene trasmesso. Io sono A0 come gruppo sanguigno e trasmetto A, mia moglie A0 e trasmette A, e lo zero scompare, per caso allinterno di un ristretto numero di individui. Se invece i numeri sono sufficientemente grandi, pian piano ci si fissa perch le generazioni aumentano e con esse le popolazioni, ma le frequenze geniche saranno leggermente diverse. Negli studi bisogna stare attenti i controlli, perche per ogni popolazione ci saranno delle variazioni normali che vanno sotto il nome di deriva genetica.

Collo di Bottiglia
Noi siamo una popolazione mista rappresentata da palline rosse, bianche e nere. Avviene una calamit naturale e muoiono tutti quanti. Questa popolazione, che era inizialmente mista, avr una prevalenza in quanto sopravvivranno per caso solamente degli individui ad esempio con il polimorfismo rosso e qualcuno con quello bianco. Non perch questi polimorfismi davano un vantaggio per la sopravvivenza nel caso di calamit, ma solo per un caso fortuito.

Effetto Fondatore
Io sono un missionario, vado in Africa e mi accoppio con molte donne. Ma ho un gruppo sanguigno molto strano, un marcatore. E ovvio che in quella regione quellallele avr una frequenza maggiore perch l c stato il fondatore, il primo. Per la fibrosi cistica c una mutazione, la pi frequente, chiamata F508 che colpisce il 90% delle popolazioni nordeuropee. sta per delezione, F sta per fenilalanina in posizione 508. In questa posizione ci sono alcune variazioni, alcuni snip, tanto vicini alla mutazione che difficilmente possono venir tagliati da un crossing over che sono caratteristici, presenti in tutti i

malati di fibrosi cistica. Da questi snip si risaliti a un tedesco, vissuto circa 10000 anni fa, e tutti coloro che possiedono questa mutazione, derivano per questo pezzettino da questa persona. Leffetto fondatore esiste per alcune patologie, chiuse in alcune popolazioni che hanno delle mutazioni molto simili. Come ad esempio la fibrosi cistica in Finlandia e la -Talassemia in Sardegna. Tramite le mutazioni possiamo risalire al fondatore che era affetto. Cerchiamo dei marcatori genetici, dei polimorfismi tipo lAC ripetuto, e sappiamo che una prima persona lha data ai suoi figli. Se poi vicino a questo marcatore ce n un altro, perch intervenuto a un certo punto, in una generazione. Iniziamo a riconoscere un soggetto perch ha due marcatori vicini e i suoi figli ce li avranno. I figli potranno avere ancora altri marcatori. Possiamo distinguere quali sono i figli e fare una divisione di generazioni e tentare di risalire a quando sono state fatte queste mutazioni.

Sono razzista ma cerco di smettere

Studi italiani sulla variabilit tra individui da tutto il mondo, hanno dimostrato che la maggior parte della variabilit non era tra popolazioni in generale ma tra popolazioni di uno stesso continente. Soltanto una piccola differenza c tra popolazioni di continenti diversi. Sul totale della variabilit, la maggior parte si trova tra persone della stessa popolazione o dello stesso continente e una piccola quota dovuta a differenze tra popolazioni diverse. Pensavano che avrebbero abolito il razzismo ma non tenerono conto che la maggior parte della diversit socioculturale. Studi hanno dato risposte su come si distribuiscono le mutazioni, e sono riusciti a dimostrare come sono avvenute levoluzione e le migrazioni. Alcune mutazioni sono state determinate dallambiente.