Biologia de Sistemas

Prof. Amanda Mendes

Definio
Biologia de Sistemas compreende o estudo das funes biolgicas e mecanismos, que sustentam mecanismos inter- e intracelulares, por meio de abordagens dos sinais e sistemas.

Mapa de Referncia

Abordagens
Investigao dos componentes da rede celular e suas interaes Aplicaes de experimentos e tcnicas de estudo de genomas completos Integrao de mtodos computacionais e tericos com os esforos experimentais

Objetivo
Criar modelos de rotas metablicas Os modelos so capazes de: Elucidar as propriedades das rotas Verificar a confiabilidade de pressupostos bsicos Descobrir onde necessita-se mais conhecimento e requerimentos para a explicao Criar repositrio de conhecimento corrente

Integrao dos dados

Sequenciamento de diversos genomas Monitoramento da Expresso gnica Descoberta das interaes protena-protena

Construo do Modelo Metablico

Coleo de reaes e enzimas

KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)

Ferramenta de bioinformtica para entidades celulares e processos; Foco nos componentes do sistema e interaes de biologia de sistemas Contedo
Genes, protenas, metablitos

Rotas
Classificao hierquica Referncias bibliogrficas

Contm dados de muitos organismos

Organizao do KEGG
LIGAND PATHWAY BRITE GENES ATLAS GLYCAN DISEASE DRUG Metablitos, drogas, reaes Rotas desenhadas manualmente, rotas especficas, modelos Hierarquia funcional (Ontologia) Genes, genomas, ortlogos Visualizao global dos dados das rotas Coleo de fontes de glicanos relacionadas no KEGG Coleo de fontes de doenas relacionadas no KEGG Coleo de fontes de drogas relacionadas no KEGG

Mapa de Referncia
uma coleo de genes/ enzimas sobre todos os organismos relacionados a algum processo. Ex. gliclise. O diagrama mostra para a rota selecionada se o gene/enzima existe para o organismo selecionado.

ENZYME
ENZYME um repositrio de informao relativa nomenclatura das enzimas. Ele baseado nas recomendaes do Comit de Nomenclaturada Unio Internacional de Bioqumica (IUBMB) e descreve cada tipo deenzima atravs de um nmero de EC (Enzyme Commission), provido pelo usurio.
EC 1.X.X.X Oxidoreductases EC 2.X.X.X Transferases EC 3.X.X.X Hydrolases EC 4.X.X.X Lyases EC 5.X.X.X Isomerases EC 6.X.X.X Ligases

LYGAND
LIGAND um banco de dados composto, integrado ao KEGG, que consiste das seguintes bases de dados :
COMPOUND - coleo de compostos qumicos relacionados a vrios processos celulares REACTION - coleo de reaes, principalmente enzimticas, envolvendo os compostos da base de dados mencionada acima ENZYME - banco de dados classificado atravs da nomenclatura enzimtica.