Naci en Puerto Cabello, Venezuela, Imperio espaol, el 19 de julio de 1800.

Su madre fue Rita Flores, mulata natural de Puerto Cabello, y se sabe que su padre fue Juan Jos Aramburu, rico comerciante vasco. Participa en el ejercito espaol, en cuyas filas se inicio como militar, seguramente distinguiendose por su valenta y sagacidad. Pronto rectific sus pasos y se enrol en las filas patriotas para luchar por la independencia de su patria. Lleg a ocupar los puestos ms destacados en la vida militar y poltica nicamente por sus capacidades notables, su heroicidad, lealtad y talento. Muy estimado por sus superiores, especialmente por Simn Bolvar, los ascensos no se hicieron esperar. A los 23 aos de edad fue ascendido a Coronel y designado Comandante General de Pasto, donde a la sazn imperaba el monarquismo espaol. En 1824, llego al Ecuador en calidad de Comandante General del Ejrcito. Al ao siguiente regres a Pasto con la misin de pacificarla; pues se encontraba convulsionada debido a la inconformidad de sus habitantes. Logr dominar la situacin valindose de adulaciones y sagaces concesiones antes que de persecuciones y matanzas. Regres al Distrito del Sur (Ecuador) de la Gran Colombia en calidad de Prefecto Departamental del Distrito del Sur (Ecuador), primero, y Prefecto de Distrito del Sur (Ecuador), despus.

Era inteligente, afable, liberal, chanceador. Caa bien. Los modelos polticos de su juventud fueron la Revolucin Francesa, la Democracia Usamericana, el Parlamentarismo Ingls entrevistos en el trato con Bolvar y los generales Ingleses de la Independencia. Contrajo matrimonio con una dama de la aristocracia Quitea, Mercedes Jijn, lo que le facilit su preeminencia social y poltica. Con mano frrea logr disciplinar a sus propios camaradas, que respaldados en el poder de las armas, cometan exaltaciones y desmanes que asustaban a la poblacin. Los robos, asesinatos, violaciones, y sublevaciones fueron sofocados a balazos. Durante los aos 1828 y 1829 tuvo una brillante participacin en la defensa de los derechos territoriales del Distrito del Sur (Ecuador) de la Gran Colombia, frente a las pretensiones del Per. Contribuy con su pericia militar al triunfo de Tarqui, lo que le vali el ascenso al grado de General de Divisin. Hombre de poqusimas letras, al enrolarse en la vida poltica y social se autoeduc hasta dominar varios ramos de saber y perfeccionarse en el arte de la oratoria y la escritura. Tuvo por maestro de su educacin continua a su compadre, el poeta Jos Joaqun Olmedo. La Universidad Central de Quito le concedi un doctorado honoris causa. La fragmentacin de un pas sin identidad nacional unitaria lo empuj al caudillaje. Su hbitat natural eran sus camaradas militares de Colombia, Venezuela, adems de los europeos q. lucharon en la gesta libertadora. Su deuda social era con la familia de su esposa. En 1830 lleg a la cumbre de su vida poltica y carrera militar al ser nombrado primer Presidente del Ecuador. Este cargo lo desempe en tres oportunidades hasta que en 1845 fue obligado a salir del pas luego de la derrota que sufri en la Revolucin del 6 de marzo. Volvi en 1859 y sirvi en las campaas contra el Per y en la guerra civil al mando del presidente Gabriel Garca Moreno. Muri en 1864 en las campaas militares que se desarrollaban en el Golfo de Guayaquil. Luego de su exilio poltico el General Juan Jos Flores tuvo un sueldo vitalicio por sus responsabilidades ejercidas en las presidencias. Trajo a un afamado ingeniero Sebastin Wisse , para que fuera profesor de Ciencias exactas en el colegio San Vicente de Guayaquil , creado por l.

Disolucin de la Gran Colombia

Las ambiciones de grupos de inters locales persuadieron a Flores de conspirar contra Bolvar y provocar la secesin del departamento del Sur. Casi al mismo tiempo, el general Jos Antonio Pez en Venezuela conspiraba por igual. A los pocos meses de la separacin de Venezuela, los Departamentos del Distrito del Sur (Departamento de Ecuador, Departamento de Guayaquil y Departamento de Azuay) se declararon estado independiente con el nombre de "Estado de Ecuador", asumiendo Flores la presidencia de la nueva nacin el 13 de mayo de 1830. Cabe recalcar que la Presidencia del Ecuador estaba destinada para el Mariscal Antonio Jos de Sucre, asesinado en Berruecos durante el turbulento perodo de separacin. Flores fue acusado de estar detrs del asesinato, pero estas dejaron de tener importancia al no poder ser comprobadas y al responsabilizarse del crimen al general colombiano Jos Mara Obando. Cabe anotar, sin embargo, que Sucre prefiri viajar a Bogot, al Congreso Admirable, que quedarse en Ecuador en donde se haba convocado una constituyente en la ciudad de Riobamba.

Guerra con Nueva Granada

Meses despus las provincias de Pasto, Popayan y Buenaventura se haban incorporado voluntariamente al Ecuador. El Presidente Juan Jos Flores, luego de mandar guarniciones a Pasto, visit esas ciudades, donde expidi un decreto en que declaraba incorporado el Cauca al Ecuador. El Congreso Ordinario de 1831 declar oficialmente la incorporacin del Departamento de Cauca al Ecuador. El 22 de julio de 1831 Nueva Granada (Colombia) de manera insistente reclamaba la devolucin de este Departamento al Ecuador y ste mantena su negativa, fue ahondndose una difcil situacin para ambos pases. El General Jos H. Lpez, se sublev en Popayn en favor de Nueva Granada y se entabl un enfrentamiento militar entre el ejrcito Ecuatoriano dirigido por Flores y el Granadino, comandado por Jos Mara Obando. A pesar de sus dotes militares Flores no pudo triunfar porque el frente interno de Ecuador se debilit debido a los levantamientos de Ambato y Latacunga en contra del Gobierno de Flores. Los soldados ecuatorianos triunfaron en algunos combates, pero la falta de abastecimientos los hizo doblegar, a ms de esto hubo traicin tanto de oficiales como de tropa del batalln Quito, lo que determin que la ciudad de Pasto cayera en poder de los soldados de Nueva Granada. Ante esta situacin Flores celebr un Tratado de paz y lmites con Nueva Granada en la ciudad de Pasto el 8 de diciembre de 1832, fijndose el ro Carchi como lmite fronterizo entre ambos Estados dejando pendiente la decisin sobre los puertos de la Tola y Tumaco, en la provincia de Buenaventura. El Tratado de Pasto tan solo dio lmites a una parte de la frontera, no as al resto del territorio del Ecuador que vino a demarcarse posteriormente con Colombia.