UNIVERSIDADE FEDERAL DE MATO GROSSO CAMPUS UNIVERSITRIO DO ARAGUAIA CURSO DE LICENCIATURA PLENA EM FSICA

ESTUDO DE CLCULOS SEMIEMPRICOS USANDO UM DERIVADO DA PROTENA AMARELA FOTOATIVA

CLEVERSON ALVES DA SILVA MOURA

Pontal do Araguaia, 2010

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Cleverson Alves da Silva Moura

ESTUDO DE CLCULOS SEMIEMPRICOS USANDO UM DERIVADO DA PROTENA AMARELA FOTOATIVA

Trabalho de Concluso de Curso para obteno do Grau de Licenciado em Fsica pela UFMT Universidade Federal de Mato Grosso, campus do Pontal do Araguaia. Orientador: Prof. Dr. Josmary

Rodrigues Silva.

Pontal do Araguaia, 2010

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Cleverson Alves S. Moura

CLCULOS SEMIEMPRICOS APLICADOS A UM DERIVADO DA PROTENA FOTOATIVA AMARELA

Monografia apresentada como pr-requisito para obteno do ttulo de Licenciado em Fsica da UFMT - Universidade Federal de Mato Grosso, campus do Pontal do Araguaia, submetida aprovao da banca examinadora composta pelos seguintes membros:

__________________________________________________________ Prof. Dr. Josmary Rodrigues Silva

__________________________________________________________ Prof. Dr. Adellane Arajo Sousa

__________________________________________________________ Prof. Dr. Nara Cristina de Sousa

Julgado em: __/__/__.

Nota:

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Dedico a Todos que Contriburam nesta Jornada

AGRADECIMENTOS Agradeo...
A minha Famlia que tanto me ajudou durante toda a minha vida: o que sou e o que sei devo a ela. Aos Professores, Dr. Josmary Rodrigues Silva e Dr. Nara Cristina de Sousa, por terem acreditado em minha capacidade e terem me dado um voto de confiana ao me aceitarem no Grupo de Materiais Nanoestruturados. Ao Prof. Maurcio Godoy, pela oportunidade que me proporcionou ao me aceitar como orientando de iniciao cientifica em 2008. A Prof. Rosngela Borges Pereira, por ser a professora que , sempre fazendo ns nos esforarmos ao mximo e sempre estando disposta a nos ajudar. Aos professores Dr. Adellane Arajo de Sousa, Dr. George Barbosa da Silva, pelos vrios anos de ensinamentos e compreenso. Aos amigos que infelizmente no chegaram junto conosco, mas fica minha torcida. Aos churrascos com a galera que tiveram um papel fundamental nos dias que agente no agentava mais estudar. A todos os momentos que tive desde que entrei neste curso, e apenas digo que, tudo termina bem, quando tudo acaba bem.

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Sonha e sers livre de esprito... luta e sers livre na vida.

CHE GUEVARA

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RESUMO

A protena fotoativa amarela (photoactive yellow protein - PYP) um fotorreceptor de luz azul que pode ser fotoexcitado produzindo fotociclos de isomerizao. Um de seus cromforos o cido desprotonado p-cumrico (pCA) ligado covalentemente ao grupo original da protena cistena atravs de uma ligao tioster. A fim de estudar mtodos semiempricos, realizamos clculos de propriedades fsicas do cromforo cido p-cumrico usando o software WinMOPAC.

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ABSTRACT

Photoactive yellow protein (PYP) is a blue-light photoreceptor that can, upon photoexcitation, producing isomerization photocycles. One of its chromophores is the deprotonated transcoumaric acid (pCA) covalently linked to the unique cystein group of the protein via a thioester bond. In order to study semiempirical methods, we have performed semiempirical calculations of physical properties of the p-coumaric acid (pCA) chromophore with the WinMOPAC software.

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SUMRIO

LISTA DE FIGURAS .............................................................................................................. 12 LISTA DE ABREVIATURAS E SIGLAS .............................................................................. 13 1. INTRODUO .................................................................................................................... 12 2. OBJETIVOS ......................................................................................................................... 13 3. FUNDAMENTAO TERICA ....................................................................................... 14 3.1 Equao de Schroedinger .............................................................................................. 14 3.2 Mtodo de Hartree-Fock ................................................................................................ 14 3.3 Mtodos semiempricos ................................................................................................. 15 3.4 Aproximaes MNDO .................................................................................................... 16 3.5 Resumo das principais caractersticas dos mtodos ab initio e semiempiricos ............ 16 4. METODOLOGIA................................................................................................................. 17 4.1 ChemSketch 12.0 ........................................................................................................... 17 4.2 WinMOPAC 7.21 .......................................................................................................... 17 4.3 Procedimento Geral para o Clculo de Estrutura Eletrnica ......................................... 18 4.4 Procedimentos de clculo neste trabalho ....................................................................... 18 5. RESULTADOS E DISCUSSO ......................................................................................... 20 6. CONCLUSO ...................................................................................................................... 22 REFERNCIAS ....................................................................................................................... 23

LISTA DE FIGURAS

Figura 1 - Protena fotoativa amarela com a ampliao do cido p-cumrico;

Figura. 2 - Fotoabsoro e isomerizao do pCA. representa o progresso de isomerizao;

Figura. 3 - Janela do ChemSketch mostrando o desenho da estrutura molecular do pCA com formato de arquivo de extenso .sk; Figura. 4 - Janela do ChemSketch no modo 3D viewer mostrando o desenho da estrutura molecular do pCA. A partir dessa janela gravamos o arquivo com extenso .mop; Figura. 5 Janela de matriz inicial do WinMOPAC mostrando a matriz que representa a estrutura molecular do pCA; Figura. 6 - Janela de configurao do WinMOPAC.

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LISTA DE ABREVIATURAS E SIGLAS

AM1 - Austin method 1; BFGS - Broyden-Fletcher-Goldfarb-Shanno; DFP - Davidon-Fletcher-Powell ; DFT - Density-Functional Theory EF - Eigenvector Following; IUPAC - International Union of Pure and Applied Chemistry; MNDO - Modified Neglect of Diatomic Overlap Method; MINDO/3 - Modified Intermediary Neglect of Diatomic Overlap Method / 3; NLLSQ - Non-Linear Least Squares; pCA p-Acid Coumaric; PM3 - Parametric Method 3; PYP - photoactive yellow protein; RHF - Restricted Hartree-Fock; UHF - Unrestricted Hartree-Fock; WinMOPAC - Molecular Orbital Package for Windows; HF - Hartree-Fock

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1. INTRODUO Ao procurar por uma srie de organismos para diferentes tipos de citocromos Terry Meyer, da Universidade do Arizona, descobriu uma frao de cor amarela que no parecia estar relacionada com qualquer outro grupo de protenas coloridas conhecidas at ento. Em seguida, ele nomeou a molcula por sua cor, protena amarela [1]. Na sequncia da pesquisa, Terry Meyer em conjunto com Gordon Tollin colocou a protena amarela em um aparato de fotlise de pulso e descobriu que a nova protena mostrava uma sequncia de alteraes transitrias nos espectros de absoro, ou seja, ocorreu um foto ciclo, que uma caracterstica biolgica de sensores de luz, tais como a rodopsina sensorial. Aps essa descoberta, eles renomearam a protena para protena fotoativa amarela ou (photoactive yellow protein, PYP) [2]. O PYP um pequeno fotorreceptor citoslico responsvel pela resposta fototxica negativa de seu organismo hospedeiro o Ectothiorhodospira Halophila, ou seja, resposta em forma de energia mecnica em sentido oposto a incidncia de luz. A PYP consiste de uma cadeia polipeptdica de 125 resduos e tem um peso molecular de apenas 14 KD [2], sendo esta solvel em gua (Fig. 1). A disponibilidade de informao estrutural para seus diferentes estados funcionais, combinada com um fotociclo relativamente simples, a torna ideal para o estudo detalhado em laboratrio da deteco de luz biolgica e, tambm, da relao da mudana estrutural para a funo da protena. Neste trabalho, escolhemos trabalhar com o cido p-cumrico (pCA) que um dos cromforos da PYP, sendo esse o responsvel pelo movimento da bactria Ectothiorodospira halophila, pois ao se incidir ftons de luz azul (450 nm), ele altera sua conformao geomtrica, causando assim o movimento em sentido oposto ao gradiente de luz azul. Ao incidirmos ftons no pCA, inicia-se um processo fotocclico (Fig. 2) do qual o cromforo parte de um estado fundamental iniciando o processo de absoro de ftons. Na seqncia, o cromforo vai para um estado excitado, onde ele sofre uma isomerizao trans para cis, chegando a um estado de desdobramento parcial, a partir da o cromforo passa por um estado de relaxao retornando ao estgio inicial, para assim poder repetir o processo se incidirmos mais ftons [3].

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Fig. 1 Protena fotoativa amarela com a ampliao do cido p-cumrico.

Fig. 2 Fotoabsoro e isomerizao do pCA. representa o progresso de isomerizao, figura retirada da referencia [4]

2. OBJETIVOS Os principais objetivos deste trabalho foram: i) aprender a desenhar estruturas moleculares usando o programa ChemSketch, ii) estudar mtodos de clculo semiempricos de propriedades moleculares utilizando o software livre WinMOPAC 7.21 e iii) aplicar os mtodos aprendidos para o clculo das propriedades fsicas do cromforo fotoisomerizvel pCA. Esse cromforo foi escolhido devido a suas propriedades pticas de interesse cientfico e porque uma molcula pequena, tornando os clculos possveis em um pequeno intervalo de tempo.

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3. FUNDAMENTAO TERICA 3.1 Equao de Schroedinger Para obter qualquer propriedade de uma molcula atravs do clculo de estrutura eletrnica, temos que resolver a equao de Schrdinger: (1)
sendo H o operador hamiltoniano, a funo de onda total do sistema e E a energia total do sistema. A funo de onda contm tudo que podemos saber sobre o sistema. A hamiltoniana para uma molcula escrita como:

(2)

O primeiro termo da equao representa a energia cintica dos eltrons, o segundo a energia cintica dos ncleos, o terceiro o potencial de eletrosttico de atrao eltron-ncleo, o quarto o potencial eletrosttico de repulso entre os eltrons e o quinto o potencial de repulso dos ncleos. O smbolo me representa a massa do eltron e mA a massa do ncleo.

3.2 Mtodo de Hartree-Fock

Sabe-se que a equao de Schrdinger s tem soluo analtica para sistemas simples como o tomo de hidrognio ou tomos hidrogenoides [5]. Entretanto, existem duas estratgias para resolver aproximadamente a equao de Schroedinger: clculos usando mtodos ab initio ou semiempricos [6]. Mtodos ab initio levam em conta apenas constantes fundamentais, enquanto os semiempricos consideram parmetros experimentais. O ponto de partida terico para os dois tipos de clculo (ab initio e semiemprico) o mtodo de Hartree-Fock (HF). Neste mtodo, assume-se que um sistema de N eltrons possa ser descrito como a soma de N sistemas de um eltron que se move num campo gerado pelos ncleos estacionrios e num campo mdio resultante da distribuio espacial de todos os outros eltrons. Assim, o problema reduz-se ao problema de N eltrons independentes. Na teoria de HF, as interaes de cada eltron com os outros N 1 so reduzidas a um potencial mdio V(r), que depende s das suas prprias coordenadas [9]. Alm disso, a funo de onda do sistema escrita como um determinante chamado de determinante de Slater, que leva em conta o princpio de excluso de Pauli [7].

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Para o caso onde as camadas eletrnicas da molcula ou tomo esto incompletas, devem-se utilizar a verso no restrita do mtodo de Hartree-Fock (UHF), onde a energia calculada considerando todos os orbitais ocupados com apenas um eltron. Se todas as camadas da molcula estiverem ocupadas com dois eltrons, neste caso deve-se utilizar a verso restrita do mtodo de HF (RHF) [9].

3.3 Mtodos semiempricos Os mtodos semiempricos ou paramtricos pretendem encontrar solues aproximadas para a equao de Schrdinger associando parmetros empricos e restries matemticas mais drsticas do que aquelas utilizadas em mtodos ab initio [5]. Essas restries, em geral, no so bem fundamentadas teoricamente, porm essa limitao compensada pelos parmetros ajustveis que aparecem no formalismo semiemprico. Esses parmetros so variados at que se reproduzam, o mais prximo possvel, os resultados experimentais. Em consequncia das simplificaes e da substituio de termos difceis de calcular por outros mais fceis, os mtodos semiempricos so computacionalmente muito mais baratos do que os mtodos ab initio. Hoje em dia, os mtodos semiempricos podem ser utilizados em sistemas com milhares de tomos sem muitos problemas [8]. Esses mtodos so adequados ao clculo de energias de ligao, onde os mtodos ab initio falham. Os mtodos paramtricos baseiam-se na escolha de parmetros semiempricos e do melhores resultados do que os mtodos ab initio, pois a escolha criteriosa desses parmetros permite compensar, em parte, os erros associados energia de correlao [9]. Entre os mtodos mais utilizados, destacam-se: AM1 (Austin method 1), MINDO/3 (Modified Intermediary Neglect of Diatomic Overlap Method / 3), PM3 (Parametric Method 3) e MNDO (Modified Neglect of Diatomic Overlap Method), sendo esse ltimo utilizado neste trabalho. Muitos resultados que h alguns anos s podiam ser obtidos por mtodos semiempricos hoje podem ser alcanados por mtodos ab initio [9]. Ento, precisamos nos perguntar se realmente precisamos desses mtodos, pois grandes avanos ocorrem rapidamente na capacidade computacional facilitando o uso dos mtodos ab initio. Entretanto, em sistemas grandes, com milhares de tomos, os mtodos semiempricos ainda so muito eficientes (custo computacional baixo e exatido) e tendem a ser cada vez mais utilizados no devendo assim se tornar defasados diante de clculos DFT ou ab initio.

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3.4 Aproximaes MNDO O MNDO um mtodo de carter semiemprico, sofisticado, autoconsistente e parametrizado para se estudar reaes e geometrias moleculares. A energia total escrita como a soma da em energia eletrnica e as repulses dos tomos A e B:

entre os ncleos

(3)

A energia eletrnica Eel obtida pelo mtodo MNDO dada pela seguinte equao:

(4)

onde Pv so elementos de matriz de ordem de ligao e Hv do hamiltoniano. O calor de formao molecular CF ser dado por:

(5)

onde

a energia total da molcula,

a energia eletrnica e

os

calores de formao experimentais para os tomos da mesma. Na aproximao MNDO vrios termos no so determinadas analiticamente, mas atravs de dados experimentais ou de expresses semiempricas que contm parmetros ajustveis aos dados experimentais. A introduo desses parmetros compensa as limitaes da funo de onda total e erros inerentes s simplificaes do mtodo [10].

3.5 Resumo das principais caractersticas dos mtodos ab initio e semiempiricos Algumas caractersticas dos mtodos ab initio so: Tratamento mais exato da distribuio de densidade eletrnica, pois considera a equao de Schrdinger exatamente; No necessita ser parametrizado por resultados experimentais;

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Pode descrever estrutura, propriedades, energias, etc; Alto custo computacional (tempo grande de clculo).

Os mtodos semiempricos levam em conta aproximaes e parmetros experimentais para tornar o clculo possvel. Suas principais caractersticas so: Descrio aproximada de eltrons de valncia; So obtidos pela soluo de uma forma simplificada da equao de Schrdinger; Muitas integrais so aproximadas usando expresses empricas com vrios parmetros ajustveis. Baixo custo computacional.

4. METODOLOGIA 4.1 ChemSketch 12.0 Este software, apesar de ser freeware, uma ferramenta completa de desenho, no s molecular mais de inmeras ilustraes para uma aula de qumica. Possui uma seo de "modelos", onde h dezenas de estruturas "prontas" de molculas e vidraria de laboratrio. Alm da representao no plano, que usual para representarmos a reaes qumicas, existe a possibilidade de se mostrar a molcula em trs dimenses (3D), evidenciando a repulso entre os tomos e a sua estrutura no espao. Alm de apenas representar a estrutura em 3D, h a possibilidade tambm de se definir a distncia entre as molculas, bem como o ngulo entre as ligaes. Existem tambm recursos de nomenclatura da IUPAC (International Union of Pure and Applied Chemistry), propriedades fsicas, verificao de tautomeria, numerao de cadeia carbnica alm de diversos outros recursos.

4.2 WinMOPAC 7.21 O WinMOPAC 7.21, verso livre para o Windows, uma proposta semiemprica de orbitais moleculares, utilizado principalmente para o estudo de fsica do estado slido, reaes qumicas e para clculos de estruturas moleculares. Os mtodos utilizados por ele so: MNDO, AM1, PM3. Usando os resultados obtidos por estes mtodos, o WinMOPAC calcula o espectro vibracional, quantidades termodinmicas, efeitos de substituio isotpica e constantes de foras para molculas, radicais, ons e polmeros. O WinMOPAC utiliza muitos conceitos de teoria quntica e termodinmica e usa matemtica bastante avanada. O

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WinMOPAC escrito de forma amigvel para que o usurio iniciante o utilize sem maiores problemas. Os dados de entrada so mantidos o mais simples possvel [11].

4.3 Procedimento Geral para o Clculo de Estrutura Eletrnica Em geral, um dos procedimentos mais utilizados para determinar propriedades de molculas atravs de clculos semiempricos aquele descrito a seguir: Desenhar uma estrutura de partida (usando um programa) observando resultados experimentais de investigao estrutural; Otimizar a estrutura (determinar geometria de equilbrio) usando mecnica molecular para obter uma boa geometria de partida para os clculos; Selecionar o mtodo semiemprico (MNDO, AM1, PM3, etc) e demais parmetros contidos em algum programa de clculo de estrutura eletrnica (qumica quntica); Realizar os clculos. Comparar os valores das quantidades calculadas com os resultados experimentais.

4.4 Procedimentos de clculo neste trabalho

Fig. 3 Janela do ChemSketch mostrando o desenho da estrutura molecular do pCA com formato de arquivo de extenso .sk.

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Primeiramente, utilizamos o programa ChemSketch 12.0 para desenhar a estrutura molecular do pCA (Fig. 3). Ainda com esse programa, pr-otimizamos a geometria e convertemos o arquivo gerado em extenso .sk para a extenso .mop que reconhecida pelo WinMOPAC. Para isso, gravamos o arquivo .sk no formato .mop (representao matricial da estrutura) usando o modo 3D viewer do ChemSketch (Fig. 4). Depois que obtivemos o arquivo .mop, abrimos essa matriz com o WinMOPAC (Fig. 5). Usando a janela de configurao (Fig. 6), escolhemos quais os mtodos seriam utilizados e realizamos os clculos semiempricos.

Fig. 4 Janela do ChemSketch no modo 3D viewer mostrando o desenho da estrutura molecular do pCA. A partir dessa janela gravamos o arquivo com extenso .mop.

Fig. 5 Janela de matriz inicial do WinMOPAC mostrando a matriz que representa a estrutura molecular do pCA.

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Fig. 6 Janela de configurao do WinMOPAC. Todos os clculos realizados neste trabalho foram feitos usando um computador pessoal Netbook Acer Ao751h, processador Atom 1.33 GHz, 2 GB de RAM e HD de 250 GB.

5. RESULTADOS E DISCUSSO
A tabela a seguir mostra as quantidades fsicas calculadas usando diferentes configuraes de clculos semiempricos. As quantidades calculadas foram: calor final de formao, energia total, energia eletrnica, repulso ncleo-ncleo e potencial de ionizao. O tempo de clculo tambm mostrado na tabela. Vrias configuraes de clculo foram feitas, entretanto, os melhores resultados foram para a de MNDO com configuraes adicionais.

Tabela Quantidades fsicas calculadas para a molcula de pCA com o mtodo MNDO com diferentes parmetros. CONFIGURAO BSICA
QUANTIDADES Energia Total (eV) Energia Eletrnica (eV) Repulso ncleoncleo (eV) Potencial de Ionizao (eV) Tempo de clculo (s) MNDO EF, UHF -2230,42 -9862,11 7631,69 9,09 25s MNDO EF, RHF 2230,38 -9885,93 7655,64 9,09 11s MNDO NLLSQ, UHF -2230,38 -9870,95 7640,46 9,31 63s MNDO NLLSQ, RHF -2230,26 -9886,45 7656,19 9,16 35s MNDO BFGS, UHF -2230,42 -9862,26 7631,94 9,09 13s MNDO BFGS, RHF -2230,28 -9885,25 7654,97 9,09 10s

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Segundo a teoria atmica toda e qualquer molcula tem uma energia total proveniente das colises moleculares que varia a cada instante (como esta energia varia depende do estado da matria em que se encontra a molcula), esta energia em geral se altera de uma molcula para outra. A teoria atmica identifica o calor dos corpos como a energia cintica mdia de suas molculas, onde sistemas que cedam ou recebam energia tm sua energia molecular diminuda ou aumentada [12]. A energia total por sua vez associada soma de duas outras energias: a energia eletrnica e a energia de repulso ncleo-ncleo. A energia eletrnica a soma das energias cinticas associada s interaes entre todos os eltrons no tomo ou molcula. Ela negativa, pois resulta das foras de atrao entre eltrons e ncleos na molcula. A energia de repulso ncleo-ncleo a energia originada da interao entre ncleos na molcula. Ela positiva, pois resulta das foras de repulso exercidas na molcula. O potencial de ionizao a energia mnima necessria para conseguir ejetar o eltron da ultima camada em um tomo ou molcula [12]. O procedimento de investigao usando o clculo de estrutura eletrnica, em geral, deve incluir como etapa final, a comparao dos resultados tericos com os experimentais (veja a seo 4.3). Entretanto, at o momento no encontramos resultados experimentais na literatura para possibilitar a comparao, portanto, nossos resultados no puderam ser validados.

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6. CONCLUSO
Em concluso, estudamos mtodos semiempricos e os aplicamos ao cromforo cido p-cumrico. Atravs do programa ChemSketch, aprendemos a desenhar estruturas moleculares e, alm disso, iniciamos o estudo dos mtodos de clculo semiempricos de propriedades moleculares utilizando o software livre WinMOPAC 7.21. Os primeiros resultados mostram que essa molcula pode ser estudada pelo mtodo MNDO e outros mtodos. Como perspectiva futura, pretendemos continuar a estudar os mtodos de clculo de estrutura eletrnica e aplic-los ao estudo de outras molculas fotoisomerizveis isoladas e/ou em filmes nanoestruturados.

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REFERNCIAS

[1] Meyer, 1985, Biochim Biophys 175-183 Ata 806; [2] Meyer et al., 1987, Biochemistry 26,418-432; [3] Alessandro Sergi, Myrta Gruning, Mauro Ferrario,Francesco Buda, Density Functional Study of the Photoactive Yellow Proteins Chromophore, J. Phys. Chem. B 2001, 105, 4386 4391; [4] G. Groenhof, M. F. Lensink, H. J. C. Berendsen, J. G. Snijders, A. E. Mark, PROTEINS: Structure, Function, and Genetics, 48, 202-211(2002); [5] Carlos Alberto de Albuquerque, Modelagem Molecular Aplicada ao Desenvolvimento de Sistemas Nanoscpicos Bioativos, Universidade Federal de Itajub, Itajub-MG, 2008; [6] Sheila Cristina dos Santos Costa, Mtodos Tericos na Investigao da Estrutura Eletrnica do Resveratrol e Derivados, Universidade Federal do Par, Belm PA, 2004; [7] P. W. Atkins, R. S. Friedman, Molecular Quantum Mechanics, 3 Edition, 1996; [8] Eduardo Fischli Laschuk, Novo Formalismo Semi-Emprico para Clculos QumicoQunticos,UFRGS, Porto Alegre, 2005; [9] Luz Alccer, Introduo Qumica Quntica Computacional, 1 edio, 2007; [10] Louraine Cludia de Melo, Estrutura Eletrnica de Drogas Antitumorais, Centro Brasileiro de Pesquisas Fsicas, 2008. [11] James J. P. Stewart, MOPAC Manual, 1993; [12] Jos Leite Lopes, A Estrutura Quntica da Matria, Do tomo pr-socrtico s partculas elementares, 3 edio, 2005; [12] Borgstahl, G.E.O et al. Biochemistry 34, pp. 6278 6287; [14] M. Vengris, D. S. Larsen, M. A. van der Horst, O. F. A. Larsen, K. J. Hellingwerf, R. van Grondelle, J. Phys. Chem. B, 109, 4197 (2005); [15] http://hermes.ucs.br/ccet/defq/naeq/material_didatico/textos_interativos_31.html, 23/11/2010, as 15:45.