1

DIFRAO DE RAIOS X

Prof. Dr. Walter Filgueira de Azevedo Jr. Laboratrio de Sistemas Biomoleculares. Departamento de Fsica-Instituto de Biocincias, Letras e Cincias Exatas-UNESP, So Jos do Rio Preto. SP. www.biocristalografia.df.ibilce.unesp.br

2004

ndice
1. Introduo................................................................................................................ 3 2. Espalhamento Thomson....................................................................................... 4 3. Espalhamento Comptom..................................................................................... 4 4. Espalhamento por eltrons.................................................................................. 5 5. Fator de espalhamento atmico.......................................................................... 6 6. Espalhamento de raios X por uma molcula.................................................... 8 7. Espalhamento de raios X por um cristal........................................................... 9 8. Espao recproco.................................................................................................... 12 9. Lei de Friedel......................................................................................................... 16 10. Densidade eletrnica......................................................................................... 17 11. O problema da fase............................................................................................ 18 12. Referncias Bibliogrficas................................................................................ 18

1. Introduo
Neste texto discutiremos alguns tpicos relacionados difrao de raios X, destacando alguns conceitos bsicos relevantes para estudos cristalogrficos. Descartaremos discusses sobre a simetria do retculo direto, sendo que para interpretao da difrao usaremos o espao recproco. Inicialmente consideraremos o espalhamento por eltrons (Thomson e Compton) depois analisaremos o espalhamento por tomos, at a considerao final da difrao por um cristal. A seguir definiremos espao recproco e introduziremos o conceito de esfera de Ewald. Finalmente formulamos o problema da fase que ser a base para a discusso dos mtodos de resoluo de estrutura.

2. Espalhamento Thomson
O campo eltrico oscilante associado ao feixe de raios X que incide sobre um eltron, obriga este eltron a oscilar em torno da sua posio de equilbrio. Sabemos que toda partcula carregada acelerada emite radiao. Assim o eltron, submetido a um campo eltrico oscilante, emite uma onda eletromagntica, que possui o mesmo comprimento de onda da radiao incidente (espalhamento elstico). A intensidade do feixe de raios X espalhado por um eltron de carga -e e massa m a uma distncia r do eltron dada por,
I = Io 1 + cos2 2 e4 ( ), 2 r 2 m2 c4

onde Io a intensidade do feixe incidente e 2 o ngulo de espalhamento da radiao, sendo a onda eletromagntica plana e polarizada (Cullity, 1956; Blundell and Johnson, 1976).

3. Espalhamento Comptom
H uma forma completamente diferente pela qual um eltron pode espalhar raios X, conhecida como efeito Compton. Esse efeito ocorre quando raios X incidem sobre eltrons livres ou fracamente ligados e pode ser entendido a partir da teoria quntica. Assim a partir da conservao do momento e da energia da coliso do fton com o eltron, obtemos a expresso abaixo,
= 0.0243(1- cos2 ) ()

onde 2 o ngulo de espalhamento e a diferena entre o comprimento de onda da radiao espalhada e incidente. Assim temos que a radiao espalhada possui um comprimento de onda maior que o da radiao incidente (espalhamento inelstico), devido transferncia de energia do fton para o eltron. Experimentalmente encontra-se que a radiao espalhada pelos materiais

5 consiste de duas partes. A primeira parte aquela associada ao espalhamento Thomson e possui o mesmo comprimento de onda da radiao incidente; a segunda parte tem um comprimento de onda maior que a radiao incidente, com o aumento do comprimento de onda sendo dependente do ngulo de espalhamento (Cullity, 1956).

4. Espalhamento por eltrons

Para analisar o espalhamento de raios X por eltrons vamos considerar a geometria de um experimento tpico de espalhamento, como aquele mostrado na figura 1. Nele temos um feixe raios X colimados incidindo sobre um eltron, localizado na origem do sistema de coordenadas. Um vetor unitrio, so, descreve a direo da radiao incidente. A direo de espalhamento indicada por outro vetor unitrio, s, e o ngulo de espalhamento 2. Na figura 2, temos o vetor de espalhamento S, que dado pela expresso, S = s - so (1)

A partir da figura 2, vemos que o mdulo S, funo do ngulo de espalhamento, como segue, |S| = 2 sen (2)

Figura 1. Espalhamento de raios X por um eltron.

O valor do mdulo de S pode variar de 0 a 2/. Desta forma, o vetor S est descrito num espao onde cada eixo de seu sistema de coordenadas tem dimenso do recproco da distncia (Drenth, 1994). Este espao de coordenadas chamado espao recproco.

5. Fator de espalhamento atmico

Considerando que um eltron isolado espalha raios X com intensidade I, seria de se esperar, que num tomo de Z eltrons teramos uma intensidade ZI. Porm, devido s distncias entre os eltrons num tomo serem da ordem do comprimento de onda do raio X, as ondas que eles espalham interferem umas com outras, de forma que s teremos uma intensidade ZI na direo de incidncia do raio X. Para o espalhamento em outras direes temos interferncia parcialmente destrutiva, assim, a amplitude total cai com o aumento do ngulo de espalhamento.

Figura 2. Composio do vetor de espalhamento S.

O fator de espalhamento atmico definido como a relao entre a amplitude espalhada por um tomo(Ea) e a amplitude espalhada por um eltron(Ee) isolado, sob condies idnticas, f = Ea . Ee (3)

O valor mximo de f Z (nmero atmico do tomo) e ocorre quando os eltrons espalham em fase, na direo de incidncia (2 = 0). O fator de espalhamento atmico tambm depende do comprimento de onda da radiao incidente. Para um valor fixo de , f ser menor para comprimentos de onda mais curtos, visto que, a diferena de caminho ser maior com relao ao comprimento de onda, levando a uma maior interferncia. Considerando um tomo esfrico com o seu centro coincidente com a origem do sistema de coordenadas, temos que, a onda total espalhada por um pequeno volume dv numa posio r relativa onda espalhada na origem ter uma amplitude proporcional a (r)dv e uma fase 2r.S, ou seja, a amplitude da onda espalhada ser igual a (r)exp(2ir.S)dv. Conseqentemente a onda total espalhada por um tomo calculada pela soma das ondas espalhadas pelos elementos de volume dv f( S ) =

(r) exp (2i r.S) dv. vol.do atomo

(4)

8 A expresso acima representa o fator de espalhamento atmico. Curvas do espalhamento atmico para diversos tomos esto tabeladas no Volume III das Internartional Tables for X-Ray Crystallography.

6. Espalhamento de raios X por uma molcula

Analisaremos agora o espalhamento de raios X de um conjunto de tomos colocados em posies definidas pelos vetores posio ri.

Figura 3. Posies atmicas em uma cela unitria. Consideremos o tomo 1 na figura 3 que est a uma distncia r1 da origem (O). Este deslocamento do centro do tomo significa que a distncia r na equao (4) substituda por r + r1. Assim temos que o espalhamento do tomo 1 ser dado pela seguinte expresso,

f1 =

(r)exp(2 i(r1 + r).S)dv = vol.do atomo

= f 1 exp(2 r1 .S),

onde, f1 =

(r)exp(2 i r.S)dv. vol.do atomo

9 Expresses similares podem ser obtidas para os outros tomos. A onda total espalhada por todos os tomos dada pela soma vetorial das contribuies de cada tomo (figura 4), N G(S) = f j exp(2 i rj. S). j=1 (5)

7. Espalhamento de raios X por um cristal

A fim de obtermos a expresso para o espalhamento por um cristal, primeiro consideramos o espalhamento de um cristal unidimensional, que composto de um arranjo linear de celas unitrias com um espaamento a entre elas. A amplitude total espalhada pelo cristal ser a soma das ondas espalhadas por cada cela unitria. A amplitude da onda espalhada pela primeira cela unitria relativa a origem simplesmente G(S). A amplitude espalhada pela segunda cela unitria relativa mesma origem G(S)exp(2ia.S), visto que, todas as distncias esto deslocadas pelo vetor a. A amplitude da onda espalhada pela n-sima cela unitria G(S)exp 2i(n-1)a.S. Conseqentemente a amplitude total espalhada ,

F(S) =

G(S)exp2
n=1

i(n -1)a.S ,

onde T o nmero total de celas unitrias.

10

Figura 4. Diagrama de mostrando a soma vetorial.

Argand

A maneira que cada uma das contribuies individuais se somam pode ser vista na figura 5. A onda de cada cela unitria est fora de fase com sua vizinha por uma quantidade de 2a.S. Assim, conforme o nmero de celas unitrias aumenta, a amplitude total espalhada, F(S), fica da mesma ordem de G(S), que para raios X muito pequena para ser observada (figura 5). O espalhamento s ser observado quando a diferena de fase entre as ondas espalhadas, por celas unitrias sucessivas, for um mltiplo inteiro de 2 (figura 6), ou seja, a.S = h, onde h um nmero inteiro. Sob estas circunstncias as ondas se somam para formar uma onda espalhada mais intensa, que proporcional em magnitude a T.G(S). Em resumo, para uma rede unidimensional, s observamos espalhamento quando a.S=h. Quando o problema estendido para trs dimenses, com uma cela unitria definida pelos vetores a, b e c, a condio para ocorrer a difrao que as condies a.S = h, b.S = k e c.S = l sejam simultaneamente satisfeitas. Estas condies correspondem s conhecidas equaes de Laue (Blundell & Johnson, 1976).

11

Figura 5. Diagrama de Argand ilustrando o espalhamento total de uma molcula num cristal.

Figura 6. Diagrama de Argand, ilustrando a situao, onde a diferena de fase um mltiplo inteiro de 2.

Assim podemos reescrever a amplitude total da seguinte forma,

N F(S) = f j exp2 i (rj.S), j=1

(6)

12 onde: rj = axj + byj + czj e xj,yj,zj so as coordenadas fracionrias do j-simo tomo. Sendo que a constante de proporcionalidade, T, foi omitida. As coordenadas fracionrias(x,y,z), so definidas como, x = X/a, y = Y/b e z = Z/c, onde: X,Y,Z so as coordenadas absolutas do tomo na cela unitria de eixos a,b e c. Considerando as equaes de Laue temos que, rj.S= xja.S + yjb.S +zjc.S = hxj + kyj + lzj, portanto,
F(hkl) =

f j exp 2
j=1

i(hx j + ky j + lz j) ,

(7)

onde a.S, b.S e c.S foram substitudos por h,k,l no lado esquerdo da equao. A equao (7) conhecida como equao do fator de estrutura. Ela representa uma amostragem da transformada G(S) nos pontos hkl do retculo recproco. Se as posies de todos os tomos na cela unitria so conhecidas ento o correspondente padro de difrao pode ser calculado.

8. Espao recproco
Para cada retculo cristalino possvel construir um retculo recproco, assim chamado porque muitas das suas propriedades so recprocas s propriedades do retculo cristalino. Considerando um retculo cristalino que possua uma cela unitria definida pelos vetores a, b, c definimos uma cela unitria do retculo recproco pelos vetores, a*, b*, c* dados por:

13 1 ( bxc ), V 1 b*= (cxa ) , V 1 c*= (axb), V a*= (8) (9) (10)

onde V o volume da cela unitria. Neste retculo recproco podemos construir um vetor H, desenhado a partir da origem at um ponto interno a este retculo, com coordenadas h,k,l, e perpendicular ao plano do retculo cristalino cujos ndices de Miller so h,k,l, como mostra a figura 7. Este vetor pode ser expresso pela seguinte equao,

H= ha*+kb*+lc*.

(11)

Uma outra propriedade do vetor H que podemos destacar que seu mdulo igual ao recproco da distncia interplanar, H= 1 . d(h, k, l) (12)

onde d(h,k,l) a distncia interplanar (h,k,l). Para considerar as condies em que ocorre a difrao, devemos determinar a diferena de fase entre os raios espalhados em A1 e A2 (figura 8). Sendo a diferena de caminho tico dos raios espalhados por A1 e A2, r o vetor posio dado por r= xa+yb+zc, ento

=r.s-r.s o =r.(s-s o ).

(13)

14

Figura 7. Esfera de Ewald.

Assim temos a seguinte diferena de fase,

r.(s - s o ) 2 = 2 = 2 r.S.

(14)

Relacionamos agora a difrao com o retculo recproco expressando o vetor S como um vetor desse retculo, s - so = ha* +kb* +lc*. (15)

At este ponto nenhuma restrio foi feita aos ndices h,k,l. Eles podem assumir qualquer valor, inteiro ou no, a diferena de fase fica ento,

= 2 (xa +yb +zc).(ha* +kb* +lc*).

(16)

15 A condio para a difrao ocorrer(equaes de Laue) que o vetor S esteja

S=

s - so = ha* +kb* +lc*

(17)

sobre um ponto do retculo recproco, onde h, k e l so inteiros (figuras 7 e 8). As equaes de Laue e Bragg podem ser derivadas da equao 17. As primeiras so obtidas a partir do produto escalar da equao pelos vetores a, b e c. Por exemplo, a.S=a. (ha*+kb*+lc* ) = h obtemos assim: a.S= h, b.S= k, c.S= l. (19) (18)

Conhecidas como equaes de Laue (ou condies de Laue). Quando as trs equaes so satisfeitas, um feixe de raios X difratado ser produzido.

Figura 8. Diferena de caminho tico.

Podemos considerar o feixe de raios X, s, como se fosse refletido por um conjunto de planos perpendiculares a S. Na realidade a equao (17) estabelece que S seja perpendicular aos planos (h,k,l). Sendo o ngulo entre s(ou so) e esses

16 planos. Assim temos que

2sen s - s o 1 =| |=| H|= d(hkl) ou

(20)

= 2d(hkl) sen .

(21)

As condies para difrao expressas pela equao (17) podem ser representadas graficamente pela construo de Ewald, mostrada pela figura 7. O vetor so/ desenhado paralelo ao feixe incidente. O ponto O tomado como origem do retculo recproco. Uma esfera de raio 1/ desenhada em torno de C (esfera de Ewald). Assim a condio para ocorrer difrao a partir dos planos (h,k,l) que o ponto P(h,k,l) toque a superfcie da esfera de Ewald (figura 7), e a direo do feixe difratado (s/) encontrada juntando-se C a P.

9. Lei de Friedel
A lei de Friedel relaciona uma reflexo de ndices h,k,l com a reflexo -h,-k,l. A relao deduzida da seguinte maneira, consideremos o fator de estrutura da reflexo de ndices (h,k,l), F(h,k,l), como segue, N F(hkl) = f j exp 2 i ( hx j + ky j + lz j) , j=1 e o fator de estrutura da reflexo de ndices (-h, k-, -l), N F(-h,-k,-l) = f j exp2 i(- hx j - ky j - lz j) , j=1 tomando-se o mdulos para os fatores de estrutura das reflexes de ndices (h,k,l) e (-h, -k, -l), temos que os mdulos so iguais; F(h,k,l)=F(-h,-k,-l). E as fases()

17 seguem a seguinte relao, (h,k,l)=-(-h,-k,-l). Conseqentemente o padro de difrao registrado ser centrossimtrico (I(h,k,l) = I(-h,-k,-l)), mesmo que a estrutura no possua um centro de simetria. Desvios da lei de Friedel ocorrem no caso de espalhamento anmalo e em tais casos as pequenas diferenas podem ser usadas para fornecer informaes sobre a fase.

10. Densidade eletrnica

O padro de difrao a transformada de Fourier da densidade eletrnica da estrutura e inversamente a densidade eletrnica da estrutura a transformada de Fourier do padro de difrao. Para mostrar isto, podemos reescrever a equao do fator de estrutura (equao 7) em termos de uma integral sobre o volume da cela unitria(V). F(S) =

j=1

f j exp 2 i(r j .S)

= (r)exp 2 i(r.S)dv,
V

onde S usado para representar a posio no espao recproco e (r) densidade eletrnica. Multiplicando ambos os lados por (exp-2i(r'.S)) e integrando sobre o volume recproco (V*=1/V), temos que,

(r ) =

F(S) exp
*

- 2 i(r.S) dv* ,

onde dv* o elemento de volume no espao recproco. A integrao pode se substituda por uma somatria, visto que, F(S) no contnuo e diferente de zero somente nos pontos do retculo recproco. Conseqentemente, 1 (xyz) = F(hkl)exp - 2 i(hx + ky + lz). V h=- k=- l=- (22)

18 Desta forma se os fatores de estrutura, F(h,k,l), so conhecidos para todas as reflexes, h,k,l, ento a densidade eletrnica, (x,y,z), pode ser calculada para cada ponto x,y,z, na cela unitria (Drenth, 1994). A densidade eletrnica representa a estrutura do cristal.

11. O problema da fase

Para calcular a densidade eletrnica necessrio o conhecimento do mdulo, F(hkl), e da fase, (hkl), do fator de estrutura. Isto enfatizado quando reescrevemos a equao 22, como segue, 1 (xyz) = F(hkl)exp i (hkl) exp - 2 i(hx + ky + lz). V h=- k=- l=- Durante um experimento de difrao de raios X, s se registram as intensidades, sendo que toda a informao sobre a fase perdida. Portanto impossvel determinar a estrutura diretamente das medidas do padro de difrao, visto que parte da informao est perdida (Drenth, 1994; McRee, 1994). O problema da determinao da fase o problema bsico em qualquer determinao de estrutura. H quatro principais mtodos para resoluo do problema da fase: substituio molecular, substituio isomrfica mltipla, disperso anmala mltipla e mtodos diretos.

12. Referncias bibliogrficas

Blundell, T. L. & Johnson, L. N. Protein Crystallography. Academic Press, USA, (1976). Cullity, B. D. Elements of X-ray crystallography. Addison-Wesley Publishing Company, Inc. USA,(1956). Drenth, J. Principles of Proteins X-Ray Crystallography. Springer-Verlag. New York. USA, (1994). McRee, D.E. Practical Protein Crystallography. Academic Press, Inc. San Diego, USA,(1994).