LIGAMIENTO

Ligamiento
Ligamiento describe el fenmeno por el que alelos en genes vecinos, ubicados en el mismo cromosoma, sern transmitidos juntos ms frecuentemente que por azar.

La meiosis comprende una replicacin del ADN seguida de dos divisiones celulares sucesivas

Meiosis
Entrecruzamiento
Paquiteno Leptoteno

Cigoteno

Meiosis Entrecruzamiento

Meiosis - Profase I:
Los homlogos se repelen y quedan unidos por los quiasmas. Los quiasmas se ubican en los lugares donde hubo entrecruzamiento en el paquiteno

diploteno paquiteno Sinapsis completa Se produce la recombinacin (entrecruzamiento o crossing over)

diacinesis
Aumenta la condensacin cromosmica

Evidencia citolgica de entrecruzamiento

Formacin de quiasmas durante el apareamiento meitico.

Quiasma Quiasma

Cromosomas homlogos duplicados

Entrecruzamiento

Segregacin independiente de genes no ligados 1 (2 Ley)

Interfase Cromosomas no apareados

Profase I Cromosomas ya replicados. Los centrmeros no se han separado

Segregacin independiente de genes no ligados 2 (2 Ley)

Profase I Los homlogos sinapsan Anafase I Los centrmeros Se unen al huso y son arrastrados hacia los polos

El otro alineamiento igualmente frecuente

Telofase I Se forman dos clulas

Segregacin independiente de genes no ligados 3 (2 Ley)

Anafase II Se forma el huso y los centrmeros se dividen

Fin de Meiosis II Se producen cuatro combinaciones posibles

Gametos

Combinaciones por segregacin independiente

Dihbrido (F1)

Cruzamiento de prueba

Cuando los genes no estn ligados,la frecuencia de combinaciones distintas es 0,5 para cada gen (1 Ley) y 0,25 para ambos (A y B)

Gametos

Combinaciones por entrecruzamiento de alelos localizados en un mismo cromosoma

Dihbrido (F1)

Cruzamiento de prueba

Cuando los genes estn ligados, las formas o tipos recombinantes presentan frecuencias menores que 0,25.

Segregacin independiente. 1:1:1:1

Recombinacin: entrecruzamiento entre cromtidas no hermanas. 1:1:<1:<1 Genes ligados

Tipo parental Tipo parental Tipo. recomb Tipo. recomb

Genes no ligados

Descendencia

Metafase

Anafase I

Meiosis II Gametos

Independencia vs ligamiento

a B b

C D

c d

E F

e f

Caso 1

Caso 2 (terico)

Caso 3

Independencia vs Ligamiento

gametos

AB CD EF

Ab Cd Ef

aB cD eF

ab cd ef
4 gam 2 gam 4 gam

AaBb

prop.
gametos

CD / cd
Ligamiento completo

prop.
gametos

E F / ef
Ligamiento incompleto

prop.

> < < >

Parentales Recombinantes

Nomenclatura de ligamiento
AaBb
- No se tiene informacin de ligamiento.

AB/ab o Ab/aB - Genes ligados (muestra fase)

AB/ab

= A B a b
a- -a b- -b

A B a b

A- -A B- -B

Par cromosomas homlogos

Fases en un dihbrido Repulsin o TRANS

A- -A b- -b a- -a B- -B

Acoplamiento CIS
A- -A B- -B a- -a b- -b

Ab/aB
:

AB/ab

DISPOSICION DE ALELOS EN AMBOS CROMOSOMAS

T.H. Morgan en Drosophila

2 genes en el mismo cromosoma pr+ vg+ _
pr color de ojos

pr

vg

Vg _ longitud del ala

Cruzamiento de prueba Con organismo RECESIVO para todos los

genes en estudio. Permite ignorar la contribucin del progenitor recesivo y concentrarse en una meiosis. Todos los genotipos de la progenie pueden ser inferidos de los fenotipos. X

pr pr

vg vg

pr Genotipo No. pr vg/ pr vg 165 + + / pr vg 191 pr + / pr vg 23 + vg / pr vg 21

vg Fenotipo prpura, vestigal normal prpura vestigial

89% como cromosomas parentales, 11% nuevo recombinantes

Morgan
Meiosis SIN recombinacin entre loci

pr +

vg +

pr pr pr + vg vg + pr + + pr pr

vg vg + vg + vg

pr + pr

vg + vg

Gametos
Meiosis CON recombinacin entre loci

pr

vg

RECOMBINANTES PARENTALES

+ +

+ +

LIGAMIENTO: Dos clases de progenie

Parentales misma combinacin de alelos que los padres. _ Gametos no producidos por recombinacin entre los loci en estudio al 50% Recombinantes (no-parentales) diferente combinacin de alelos que los padres por entrecruzamiento. al 50% _ Gametos producidos por recombinacin

El % de recombinacin entre dos genes es proporcional a la distancia entre ellos

Frecuencia de recombinacin (FR)

FR = nmero de recombinantes nmero total de progenie FR = 50% FR es significativamente < 50% No ligados Ligamiento x 100

Clculo de frecuencia de recombinacin

P F1 pr+/pr+ vg+/vg+ x pr/pr vg/vg

pr+/pr vg+/vg x pr/pr vg/vg pr+ vg+ pr+ vg pr vg+ pr vg 1339 151 154 1195 (NR) (R) (R) (NR)

F2

FR= (151+154) / (1339+151+154+1195) = 10.7%

La recombinacin entre genes ligados permite determinar las distancias (genticas-fsicas) entre ellos.
mayor distancia mayor probabilidad de entrecruzamiento

Mayor frecuencia de recombinacin (FR) entre los genes estudiados. FR es PROPORCIONAL a la distancia entre los genes

MAPAS GENMICOS Mapas genticos (ligamiento) distancias obtenidas de frecuencias de recombinacin. Mapas fsicos distancias reales medidas en pares de bases.

Mapa de ligamiento
UBICACIN DE LOS GENES EN EL CROMOSOMA _ Cientos de genes y marcadores genticos _ Muy completos en humanos (Proyecto genoma humano) y en organismos modelo.

Alfred Sturtevant

UNIDAD DE MAPA
1 unidad de mapa (u. m.) es la distancia entre dos loci que da lugar a 1 evento de recombinacin en 100, o sea a una FR de 1% . 1 u.m. se llama tambin un Centimorgan (cM) 1 cM MAPA: = 0.01 FR = Distancia Ordenamiento 1% recombinacin

Dado que muchos cromosomas son > 50 Mb de tamao, dos genes distantes en el mismo cromosoma pueden comportarse como si no estuvieran ligados porque la mxima FR posible es de 0.5. Cada cromosoma es un grupo de ligamiento
Hombre: 1 cM 1 Mb (megabase).

El humano tiene 23 (24) grupos de ligamiento

Principio de mapeo en diploides

permite saber la distancia entre dos alelos
(1) A B (2) C

b
> >

n cM
B&C B&C > >

c
A & B. A&C

P entrecruzamiento : A & C P loci co-segreguen: A & B

DISTANCIA GENTICA entre 2 loci se deduce del procentaje de RECOMBINANTES obtenidos de un cruzamiento.

Ejemplo:
(1) A B

a
? cM

Luego de Cruce de prueba con aabb:

AB = 96 ab = 92 Ab = 5 aB = 7 Proporciones progenie

Frecuencia de recombinacin = (5+7) / 200 = 0.06 FR

0.06 FR = 6 cM Loci A y B estn a 6 cM Distancia de mapa

Mapa de ligamiento: 3 loci

permite ordenar los genes
A

(1)

(2)

Triple heterocigota x triple recesivo (I.e. A/a B/b C/c x a/a b/b c/c)

Propsito: Estudiar ligamiento y ordenar los genes. Nota: Podemos omitir escribir los alelos del tester ya que sern todosabc, de modo que aBC = aaBbCc.

Ejemplo: Triple cruzamiento

A

(1)

(2)

a
6.4 cM

b
13.2 cM 19.6 cM cM

Doble recombinantes

Luego de cruce de prueba con aabbcc:

ABC = 580 abc = 592 Abc = 45 aBC = 40 ABc = 89 abC = 94 AbC = 3 aBc = 5

Frecuencia de recombinacin
(45+40+89+94 +3+3+5+5)/1448 = cM A-C = (45+40+89+94)/1448 =0.18 = 18.5 19.6 cM B-C = (89+94+3+5)/1448 =13.2 cM A-B = (45+40+3+5)/1448 = 6.4 cM OJO! 6.4 (a-b) + 13.2 (b-c) = 19.6, NO 18.5 (a-c)

Doble Entrecruzamiento
a b c

Recombinante Recombinante
a B c

ABC = 580 abc = 592 ABc = 89 abC = 94 Abc = 45 aBC = 40 AbC = 3 aBc = 5 Total 1448

A B C Tipos parentales (mayores)

Tipos Recombinantes

Doble Recombinantes (menores, no siempre presentes)

Ordenando loci
A- - B B -C A -C A
6.4

= 6.4cM = 13.2cM =19.6cM C

19.6 13.2

HAPLOTIPO = combinacin de alelos de genes en un cromosoma genotipo haploide

Para los genes ABCD de un cromosomas:

A1B2C1D1-

A1 B1 C3 D2

A1 B2 C1 D1 / A1 B1 C3 D2

Anlisis de ligamiento en las familias

LOD Scores
Mtodo de puntuaciones LOD
Logaritmo de las Probabilidades Relativas de Ligamiento (Logaritmic Odds Scores)

Se basa en la relacin existente entre dos posibles explicaciones para los datos observados en una genealoga.
En la primera hiptesis se considera a los genes como independientes: = 0.5 En la segunda hiptesis se considera que estn ligados con un valor = X 0.0 X 0.5

Z = log

Probabilidad de la secuencia de nacimientos bajo la hiptesis de = X Probabilidad de la secuencia de nacimientos bajo la hiptesis de = 0.5

 Los valores de los LODs que se consideran significativos son mayores de 3 Implica que la probabilidad de que estos genes estn ligados con un valor = X es 1000 veces mayor que con respecto a que no esten ligados

FIN