GENTICA GERAL

Aula 21
As novas aplicaes da gentica e da genmica.

Reviso histrica

As ideias pr-mendelianas sobre a hereditariedade:

Teorias antigas (Hipcrates, Aristteles, etc) Sistemtica de plantas e hibridao (Lineu e outros; experincias com hbridos)

Mendel (1856-1865) Ps-Mendel e redescoberta dos trabalhos de Mendel:

Pangnesis de Darwin, escola biomtrica de Francis Galton, Karl Pearson e os modelos estatsticos de hereditariedade e evoluo;

Gentica clssica (1865- 1941) A era do DNA (1944-1970) A era da Genmica (1972- )

A Gentica clssica
1865 Gregor Mendel's paper, Experiments on Plant Hybridization. 1869 Friedrich Miescher discovers a weak acid in the nuclei of white blood cells that today we call DNA. 1880-1890 Walther Flemming, Eduard Strasburger, and Edouard van Beneden elucidate chromosome distribution during cell division. 1889 Hugo de Vries postulates that "inheritance of specific traits in organisms comes in particles", naming such particles "(pan) genes". 1903 Walter Sutton hypothesizes that chromosomes, which segregate in a Mendelian fashion, are hereditary units. 1905 William Bateson coins the term "genetics. 1908 Hardy-Weinberg law derived. 1910 Thomas Hunt Morgan shows that genes reside on chromosomes. 1913 Gene maps show chromosomes containing linear arranged genes. 1918 Ronald Fisher and the modern synthesis of genetics and evolutionary biology starts. Population genetics. 1928 Frederick Griffith discovers that hereditary material from dead bacteria can be incorporated into live bacteria. 1931 Crossing over is identified as the cause of recombination. 1933 Jean Brachet is able to show that DNA is found in chromosomes and that RNA is present in the cytoplasm of all cells. 1941 Edward Lawrie Tatum and George Wells Beadle show that genes code for proteins; the original central dogma of genetics.

A era do DNA
1944 The AveryMacLeodMcCarty experiment isolates DNA as the genetic material (at that time called transforming principle). 1950 Erwin Chargaff shows that the four nucleotides are not present in nucleic acids in stable proportions, but that some general rules appear to hold Barbara McClintock discovers transposons in maize. 1952 The Hershey-Chase experiment proves the genetic information of phages (and all other organisms) to be DNA. 1953 DNA structure is resolved to be a double helix by James D. Watson and Francis Crick. 1956 Joe Hin Tjio and Albert Levan established the correct chromosome number in humans to be 46. 1958 The Meselson-Stahl experiment demonstrates that DNA is semiconservatively replicated. 1961-1967 Combined efforts of scientists "crack" the genetic code, including Marshall Nirenberg, Har Gobind Khorana, Sydney Brenner & Francis Crick. 1964 Howard Temin showed using RNA viruses that the direction of DNA to RNA transcription can be reversed. 1970 Restriction enzymes were discovered in studies of a bacterium, Haemophilus influenzae, enabling scientists to cut and paste DNA

A era da genmica
1972, Walter Fiers and his team at the Laboratory of Molecular Biology of the University of Ghent (Ghent, Belgium) were the first to determine the sequence of a gene: the gene for bacteriophage MS2 coat protein. 1976, Walter Fiers and his team determine the complete nucleotide-sequence of bacteriophage MS2-RNA. 1977 DNA is sequenced for the first time by Fred Sanger, Walter Gilbert, and Allan Maxam working independently. Sanger's lab sequence the entire genome of bacteriophage -X174. 1983 Kary Banks Mullis discovers the polymerase chain reaction enabling the easy amplification of DNA. 1989 The human gene that encodes the CFTR protein was sequenced by Francis Collins and Lap-Chee Tsui. Defects in this gene cause cystic fibrosis. 1995 The genome of Haemophilus influenzae is the first genome of a free living organism to be sequenced. 1996 Saccharomyces cerevisiae is the first eukaryote genome sequence to be released. 1998 The first genome sequence for a multicellular eukaryote, Caenorhabditis elegans, is released. 2001 First draft sequences of the human genome are released simultaneously by the Human Genome Project and Celera Genomics. 2003 (14 April) Successful completion of Human Genome Project with 99% of the genome sequenced to a 99.99% accuracy [2]

A aplicaes na era ps-genmica: A - Aplicaes da biologia molecular e genmica na engenharia gentica de plantas (agricultura).
Tolerncia a stress abitico - seca - sal - terrenos degradados e cidos - temperaturas extremas Mapeamento gentico e seleco apoiada em marcadores genticos (MAS) Identificao dos mecanismos genticos e fisiolgicos Genmica, genmica comparativa, identificao de genes Transgnicos

Identificao de QTLs e principais genes relacionados com a tolerncia a factores abiticos num mapa gentico combinado de Triticeae. >> tolerncia ao sal; >> tolerncia ao frio; tolerncia seca.

Estas abordagens permitiro igualmente prever e enfrentar os impactos das alteraes ambientais.

As espcies selvagens prximas devero ser sempre consideradas como potenciais fornecedores de novos genes.

Trigo, Thinopyrum bessabaricum (tambm conhecido como Agropyrum junceum) e o anfidiplide feito pelo homem, Tritipyrum que cresceu em 250 mM NaCl. O anfidiplide possui alguma da tolerncia da planta martima selvagem.

Genmica comparativa

Alinhamento em sintenia dos genomas de 3 principais cereias (trigo, milho, arroz) de modo que genes homelogos fiquem no mesmo raio. Trs sries homeoallicas so identificadas incluindo os genes do nanismo (dwarf) Rht (trigo), D8 & D9 (milho) e SLR (arroz).

A sintenia nas gramneas foi testada recentemente atravs de sequncias shotgun do genoma do arroz. Quase todos os genes de cereais, com funes conhecidas ou no, e todas as protenas que codificam tm genes correspondentes na sequncia do arroz. Os genomas das gramneas, que incluem todas as espcies de cereais que evoluram nos ltimos 60 MA podem ser alinhados de modo que a localizao de um determinado gene numa espcie possa ser identificado nas outras.

Exemplo: Os genes e respectiva ordem esto bastante conservados entre a cevada e o arroz. Como comum, um gene est duplicado num dos genomas. Tambm na cevada, que possui um genoma maior, os genes esto entremeados com elementos repetitivos.

A investigao sobre as bases moleculares do stress abitico est a ser desenvolvida em particular em espcies modelo como Arabidopsis. Uma abordagem particularmente encorajadora a utilizao de factores de transcrio, elementos de regulao que controlam conjuntos de genes, incluindo os relacionados com o stress. Um destes factores o CBF-1 em Arabidopsis que um provvel regulador da resposta aclimatao a baixas temperaturas.

A sobre-expresso do CBF-1 intensifica um conjunto de genes regulados por baixas temperaturas que mimetizam o efeito da aclimatao ao frio provocando a subsequente resistncia ao congelamento.

A sobre-expresso do gene AtNHX1 provoca a tolerncia ao sal em Arabidopsis at nveis de concentrao de 200 mM.

B Genmica de animais domsticos Decifrando a gentica de caractersticas complexas. Genmica comparativa e variao fenotpica

A comparao dos genomas entre espcies prximas permite a identificao das pores genmicas responsveis pelas diferenas fenotpicas. No caso das espcies domsticas tal facilitado pela menor variabilidade provocada pelo processo de domesticao por seleco.

C - Aplicaes da biologia molecular e genmica na sade humana.

Projecto Genoma Humano permitiu o desenvolvimento da rea da genmica compreenso do material gentico em larga escala. A indstria mdica desenvolve agora o conhecimento, recursos e tecnologias para perceber a contribuio da gentica para a sade humana. Testes genticos Terapia gentica Farmaco-genmica Aconselhamento gentico Estudo de doenas

: Growth of Laboratory Directory

Laboratories Diseases for which testing is available

Data source: GeneTests database (2007) / www.genetests.org

Laboratrios
2001 (N = 498)
24% Outros pases

2006 (N = 642)
36% Outros pases

76% U.S.

64% U.S.

D - Aplicaes da biologia molecular e genmica na aquacultura.

Manipulao cromossmica (ex. poliplides) Transferncia de genes (transgnicos) Marcadores genticos (ex. gesto stocks) Mapeamento gentico Genmica funcional

Vrias espcies de peixes para as quais foram desenvolvidos projectos de genomas:

Zebra fish (Danio rerio) (http://www.sanger.ac.uk/Projects/D_rerio/) : Fugu, (Takifugu rubripes) (http://www.fugu-sg.org): Puffer fish (Tetraodon nigrovirdis) (http//www.genome .gov/11008305): Medaka (Oryzias latipes) (http://dolphin.lab.nig.acjp/medaka/index/php): Stickleback (Gasterosteus aculeatus) (http//www.genome.gov/12512292)

E - Metagenmica: a cincia da diversidade biolgica

Recolha de amostras de DNA em determinados ecossistemas (ex. solo, oceano, etc.) Clonagem e sequenciao em massa. Identificao de novas sequncias, microrganismos, protenas, etc. Comparao entre ecossistemas. Genmica funcional.

Um projecto de metagenmica inicia-se com a obteno de amostras de um ecossistema em particular (solo, gua do mar, etc) e extraco de DNA de todos os microorganismos presentes. A informao gentica ento estudada de modo a revelar caractersticas importantes na comunidade microbiana.

Na metagenmica baseada em sequncias os investigadores estudam todas as sequncias de DNA e sua variao. Na metagenmica funcional procuram-se identificar genes responsveis por determinadas funes, como produo de vitaminas e antibiticos por exemplo. Novos antibiticos foram j descobertos atravs da utilizao desta tcnica.

E muitas outras aplicaes....

FEMS Microbiol Rev. 2005 Apr;29(2):263-79.

Enzyme genomics: Application of general enzymatic screens to discover new enzymes.

Kuznetsova E, Proudfoot M, Sanders SA, Reinking J, Savchenko A, Arrowsmith CH, Edwards AM, Yakunin AF.

British Journal of Nutrition (2007), 97, 1027103

Nutritional genomics: food industry applications from farm to fork

Louise Brown* and Frans van der Oudera