CAPITOLO 2.4/2.

STRUTTURA DEL DNA

L’organizzazione gerarchica della vita comprende: cellula>tessuto>organo>sitema/apparato>organismo.

Cellule dello stesso tipo che si riuniscono per espletare la medesima funzione, costituiscono un tessuto.
Diversi tipi di tessuti messi in relazione tra loro e formanti un'unità funzionale costituiscono un organo. Più
organi che cooperano ad una funzione formano un sistema, se c'è un solo tipo di tessuto, o un apparato, se
costituito da organi con tessuti diversi. I diversi apparati, organizzati in un livello superiore, costituiscono
l'organismo.

la gerarchizzazione della vita oltre l’uomo:

1. individuo
2. popolazione (insieme di individui di una determinata specie in una determinata area)
3. comunità biologica (la popolazione umana vive in armonia con popolazioni di altri organismi,
interagendo in un concetto più ampio chiamato comunità)
4. ecosistema (le comunità che sono unite in aree geografiche, interagiscono tra loro e l’ambiente
fisico nei cosiddetti biomi. La terra presenta numerosi biomi: oceano, foreste tropicali, deserto
ecc…)
5. biosfera: tutti i biomi della terra compongono la biosfera.

La cellula

La cellula può essere Procariota, in cui il materiale genetico si trova libero nel citoplasma (batteri) ed
eucariota, in cui il materiale è presente nel nucleo (animali, vegetali e funghi).

Le cellule dei diversi organismi - e anche nello stesso individuo - presentano una grande varietà di forma e
dimensione ma, se le esaminiamo al microscopio, notiamo che hanno alcune parti in comune:

- La membrana plasmatica, il confine che separa l'interno dall'ambiente esterno:

- il corpo cellulare, che contiene una sostanza gelatinosa, il citoplasma, nella quale sono immerse le
molecole chimiche e gli enzimi necessari allo svolgimento delle reazioni;
- il materiale genetico (DNA) per l'attività e la riproduzione della cellula

Il nucleo

Il nucleo è la porzione di citoplasma racchiusa all'interno della membrana nucleare.

Il nucleo rappresenta il "cervello" della cellula, perché in esso è contenuto il DNA che detiene tutte le
informazioni necessarie per lo svolgimento delle più importanti attività cellulari, in particolare la sintesi
proteica e la divisione cellulare.

L'insieme completo del DNA di un organismo prende il nome di Genoma.

Il genoma è composto da lunghe molecole di DNA, che a loro volta sono le principali componenti dei
cromosomi. Ogni cromosoma contiene una molecola di DNA che contiene molti geni. I geni consistono in
regioni di DNA che possono essere trascritte in RNA.

Entrando nel dettaglio

Il DNA è la molecola all'interno delle cellule che contiene le informazioni genetiche responsabili dello
sviluppo e della funzione di un organismo. Le molecole di DNA consentono a queste informazioni di essere
trasmesse da una generazione all'altra.

Esso è formato da una doppia elica costituita da due catene, le cui unità vengono chiamate nucleotidi. Le
due catene polinucleotidiche sono avvolte a spirale, sono complementari e antiparallele. La struttura ad
elica fu compresa da Watson e Crick, ma solo grazie alle evidenze scientifiche di Rosalind Franklin, morta a
causa dei raggi x utilizzati per i suoi esperimenti. Non ricevette mai un premio nobel.

Ciascun nucleotide è composto da: un gruppo fosfato, uno zucchero pentoso (5 atomi di carbonio) e una
base azotata. Esistono 4 basi azotate:

- Adenina (A)
- Guanina (G)
- Citosina (C)
- Timina (T)

Adenina e guanina hanno una struttura a doppio anello e sono denominate purine, mentre citosina e timina
sono molecole a singolo anello chiamate primidine. Le basi azotate si appaiano sempre seguendo lo stesso
principio: (A con T) (C con G). Per questo appaiamento caratteristico si dice che le basi azotate sono
complementari.

Il materiale genetico è presente nel nucleo associato a delle proteine. Questo complesso molecolare si
chiama cromatina (DNA + Proteine) e si può presentare in due modi:

1- Nelle cellule eucariote il codice genetico è presente nel nucleo associato a delle proteine e nei
mitocondri.
2- Durante il normale ciclo vitale della cellula la cromatina è sparpagliata nel nucleo. Solo durante la
fase riproduttiva si condensa a formare i cromosomi.

Contiene circa 3 miliardi di paia di basi organizzato in:

Geni: sequenze codificanti per le proteine (nell'uomo ci sono circa 30.000 geni (2% dell'intero genoma)

Sequenze codificanti: che generano RNA funzionali ma che non codificano per proteine (es. RNA
ribosomiale).

Sequenze non codificanti: con funzione strutturale o regolatrice della trascrizione.

Cosa sono i cromosomi?

Il nostro genoma completo è costituito da circa 3 miliardi di paia di basi poste l'una dopo l'altra a formare
un filamento lungo circa 1,8 m. Il DNA dunque, per riuscire ad entrare nel nucleo cellulare che ha un
diametro di 6 mm, è impacchettato grazie agli istoni e racchiuso nel cromosomi.

Ogni cromosoma è formato da due parti identiche, due «bastoncini» che sono chiamati cromatidi.

Ogni cromatidio corrisponde a una singola molecola di DNA. I due cromatidi <<fratelli» si sono formati in
seguito alla duplicazione del DNA e alla produzione di istoni, durante la fase S del ciclo cellulare.
Il numero di cromosomi è caratteristico di ogni specie: per esempio il moscerino della frutta ne possiede 8,
il cavallo 64, il cane 78 e gli esseri umani 46, o meglio 23 coppie di cromosomi, derivando un cromosoma di
ogni coppia dal padre e l’altro dalla madre.

RNA

E’ una molecola polimerica implicata in vari ruoli biologici di codifica, decodifica, regolazione ed
espressione dei geni. Presenta alcune differenze con il dna.

La prima differenza è che lo zucchero che si alterna ai gruppi fosfato per costituire il filamento
polinucleotidico nell'RNA è il ribosio, mentre nel DNA è presente il desossiribosio.

La seconda differenza è costituita da una delle quattro basi azotate. Tre di queste, adenina (A), guanina (G)
e citosina (C) sono presenti in entrambi gli acidi nucleici, la quarta invece è diversa: I'RNA presenta l'uracile
(U) che sostituisce la timina (T) del DNA.

In tutte le cellule l’informazione passa in un solo senso: dai geni alle proteine. Il processo prende il nome di
sintesi proteica, che avviene tramite:

- Trascrizione: avviene nel nucleo della cellula. Consiste nella produzione di RNA a partire dal tratto di
DNA corrispondente.
- Traduzione: avviene nel citoplasma: consiste nella produzione di sequenze di amminoacidi a partire
dal trascritto di RNA. I polimeri di amminoacidi costituiscono le catene polipeptidiche che formano
le proteine.

Il processo di traduzione avviene grazie all'azione fondamentale di tre tipi di RNA.

RNA messaggero (abbreviato in mRNA) è la molecola che svolge la funzione di intermediario tra DNA e
proteine. Su di lui viene copiato il DNA.

RNA di trasporto o RNA transfer (tRNA) è caratterizzato da una precisa e complessa struttura
tridimensionale. Essa assume importanza nella fase di traduzione. Trasporta gli amminoacidi al ribosoma.

RNA ribosomiale (rRNA) svolge principalmente una funzione strutturale. Le molecole di rRNA infatti non
vengono tradotte in proteine, ma costituiscono i ribosomi, gli organuli cellulari in cui avviene la sintesi
proteica.

Questo passaggio avviene attraverso la sintesi delle proteine (catene di aminoacidi) in base ad un codice
(codice genetico). Il codice genetico funziona a triplette (o codoni): ad una specifica sequenza di tre basi
risponde uno specifico aminoacido. 64 diverse combinazioni di codoni sono in grado di codificare venti
diversi amminoacidi esistenti.

Ciascun gene, trascritto sotto forma di una sequenza di RNA, viene letto come una sequenza di triplette che
stabilisce la progressiva giustapposizione, uno dopo l'altro, degli aminoacidi che costituiscono la catena
polipeptidica (proteina).

Da quando nasciamo a quando diveniamo adulti il nostro organismo cresce e si sviluppa grazie alla
riproduzione di ogni cellula che abbiamo in corpo. Per aumentare di numero, le nostre cellule del corpo
(chiamate somatiche) si riproducono mediante Mitosi.
Sappiamo che tutte le cellule del nostro organismo contengono tutte l'intero genoma e cioè la quantità di
DNA capace di dare origine ad un organismo completo. Ogni cellula del nostro corpo avrà quindi lo stesso
quantitativo di DNA, con la differenza che le cellule muscolari leggeranno solo le informazioni importanti
per fare il muscolo mentre le cellule nervose leggeranno solo quella parte di DNA necessaria a costruire
nervi.

La cosa più interessante è che questi 46 cromosomi in realtà sono in coppie di omologhi, e cioè a due a due
contengono le stesse informazioni, 23 ci arrivano da mamma e 23 da papà.

Questo modo di costituire il genoma, e cioè con informazioni provenienti da due genitori differenti,
aumenta di molto la variabilità genica e di conseguenza la capacità di adattarsi all'ambiente. La
riproduzione che sfrutta l'unione di un individuo maschile e uno femminile (e non la semplice clonazione) si
chiama riproduzione sessuata.

C'è solo un piccolo problema:

Se unissimo una cellula somatica maschile con 46 cromosomi ad una femminile con 46 cromosomi,
otterremmo la prima cellula del futuro figlio con 92 cromosomi...e vi dico subito che non nascerebbe
nessun bambino. Se cromosomi non sono precisamente 46 (ad esclusione di alcune rare patologie) nessun
individuo umano può nascere.

C'è quindi bisogno che una cellula maschile divida il suo quantitativo di cromosomi a 23, che una cellula
femminile faccia altrettanto, e che così unendosi diano origine alla prima cellula del nuovo individuo,
chiamata zigote, che conterrà come è obbligatorio per natura 46 cromosomi.

Le uniche cellule umane che sono capaci di dimezzare il numero di cromosomi (e cioè di essere aploidi)
sono i gameti, ossia le cellule sessuali, che si chiamano in modo diverso nei due sessi: Nei maschi sono gli
spermatozoi e nelle femmine gli ovuli.

Per formarsi queste cellule con metà del cromosomi, quindi aploidi, non potranno essere create tramite
mitosi (che ricordiamo che produce cellule identiche tra loro e alla cellula iniziale) ma saranno create
tramite un diverso processo di riproduzione cellulare: la MEIOSI.

Crossing over

Durante la meiosi si verifica il crossing over: Il crossing-over è lo scambio di porzioni omologhe di materiale
genetico che si verifica fra due cromatidi di cromosomi omologhi. I cromosomi omologhi si appaiano nella
profase I.

Se il crossing over non si verifica, ogni gamete riceve un cromosoma non ricombinante con la combinazione
originale degli alleli.

Se nella profase I il crossing over avviene, metà dei gameti prodotti avrà un cromosoma inalterato (non
ricombinante) e metà ricombinante.

Per assicurare che quando una cellula si divide, nelle due cellule figlie si mantenga lo stesso DNA della
cellula madre, in quest'ultima avviene la duplicazione del DNA. La sintesi del nuovo DNA avviene grazie alla
complementarietà delle basi azotate. I due filamenti della doppia elica si separano e ciascuno di essi
funziona da stampo per un filamento nuovo complementare.
L’ereditarietà può avvenire in due modi:

1. Tramite marcatori autosomici: I cromosomi autosomici sono sottoposti, durante la meiosi, a

ricombinazione genica, e si mescolano ad ogni generazione in modo tale che l'informazione
genetica di ogni individuo sia formata per metà da quella materna e per metà da quella paterna
2. Tramite marcatori uni parentali: Il cromosoma Y (relativamente alla sua parte NRY) e il mtDNA, non
subiscono ricombinazione e passano inalterati (escludendo eventuali eventi mutazionali) di
generazione in generazione.
- mtDNA: trasmissione uniparentale materna trasmesso inalterato dalla madre ai figli (maschi e
femmine), solo le femmine lo ritrasmettono.
- Y chromosome: trasmissione uniparentale paterna viene ereditato inalterato dai maschi di ogni
generazione, trasmesso di padre in figlio

La modalità di ereditarietà uniparentale e l'assenza di ricombinazione del mtDNA e del Chry facilita l'analisi
genealogica facendoci capire in modo diretto da dove vengono alcuni tratti del nostro genoma perché si ha
un solo antenato ad ogni gen erazione.

Il numero esponenziale di potenziali antenati e la ricombinazione che rimescola le carte ad ogni

generazione rendono invece più difficile l'analisi del resto del nostro genoma

Per contro, mentre il cromosoma Y e il DNA mitocondriale danno informazioni solo su una linea (quella
paterna o materna), nel resto del nostro genoma noi abbiamo informazioni su tutti i nostri antenati nella
forma di diversi pezzettini ereditati da entrambi i genitori.

La mutazione

La mutazione è il processo che determina una variazione strutturale del DNA

Spesso è dovuta ad un errore nell'accoppiamento dei nucleotidi durante la replicazione che determina una
modificazione nella sequenza nucleotidica del filamento neoformato che, quando interessa i gameti, potrà
trasmettersi anche alle generazioni successive.

La mutazione che interessa un gene origina un nuovo allele. E' alla base della variazione individuale degli
organismi viventi, è un elemento fondamentale dell'evoluzione ma può essere causa di una malattia
ereditaria.

L'evoluzione biologica (cioè genetica) di una specie consiste nella variazione nel tempo delle frequenze dei
suoi alleli, variazione che può risultare nella sostituzione completa di un allele iniziale da parte di un nuovo
allele, che in questo caso si dice fissato.

Anche nei casi in cui in un certo sito variabile si verifica questa sostituzione completa, in cui cioè da una
situazione di monomorfismo ( = esistenza di un solo allele) si va ad un'altra anch'essa di monomorfismo
(ma con un allele diverso da quello che c'era prima), si passa necessariamente per una fase intermedia in
cui i due alleli, quello vecchio e quello nuovo che lo sta sostituendo, coesistono entrambi a frequenze
elevate, cioè si passa per una fase obbligata di polimorfismo genetico di durata più o meno lunga.

Queste poche considerazioni sono anche da sole sufficienti a mostrare che non può esistere evoluzione
biologica senza PG: la fissazione di nuovi alleli costituisce il risultato di un processo evolutivo, mentre i PG
sono il processo stesso colto nel corso del suo svolgimento.
Poiché i geni dettano la composizione delle proteine, alleli diversi dello stesso gene possono comportare
piccole differenze nella composizione della stessa proteina. La rivelazione dei polimorfismi genetici si può
fare attraverso l’esame delle variazioni del prodotto genico e mediante l’esame delle variazioni
direttamente a livello della sequenza del DNA. Esiste:

- Polimorfismo proteico, a livello di antigeni (polimorfismo degli antigeni eritrocitari: sistemi di

gruppi sanguigni (AB0, Rh, Kell, ecc.) polimorfismo degli antigeni leucocitari: Sistema di
istocompatibilità HLA) e a livello delle proteine (polimorfismo degli enzimi e delle proteine seriche).
- Polimorfismo del dna

La variabilità genetica e genomica è dunque frutto del processo di mutazione e crossing over, e possono
trasmettersi in tre modi:

Le varianti presenti sui cromosomi autosomici e nella regione pseudo-autosomica dei cromosomi sessuali
sono diploidi, ricombinano e vengono trasmesse alla prole da entrambi i genitori. Per questo vengono dette
a trasmissione bi-parentale.

Le varianti presenti sul cromosoma mitocondriale e sulla regione non ricombinante del cromosoma Y sono
aploidi e vengono trasmesse alla prole esclusivamente (o quasi) dalla madre (mtDNA) o dal padre (YDNA).
Per questo vengono dette a trasmissione uni-parentale.

Le varianti presenti sul cromosoma X sono aplo-diploidi, cioè aploidi nell'uomo e diploidi nella donna. Per
questo vengono dette a trasmissione mista.

Dei circa 4 milioni di variazioni che in media costituiscono le differenze osservabili tra i genomi di due
individui qualsiasi, alcune possono riguardare l'espressione di caratteristiche fisiche esteriori molto evidenti
(ad esempio il colore degli occhi, dei capelli, della pelle), molte di più possono riguardare l'espressione di
caratteristiche non direttamente percepibili dall'esterno (ad esempio il rischio di contrarre malattie,
l'istocompatibilità, la risposta individuale ai farmaci, la tolleranza agli alimenti e ai fattori ambientali), la
maggior parte non ha ancora un effetto biologico riconosciuto.

La corrispondenza tra la composizione delle varianti (genotipo) e gli effetti per l'organismo (fenotipo)
raramente è semplice e lineare.

Il destino delle varianti con un qualche effetto funzionale rilevabile dipende dall'azione della selezione
naturale. Generalmente l'effetto è svantaggioso e l'azione purificante della selezione porta alla scomparsa
della variante in poche generazioni. Talvolta l'effetto è vantaggioso e la selezione può far aumentare in
frequenza o addirittura fissare quella variante. Le variazioni che non hanno un effetto sul fenotipo vengono
ereditate << silenziosamente» da una generazione ad un'altra.

Un aplogruppo corrisponde a una serie di mutazioni presenti in un cromosoma. È dunque identificabile nel
DNA di un individuo e può variare da una popolazione a un’altra, ma anche da un individuo all’altro.

Per studiare gli aplogruppi si ricorre alla filogenesi: la filogenesi è il processo di ricostruzione dei rapporti
evolutivi esistenti tra le specie, al fine di descrivere la storia evolutiva dei viventi.

L'approccio morfologico è l'approccio classico, che parte dal presupposto che resistenza di caratteri comuni
sia indice di un passato evolutivo comune. In questa indagine diventa indispensabile la ricerca dell'
antenato comune", ricercato attraverso l'evidenza della presenza di un carattere morfologico ben preciso
che, essendo in comune tra due gruppi più o meno distanti, doveva essere presente in un qualche
organismo di cui entrambi sono discendenti e da cui lo avrebbero ereditato.
La rappresentazione schematica risultante dall'analisi filogenetica è rappresentata da un albero, in cui
partendo dalle radici verso i rami più esterni è possibile osservare i vari passaggi che hanno portato alla
diversificazione delle specie da un antenato comune fino alla distribuzione delle specie attuali.

La radice dell'albero rappresenta l'antenato comune a tutti gli organismi rappresentati sull'albero, mentre
ad ogni nodo si colloca l'antenato comune più recente tra tutti gli organismi che si collocano ai nodi
successivi.

La lunghezza dei rami rappresenta la distanza evolutiva tra le specie in termini di tempo o di numero di
modifiche molecolari.