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Modelamiento y Control de Sistemas Biolgicos o Nathalie Andrea Barbosa Director: Ing. Hernando D Morales az
Universidad Nacional de Colombia
26 de febrero de 2011
26 de febrero de 2011
1/1
Orden de la Presentacin o
Por qu? e
Dosificacin de Tetraciclina
TRI TET TR mRNA GFP
Nivel de
.
GFP
Cmo? o
Molculas/clula
4 3 2 1 0 0 50 100 150 200 250 300 350 x 10
4
Molculas/clula
5000
50
100
150
200
250
300
350
Tiempo (horas)
Resultados
Ing. N. Barbosa (U. Nacional) Modelo del nivel de expresin de un gen o 26 de febrero de 2011
.
2/1
Tomado de Research Unit for Tropical Diseases, de Duve Institute http://www.icp.ucl.ac.be/trop/about/subject2.htm Ing. N. Barbosa (U. Nacional) Modelo del nivel de expresin de un gen o 26 de febrero de 2011 3/1
Tomado de Research Unit for Tropical Diseases, de Duve Institute http://www.icp.ucl.ac.be/trop/about/subject2.htm Ing. N. Barbosa (U. Nacional) Modelo del nivel de expresin de un gen o 26 de febrero de 2011 3/1
Tomado de Research Unit for Tropical Diseases, de Duve Institute http://www.icp.ucl.ac.be/trop/about/subject2.htm Ing. N. Barbosa (U. Nacional) Modelo del nivel de expresin de un gen o 26 de febrero de 2011 3/1
Mosquito
Los amastigotes se transforman en promastigotes en el intestino medio
Humano
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4/1
Experimentos reportados sugieren que la expresin gnica var entre o e a un macrofgo infectado y uno de control. a Si se logra reducir el nivel de produccin de las prote o nas, se podr a evaluar cuales son determinantes en el proceso de infeccin o
Ing. N. Barbosa (U. Nacional) Modelo del nivel de expresin de un gen o 26 de febrero de 2011 5/1
Polimerasa
C T G A A T C G G C A C T T G A U G C T A
ARN
ADN
A C G A T T G C
Cadena Inactiva
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6/1
En la traduccin los ribosomas traducen el mensaje del o ARNm y lo convierten en prote nas
Protena
Aminocido
ARNm
Ribosoma
Figura: Proceso de Traduccin del ARN o
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Promotor
Gen
Transcripcin
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8/1
Promotor
Gen
Transcripcin
Activador
Promotor
Gen
Promotor
Gen
Transcripcin
Activador
Promotor
Gen
Transcripcin
Represor
Promotor
Gen
No hay Transcripcin
Tet
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9/1
Tet
Represor de tetraciclina
TR
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9/1
Tet
Represor de tetraciclina
TR
ARN mensajero que codica para la GFP
ARNm
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Tet
Represor de tetraciclina
TR
ARN mensajero que codica para la GFP
ARNm
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9/1
TR
Promotor
GFP
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10 / 1
TR
Promotor
GFP
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10 / 1
Dosificacin de Tetraciclina
TET
PROCESO
TRI
TR
mRNA
GFP
Nivel de
.
GFP
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11 / 1
Dosificacin de Tetraciclina
TET
mRNA
GFP
Nivel de
.
GFP
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11 / 1
Dosificacin de Tetraciclina
TET
TR
GFP
Nivel de
.
GFP
TRI
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11 / 1
Dosificacin de Tetraciclina
TET
TR
mRNA
Nivel de
.
GFP
TRI
26 de febrero de 2011
11 / 1
Dosificacin de Tetraciclina
TET
TR
mRNA
GFP
Nivel de
.
GFP
TRI
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11 / 1
= 1 mRNA +
1 1+
tetR n K
= 2 GFP + mRNAGFP = 3 tetR tetR tet + tetRi + mRNAtetR = 3 tetRi + tetR tet tetRi = tet tet tetR tet + tetRi + 3 tetRi
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Debido a que la poblacin del represor es cerrada se puede o reducir el tamao del modelo n
Redeniendo la poblacin de Represor Inactivo o tetRi = tetRSS tetR
= 1 mRNA +
1 1+
tetR n K
= 2 GFP + mRNAGFP = 3 tetR tetR tet + (tetRSS tetR) + mRNAtetR = tet tet tetR tet + (3 + ) (tetRSS tetR)
Modelo del nivel de expresin de un gen o 26 de febrero de 2011 13 / 1
Molec/cel
150
Molec/cel
Molec/cel
3000
Molec/cel
2000 1000 0
50
Tiempo (horas)
100
150
Figura: Respuesta del modelo al utilizar los parmetros reportados en literatura a especializada.
Ing. N. Barbosa (U. Nacional) Modelo del nivel de expresin de un gen o 26 de febrero de 2011 14 / 1
(a) Tet
Molculas
6 4 2 0 0 x 10
4
50
100
150
200
250
300
350
(b) GFP
Molculas
Tiempo ( Horas )
x 10 15
13
Sensibilidad
10 5 0 tr mgfp delta3
Salidas
Figura: Grca de sensibilidad de los parmetros respecto a las salidas para la a a trayectoria asociada a la produccin o
26 de febrero de 2011
16 / 1
x 10 2
13
Sensibilidad
1.5 1 0.5 v 0 tr mgfp gfp tet gama delta2 beta1 delta1 etamrna delta3 Parmetros n k deltatet zeta
Salidas
Figura: Grca de sensibilidad de los parmetros respecto a las salidas para la a a trayectoria asociada a la produccin o
Ing. N. Barbosa (U. Nacional) Modelo del nivel de expresin de un gen o 26 de febrero de 2011 17 / 1
(a) Tet
Molculas
6 4 2 0 0 x 10
4
50
100
150
200
250
300
350
(b) GFP
Molculas
Tiempo ( Horas )
x 10
12
Sensibilidad
6 4 2 0 tr mgfp gfp alfa etamrna delta1 beta1 delta2 gama deltatet delta3
Salidas
tet zeta
Parmetros
Figura: Grca de sensibilidad de los parmetros respecto a las salidas para la a a trayectoria asociada al cese de produccin o
26 de febrero de 2011
19 / 1
x 10 8
11
Sensibilidad
gfp
tet
Salidas
Parmetros
Figura: Grca de sensibilidad de los parmetros respecto a las salidas para la a a trayectoria asociada al cese de produccin o
Ing. N. Barbosa (U. Nacional) Modelo del nivel de expresin de un gen o 26 de febrero de 2011 20 / 1
Nivel Deseado
CONTROL
Dosificacin de Tetraciclina
PROCESO
Nivel de
.
GFP
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21 / 1
Nivel Deseado
CONTROL
Dosificacin de Tetraciclina
PROCESO
Nivel de
.
GFP
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21 / 1
Nivel Deseado
CONTROL
Dosificacin de Tetraciclina
PROCESO
Nivel de
.
GFP
Se consider un controlador tipo PID o Se consider un controlador por linealizacin entrada - estado o o
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max
Dosificacin
tesp
min
Tiempo
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La sintonizacin por el mtodo Ziegler-Nichols fue la que o e present mejores resultados para el control PID o
x 10
4
4 3.5
4 3.5
x 10
Protena producida
Protena producida
0 50 100 150 200 250 300 350
50
100
150
200
250
300
350
Tiempo (horas)
Tiempo (horas)
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23 / 1
ZN
Proteina producida
50
100
150
200
250
300
350
Tiempo (horas)
Figura: Seal de referencia (rojo), produccin lograda de GFP con = 10000 n o (Azul), con = 20000 (Verde) y con = 40000 (Magenta)
Ing. N. Barbosa (U. Nacional) Modelo del nivel de expresin de un gen o 26 de febrero de 2011 24 / 1
x 10
Protena producida
Protena producida
0 50 100 150 200 250 300 350
4 3 2 1 0
50
100
150
200
250
300
350
Dosificacin
10000
Dosificacin
0 50 100 150 200 250 300 350
10000
5000
5000
Tiempo (horas)
Tiempo (horas)
Seal de referencia (rojo) y produccin lograda de GFP (azul) para el control PID Z-N n o
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Protena producida
50
100
150
200
250
300
350
Tiempo (horas)
Figura: Seal de referencia (rojo), produccin lograda de GFP con la seal n o n discretizada (Azul), con tesp = 20 min (Verde) y con tesp = 40 min (Magenta)
Ing. N. Barbosa (U. Nacional) Modelo del nivel de expresin de un gen o 26 de febrero de 2011 26 / 1
Se encontr una transformacin que permite que la o o dinmica de lazo cerrado sea lineal a
Modelo en las nuevas coordenadas
z1 z2 z3 z4 y = = = = = z2 z3 z4 k1 z1 + k2 z2 + k3 z3 + k4 z4 + vr z1
(1)
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27 / 1
El control por linealizacin y ubicacin de polos present el o o o menor error en estado estacionario
x 10
4
Ubicacin de Polos
4 3.5
4 3.5
x 10
LQR
Proteina producida
Proteina producida
0 50 100 150 200 250 300 350
50
100
150
200
250
300
350
Tiempo (horas)
Tiempo (horas)
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28 / 1
Proteina producida
50
100
150
200
250
300
350
Tiempo (horas)
Figura: Seal de referencia (rojo), produccin lograda de GFP con = 10000 n o (Azul), con = 20000 (Verde) y con = 40000 (Magenta)
Ing. N. Barbosa (U. Nacional) Modelo del nivel de expresin de un gen o 26 de febrero de 2011 29 / 1
3.5
Proteina producida
2.5
1.5
0.5
50
100
150
200
250
300
350
Tiempo (horas)
Figura: Seal de referencia (rojo), produccin lograda de GFP cuando la seal de n o n control es continua (Azul) y cuando se discretiza (Verde)
26 de febrero de 2011
30 / 1
2.5
1.5 15 20 25 30 35 40 45
Figura: Seal de referencia (rojo), produccin lograda de GFP cuando la seal de n o n control es continua (Azul) y cuando se discretiza (Verde)
26 de febrero de 2011
30 / 1
Dosificacin
7000 6000 5000 4000 3000 2000 1000 0 160 160.1 160.2 160.3 160.4 160.5 160.6 160.7 160.8 160.9 161
Tiempo (horas)
Figura: Seal de referencia (rojo), Dosicacin cuando la seal de control es n o n continua (Azul) y cuando se discretiza (Verde)
Ing. N. Barbosa (U. Nacional) Modelo del nivel de expresin de un gen o 26 de febrero de 2011 31 / 1
Proteina producida
50
100
150
200
250
300
Tiempo (horas)
Figura: Seal de referencia (rojo), produccin lograda de GFP con la seal n o n discretizada (Azul), con tesp = 20 min (Verde) y con tesp = 40 min (Magenta)
Ing. N. Barbosa (U. Nacional) Modelo del nivel de expresin de un gen o 26 de febrero de 2011 32 / 1
Dosificacin
202
204
206
208
210
Tiempo (horas)
Figura: Seal de referencia (rojo), Dosicacin con la seal discretizada (Azul), n o n con tesp = 20 min (Verde) y con tesp = 40 min (Magenta)
Ing. N. Barbosa (U. Nacional) Modelo del nivel de expresin de un gen o 26 de febrero de 2011 33 / 1
x 10 4
x 10 4
Protena producida
Protena producida
3.5 3 2.5 2 1.5 1 0.5 0 0 50 100 150 200 250 300 350
3.5 3 2.5 2 1.5 1 0.5 0 0 50 100 150 200 250 300 350
Tiempo (horas)
Tiempo (horas)
Seal de referencia (rojo) y produccin lograda de GFP (azul). Respuesta n o con = 40000 y tesp = 40min
26 de febrero de 2011
34 / 1
x 10 4
x 10 4
Protena producida
Protena producida
3.5 3 2.5 2 1.5 1 0.5 0 0 50 100 150 200 250 300 350
3.5 3 2.5 2 1.5 1 0.5 0 0 50 100 150 200 250 300 350
Tiempo (horas)
Tiempo (horas)
Seal de referencia (rojo) y produccin lograda de GFP (azul). Respuesta n o con = 40000 y tesp = 40min
26 de febrero de 2011
34 / 1
x 10 4
x 10 4
Protena producida
Protena producida
3.5 3 2.5 2 1.5 1 0.5 0 0 50 100 150 200 250 300 350
3.5 3 2.5 2 1.5 1 0.5 0 0 50 100 150 200 250 300 350
Tiempo (horas)
Tiempo (horas)
Seal de referencia (rojo) y produccin lograda de GFP (azul). Respuesta n o con = 40000 y tesp = 40min
26 de febrero de 2011
34 / 1
x 10 4
x 10 4
Protena producida
Protena producida
3.5 3 2.5 2 1.5 1 0.5 0 0 50 100 150 200 250 300 350
3.5 3 2.5 2 1.5 1 0.5 0 0 50 100 150 200 250 300 350
Tiempo (horas)
Tiempo (horas)
Seal de referencia (rojo) y produccin lograda de GFP (azul). Respuesta n o con = 40000 y tesp = 40min
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Aportes Originales
Se desarroll un modelo que permite describir la expresin gnica o o e regulada por medio de tetraciclina. Este modelo puede aplicarse a cualquier caso donde se desea regular la expresin de un gen por o medio del mismo agente.
26 de febrero de 2011
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Aportes Originales
Se desarroll un modelo que permite describir la expresin gnica o o e regulada por medio de tetraciclina. Este modelo puede aplicarse a cualquier caso donde se desea regular la expresin de un gen por o medio del mismo agente. Se desarroll una metodolog que permite lograr diferentes niveles de o a produccin de prote o nas con un bajo error en estado estacionario (menor al 0.01 %) y con sobrepicos menores al 0.1 %.
26 de febrero de 2011
35 / 1
Aportes Originales
Se desarroll un modelo que permite describir la expresin gnica o o e regulada por medio de tetraciclina. Este modelo puede aplicarse a cualquier caso donde se desea regular la expresin de un gen por o medio del mismo agente. Se desarroll una metodolog que permite lograr diferentes niveles de o a produccin de prote o nas con un bajo error en estado estacionario (menor al 0.01 %) y con sobrepicos menores al 0.1 %. Se desarroll una herramienta computacional que calcula o automticamente la sensibilidad de la salida de sistemas representados a por medio de ecuaciones diferenciales, con respecto a sus parmetros. a
26 de febrero de 2011
35 / 1
Conclusiones
El modelo reproduce el comportamiento esperado para el proceso.
26 de febrero de 2011
36 / 1
Conclusiones
El modelo reproduce el comportamiento esperado para el proceso. Se encontr una transformacin que permiti que la dinmica del o o o a sistema en lazo cerrado fuera lineal, usando una ley de realimentacin o no lineal.
26 de febrero de 2011
36 / 1
Conclusiones
El modelo reproduce el comportamiento esperado para el proceso. Se encontr una transformacin que permiti que la dinmica del o o o a sistema en lazo cerrado fuera lineal, usando una ley de realimentacin o no lineal. El controlador por linealizacin y realimentacin de estados o o sintonizado por ubicacin de polos result ser la mejor opcin al o o o adicionar restricciones temporales.
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36 / 1
Conclusiones
El modelo reproduce el comportamiento esperado para el proceso. Se encontr una transformacin que permiti que la dinmica del o o o a sistema en lazo cerrado fuera lineal, usando una ley de realimentacin o no lineal. El controlador por linealizacin y realimentacin de estados o o sintonizado por ubicacin de polos result ser la mejor opcin al o o o adicionar restricciones temporales. La ley de control obtenida por medio de la linealizacin exacta o entrada-estado es menos sensible a posibles variaciones en las condiciones de implementacin en laboratorio. o
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36 / 1
Conclusiones
El modelo reproduce el comportamiento esperado para el proceso. Se encontr una transformacin que permiti que la dinmica del o o o a sistema en lazo cerrado fuera lineal, usando una ley de realimentacin o no lineal. El controlador por linealizacin y realimentacin de estados o o sintonizado por ubicacin de polos result ser la mejor opcin al o o o adicionar restricciones temporales. La ley de control obtenida por medio de la linealizacin exacta o entrada-estado es menos sensible a posibles variaciones en las condiciones de implementacin en laboratorio. o Los experimentos del laboratorio deber enfocarse en la medicin de an o la tasa de interaccin entre el represor y la tetraciclina y las tasas o de degradacin de las molculas. o e
Preguntas?
Ing. N. Barbosa (U. Nacional) Modelo del nivel de expresin de un gen o 26 de febrero de 2011 36 / 1
1+
TR K
( TR)
(x)
n K
TR
n1
1+
TR K
( TR)
2 1
TR
n 2
+1 TR (1 n)
+ ( 1 + 2 ) 1 + 2 +1 TR n
n
1 mARNGFP + 1
1+
TR n kn
2 (2 GFP + mARNGFP )
26 de febrero de 2011
37 / 1
Restriccin o 0 u inf = 10000 0 u 1 = 10000 0 u 1 = 20000 0 u 1 = 20000 tesp = 20min 0 u 1 = 40000 tesp = 40min
Cuadro: Sobrepico medido en cada una de las estrategias utilizadas, ordenados para las diferentes restricciones analizadas. Los datos se presentan en porcentaje.
26 de febrero de 2011
38 / 1
Restriccin o 0 u inf = 10000 0 u 1 = 10000 0 u 1 = 20000 1 = 20000 tesp = 1 = 40000 tesp = 1.79
Z-N
107
0.18 0.19 1.31 1.42
1 1
0u 0u
20min 40min
Cuadro: Errores en estado estacionario medido para cada una de las estrategias utilizadas, organizado para las diferentes restricciones analizadas. El error se presenta en forma porcentual.
26 de febrero de 2011
39 / 1
Restriccin o 0 u inf = 10000 0 u 1 = 10000 0 u 1 = 20000 0 u 1 = 20000 tesp = 20min 0 u 1 = 40000 tesp = 40min
Cuadro: Tiempo de establecimiento medido para cada una de las estrategias utilizadas, organizado para las diferentes restricciones analizadas. El tiempo est medido en minutos. a
26 de febrero de 2011
40 / 1
Restriccin o 0 u inf = 10000 0 u 1 = 10000 0 u 1 = 20000 0 u 1 = 20000 tesp = 20min 0 u 1 = 40000 tesp = 40min
Cuadro: Valor m nimo alcanzado para la funcin objetivo al optimizar para o minimizar el error de seguimiento de referencia. Se muestran los valores hallados para las diferentes restricciones analizadas.
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41 / 1