Gua de ayuda para realizacin de las

Tareas.
Por Juan M Sosa

Cuando viva en mi pueblo, la inmoralidad era inaceptable. Hoy, que he regresado, la inmoralidad es tolerable. Me vuelvo a ir antes que sea obligatoria.

Annimo.

1. Los Programas
En general, los paquetes computacionales funcionan basndose en una qumica modelo, una configuracin bsica y un nivel de teora. La qumica modelo que se usa por defecto es la teora de la configuracin electrnica. El software tiene una base de datos que contiene informacin acerca de los tomos de cada elemento y la forma en que interacta con otros en condiciones especficas. La configuracin bsica es un fundamento que puede variarse e indica la rigurosidad de los clculos que el programa ejecutar. Finalmente, el nivel de teora es el conjunto de estndares propuestos por autores que sigue el programa al ejecutar los clculos.

Estos programas son ampliamente usados para predecir el comportamiento de molculas hipotticas, que se estn aislando o produciendo. Entre los ms reconocidos estn Gaussian e HyperChem, que se usan bajo licencia. Para el trabajo que usted est a punto de hacer, ejecutar ChemSketch, OpenBabel y WinMopac, que son de distribucin libre.

1.1 ChemSketch
El paquete ChemSketch cuenta con una qumica modelo, as es que le permitir modelar las molculas de acuerdo con lo que sabemos acerca de la qumica orgnica. Pero no podr investigar acerca de una molcula ms all de su geometra. ChemSketch puede guardar los dibujos de las molculas en 2D y 3D y exportar el formato de archivo a un nmero limitado de formatos apropiados para ejecutar clculos energticos.

1.2 OpenBabel
Esta fabulosa herramienta le permitir convertir los bocetos realizados en ChemSketch en el formato apropiado para abrir en el programa de libre de distribucin que har sus clculos.

1.2 WinMopac
Es la aplicacin en la que correr los clculos energticos y de orbitales moleculares a partir de la molcula modelada en ChemSketch y cuyo formato de archivo transform en OpenBabel. Usted usar la configuracin base MNDO al nivel de teora por defecto Hartree-Fock.

1.3 Formatos de archivo

ChemSketch utiliza la extensin de nombre de archivo sk2. Esta corresponde a la molcula como una imagen, no como un objeto de tres dimensiones. Para realizar las tareas, es necesario que la informacin de la molcula corresponda a coordenadas espaciales. El programa puede exportar la informacin de la molcula a varios tipos de archivo que son comunes en qumica computacional. Uno de ellos es el Chemical Markup Language con la extensin cml, y es el que usted trabajar para realizar estas tareas. Otros formatos de archivo para modelos de molculas como el dat o el mop requieren de ms experiencia del usuario. Para informacin detallada sobre cmo crear un archivo cml, convertirlo y ejecutarlo, dirjase a las secciones 3.4 a 3.6.

Recuerde que ChemSketch no produce archivos con matrices Z, pero usted convertir los archivos de ChemSketch a matrices Z a travs de OpenBabel.

1.4 Matriz Z
El lenguaje que usa el computador para guardar su modelo molecular consiste en una serie de coordenadas a partir de un tomo de referencia. La tabla que manejan varios tipos de archivo de modelos qumicos es la matriz Z, que es una tabla de datos que muestra las distancias, ngulos de valencia y ngulos diedros de una molcula que se haya dibujado. WinMopac tiene una interfaz grfica que consiste en una ventana con cuatro pestaas. En la primera de ellas (figura 3e) debe escribirse la matriz Z. La produccin de una matriz Z puede resultar muy tediosa para una persona, por eso usted utilizar programas de dibujo y modelacin de molculas para obtener la matriz Z de manera automtica.

1.5 Interprete una matriz Z

A continuacin ver cmo un programa construye una matriz Z. suponga que dibuja un cido propanoico en un programa

de dibujo capaz de producir una matriz Z. Usted inicia ubicando el tomo de carbono del cido. Este tomo solitario es el tomo 1, y es el tomo de referencia. En la matriz Z, la distancia d de los tomos es la distancia con el tomo de referencia r-d, as que la distancia para el C1 (lase carbono 1) es de 0. El ngulo de valencia qv para este tomo solitario es 0 puesto que r-qv es s mismo. Por supuesto, tambin el ngulo diedro qt es 0 puesto que r-qt es el nico tomo hasta ahora. Tabla 1a interpretacin de una matriz Z
tomo C C C O O d 0 00001.5411 00001.5032 00001.2301 00001.3916 g qv 0 00112.1272 00119.2090 00121.6285 g qt 0 g r-d 0 1 2 3 3 r-qv 0 1 2 2 r-qt 0

00179.9999 00000.0000

1 1

Figura 1b numeracin de los tomos del modelo

Una vez ubique el segundo carbono, el valor d ser diferente de 0, ya que registrar una distancia entre C2 y r-d, que es el C1, identificado con el nmero 1. Los valores qv y qd siguen siendo nulos. Al dibujar el tercer tomo, el C3, no slo d cobra significado sino tambin qv porque se forma el primer ngulo. La distancia mostrada para C3 es con el tomo

2, puesto que con ste forma enlace. Este valor d es la primera distancia de enlace. De igual manera, el primer ngulo diedro podr tener lugar hasta que dibuje el cuarto tomo, el O4. Los dems tomos siguen el mismo razonamiento. La matriz Z completa mostrara tambin los valores para los hidrgenos. Cuando usted modela una molcula, traza distancias de enlace y ngulos de valencia arbitrarios. Para corregir la geometra, optimice (tabla 3a). La columna g muestra un valor 1 o un valor 0 que indica si el valor a su izquierda en la matriz se optimizar al correr los clculos o se mantendr como est. Al nivel de teora de Mopac, se obtendrn energas y orbitales moleculares a partir de la geometra establecida en la matriz Z. Si todos los valores son 1, se optimizar la geometra nuevamente. Aquellos valores con g = 0 correspondern a energas y orbitales moleculares calculados a partir de la geometra sin optimizar. En la seccin 3.7 aprender una clave para incluir antes de la matriz y ajustar todos los criterios de optimizacin en un solo paso. La forma en que presentan los programas la matriz Z es la siguiente: C C C O O 00000.0000 00001.5411 00001.5032 00001.2301 00001.3916 0 1 1 1 1 00000.0000 00000.0000 00112.1272 00119.2090 00121.6285 0 0 1 1 1 00000.0000 00000.0000 00000.0000 00179.9999 00000.0000 0 0 0 1 1 0 1 2 3 3 0 0 1 2 2 0 0 0 1 1

Si utiliza otros programas para modelar la molcula, asegrese de no copiar lneas adicionales de la matriz y pegarlas en Mopac. Esto podra causarle errores.

2. Tarea 1 | Distancias de enlace

2.1 Resumen terico de las distancias de enlace
Un tomo X tiene un radio a y un tomo Y tiene un radio b. El enlace X-Y tiene una longitud que depende de una relacin matemtica entre a y b, y de otras caractersticas de los tomos en cuestin. Las distancias de enlace entre tomos no son arbitrarias.

2.2 Modele una molcula

En el software de libre distribucin ChemSketch, usted puede modelar la molcula que se le asign. Utilice el pincel por defecto para crear tomos de carbono con hibridacin sp3. Los pinceles de los tomos ms frecuentes pueden colocarse simplemente presionando la letra de su smbolo en el teclado. Por ejemplo, el carbono con la C, el oxgeno con la O, el azufre con la S, etc. Los pinceles para dibujar tomos de los dems elementos estn disponibles en la tabla peridica (tabla 3a). Adems, usted dispone de varias formas qumicas predeterminadas para dibujar ms rpidamente, como el benceno o el ciclohexano. Aparecen en la columna de la extrema derecha de la ventana del programa. Para realizar esta tarea, debe optimizar la geometra al nivel bsico de ChemSketch, y luego a nivel de teora Hartree-Fock en WinMopac.

Formas frecuentes de molculas

2.3 Analice la matriz Z en Excel

La matriz que usted produjo siguiendo los pasos de las secciones 3.4 a 3.6 contiene la informacin que necesita para esta tarea. Puede analizarla usted solo o ayudarse con

Microsoft Excel. Para esto debe configurar su sistema para que el separador decimal sea el punto (.) y no la coma (,). Pegue la matriz Z final en un documento de texto en blanco. Guarde el documento en un directorio conocido y con un nombre informativo, como 001-matrizfinalpropanoico En el cuadro de dilogo abrir en Excel, escoja ver todos los archivos (*.*) y abra el documento de texto que cre. Deber indicarle a Excel que entienda las tabulaciones y espacios como separadores de columna. Visualizar la matriz Z en Microsoft Excel le ayudar a ubicarse rpidamente en los datos ya que puede enumerar los tomos, etiquetar las columnas, ordenar la tabla dependiendo de una columna de menor a mayor o de mayor a menor, etc. Para etiquetar las columnas, inserte una fila antes de la primera lnea de la matriz. Coloque los nombres de columna de la tabla 1a de este libro o los que usted guste, siempre que le brinden comodidad y entendimiento. Para enumerar los tomos, inserte una columna a la izquierda da la columna que enlista los tomos. Escriba el nmero 1 en la celda a la izquierda del primer tomo. Escriba el nmero 2 en la celda a la izquierda de segundo tomo. Seleccione las que tienen los nmeros 1 y 2. Despliegue y obtendr la numeracin automtica hasta donde desee. Arrastre hasta haber enumerado todos los tomos de la matriz. Una vez lista su matriz en la hoja de clculo, guarde una copia de seguridad. Puede seleccionar una columna de datos (excepto la celda que contiene el nombre de la columna) y ordenarlos de menor a mayor o de mayor a menor.

Enumere automticamente las filas

Para ordenar todos los datos de la tabla de acuerdo a los datos que seleccion y reorganiz debe hacer escoger ampliar la seleccin actual en el cuadro de dilogo que aparece cuando aprieta uno de los botones de reorganizar.

Estas operaciones le permitirn visualizar la informacin de la matriz Z de manera muy adecuada y obtener informacin muy til para desarrollar esta tarea.

3. Tarea 2 | Barreras de rotacin

3.1 Resumen terico de las barreras de rotacin
La repulsin es un fenmeno natural a nivel atmico. Los tomos de una misma molcula estn tan alejados unos de otros como es posible, generando en principio la diversa geometra molecular. La energa de formacin de una molcula cuya geometra favorece la repulsin mutua de sus tomos, es muy inferior respecto a la energa de formacin de una molcula hipottica que tenga ciertos tomos muy cerca a otros.
El estado ptimo de una molcula es aqul en que con mayor probabilidad se encuentra en la naturaleza, es decir; con sus tomos lo ms alejados entre s y, por ende; con la menor energa de formacin posible.

3.2 Dibujar y rotar

Usted producir 6 modelos diferentes de su molcula. El primero, en estado ptimo. En los 5 modelos siguientes, seleccionar el grupo de tomos que se le asign y los rotar 60 grados en cada uno. De esta forma, el modelo 2 tendr dicho grupo de tomos rotado a 60, el tercero a 120, y consecutivamente el sexto a 360.

3.3 Rote su molcula

Una vez dibuje su molcula, guarde una copia de seguridad en un directorio conocido de su sistema operativo. Nmbrela de manera informativa, como 001_molcula_sin_cambios o 001_molcula_inicial. ChemSketch la guardar por defecto con la extensin .sk2. A continuacin, modele su molcula en 3D y rtela hasta que el carbono quiral que le asignaron eclipse el carbono que le sigue, y el grupo de tomos ms prximo a usted, sea el que debe rotar. En el

ejemplo (figura 3b), el carbono quiral es el que tiene el grupo cido, y es este es el que debemos rotar.

Tabla 3a Botones importantes en ChemSketch Ajustar la vista Seleccionar y mover | Seleccionar para rotar sobre el plano, cambiar el tamao | rotar en 3D Borrar un elemento del dibujo Ver estructura en el plano | optimizar en 3D Ver tabla peridica para seleccionar elemento Figura 3b vista de la rotacin en ChemSkecth
Cl H H H Cl H H Cl H HH O H H H H O Cl H H H H H H Cl H O O H

modelar en 3D
H H

Cl H H H H H

O O

H H

rotar hasta eclipsar

rotar 60 slo tomos de inters

HH H H

Cl H H H OCl H H

Crtl+Shift+N permite ver la numeracin de los tomos. Conociendo el nmero de cada tomo que debe rotar, esta opcin facilita mucho la seleccin de tomos en la vista eclipsada.

Debe escoger la herramienta seleccionar para rotar sobre el plano (tabla 3a). Para seleccionar nicamente los tomos del grupo que va a rotar, debe hacer clic sobre ellos presionando al tiempo la tecla shift. Si dos tomos que necesita seleccionar estn eclipsados, puede seleccionarlos simultneamente haciendo clic cerca de ellos, arrastrando el mouse y encerrndolos en el recuadro. En medio de los tomos que haya seleccionado, aparecer un sealador que se convierte en azul cuando lo toca con el puntero. Usted puede moverlo para indicar el eje de la rotacin. Coloque el sealador sobre el carbono quiral. No debe seleccionar el carbono quiral. Para iniciar la rotacin, ubique el puntero en el centro de uno de los tomos seleccionados y arrastre. Aparecer de inmediato la informacin correspondiente a la cantidad de grados que est rotando. Su modelo molecular est listo. Debe deseleccionar los tomos haciendo clic en una parte blanca de la hoja. De lo contrario, cuando exporte su trabajo, exportar nicamente los tomos seleccionados.

Sealador del eje de rotacin

3.4 Exporte a un formato .cml

Chemical Markup Language es uno de los formatos a los que ChemSketch puede convertir sus archivos. Haga clic en fileexport. Se abrir un cuadro de dilogo donde pondr un nombre a su estructura. As como al dibujo original, asigne un

nombre informativo y til. Siempre es til nombrar un orden 001 y para este caso especfico, mencionar el ngulo de rotacin 001-60grados-mol1.cml Seleccione el tipo de archivo *.cml. Elabore los dems modelos y gurdelos en una carpeta. A continuacin convertir los archivos .cml a .mpc, Mopac Cartesian format.

3.5 Convierta el formato cml a mpc

El programa OpenBabel convertir sus modelos moleculares del formato cml al formato mpc. No obstante, usted efectuar las conversiones sin necesidad de generar archivos nuevos y, por ende, sin necesidad de buscar una nueva ubicacin en su disco duro dnde guardarlos ni darles nombre. Queda a su libre albedro el guardar una copia de cada archivo una vez se conviertan a las coordenadas internas de WinMopac. Al desactivar la opcin de guardar el archivo convertido Figura 3c), aparecer el texto del formato mpc producido a partir de su archivo cml, en la ventana de OpenBabel. Se trata de una matriz Z, el sistema de coordenadas cartesianas que est disponible para copiar como texto y pegar en el programa WinMopac.

Si mantuvo activada la opcin de guardar el archivo, deber ubicar los archivos que produjo y abrirlos en la ventana Initial Matrix de WinMopac .

3.6 Ejecute los clculos de la energa en WinMopac

El formato por defecto de WinMopac es la matriz Z (tabla 3d), contenida entre otros en el formato mpc. Si usted desactiv la opcin de guardar el archivo convertido, tendr disponible la matriz Z en la ventana de OpenBabel. Deber copiar el texto de cada modelo molecular y pegarlo en la ventana Initial Matrix de WinMopac para realizar los clculos.

Figura 3c aspecto de OpenBabel INPUT FORMAT Despliegue este men para seleccionar el formato cml como formato de origen.

Busque el modelo molecular que export desde ChemSketch al formato cml. Ejemplo: 00160grados-mol1.cml

OUTPUT FORMAT Seleccione el formato al que va a convertir sus archivos cml. El formato para efectuar esta tarea es el formato de coordenadas cartesianas de Mopac, mpc.

Puede buscar un destino en el disco duro para guardar su archivo mpc, o puede poner un P en la casilla de verificacin

para desactivar la opcin de guardar el archivo convertido. Tabla 3d aspecto del contenido de los formatos cml y mpc
Archivo cml obtenido en ChemSketch <?xml version="1.0"?> <!DOCTYPE molecule SYSTEM "cml.dtd" []> <molecule convention="ACD/ChemSketch"> <string Conversin OpenBabel en Matriz Z producida por OpenBabel a partir del archivo cml. PUT KEYWORDS HERE C 12.87660 1 -5.36350 1 4.85050 1

title="GenerationSoftware">ACD/ChemSketch</string> <string title="date" convention="ACD/ChemSketch">02/26/2010</string> <atomArray> <atom id="a1"> <string builtin="elementType">C</string> <float builtin="x3">12.8766</float> <float builtin="y3">-5.3635</float> <float builtin="z3">4.8505</float>

C 12.01530 1 -6.44410 1 C 12.64450 1 -6.85670 1 C 14.06510 1 -7.39000 1 C 14.92400 1 -6.30440 1 C 14.29850 1 -5.89710 1 C 16.31470 1 -6.84440 1 O 16.72060 1 -7.77200 1 O 17.10870 1 -6.29400 1 Cl 10.38650 1 -5.81260 1 Cl 14.79000 1 -7.85410 1

4.17990 1 2.84130 1 3.07650 1 3.73950 1 5.08160 1 3.97210 1 3.30940 1 4.92900 1 3.89520 1 1.53010 1

Figura 3e Aspecto de WinMopac

Al pegar el texto de la matriz Z o bien, abrir el archivo mpc producido por OpenBabel, aparecer la matriz Z en la ventana Initial matrix (figura 3e). OpenBabel indica dnde colocar las claves para el clculo al insertar el texto PUT KEYWORDS HERE. Esta frase debe ser reemplazada por las claves que requiera usar para sus clculos. Si no incluye palabras clave, los clculos que se ejecuten sern los predeterminados como optimizacin de la geometra, clculo de eigenvalues, etc. En caso de no incluir palabras clave, debe conservar las tres tabulaciones en blanco antes del primer rengln de la matriz Z. de lo contrario, la matriz no ser tenida en cuenta correctamente por los algoritmos.

3.7 Clculo de la energa single point

Los clculos por defecto, sin keywords, conllevan a un clculo de la energa de la geometra ptima. Es decir, la energa de formacin de la molcula en la posicin en que est a causa de la repulsin. Esto significa que la energa de formacin ptima es la ms baja. Para calcular la energa de una molcula cuya posicin es diferente a la ptima, por ejemplo, las molculas que model para esta tarea, debe incluir la clave 1SCF. La clave 1 Single Calculation Field indica al programa que se detenga en la primera energa de formacin calculada y no busque energas ms bajas, es decir, que no optimice la geometra. Tabla 3f Botones importantes de WinMopac Abrir RasWin Usted puede ver un modelo en 3D de la molcula que dibuj en ChemSketch. De manera predeterminada, el software modela la molcula de acuerdo a la qumica modelo. Esto significa que las alteraciones que haya realizado, como rotaciones o elongaciones, podran no ser visibles.

Correr WinMopac Ejecute los clculos. Borrar contenido de la ventana Si ya ejecut y guard o registr los resultados del clculo anterior, borre el contenido de las ventanas de WinMopac para pegar o abrir la matriz Z de su siguiente modelo proveniente de la conversin de OpenBabel. Si desea guardar el contenido de las ventanas Full Results, Brief Results o Final matrix; es recomendable cortar el texto y pegarlo en un documento de texto de bloc de notas u otro procesador sencillo de texto. Como siempre, nombre los archivos de manera til e informativa y en un directorio especfico. Una vez hechos los clculos, para esta tarea nos interesa la ventana Brief Results.
FINAL HEAT OF FORMATION TOTAL ENERGY ELECTRONIC ENERGY CORE-CORE REPULSION IONIZATION POTENTIAL NO. OF FILLED LEVELS MOLECULAR WEIGHT COMPUTATION TIME = = = = = = = = -38.17904 -2388.34001 -11200.81038 8812.47037 11.33566 32 197.061 0 h 0 min 1 sec KCAL EV EV EV

El calor final de formacin final heat of formation, muestra la energa con que la molcula se conformara si tuviera la geometra que usted indic desde que la dibuj en ChemSketch. Puede empezar a crear su tabla de ngulos y energas para producir la grfica.

4. Tarea 3 | distancias de enlace

4.1 Resumen terico de las distancias de enlace
tomos de diferentes elementos tienen diferentes radios atmicos, diferentes potenciales de ionizacin y afinidades electrnicas distintas. La formacin de un enlace atmico requiere determinada cantidad de energa dependiendo de los tomos que lo estn formando. La longitud de un enlace repercute tambin en la energa de formacin de la molcula que lo contenga.

4.2 Abra su molcula en 3D Viewer

En una molcula debidamente modelada y optimizada en ChemSketch, puede modificarse la longitud del enlace que le asignaron para su molcula. En el men ACD/Labs 1 3D viewer (freeware), podr abrir la ventana del visor en 3D. Debido a un bug de la versin de libre distribucin de ChemSketch, el 3D viewer inicia en blanco. En la barra de estado aparecer NO MOLECULE o sin molcula. Usted debe buscar la opcin 1-Chemsketch (Figura 4a) en la parte inferior izquierda de la ventana del 3D Viewer. Esta opcin lo regresar a ChemSketch, donde deber buscar en la parte inferior derecha la opcin n-Copy to 3D. n corresponde a un nmero, generalmente el 3. Aparecer su molcula en 3D y NONAME01.S3D en la barra de estado de 3D viewer. En el ejemplo de la figura 4a, la molcula es el minoxidil y el nombre de archivo (visible en la pantalla de ChemSketch) es MINOXIDIL_VIRGEN.SK2.

Figura 4a abrir su molcula en 3D viewer 1 En ChemSketch

2 En 3D blanco

Viewer

en

3 En ChemSketch

Figura 4b aspecto de la molcula en 3D

NH2 HO N N N

H2N

Figura 4c botones importantes en 3D Viewer Medir distancia de enlace Seleccionar tomos

4.3 Estire y encoja un enlace

En esta molcula, el enlace a rotar y a estirar y encoger es el que une los dos anillos. Dentro de 3D Viewer, seleccione las herramientas medir distancia de enlace y seleccionar tomos (Figura 4c). Si usted selecciona dos tomos arbitrariamente, el programa medir la distancia entre ellos an si no estn enlazados. Para medir distancias de enlace seleccione los tomos que forman el enlace. Para este ejemplo, seleccione el nitrgeno y el carbono que forman el enlace que une los dos anillos. Aparecer la informacin de distancia de enlace en Angstroms en un cuadro de dilogo sobre el que usted podr escribir (figura 4d). Figura 4d ajuste la distancia

Recuerde nombrar los archivos de manera que pueda ubicarlos desde otros programas.

Prepare una tabla que relacione las distancias de enlace con la energa de formacin

Ya que la molcula viene optimizada desde ChemSketch, esta distancia corresponde a la ptima. Tmela como el 100%. Guarde este archivo siguiendo los pasos de las secciones 3.4 a 3.6, produciendo un archivo cml que convertir a mpc y que ms adelante utilizar para ejecutar los clculos. Modifique la distancia del enlace de su molcula a un 75, 90, 110, 120 y 130%. Produzca archivos para cada uno de los modelos con diferentes distancias. Ejecute los clculos en Mopac de acuerdo a lo indicado en la seccin 3.7, y obtendr los datos de energa de la tabla. Est listo ahora para graficar.

5. Tarea 4 | Mecanismo de reaccin

5.1 resumen terico de los mecanismos de reaccin
La forma en que las estructuras orgnicas reaccionan entre s depende, entre muchos otros factores, de la carga de sus orbitales moleculares. Los paquetes de libre distribucin de ACD/Labs como ChemSketch y 3D Viewer, no estn en capacidad de mostrar un mecanismo de reaccin. No obstante, trabajando con ChemSketch, OpenBabel y Mopac, pueden calcularse los valores de los orbitales moleculares HOMO y LUMO y predecir el camino de reaccin entre la molcula asignada y otra con la que pueda reaccionar.

5.2 Calcule la energa de los OM

Desde su molcula debidamente dibujada y optimizada en ChemSketch, y transformada en un archivo mpc apto para Mopac, siguiendo los pasos de las secciones 3.4 a 3.6; usted puede calcular la carga de los OM u orbitales moleculares de su modelo. En Mopac, incluya la clave vectors en la ventana de la matriz inicial para obtener los valores de carga en los OM. Hasta ahora ha usado la clave 1scf, que es para obtener energa single point. Para la tarea 4 debe optimizar la geometra, as que No incluya la clave 1scf. Esto permitir a Mopac hacer los clculos por defecto. La optimizacin que hace ChemSketch es a un nivel de teora mnimo, para modelar la molcula de acuerdo a la geometra. Al optimizar en Mopac, se usa el nivel de teora Hartree-Fock, que le ha permitido obtener energas de formacin y le permitir ahora conocer la carga de los OM.

5.3 interprete la tabla de valores de los OM

En esta ocasin tendr en cuenta la pestaa Full results de Mopac una vez haya corrido los clculos. Debe buscar el ttulo EIGENVECTORS (tabla 5a). Los ROOT enumeran los OM formados por los orbitales atmicos. Cada ROOT tiene un EIGENVALUE, o un coeficiente de orbital, y cada EIGENVALUE est compuesto por una contribucin de cada orbital atmico de cada tomo. En la tabla se especifica el valor de dicha contribucin de cada orbital de cada tomo para componer el valor EIGENVALUE que encabeza la columna. Cada una de estas contribuciones es un EIGENVECTOR. El orbital ms bajo desocupado o LUMO, es aquel con la menor carga >0, inmediatamente despus del ms alto ocupado u HOMO, que es el valor <0 ms cercano a 0. En la tabla 5a se encuentran los eigenvectors calculados por Mopac para un cido carboxlico. El EIGENVALUE con el HOMO es el 9, con -11.48504 y el EIGENVALUE con el LUMO es el 10 con 1.01512. Estas cifras son adimensionales puesto que son coeficientes. Para conocer el EIGENVECTOR que interesa para la tarea 4, debe identificar qu tomos son nuclefilos en una de las molculas y qu tomos son electrfilos en la otra. Estos sern sus tomos de inters. En otras palabras, debe proponer los posibles caminos de reaccin entre las molculas. Ejecutar el clculo de los EIGENVECTORS permite predecir cul camino de reaccin ser ms probable. Para ello debe tener en cuenta la contribucin del orbital pz de su tomo de inters al EIGENVALUE del HOMO y del LUMO de cada molcula.

ROOT NO.
EIGENVALUES

7 -14.80492

8 -12.29003

9 -11.48504

10 1.01512

11 2.75715

12 3.84875

S PX PY PZ S PX PY PZ S PX PY PZ S S

C C C C O O O O O O O O H H

1 1 1 1 2 2 2 2 3 3 3 3 4 5

.04392 .14912 .30458 -.00064 -.10503 -.28941 .38723 -.00067 -.27403 -.41211 -.47451 -.00044 -.26703 .31133

.00001 -.00004 -.00001 -.24406 .00002 .00011 -.00005 -.65335 -.00002 .00035 .00015 .71664 .00008 .00003

-.04266 .06282 .08511 -.00001 -.00999 -.08567 -.85115 -.00003 -.00797 .00369 -.38462 .00004 -.32724 -.00072

.00000 -.00001 -.00005 .78980 .00000 -.00002 .00002 -.56272 .00006 -.00015 -.00003 -.24405 -.00004 -.00015

-.51139 .29963 .18771 .00001 .03166 -.15432 -.05339 -.00001 .10538 -.00769 -.29299 .00004 .69322 -.09078

-.10462 -.01848 -.53279 -.00012 .03652 -.12185 .18699 .00006 .28823 -.27915 -.33179 .00030 -.20298 -.58430

Tabla 5a EIGENVECTORS para un cido carboxlico

En la tabla 5a se resaltan en amarillo los EIGENVECTOR correspondientes al orbital pz del carbono 1, que contribuyen a la formacin de los HOMO y LUMO, que son los OM 9 y 10 cuyos EIGENVALUES estn resaltados en azul. El tomo de inters en caso de que la reaccin sea una SE, es en efecto, el carbono 1 de cido carboxlico del ejemplo. Pero para el caso en que fuere el oxgeno del grupo cido el que atacara un electrfilo de la otra molcula, tenemos en cuenta tambin los EIGENVECTORS del orbital pz del oxgeno 3 para el HOMO y el LUMO. En la tabla 4a estn resaltados en gris.
Grafique con estructuras los posibles caminos de reaccin e identifique la numeracin de los tomos.

5.4 Tabule su informacin

Despus de calcular los coeficientes de los orbitales para ambas molculas, organice la informacin de inters en una tabla donde pueda comparar fcilmente la informacin. Para el ejemplo, el cido carboxlico sera puesto en un ambiente con el etanol.

Camino Rx 1 2

orbital pzC1 cido pzO1 etanol pzO2 cido pzC2 etanol

HOMO -.00001 .642725 .00004 .49585

LUMO .78980 -.00003 -.24405 .00456

Recuerde que debe tener en cuenta la interaccin entre el HOMO de una molcula y el LUMO de la otra. En nuestro ejemplo, la mayor interaccin HOMO-LUMO est resaltada en verde y predice cul camino de reaccin es el ms probable.

6. Troubleshooting
En esta seccin encontrar ayuda acerca de problemas que pueden presentarse al momento de ejecutar sus clculos. Si un problema persiste, procure acceder a la matriz Z del modelo que cre y copie el texto para pegarlo en Mopac desde la cuarta lnea. Esto debe minimizar los errores.

6.1 Mensaje | One atom is ill-defined

Este mensaje indica que una de las lneas de la matriz est fuera del rango de lectura. Recuerde que la matriz empieza en la cuarta lnea con o sin claves. Este mensaje puede variar de One atom a Two atom u otro nmero de tomos ill-defined.

6.2 Mensaje | Unrecongnized keyword found

Existe un error en la escritura de alguna de las claves. Verifique la digitacin y asegrese de que la clave que escribi es propia de Mopac.

6.3 Mensaje | invalid fourth Line in data file

Al abrir en Mopac archivos dat u de otras procedencias, se incluyen lneas con informacin extra, como copyright. Elimnelas. Este mensaje puede variar en el ordinal de la lnea (fourth, fifth, sixth, etc).

6.4 Mensaje | small coordinate changes caused a large interatomic distance change
El modelo que est trabajando debe tener una condicin extrema de geometra que no puede ser calculada a ese nivel

de teora. Cambie el ngulo de rotacin o distancia de enlace de su modelo en una pequea proporcin. No importa que no sean exactamente 60 o uno de sus mltiplos en el caso de un modelo con rotacin, o que obvie el clculo de energa para un modelo con determinada distancia de enlace si lo cambia por otro similar.

6.5 Mensajes en los que se sugiere usar GEOMOK, Shift o Pulay.

Algunas molculas tienen cargas totales, electrones desapareados u otras condiciones que requieren niveles de teora especficos. En el panel SET de Mopac, ubique estas configuraciones y aplquelas. Ms Troubleshooting en la pgina www.stanchs.koanime.com

7. Bibliografa
Foresman, J.B., Frisch, . EXPLORING CHEMISTRY WITH ELECTRONIC STRUCTURE METHODS (1996) Gaussian Inc, Pittsburg. Young, D. THE ABSOLUTE BEGINNERS GUIDE TO MOPAC [Consultada en 2005 en http://www.ccl.net/cca/documents/dyoung/topicsorig/mopac.html] TOOLS FOR MOLECULAR MODELING (2002) HyperCube, HyperChem release 7.