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Il bootstrap

Il bootstrap è una tecnica per la stima della significatività statistica di osservazioni di varia natura,
perciò è utile per misurare l'attendibilità statistica di un albero filogenetico.
È una tecnica di ricampionamento casuale delle sequenze disponibili, che può essere utilizzato
con tutti i metodi che permettono la costruzione di un albero.
I caratteri (colonne in un allineamento di sequenze) sono estratti casualmente per generare molti
(almeno 1000) pseudo data set. Ognuno di questi viene analizzato per ricostruire un albero
filogenetico (con uno qualsiasi dei metodi visti). Così si ricostruisce l’albero consensus di tutti gli
alberi simulati, calcolando per ogni nodo la % (bootstrap proportions) di alberi in cui viene
riprodotto lo stesso nodo.
Un alto valore corrisponde ad un'alta significatività statistica del nodo, con la regola detta majority
rule consensus (vale a dire che ogni nodo viene considerato significativo se viene riprodotto in
almeno il 50% delle repliche di bootstrap).

Bisogna comunque essere cauti, la tecnica del bootstrap ci dà informazioni sulla precisione,
ma non sull'accuratezza dell'osservazione.
Il bootstrap dà inoltre una stima della topologia dell'albero, cioè mostra quanto le diverse parti di
una sequenza convergono verso una stessa topologia filogenetica. Se il processo evolutivo si è
manifestato in modo uniforme su tutta l'estensione della sequenza considerata allora i valori di
bootstrap tenderanno ad essere più alti. Al contrario, se parti della sequenza hanno subito processi
evolutivi differenti i valori di bootstrap tenderanno ad essere molto bassi.

Non è semplice interpretare il valore di boostrap:


- valori superiori all'80% indicano un supporto molto forte (processo evolutivo uniforme)
- valori superiori al 50% indicano comunque che un gruppo è presente frequentemente negli
pseudo data set (altre combinazioni hanno valori sicuramente molto più bassi);
- valori bassi non indicano che il clade è sbagliato, ma solo che il supporto statistico è basso.
La tassonomia polifasica
Definita da Colvell nel 1970 per la tassonomia batterica.
Sistema di classificazione che combina e sintetizza tutta l'informazione disponibile.
Produce una tassonomia completa, che necessariamente diventa multifattoriale.
In micologia questa filosofia ha fatto il suo ingresso negli anni novanta.

Una classificazione affidabile deve tener conto contemporaneamente degli aspetti:


1. filogenetici (rapporti di parentela tra gli organismi nel tempo)
2. fenotipici (morfologia e fisiologia dei taxa esaminati)
3. ecologici (ad es. micorriza quale carattere tassonomico)

Classifica gli organismi con…


- morfologia (forma, dimensione, colore, peculiarità macroscopiche e microscopiche)
- fisiologia, citologia, cariologia
- metodi biochimici
- elettroforesi di proteine ed enzimi
- analisi genetica (RFLP, sequenze)
- proteomica
- ecologia
- …

E tenta di analizzare tutti i dati ottenuti contemporaneamente:

1- Analisi „combinata“

2- Analisi statistiche
• Analisi di clustering (Clustering classico, Block Clustering, Fuzzy Clustering)
• Analisi delle componenti principali e fattoriali
• Non-metric Multi Dimensional Scaling (MDS)
• Metodi filogenetici
• Analisi delle corrispondenze multiple (MCA)
Glossario
Biologia molecolare: è una branca della biologia che studia gli esseri viventi a livello dei
meccanismi molecolari alla base della loro fisiologia, concentrandosi in particolare sulle interazioni
tra le macromolecole, ovvero proteine e acidi nucleici (DNA e RNA). Per biologia molecolare si
intendono spesso una serie di tecniche che consentono la rilevazione, l'analisi, la manipolazione,
l'amplificazione (PCR) e la copia (clonaggio) degli acidi nucleici.

Cladistica (tassonomia cladistica, dal greco κλάδος kládos = ramo), è un metodo di


classificazione degli organismi, messo a punto da Willi Hennig (1913-1976), che si basa sul grado
di parentela ovvero sulla distanza nel tempo dell'ultimo progenitore comune. È nota anche come
sistematica filogenetica.

Reazione a catena della polimerasi (Polymerase chain reaction PCR): è una tecnica
estremamente versatile per copiare il DNA; consente, attraverso una reazione enzimatica condotta
mediante polimerasi termostabile, di copiare milioni di volte un frammento di DNA.

Elettroforesi su gel: è una delle metodologie principali della biologia molecolare. Il principio base
sta nella possibilità di separare DNA, RNA e proteine sfruttando un campo elettrico:
• Gli acidi nucleici (DNA ed RNA) possono essere separati in base alla dimensione (pb=paia di
basi; kd=kilodalton) tramite l'elettroforesi su gel di agarosio .
• Le proteine possono essere separate in base:
- alle dimensioni con l'elettroforesi su gel di poliacrilammide;
- alla carica elettrica con l'elettroforesi in gel isoelettrico.

Fenetica (tassonomia numerica o tassimetria): è una tecnica di classificazione degli organismi che
si basa sulla somiglianza, nella morfologia o in altre caratteristiche osservabili, senza tener conto
della filogenia o delle relazioni evolutive.

Ribosomi: sono organuli cellulari, costituiti da rRNA e proteine, immersi nel citoplasma o ancorati
al reticolo endoplasmatico ruvido o contenuti in altri organuli (mitocondri e cloroplasti), responsabili
della sintesi proteica. La loro funzione è quella di leggere le informazioni contenute nella catena di
RNA messaggero (m-RNA).

Southern blot: metodo che serve a sondare la presenza di specifiche sequenze di DNA in un
campione di DNA: i campioni, prima e dopo una digestione con enzimi di restrizione sono separati
tramite elettroforesi su gel e dunque trasferiti su una membrana sfruttando la capillarità. La
membrana può dunque essere indagata usando una sonda di DNA marcata complementare alla
sequenza di interesse (i protocolli originariamente prevedevano marcatura con isotopi radioattivi,
ora sono disponibili marcature non radioattive).

Carattere: attributo osservabile di un organismo, che può avere più stati, su cui si possa fondare
un’ipotesi di omologia.

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