LAPORAN PRAKTIKUM

BIOLOGI DASAR

“ISOLASI DNA”

Oleh :

Nama : Hanif Al Amri

NIM : 210210102100

Kelompok :8

PROGRAM STUDI PENDIDIKAN FISIKA

JURUSAN PENDIDIKAN MIPA

FAKULTAS KEGURUAN DAN ILMU PENDIDIKAN

UNIVERSITAS JEMBER

2022
 I. JUDUL
ISOLASI DNA
II. TUJUAN
2.1 Mampu mengisolasi DNA buah – buahan dengan metode sederhana.
III. DASAR TEORI
Isolasi DNA merupakan salah satu tahap penting dalam kegiatan
memperoleh informasi genetik dan analisis genetik.DNA dengan kualitas
yang baik digunakan untuk kegiatan seperti pemanfaatan marka molekuler,
pembuatan pustaka genom, hingga sekuensing.Prinsip isolasi DNA terdiri
dari tiga tahapan, yaitu: lisis dinding dan membran sel, pemisahan atau
purifikasi DNA, dan presipitasi DNA Permasalahan utama yang sering
muncul dalam proses isolasi DNA tanaman adalah kandungan senyawa
polisakarida, polifenol, protein, RNA, dan senyawa metabolit sekunder
yang terdapat pada tanaman yang dapat menghambat tahapan isolasi DNA
(Rizko, dkk. 2020: 2).
Suatu tahapan pada isolasi DNA adalah sebuah tahapan yang
penting yang harus di lalui untuk menentukan berhasil tidaknya proses
isolasi DNA tersebut, terutama terhadao kualitas DNA yang akan di pakai.
Kualitas DNA genom untuk dapat di isolasi dapat dijadikan tolak ukur
keberhasilan dalam sebuah praktikum. Umumnya DNA dari tumbuhan
berkayu cenderung telah terkontaminasi oleh polisakrida, fenol, dan
derivatnya. Hal tersebut tentunya sangat mempengaruhi hasil yang akan di
dapatkan (Sundari, 2018: 22).
Ekstraksi DNA merupakan kegiatan rutin yang dilakukan dalam
penelitian berbasis molekuler. Prinsip dasar ekstraksi DNA ialah bagaimana
menghancurkan jaringan tanaman dan memperoleh DNA murni yang tidak
terkontaminasi oleh komponen sel seperti protein dan karbohidrat, tanpa
menyebabkan kerusakan pada DNA tersebut . Kehadiran sejumlah
kontaminan seperti polisakarida dan senyawa metabolit sekunder akan
menghambat kerja enzim polymerase pada kegiatan PCR. Oleh karena itu
proses penghilangan senyawa kontaminan tersebut mutlak diperlukan
dalam suatu metode ekstraksi DNA. Secara umum, ekstraksi DNA memiliki
beberapa tahapan yaitu: 1) tahap penghancuran jaringan tanaman
menggunakan nitrogen cair atau bufer ekstraksi, 2) tahap eliminasi senyawa
kontaminan menggunakan pelarut organik seperti fenol, kloroform, dan
isoamil alkohol, serta 3) tahap presipitasi DNA menggunakan etanol atau
isopropanol. Tahapan tersebut cenderung memakan waktu khususnya pada
saat inkubasi sampel selama tahap presipitasi. Saat ini sudah banyak kit
ekstraksi DNA komersial yang beredar di pasaran, akan tetapi menurut
perhitungan biaya ekstraksi per sampel menjadi lebih mahal. Oleh karena
itu perlu dilakukan penelitian untuk memperoleh metode ekstraksi DNA
yang relatif cepat dan biaya yang terjangkau. Penelitian ini bertujuan untuk
memperoleh metode ekstraksi DNA tanaman yang dapat digunakan untuk
kegiatan PCR tanpa melalui tahapan presipitasi etanol (Nugroho. 2019: 30).
Isolasi DNA tidak hanya dilakukan pada sel tumbuhan saja namun
juga dapat dilakukan pada sel hewan. Namun tidak terdapat banyak
perbedaan dari sel tumbuhan dan sel hewan. Isolasi genom juga dapat
dilakukan dengan bahan kimia tertentu yang dapat menunjang kemudahan
dalam proses praktikum. Metode yang dapat dilakukan yaitu mengisolasi
DNA genom yang akan dipakai seperti tumbuhan atau hewan, dan
mengecek hasil perbedaan dari maisng-masing isolasi DNA yang dilakukan.
Isolasi DNA juga dapat dilakukan dengan kuantifikasi menggunakan
spektrootometer (Gusrina, 2018).
DNA yang terdapat dalam suatu individu tingkat tinggi seperti
hewan, tumbuhan, dan manusia terletak di dalam inti sel namun ada juga
yang masih di dalam organel sel seperti pada tumbuhan terletak di
mitokondria dan kloroplas. Sedangkan DNA yang terdapat pada individu
tingkat rendah umumnya DNA penyusun kromososm dibungkus oleh
dinding selnya. Isolasi DNA dapat dilakukan menggunakan DNA tumbuhan
maupun hewan karena dapat terlihat dengan mudah, isolasi DNA dapat
dilakukan dengan metode yang modern dan juga konvensional, metode
 yang dilakukan dengan modern menggunakan alat dan konvensional dapat
menggunakan alat dan bahan yang telah ada (Nugroho, 2018:22).

IV. METODE PRAKTIKUM

4.1 Alat dan Bahan

4.1.1 Alat
a. Akuades
b. Sendok Teh
c. Sarringan the / Kain sifon / Kain kasa
d. Pisau
e. Tabung reaksi / gelas / botol bening kecil
f. Beaker glass 100 ml / Wadah takaran volume
g. Tusuk sate dari bambu
h. Plastik ziplock
4.1.2 Bahan
a. Garam dapur
b. Deterjen cair
c. Pisang atau Pepaya matang
d. Ethanol 70% dingin
4.1.3 Skema
Sebanyak 30 ml akuades ditambahkan dengan 2 sendok teh
deterjen cair dan 1 sendok the garam dalam beaker glass
100ml/gelas bening, diaduk perlahan(Pembuatan larutan
ekstraksi).

Satu buah pisang / satu potong papaya dipotong menjadi 2 lalu

dimasukkan ke dalam plastic ziplock.

Udara dalam plastik dikeluarkan, pisang/papaya digerus

dengan tangan cara dipijat hingga halus (2 menit).
Larutan ekstraksi ditambahkan ke dalam plastic ziplock yang
telah berisi pisang / papaya halus.

Kocok dan ratakan sampai semua bubur pisang/papaya

terendam larutan (1-2 menit).

Homogenat disaring dengan saringan yang telah ditambah

kain kasa (4 lapis) ke dalam gelas beaker/gelas 250 ml.

Pindahkan filtrate ke dalam tabung reaksi / gelas / botol

bening kecil sampai kurang lebih 2 cm dari dasar tabung

Tambahkan etanol 70% dingin dengan perbandingan volume

1:1

Tunggu sampai terbentuk pita DNA melayang

Dokumentasikan dengan latar belakang hitam

Jika memungkinkan, ambil pita DNA dengan tusuk sate

V. HASIL PENGAMATAN
No Perlakuan Keterangan Gambar
1. Buah Pisang + Rinso Pita terlihat,
cair + Garam + mengapung di atas
Alkohol 70% permukaan cairan.

VI. PEMBAHASAN
DNA adalah suatu senyawa kimia yang terdapat disetiap makhluk
hidup karena perannya dalam pengaturan dan perkembangan biologis, DNA
mengandung informasi genetik, serta DNA terdapat di nukleus, kloroplas,
dan mitokondria. Untuk dapat mengetahui bentuk DNA dilakukan isolasi
DNA, jadi isolasi DNA adalah suatu proses yang dilakukan untuk
mengeluarkan DNA dari tempatnya berada umumnya dengan melakukan
proses lisis (dinding sel dan membran sel). Isolasi DNA sederhana dengan
penggunaan buah dari tanaman berkayu dapat dilakukan dengan beberapa
tahapan yaitu isolasi sel, proses lisis dinding dan membran sel, proses
ekstraksi larutan, pemurnian DNA dari ekstrak sel dan presipitasi DNA.
Isolasi sel adalah proses pemilihan sel DNA tumbuhan. Proses lisis dan
ekstraksi sel dapat dilakukan dengan memecahkan dinding sel dan membran
selnya terlebih dahulu, proses ini dapat dilakukan menggunakan dua metode
baik secara mekanik dan kimiawi, proses mekanik dengan cara dihancurkan
secara langsung menggunakan tangan dengan di pijit atau menggunakan alat
seperti bantuan blender, sedangkan proses kimiawi dapat dilakukan dengan
penggunaan deterjen cair dan garam dapur untuk menghancurkan membran
intinya. Pemurnian DNA dari ekstrak sel adalah suatu proses pemisahan
DNA untuk menghilangkan zat sisa dari komponen yang terjadi pada proses
lisis. Presipitasi DNA adalah proses akhir yang dilakukan untuk mengetahui
pita DNA yang mengendap dalam larutan ekstraksi tersebut. Tujuan adanya
isolasi DNA ini yaitu untuk mendapatkan DNA murni tanpa adanya protein
dan RNA dari sel atau jaringan.
Proses keluarnya DNA dari sel buah dimulai pada tahapan isolasi
DNA yaitu untuk memilih sel buah pisang sebagai percobaan, lalu
melalukan proses lisis dengan menghancurkan dinding sel buah dengan cara
di pijat secara langsung di dalam plastik maupun di tumbuk, berikutnya
untuk melisiskan membran sel buah dapat dilakukan dengan penambahan
deterjen cair dan garam dapur halus pada satu wadah yang berisi air,
mencampurkan larutan dengan ekstrak sel yang telah hancur di kocok
merata. Proses akhir yaitu presipitasi dengan penambahan alkohol 70%
yang telah di dinginkan didalam kulkas terlebih dahulu tujuannya untuk
mempercepat isolasi DNA agar pita DNA dapat segera terlihat. Setelah
menunggu beberapa saat terlihat pita DNA mengambang pada permukaan
larutan karena DNA tidak dapat terlarut pada alkohol 70% sehingga hal
tersebut adalah tahapan yang dilakukan untuk dapat mengetahui keluarnya
DNA dari sel buah.
Penggunaan alat dan bahan untuk melakukan praktikum isolasi
DNA kali ini yaitu sendok teh, saringen teh atau kain kasa, pisau, gelas
bening, gelas ukur yang memiliki volume air 100 ml, tusuk sate, dan plastik
ziplock. Untuk bahan yang digunakan yaitu 30 ml akuades, satu sendok teh
garam dapur, dua sendok teh deterjen cair (sunlight), pisang yang telah
matang, dan alkohol dingin 70%. Pengguaan sendok teh berfungsi untuk
mengambil dan mengaduk bahan seperti mengambil garam, deterjen cair,
dan alkohol dingin 70%. Penggunaan saringan teh atau penggunaan kain
kasa berfungsi untuk menyaring bubur pisang yang telah di campur dengan
larutan ekstraksi. Penggunaan pisau berfungsi untuk memotong buah pisang
menjadi dua bagian. Penggunaan gelas bening berfungsi sebagai wadah
penempatan filtrat agar pita DNA dapat terlihat dengan jelas. Penggunaan
gelas ukur yang memiliki volume air 100 ml berfungsi sebagai alat ukur dan
juga wadah untuk pengadukan larutan ekstraksi. Penggunaan tusuk sate
berfungsi sebagai alat untuk mengambil pita DNA yang mengambang di
atas permukaan. Penggunaan plastik zip lock berfungsi sebagai tempat
untuk melisiskan buah pisang dengan cara di pijit halus. Penggunaan
akuades 30 ml berfungsi sebagai pembuatan larutan ekstraksi bersama
garam dapur dan deterjen cair. Penggunaan alkohol 70% yang telah di
dinginkan berfungsi sebagai proses presipitasi dan untuk dingin dapat dapat
mempercepat proses isolasi DNA. Penggunaan garam dapur halus berfungsi
sebagai pembuatan larutan ekstraksi bersama akuades dan deterjen cair
penggunaan deterjen cair berfungsi sebagai pembuatan larutan ekstraksi
bersama akuades dan garam. Penggunaan pisang yang telah matang
berfungsi sebagai contoh sel tumbuhan.
Prosedur kerja yang dilakukan dalam praktikum isolasi DNA secara
mandiri dapat dilakukan dengan cara yaitu mempersiapkan alat dan bahan
yang diperlukan terlebih dahulu, berikutnya menyiapkan air akuades atau
air mineral sebanyak 30 ml ke dalam gelar ukur yang bervolume 100 ml,
berikutnya menambahkan satu sendok teh garam dapur halus dan dua
sendok teh deterjen cair atau sunlight untuk pembuatan larutan ekstraksi.
Berikutnya memotong pisang yang telah di sediakan dengan pisau menjadi
dua bagian dan dimasukkan ke dalam plastik ziplock, berikutnya memijat
pisang sampai halus dengan plastik dalam keadaan tertutup agar udara tidak
ikut masuk. Larutan ekstraksi yang telah di siapkan terlebih dahulu tadi di
campurkan ke dalam plastik ziplock yang berisi pisang yang telah berbentuk
bubur, berikutnya mengocok keseluruhan bubur pisang yang telah terendam
oleh larutan ekstraksi tersebut kurang lebih pengocokan dapat dilakukan
selama 2 menit. Bubur pisang yang telah mengalamni pengocokan ini
disebut dengan homogent, berikutnya homogent disaring dengan
menggunakan saringan teh dan kain kasa sebanyak 4 lapis, penyaringan
dilakukan tanpa mengalami proses penekanan dan pengadukan jadi filtrat di
biarkan mengalir dengan sendirinya. Berikutnya memindahkan filtrat
dengan ukuran 2 cm dari dasar tabung ke gelas bening dan dengan
penambahan alkohol dingin 70% yang sama perbandingannya, menunggu
 kurang lebih 30 menit sampai pita DNA terlihat dan melayang di atas
permukaan. Setelah pita DNA terlihat melayang dapat segera di
dokumentasikan dengan latar belakang hitam agar terlihat pita DNA nya
dan apabila pita DNA cukup tebal dan memungkinkan untuk di ambil, pita
DNA tersebut dapat di ambil menggunakan tusuk sate secara perlahan.
Hasil pengamatan dengan percobaan praktikum isolasi DNA yaitu
dengan menambahkan akuades, deterjen cair, garam, dan alcohol 95% yang
dingin menghasilkan pita terlihat tebal, mengapung di atas permukaan
cairan. Perbandingan antara hasil pengamatan dengan literature yaitu sudah
sesuai karena pada hasil pengamatan atau percobaan ini sudah terdapat pita
DNA yang mengapung dan itu sudah sesuai dengan. literature. Pada
literature juga terdapat apabila kita menggunakan alcohol yang suhu nya
semakin dingin maka akan mempercepat terjadinya pita DNA tersebut dapat
mengapung. Jadi ada berbagai factor yang dapat mempercepat terjadinya
atau terbentuknya pita DNA. Factor-faktor tersebut yaitu suhu dan wadah.
Pada wadah yang digunakan saat praktikum pita DNA menyebar yang
seharusnya menggunakan tabung reaksi yang dapat membuat pita DNA
berkumpul tetapi saat praktikum menggunakan gelang plastic bening yang
ukuranya lebar. Hal tersebut dapat menyababkan pita DNA menyebar dan
tidak menyatu sehingga pada saat ingin mengambil pita DNA menggunakan
tusuk sate tidak bisa. Tetapi, hasil pengamatan sudah berhasil dan sesuai
dengan yang ada pada literatur.
VII. PENUTUP

7.1 Kesimpulan
Pada praktikum isolasi DNA menggunakan metode sederhana dapat
disimpulkan yaitu penggunaan alat dan bahan yang ada seperti
penggunaan garam dapur halus, deterjen cair seperti sunlight, alkohol
70% yang telah di dinginkan, dan penggunaan buah seperti pisang dan
papaya. Proses isolasi dapat dilakukan dengan cara melisiskan dinding
sel terlebih dahulu, dalam percobaan seperti memijat pisang di dalam
plastik sampai halus, lalu berikutnya melakukan lisis membran sel nya,
 seperti dalam percobaan pemberian deterjen cair/ sunlight, dan yang
terakhir dilakukan proses presipitasi, seperti dalam percoban
penggunaan dua sendok makan garam dapur halus dan juga
perbandingan yang sama pada alkohol 70% yang telah di dinginkan. Pita
DNA akan terlihat menggapung dan dapat diamati.
7.2 Saran
7.2.1 Untuk Praktikkan
Praktikan harus teliti dan sabar dalam mengamati perubahan
dalam praktikum isolasi DNA, supaya bisa mengetahui hasil
dari praktikum kali ini.
7.2.2 Untuk Asisten
Saran untuk asisten yaitu asisten sudah menjelaskan apa saja
yang dilakukan dalam praktikum isolasi DNA beserta memberi
alat dan bahan yang akan digunakan dalam praktikum isolasi
DNA.
 DAFTAR PUSTAKA

Gusrina. 2018. Genetika dan Reproduksi Ikan. Edisi Pertama.

Yogyakarta: Deepublish.

Nugroho, E. D. dan D. A. Rahayu. 2018. Penuntun Praktikum

Bioteknologi. Edisi Pertama. Yogyakarta: Deepublish.

Nugroho, K., R. T. Terryana , Reflinur, P. Lestari. 2019. Metode

Ekstraksi DNA Tanaman Tanpa Prespitasi Etanol Untuk
Kegiatan Polymerase Chain Reaction (PCR). Jurnal Bio
Teknologi dan Biosains Indonesia. 6(1) :29-38.

Rizko N., dkk. 2020. Isolasi DNA Daun Jeruk Bali Merah (Citrus
maxima Merr.) dengan Modifikasi Metode Doyle and
Doyle. Jurnal Berkala Bioteknologi. 3(2) :1-5.

Sundari. 2018. Teknik isolasi DNA genom tanaman cengkeh dengan

menggunakan modifikasi bufer CTAB. Jurnal Biologi
Edukasi. 10(2). 21-26.
LAMPIRAN