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GENETICA MICRO

Info genetica→DNA

• Esperimento di Griffith: ceppo S (virulento), ceppo R (non virulento); principio trasformante


• Esperimento O’Avery
• Esperimento Hershey

Info genetica → RNA

• Esperimento Frankel-Conrat

Composizione chimica DNA e RNA (polarità 5’→ 3’)

• Nucleotidi (formano ac.nucleici), formati da:


- Basi azotate: purine (A-G), pirimidine (C, T o U) → legame glicosidico
- Zucchero a 5 atomi di C: ribosio (RNA), desossiribosio (DNA)
- Gruppo fosfato
- Uniti da legame fosfodiesterico

Zucchero + base → nucleoside

Zucchero + base + gruppo P → nucleotide

Struttura a doppia elica

- Chargaff: A+G=C+T
- Studi di diffrazione → Franklin e Williams
- Watson e Crick: 2 filamenti anti//, doppia elica destrorsa

Forme alternative di DNA

• A-DNA: elica destrorsa, 11 basi per giro


• B-DNA: elica destrorsa, 10 basi per giro (principale)
• Z-DNA: elica sinistrorsa, 12 basi per giro

Struttura RNA

• 1 catena polipeptidica
• Può formare strutture secondarie

CROMOSOMI

• DNA + proteine
• Genoma: insieme materiale genetico in ogni cellula dell’organismo; in singola copia→ monoploide,
in duplice→ diploide

Nella cellula batterica:

• DNA nel nucleoide (citoplasma)


• Forma condensata → associato a specifiche proteine
• Nucleo proteico + anse di DNA superavvolto→ topoisomerasi, girasi (enzimi) + proteine HU

Negli organismi diploidi:

• Materiale genetico nel nucleo→cromosomi


• Cromatina: DNA + RNA + PROTEINE (forma DNA quando la cellula non si sta dividendo)
- Proteine istoniche → impacchettamento DNA; non istoniche→ ruolo nei processi di replicazione
- Primo livello di condensazione: nucleosomi (8 proteine istoniche + 146 coppie di nucleotidi) + linker
- Secondo livello di condensazione: scaffold (impalcaatura che formano le istoniche + anse)

Cromosoma metafasico

• Cromosoma: due cromatidi fratelli (due doppi eliche di DNA super avvolto) uniti dal centromero
• Centromero: sequenze di nucleotidi presenti in ciascun cromosoma→ attacco per fuso mitotico.
• Telomero: regione terminale dei cromosomi. Sequenza TTAGGG per tutti i vertebrati (nell’uomo
rip. 500-3000 volte); estremità telomeri: regione 3’ protundente→ singolo filamento DNA→
formazione anse T)

REPLICAZIONE DEL DNA

• Modello di replicazione semiconservativo

Inizio replicazione nei batteri:

• Punto di inizio OriC (sequenza consenso basi A-T)


• Proteina iniziatrice: DNA-A → separazione filamenti→ bolla di replicazione
• DNA elicasi → strotolano doppia elica → forcelle replicative
• DNA primasi + elicasi → primosoma
• DNA primasi sintetizzano filamento RNA → primer
• Replicazione bidirezionale

Negli eucarioti

• Ogni modulo di replicazione: replicone


• DNA polimerasi: formazione legame fosfodiesterico→ aggiunta di nucleotidi solo a 3’→ direzione
crescita 5’→3’
• Primasi: enzima DNA primasi sintetizza un breve filamento di RNA (primer)→ DNA pol si lega e
inizia a sintetizzare DNA
• Filamento guida: leading; filamento lento: lagging → frammenti di Okazaki (ligasi saldano
successivamente le interruzioni).

Da pag 23 – 28

IL CODICE GENETICO

• Degenerazione del codice genetico → ciascun amminoacido può essere specificato da più di un
codone
• Degenerazione completa: i codoni che specificano per uno stesso amminoacido differiscono
solitamente per una base (la terza al 3’ del codone)
• Vacillamento codone-anticodone (wobble): t-RNA singolo può riconoscere più di un codone

LE MUTAZIONI

• Somatiche: da cellula a cellula


• Germinali: trasmissione a generazioni successive
• Puntiformi: una o poche coppie di basi
• Cromosomiche: numero e struttura cromosomi
Mutazioni puntiformi

Mutazioni per sostituzione (di una coppia di basi):

- per transizione → purina-pirimidina a purina-pirimidina


- per trasversione → purina pirimidina a pirimidina-purina
• Mutazioni di senso (o missenso)→ trascrizione di un amminoacido diverso
• Mutazioni nonsenso→ codone di stop prematuro
• Mutazioni silenti→ amminoacido specificato è lo stesso

Mutazioni per inserzione o delezione

- Generano proteine non funzionali per inserzione o delezione di coppie di nucleotidi


- Frameshift: scivolamento della fase di lettura

Allele: forme alternative (mutate) di uno stesso gene. Gli alleli di uno stesso gene presentano una o più
differenze nella sequenza del DNA → possono codificare per proteine diverse

Le mutazioni sono spesso reversibili:

- Retromutazione: seconda mutazione avviene nello stesso posto della prima→ wild-type
- Mutazione a soppressore: avviene in un sito diverso dello stesso gene (intragenica) o in un altro
gene (intergenica) → reversione fenotipo

Mutazioni spontanee

• Errori durante la replicazione del DNA, frequenza bassa


• Tautomeri: stati chimici alternativi delle basi→ trasformazioni tautomeriche (G-T, A-C)→ mutazioni
per sostituzione se mantenute
• Perdita di una base purinica→ sito apurinico: causa di mutazione
• Regioni ricche in citosina: hot-spot→ elevato numero di mutazioni

Mutazioni indotte

• Dovute ad agenti chimici o fisici (mutageni) che danneggiano DNA

Per agenti chimici:

- Analoghi alle basi (struttura simile a basi DNA, si inseriscono in esso)


- Agenti che modificano le basi (es. acido nitroso)
- Idrossilammina (aggiunge un gruppo OH a C)
- Agenti intercalanti (si inseriscono tra due basi adiacenti)

Per radiazioni:

- Radiazioni ionizzanti: raggi X e radon → creano radicali liberi che rompono legami covalenti
- Radiazioni non ionizzanti: raggi ultravioletti → mutazioni a cellule esposte

Meccanismi riparo del DNA

• Reversione diretta: attività esonucleasica 3’→5’ della DNA pol (proofreading)


• Escissione di basi: rimozione di basi anomale o chimicamente modificate
• Riparazione per escissione nucleotidica

Elementi trasponibili
• Trasposizione taglia e cuci (o mediata da DNA): sequenza DNA viene tagliata e inserita in un altro
punto del genoma (target). Esempio: elementi Ac e Ds nel mais
• Retrotrasposizione (o mediata da RNA): il trasposone viene prima trascritto in RNA, poi DNA →
target. La vecchia copia rimane nel sito originario → numero di copie si duplica ad ogni evento di
trasposizione
- Retrotrasposoni virali o LTR: Ty nel lievito, simili a retrovirus
- Retrotrasposoni non virali: LINE, SINE nei mammiferi e ALU nell’uomo

LINE: sequenze ripetute migliaia di volte, famiglia L1 la più abbondante→ ha pochi elementi completi e
attivi, maggior parte inattivi per trasposizione. Importanti le sequenze ORF 1 – 2 (codificano proteine)

SINE: retrotrasposoni non autonomi → proteine per trasposizione arrivano da LINE. Sequenze ALU→
famiglia di SINE nel genoma umano

GENETICA MENDELIANA

• Gene: regione dna che porta info per sintesi di una proteina o di un RNA
• Cromosomi omologhi: membri di una coppia di cromosomi; uno paterno, l’altro materno
• Genotipo: composizione allelica di un certo gene
• Fenotipo: manifestazione di un certo genotipo (si manifesta quello dominante)
• Allele: forme alternative di uno stesso gene (omozigote → alleli identici; eterozigote)
• Locus: regione del cromosoma sulla quale si trova un determinato gene
• Combinazioni possibili dei gameti maschili-femminili: rappresentate nel quadrato di Punnet

Legge della segregazione (I legge di Mendel)

Organismo diploide→ alleli si separano durante formazione gameti→ metà alleli porta un gamete, altra
metà porta l’altro

Il concetto di dominanza

In un eterozigote, allele dominante può mascherare presenza allele recessivo

I fattori ereditari che determinano due caratteri vengono trasmessi in modo indipendente → controllati da
geni diversi, con diversi alleli

Legge assortimento indipendente

Gli alleli di geni differenti assortiscono indipendentemente tra loro (vale se i due geni che controllano i
caratteri sono su due cromosomi diversi)

ESTENSIONE PRINCIPI MENDELIANI

• Dominanza completa: eterozigote mostra il fenotipo dell’allele dominante


• Semidominanza: individuo eterozigote mostra fenotipo intermedio ai due alleli
• Codominanza: individuo eterozigote mostra entrambi i caratteri controllati dagli alleli

Geni essenziali ed alleli letali

• Geni essenziali: la mutazione colpisce geni con funzione essenziale per la sopravvivenza
• Allele letale: allele mutato responsabile della morte
- Recessivo → letale in omozigosi
- Dominante → letale anche in eterozigosi
Alleli multipli

I geni possono avere più di due alleli e ciascuno di essi differisce dagli altri in punti diversi della sequenza
nucleotidica (2 alleli→ 3 genotipi, 3 alleli→ 6 genotipi...)

Interazione tra geni diversi

• Interazione genica che produce nuovi fenotipi: due geni indipendenti (non allelici) interagiscono per
determinare una singola caratteristica
• Interazione genica con epistasi: uno dei due geni indipendenti che controllano lo stesso carattere,
ha effetto preponderante sull’altro
- Epistasi recessiva: omozigosi recessiva di un gene nasconde espressione dell’altro gene
- Epistasi duplicata recessiva: l’effetto epistatico agisce in entrambe le direzioni (entrambi i geni sono
epistatici e in omozigosi recessiva l’uno sull’altro
- Epistasi dominante: la presenza di un allele dominante sul gene epistatico, maschera espressione
del gene ipostatico

Test di complementazione

Ci permette di stabilire se due mutanti con lo stesso fenotipo hanno mutazioni nello stesso gene o in geni
diversi

Penetranza

- Penetranza completa: tutti gli individui con un determinato genotipo, presentano il fenotipo atteso
- Penetranza incompleta: genotipicamente identici, fenotipo diverso da quello atteso

Espressività

Indica il grado con cui un particolare genotipo si esprime nel fenotipo

- Costante: esprimono nel 100% dei casi il fenotipo atteso


- Variabile: ad uno stesso genotipo corrisponde uno spettro di fenotipi diverrsi.

I LIEVITI

• cellule eucariote
• regno dei funghi
• energia sotto forma di ATP con respirazione aerobica o fermentazione
• unicellulari provvisti di membrana esterna
• forma ellittica o sferica
• divisione per mitosi: scissione o gemmazione
• spore (scissione): in ambiente sfavorevole due cellule aploidi si fondono per formare una cellula
diploide che per meiosi produrrò due cellule aploidi così chiamate
• nel lievito i geni sono molto ravvicinati tra di loro e non contengono per questo introni
• elementi trasponibili molto rari (4%) e sono o retrotrasposoni virali o LTR attivati mediante
intermedi di RNA chiamati Ty (trasposon yeast)
• Ty vanno dal n 1 a 5
• Proteina della trascrittasi è la trascrittasi inversa codifica per gene TyB che retrotrascrive un RNA in
un DNA
• Le spore sono contente all’interno di una struttura chiamata ascus
• Il ciclo vitale e riproduttivo dura 4 fasi
• Solo le cellule aploidi di sesso opposto possono fondersi per formare una cellula diploide
• I recettori per l’accoppiamento delle due aploidi sono i mating factor
• Esistono 3 tipi cellulari AA, aa, Aa e ognuno ha un locus genico proprio detto locus Mat (a o A alla
fine della parola mat), e ognuno ha una cell-type specifity
• Ognuna si può trasformare nell’altra mediante mating-type switching nella fase G1, che è già
presente nella cellula ma che si attiva per sovrastare il Mat opposto in caso di bisogno

I BATTERI

• Procarioti → prima del nucelo


• Unicellulari senza membrana nucleare
• Archeobatteri sono simili ai batteri ma non uguali → più simili a cellula eucariote
• Non tutti i batteri sono patogeni
• Classificazione: cocchi (sferici), bacilli (bastoncello) e vibrioni o spirilli (con curve)
• In base al raggruppamento possono anche essere: diplococchi (due), grappolo (stafilococchi) e
streptococchi (catenella)
• Batteri fotosintetici (luce)
• Batteri chemiosintetici (sostanze organiche)
• Batteri autotrofi (usano H2O, Sali minerali e CO2)
• Batteri eterotrofi (batteri organici preformati)
• Struttura: nucleoide (sede DNA dentro citoplasma), citoplasma (contiene ribosomi x sintesi
proteine, privo di RE e mitocondri, ci sono i granuli e accumulo riserva nutrienti), membrana
citoplasmatica (controllo e scambio metabolico); Teoria endosimbiotica; Parete cellulare: rigida x
protezione; Capsula: involucro mucoso formato da polisaccaridi; Flagelli: proteici filamenti x
movimento ; Pili: ancorano, sono + piccoli dei flagelli.
• Crescita batterica a fasi: latenza (sintesi sostanze necessarie e No crescita), crescita esponenziale,
stazionaria (numero cellule riprodotte = numero cellule morte), morte.
• Riproduzione per scissione
• Replicazione a partire dall’origine di replicazione (E. coli detta Oric)
• Claster detti operoni: batteri che codificano proteine coinvolte nello stesso processo metabolico
• Sequenze di inserzione (IS): trasportano solo info necessaria
• Trasposoni (Tn): trasportano sequenze di DNA non direttamente coinvolte nella trasposizione
• Trasposasi: endonucleasi necessaria al taglio blunt nel DNA ai lati degli elementi IS e tagli sfalsati nei
siti bersaglio
• Taglio sfalsato: nei due filamenti per creare due estremità 5’ a singolo filamento
• Taglio blunt: nello stesso punto su entrambi i filamenti
• Trasposoni composti: composti da due IS alle estremità che fiancheggiano una sequenza di DNA
codificante centrale non necessaria per trasposizione → resistenza a antibiotici
• Trasposoni non composti: al posto di IS hanno sequenze IR e sono necessarie sia per la
trasposizione che per la resistenza ad antibiotici
• Plasmidi: molecole extra cromosomiche che aiutano la cellula batterica in casi ambientali e vitali
complicati, non si trova in tutti i batteri poiché non è essenziale ma aiuta
• Plasmidi R: con geni per cellule ospiti resistenti ad antibiotici
• Coniugativi: in grado di spostarsi da una cellula batterica ad un'altra
• Plasmidi episomi: in grado di replicarsi sia da soli che nella cellula batterica ospite

BATTERIOFAGI

• I virus sono agenti infettivi incapaci di vita autonoma


• Se le cellule che infettano sono eucariote si dicono virus
• Se sono procariote si dicono batteriofagi
• Possono contenere sia DNA che RNA
• Hanno un involucro proteico chiamato capside → formato da capsomeri
• Forma icosaedrica o elicoidale le capsidi
• Fagi T-pari: batteriofagi di grandi dimensioni che infettano Coli, hanno struttura testacoda (testa
acido nucleico e coda struttura proteica per ingresso nella cellula ospite), con DNA lineare a doppia
elica
• Fago X174: infetta Coli e con capside a struttura icosaedrica
• Replicazione a cerchio: uno dei due filamenti di DNA della doppia elica circolare viene tagliatp e
mentre l’estremità 5’ fosfato si allontana, dall’estremità 3’ OH viene sintetizzato una copia di DNA
utilizzando come stampo il filamento intatto. La rotazione continua per diversi cicli portando alla
sintesi di una lunga coda di DNA convertita a doppia elica CONCATAMERO, contenente coppie
ripetute in tandem del filamento detto FILAMENTO LAMBDA
• Ciclo litico: adesione batterio, cromosoma virale viene iniettato e DNA fagico trascritto in RNA e
tradotto in proteine fagiche che comandano dentro alla cellula infetta e producono solo materiale
per se bloccando il resto fino a quando non hanno completato tutto e poi esplode la cellula per
diffondere le proteine virulente
• Lisogeno: ha un passaggio in più, perché prima che si attivi il ciclo litico il virus infetta una cellula e
diventa quiescente il virus per poco o molto tempo e intanto che è dentro alla cellula si replica con
essa, fino a quando non si attiva e inizia il ciclo litico
• Integrazione DNA di lambda dentro a Coli: con ricombinazione tra due siti specifici detti siti att.

Coniugazione

• Trasferimento unidirezionale di materiale genetico da una cellula batterica (donatrice) ad un'altra


(referente) attraverso contatto diretto mediante doppio crossing over
• Esperimento di laderberg e tatum: dimostrò che i batteri potevano scambiarsi materiale genetico,
attraverso incrocio di due ceppi batterici diversi di Coli ottenendo prototrofi, batteri con genotipo
selvatico per tutti e 5 i geni.

Esperimento di Bernard Davis

• Scambio materiale genetico possibile solo se i batteri entrano in contatto fisico→ coniugazione
• Vi è una cellula donatrice e una ricevente→ scambio unidirezionale
• Fattore F → episoma (plasmide che può integrarsi nel cromosoma batterico tramite crossing over)
→ oriV è la sua origine di replicazione (nei plasmidi OriT)
• Ceppi batterici con fattore F→ Hfr
• Se hanno fattore F+ → donatori, F- →riceventi

Mappa geni sul cromosoma batterico

• Esperimenti di coniugazione→ hanno consentito di stabilire ordine e distanza tra geni


• Ordine di trasferimento corrisponde a ordine dei gemi sul cromosoma
• Gene distante da oriT→ maggior tempo per trasferimento a F-

Inserzione ed escissione del fattore F

• Escissione mediata da elementi IS → fiancheggiano fattore F


• Cellula Hfr→ escissione fattore F→ diventa cellula F+
• Se viene erroneamente scissa porzione di cromosoma adiacente a F→ plasmide F’ lack

Trasformazione

• Acquisizione di materiale genetico dall’ambiente esterno con integrazione nel genoma


• Trasferimento unidirezionale
• Non vi è necessità di contatto tra le cellule

Stato di competenza

• I batteri si devono trovare in questo stato per poter acquisire DNA dall’esterno→ mediato da
espressione di geni che codificano proteine della competenza

Meccanismo

• Recettori su parete batterio→ legano dna da esterno→ incorporato all’interno dalle traslocasi
(proteine)
• Un filamento degradato, l’altro viene stabilizzato da proteine
• Eteroduplex→ doppia elica eterozigote: un filamento→info genetica del donatore e l’altro quella
del ricevente
• Si formano due cellule batteriche (dopo replicazione), una trasformante e l’altra no

Trasduzione

• Passaggio di geni mediato da vettore fagico


• Batterio donatore e ricevente→ trasferimento unidirezionale

Due tipi:

- Generalizzata: trasferimento di una qualsiasi parte del cromosoma batterico


- Specializzata: trasferimento solo di specifiche parti del cromosoma batterico

Trasduzione generalizzata

• Associata a ciclo litico


• Fago infetta il batterio che muore
• Particelle fagiche al termine dell’infezione→ materiale genetico del batterio nel capside (chiamati
fagi trasducenti, es: fago P22 e fago P1)
• Infettano altri batteri che incorporano DNA del batterio infettato prima
• Batterio trasdotto → trasduttante

Trasduzione specializzata

• Si presenta dopo ciclo di traduzione virale di tipo lisogeno→ fagi lambda nel batterio non si
replicano, ma si inseriscono nel suo DNA il loro. Restano quiescenti
• Forma quiescente del fago → profago
• Sotto stimolo→ profago può replicarsi secondo modalità ciclo litico
• Integrazione fago lambda nel batterio→ avviene elemento di ricombinazione che coinvolge sito
ATT (omologia condivisa sia da batterio che da fago). Localizza tra gene gal e gene bio
• Sito ATT sintetizza biotina → proteina per sintesi galattosio
• Fago in fase lisogena può inserirsi solo nel sito ATT
Trasduttanti di due tipi

- Stabili: fago trasferisce il gene batterico, ma non può né integrarsi né replicare → suo genoma non
completo
- Lisogeni: batterio infettato contemporaneamente da fago lambda difettivo e selvatico

REGOLAZIONE ESPRESSIONE GENICA

• Gene procariote: trascrizione e traduzione avvengono contemporaneamente nel citoplasma; RNA


neosintetizzato privo di introni → no modifiche
• Operoni: gruppi di geni (cluster) che controllano sintesi di enzimi coinvolti nel medesimo processo
metabolico
• Geni del cluster→ trascritti contemporaneamente in mRNa (policistronico→ info per più geni
• Geni regolatori: codificano per proteine o RNA che regolano trascrizione di altri geni
• Geni strutturali: codificano per proteine usate nella biosintesi, nel metabolismo, con ruolo
strutturale
- Strutturali costitutivi: prodotti proteici essenziali per cellula e sempre presenti
- Regolati a bersaglio: attivati o meno a seconda delle necessità

Modalità di regolazione

• Regolazione positiva: proteina attiva trascrizione gene bersaglio. Essa viene detta attivatore
• Regolazione negativa: contrario della precedente

Operone LAC (lattosio)

• Operone coinvolto nel metabolismo degli zuccheri→ fonte principale di C → batterio ricava energia
• Enzimi necessari: lattosio permeasi e beta-galattosidasi
• Operone LAC: gruppo di geni sotto controllo dello stesso promotore→ enzimi trascritti: Z,Y,A
(sintesi coordinata, o tutti o nessuno)

Trascrizione operone LAC in assenza di lattosio

• I geni non vengono trascritti → repressore lac (proteina che si lega al promotore e impedisce
trascrizione).

Trascrizione operone LAC in presenza di lattosio

• In presenza di lattosio proteina repressore si allontana dall’operatore→ grazie a allolattosio


• Molecole che modificano i repressori→ induttori
• Rimozione del repressore→ induzioneù
• Operone lac→ operone inducibile

Presenza di solo lattosio

• Lac deve essere espresso a livelli molto elevati


• Proteina CAP interagisce con il CAMP e lega con sito cap (sequenza su operone lac)
• CAP si lega a DNA e regola positivamente

Presenza di glucosio oltre a lattosio

• Riduce sintesi proteine per metabolismo del lattosio→ favorisce glucosio (+ energia)→ repressione
catabolita

OPERONE TRIPTOFANO (TRP) di E. Coli


• Operoni coinvolti in sintesi di amminoacidi (trascritti per necessità)

Regolazione in presenza di trp

• Se presente trp nel terreno→ geni operone non trascritti (NO necessità)→ regolazione negativa

Regolazione in assenza di trp

• Meccanismo di attenuazione (coinvolge regione leader al 5’ dell’mRNA policistronico)


• Consiste in una trascrizione abbondante dei geni dell’operone
• Ribosoma di arresta su triplette UGG→ mRNA forma struttura secondaria→ RNA pol continua
trascrizione

Sequenza leader

• 4 regioni + sequenza codificante tradotta in un piccolo peptide → peptide leader: codone di


inizio, di stop,+ codoni adiacenti che codificano trp

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