BIOREATTORE

La chimica della cellula

Carboidrati Lipidi Proteine Acidi Nucleici Ioni

 Eucarioti o cellule superiori

Tutte le cellule degli organismi pluricellulari, nonch alcuni organismi monocellulari (protozoi)

Procarioti o batteri
Cellule vere ma prive di membrana nucleare e di organuli citoplasmatici

Virus e batteriofagi
Forme di vita non cellulari Composti unicamente da un acido nucleico e un capside proteico

PROTEINE Caratteristiche: sono catene (polimeri) di amminoacidi sono il pi abbondante materiale biologico negli organismi animali sono essenziali per la struttura e le funzioni degli esseri viventi Le informazioni per la costruzione delle proteine sono contenute nei geni, cio nelle sequenze di DNA Funzioni: Strutturale Es. tubulina e actina sono proteine del citscheletro cheratina forma i capelli collagene componente di pelle, tendini, legamenti proteine della seta ragnatela Contrazione Es. actina e miosina contrazione muscolare Riserva ovalbumina, nelluovo, ha funzione di riserva per lembrione Recettoriale recepiscono i segnali inviati dalle cellule Enzimatica Es. enzimi digestivi facilitano la digestione degli alimenti Trasporto Es. emoglobina trasporta ossigeno ed anidride carbonica nei globuli rossi del sangue Segnale di comunicazione tra le cellule ormoni, fattori di crescita Difesa immunitaria Es. anticorpi combattono le infezioni

Gli amminoacidi e la formazione del legame peptidico

Un aminoacido un composto chimico caratterizzato da un gruppo amminico (NH2), un gruppo carbossilico (COOH) ed un gruppo R specifico per ogni aminoacido. In natura, esistono 20 amminoacidi diversi.

Gli amminoacidi sono tenuti insieme mediante un legame peptidico: esso si forma tra il gruppo carbossilico di un amminoacido ed il gruppo amminico dellamminoacido successivo accompagnato dalla perdita di una molecola di acqua (H2O).

La struttura delle proteine

La forma della proteina importante per svolgere la sua funzione. Il riscaldamento provoca la perdita della forma (denaturazione) e la perdita della funzione delle proteine. Struttura primaria: sequenza di amminoacidi che forma una catena polipeptidica.

Struttura secondaria: catena polipetidica si ripiega a formare struttura ad -elica o struttura a foglietti . Struttura terziaria: catena polipetidica pu essere lineare (proteina fibrosa) o avvolgersi su se stessa assumendo una forma quasi sferica (proteina globulare) Struttura quaternaria: associazione di pi catene polipetidiche. Es. emoglobina (proteina presente nei globuli rossi, con funzione di trasporto dellossigeno nel sangue)

VITAMINE
Le vitamine sono un insieme molto eterogeneo di sostanze chimiche. Sono assunte attraverso lalimentazione. Sono divise in 2 gruppi: Vitamine che devono essere assunte quotidianamente (Complesso vit B; Vit C) Vitamine che possono accumularsi (nel fegato) (vit A, vit K, vit D, vit H)

1) Vitamine A: es retinolo -> svolge importante ruolo nella vista 2) Vitamine B 3) Vitamine C: es. acido ascorbico -> partecipa a numerose reazioni metaboliche ( biosintesi di collagene, di alcuni aminoacidi e ormoni), anti ossidante, interviene in reazioni allergiche, neutralizza i radicali liberi 4) Vitamina D: regola metabolismo del calcio ed il processo di mineralizzazione ossea 5) Vitamine H: es. biotina importante nella sintesi di glucosio e acidi grassi 6) Vitamina K: importante nella coagulazione del sangue La carenza di vitamine ha sintomi specifici a seconda del tipo di vitamina e pu causare diversi disturbi o malattie.

Metabolismo cellulare

Champe et al., Le basi della biochimica, Ed. Zanichelli

Champe et al., Le basi della biochimica, Ed. Zanichelli

Enzimi
1850: Pasteur fermentazione dello zucchero in alcol catalizzata da fermenti li chiama enzimi e postula che siano inseparabili dalla struttura della cellula vivente gli enzimi coinvolti nella fermentazione possono funzionare anche una volta rimossi dalla struttura della cellula vivente isola e cristallizza lenzima ureasi postula che gli enzimi siano proteine verifica che gli enzimi sono proteine scrive un trattato intitolato Enzimi

1897: Buchner

1926: Sumner

fine anni 30: Northrop Haldane

seconda met XX sec:

sono stati purificati migliaia di enzimi e di centinaia di essi stata determinata la struttura e il meccanismo chimico

LIVELLI DI ORGANIZZAZIONE STRUTTURALE DEGLI ENZIMI

primaria secondaria terziaria quaternaria

sequenza amminoacidica

la struttura tridimensionale (3D)di una singola catena ripiegata.E' composta da elementi di struttura secondaria regolare ed irregolare

la conformazione lungo la catena, in particolare per quanto riguarda segmenti con conformazione regolare (alfa-elica, beta-struttura ecc.)

aggregazione di due o pi subunit (catene) proteiche identiche (omo) o diverse (etero)

Struttura

generale degli enzimi

ione metallico

coenzima (vitamina) OLOENZIMA

gruppo prostetico
(legato covalentemente)

APOENZIMA
(Parte proteica)

Energia di attivazione
La conversione X --> Y termodinamicamente favorevole (Y si trova ad uno stato energetico inferiore rispetto a X), ma la reazione non pu avvenire se X non acquisisce sufficiente energia per superare la barriera dellenergia di attivazione

Distribuzione di energia in una popolazione di molecole

Normalmente, le molecole stabili sono per lo pi presenti ad un livello di energia relativamente basso Solo una piccola frazione di esse possiede sufficiente energia per superare la barriera dellenergia di attivazione

Enzimi: catalizzatori biologici

Reazione non catalizzata G* Reazione catalizzata

X
G

G*

Gli enzimi si combinano col substrato e ne abbassano lenergia di attivazione Non spostano lequilibrio della reazione, ma aumentano la velocit con cui lequilibrio viene raggiunto Non subiscono modificazioni permanenti durante la reazione e sono subito disponibili per catalizzare una nuovo ciclo di reazione

effetto del pH sulle reazioni catalizzate da enzimi

il cambiamento del pH altera il grado di ionizzazione dei diversi gruppi ionizzabili presenti in una molecola enzimatica; se anche il substrato un composto ionico, la sua ionizzazione varier con il pH

sia la natura ionica del substrato che quella dellenzima modificano il modo di combinarsi delluno con laltro

(andamento della velocit di reazione enzimatica in funzione del pH)

si pu individuare un pH ottimale e un range di valori di pH entro cui lenzima mostra la massima efficienza

effetto della temperatura sulle reazioni catalizzate da enzimi

un eccessivo aumento della temperatura provoca la denaturazione degli enzimi con una modificazione irreversibile del sito attivo e una drastica riduzione dellattivit catalitica

T > 40, 50C

effetto di denaturazione degli enzimi

T < 40, 50C

le molecole non possiedono, anche se catalizzate, lenergia sufficiente per superare la barriera delenergia di attivazione

accelerare le reazioni
funzioni dellenzima

controllare e regolare i processi metabolici

un inibitore enzimatico una molecola che impedisce allenzima di funzionare correttamente

INIBIZIONE ENZIMATICA

REVERSIBILI
agiscono con modalit che consentono allenzima di recuperare la propria funzionalit biologica

IRREVERSIBILI
si legano con un legame covalente ad un residuo di un amminoacido presente nel sito attivo si modifica in modo irreversibile la forma del sito attivo e la conformazione della molecola enzimatica attivit dellenzima si annulla

1. 2. 3.

competitivi non competitivi incompetitivi

inibizione competitiva

linibitore ha una forma simile a quella del substrato linibitore si lega reversibilmente al sito attivo dellenzima competizione per conquistare il sito attivo dipende dalla concentrazione dei due contendenti

inibizione non competitiva

si ha inibizione non competitiva quando linibitore si lega reversibilmente ad un radicale amminoacido dellenzima in un sito diverso dal sito attivo

deformazione del sito attivo: esso pu ancora ricevere il substrato, ma non pi in grado di trasformarlo in prodotto

inibizione incompetitiva

si ha inibizione incompetitiva quando linibitore si lega reversibilmente al complesso enzima substrato durante il processo catalitico

linibitore non competitivo si lega alenzima in un sito diverso da quello per il substrato

linibitore incompetitivo si lega al complesso enzima substrato gi formato e ci riduce significativamente le possibilit, per lenzima, di disfarsi del prodotto

regolazione dellattivit enzimatica

un enzima regolatore quello che controlla le quantit di sostanze che devono essere trasformate in una via metabolica (catalizza la reazione pi lenta) tali enzimi non seguono la cinetica di Michaelis Menten e sono responsabili della modulazione della velocit con cui decorre lintero processo metabolico

ENZIMI ALLOSTERICI

struttura quaternaria (due o pi subunit proteiche) in essi esistono pi siti chimicamente attivi effettore: molecola che interagendo in siti lontani dal sito attivo di un enzima, esercita un qualche effetto sulla sua attivit (positivo o negativo)

lenzima allosterico, costituito da due subunit proteiche, esiste in due forme oscillanti fra uno stato attivo ed uno inattivo

effettore positivo induce modificazioni che trasformano lo stato inattivo dellenzima nella sua forma attiva: essa pu legarsi al substrato

effettore negativo induce una modificazione del sito attivo tale da impedire allenzima di funzionare

andamento della velocit di trasformazione del substrato

sigmoide

cooperativit

essa si presenta, a livello enzimatico, quando il legame di un effettore su una subunit migliora la possibilit, per altri effettori, di formare legami successivi su subunit adiacenti alla prima

Enzimi: produzione