Mappatura

 gene+ca  
Mappatura  gene+ca  
 Gli  esperimen+  di  Mendel  

autofecondazione  

autofecondazione  
P

F1
autofecondazione  
F2
semi   5474 74,7% ¾ Rapporto  
semi   1850 25,3% 3:1
¼
 Gli  esperimen+  di  Mendel  

autofecondazione  
autofecondazione  

F1
1.  Principio  della  
autofecondazione   dominanza  

F2
2.  Principio  della  
segregazione   semi 6022 75,1% ¾ Rapporto
semi 2001 24,9% 3:1
8023 ¼
 Ipotesi  delle  unità  ereditarie  
Secondo questa ipotesi ciascun carattere corrisponde fisicamente
ad una “unità ereditaria” che è stata poi identificata in una porzione
di DNA e quindi in un gene

•  Ogni cellula somatica

possiede due copie cellule 2n=4
dell’unità ereditaria che somatiche
specifica un carattere
(meiosi)
•  Solo una di queste unità si
trova per ogni carattere gameti n=2
nella cellula gametica

•  Quando i due gameti si

fondono con la 2n=4
fecondazione, si ripristina il
numero cromosomico zigote
somatico e ritroviamo nella
cellula le due unità ereditarie, n di origine materna
una derivante dal padre e n di origine paterna
una dalla madre
 Simboli  per  le  unità  ereditarie  

G  
coppia    di  
cromosomi  
omologhi  
g  
Locus   Alleli  
G  -­‐  g:  alleli  dello  stesso  gene  che  occupano  lo  stesso  locus  in  una  
coppia   di   cromosomi   omologhi;   controllano   manifestazioni  
alterna+ve  dello  stesso  caraBere.  

GG  
Omozigo+  
gg  
Gg   Eterozigo+  
 Dominanza  e  Segregazione  

G   g  
P   x  
G   g  
meiosi  
G   g  
game+  

g  
F1  (monoibrido)   Dominanza  
G  
meiosi  
g  
G  
Segregazione  
50%   50%  
Segregazione:  separazione  delle  due  forme  alleliche  di  un  dato  gene,  
l’una  dall’altra.  
 Trasmissione  di  due  caraBeri  

F1

F2

315   101   108   32  

56,7  %   18,2  %   19,4  %    5,7  %  
 Trasmissione  di  due  caraBeri  

…  prendendo  in  considerazione  un  caraBere  alla  volta:  

Lisci   Rugosi  
416   ¾   :   140   ¼  
 Trasmissione  di  due  caraBeri  

Lisci   Rugosi  
416   ¾   140   ¼  
Gialli     Verdi   Gialli     Verdi  
315   ¾   101  
¼   108  
¾   32  
¼  

Lisci-­‐gialli   Lisci-­‐verdi   Rugosi-­‐gialli   Rugosi-­‐verdi  

Rapporto  9  :  3  :  3  :  1  
¾  x  ¾   ¾  x  ¼   ¼  x  ¾   ¼  x  ¼  
 Trasmissione  di  due  caraBeri  

P LLGG x llgg
F1 LlGg Diibrido
F2 ¼LG ¼Lg ¼lG ¼lg
LLGG LLGg LlGG LlGg
¼LG
LLGg LLgg LlGg Llgg
¼Lg
LlGG LlGg llGG llGg
¼lG
LlGg Llgg llGg llgg
¼lg 1
16
La  frequenza  di  ogni  combinazione  è  pari  a  ¼  x  ¼  =  
 Principio  della  segregazione  indipendente  

Il  principio  della  segregazione  indipendente  vuole  che  G  abbia  la  stessa  

probabilità  di  trovarsi  con  L  o  l  …  

g  
G  
½   L   ½   GL   ¼  
½  G  
G   g  
½   l   ½   Gl   ¼  

L   ½   gL   ¼  
½  g  
l   ½   gl   ¼  
G  ed  L  sono  ubica+  su  cromosomi  diversi  
 Trasmissione  di  due  caraBeri  

Geni  posiziona+  sullo  stesso  cromosoma  e  abbastanza  vicini  tra  loro  

           -­‐  colore  del  fiore  (purpureo/rosso)  
           -­‐  forma  del  polline  (allungato/rotondo)  
(PPLL)   (ppll)  

(PpLl)  

purpureo  domina  su  rosso  

             allungato  domina  su  rotondo  
Trasmissione  di  due  caraBeri  

(P-­‐L-­‐)   (P-­‐ll)   (ppL-­‐)   (ppll)  

296   19   27   85   =  TOT  427  

11,1  :  0,7  :  1,0  :  3,2  

9  :  3  :  3  :  1  
 Trasmissione  di  due  caraBeri  

AABB  X  aabb   AAbb  X  aaBB  

Game+   Game+   Game+   Game+  

parentali   ricombinan+   parentali   ricombinan+  

A   B   A   b   A   b   A   B  

A   B   A   b  

a   b   a   B  
a   b   a   B   a   B   a   b  

(AB/ab)   (Ab/aB)  
 Trasmissione  di  due  caraBeri  

In  qualsiasi  specie  il  numero  dei  geni  è  di  molto  superiore    

a  quello  delle  coppie  di  cromosomi  omologhi  

Quindi  mol+  geni  sono  fisicamente  presen+  sullo  stesso  cromosoma  che  può  
essere  considerato  un  gruppo  di  linkage  in  cui  i  geni  sono  presen+  in  ordine  
lineare  ad  una  determinata  distanza  l’uno  dall’altro  

I  geni  presen+  sullo  stesso  gruppo  di  linkage  e  abbastanza  vicini  tra  loro  da  
non  comportarsi  come  geni  indipenden+  vengono  ded  associa+  
 Trasmissione  di  due  caraBeri  

Fasi  di  associazione  

Due  geni  possono  essere  associa+  in  fase  cis  oppure  in  fase  
trans  

cis   trans  
 Trasmissione  di  due  caraBeri  

Crossing-­‐over  
X
 Trasmissione  di  due  caraBeri  

Il  crossing-­‐over  è  un  fenomeno  rela+vamente  raro.  La  frequenza  con  cui  

avviene  dipende  dalla  regione  cromosomica  e,  considerando  una  coppia  di  geni  
associa+,  dalla  distanza  alla  quale  si  trovano  (>  la  distanza,  >  la  probabilità  di  
ricombinazione)  
È  dunque  possibile,  considerando  la  progenie  di  un  incrocio,  contare  il  
numero  di  ricombinan+  tra  due  loci  e  da  questo  s+mare  la  distanza  
gene+ca  tra  i  due  
1  unità  di  mappa  =  1  cenLMorgan  (cM)  =  distanza  tra  due  geni  che  dà  una  
frequenza  di  ricombinazione  dell’1%  
Distanza  di  mappa  =  frequenza  di  ricombinazione  in  percentuale    

La  distanza  di  mappa  non  è  una  distanza  fisica  ma  geneLca  

 Distanza  di  mappa  

Test  a  2  pun+  e  test  a  3  pun+  

AB  
ab  
A   C   B  
Ab  
X   X   aB  
a   c   b  
ACB  
acb  

AcB  
aCb  
 Distanza  di  mappa  

A   C   B   A   C   B   A   C   B   A   C   B  
X   X   X   X  
a   c   b   a   c   b   a   c   b   a   c   b  
A   C   B   A   c   b   A   C   b   A   c   B  

a   c   b   a   C   B   a   c   B   a   C   b  
Genotipo   N. Tipo  di  gameti
ABC 390 Parentale
abc 374 Parentale
Abc 81 Singolo-­‐crossover  tra  i  geni  A  e  B
aBC 85 Singolo-­‐crossover  tra  i  geni  A  e  B
ABc 27 Singolo-­‐crossover  tra  i  geni  B  e  C
abC 30 Singolo-­‐crossover  tra  i  geni  B  e  C
AbC 5 Doppio-­‐crossover
aBc 8 Doppio-­‐crossover
Totale 1000
 Distanza  di  mappa  

Individuare  i  geno+pi  parentali  

Corrispondono  alle  classi  più  frequen+:  
ABC  e  abc  

Determinare  l’ordine  dei  geni  

Si  ragiona  guardando  i  ricombinan+  (Il  gene  centrale  è  quello  che  nei  crossover  doppi  
ha  cambiato  la  sua  posizione  rispeBo  ai  cromosomi  parentali)  

Genotipo   N. Tipo  di  gameti

ABC 390 Parentale
abc 374 Parentale
Abc 81 Singolo-­‐crossover  tra  i  geni  A  e  B
aBC 85 Singolo-­‐crossover  tra  i  geni  A  e  B
ABc 27 Singolo-­‐crossover  tra  i  geni  B  e  C
abC 30 Singolo-­‐crossover  tra  i  geni  B  e  C
AbC 5 Doppio-­‐crossover
aBc 8 Doppio-­‐crossover
Totale 1000
 Distanza  di  mappa  

Genotipo   N. Tipo  di  gameti

ABC 390 Parentale
abc 374 Parentale
Abc 81 Singolo-­‐crossover  tra  i  geni  A  e  B
aBC 85 Singolo-­‐crossover  tra  i  geni  A  e  B
ABc 27 Singolo-­‐crossover  tra  i  geni  B  e  C
abC 30 Singolo-­‐crossover  tra  i  geni  B  e  C
AbC 5 Doppio-­‐crossover
aBc 8 Doppio-­‐crossover
Totale 1000
Determinare  la  distanza  tra  i  geni  
dividendo  il  numero  totale  dei  game+  ricombinan+  per  il  numero  totale  dei  game+  
Distanza  tra  A  -­‐  B  :  100*[(81+85+5+8)/1000]  =  17.9  cM  
Distanza  tra  B  -­‐  C  :  100*[(27+30+5+8)/1000]  =  7.0  cM  

A                                      B                  C  
Disegnare  la  mappa  
17.9  cM            7.0  cM  
 Distanza  di  mappa  

Cosa  succede  quando  abbiamo  a  che  fare  con  un  numero  più  elevato  di  
loci?  

La  frequenza  di  ricombinazione  (la  probabilità  che  un  gamete  parentale  produca  un  
gamete  ricombinante)  viene  conver+ta  in  unità  di  mappa  (cM)  mediante  la  
funzione  di  mappa  
*  Morgan  
*  Haldane  
*  Kosambi  
 
ABraverso  tali  funzioni  è  possibile  oBenere  una  distanza  aBendibile  tra  i  loci  in  
esame.  
 Distanza  di  mappa  

Funzione  di  Haldane  

È  la  funzione  più  semplice  e  assume  che  il  n.  di  crossover  risped  la  distribuzione  di  
Poisson.  Non  considera  l’interferenza.  
dM  =  -­‐1/2  ln  (1-­‐2r)    
dove  dM:  distanza  tra  i  marcatori  ,  r:  frequenza  di  ricombinazione  

Funzione  di  Kosambi    

Considera  il  numero  di  doppie  ricombinazioni  e  l’interferenza.  
d  =  ¼  ln[(1+2r)/(1-­‐2r)]    
d:  distanza  tra  i  marcatori  ,  r:  frequenza  di  ricombinazione.    
d  è  calcolata  come  s+ma  di  Kosambi  e  va  mol+plicata  per  100  per  essere  conver+ta  in  
cM  .  
 Mappe  di  linkage  

Costruzione  della  mappa  di  linkage  

Marcatori    

Opportune  popolazioni  segregan+  

Sotware  per  l’elaborazione  della  mappa  

•  Diaploidi  (o  doppi  aploidi)  

•  Popolazioni  derivate  da  
reincrocio  (BC:  BackCross)  
•  Popolazioni  F2  
•  Linee  inbred  ricombinanL  (RIL)  
 Distanza  di  mappa  

Diaploidi  o  doppi  aploidi  

Geno2pi  
AA  :  aa  
(1  :  1)  

Coltura  in  vitro  delle  antere  e  rigenerazione  di  piante  aploidi  

Raddoppiamento  cromosomico  e  produzione  di  diploidi  

 Distanza  di  mappa  

Popolazione  derivate  da  reincrocio  

Geno2pi  
Aa  :  aa  (1  :  1)  
 Distanza  di  mappa  

Popolazione  F2  
Geno2pi  
AA  :  Aa  :  aa  
(1  :  2  :  1)  
 Distanza  di  mappa  

Linee  inbred  ricombinan+  

Geno2pi  
AA  :  aa  
(1  :  1)  
Basi  gene+che  dei  caraBeri  
Basi  gene+che  dei  caraBeri  

Mappatura  gene+ca  
di  un  gene  di  
resistenza  a  una  
malada  qualita+va  
 Basi  gene+che  dei  caraBeri  

Variazione  con+nua  dei  caraBeri  

Castilleja hispida
Basi  gene+che  dei  caraBeri  

Analisi  sta+s+ca  caraBeri  quan+ta+vi  

Media  
Devianza  
Varianza  
Deviazione  Standard  
P    =  G  +  E  
Ereditabilita’  
 Basi  gene+che  dei  caraBeri  

Q Q q q
m m
P2
M M

F1
Q q
M m

QTL  detec+on    
by  ANOVA   Progenie F2

Q Q Q q q q
M M M m m m

Marcatore M/M Marcatore M/m Marcatore m/m

e e e
locus Q/Q locus Q/q locus q/q

X Y Z

Medie fenotipiche dei sottogruppi

 Basi  gene+che  dei  caraBeri  

QTL  detec+on  by  single  point  regression  analysis  

2
0 1 2 3 4
 Basi  gene+che  dei  caraBeri  

QTL  detec+on  by  interval  analysis  

Basi  gene+che  dei  caraBeri  

QTL  mapping  
 Mappe  di  linkage  

S.  melongena   LWF2  popula+on    

WCGR112-­‐8 (n  =  90)  
S.  melongena  LS1934  x
S.  Melongena   ALF2  popula+on  
AE-­‐P03   (n  =  93)  
Mappe  di  linkage  
 Mappe  di  linkage  

Integrazione  delle  due  mappe  per  

costruire  una  mappa  consenso  sulla  base  
dei  marcatori  comuni  

12  gruppi  di  linkage    

1,285.5  cM  
 
952  DNA  markers:    
313  genomic  SSR    
623  SNP  e  InDel  
Mappe  di  linkage  
Mappe  di  linkage  
Mappe  di  linkage  
Distanza  di  mappa  
 Esercizio  

GameL   Numero  progenie  

BYC   55  
ByC   108  
BYc   276  
Byc   7  
bYC   16  
byC   275  
bYc   125  
byc   46  
 Distanza  di  mappa  

Tra  B  ed  Y  

Tra  Y  e  C