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David L. Nelson Michael M.

Cox

Introduzione alla biochimica


di Lehninger
Quinta edizione
A cura di Edon Melloni

LIBRO MULTIMEDIALE
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David L. Nelson Michael M. Cox

Introduzione alla biochimica


di Lehninger
Quinta edizione
A cura di Edon Melloni

LIBRO MULTIMEDIALE
PREFAZIONE

I
l nostro ordinamento universitario richiede che, oltre ai testi scientificamente
più approfonditi, come I principi di biochimica di Lehninger, siano disponibili an-
che versioni essenziali di queste opere, cioè adattate per i corsi in cui la biochi-
mica svolge un ruolo meno determinante rispetto a quello che ha nei corsi univer-
sitari magistrali.
Si può arguire che non è possibile “semplificare” la scienza, ma si può soltanto
eliminare qualcosa che si ritiene meno rilevante. Convertire un testo ampio e com-
pleto come il Lehninger in uno più conciso comporta una serie di tagli per ridurre
quegli argomenti giudicati non essenziali per la preparazione di base. La scelta di
ciò che può essere eliminato diventa sempre più difficile a ogni edizione, dal mo-
mento che la biochimica è sempre più coinvolta nella caratterizzazione di aspet-
ti importanti della nostra vita e delle patologie che ci colpiscono, e ogni dettaglio
può apparire imprescindibile.
Come conseguenza, la quinta edizione di Introduzione alla biochimica di Lehnin-
ger è più corposa della precedente, proprio per l’impossibilità di eliminare alcuni
paragrafi che riguardano le ultime novità introdotte. La biosegnalazione, l’integra-
zione del metabolismo e la regolazione ormonale sono stati riconsiderati e a questi
argomenti sono stati dedicati spazi maggiori in ragione degli aggiornamenti e del-
la rilevanza delle osservazioni scientifiche raccolte negli ultimi anni.
Questa nuova edizione è ricca di indicazioni e riferimenti alla medicina, che ten-
dono a correlare aspetti specifici del metabolismo ad attività o patologie dell’uomo.
Questa novità rende il testo particolarmente adatto all’insegnamento della biochi-
mica nei corsi universitari triennali di area biomedica. Non sono stati però trascu-
rati quegli argomenti generali che rendono il libro utilizzabile anche in corsi più
prettamente biologici. Anche la grafica delle illustrazioni è migliorata rispetto all’e-
dizione precedente e permette di utilizzare meglio le figure nell’approccio didatti-
co del testo. Le informazioni di base e i riferimenti agli aspetti tecnologici sono sta-
ti conservati e in qualche caso ampliati per consentire l’uso del libro anche in corsi
di studio preuniversitari.
In conclusione, questa Introduzione alla biochimica continua a rispettare l’im-
pegno di Lehninger nel fornire allo studente un quadro chiaro, semplice e comple-
to del mondo biochimico.

Edon Melloni
Dipartimento di Biochimica
Università di Genova

LE RISORSE MULTIMEDIALI
All’indirizzo online.universita.zanichelli.it/nelson-intro5e sono disponibili:
il glossario, le soluzioni abbreviate ai problemi, i test interattivi, le tecniche biochi-
miche, i videoesercizi, le animazioni 3D, i grafici attivi, i tutorial molecolari, la ta-
vola periodica interattiva e la sitografia. Alcune di queste risorse sono espressa-
mente richiamate nel testo con l’icona .
Chi acquista il libro può inoltre scaricare gratuitamente tutto il testo in digita-
le, seguendo le istruzioni presenti nel sito sopra indicato. Il testo si legge con l’ap-
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INDICE

CAPITOLO 1 Le biomolecole si sono formate per evoluzione


Fondamenti di biochimica chimica 17
Le molecole di RNA o i loro precursori potrebbero
essere stati i primi geni e i primi catalizzatori 17
1.1 Fondamenti di biologia cellulare 2
Le cellule sono le unità strutturali e funzionali L’evoluzione biologica iniziò più di tre miliardi
di tutti gli organismi viventi 2 e mezzo di anni fa 18
Gli organismi viventi possono essere raggruppati La prima cellula probabilmente utilizzò combustibili
in tre distinti domini 2 inorganici 18
Le cellule eucariotiche possiedono organelli Le cellule eucariotiche si sono evolute da precursori
circondati da una membrana 2 più semplici in diverse tappe 19
Il citoplasma viene organizzato dal citoscheletro L’anatomia molecolare rivela le relazioni evolutive 19
ed è molto dinamico 2 La genomica funzionale permette di localizzare
Le cellule producono strutture sopramolecolari 4 i geni associati a specifici processi cellulari 20
Il confronto fra i diversi genomi ha un notevole
1.2 Fondamenti di chimica 4
impatto nella biologia umana e nella medicina 20
Le biomolecole sono composti del carbonio con vari
gruppi funzionali 5 Termini chiave 20
Ulteriori letture 21
Le cellule contengono un assortimento universale
di piccole molecole 6 Problemi 22
Box 1.1 Il peso molecolare, la massa molecolare e le loro
corrette unità di misura 7
Le macromolecole sono i principali costituenti
PARTE 1
cellulari 7 STRUTTURA E CATALISI
La struttura tridimensionale può essere descritta
in termini di configurazione e conformazione 7 CAPITOLO 2
Le interazioni tra le biomolecole sono L’acqua
stereospecifiche 9
1.3 Fondamenti di fisica 9 2.1 Interazioni deboli nei sistemi acquosi 24
Gli organismi viventi si trovano in uno stato I legami idrogeno conferiscono all’acqua proprietà
stazionario dinamico, mai in equilibrio con insolite 24
l’ambiente circostante 10 L’acqua forma legami idrogeno con i soluti polari 25
Gli organismi trasformano l’energia e la materia L’acqua interagisce elettrostaticamente con i soluti
ottenuta dall’ambiente 10 carichi 26
Il flusso degli elettroni fornisce energia agli organismi 10 Quando le sostanze cristalline si sciolgono l’entropia
Box 1.2 Entropia: casualità e disordine 11 aumenta 26
Per creare e mantenere l’ordine sono necessari I gas non polari sono poco solubili in acqua 26
lavoro ed energia 12 I composti non polari causano variazioni
L’accoppiamento energetico collega le reazioni energeticamente non favorevoli nella struttura
biologiche 12 dell’acqua 27
I valori di Keq e il 6G° sono una misura Le interazioni di van der Waals sono attrazioni
della tendenza di una reazione a procedere interatomiche deboli 27
spontaneamente 13 Le interazioni deboli sono fondamentali
Gli enzimi promuovono sequenze di reazioni per la struttura e la funzione delle macromolecole 27
chimiche 14 I soluti influenzano le proprietà colligative
Il metabolismo è regolato per mantenere bilanciati delle soluzioni acquose 28
gli intermedi e ottenere la massima economia 15 2.2 Ionizzazione dell’acqua, degli acidi
1.4 Fondamenti di genetica 15 deboli e delle basi deboli 30
La continuità genetica dipende da singole L’acqua pura è poco ionizzata 30
molecole di DNA 15 La ionizzazione dell’acqua è espressa da una
La struttura del DNA consente la sua replicazione costante di equilibrio 31
e la sua riparazione con fedeltà quasi assoluta 15 La scala del pH indica le concentrazioni
La sequenza lineare del DNA codifica proteine degli ioni H+ e OH– 31
con strutture tridimensionali 15 Gli acidi e le basi deboli hanno costanti
1.5 Fondamenti di biologia dell’evoluzione 17 di dissociazione caratteristiche 31
Le variazioni nelle istruzioni ereditarie sono alla base 2.3 Sistemi tampone contro le variazioni
dell’evoluzione 17 di pH nei sistemi biologici 33
© 978-88-08-62118-4 Indice V

I tamponi sono miscele di acidi deboli e delle loro L’_ elica è una comune struttura secondaria 59
basi coniugate 33 La sequenza amminoacidica influenza la stabilità
L’equazione di Henderson-Hasselbalch mette dell’_ elica 60
in relazione tra loro il pH, il pKa e la concentrazione La conformazione ` organizza le catene
della soluzione tampone 34 polipeptidiche in foglietti 60
Gli acidi o le basi deboli si oppongono nelle cellule I ripiegamenti ` sono presenti nelle proteine 60
e nei tessuti alle variazioni di pH 34
Le strutture secondarie comuni hanno caratteristici
Gli enzimi sono sensibili al pH 35 angoli diedrici 61
2.4 L’acqua come reagente 36 4.3 Struttura terziaria e quaternaria delle
2.5 L’ambiente acquoso è adatto alla vita 36 proteine 62
Termini chiave 36 Le proteine fibrose sono adattate a ruoli strutturali 62
Ulteriori letture 36 Nelle proteine globulari la diversità strutturale
Problemi 37 riflette la diversità funzionale 63
La mioglobina ha rappresentato il primo esempio
CAPITOLO 3 della complessità strutturale delle proteine globulari 63
Amminoacidi, peptidi e proteine Le proteine globulari hanno varie strutture terziarie 64
La struttura quaternaria comprende strutture
3.1 Gli amminoacidi 38 proteiche che vanno dai dimeri a complessi
molto più grandi 66
Gli amminoacidi hanno proprietà strutturali comuni 38
Alcune proteine o alcuni segmenti di proteine
Gli amminoacidi possono essere classificati in base
sono intrinsecamente disordinati 66
al loro gruppo R 39
Gli amminoacidi possono comportarsi da acidi 4.4 Denaturazione e ripiegamento
e da basi 42 delle proteine 67
La perdita della struttura provoca la perdita
3.2 I peptidi e le proteine 43
della funzione delle proteine 68
I peptidi sono catene di amminoacidi 43
La sequenza degli amminoacidi determina
I peptidi possono essere distinti in base alla loro la struttura terziaria 68
capacità di ionizzazione 44
I polipeptidi si ripiegano rapidamente secondo un
I peptidi biologicamente attivi e i polipeptidi hanno processo a tappe 68
dimensioni e composizioni molto variabili 44
Il ripiegamento di alcune proteine è un processo
Alcune proteine contengono gruppi chimici diversi assistito 69
dagli amminoacidi 44
I difetti nell’avvolgimento delle proteine sono la base
3.3 Lavorare con le proteine 45 molecolare di un vasto numero di malattie genetiche 70
Le proteine possono essere separate e purificate 45
Termini chiave 70
Le proteine possono essere separate e caratterizzate Ulteriori letture 71
mediante elettroforesi 47
Problemi 71
3.4 Struttura delle proteine: struttura
primaria 49 CAPITOLO 5
La funzione delle proteine dipende dalla loro La funzione delle proteine
struttura primaria 49
Sono state determinate le sequenze
amminoacidiche di milioni di proteine 49
5.1 Legame reversibile di una proteina
con un ligando: le proteine che legano
La spettrometria di massa offre un metodo
alternativo per determinare le sequenze
l’ossigeno 73
amminoacidiche 51 L’ossigeno si lega al gruppo prostetico eme 73
Dalle sequenze amminoacidiche si possono Le globine sono una famiglia di proteine che legano
ricavare importanti informazioni biochimiche 52 l’ossigeno 74
Le sequenze proteiche possono far luce sulla La mioglobina ha un solo sito di legame
storia della vita sulla Terra 53 per l’ossigeno 74
Le interazioni proteina-ligando possono essere
Termini chiave 54
descritte quantitativamente 75
Ulteriori letture 54
Il meccanismo di legame dei ligandi dipende dalla
Problemi 55
struttura delle proteine 76
L’emoglobina trasporta l’ossigeno nel sangue 77
CAPITOLO 4
Le subunità dell’emoglobina sono strutturalmente
Struttura tridimensionale delle proteine simili alla mioglobina 77
Il legame dell’ossigeno provoca una variazione
4.1 Uno sguardo alla struttura delle proteine 56 strutturale nell’emoglobina 77
La conformazione delle proteine è stabilizzata da L’emoglobina lega l’ossigeno con un meccanismo
interazioni deboli 56 cooperativo 77
Il legame peptidico è rigido e planare 57 Il legame cooperativo di un ligando può essere
4.2 Struttura secondaria della proteine 59 descritto quantitativamente 79
VI Indice © 978-88-08-62118-4

L’emoglobina trasporta anche H+ e CO2 79 Gli enzimi possono essere soggetti a inibizione
Il legame dell’ossigeno all’emoglobina è regolato reversibile o irreversibile 97
dal 2,3-bisfosfoglicerato 80 L’attività enzimatica dipende dal pH 99
L’anemia a cellule falciformi è una malattia delle 6.4 Esempi di reazioni enzimatiche 99
molecole emoglobiniche 81 L’esochinasi va incontro all’adattamento indotto,
5.2 Interazioni complementari tra proteine e a seguito del legame del substrato 100
ligandi: il sistema immunitario Il lisozima utilizza due reazioni successive
e le immunoglobuline 82 di spostamento nucleofilico 100
La risposta immunitaria utilizza una serie di cellule 6.5 Enzimi regolatori 101
e proteine specializzate 82
Gli enzimi allosterici vanno incontro a variazioni
Gli anticorpi hanno due siti identici per il legame conformazionali in risposta al legame d
dell’antigene 82 ei modulatori 102
Gli anticorpi si legano saldamente e specificamente Le proprietà cinetiche degli enzimi allosterici
agli antigeni 83 non seguono il comportamento descritto
Molte importanti tecniche analitiche si basano dalla cinetica di Michaelis-Menten 102
sulle interazioni antigene-anticorpo 83 Alcuni enzimi sono regolati da modificazioni
5.3 Interazioni tra proteine modulate covalenti reversibili 102
dall’energia chimica: actina, miosina I gruppi fosforici modificano la struttura e l’attività
e motori molecolari 85 catalitica degli enzimi 103
Le principali proteine del muscolo sono l’actina Le fosforilazioni multiple permettono un accurato
e la miosina 85 controllo della regolazione 103
Altre proteine organizzano i filamenti spessi Alcuni enzimi e altre proteine sono regolati per
e i filamenti sottili in strutture ordinate 86 scissione proteolitica di un precursore enzimatico 104
I filamenti spessi di miosina scorrono lungo Termini chiave 105
i filamenti sottili di actina 86 Ulteriori letture 106
Termini chiave 87 Problemi 106
Ulteriori letture 88
Problemi 88 CAPITOLO 7
Carboidrati e glicobiologia
CAPITOLO 6
Gli enzimi 7.1 Monosaccaridi e disaccaridi 108
Le due famiglie dei monosaccaridi: gli aldosi
6.1 Introduzione agli enzimi 89 e i chetosi 108
La maggior parte degli enzimi è costituita I monosaccaridi hanno centri asimmetrici 108
da proteine 89 I comuni monosaccaridi hanno strutture cicliche 109
Gli enzimi sono classificati in base alle reazioni I monosaccaridi sono agenti riducenti 111
che catalizzano 90
I disaccaridi contengono un legame glicosidico 111
6.2 Come lavorano gli enzimi 90
Gli enzimi modificano la velocità delle reazioni,
7.2 Polisaccaridi 112
non gli equilibri 90 Alcuni omopolisaccaridi rappresentano una forma
di riserva di combustibile 113
La velocità e gli equilibri delle reazioni hanno precise
definizioni termodinamiche 92 Alcuni polisaccaridi hanno ruoli strutturali 113
Il potere catalitico e la specificità degli enzimi Fattori sterici e legami idrogeno influenzano il
dipendono da un limitato numero di principi 92 ripiegamento dei polisaccaridi 114
Le interazioni deboli tra l’enzima e il substrato Le pareti cellulari dei batteri e delle alghe
diventano ottimali nello stato di transizione 92 contengono eteropolisaccaridi strutturali 114
L’energia di legame contribuisce alla specificità I glicosamminoglicani sono eteropolisaccaridi
della reazione e alla catalisi 94 della matrice extracellulare 114
Specifici gruppi catalitici contribuiscono alla catalisi 94 7.3 Glicoconiugati: proteoglicani,
6.3 La cinetica enzimatica, un approccio glicoproteine e glicosfingolipidi 115
alla comprensione del meccanismo I proteoglicani sono macromolecole della superficie
di azione degli enzimi 95 cellulare e della matrice extracellulare contenenti
glicosamminoglicani 116
La concentrazione del substrato modifica la velocità
delle reazioni catalizzate dagli enzimi 95 Le glicoproteine hanno oligosaccaridi legati
covalentemente 116
La relazione tra concentrazione del substrato
e velocità della reazione enzimatica può essere I glicolipidi e i lipopolisaccaridi sono componenti
espressa in modo quantitativo 96 delle membrane 118
I parametri cinetici possono essere utilizzati 7.4 I carboidrati come molecole
per confrontare le attività degli enzimi 96 informazionali: il codice saccaridico 118
Molti enzimi catalizzano reazioni a due Le lectine sono proteine che leggono il codice
o più substrati 97 saccaridico e mediano molti processi biologici 118
© 978-88-08-62118-4 Indice VII

7.5 Lavorare con i carboidrati 119 Alterazioni dei geni clonati producono proteine
modificate 143
Termini chiave 120
Ulteriori letture 120 Le sequenze dei geni possono essere amplificate
utilizzando la reazione a catena della polimerasi 143
Problemi 121
Box 9.1 METODI Un potente strumento per la medicina
forense 145
CAPITOLO 8
Nucleotidi e acidi nucleici 9.2 Utilizzo dei metodi basati sul DNA
per comprendere la funzione
delle proteine 146
8.1 Alcune nozioni di base 122
Le librerie di DNA sono raccolte specializzate di
I nucleotidi e gli acidi nucleici contengono basi informazioni genetiche 146
azotate e pentosi 122
Le relazioni tra le sequenze o le strutture forniscono
Nelle catene degli acidi nucleici i nucleotidi informazioni sulla funzione delle proteine 146
sono uniti da legami fosfodiestere 123
I DNA microarray rivelano l’espressione dell’RNA e
Le proprietà delle basi dei nucleotidi determinano forniscono anche altre informazioni 146
la struttura tridimensionale degli acidi nucleici 125
9.3 La genomica e la storia degli esseri
8.2 Struttura degli acidi nucleici 126 umani 148
Il DNA è una doppia elica in cui viene conservata I metodi di sequenziamento del DNA di nuova
l’informazione genetica 126 generazione hanno favorito il sequenziamento
Il DNA può avere forme tridimensionali diverse 128 genomico 148
Alcune sequenze del DNA adottano strutture Il genoma umano contiene i geni e molti altri tipi
insolite 128 di sequenze 148
Gli RNA messaggeri codificano le catene Box 9.2 MEDICINA Medicina genomica personalizzata 148
polipeptidiche 128 La comparazione dei genomi aiuta a localizzare
Molti RNA hanno strutture tridimensionali i geni coinvolti in una patologia 149
complesse 129
Termini chiave 150
8.3 Chimica degli acidi nucleici 130 Ulteriori letture 150
La doppia elica del DNA e dell’RNA può essere Problemi 151
denaturata 130
Gli acidi nucleici di specie diverse possono formare CAPITOLO 10
ibridi 131
I lipidi
I nucleotidi e gli acidi nucleici vanno incontro
a trasformazioni 132
10.1 I lipidi di riserva 152
È possibile determinare la sequenza di lunghi
Gli acidi grassi sono derivati degli idrocarburi 152
tratti di DNA 132
I triacilgliceroli sono esteri degli acidi grassi
La sintesi chimica del DNA è stata automatizzata 134
con il glicerolo 154
8.4 Altre funzioni dei nucleotidi 135 I triacilgliceroli sono una riserva energetica
I nucleotidi trasportano energia chimica e fungono da isolamento termico 154
nella cellula 135 L’idrogenazione parziale degli oli durante la cottura
I nucleotidi adenilici fanno parte di molti cofattori genera acidi grassi trans 155
enzimatici 135 Le cere fungono da riserve energetiche
Alcuni nucleotidi agiscono da molecole regolatrici 135 e da idrorepellenti 155
Termini chiave 137 10.2 I lipidi strutturali delle membrane 155
Ulteriori letture 137 I glicerofosfolipidi sono derivati dell’acido
Problemi 137 fosfatidico 155
Gli sfingolipidi sono derivati della sfingosina 156
CAPITOLO 9 Gli sfingolipidi sulla superficie cellulare servono
Tecnologie basate sull’informazione come siti per il riconoscimento biologico 156
contenuta nel DNA I fosfolipidi e gli sfingolipidi vengono degradati
nei lisosomi 157
9.1 Lo studio dei geni e dei loro prodotti 139 Gli steroli sono formati da quattro anelli carboniosi
I geni possono essere isolati tramite il clonaggio fusi 157
del DNA 139 10.3 I lipidi come segnali, cofattori
Le endonucleasi di restrizione e le DNA ligasi e pigmenti 159
permettono di ottenere il DNA ricombinante 139 Il fosfatidilinositolo e i derivati della sfingosina
I vettori di clonaggio permettono l’amplificazione agiscono da segnali intracellulari 159
dei segmenti di DNA inseriti 141 Gli eicosanoidi trasferiscono il messaggio
I geni clonati possono essere espressi alle cellule vicine 159
per amplificare la produzione delle proteine 142 Gli ormoni steroidei trasmettono messaggi
Per esprimere le proteine ricombinanti si utilizzano da un tessuto all’altro 160
molti sistemi diversi tra loro 143 Le vitamine A e D sono precursori ormonali 160
VIII Indice © 978-88-08-62118-4

Le vitamine E e K e i chinoni lipidici sono cofattori La struttura del canale per il K+ spiega le basi
delle reazioni di ossidoriduzione 160 molecolari della sua specificità 177
10.4 Lavorare con i lipidi 160 Termini chiave 178
L’estrazione dei lipidi richiede solventi organici 160 Ulteriori letture 179
La cromatografia per assorbimento separa i lipidi Problemi 180
in base alla loro diversa polarità 161
Termini chiave 162 CAPITOLO 12
Ulteriori letture 162 Biosegnalazione
Problemi 162
12.1 Caratteristiche generali
CAPITOLO 11 della trasduzione del segnale 181
Membrane biologiche e trasporto Box 12.1 METODI Il grafico di Scatchard quantifica
l’interazione recettore-ligando 182
11.1 La composizione e l’architettura 12.2 I recettori accoppiati alle proteine G
delle membrane 164 e i secondi messaggeri 184
Ogni tipo di membrana ha una composizione Il sistema recettoriale `-adrenergico agisce tramite
in lipidi e proteine caratteristica 164 un secondo messaggero, il cAMP 184
Tutte le membrane biologiche hanno alcune Diversi meccanismi provocano la terminazione
proprietà fondamentali in comune 165 della risposta del recettore `-adrenergico 186
Il doppio strato lipidico è l’elemento strutturale Il diacilglicerolo, l’inositolo trisfosfato
di base delle membrane 166 e il Ca2+ svolgono funzioni correlate
Si possono distinguere tre tipi di proteine, che come secondi messaggeri 188
differiscono tra loro per il modo in cui sono 12.3 Recettori con attività tirosina chinasica 189
associate alla membrana 166
La stimolazione del recettore dell’insulina
Le proteine integrali si mantengono associate dà inizio a una cascata di reazioni di fosforilazione
alle membrane grazie a interazioni idrofobiche di proteine 189
con i lipidi 167
Il fosfolipide di membrana PIP3 agisce a livello
La topologia delle proteine integrali di membrana di una biforcazione della via di segnalazione
talvolta può essere prevista in base alla sequenza dell’insulina 191
amminoacidica 167
12.4 I recettori con attività guanilil ciclasica,
I lipidi legati covalentemente funzionano da ancore
idrofobiche per le proteine di membrana 168 il cGMP e la proteina chinasi G 193

11.2 Dinamica delle membrane 169


12.5 Proteine adattatrici polivalenti 194
I gruppi acilici all’interno del doppio strato possono 12.6 Canali ionici controllati 194
essere disposti in vari gradi di ordine 169 I canali ionici delle cellule eccitabili producono un
Il movimento dei lipidi attraverso il doppio strato segnale elettrico 194
deve essere catalizzato 169 I canali ionici controllati dal voltaggio producono
I lipidi e le proteine si spostano lateralmente potenziali d’azione nei neuroni 195
nel doppio strato 170 Il recettore dell’acetilcolina è un canale ionico
Gli sfingolipidi e il colesterolo si associano controllato dal ligando 196
per formare degli agglomerati detti zattere 12.7 Le integrine: recettori dell’adesione
lipidiche 170 cellulare 197
11.3 Trasporto di soluti attraverso 12.8 Regolazione della trascrizione da parte
le membrane 171 dei recettori nucleari degli ormoni 197
Il trasporto passivo è facilitato da proteine 12.9 Segnalazione nei microrganismi e nelle
di membrana 171
piante 197
Il trasportatore del glucosio degli eritrociti media
12.10 Trasduzione sensoriale nella vista,
un trasporto passivo 173
nell’olfatto e nel gusto 199
Il trasporto attivo trasferisce un soluto contro
gradiente di concentrazione o contro gradiente Il sistema visivo utilizza i classici meccanismi GPCR 199
elettrochimico 174 La rodopsina eccitata agisce attraverso
Le ATPasi di tipo P vengono fosforilate durante la proteina G trasducina riducendo
i loro cicli catalitici 175 la concentrazione di cGMP 199
Le ATPasi di tipo V ed F sono pompe protoniche Il segnale visivo viene spento rapidamente 200
guidate dall’ATP 176 Nei vertebrati l’olfatto e il gusto utilizzano
I trasportatori ABC usano l’ATP per il trasporto meccanismi simili a quelli della vista 201
attivo di una grande varietà di substrati 176 I GPCR dei sistemi sensoriali hanno molte
I gradienti ionici forniscono l’energia per il trasporto caratteristiche in comune con i GPCR dei sistemi
attivo secondario 176 di segnalazione ormonale 201
Le acquaporine formano canali transmembrana 177 12.11 Regolazione del ciclo cellulare da parte
I canali ionici selettivi permettono il movimento delle proteina chinasi 202
veloce degli ioni attraverso la membrana 177 Il ciclo cellulare si svolge in quattro fasi 202
© 978-88-08-62118-4 Indice IX

Nella cellula i livelli di proteina chinasi dipendenti Le flavoproteine contengono nucleotidi flavinici
dalla ciclina oscillano 202 saldamente legati 226
12.12 Oncogeni, geni soppressori dei tumori Termini chiave 227
e morte cellulare programmata 204 Ulteriori letture 227
Gli oncogeni sono forme mutanti di geni Problemi 228
per le proteine che regolano il ciclo cellulare 204
I difetti in alcuni geni rimuovono le normali CAPITOLO 14
limitazioni esercitate sulla divisione cellulare 204 Glicolisi, gluconeogenesi
L’apoptosi è un suicidio cellulare programmato 204 e via del pentosio fosfato
Termini chiave 205
Ulteriori letture 206 14.1 La glicolisi 230
Problemi 207 Uno sguardo d’insieme: la glicolisi può essere
divisa in due fasi 230
La fase preparatoria della glicolisi richiede ATP 231
PARTE 2 La fase di recupero energetico della glicolisi
BIOENERGETICA E METABOLISMO genera ATP e NADH 234
Il bilancio complessivo comporta un guadagno
CAPITOLO 13 netto di ATP 235
Bioenergetica e tipi di reazioni biochimiche La glicolisi è strettamente regolata 236
L’assorbimento del glucosio è carente nel diabete
13.1 Bioenergetica e termodinamica 211 mellito di tipo 1 236
Le trasformazioni biologiche dell’energia seguono Box 14.1 MEDICINA L’elevata velocità della glicolisi
le leggi della termodinamica 211 nei tumori suggerisce alcuni bersagli per la
Le cellule hanno bisogno di fonti di energia libera 212 chemioterapia 236
La variazione di energia libera standard 14.2 Vie di alimentazione della glicolisi 237
è direttamente correlata alla costante di equilibrio 212 I polisaccaridi e i disaccaridi della dieta vengono
La variazione di energia libera reale dipende dalle idrolizzati a monosaccaridi 237
concentrazioni dei reagenti e dei prodotti 213 Il glicogeno e l’amido endogeni vengono
Le variazioni di energia libera si possono sommare 214 degradati per fosforolisi 238
13.2 Logica chimica e reazioni biochimiche Altri monosaccaridi entrano nella glicolisi in diversi
punti 239
più comuni 214
13.3 Trasferimenti di gruppi fosforici e ATP 217 14.3 Il destino del piruvato in condizioni
La variazione di energia libera dell’idrolisi dell’ATP anaerobiche: la fermentazione 240
ha un valore molto negativo 217 Il piruvato è l’accettore terminale di elettroni nella
fermentazione lattica 241
Altri composti fosforilati e i tioesteri hanno
un’energia libera di idrolisi molto elevata 218 L’etanolo è il prodotto della fermentazione alcolica 241
L’ATP fornisce energia mediante trasferimenti Box 14.2 Glicolisi in condizioni di limitate quantità di
di gruppi, non per semplice idrolisi 219 ossigeno negli atleti 241
L’ATP dona gruppi fosforici, pirofosforici e adenililici 220 14.4 La gluconeogenesi 242
Box 13.1 I lampeggiamenti delle lucciole: messaggi La conversione del piruvato in fosfoenolpiruvato
luminosi di ATP 221 richiede due reazioni esoergoniche 242
In tutti i tipi di cellule avvengono transfosforilazioni La seconda deviazione è la conversione
tra nucleotidi 222 del fruttosio 1,6-bisfosfato in fruttosio 6-fosfato 244
13.4 Le reazioni biologiche La terza deviazione è la conversione del glucosio
di ossidoriduzione 222 6-fosfato in glucosio 244
Il flusso di elettroni può produrre un lavoro La gluconeogenesi è energeticamente dispendiosa,
biologico 222 ma essenziale 244
Le ossidoriduzioni possono essere descritte come Gli intermedi del ciclo dell’acido citrico e molti
semireazioni 222 amminoacidi sono glucogenici 244
Le ossidazioni biologiche avvengono spesso I mammiferi non possono convertire gli acidi grassi
attraverso deidrogenazioni 223 in glucosio 244
I potenziali di riduzione sono una misura La glicolisi e la gluconeogenesi sono
dell’affinità per gli elettroni 224 reciprocamente regolate 245
I potenziali di riduzione standard consentono 14.5 L’ossidazione del glucosio attraverso
di calcolare la variazione di energia libera 224 la via del pentosio fosfato 245
Coenzimi e proteine in numero molto limitato Box 14.3 MEDICINA Perché Pitagora non avrebbe
agiscono da trasportatori universali di elettroni 225 mangiato le fave: deficit di glucosio 6-fosfato
Il NADH e il NADPH agiscono come trasportatori deidrogenasi 246
solubili di elettroni 225 La fase ossidativa produce pentosio fosfato e NADPH 246
La carenza nella dieta di niacina, la vitamina La fase non ossidativa ricicla i pentosi fosfato
presente nel NAD e nel NADP, causa la pellagra 226 in glucosio 6-fosfato 247
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Il glucosio 6-fosfato è ripartito tra la glicolisi e la via Il metabolismo dei carboidrati e quello dei lipidi
del pentosio fosfato 248 sono integrati da meccanismi ormonali e allosterici 267
Termini chiave 248 Termini chiave 297
Ulteriori letture 248 Ulteriori letture 267
Problemi 249 Problemi 268

CAPITOLO 15 CAPITOLO 16
Principi di regolazione metabolica Il ciclo dell’acido citrico

15.1 Regolazione delle vie metaboliche 251 16.1 Produzione di acetil-CoA


Le cellule e gli organismi mantengono (acetato attivato) 271
una condizione di stato stazionario dinamico 251 Il piruvato viene ossidato ad acetil-CoA e CO2 271
È possibile regolare la quantità e l’attività catalitica Il complesso della piruvato deidrogenasi richiede
di un enzima 251 cinque coenzimi distinti 271
I più comuni punti di regolazione nella cellula Il complesso della piruvato deidrogenasi
sono le reazioni lontane dall’equilibrio 253 è costituito da tre enzimi 271
I nucleotidi adeninici hanno un ruolo speciale Mediante l’incanalamento dei substrati,
nella regolazione metabolica 253 gli intermedi non abbandonano mai la superficie
15.2 Analisi del controllo metabolico 255 dell’enzima 272
Si può determinare sperimentalmente l’effetto 16.2 Reazioni del ciclo dell’acido citrico 273
di ciascun enzima sul flusso attraverso una via Nel ciclo dell’acido citrico la sequenza
metabolica 255 delle reazioni ha una logica chimica 273
Il coefficiente della risposta esprime l’effetto Il ciclo dell’acido citrico ha otto tappe 273
di un fattore esterno sul flusso di una via
metabolica 255 Box 16.1 Sintasi e sintetasi; ligasi e liasi; chinasi, fosfatasi
e fosforilasi. Questi nomi possono creare confusione 276
15.3 Regolazione coordinata della glicolisi
L’energia delle ossidazioni che avvengono
e della gluconeogenesi 256 nel ciclo viene efficacemente conservata 277
Gli isozimi dell’esochinasi del muscolo
I componenti del ciclo dell’acido citrico sono
e del fegato sono regolati differentemente dal loro
importanti intermedi biosintetici 277
prodotto, il glucosio 6-fosfato 256
Le vie anaplerotiche riforniscono di intermedi
Box 15.1 Isozimi: proteine differenti che catalizzano
la stessa reazione 257
il ciclo dell’acido citrico 278

La fosfofruttochinasi-1 e la fruttosio 1,6-bisfosfatasi 16.3 Regolazione del ciclo dell’acido citrico 278
sono reciprocamente regolate 257 La produzione di acetil-CoA da parte
Il fruttosio 2,6-bisfosfato è un potente regolatore del complesso della piruvato deidrogenasi
allosterico della PFK-1 e della FBPasi-1 258 è regolata da meccanismi sia allosterici
che covalenti 278
Il terzo ciclo del substrato è controllato dall’ATP e
dall’acetil-CoA 260 Il ciclo dell’acido citrico è regolato a livello
delle sue tre tappe esoergoniche 278
La regolazione a livello trascrizionale della glicolisi
e della gluconeogenesi modifica il numero delle 16.4 Il ciclo del gliossilato 280
proteine enzimatiche 260 Il ciclo del gliossilato produce composti a quattro
15.4 Il metabolismo del glicogeno atomi di carbonio a partire da acetato 280
negli animali 261 Termini chiave 280
La demolizione del glicogeno è catalizzata dalla Ulteriori letture 281
glicogeno fosforilasi 261 Problemi 281
Il glucosio 1-fosfato può entrare nella glicolisi
oppure essere rilasciato nel sangue sotto forma CAPITOLO 17
di glucosio dal fegato 262 Catabolismo degli acidi grassi
L’UDP-glucosio, uno zucchero legato
a un nucleotide, dona il glucosio per la sintesi
del glicogeno 263 17.1 Digestione, mobilizzazione e trasporto
degli acidi grassi 283
Box 15.2 MEDICINA Carl e Gerty Cori: i pionieri
del metabolismo del glicogeno e delle disfunzioni I grassi della dieta vengono assorbiti nell’intestino
associate 264 tenue 283
La glicogenina serve a iniziare la sintesi Gli ormoni mobilizzano le riserve di triacilgliceroli 284
del glicogeno 264 Gli acidi grassi sono attivati e trasportati
15.5 Regolazione coordinata della sintesi nei mitocondri 284
e della demolizione del glicogeno 265 17.2 Ossidazione degli acidi grassi 287
La glicogeno fosforilasi è regolata allostericamente La ` ossidazione degli acidi grassi saturi avviene in
e ormonalmente 265 quattro reazioni 287
Anche la glicogeno sintasi è regolata mediante Le quattro reazioni della ` ossidazione si ripetono
fosforilazione e defosforilazione 265 formando acetil-CoA e ATP 287
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L’acetil-CoA può essere ossidato ulteriormente Quattro amminoacidi sono convertiti


nel ciclo dell’acido citrico 288 in succinil-CoA 308
L’ossidazione degli acidi grassi insaturi richiede Gli amminoacidi a catena ramificata
altre due reazioni 288 non vengono degradati nel fegato 309
L’ossidazione completa degli acidi grassi L’asparagina e l’aspartato vengono degradati
con numero dispari di atomi di carbonio richiede a ossalacetato 310
altre tre reazioni 289 Termini chiave 311
L’ossidazione degli acidi grassi è regolata Ulteriori letture 311
rigidamente 289 Problemi 311
La ` ossidazione avviene anche nei perossisomi 290
La t ossidazione degli acidi grassi avviene CAPITOLO 19
nel reticolo endoplasmatico 290
Fosforilazione ossidativa
L’_ ossidazione avviene nei perossisomi 291 e fotofosforilazione
17.3 I corpi chetonici 291
I corpi chetonici formati nel fegato sono esportati LA FOSFORILAZIONE OSSIDATIVA 313
in altri organi come fonte di energia 292 19.1 Il flusso degli elettroni nei mitocondri 313
Il diabete e il digiuno prolungato provocano una Gli elettroni sono incanalati verso accettori
sovrapproduzione di corpi chetonici 292 universali 313
Termini chiave 293 Gli elettroni passano attraverso una serie
Ulteriori letture 293 di trasportatori legati alla membrana 314
Problemi 294 I trasportatori di elettroni funzionano sotto
forma di complessi multienzimatici 316
CAPITOLO 18 L’energia associata al trasporto degli elettroni
Ossidazione degli amminoacidi viene efficientemente conservata sotto forma
e produzione dell’urea di un gradiente di protoni 319
Durante la fosforilazione ossidativa si generano
specie reattive dell’ossigeno 320
18.1 Destino metabolico dei gruppi
amminici 295 19.2 La sintesi dell’ATP 321
Le proteine della dieta vengono degradate L’ATP sintasi ha due domini funzionali: Fo ed F1 322
enzimaticamente ad amminoacidi 295 L’ATP viene stabilizzato più dell’ADP sulla superficie
Il piridossal fosfato partecipa al trasferimento dell’enzima F1 322
dei gruppi _-amminici all’_-chetoglutarato 296 Il gradiente di protoni favorisce il rilascio di ATP
Il glutammato rilascia il suo gruppo amminico sotto dalla superficie dell’enzima 322
forma di ammoniaca nel fegato 298 Ogni subunità ` dell’ATP sintasi può assumere tre
La glutammina trasporta l’ammoniaca nel torrente diverse conformazioni 322
circolatorio 298 La catalisi rotazionale è alla base del meccanismo di
L’alanina trasporta lo ione ammonio dal muscolo sintesi dell’ATP mediato dall’alterazione del legame 324
scheletrico al fegato 299 In che modo il flusso protonico attraverso
L’ammoniaca è tossica per gli animali 299 il complesso Fo produce un movimento rotatorio? 324

Box 18.1 MEDICINA Valutazione di un danno tissutale 300 Box 19.1 METODI Il funzionamento del microscopio
a forza atomica 325
18.2 Escrezione dell’azoto e ciclo dell’urea 300 L’accoppiamento chemiosmotico permette
L’urea viene prodotta dall’ammoniaca in quattro stechiometrie espresse da numeri non interi tra il
tappe enzimatiche 300 consumo di ossigeno e la sintesi di ATP 325
I cicli dell’acido citrico e dell’urea possono essere La forza motrice protonica fornisce energia
collegati 302 al trasporto attivo 326
L’attività del ciclo dell’urea è regolata a due livelli 303 Sistemi navetta (shuttle) trasferiscono gli equivalenti
I collegamenti tra le vie metaboliche riducono riducenti del NADH citosolico nei mitocondri 326
i costi energetici della sintesi dell’urea 303 19.3 Regolazione della fosforilazione
18.3 Vie di degradazione degli amminoacidi 303 ossidativa 328
Alcuni amminoacidi sono convertiti in glucosio, La fosforilazione ossidativa è regolata
altri in corpi chetonici 303 dal fabbisogno energetico cellulare 328
Alcuni cofattori enzimatici hanno funzioni Una proteina inibitrice impedisce l’idrolisi dell’ATP
importanti nel catabolismo degli amminoacidi 303 durante l’ipossia 328
Sei amminoacidi vengono degradati a piruvato 304 Le vie di produzione dell’ATP sono regolate
Sette amminoacidi vengono degradati in modo coordinato 328
ad acetil-CoA 305 19.4 I mitocondri nella termogenesi,
In alcuni soggetti il catabolismo della fenilalanina nella sintesi degli steroidi
è geneticamente difettoso 306 e nell’apoptosi 329
Cinque amminoacidi sono convertiti Nel tessuto adiposo bruno i mitocondri
in _-chetoglutarato 307 disaccoppiati producono calore 329
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Le P-450 ossigenasi mitocondriali catalizzano I plastidi sono organelli presenti unicamente


l’ossidrilazione degli steroidi 329 nelle cellule delle piante e delle alghe 345
I mitocondri hanno un ruolo primario nella fase L’organicazione dell’anidride carbonica avviene
iniziale dell’apoptosi 330 in tre fasi 345
19.5 I geni mitocondriali: la loro origine La sintesi di ogni triosio fosfato dalla CO2 richiede
e gli effetti delle mutazioni 330 sei NADPH e nove ATP 346
I mitocondri si sono evoluti da batteri Quattro enzimi del ciclo di Calvin sono
endosimbiotici 330 indirettamente attivati dalla luce 347
Le mutazioni del DNA mitocondriale 20.2 La fotorespirazione e le vie C4 e CAM 350
si accumulano durante l’intera vita degli organismi 330 La fotorespirazione dipende dall’attività
Alcune mutazioni nei genomi mitocondriali ossigenasica della rubisco 350
causano malattie 330 Il recupero del fosfoglicolato è costoso 350
Il diabete può essere causato da difetti Nelle piante C4 la fissazione della CO2 e l’attività
dei mitocondri delle cellule pancreatiche ` 331 della rubisco sono fisicamente separate 351
FOTOSINTESI: LA CATTURA 20.3 Biosintesi dell’amido e del saccarosio 352
DELL’ENERGIA LUMINOSA 331
L’ADP-glucosio è il substrato per la sintesi
19.6 Caratteristiche generali della dell’amido nelle piante e per la sintesi
fotofosforilazione 332 del glicogeno nei batteri 352
La fotosintesi delle piante avviene nei cloroplasti 332 L’UDP-glucosio è il substrato per la sintesi
La luce produce un flusso di elettroni del saccarosio nel citosol delle cellule vegetali 353
nei cloroplasti 332 20.4 Sintesi dei polisaccaridi della parete
19.7 L’assorbimento della luce 333 cellulare: cellulosa delle piante e
Le clorofille assorbono l’energia della luce peptidoglicani dei batteri 353
per la fotosintesi 333 La cellulosa viene sintetizzata nella membrana
Pigmenti accessori allargano lo spettro plasmatica 353
di assorbimento della luce 333 Gli oligosaccaridi legati ai lipidi sono precursori
La clorofilla incanala l’energia assorbita verso per la sintesi della parete cellulare batterica 354
i centri di reazione tramite il trasferimento 20.5 Integrazione del metabolismo dei
di eccitoni 333 carboidrati nelle cellule vegetali 354
19.8 L’evento fotochimico centrale: il flusso Nei semi in germinazione la gluconeogenesi
di elettroni indotto dalla luce 335 converte grassi e proteine in glucosio 355
I batteri hanno solo uno dei due distinti centri Termini chiave 355
di reazione fotochimica 335 Ulteriori letture 356
Nelle piante due centri di reazione agiscono Problemi 356
in sequenza 337
Il complesso del citocromo b6f unisce CAPITOLO 21
i fotosistemi II e I 338 Biosintesi dei lipidi
Il flusso ciclico degli elettroni tra PSI e complesso
del citocromo b6f aumenta la produzione di ATP
rispetto a quella di NADPH 338 21.1 Biosintesi degli acidi grassi e degli
eicosanoidi 358
L’acqua viene scissa dal complesso che libera
ossigeno 338 Il malonil-CoA si forma dall’acetil-CoA
e dal bicarbonato 358
19.9 Sintesi di ATP accoppiata Gli acidi grassi vengono sintetizzati mediante una
alla fotofosforilazione 339 sequenza di reazioni ripetute 358
Il flusso degli elettroni e la fosforilazione sono L’acido grasso sintasi dei mammiferi ha molteplici
accoppiati da un gradiente protonico 339
siti attivi 358
È stata determinata una stechiometria L’acido grasso sintasi lega gruppi acetilici
approssimativa della fotofosforilazione 340
e malonilici 359
L’ATP sintasi nei cloroplasti è simile a quella Le reazioni dell’acido grasso sintasi si ripetono
nei mitocondri 340
fino alla formazione del palmitato 362
I cloroplasti si sono evoluti da antichi batteri L’acetato viene trasportato fuori dai mitocondri
fotosintetici 340 sotto forma di citrato 362
Termini chiave 340 La biosintesi degli acidi grassi è strettamente
Ulteriori letture 341 regolata 363
Problemi 341 Gli acidi grassi saturi a catena lunga sono
sintetizzati dal palmitato 364
CAPITOLO 20 La desaturazione degli acidi grassi richiede
Biosintesi dei carboidrati nelle piante una ossidasi a funzione mista 364
e nei batteri Gli eicosanoidi si formano da acidi grassi
poliinsaturi a venti atomi di carbonio 365
20.1 Sintesi fotosintetica dei carboidrati 344 21.2 Biosintesi dei triacilgliceroli 365
© 978-88-08-62118-4 Indice XIII

I triacilgliceroli e i glicerofosfolipidi sono sintetizzati Il corismato è un intermedio chiave nella sintesi


a partire da precursori comuni 365 del triptofano, della fenilalanina e della tirosina 385
Negli animali la biosintesi dei triacilgliceroli La biosintesi dell’istidina utilizza precursori della
è regolata dagli ormoni 366 biosintesi della purina 386
Il tessuto adiposo genera il glicerolo 3-fosfato La biosintesi degli amminoacidi è regolata
mediante la gliceroneogenesi 367 allostericamente 386
21.3 Biosintesi dei fosfolipidi di membrana 367 22.3 Molecole derivate dagli amminoacidi 387
Le cellule utilizzano due strategie per legare le teste La glicina è il precursore delle porfirine 387
polari ai fosfolipidi 368 Gli amminoacidi sono i precursori della creatina
Gli eucarioti sintetizzano fosfolipidi anionici e del glutatione 387
dal CDP-diacilglicerolo 368 Box 22.1 MEDICINA Le porfirie 388
Negli eucarioti le vie di sintesi della fosfatidilserina, Le ammine biologiche sono prodotti della
della fosfatidiletanolammina e della fosfatidilcolina decarbossilazione ossidativa degli amminoacidi 389
sono collegate 368
L’arginina è il precursore della sintesi biologica
Le vie di sintesi degli sfingolipidi e dei dell’ossido di azoto 389
glicerofosfolipidi hanno precursori e alcuni
meccanismi in comune 369 22.4 Biosintesi e degradazione dei nucleotidi 391
21.4 Colesterolo, steroidi e isoprenoidi: La sintesi de novo delle purine inizia dal PRPP 391
biosintesi, regolazione e trasporto 370 La biosintesi dei nucleotidi purinici è regolata per
inibizione retroattiva 391
Il colesterolo è sintetizzato a partire dall’acetil-CoA
in quattro tappe 371 I nucleotidi pirimidinici sono prodotti a partire da
aspartato, PRPP e carbamil fosfato 393
Il colesterolo ha diversi destini metabolici 373
La biosintesi dei nucleotidi pirimidinici è regolata
Il colesterolo e altri lipidi vengono trasportati
tramite inibizione retroattiva 394
dalle lipoproteine plasmatiche 373
I nucleosidi monofosfato sono convertiti
L’HDL effettua il trasporto inverso del colesterolo 375
in nucleosidi trifosfato 394
La sintesi e il trasporto del colesterolo sono
I ribonucleotidi sono i precursori dei
regolati a diversi livelli 376
deossiribonucleotidi 394
Alterazioni nella regolazione del metabolismo
Il timidilato deriva dal dCDP e dal dUMP 395
del colesterolo possono generare patologie
cardiovascolari 376 La degradazione delle purine e delle pirimidine
produce rispettivamente acido urico e urea 396
Gli ormoni steroidei si formano per rottura
della catena laterale e ossidazione del colesterolo 376 Le basi puriniche e pirimidiniche sono riciclate
mediante le vie di salvataggio 396
Gli intermedi della sintesi del colesterolo
possono avere molti destini metabolici alternativi 377 Molti agenti chemioterapici colpiscono enzimi
delle vie biosintetiche dei nucleotidi 397
Termini chiave 378
Ulteriori letture 378 Termini chiave 398
Problemi 378 Ulteriori letture 398
Problemi 399
CAPITOLO 22
Biosintesi degli amminoacidi, dei nucleotidi CAPITOLO 23
e delle molecole correlate Regolazione ormonale e integrazione
del metabolismo nei mammiferi
22.1 Uno sguardo al metabolismo dell’azoto 380
Il ciclo dell’azoto crea una quantità di azoto
23.1 Gli ormoni: strutture diverse
disponibile per i processi biologici 380 per funzioni diverse 400
Gli ormoni agiscono attraverso specifici recettori
L’azoto viene fissato dagli enzimi del complesso
cellulari ad alta affinità 400
della nitrogenasi 380
Gli ormoni sono chimicamente diversi 401
L’ammoniaca viene incorporata nelle biomolecole
tramite il glutammato e la glutammina 382 Il rilascio degli ormoni è regolato da una gerarchia
di segnali ormonali e nervosi 404
La glutammina sintetasi è il principale sito
di regolazione del metabolismo dell’azoto 382 23.2 Metabolismi tessuto-specifici:
Diverse classi di reazioni hanno funzioni speciali la divisione del lavoro 405
nella biosintesi degli amminoacidi e dei nucleotidi 382 Il fegato modifica e distribuisce le sostanze
22.2 Biosintesi degli amminoacidi 384 nutrienti 405
L’_-chetoglutarato è il precursore del glutammato, Il tessuto adiposo immagazzina e distribuisce
della glutammina, della prolina e dell’arginina 384 gli acidi grassi 407
La serina, la glicina e la cisteina derivano dal I muscoli utilizzano l’ATP per compiere un lavoro
3-fosfoglicerato 385 meccanico 408
Tre amminoacidi non essenziali e sei amminoacidi Il cervello utilizza energia per trasmettere impulsi
essenziali vengono sintetizzati a partire elettrici 409
dall’ossalacetato e dal piruvato 385 Il sangue trasporta ossigeno, metaboliti e ormoni 409
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23.3 Regolazione ormonale del metabolismo Le topoisomerasi catalizzano le variazioni


energetico 410 del numero di legame del DNA 428
L’insulina segnala alti livelli di glucosio nel sangue 410 La compattezza del DNA richiede una speciale
forma di superavvolgimento 428
Le cellule ` del pancreas secernono insulina
in risposta a un aumento della concentrazione Box 24.1 MEDICINA Alcune malattie vengono curate
di glucosio nel sangue 410 inibendo le topoisomerasi 428
Il glucagone risponde a bassi livelli di glucosio 24.3 Struttura dei cromosomi 429
nel sangue 410 La cromatina è costituita da DNA e proteine 429
Durante il digiuno il metabolismo si modifica per Gli istoni sono piccole proteine basiche 429
rifornire il cervello di sostanze nutrienti 411
I nucleosomi sono le unità organizzative
L’adrenalina segnala un’attività imminente 412 fondamentali della cromatina 430
Il cortisolo segnala condizioni di stress, compresa I nucleosomi sono compattati in strutture di ordine
una bassa concentrazione di glucosio 414 via via superiore 431
Il diabete mellito è provocato da un difetto nella Box 24.2 MEDICINA Epigenetica, struttura
produzione di insulina o nella sua azione 414 dei nucleosomi e varianti istoniche 431
23.4 Obesità e regolazione della massa Le strutture condensate dei cromosomi sono
corporea 415 mantenute dalle proteine SMC 432
Il tessuto adiposo svolge importanti funzioni Termini chiave 432
endocrine 415 Ulteriori letture 432
La leptina stimola la produzione dell’ormone Problemi 433
peptidico anoressigenico 415
L’insulina agisce sul nucleo arcuato dell’ipotalamo, CAPITOLO 25
regolando l’assunzione di cibo e il processo di Metabolismo del DNA
conservazione dell’energia 416
L’adiponectina agisce tramite l’AMPK e aumenta 25.1 Replicazione del DNA 434
la sensibilità all’insulina 416
La replicazione del DNA è governata da un insieme
L’attività di mTORC1 coordina la crescita cellulare di regole fondamentali 434
con il rifornimento di sostanze nutrienti e di energia 416
II DNA è degradato dalle nucleasi 436
La dieta regola l’espressione di geni fondamentali
per il mantenimento della massa corporea 416 II DNA viene sintetizzato dalle DNA polimerasi 436

Il comportamento alimentare a breve termine II processo di replicazione è molto accurato 437


è influenzato dalla grelina e dal PYY3-36 417 E. coli possiede almeno cinque DNA polimerasi 437
23.5 Obesità, sindrome metabolica La replicazione del DNA richiede numerosi enzimi
e diabete di tipo 2 417
e fattori proteici 439
Nel diabete di tipo 2 i tessuti diventano insensibili La replicazione del cromosoma di E. coli procede
all’insulina 417 in fasi successive 439
Il diabete di tipo 2 viene trattato con la dieta, con La replicazione nelle cellule eucariotiche è simile
l’esercizio fisico, ma anche farmacologicamente 418 ma più complessa 440
Le DNA polimerasi virali fungono da bersagli
Termini chiave 419
per la terapia antivirale 442
Ulteriori letture 419
Problemi 420 25.2 Riparazione del DNA 443
Le mutazioni sono correlate al cancro 443
Tutte le cellule possiedono sistemi multipli
di riparazione del DNA 443
PARTE 3
L’interazione di una forcella di replicazione
LE VIE DELL’INFORMAZIONE con DNA danneggiato può portare alla sintesi
di DNA a livello della lesione 446
CAPITOLO 24 Box 25.1 MEDICINA Riparazione del DNA e cancro 448
Geni e cromosomi
25.3 Ricombinazione del DNA 448
La ricombinazione omologa dei batteri ha
24.1 Elementi cromosomici 422 la funzione di riparare il DNA 448
I geni sono segmenti di DNA che codificano catene La ricombinazione omologa negli eucarioti
polipeptidiche ed RNA 422 è necessaria per la corretta segregazione
Le molecole di DNA sono molto più lunghe degli dei cromosomi durante la meiosi 448
involucri che le contengono 422 La ricombinazione durante la meiosi inizia
I geni e i cromosomi degli eucarioti sono molto con la rottura della doppia elica 450
complessi 423 La ricombinazione sito-specifica determina
24.2 Superavvolgimento del DNA 426 riarrangiamenti del DNA in punti precisi 450
La maggior parte del DNA cellulare è parzialmente Gli elementi genetici trasponibili si spostano
disavvolto 426 da una posizione all’altra 451
Il DNA disavvolto è definito topologicamente I geni delle immunoglobuline si assemblano
dal numero di legame 427 per ricombinazione 452
© 978-88-08-62118-4 Indice XV

Termini chiave 453 27.2 La sintesi proteica 476


Ulteriori letture 454 La sintesi proteica avviene in cinque fasi 476
Problemi 454 Il ribosoma è una complessa macchina
sopramolecolare 476
CAPITOLO 26 Gli RNA transfer hanno caratteristiche strutturali
Metabolismo dell’RNA peculiari 477
Fase 1: le amminoacil-tRNA sintetasi legano
26.1 Sintesi dell’RNA dipendente dal DNA 456 il corretto amminoacido ai tRNA corrispondenti 477
L’RNA viene sintetizzato dalle RNA polimerasi 456 Fase 2: uno specifico amminoacido dà inizio
La sintesi dell’RNA inizia a livello dei promotori 458
alla sintesi proteica 479
Fase 3: i legami peptidici si formano durante
La trascrizione è regolata a diversi livelli 458
la fase di allungamento 481
Sequenze specifiche segnalano la terminazione
Fase 4: la terminazione della sintesi proteica
della sintesi dell’RNA 459
necessita di uno specifico segnale 483
Le cellule eucariotiche hanno nel nucleo tre tipi
Fase 5: le catene polipeptidiche neosintetizzate
di RNA polimerasi 460
vanno incontro a ripiegamenti e modificazioni 484
L’RNA polimerasi II richiede molti altri fattori
La sintesi proteica è inibita da molti antibiotici
proteici per la sua attività 460
e tossine 485
L’RNA polimerasi DNA-dipendente può essere
selettivamente inibita 461 27.3 Trasporto alla destinazione finale
(targeting) e degradazione
26.2 Maturazione dell’RNA 462
delle proteine 485
Gli introni e gli esoni vengono trascritti da DNA
Le modificazioni post-traduzionali di molte
a RNA 463
proteine eucariotiche cominciano nel reticolo
L’RNA catalizza la rimozione (splicing) degli introni 463 endoplasmatico 485
Gli mRNA degli eucarioti hanno strutture particolari La glicosilazione svolge un ruolo chiave
all’estremità 3’ 464 nel trasporto alla destinazione finale delle proteine 486
Un gene può dare origine a prodotti diversi Le sequenze di segnale per il trasporto
a seguito di modificazioni differenti dell’RNA 465 delle proteine nel nucleo non vengono eliminate 487
Anche gli RNA ribosomiali e i tRNA subiscono Le cellule importano le proteine per endocitosi
modificazioni post-trascrizionali 465 mediata da recettori 488
Gli RNA con funzioni speciali vanno incontro In tutte le cellule la degradazione delle proteine
a diversi tipi di modificazioni 467 è mediata da sistemi specializzati 488
Gli RNA con proprietà enzimatiche catalizzano Termini chiave 489
alcune reazioni del metabolismo dell’RNA 467
Ulteriori letture 489
Gli mRNA cellulari vengono degradati a velocità Problemi 490
diverse 468
La polinucleotide fosforilasi sintetizza polimeri
CAPITOLO 28
simili all’RNA a sequenza casuale 468
Regolazione dell’espressione genica
26.3 Sintesi dell’RNA e del DNA dipendente
dall’RNA 469
28.1 Principi di regolazione genica 491
La trascrittasi inversa produce DNA a partire da RNA
L’RNA polimerasi si lega al DNA in corrispondenza
virale 469
dei promotori 492
Alcuni retrovirus causano il cancro e l’AIDS 470
L’inizio della trascrizione è regolato da proteine
Molti trasposoni, retrovirus e introni potrebbero che si legano ai promotori o vicino ai promotori 492
aver avuto una comune origine durante
Molti geni batterici sono raggruppati e regolati
l’evoluzione 470
in operoni 492
La telomerasi è una trascrittasi inversa specializzata 470
L’operone lac è soggetto a regolazione negativa 492
Alcuni RNA virali vengono replicati
Le proteine regolatrici hanno domini distinti
da RNA polimerasi dipendenti dall’RNA 471
che legano il DNA 494
Termini chiave 471 Le proteine regolatrici hanno anche domini di
Ulteriori letture 471 interazione proteina-proteina 495
Problemi 472
28.2 Regolazione dell’espressione genica
nei batteri 496
CAPITOLO 27 L’operone lac è soggetto a regolazione positiva 496
Metabolismo delle proteine Molti geni per gli enzimi della biosintesi degli
amminoacidi sono regolati mediante attenuazione
27.1 Il codice genetico 473 della trascrizione 496
Il codice genetico è stato decifrato utilizzando L’induzione della risposta SOS comporta
stampi di mRNA artificiali 473 la distruzione di repressori proteici 497
L’“oscillazione” permette ad alcuni tRNA La sintesi delle proteine ribosomiali è coordinata
di riconoscere più di un codone 474 con la sintesi degli rRNA 497
XVI Indice © 978-88-08-62118-4

La funzione di alcuni mRNA è regolata in cis La regolazione può essere il risultato


o in trans da piccoli RNA (Srna) 497 della fosforilazione di fattori nucleari trascrizionali 501
28.3 Regolazione dell’espressione genica Il silenziamento genico post-trascrizionale
negli eucarioti 498 è mediato dall’interferenza da RNA 501
La cromatina trascrizionalmente attiva Le cellule staminali hanno potenzialità di sviluppo
è strutturalmente diversa dalla cromatina inattiva 498 che possono essere controllate 501
La maggior parte dei promotori eucariotici Termini chiave 502
è regolata positivamente 499 Ulteriori letture 503
Gli attivatori e i coattivatori che si legano al DNA Problemi 503
facilitano l’organizzazione dei fattori generali di
trascrizione J Crediti 504
499
L’espressione dei geni eucariotici può essere J Appendice 506
regolata da segnali intercellulari e intracellulari 500 J Indice analitico 509
CAPITOLO 1

FONDAMENTI
DI BIOCHIMICA
1.1 Fondamenti di biologia cellulare 2 verse, tra cui lunghi polimeri, formano l’intricata strut-
1.2 Fondamenti di chimica 4 tura interna delle cellule.
1.3 Fondamenti di fisica 9
Sistemi capaci di estrarre, trasformare e utilizzare
1.4 Fondamenti di genetica 15 l’energia dall’ambiente, che consentono agli organi-
1.5 Fondamenti di biologia dell’evoluzione 17 smi viventi di costruire e mantenere le loro complesse
strutture, e di svolgere un lavoro meccanico, chimico,
osmotico ed elettrico.

Funzioni specifiche di ogni componente cellula-

C
irca quattordici miliardi di anni fa l’universo ebbe
origine con un’emissione inimmaginabile di calore re e loro interazioni controllate. L’interazione tra i
e di particelle subatomiche ricche di energia. In po- componenti chimici degli organismi viventi ha un ca-
chi secondi si formarono gli elementi più semplici (idroge- rattere dinamico. Variazioni dei livelli di un componen-
no ed elio). Man mano che l’universo si espandeva e si raf- te provocano la modificazione coordinata o compen-
freddava i materiali si condensarono per la forza di gravità, satoria nella quantità di altri, dando vita a un insieme
generando le stelle. Alcune di queste diventarono super- che mostra caratteri che non rispecchiano quelli dei
nove ed esplosero, rilasciando l’energia necessaria a con- singoli componenti.
densare i nuclei degli elementi semplici in elementi com-
plessi. Gli atomi e le molecole formarono masse turbinose Meccanismi per percepire e rispondere ad alte-
di particelle di polvere e il loro accumulo portò, alla fine, razioni nell’ambiente circostante. Gli organismi si
alla formazione delle rocce, degli asteroidi e dei pianeti. In adattano continuamente alle variazioni ambientali.
miliardi di anni si formarono la Terra e gli elementi chimi-
ci attualmente presenti. Circa quattro miliardi di anni fa Capacità di autoriprodursi e di autorganizzarsi.
comparve la vita: piccoli microrganismi con la capacità di Una singola cellula batterica può dare origine a circa
estrarre energia dai composti organici o dalla luce solare; un miliardo di cellule “figlie” identiche nel giro di 24
questa energia fu poi usata per produrre una serie di bio- ore. Ogni nuovo batterio è una copia fedele dell’ori-
molecole più complesse a partire dagli elementi sempli- ginale, costruita interamente sulla base dell’informa-
ci e dai composti presenti sulla superficie terrestre. Tutti zione contenuta nel materiale genetico della cellula
gli organismi viventi, compresi gli esseri umani, derivano originale.
quindi da quella polvere di stelle.
La biochimica cerca di spiegare come le ecceziona- Capacità di cambiare nel tempo attraverso un’e-
li caratteristiche degli organismi viventi derivino da mi- voluzione graduale. Gli organismi viventi sono in
gliaia di differenti biomolecole. Queste molecole, isolate grado di cambiare lentamente le strategie vitali ere-
ed esaminate singolarmente, seguono tutte le leggi fisiche ditate al fine di sopravvivere al mutare delle condi-
e chimiche che regolano il comportamento della materia zioni ambientali.
inanimata; ciò vale per tutti i processi che avvengono ne-
gli organismi viventi. La biochimica mostra come tutte le Nonostante queste proprietà comuni e la fondamenta-
molecole, che costituiscono gli organismi viventi, di per sé le unitarietà della vita che esse sottendono, è difficile fare
prive di vita interagiscano tra loro per mantenere e per- generalizzazioni sui sistemi viventi. Per motivi di chiarez-
petuare la vita utilizzando soltanto quelle leggi fisiche e za, in questo libro a volte proporremo alcune generalizza-
chimiche che governano l’intero universo. zioni che, anche se non completamente accettabili, posso-
Gli organismi viventi possiedono proprietà che li di- no risultare utili.
stinguono da altri tipi di materia. Quali sono queste ca- La biochimica descrive in termini molecolari le strut-
ratteristiche? ture, i meccanismi, e i processi chimici comuni a tutti gli
organismi, insieme a una serie di principi organizzativi,
Un alto grado di complessità chimica e di organizza- validi per tutte le forme di vita, che vanno sotto il nome
zione a livello microscopico. Migliaia di molecole di- di logica molecolare della vita.
CAPITOLO 1
2 Fondamenti di biochimica © 978-88-08-62118-4

In questo capitolo introduttivo daremo uno sguardo La maggior parte delle cellule è microscopica, invisi-
d’insieme ai concetti biologici, cellulari, fisici, chimici e bile a occhio nudo. Le cellule animali e vegetali hanno di
genetici di base, propedeutici allo studio della biochimi- norma un diametro compreso tra 5 e 100 m e molti bat-
ca, nonché ai principi di biologia evolutiva, cioè al modo teri sono lunghi solo 1 o 2 m. Che cosa limita le dimen-
in cui la vita è nata e si è evoluta. sioni di una cellula?
Il limite superiore della dimensione della cellula è pro-
babilmente legato alla velocità di diffusione delle moleco-
1.1 Fondamenti di biologia cellulare le di soluto nei sistemi acquosi.

L’uniformità e l’eterogeneità degli organismi viventi risul- Ç Gli organismi viventi possono essere raggruppati
tano evidenti anche a livello cellulare. Gli organismi più in tre distinti domini
piccoli consistono di una singola cellula e non sono visibili Tutti gli organismi viventi possono essere suddivisi in tre
a occhio nudo. Gli organismi più grandi sono costituiti da grandi gruppi (domini), che originano da un progenitore
più tipi di cellule, diverse per dimensioni, forme e funzio- comune. Due di questi gruppi sono costituiti da organi-
ni svolte. Ma tutte le cellule, da quelle degli organismi più smi unicellulari, distinguibili sulla base delle loro carat-
semplici a quelle degli organismi più complessi, hanno in teristiche biochimiche e genetiche: i batteri e gli archea
comune alcune proprietà fondamentali, che possono esse- (archeobatteri). Tutti gli organismi eucariotici raggrup-
re apprezzate soprattutto a livello biochimico. pati nel terzo dominio si sono evoluti dallo stesso ramo da
cui derivano gli archea.
Ç Le cellule sono le unità strutturali e funzionali di tutti All’interno dei domini degli archea e dei batteri vi sono
gli organismi viventi dei sottogruppi distinguibili sulla base dei loro habitat. Ne-
Tutti i tipi di cellule hanno alcune caratteristiche struttu- gli habitat aerobici, caratterizzati dall’abbondante dispo-
rali comuni (Figura 1.1). La membrana plasmatica defi- nibilità di ossigeno, alcuni organismi ottengono l’energia
nisce i contorni della cellula e separa il contenuto della cel- dal trasferimento degli elettroni dalle molecole combusti-
lula dal mezzo esterno. Essa è composta da molecole lipidi- bili all’ossigeno all’interno della cellula. Altri habitat sono
che e proteiche, che formano intorno alla cellula una bar- invece anaerobici, cioè praticamente privi di ossigeno, e i
riera sottile, resistente, flessibile e idrofobica. La membra- microrganismi che vi si sono adattati ottengono energia dal
na impedisce il passaggio degli ioni inorganici e della mag- trasferimento degli elettroni al nitrato (con formazione di
gior parte delle molecole cariche o polari. La divisione cel- N2), al solfato (formando H2S), o alla CO2 (formando CH4).
lulare produce due cellule, ognuna con la sua membrana
cellulare. La crescita e la divisione cellulare (fissione) av- Ç Le cellule eucariotiche possiedono organelli circondati
vengono senza che venga persa l’integrità della membrana. da una membrana
Il contenuto cellulare interno, racchiuso dalla mem- Le tipiche cellule eucariotiche sono molto più grandi del-
brana plasmatica, il citoplasma (Figura 1.1), è composto le cellule batteriche (Figura 1.2). Il loro diametro è general-
da una soluzione acquosa, il citosol, e da varie particelle mente compreso tra i 5 e i 100 m, e il loro volume è da mil-
in sospensione, che svolgono funzioni diverse e specifiche. le fino a un milione di volte più grande di quello dei batteri.
Tutte le cellule possiedono, almeno per una parte del I caratteri distintivi delle cellule eucariotiche sono il nucleo
loro ciclo vitale, un nucleo o nucleoide, in cui viene re- e vari organelli circondati da membrana, con funzioni spe-
plicato e conservato il genoma completo (il corredo dei ge- cializzate. Questi organelli comprendono i mitocondri, che
ni, costituiti da DNA) insieme a tutte le proteine associa- costituiscono il sito in cui avvengono la maggior parte delle
te. Il nucleo è tipico degli eucarioti ed è racchiuso in una reazioni che ricavano energia all’interno della cellula; il re-
doppia membrana, l’involucro nucleare. Il nucleoide non ticolo endoplasmatico e il complesso di Golgi, che svolgono
è separato dal citoplasma da una membrana ed è tipico dei un ruolo centrale nella sintesi e nel processo di maturazio-
procarioti, che vengono oggi suddivisi in due gruppi di- ne dei lipidi e delle proteine di membrana; i perossisomi, in
stinti: i batteri e gli archea. cui vengono ossidati gli acidi grassi a catena molto lunga e
i lisosomi, contenenti enzimi digestivi necessari per la de-
gradazione delle cellule non più necessarie. Oltre a questi
organelli, le cellule vegetali contengono anche i vacuoli (al
Citoplasma cui interno vengono conservate elevate quantità di acidi or-
Membrana ganici) e i cloroplasti (in cui la luce del sole viene usata per
plasmatica
alimentare le reazioni di sintesi dell’ATP tramite il proces-
50 m so noto con il nome di fotosintesi) (Figura 1.2). Nel citopla-
1 m Nucleo
Nucleoide sma di molte cellule sono presenti anche granuli o gocce di
Membrana piccole dimensioni che fungono da deposito di sostanze nu-
nucleare
trienti, come grasso e amido.
Cellula batterica Cellula animale
Ç Il citoplasma viene organizzato dal citoscheletro
FIGURA 1.1 Le caratteristiche universali delle cellule viventi. ed è molto dinamico
Tutte le cellule possiedono un nucleo o un nucleoide contenente il La microscopia a fluorescenza ha messo in evidenza diver-
loro DNA, una membrana plasmatica e un citoplasma. si tipi di filamenti proteici che attraversano la cellula euca-
CAPITOLO 1
© 978-88-08-62118-4 Fondamenti di biochimica 3

(a) Cellula animale I ribosomi sono i macchinari


della sintesi proteica
I perossisomi ossidano gli acidi grassi

Il citoscheletro fornisce sostegno alla cellula


e permette il movimento degli organelli

Il lisosoma degrada i detriti intracellulari

Le vescicole di trasporto veicolano


i lipidi e le proteine tra ER,
Golgi e membrana plasmatica
Il complesso di Golgi processa,
impacchetta e marca le proteine
per altri organelli o per l’esportazione

Il reticolo endoplasmatico liscio


(REL) è il sito di sintesi dei lipidi
e del metabolismo dei farmaci

L’involucro nucleare Il nucleolo è il sito di sintesi


separa la cromatina dell’RNA ribosomiale
(DNA  proteine) Il nucleo contiene
dal citoplasma Il reticolo endoplasmatico
ruvido (RER) è il sito di sintesi i geni (cromatina)
La membrana plasmatica separa di molte proteine
la cellula dall’ambiente, regola Involucro
il movimento dei materiali all’interno nucleare Ribosomi Citoscheletro
e all’esterno della cellula
I mitocondri
ossidano combustibili
per produrre ATP

Il cloroplasto cattura la radiazione


solare, produce ATP e carboidrati Complesso
di Golgi

I granuli di amido immagazzinano


temporaneamente i carboidrati
prodotti dalla fotosintesi

I tilacoidi sono i siti della sintesi


di ATP mediata dalla luce
La parete cellulare conferisce
forma e rigidità; protegge la cellula
dal rigonfiamento osmotico
Il vacuolo degrada e ricicla le macromolecole,
immagazzina i metaboliti

FIGURA 1.2 Struttura della cellula eucariotica. Illustrazione


schematica dei due principali tipi di cellule eucariotiche: (a) una Il plasmodesma mette Parete cellulare
in comunicazione della cellula adiacente
cellula animale e (b) una cellula vegetale. Le cellule vegetali hanno
generalmente un diametro che varia dai 10 ai 100 m, maggiore di due cellule vegetali Il gliossisoma contiene enzimi
quello delle cellule animali che varia da 5 a 30 m. Le strutture scritte del ciclo del gliossilato
in rosso sono quelle specifiche delle cellule animali, quelle scritte in (b) Cellula vegetale
verde sono specifiche delle cellule vegetali.

riotica, formando una rete tridimensionale di interconnes- Il quadro che emerge da questa breve rassegna sulla
sioni chiamata citoscheletro. Esistono tre tipi principali di struttura della cellula eucariotica descrive la cellula co-
filamenti citoplasmatici: i filamenti di actina, i microtubu- me una rete di fibre strutturali e un complesso sistema
li e i filamenti intermedi (Figura 1.3). Essi differiscono per di compartimenti delimitati da membrane (Figura 1.2).
spessore (da 6 a 22 nm), composizione e funzione speci- Il sistema di endomembrane segrega specifici proces-
fica. Tutti e tre questi filamenti contribuiscono alla strut- si metabolici e genera le superfici su cui avvengono alcu-
tura e all’organizzazione del citoplasma e alla forma della ne reazioni catalizzate da enzimi. L’esocitosi e l’endoci-
cellula. I filamenti di actina e i microtubuli contribuisco- tosi, meccanismi di trasporto (rispettivamente verso l’e-
no anche al movimento degli organelli e dell’intera cellula. sterno o verso l’interno della cellula) che comportano la
CAPITOLO 1
4 Fondamenti di biochimica © 978-88-08-62118-4

(a) (b)

FIGURA 1.3 I tre tipi di filamenti del citoscheletro: i filamenti durante la mitosi. I microtubuli (in verde), legati a strutture chiamate
di actina, i microtubuli e i filamenti intermedi. (a) Cellule cinetocori (in giallo) sui cromosomi condensati (in blu), spingono
endoteliali dell’arteria polmonare bovina. Fasci di filamenti di i cromosomi verso poli opposti, i centrosomi (color magenta),
actina, chiamati stress fibers, sono colorati in rosso; i microtubuli, della cellula. I filamenti intermedi, costituiti da cheratina (in rosso),
che si dipartono dal centro, sono colorati in verde; i cromosomi (nel mantengono la struttura della cellula.
nucleo) sono colorati in blu. (b) Una cellula polmonare di tritone,

fusione e la fissione della membrana, costituiscono delle SOMMARIO 1.1


vie di comunicazione tra il citoplasma e il mezzo circo- Fondamenti di biologia cellulare
stante, e inoltre permettono la secrezione all’esterno di t Tutte le cellule sono circondate da una membrana pla-
sostanze prodotte dalla cellula e l’assorbimento di mate- smatica. Hanno anche un corredo di geni, localizzati in
riale extracellulare. un nucleoide (batteri e archea) o nel nucleo (eucario-
Le interazioni tra il citoscheletro e gli organelli sono ti).
non covalenti, ma reversibili e soggette a regolazione in ri- t Tutti gli organismi necessitano di una fonte di energia
sposta a vari segnali cellulari ed extracellulari. per poter svolgere il lavoro cellulare.
t Le cellule eucariotiche possiedono un nucleo e molti
Ç Le cellule producono strutture sopramolecolari compartimenti. Alcuni processi avvengono in organelli
Le macromolecole e le loro unità costitutive hanno dimen- specializzati.
sioni molto diverse. Una molecola di alanina è lunga me- t Le proteine del citoscheletro si organizzano in lunghi
no di 0,5 nm. Una molecola di emoglobina, la proteina eri- filamenti che conferiscono alla cellula forma e rigidità,
trocitaria che trasporta l’ossigeno, è costituita da circa 600 su cui si muovono gli organelli all’interno della cellula.
amminoacidi suddivisi in quattro lunghe catene, avvolte t I complessi sopramolecolari sono tenuti insieme da
in strutture globulari del diametro di 5,5 nm. Le proteine interazioni non covalenti e formano una gerarchia di
sono molto più piccole dei ribosomi (diametro di circa 20 strutture.
nm), e a loro volta essi sono molto più piccoli di organelli
come i mitocondri, che hanno un diametro di circa 1000
nm. La differenza tra le biomolecole semplici e le struttu-
re cellulari visibili al microscopio ottico è molto grande. 1.2 Fondamenti di chimica
La Figura 1.4 illustra la gerarchia strutturale dell’organiz-
zazione cellulare. La biochimica si propone di spiegare le forme biologiche e
Nelle strutture sopramolecolari le macromolecole so- le loro funzioni in termini chimici. L’idea attuale che tutti
no però tenute insieme da interazioni non covalenti, tutte gli organismi abbiano un’origine comune è basata in par-
molto più deboli dei legami covalenti. Queste interazioni te sull’universalità delle trasformazioni chimiche e degli
non covalenti comprendono i legami idrogeno (tra gruppi intermedi chimici, che va spesso sotto il nome di “unita-
polari), le interazioni ioniche (tra gruppi carichi), le in- rietà biochimica”.
terazioni idrofobiche (tra gruppi non polari in soluzione Meno di 30 dei più di 90 elementi chimici che si tro-
acquosa) e le forze di van der Waals (forze di London), vano in natura sono essenziali per gli organismi viventi.
ognuna delle quali ha un’energia di legame nettamente La maggior parte degli elementi che compongono la ma-
inferiore a quella del legame covalente. teria vivente ha numeri atomici relativamente bassi. Solo
CAPITOLO 1
© 978-88-08-62118-4 Fondamenti di biochimica 5

La cellula Complessi
Macromolecole Unità monomeriche
e i suoi organelli sopramolecolari
NH2
Nucleotidi
DNA N
O
O N

O P O CH2 O
O
H H
H H

Cromatina OH H

COO

H3N C H
CH3
Proteina
Amminoacidi
Membrana plasmatica
Cellulosa OH
CH 2 O
H
H H OH
OH
HO OH
H

Zuccheri CH2O
H
Parete cellulare H O

FIGURA 1.4 La gerarchia strutturale nell’organizzazione piccole. Per esempio, il nucleo di questa cellula vegetale contiene
molecolare della cellula. Gli organelli e gli altri componenti di la cromatina, un complesso sopramolecolare che consiste di DNA
dimensioni relativamente grandi delle cellule sono costituiti da e proteine basiche (gli istoni). Il DNA è composto da subunità
complessi sopramolecolari che, a loro volta, sono composti da monomeriche semplici (i nucleotidi) e da proteine (composte da
macromolecole più piccole e anche da subunità molecolari più amminoacidi).

due hanno un numero atomico superiore a quello del se- Di grande significato in biologia è la capacità del carbo-
lenio (34). I quattro elementi più abbondanti negli orga- nio di legare in modo stabile fino a quattro altri atomi di
nismi viventi, espressi come percentuale del numero to- carbonio. Due atomi di carbonio possono anche mettere
tale di atomi, sono l’idrogeno, l’ossigeno, l’azoto e il car- in comune due (o tre) coppie di elettroni, formando le-
bonio, che nell’insieme formano più del 99% della mas- gami doppi (o tripli).
sa della maggior parte delle cellule. Essi sono gli elementi Gli atomi di carbonio legati covalentemente nelle bio-
più leggeri, in grado di formare rispettivamente uno, due, molecole possono formare catene lineari o ramificate e
tre e quattro legami. strutture cicliche. Nessun altro elemento chimico può for-
mare una varietà così ampia di molecole diverse per gran-
Ç Le biomolecole sono composti del carbonio dezza, forma e composizione.
con vari gruppi funzionali Le biomolecole in gran parte possono essere conside-
La chimica degli organismi viventi è organizzata intor- rate come derivati degli idrocarburi, in cui gli atomi di
no al carbonio, che corrisponde a più della metà del pe- idrogeno sono sostituiti da una serie di gruppi funziona-
so secco della cellula. Il carbonio può formare legami sin- li che conferiscono proprietà caratteristiche alle moleco-
goli con gli atomi di idrogeno, e un legame singolo o un le, formando le diverse famiglie di composti organici (Fi-
legame doppio con l’ossigeno e con l’azoto. (Figura 1.5). gura 1.6). Molte biomolecole sono polifunzionali, poiché

C  H C H C H C  N C N C N

C  O C O C O C  C C C C C

C  O C O C O C  C C C C C

C  N C N C N C  C C C C C

FIGURA 1.5 Versatilità del carbonio nel formare legami. L’atomo (in rosso), anche con altri atomi di carbonio. I legami tripli sono rari
di carbonio può formare legami singoli, doppi e tripli nelle biomolecole.
CAPITOLO 1
6 Fondamenti di biochimica © 978-88-08-62118-4

H H H
1 2
Metile R C H Etere R O R Guanidina R N C N
 H
H N
H H
H H
Etile R C C H Estere R1 C O R2 Imidazolo R C CH

H H O HN N:
C
H
H H
C C H
Fenile R C CH Acetile R O C C H Sulfidrile R S H
C C O H
H H

Carbonile R C H Anidride R1 C O C R2 Disolfuro R1 S S R2


(aldeide) (due acidi
O carbossilici) O O

H
Carbonile R 1
C R 2
Ammina R N H Tioestere R1 C S R2
(chetone) (protonata)
O H O

H O
Carbossile R C O Ammide R C N Fosforilico R O P OH
O H O
O

H
N O O
Ossidrile R O H Immina R1 C R2 Fosfoanidride R1 O P O P O R2
(alcol)
O O

O H H O
R3
Enolo R C C Immina sostituita Anidride mista R C O P OH
in N (base N (acido carbossilico
H O O
di Schiff) e acido fosforico;
R1 C R2
detta anche
acil fosfato)

FIGURA 1.6 Alcuni gruppi funzionali delle biomolecole. lettera R è usata per rappresentare “qualsiasi sostituente”. Esso
I gruppi funzionali sono evidenziati con un colore che viene può essere semplice come un atomo di idrogeno, ma può essere
solitamente utilizzato per rappresentare l’elemento che caratterizza anche un gruppo contenente molti atomi di carbonio. Quando una
il gruppo: grigio per il C, rosso per l’O, blu per l’N, giallo per l’S e molecola possiede due o più sostituenti, essi vengono indicati con
arancione per il P. In questa figura, e poi in seguito nel testo, la R1, R2 e così via.

contengono due o più gruppi funzionali. La “personali- dei processi che avvengono in quasi tutte le cellule. Tale
tà” chimica di un composto deriva dalla chimica dei suoi varietà di molecole include i comuni amminoacidi, i nu-
gruppi funzionali e dalla loro disposizione nello spazio. cleotidi, gli zuccheri e i loro derivati fosforilati e un certo
numero di acidi mono-, di- e tricarbossilici. Queste mo-
Ç Le cellule contengono un assortimento universale lecole sono polari o cariche e sono quindi solubili in ac-
di piccole molecole qua. L’universale ricorrenza dello stesso gruppo di com-
La fase acquosa (il citosol) di tutte le cellule contie- posti organici in tutte le cellule viventi riflette la conser-
ne un migliaio di piccole molecole organiche diverse vazione evolutiva dei meccanismi metabolici che si svi-
(Mr da ⬃100 a ⬃500), presenti in concentrazioni da mi- lupparono nelle prime cellule.
cromolare a millimolare (Box 1.1). Queste molecole costi- L’insieme delle piccole molecole presenti in una data
tuiscono i metaboliti che partecipano alla maggior parte cellula in condizioni specifiche è definito metaboloma
CAPITOLO 1
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Box 1.1   Il peso molecolare, la massa molecolare e le loro corrette unità di misura
Ci sono due modi comuni (ed equivalenti) per descrivere numero di Avogadro. La massa molecolare m è espressa
la massa molecolare; entrambi vengono usati in questo in dalton (abbreviato Da). Un dalton è l’equivalente di
testo. Il primo è il peso molecolare, o la massa molecolare un dodicesimo della massa del carbonio-12; un kilodalton
relativa, indicata con Mr. Il peso molecolare di una so- (kDa) è 1000 dalton; un megadalton (MDa) corrisponde
stanza è definito come il rapporto tra la massa della mo- a un milione di dalton.
lecola di quella determinata sostanza e un dodicesimo Un’altra unità adatta per descrivere la massa di un sin-
della massa del carbonio-12 (12C). Quindi Mr, essendo un golo atomo o molecola è l’unità di massa atomica (for-
rapporto, è una quantità adimensionale, ovvero non è malmente uma, oggi comunemente definita u) definita
espressa da nessuna unità. Il secondo modo è la massa come un dodicesimo della massa di un atomo di carbo-
molecolare, indicata con m. Questa è semplicemente la nio-12. Da misure sperimentali la massa di un atomo di
massa di una molecola, o la massa molare divisa per il carbonio-12.

cellulare, in analogia con il termine “genoma”. La meta- ni oligosaccaridi, come osservato in precedenza, possono
bolomica è la caratterizzazione sistematica del metabo- comportarsi come molecole informazionali.
loma in condizioni altamente specifiche.
Ç La struttura tridimensionale può essere descritta
Ç Le macromolecole sono i principali costituenti cellulari in termini di configurazione e conformazione
Molte biomolecole sono macromolecole, cioè polimeri Anche se i legami covalenti e i gruppi funzionali di una
con peso molecolare superiore a 5000 che si formano a biomolecola sono essenziali per la sua funzione, la dispo-
partire da precursori relativamente semplici. I polimeri sizione degli atomi che costituiscono la molecola nello spa-
più corti sono detti oligomeri (dal greco oligos, “poco”). Le zio tridimensionale, cioè la sua stereochimica, è altrettan-
proteine, gli acidi nucleici e i polisaccaridi sono macromo- to importante. Un composto contenente carbonio si tro-
lecole composte da monomeri con un peso molecolare pari va comunemente sotto forma di stereoisomeri, molecole
o inferiore a 500. Le macromolecole possono raggrupparsi, con gli stessi legami chimici ma diversa stereochimica, cioè
formando complessi sopramolecolari funzionali. una diversa configurazione corrispondente a una diversa
Le proteine, lunghi polimeri di amminoacidi, costitui- disposizione degli atomi nello spazio. Le interazioni fra le
scono la parte più rilevante (oltre all’acqua) di una cellu- biomolecole sono invariabilmente stereospecifiche poi-
la. Alcune proteine, come gli enzimi, possiedono attività ché richiedono una stereochimica specifica delle moleco-
catalitiche, mentre altre fungono da elementi strutturali, le che entrano in contatto.
recettori di segnali, o trasportatori di sostanze specifiche La Figura 1.7 illustra tre sistemi che si possono utiliz-
dentro e fuori la cellula. Le proteine sono forse le biomo- zare per descrivere le strutture stereochimiche delle mo-
lecole più versatili. L’insieme di tutte le proteine funzio- lecole semplici. La rappresentazione in prospettiva mo-
nanti in una cellula è detto proteoma e la proteomica è stra in modo non ambiguo la stereochimica, ma gli angoli
la caratterizzazione sistematica della serie completa del-
le proteine presenti in determinate condizioni. Gli acidi
nucleici, DNA e RNA, sono polimeri di nucleotidi. Essi
conservano e trasmettono l’informazione genetica. Inol-
tre alcune molecole di RNA hanno ruoli strutturali e ca- O O
M D
talitici in complessi sopramolecolari. Il genoma è l’inte- C
ra sequenza del DNA di una cellula (o, nel caso dei virus 
H 3 N # C !H
a RNA, del loro RNA), mentre la genomica è la caratte-
rizzazione comparativa della struttura, della funzione, H O C OH
A
dell’evoluzione e della mappatura dei genomi. I polisac- H
caridi, polimeri di zuccheri semplici come il glucosio,
hanno tre funzioni principali: riserve di energia, compo-
nenti strutturali delle pareti cellulari (nelle piante e nei (a) (b) (c)
batteri) oppure elementi extracellulari che legano pro-
teine di altre cellule. Il glicoma di una cellula è l’insieme FIGURA 1.7 Rappresentazione delle molecole. Tre modi
delle molecole che contengono carboidrati. I lipidi, de- per rappresentare la struttura dell’amminoacido alanina (qui
mostrata nella forma ionica a pH neutro). (a) Formula di struttura
rivati idrocarburici insolubili, hanno funzione di compo-
in prospettiva. Il simbolo (!) indica un legame in cui l’atomo
nenti strutturali delle membrane, riserve di energia, pig-
all’estremità più larga del simbolo si proietta al di fuori del piano
menti e segnali intracellulari. L’insieme delle molecole del foglio, verso il lettore; lo stesso simbolo tratteggiato (^)
che contengono lipidi all’interno di una cellula costitui- rappresenta un legame che si proietta sotto il piano del foglio.
sce il lipidoma di una cellula. (b) Modello a palle e bastoncini che mostra le lunghezze relative dei
Poiché le sequenze di elementi costitutivi sono ricche legami e gli angoli che essi formano. (c) Modello spaziale, in cui ogni
di informazioni, le proteine e gli acidi nucleici spesso sono atomo è riportato con un raggio di van der Waals proporzionale alle
detti anche macromolecole informazionali. Anche alcu- sue dimensioni reali.
CAPITOLO 1
8 Fondamenti di biochimica © 978-88-08-62118-4

Molecola
chirale:
Immagine la molecola
speculare A ruotata
della molecola non può essere
originaria sovrapposta
all’immagine
A speculare della
C
molecola
Molecola B originaria
originaria
X A
C
Y X

H H H OOC H
G D G D B C
C PC C PC
D G D G X B
H OOC COOH H COOH
Acido maleico (cis) Acido fumarico (trans)
(b) Y
(a)

FIGURA 1.8 (a) Configurazione degli isomeri geometrici. sostituenti diversi (A, B, X, Y), essi possono disporsi intorno al carbonio
(a) Isomeri come l’acido maleico e l’acido fumarico (fumarato) non in due modi diversi, che rappresentano le immagini speculari non
possono essere convertiti l’uno nell’altro senza rompere i legami sovrapponibili l’uno dell’altro (enantiomeri). Quando un atomo di
covalenti. (b) Asimmetria molecolare: molecole chirali e molecole carbonio è asimmetrico viene chiamato anche atomo chirale o centro
achirali. Quando un atomo di carbonio presenta quattro gruppi chirale.

e la lunghezza di legame tra un centro e l’altro sono me- In un secondo tipo di stereoisomero, quattro sosti-
glio rappresentati con i modelli a palle e bastoncini. Nei tuenti diversi legati allo stesso atomo di carbonio tetrae-
modelli spaziali, il raggio di ogni “atomo” è proporzionale drico possono essere disposti nello spazio in due modi,
al suo raggio di van der Waals e i contorni del modello de- cioè in due configurazioni (Figura 1.8b). Un atomo di car-
finiscono lo spazio occupato dalla molecola (precluso agli bonio con quattro sostituenti diversi è detto asimmetri-
atomi di altre molecole). co e viene chiamato centro chirale. Una molecola con
La configurazione è determinata dalla presenza di (1) un solo atomo di carbonio chirale può avere solo due ste-
doppi legami, attorno ai quali non vi è libertà di rotazio- reoisomeri, ma quando i centri chirali sono due o più (n)
ne; (2) centri chirali, intorno ai quali i gruppi sostituenti possono esserci 2n stereoisomeri. Alcuni stereoisomeri so-
sono disposti in una sequenza specifica. La caratteristica no immagini speculari l’uno dell’altro; essi sono chiama-
che identifica gli stereoisomeri è l’impossibilità di conver- ti enantiomeri (Figura 1.8b). Le coppie di stereoisome-
tirsi l’uno nell’altro senza rompere temporaneamente uno ri che non sono immagini speculari l’una dell’altra sono
o più legami covalenti. Gli isomeri geometrici, o isome- chiamate diastereoisomeri (Figura 1.9).
ri cis-trans differiscono per la disposizione dei gruppi so-
stituenti rispetto al doppio legame intorno al quale non è CONVENZIONE IMPORTANTE
possibile alcuna rotazione. L’acido maleico (maleato a pH Data l’importanza della stereochimica nelle reazioni
neutro) è l’isomero cis e l’acido fumarico (fumarato) è l’i- tra le biomolecole (vedi più avanti), bisogna utilizzare no-
somero trans (Figura 1.8a). menclature e rappresentazioni della struttura di ogni bio-

Enantiomeri (immagini speculari) Enantiomeri (immagini speculari)

CH3 CH3 CH3 CH3

X C H H C X X C H H C X

Y C H H C Y H C Y Y C H

CH3 CH3 CH3 CH3

FIGURA 1.9 Due tipi di stereoisomeri. Vi sono quattro differenti bastoncini, leggermente ruotato, per permettere al lettore di vedere
forme di 2,3-butano disostituito (n = 2 atomi di carbonio asimmetrici, tutti i gruppi. Due coppie di stereoisomeri sono l’una l’immagine
da cui 2n = 4 stereoisomeri). Ogni stereoisomero è mostrato in speculare dell’altra, o enantiomeri. Le altre coppie non sono immagini
un riquadro come formula prospettica e come modello a palle e speculari e sono diastereoisomeri.
CAPITOLO 1
© 978-88-08-62118-4 Fondamenti di biochimica 9

molecola non ambigue. Per composti con più centri chi- Negli organismi viventi generalmente è presente una
rali, il sistema di nomenclatura più utilizzato è il sistema sola forma chirale. Per esempio, gli amminoacidi presen-
RS. In questo sistema a ogni gruppo legato a un carbonio ti nelle proteine sono tutti isomeri L; il glucosio è presen-
chirale è assegnata una priorità. Le priorità di alcuni so- te nella cellula come isomero D. Quando un composto con
stituenti comuni sono: un carbonio asimmetrico viene sintetizzato in laborato-
rio, le reazioni di sintesi generalmente producono tutte le
OOCH3  OOH  ONH2  OCOOH 
possibili forme chirali, per esempio una miscela delle for-
OCHOOCH2OH  OCH3  OH
me D ed L. Nella cellula si produce solo una forma chirale
Nella nomenclatura del sistema RS, il gruppo con la di una data molecola, perché anche l’enzima che la sinte-
priorità più bassa (la posizione 4 nel modello a fianco in tizza è altrettanto chirale.
alto) viene posto nella posizione più lontana dall’osserva- La stereospecificità, cioè la capacità di distinguere tra
tore. Se la priorità degli altri tre gruppi (da 1 a 3) diminui- gli stereoisomeri, è una proprietà degli enzimi e di altre
sce andando in senso orario, la configurazione è (R) (dal proteine e una caratteristica peculiare della logica mole-
latino rectus, “destra”); se la direzione della diminuzione colare della cellula. Alcuni esempi particolarmente rile-
è in senso antiorario la configurazione è (S) (dal latino si- vanti della capacità dei sistemi biologici di distinguere gli
nister, ”sinistra”). In questo modo ogni atomo di carbonio stereoisomeri sono presentati nella Figura 1.10.
chirale è definito o (R) o (S) e l’aggiunta di questa preci-
sazione nel nome del composto fornisce una descrizione SOMMARIO 1.2
non ambigua della stereochimica di ogni centro chirale. Fondamenti di chimica
t Per la sua versatilità nel formare legami, il carbonio
può dare origine a un’ampia gamma di scheletri carbo-
1 1
niosi, con diversi gruppi funzionali; sono questi gruppi
4 4
funzionali che conferiscono alle biomolecole non solo
le proprietà chimiche, ma anche quelle biologiche.
3
2
2
3 t Nelle cellule viventi sono presenti circa un migliaio di
piccole molecole, pressoché ubiquitarie.
t Le proteine e gli acidi nucleici sono polimeri lineari co-
In senso orario In senso antiorario
stituiti da semplici unità monomeriche; le loro sequen-
(R) (S) ze contengono l’informazione che conferisce a ciascun
polimero la sua struttura tridimensionale e la sua fun-
Un altro sistema di nomenclatura per gli stereoisome- zione biologica.
ri, il sistema D ed L, è descritto nel Capitolo 3. La configu- t La configurazione molecolare può essere cambiata
razione di una molecola con un singolo centro chirale (per solo rompendo i legami covalenti. Per ogni atomo di
esempio la gliceraldeide) può essere descritta in maniera carbonio i quattro gruppi sostituenti diversi (carbo-
non ambigua utilizzando entrambi i sistemi. nio chirale) possono essere disposti in due modi di-
versi, generando stereoisomeri con proprietà diverse.
CHO (2) La conformazione molecolare, invece, è la posizione
CHO


degli atomi nello spazio e può essere cambiata sempli-
HO C H H (4) OH (1) cemente ruotando i legami intorno ai loro assi.
CH2OH t Le interazioni tra le molecole di interesse biologico sono
CH2OH (3)
quasi sempre stereospecifiche e richiedono un adatta-
L-Gliceraldeide (S)-Gliceraldeide
mento preciso tra strutture complementari.

La conformazione molecolare è diversa dalla confi-


gurazione. Essa rappresenta la disposizione spaziale che i
gruppi funzionali sono liberi di assumere senza rompere
alcun legame grazie alla libertà di rotazione attorno ai le- 1.3 Fondamenti di fisica
gami singoli. Tuttavia, quando uno o più atomi di idrogeno
su un atomo di carbonio sono sostituiti da un gruppo fun- Le cellule e gli organismi viventi devono compiere un la-
zionale molto grande o elettricamente carico, la libertà di voro per rimanere vivi e per riprodursi. Le reazioni di sin-
rotazione attorno al legame COC viene ridotta. Ciò limi- tesi che si svolgono nelle cellule, come i processi di sintesi
ta anche il numero di conformazioni stabili dei derivati. in una fabbrica, richiedono un apporto di energia.
Nel corso dell’evoluzione le cellule hanno sviluppato
Ç Le interazioni tra le biomolecole sono stereospecifiche meccanismi altamente efficienti per accoppiare l’energia
Quando le biomolecole interagiscono, la corrispondenza ottenuta dalla luce solare o da combustibili chimici con i
strutturale fra loro deve essere stereochimicamente corret- molti processi che consumano energia. Uno degli obiettivi
ta. La struttura tridimensionale delle biomolecole, piccole della biochimica è comprendere, in termini quantitativi e
o grandi che siano, cioè la combinazione della conforma- chimici, i meccanismi deputati all’estrazione, all’incana-
zione e della configurazione, è della massima importanza lamento e al consumo di energia nelle cellule viventi. Le
per le loro interazioni biologiche. conversioni energetiche cellulari, come le altre conver-
CAPITOLO 1
10 Fondamenti di biochimica © 978-88-08-62118-4

CH 3 CH 3
O C O C
C CH C CH
H 2C CH 2 H 2C CH 2
C C
CH 3 C H H C CH 2
CH 2 CH 3
(R)-Carvone (S)-Carvone
(essenza di menta) (cumino)
(a)

 
NH 3 NH3
H O H O
 H  H
OOC C N C OOC C N C
CH 2 C C OCH 3 CH 2 C C OCH 3
O CH 2 H O
H CH 2
C C
HC CH HC CH
HC CH HC CH
C C
H H
L-Aspartil-L-fenil-alanina
metil estere L-Aspartil-D-fenil-alanina metil estere
(aspartame) (dolce) (amaro)
(b)

FIGURA 1.10 Gli stereoisomeri producono effetti diversi (b) L’aspartame, un dolcificante artificiale, viene facilmente distinto
nell’uomo. (a) Due stereoisomeri del carvone: l’(R)-carvone (isolato dai recettori gustativi dal suo stereoisomero amaro, anche se i due
dall’essenza di menta) ha la caratteristica fragranza della menta; composti differiscono solo per la configurazione intorno a uno dei
l’(S)-carvone (isolato dall’olio di semi di cumino) odora di cumino. due atomi di carbonio chirali.

sioni di energia, possono essere considerate nel contesto finito isolato. Se il sistema scambia energia, ma non mate-
delle leggi della termodinamica. ria, è chiuso. Se scambia sia energia che materia è aperto.
Gli organismi viventi sono sistemi aperti, poiché scam-
Ç Gli organismi viventi si trovano in uno stato stazionario biano sia energia che materia con l’ambiente circostante.
dinamico, mai in equilibrio con l’ambiente circostante Essi ricavano l’energia dall’ambiente circostante in due mo-
La popolazione delle molecole che lo compongono di: (1) assumono combustibili chimici (come il glucosio)
non è statica. Le piccole molecole, le macromolecole e i dall’ambiente esterno e li ossidano liberando energia (ve-
complessi sopramolecolari vengono continuamente sin- di il Box 1.2) oppure (2) assorbono energia dalla luce solare.
tetizzati e demoliti in reazioni che richiedono un flusso Il primo principio della termodinamica, la legge di con-
costante di massa e di energia attraverso il sistema. Il glu- servazione dell’energia, stabilisce che: in ogni processo chi-
cosio ingerito durante l’ultimo pasto in questo momen- mico o fisico la quantità totale di energia dell’universo rimane
to si trova nel circolo sanguigno e nel giro di un giorno costante, anche se le forme in cui l’energia si presenta possono
verrà convertito in qualcos’altro, per esempio in anidri- cambiare. Ciò significa che, mentre l’energia viene “utiliz-
de carbonica o grassi, e sarà necessario rimpiazzarlo con zata” da un sistema, essa non viene “consumata”, ma con-
altre molecole di glucosio, in modo che la sua concentra- vertita in un’altra forma. Le cellule sono eccellenti trasfor-
zione rimanga costante. Le quantità di composto è pari matori (trasduttori) di energia, in grado di interconvertire
alla sua velocità di degradazione. Il mantenimento di una con grande efficienza l’energia chimica, elettromagnetica,
concentrazione costante è il risultato di uno stato stazio- meccanica e osmotica (Figura 1.11).
nario dinamico, il cui mantenimento richiede un conti-
nuo apporto di energia. Ç Il flusso degli elettroni fornisce energia agli organismi
Quasi tutti gli organismi viventi traggono la loro energia,
Ç Gli organismi trasformano l’energia e la materia ottenuta direttamente o indirettamente, dalla luce solare. Nei fo-
dall’ambiente toautotrofi, la scissione dell’acqua mediata dalla luce nel-
Per una reazione chimica che avviene in soluzione possia- la fotosintesi rilascia gli elettroni necessari per la riduzione
mo definire come sistema l’insieme di tutti i reagenti e i della CO2 e per il rilascio dell’O2 nell’atmosfera:
prodotti, compreso il solvente che li contiene, e l’atmosfera
circostante; cioè tutto quello che è compreso in una data luce
regione dello spazio. Il sistema e il suo ambiente circostan-
6CO2  6H2O 888n C6H12O6  6O2
te costituiscono l’universo. Se il sistema non scambia né
(riduzione della CO2 mediata dalla luce)
energia, né materia con il suo ambiente circostante, è de-
CAPITOLO 1
© 978-88-08-62118-4 Fondamenti di biochimica 11

Box 1.2   Entropia: casualità e disordine Praticamente tutte le trasduzioni energetiche cellulari di-
pendono da un flusso di elettroni “in discesa” da una mo-
“Entropia”, un concetto centrale in biochimica, signi-
lecola all’altra, passando da un potenziale elettrochimi-
fica “cambiamento all’interno” e fu utilizzato per la
co maggiore a un potenziale minore. Tutte le reazioni che
prima volta nel 1851 da Rudolf Clausius, nella formu-
comportano un flusso di elettroni sono reazioni di ossi-
lazione della seconda legge della termodinamica. Essa
doriduzione: un reagente si ossida (perde elettroni), men-
si riferisce alla casualità o disordine dei componenti di
tre un altro si riduce (acquista elettroni).
un sistema chimico. Una definizione quantitativa ri-
gorosa di entropia comporta considerazioni statistiche
e probabilistiche. Tuttavia, la sua natura può essere
dimostrata qualitativamente da un semplice esempio,
che dimostra un aspetto dell’entropia. I concetti chiave
dell’entropia sono la casualità e il disordine, si manife- *'&$!&! !&
stano in modi differenti. Energia potenziale
 """ #%%" 
zuccheri e grassi)
L’ossidazione del glucosio *'%"$
L’entropia non è solo uno stato di energia ma anche di (a)
materia. Gli organismi aerobici (eterotrofi) estraggono
energia libera dal glucosio che ottengono dall’ambiente $%"$ )"! 
!&$!"'
circostante, ossidandolo con l’O2, anch’esso ricevuto
dall’ambiente. I prodotti finali di questo metabolismo La trasduzione
ossidativo, CO2 e H2O, vengono restituiti all’ambiente. Lavoro cellulare:
energetica
*%!&% 
In questo processo l’ambiente subisce un aumento di porta anche *("$" !"
entropia, mentre l’organismo in se stesso rimane in alla produzione *$!&"% "&&&$
di lavoro *#$"')"!'
uno stato stazionario e non va incontro a cambiamenti
*&$%$ !&"!"$ )"!
nell’ordine interno. Anche se un aumento dell’entropia genetiche
si origina spesso dalla dissipazione del calore, esso può
anche derivare da un altro tipo di disordine, rappresen- (b)
tato dalla reazione di ossidazione del glucosio: Calore
C6H12O6  6O2 888n 6CO2  6H2O
(c)
Possiamo rappresentare schematicamente questi pro-

' !&"%"$!
cessi: !&$"#! !&
7 molecole 12 molecole
 &"% "#$"'" #"%&
CO2 #+% # ""!)
O2 (un gas) " '%&  23
(un gas)
242
Glucosio H2O
(un solido) (un liquido)
(d)

Gli atomi contenuti in una molecola di glucosio più  !')"!%"$!


!&$"#!%%& 
6 molecole di ossigeno, un totale di 7 molecole, sono
dispersi in maniera più disordinata dalla reazione di " #"%&% ##" $))!"
ossidazione e sono ora presenti sotto forma di 12 mo- "$ !" $" ""$
!"$ )"!  


lecole (6CO2  6H2O). proteine
Quando una reazione chimica determina un aumento
del numero di molecole, o quando una sostanza solida è (e)
convertita in prodotti liquidi o gassosi, che mostrano una
maggiore libertà di movimento molecolare rispetto ai so- FIGURA 1.11 Alcune interconversioni di energia negli
lidi, il disordine molecolare, e quindi l’entropia, aumenta. organismi viventi. Dal momento che l’energia metabolica viene
utilizzata per compiere lavoro cellulare, il disordine del sistema
e dell’ambiente (espresso quantitativamente come entropia)
aumenta se l’energia potenziale delle molecole nutrienti complesse
diminuisce. (a) Gli organismi viventi ricavano l’energia dall’ambiente
Le cellule e gli organismi non fotosintetici (chemiotrofi)
circostante; (b) ne convertono una parte in una forma capace di
ricavano l’energia di cui hanno bisogno ossidando i pro-
produrre lavoro; (c) ne restituiscono una parte all’ambiente sotto
dotti della fotosintesi ricchi di energia e trasferendo poi gli forma di calore; (d) rilasciano prodotti finali meno organizzati di quelli
elettroni all’O2 atmosferico per formare acqua, CO2 e altri di partenza, generando un aumento dell’entropia dell’universo. Uno
prodotti terminali che saranno poi riciclati nell’ambiente: degli effetti di queste trasformazioni è (e) un aumento dell’ordine
(una diminuita casualità) del sistema dovuto alla formazione di
C6H12O6  6O2 888n 6CO2  6H2O  energia macromolecole complesse. Torneremo a un’analisi quantitativa
(ossidazione del glucosio che produce energia) dell’entropia nel Capitolo 13.
CAPITOLO 1
12 Fondamenti di biochimica © 978-88-08-62118-4

Ç Per creare e mantenere l’ordine sono necessari lavoro Ç L’accoppiamento energetico collega le reazioni biologiche
ed energia Il punto centrale della bioenergetica (lo studio delle tra-
Come si è già detto, il DNA, l’RNA e le proteine sono ma- sformazioni dell’energia nei sistemi viventi) è capire co-
cromolecole informazionali. La sequenza delle loro uni- me l’energia ottenuta dai combustibili metabolici o dal-
tà costitutive monomeriche contiene l’informazione, pro- la cattura della luce solare venga accoppiata alle reazioni
prio come le lettere che compongono questa frase. Oltre che richiedono energia. Per meglio comprendere l’accop-
a usare l’energia chimica per formare i legami covalenti piamento di energia potenziale considereremo il semplice
che legano tra loro le singole unità, la cellula deve spen- esempio meccanico mostrato nella Figura 1.12a. Un oggetto
dere energia per ordinarle nella giusta sequenza. Questo posto alla sommità di un piano inclinato possiede una cer-
comporta un aumento di ordine; per il secondo principio ta quantità di energia potenziale che dipende dall’altezza
della termodinamica, in natura il disordine tende ad au- della sua posizione. Esso tende a scivolare verso il basso
mentare: l’entropia totale dell’universo tende continuamente lungo il piano, perdendo la sua energia potenziale. Quan-
ad aumentare. Quindi, per la sintesi delle macromolecole do l’oggetto che scende è accoppiato a un altro più piccolo,
a partire dalle loro unità costitutive occorre fornire ener- il moto spontaneo verso il basso spinge verso l’alto l’ogget-
gia al sistema (in questo caso la cellula). to più piccolo, svolgendo una certa quantità di lavoro. La
quantità di energia disponibile per produrre un lavoro è la
CONVENZIONE IMPORTANTE variazione di energia libera, G; questa sarà sempre in-
La casualità, o disordine, dei componenti di un si-
stema chimico viene espressa come entropia, S (Box
1.3). Qualunque variazione del disordine del sistema vie- (a) Esempio meccanico
ne espressa come variazione
di entropia, S, che per con- G > 0 G < 0
venzione ha un valore positivo
quando il disordine aumenta. Lavoro svolto Perdita
per sollevare di energia
J. Willard Gibbs ha sviluppato l’oggetto potenziale
la teoria sulle variazioni ener-
getiche che avvengono duran-
te le reazioni chimiche, dimo-
strando che il contenuto di
energia libera, G, di un siste-
ma chiuso può essere definito Endoergonico Esoergonico
J. Willard Gibbs, 1839-1903 in termini di tre quantità: l’en- (b) Esempio chimico
talpia, H, che riflette il nume- Reazione 2:
ro e il tipo di legami; l’entropia (S), e la temperatura asso- ATP → ADP  Pi
Reazione 3:
luta, T (in gradi Kelvin). La definizione dell’energia libera Glucosio  ATP →
glucosio 6-fosfato  ADP
è G  H TS. Quando una reazione avviene a tempera-
Energia libera, G

tura costante, la variazione di energia libera, G, è de- Reazione 1:


Glucosio  Pi →
terminata dalla variazione di entalpia, H, che riguarda glucosio 6-fosfato
G2 G3
il tipo e il numero di legami chimici e di interazioni non
covalenti che si formano e che si rompono, e dalla varia-
zione di entropia, S, che descrive la variazione del disor- G1
G3  G1  G2
dine del sistema:
G  H  TS
Coordinata di reazione
dove, per definizione, H ha un valore negativo per una
reazione che libera calore, e S ha un valore positivo per FIGURA 1.12 Accoppiamento energetico tra processi chimici
un reazione che provoca un aumento del disordine del si- e meccanici. (a) Il moto verso il basso di un oggetto rilascia
stema. energia potenziale che può generare un lavoro meccanico.
L’energia potenziale resa disponibile dal moto spontaneo verso
Un processo tende ad avvenire spontaneamente solo se il il basso, un processo esoergonico (parte in rosso chiaro), può
essere accoppiata al movimento verso l’alto di un altro oggetto, un
G è negativo (cioè se viene rilasciata energia libera du-
processo endoergonico (parte in azzurro). (b) La reazione chimica 1,
rante il processo). Eppure la funzione della cellula dipen-
la formazione di glucosio 6-fosfato da glucosio e fosfato inorganico
de in larga misura da molecole, come le proteine e gli acidi (Pi), genera un prodotto la cui energia è più elevata di quella dei due
nucleici, per le quali l’energia libera di formazione è positi- reagenti. In questa reazione endoergonica il valore di G è positivo.
va. Per favorire lo svolgimento delle reazioni di sintesi, che Nella reazione 2, la scissione esoergonica dell’adenosina trifosfato
cioè richiedono energia (reazioni endoergoniche), la cel- (ATP) ha una variazione di energia libera (G2) fortemente negativa.
lula deve accoppiarle ad altre reazioni che liberano ener- La terza reazione è la somma delle reazioni 1 e 2, e la variazione di
gia (reazioni esoergoniche), in modo che l’intero proces- energia libera, G3, è la somma aritmetica di G1 e G2. Essendo
so sia esoergonico, cioè che la somma delle variazioni di G3 negativo, la reazione complessiva è esoergonica e procede
energia libera sia negativa. spontaneamente.
CAPITOLO 1
© 978-88-08-62118-4 Fondamenti di biochimica 13

feriore alla quantità teorica di energia rilasciata, in quanto Dalle concentrazioni intracellulari misurate fornite nell’e-
una parte viene dissipata come calore dovuto all’attrito tra sercizio, possiamo calcolare il rapporto di azione di mas-
oggetto e piano. Più elevata è la posizione iniziale dell’og- sa Q:
getto, maggiore sarà l’energia rilasciata (G) durante la di-
Q  [ADP][Pi]/[ATP]  [0,5 mM] [5 mM]/[5 mM]
scesa e maggiore sarà anche il lavoro che si potrà svolgere.
 0,5 mM  5  104 M
Come si può applicare questo esempio alle reazioni chi-
miche? Le reazioni chimiche nei sistemi chiusi procedono Questo valore è molto più piccolo del valore della costante
spontaneamente fino a che non raggiungono l’equilibrio. di equilibrio della reazione (2  105 M), quindi la reazio-
Quando un sistema è all’equilibrio, la velocità di formazio- ne all’interno delle cellule è in una condizione molto lon-
ne dei prodotti diventa uguale a quella con cui i prodotti tana dall’equilibrio.
stessi si riconvertono nei reagenti. La variazione di ener-
gia che si ha quando il sistema passa dallo stato iniziale a Gibbs dimostrò che il valore di G (la variazione di energia
quello di equilibrio, in condizioni di pressione e tempe- libera) per ogni reazione chimica è una funzione della va-
ratura costanti, è data dalla variazione di energia libera, riazione di energia libera standard, G°, una costan-
G, che dipende dalla natura della reazione e da quanto te caratteristica di ogni specifica reazione dipendente an-
il sistema allo stato iniziale si trova lontano dalla condizio- che dalle concentrazioni iniziali dei reagenti e dei prodotti:
ne di equilibrio. Nelle reazioni dette esoergoniche la dimi- [C]ci [D]di
nuzione di energia libera che si verifica quando i reagenti G  G°  RT ln (1.1)
[A]ai [B]bi
sono convertiti in prodotti viene espressa con valori nega-
tivi. Le reazioni endoergoniche richiedono un apporto di dove [A]i è la concentrazione iniziale di A, e così via; R è la
energia e i loro valori di G sono positivi. Nei sistemi vi- costante dei gas; T la temperatura assoluta.
venti, come nei processi meccanici, una parte dell’energia G è una misura di quanto un sistema è lontano dall’equi-
viene dissipata sotto forma di calore oppure perduta, con librio. Quando la reazione ha raggiunto l’equilibrio, non
conseguente aumento dell’entropia. vi è più energia associata, e non può svolgere alcun lavo-
ro: G  0.
Ç I valori di Keq e il G° sono una misura della tendenza Sostituendo 0 con G e Keq con [C]ci [D]di / [A]ai [B]bi nell’e-
di una reazione a procedere spontaneamente quazione 1.1, si ottiene la relazione
La tendenza di una reazione chimica ad andare a compi- G°  RT ln Keq
mento può essere espressa dalla sua costante di equilibrio.
Per la reazione di trasformazione di a moli di A e b moli di da cui risulta che G° è un secondo modo (oltre a Keq) di
B in c moli di C e d moli di D, indicare la forza trainante di una reazione. Poiché Keq è
misurabile sperimentalmente, abbiamo a disposizione un
aA  bB On cC  dD modo per determinare anche G°, la costante termodina-
la costante di equilibrio, Keq, è data da mica caratteristica di ogni reazione.
G e G° si misurano in joule per mole (o in calorie per
[C] ceq [D] deq mole). Quando Keq  1, il valore di G° è grande e di se-
Keq 
[A]aeq [B] beq gno negativo; quando Keq 1, il valore di G° è grande
e di segno positivo.
dove [A]eq è la concentrazione di A, [B]eq è la concentra- Le costanti termodinamiche come G° indicano come
zione di B, e così via, quando il sistema ha raggiunto l’equi- procede una reazione verso il suo equilibrio, ma non dico-
librio. Un valore elevato della Keq significa che la reazione no nulla sul tempo necessario per raggiungerlo. La veloci-
tende a procedere fino a che i reagenti sono quasi comple- tà delle reazioni è determinata dai parametri cinetici, che
tamente trasformati in prodotti. saranno trattati in dettaglio nel Capitolo 6.
Negli organismi viventi, come nell’esempio meccanico
ESERCIZIO SVOLTO 1.1 nella Figura 1.12a, una reazione esoergonica può essere ac-
L’ATP e l’ADP sono all’equilibrio all’interno coppiata a una reazione endoergonica, in modo da porta-
delle cellule? re avanti reazioni altrimenti sfavorite. La Figura 1.12b (la
La costante di equilibrio, Keq, della seguente reazione è coordinata di reazione) mostra questo principio applica-
2  105 M: to alla conversione di glucosio a glucosio 6-fosfato, la pri-
ma tappa della via di ossidazione del glucosio. Il modo più
ATP On ADP  HPO42
semplice per produrre glucosio 6-fosfato potrebbe essere:
Se le concentrazioni intracellulari sono: [ATP]  5 mM,
Reazione 1: Glucosio  Pi On glucosio 6-fosfato
[ADP]  0,5 mM e [Pi]  5 mM, la reazione precedente
(endoergonica; G1 è positivo)
all’interno delle cellule viventi è in una condizione di equi-
librio? Questa reazione non avviene spontaneamente; il valore di
G è positivo. Nelle cellule può avvenire una seconda rea-
Soluzione La costante di equilibrio della reazione è da- zione fortemente esoergonica:
ta dal rapporto:
Reazione 2: ATP On ADP  Pi
Keq  [ADP][Pi]/[ATP] (esoergonica; G2 è negativo)
CAPITOLO 1
14 Fondamenti di biochimica © 978-88-08-62118-4

Queste due reazioni chimiche presentano un intermedio ra 1.13), che deve essere superata affinché la reazione pos-
in comune, Pi, che è consumato nella reazione 1 e prodot- sa procedere. La rottura dei legami esistenti e la formazio-
to nella reazione 2. Le due reazioni possono essere accop- ne di nuovi richiede generalmente per prima cosa la distor-
piate (sommate) per dare origine a una terza reazione, che sione dei legami e la creazione di uno stato di transizio-
possiamo scrivere come la somma delle reazioni 1 e 2, in ne con un’energia libera più elevata rispetto ai reagenti e
cui l’intermedio comune, Pi, viene eliminato da entrambi ai prodotti. Il punto più alto nel grafico della coordinata
i lati dell’equazione: di reazione rappresenta lo stato di transizione, e la diffe-
renza tra l’energia del reagente nel suo stato basale e nel-
Reazione 3: Glucosio  ATP On glucosio 6-fosfato  ADP
lo stato di transizione è l’energia di attivazione G‡. Il
Poiché nella reazione 2 viene rilasciata più energia di legame dell’enzima allo stato di transizione è esoergonico,
quanta non sia utilizzata dalla reazione 1, la variazione e l’energia rilasciata da questo legame riduce l’energia di
di energia libera nella reazione 3, G3, è negativa, e la attivazione della reazione e aumenta fortemente la velo-
sintesi di glucosio 6-fosfato diventa quindi possibile me- cità della reazione.
diante la reazione 3. Un ulteriore contributo alla catalisi si ha quando due
o più reagenti si legano alla superficie dell’enzima vicini
ESERCIZIO SVOLTO 1.2 gli uni agli altri e con orientamenti stereospecifici che fa-
Variazione di energia libera standard per la voriscono la reazione. Come risultato di questi fattori e di
sintesi del glucosio 6-fosfato molti altri (vedi il Capitolo 6), le reazioni catalizzate dagli
Qual è la variazione di energia libera standard, G°, in enzimi procedono comunemente a una velocità 1012 volte
condizioni fisiologiche (E. coli cresce nell’intestino uma- superiore rispetto alle reazioni non catalizzate (cioè a una
no a 37
C), per la reazione seguente? velocità un milione di milioni di volte superiore).
Le migliaia di reazioni catalizzate da enzimi nelle cel-
glucosio  ATP On glucosio 6-fosfato  ADP
lule sono organizzate funzionalmente in molte sequenze
Soluzione Per questa reazione abbiamo a disposizione la
di reazioni consecutive, dette vie metaboliche, in cui il
correlazione ΔG°  RT ln Keq e il valore di Keq  7,8  102 M. prodotto di una reazione diventa il reagente di quella suc-
Sostituendo i valori di R, T e di Keq nell’equazione si ha: cessiva. Alcune vie degradano i nutrienti organici in pro-
dotti finali semplici al fine di estrarre energia chimica e
G°  (8,315 J/mole  K)( 310 K)(ln 7,8  102) convertirla in una forma utilizzabile dalla cellula. Nel lo-
 17 kJ//mole ro insieme queste reazioni degradative che liberano ener-
Si noti che questo valore è leggermente differente da quel- gia sono definite catabolismo. L’energia rilasciata dalle
lo riportato nell’esercizio svolto 1.3. In quei calcoli abbia- reazioni cataboliche favorisce la sintesi di ATP; di conse-
mo assunto che la temperatura fosse pari a 25
C (298 K), guenza la concentrazione cellulare di questo composto è
mentre in questo caso i calcoli sono stati effettuati utiliz- molto al di sopra della concentrazione di equilibrio e così
zando la temperatura fisiologica di 37
C (310 K). il valore di G della sua scissione diventa molto grande e
di segno negativo. Altre vie iniziano con piccole moleco-
le che sono convertite in molecole progressivamente più
Ç Gli enzimi promuovono sequenze di reazioni chimiche grandi e complesse, tra cui le proteine e gli acidi nucleici.
Praticamente ogni reazione chimica in una cellula avvie- Tali vie sintetiche richiedono un apporto di energia e sono
ne a una velocità significativa solo in presenza di enzimi, complessivamente definite anabolismo. L’insieme com-
biocatalizzatori che, come tutti gli altri catalizzatori, au- plessivo delle vie catalizzate da enzimi costituisce il me-
mentano la velocità di specifiche reazioni chimiche senza tabolismo cellulare. L’ATP e i nucleosidi trifosfato ener-
essere consumati nel processo. geticamente equivalenti citidina trifosfato (CTP), uridina
La via di conversione del reagente (o dei reagenti) in trifosfato (UTP) e guanosina trifosfato (GTP) costituisco-
prodotto (o prodotti) quasi invariabilmente coinvolge una no la principale connessione tra i componenti anabolici e
barriera energetica, chiamata energia di attivazione (Figu- catabolici dell’intero metabolismo.

FIGURA 1.13 Variazioni energetiche di una reazione


chimica. L’elevata barriera di attivazione, che rappresenta lo stato
Barriera di attivazione di transizione (vedi il Capitolo 6), deve essere superata per la
(stato di transizione, ‡)
conversione dei reagenti A nei prodotti B, anche se i prodotti sono
Energia libera, G

più stabili dei reagenti, come indica l’alto valore negativo della
G ‡non cat variazione di energia libera (G). L’energia necessaria per superare
Reagenti (A) la barriera di attivazione viene detta energia di attivazione (G‡). Gli
G ‡cat
enzimi catalizzano le reazioni abbassando la barriera di attivazione.
Essi legano saldamente gli intermedi dello stato di transizione,
G e l’energia di legame di questa interazione riduce l’energia di
Prodotti (B) attivazione da G‡non cat (curva blu) a G‡cat (curva rossa). (Si noti che
l’energia di attivazione non è correlata alla variazione di energia libera
Coordinata di reazione (A → B) della reazione, G.)
CAPITOLO 1
© 978-88-08-62118-4 Fondamenti di biochimica 15

Ç Il metabolismo è regolato per mantenere bilanciati produzione di altre molecole di DNA identiche da distri-
gli intermedi e ottenere la massima economia buire alla progenie quando la cellula si divide. Per la per-
Le cellule non solo sintetizzano simultaneamente migliaia petuazione di una specie biologica è necessario che la sua
di tipi diversi di carboidrati, grassi, proteine e acidi nucleici, informazione genetica sia mantenuta in una forma stabi-
insieme alle loro unità costitutive, ma lo fanno anche nelle le, sia espressa accuratamente nella forma di prodotti ge-
quantità corrispondenti alle necessità della cellula in ogni nici e sia riprodotta con il minimo di errori. L’immagazzi-
circostanza. Per esempio, durante una rapida crescita cellu- namento, l’espressione e la riproduzione del messaggio ge-
lare, i precursori delle proteine e degli acidi nucleici devono netico sono proprietà caratteristiche delle singole specie,
essere sintetizzati in grande quantità, mentre nelle cellule che le distinguono le une dalle altre e assicurano la loro
quiescenti la richiesta dei precursori diminuisce. Gli enzi- continuità nelle generazioni.
mi chiave di ogni via metabolica sono regolati in modo che
ciascun tipo di molecola precursore sia prodotta nella giu- Ç La continuità genetica dipende da singole molecole di DNA
sta quantità, capace di soddisfare le richieste della cellula. Il DNA è un lungo, sottile polimero organico, una strana
Questo controllo metabolico è ottenuto mediante un mec- molecola il cui diametro ha dimensioni atomiche e una
canismo noto come inibizione (inibizione retroattiva o a lunghezza che può essere di molti centimetri. Lo sperma-
feedback) mantiene in equilibrio la produzione e l’utilizzo tozoo umano o la cellula uovo, che contengono le informa-
di ciascun metabolita intermedio. zioni ereditarie elaborate in miliardi di anni di evoluzio-
Le cellule regolano anche la sintesi dei catalizzatori, ne, trasmettono questa eredità sotto forma di molecole di
gli enzimi che esse stesse producono, in risposta a un au- DNA, in cui la sequenza lineare delle subunità nucleotidi-
mento o a una diminuzione di richiesta di un prodotto che legate covalentemente codifica il messaggio genetico.
del metabolismo. Uno spermatozoo umano fornisce all’uovo che feconda
una sola molecola di DNA per ognuno dei 23 cromosomi
SOMMARIO 1.3 diversi, che si combina con una sola molecola di DNA di
Fondamenti di fisica ogni cromosoma corrispondente dell’uovo. Il risultato di
t Le cellule sono sistemi aperti, che scambiano materia questa unione è facilmente prevedibile: un embrione con
ed energia con l’ambiente circostante, estraendo e in- tutti i suoi ⬃25 000 geni, costituiti da 3 miliardi di cop-
canalando l’energia per mantenere uno stato staziona- pie di nucleotidi intatti. Un’impresa chimica stupefacente!
rio dinamico, lontano dall’equilibrio.
t La tendenza di una reazione chimica a procedere verso Ç La struttura del DNA consente la sua replicazione
l’equilibrio può essere espressa dalla variazione di e la sua riparazione con fedeltà quasi assoluta
energia libera, G. La capacità delle cellule viventi di preservare il proprio
t Quando il G di una reazione è negativo, la reazione materiale genetico e di duplicarlo per generazioni suc-
è esoergonica e tende ad andare a compimento; quan- cessive è il risultato della complementarità strutturale
do il G è positivo, la reazione è endoergonica e tende tra le due metà della molecola di DNA (Figura 1.14). L’u-
ad andare nella direzione opposta. Quando due rea- nità di base del DNA è un polimero lineare di quattro di-
zioni sono accoppiate e generano una terza reazione verse subunità monomeriche, i deossiribonucleotidi, or-
complessiva, il G della reazione globale è dato dalla ganizzati in una specifica sequenza lineare. È questa se-
somma dei G delle due reazioni separate. quenza lineare che contiene l’informazione genetica. Due
t La variazione di energia libera standard di una reazio- di questi filamenti sono avvolti a spirale l’uno sull’altro a
ne, G°, è una costante fisica correlata alla costante di formare la doppia elica tipica del DNA, in cui ogni deos-
equilibrio dall’equazione G°  RT ln Keq. siribonucleotide di un filamento si appaia con il deossiri-
t La maggior parte delle reazioni cellulari procede a ve- bonucleotide complementare sul filamento opposto. Pri-
locità consone alle necessità della cellula, grazie agli ma che una cellula si divida i due filamenti di DNA si se-
enzimi che le catalizzano. Gli enzimi agiscono riducen- parano e ogni catena serve da stampo per la sintesi di un
do l’energia di attivazione, G‡, e aumentando la velo- nuovo filamento complementare, generando due mole-
cità di reazione di molti ordini di grandezza. cole a doppia elica identiche, una per ogni cellula figlia.
t Il metabolismo è la somma di molte reazioni tra loro
correlate, che interconvertono i metaboliti cellulari. Ç La sequenza lineare del DNA codifica proteine
con strutture tridimensionali
L’informazione nel DNA è codificata nella sua sequenza li-
1.4 Fondamenti di genetica neare (unidimensionale) di unità deossiribonucleotidiche,
ma l’espressione dell’informazione ha come risultato una
Tra le scoperte fondamentali in campo biologico nel XX cellula tridimensionale. Questo cambiamento da una a tre
secolo vi è sicuramente la definizione della natura chimi- dimensioni avviene in due fasi. Una sequenza lineare di
ca e della struttura tridimensionale del materiale geneti- deossiribonucleotidi nel DNA codifica (attraverso l’inter-
co, l’acido deossiribonucleico o DNA. La sequenza del- medio RNA) la produzione di proteine costituite da una cor-
le subunità monomeriche, i nucleotidi (più precisamente i rispondente sequenza lineare di amminoacidi (Figura 1.15).
deossiribonucleotidi, come vedremo più avanti), di questo Le proteine si ripiegano in una particolare forma tridimen-
polimero lineare contiene le istruzioni per formare tutti sionale, determinata dalla loro sequenza amminoacidica e
gli altri componenti cellulari e fornisce uno stampo per la stabilizzata principalmente mediante interazioni non cova-
CAPITOLO 1
16 Fondamenti di biochimica © 978-88-08-62118-4

Gene dell’esochinasi
DNA

trascrizione del DNA


in RNA complementare

RNA messaggero

traduzione dell’RNA
in una catena polipeptidica
sui ribosomi

Esochinasi
Catena 1 svolta

ripiegamento della catena


polipeptidica nella struttura
Catena 2 nativa dell’esochinasi

T ATP + glucosio
G
C C ADP + glucosio
A T A T Esochinasi 6-fosfato
cataliticamente
attiva

T A FIGURA 1.15 Dal DNA all’RNA alla proteina all’enzima


A (esochinasi). Una sequenza lineare dei deossiribonucleotidi
T
G C del DNA (il gene) che codifica la proteina esochinasi viene
prima trascritta in una molecola di acido ribonucleico (RNA) con
una sequenza complementare di ribonucleotidi. La sequenza
T A dell’RNA (RNA messaggero) viene quindi tradotta nella catena
A T lineare dell’esochinasi, che si ripiega nella sua forma nativa
tridimensionale, molto probabilmente con l’aiuto di chaperoni
Catena Catena Catena Catena
vecchia 1 nuova 2 nuova 1 vecchia 2 molecolari. Una volta nella sua forma nativa, l’esochinasi acquista
la sua attività catalitica, la fosforilazione del glucosio, usando l’ATP
come donatore del gruppo fosforico.
FIGURA 1.14 Complementarità delle due catene del DNA. Il DNA
è un polimero lineare costituito da quattro tipi di deossiribonucleotidi
diversi: deossiadenilato (A); deossiguanilato (G); deossicitidilato
(C) e deossitimidilato (T), uniti tra loro da legami covalenti. Ogni conformazioni e del corretto ripiegamento richiede specifi-
nucleotide, con la sua peculiare struttura tridimensionale, può che condizioni ambientali: pH, forza ionica, concentrazione
associarsi specificamente, ma in modo non covalente, con un altro di ioni metallici e così via. Quindi, la sola sequenza del DNA
nucleotide della catena complementare: A si associa sempre con T, e non è sufficiente a formare e mantenere una cellula in una
G con C. Quindi, nella molecola a doppia elica del DNA, la sequenza condizione completamente funzionante.
dei nucleotidi in una catena è complementare alla sequenza dell’altra
catena. Le due catene del DNA, tenute insieme da un gran numero di
SOMMARIO 1.4
legami idrogeno (rappresentati dalle linee verticali blu) tra le coppie
Fondamenti di genetica
di nucleotidi complementari, si avvolgono l’una sull’altra, formando
la doppia elica tipica del DNA. Nella replicazione del DNA le due
t L’informazione genetica è codificata nella sequenza li-
catene (in blu) si separano e vengono sintetizzate due nuove catene, neare di quattro deossiribonucleotidi nel DNA.
ciascuna con una sequenza complementare a una delle catene del t La doppia elica del DNA contiene uno stampo interno
filamento originario. Il risultato è la formazione di due molecole a per la sua replicazione e riparazione.
doppia elica esattamente uguali fra loro e al DNA originario. t Le molecole del DNA sono straordinariamente grandi.
t Nonostante la dimensione enorme, la sequenza dei nu-
cleotidi all’interno del DNA è molto precisa e costitui-
sce la base della continuità genetica degli organismi.
lenti. La struttura tridimensionale, o conformazione nati-
t La sequenza lineare degli amminoacidi di una protei-
va, della proteina è cruciale per la sua funzione.
na, codificata nel DNA del gene per quella proteina,
Sebbene le sequenze amminoacidiche delle proteine
produce un’unica struttura tridimensionale della pro-
contengano tutte le informazioni necessarie per il ripiega-
teina, secondo un processo che dipende anche dalle
mento, in modo che le proteine possano assumere la loro
condizioni dell’ambiente.
corretta conformazione nativa, il raggiungimento di queste
CAPITOLO 1
© 978-88-08-62118-4 Fondamenti di biochimica 17

1.5 Fondamenti di biologia dell’evoluzione fulmini) per periodi di una settimana o più, quindi ana-
lizzò il contenuto del recipiente in cui era avvenuta la rea-
Niente in biologia ha senso, se non alla luce dell’evolu- zione (Figura 1.16). La fase gassosa della miscela risultante
zione. conteneva CO e CO2, oltre ai composti di partenza. La fase
Theodosius Dobzhansky, L’insegnante americano di biologia, acquosa conteneva una serie di composti organici, come
marzo 1973 alcuni amminoacidi, acidi ossidrilici, aldeidi e acido cia-
nidrico (HCN). Quando, nel 2010, i campioni gelosamen-
I progressi della biochimica e della biologia molecolare te conservati da Henry Miller vennero presi nuovamen-
degli ultimi decenni hanno confermato la validità dell’af- te in considerazione ed esaminati con tecniche molto più
fermazione di Dobzhansky. La notevole somiglianza delle sensibili e discriminanti (cromatografia liquida a elevate
vie metaboliche e delle sequenze geniche nei tre domini prestazioni e spettrometria di massa), vennero conferma-
della vita sostiene con forza l’ipotesi secondo la quale gli te e ulteriormente estese le osservazioni originali di Mil-
organismi attuali discendano da un comune progenitore ler, dimostrando la formazione di 23 amminoacidi, oltre a
attraverso una serie di piccoli cambiamenti (mutazioni), un numero elevato di altri composti semplici che potreb-
ciascuno dei quali conferisce un vantaggio selettivo ad al- bero essere serviti come mattoni di costruzione nell’evo-
cuni organismi in nicchie ecologiche particolari. luzione prebiotica.

Ç Le variazioni nelle istruzioni ereditarie sono alla base Ç Le molecole di RNA o i loro precursori potrebbero essere
dell’evoluzione stati i primi geni e i primi catalizzatori
Nonostante la fedeltà quasi perfetta della replicazione ge- Negli organismi attuali gli acidi nucleici contengono le in-
netica, vengono commessi errori, anche se poco frequen- formazioni genetiche che specificano le strutture degli en-
ti, che provocano variazioni della sequenza nucleotidica zimi, e gli enzimi hanno la capacità di catalizzare la replica-
del DNA, generando mutazioni genetiche e modificazio- zione e la riparazione degli acidi nucleici. La mutua dipen-
ni nelle istruzioni per la sintesi di un componente cellu- denza tra queste due classi di biomolecole ci porta a una
lare. Occasionalmente, una mutazione può migliorare le domanda: chi venne prima, il DNA o le proteine?
caratteristiche dell’organismo o della cellula. Ad esem-
pio l’enzima mutato potrebbe aver acquisito una specifi-
cità leggermente diversa, che lo rende in grado di utiliz- Elettrodi
zare un composto che prima non metabolizzava. La cel-
lula mutata ottiene un vantaggio selettivo nei confronti
delle cellule non mutate (tipo selvatico). Questo è ciò
che Darwin intendeva per selezione naturale, un concetto
che può essere riassunto e schematizzato come “soprav- Scintilla
d’innesco
vivenza del più adatto”.
Alcuni milioni di anni di selezione naturale hanno
perfezionato i sistemi cellulari, per ottenere il massimo NH3
vantaggio dalle proprietà chimiche e fisiche del materia- CH4 HCN,
H2 ammino-
le grezzo presente nell’ambiente a disposizione degli es- H2O acidi
seri viventi. Le mutazioni genetiche casuali negli indivi- H2S
dui di una determinata popolazione, insieme con la se- 80
C
lezione naturale, hanno prodotto nel corso dell’evoluzio-
ne l’enorme varietà di specie che è attualmente visibile ai
nostri occhi, ciascuna idonea a vivere nella sua particola- Condensatore
re nicchia ecologica.

Ç Le biomolecole si sono formate per evoluzione chimica


Come hanno potuto i primi organismi viventi acquisire le
loro caratteristiche unità costitutive? Secondo un’ipotesi,
questi composti si sono formati per l’effetto di potenti for-
ze atmosferiche – radiazioni ultraviolette, scariche elettri-
che, o eruzioni vulcaniche – sui gas presenti nell’atmosfe-
ra terrestre prebiotica, oppure sui soluti inorganici delle
correnti profonde oceaniche surriscaldate.
FIGURA 1.16 Produzione abiotica di biomolecole.
Questa ipotesi è stata verificata mediante un classico Un apparecchio che produce scariche elettriche del tipo di quello
esperimento sull’origine abiotica (non biologica) della vi- usato da Miller e Urey nei loro esperimenti, che dimostrarono la
ta, condotto nel 1953 da Stanley Miller nel laboratorio di possibilità di formazione di composti organici nelle condizioni
Harold Urey. Miller sottopose delle miscele gassose simili atmosferiche primitive. Dopo aver sottoposto a scariche elettriche
a quelle presumibilmente presenti sulla Terra in era pre- la miscela gassosa contenuta nell’apparecchio, i prodotti sono stati
biotica, contenenti NH3, CH4, H2O, e H2, a scariche elet- raccolti per condensazione. Tra le biomolecole prodotte vi erano
triche prodotte da una coppia di elettrodi (per simulare i anche degli amminoacidi.
CAPITOLO 1
18 Fondamenti di biochimica © 978-88-08-62118-4

La risposta più probabile è che essi siano apparsi circa do a RNA. Qualche tempo dopo la prima evoluzione di
nello stesso momento, ma che l’RNA abbia preceduto en- questo primitivo sistema di sintesi delle proteine vi fu un
trambi. La scoperta che le molecole di RNA possono agi- ulteriore sviluppo: le molecole di DNA con una sequen-
re da catalizzatori nelle reazioni coinvolte nella loro stes- za complementare a quella delle molecole di RNA auto-
sa formazione suggerisce che l’RNA, o una molecola simi- replicanti assunsero la funzione di conservare l’informa-
le, possa essere stato il primo gene e al tempo stesso il pri- zione “genetica”, e le molecole di RNA assunsero la fun-
mo catalizzatore. In base a questo nuovo scenario (Figu- zione di sintesi delle proteine. (Descriveremo nel Capi-
ra 1.17), la prima tappa dell’evoluzione biologica sarebbe tolo 8 il motivo per cui il DNA è una molecola più stabile
stata la formazione casuale nel “brodo primordiale” di una dell’RNA e quindi più idonea alla conservazione dell’in-
molecola di RNA che aveva la capacità di catalizzare la for- formazione ereditaria.) Le proteine si rivelarono cataliz-
mazione di altre molecole di RNA con la stessa sequenza: zatori particolarmente versatili, e con il tempo perfezio-
una molecola di RNA autoreplicante. La fedeltà dell’au- narono questa funzione.
toreplicazione era probabilmente tutt’altro che perfetta,
e quindi il processo produceva molecole di RNA varian- Ç L’evoluzione biologica iniziò più di tre miliardi e mezzo
ti, alcune delle quali potevano essere in grado di autore- di anni fa
plicarsi meglio. La Terra si formò circa 4,6 miliardi di anni fa e le prime
La divisione delle funzioni fra DNA (conservazione forme di vita risalgono a 3,5 miliardi di anni fa. Nel 1996
dell’informazione genetica) e proteine (catalisi) fu il ri- alcuni ricercatori che lavoravano in Groenlandia trova-
sultato di un’evoluzione successiva. La recente scoperta rono evidenze chimiche (“molecole fossili”) di una vita
che nel macchinario di sintesi proteica delle cellule attua- risalente ad almeno 3,5 miliardi di anni fa. In un tempo
li (i ribosomi) sono le molecole di RNA, e non le proteine, misurabile in eoni, l’improbabile divenne inevitabile: ve-
a catalizzare la formazione dei legami peptidici è sicura- scicole lipidiche contenenti composti organici e RNA au-
mente in accordo con l’ipotesi dell’esistenza di un mon- toreplicanti diedero origine alle prime cellule (protocel-
lule). Quelle protocellule dotate di capacità maggiori di
autoreplicazione rispetto alle altre divennero più nume-
rose. Così ebbe inizio il processo dell’evoluzione biologica.
Formazione prebiotica di composti semplici, tra cui i nucleotidi,
a partire da componenti dell’atmosfera primitiva della Terra Ç La prima cellula probabilmente utilizzò combustibili
o da gas presenti nei camini vulcanici sottomarini inorganici
Le prime cellule si formarono in un’atmosfera riducente
(non c’era ossigeno) e probabilmente ottennero l’energia
Produzione di piccole molecole di RNA
necessaria da combustibili inorganici, come i solfuri e i
con sequenza casuale carbonati ferrosi, che abbondavano sulla Terra ai primor-
di dell’evoluzione. Per esempio, la reazione
FeS  H2S On FeS2  H2
Replicazione selettiva di segmenti di RNA catalitici
in grado di autoreplicarsi libera una quantità di energia sufficiente alla sintesi di
molti composti organici. Altri si potrebbero essere for-
mati attraverso l’azione di componenti non biologici, co-
me i fulmini, il calore emesso dai vulcani o i camini ter-
Sintesi di peptidi specifici, catalizzata dall’RNA mali caldi negli oceani. È stata proposta un’altra fonte di
composti organici: lo spazio extraterrestre. Nel 2006 la
missione spaziale Stardust riportò sulla Terra minusco-
le particelle della coda di una cometa; esse contenevano
Ulteriore coinvolgimento dei peptidi
vari composti organici, compresa la glicina, un amminoa-
nella replicazione dell’RNA: coevoluzione di RNA e proteine
cido molto semplice.
Un evento evolutivo molto significativo fu lo svilup-
po di pigmenti capaci di catturare l’energia luminosa del
Sviluppo di un primitivo sistema di traduzione, con un genoma Sole, che poteva essere utilizzata per ridurre o “fissare”
a RNA, e RNA e proteine come catalizzatori
la CO2 e formare molti composti organici. L’originario do-
natore di elettroni per questi processi fotosintetici fu
probabilmente H2S, producendo zolfo elementare o sol-
L’RNA genomico inizia a essere copiato in DNA fato (SO42) come prodotto secondario, ma più tardi le
cellule svilupparono la capacità enzimatica di utilizzare
l’H2O come donatore di elettroni nelle reazioni fotosin-
tetiche, producendo come rifiuto l’O2. I cianobatteri so-
Il DNA genomico viene tradotto su un complesso RNA-proteine no i discendenti moderni di questi primi produttori foto-
(i ribosomi), usando RNA e proteine come catalizzatori sintetici di ossigeno.
Il processo evolutivo continua, e nelle cellule batteri-
FIGURA 1.17 Un possibile scenario del “mondo a RNA”. che che si riproducono velocemente, in tempi così rapidi
CAPITOLO 1
© 978-88-08-62118-4 Fondamenti di biochimica 19

da consentire di seguirlo in laboratorio. Una linea di ri- lo e compattarlo in complessi discreti insieme a specifi-
cerca molto interessante nell’ambito dei meccanismi evo- che proteine, e di ripartirlo durante la divisione cellula-
lutivi si è prefissa l’obiettivo di produrre una cellula “sin- re in parti assolutamente uguali fra le cellule figlie. Per
tetica” in laboratorio. Il primo passo in questa direzione questo furono necessarie proteine capaci di stabilizzare
comporta la determinazione del numero minimo di geni il ripiegamento del DNA e di separare i complessi DNA-
necessari alla vita, deducibile esaminando i genomi dei proteina (cromosomi) durante la divisione cellulare. Se-
batteri più semplici. Questa tecnologia apre la strada alla condo, quando le cellule aumentarono di dimensioni si
produzione di una cellula sintetica, contenente il quanti- sviluppò un sistema di membrane intracellulari, compre-
tativo minimo di geni necessari alla vita. Con una cellula sa una doppia membrana attorno al DNA; questa mem-
di questo tipo a disposizione, un ricercatore potrebbe spe- brana separò il processo nucleare di sintesi dell’RNA dai
rare di studiare, in laboratorio, i processi evolutivi tramite processi citoplasmatici di sintesi delle proteine, che av-
i quali le protocellule si sono gradualmente diversificate vengono sui ribosomi. Infine, le cellule eucariotiche pri-
e sono diventate più complesse. mitive inglobarono batteri fotosintetici o aerobici, gene-
rando un’associazione endosimbiotica che divenne poi
Ç Le cellule eucariotiche si sono evolute da precursori permanente (Figura 1.18). Alcuni batteri aerobici diede-
più semplici in diverse tappe ro origine ai mitocondri degli eucarioti attuali, mentre al-
A partire da 1,5 miliardi di anni fa, i reperti fossili dimo- cuni cianobatteri fotosintetici divennero plastidi, come i
strano l’esistenza di differenti organismi grandi e comples- cloroplasti delle alghe verdi, i più probabili precursori dei
si, probabilmente le cellule eucariotiche più primitive. Le cloroplasti delle cellule vegetali.
tappe relative al meccanismo evolutivo da cellule non nu-
cleate a cellule nucleate sono state dedotte dai resti fossili Ç L’anatomia molecolare rivela le relazioni evolutive
e attraverso confronti morfologici e biochimici con gli or- I biochimici hanno oggi a disposizione una messe di pre-
ganismi attuali. ziose informazioni sull’anatomia molecolare delle cellule,
Affinché i procarioti potessero dare origine agli euca- costantemente in aggiornamento, che possono utilizzare
rioti dovettero avvenire tre grandi cambiamenti. Primo, per analizzare le relazioni evolutive perfezionandone la
appena la cellula acquisì una maggior quantità di DNA teoria. Le sequenze dei genomi, i patrimoni genetici com-
divennero più elaborati i meccanismi capaci di ripiegar- pleti degli organismi, sono state determinate per centinaia

Eucariote
Il metabolismo Il sistema simbiotico non fotosintetico
anaerobico Un batterio viene è in grado di svolgere
è poco efficiente, internalizzato il catabolismo aerobico.
in quanto nell’eucariote Alcuni geni batterici si
i combustibili non primitivo spostano nel nucleo e
sono completamente e si moltiplica l’endosimbionte batterico
ossidati. al suo interno. diventa un mitocondrio.

Nucleo

Eucariote
fotosintetico
Mitocondrio Cloroplasto

Eucariote ancestrale Eucariote aerobico


anaerobico

Genoma Genoma
batterico cianobatterico

Batterio aerobico Cianobatterio


fotosintetico
Il cianobatterio Nel corso del tempo,
Il metabolismo aerobico internalizzato alcuni geni dei
è efficiente perché i L’energia della luce
viene utilizzata diventa un cianobatteri
combustibili sono endosimbionte si spostano nel nucleo
ossidati a CO2. per sintetizzare
biomolecole a partire e si moltiplica; e gli endosimbionti
dalla CO2. la nuova cellula può diventano cloroplasti.
utilizzare l’energia
della luce solare.

FIGURA 1.18 Evoluzione degli eucarioti attraverso mitocondri. Quando i cianobatteri fotosintetici divennero
l’endosimbiosi. Il primo eucariote, un anaerobio, acquisì batteri successivamente endosimbionti di alcuni eucarioti aerobici, queste
purpurei endosimbiotici, che gli fornirono la capacità di utilizzare cellule si trasformarono nei precursori fotosintetici delle alghe verdi e
il catabolismo aerobico. Nel tempo, questi batteri diventarono delle piante attuali.
CAPITOLO 1
20 Fondamenti di biochimica © 978-88-08-62118-4

di batteri, per più di 40 archea e per un numero sempre Ç Il confronto fra i diversi genomi ha un notevole impatto
crescente di microrganismi eucariotici. Anche se gli orga- nella biologia umana e nella medicina
nismi si sono continuamente diversificati a livello dell’ana- I genomi dello scimpanzé e dell’uomo sono iden-
tomia macroscopica, a livello molecolare rimane evidente tici per il 99,9%, eppure le differenze tra le due
una certa unitarietà. Le strutture e i meccanismi moleco- specie sono notevoli. Le poche differenze del
lari sono gli stessi, dagli organismi più semplici ai più com- corredo genetico devono spiegare il possesso del linguag-
plessi. È molto più facile vedere queste somiglianze a li- gio nell’uomo, la straordinaria atleticità nello scimpanzé
vello delle sequenze, sia sequenze di DNA che codificano e molte altre differenze. Dal confronto tra i genomi i ri-
proteine, sia sequenze delle proteine stesse. cercatori cominciano oggi a stabilire quali geni siano as-
Quando due geni possiedono sequenze comuni (se- sociati alle divergenze nei programmi di sviluppo degli
quenze nucleotidiche nel DNA o amminoacidiche nelle uomini e degli altri primati e all’emergere di funzioni
proteine codificate), queste sequenze vengono dette omo- complesse come il linguaggio. Il quadro apparirà sempre
loghe e le proteine codificate prendono il nome di omolo- più chiaro solo quando sarà disponibile un maggior nu-
ghi. Se due geni omologhi sono presenti nella stessa spe- mero di genomi dei primati per il confronto con il geno-
cie, si dicono geni paraloghi e i loro prodotti proteici pren- ma umano.
dono il nome di paraloghi. Si pensa che i geni paraloghi C’è ancora molto da scoprire sulla variabilità delle se-
siano derivati da una duplicazione genica, seguita da una quenze nel genoma dei diversi individui e certamente ul-
graduale variazione di sequenza in ambedue le copie. Le teriori informazioni in questo senso avranno un forte im-
proteine paraloghe si somigliano non solo per la sequen- patto sulle diagnosi mediche e sui trattamenti farmacolo-
za, ma anche per la struttura tridimensionale, anche se gici. Possiamo aspettarci che per alcune malattie genetiche
possono avere acquisito funzioni diverse durante il pro- i trattamenti palliativi saranno sostituiti da terapie efficaci,
cesso evolutivo. e che per la suscettibilità a malattie associate a particolari
Due geni (o proteine) omologhi che si trovano in due marcatori genetici si intensificheranno, e forse prevarran-
specie diverse si dicono geni (o proteine) ortologhi, e i loro no, le misure preventive. L’attuale “storia medica” (anamne-
prodotti prendono il nome di ortologhi. In genere gli or- si) forse potrà essere sostituita dalla “previsione medica”. }
tologhi svolgono la stessa funzione in ambedue gli organi-
smi. Di conseguenza, la funzione dei prodotti genici (che
possono essere proteine o molecole di RNA) può essere de- SOMMARIO 1.5
dotta dalla sequenza genomica, senza dover caratterizzare Fondamenti di biologia dell’evoluzione
biochimicamente le molecole stesse. Un genoma annota- t Mutazioni occasionali ereditabili generano organismi
to contiene, oltre alla sequenza del DNA, anche una descri- che sono più adatti a sopravvivere. Questi processi di
zione delle probabili funzioni dei prodotti genici, dedotte mutazione e selezione costituiscono la base dell’evolu-
tramite il confronto con sequenze genomiche a cui corri- zione darwiniana e hanno condotto dalla prima cellula
spondono funzioni proteiche note. agli organismi attuali.
Le differenze in termini di sequenza tra due geni omo- t La vita ha avuto origine circa 3,5 miliardi di anni fa,
loghi possono darci un’idea del grado di differenziamento probabilmente con la formazione di un compartimen-
evolutivo tra due specie e del momento in cui il progeni- to chiuso da una membrana contenente una molecola
tore comune ha dato luogo a due specie che hanno segui- di RNA in grado di autoreplicarsi.
to due destini evolutivi diversi. t I ruoli catalitici e genetici del genoma primordiale a
Nel corso dell’evoluzione vengono acquisite nuove RNA col tempo vennero assunti rispettivamente dalle
strutture, insieme a nuovi processi o meccanismi rego- proteine e dal DNA.
latori, che riflettono le variazioni dei genomi degli orga- t Le cellule eucariotiche hanno acquisito la capacità di
nismi. Il confronto tra genomi interi di specie apparte- compiere la fotosintesi e la fosforilazione ossidativa dai
nenti allo stesso phylum può condurre all’identificazio- batteri endosimbiotici.
ne di geni cruciali per le modificazioni evolutive fonda- t Le sequenze nucleotidiche dei genomi di organismi
mentali nella struttura corporea e nello sviluppo di ani- appartenenti a organismi diversi, consentono di appro-
mali diversi. fondire le nostre conoscenze sui meccanismi evolutivi,
e offrono grandi opportunità alla medicina umana.
Ç La genomica funzionale permette di localizzare i geni
associati a specifici processi cellulari
Una volta determinata la sequenza di un genoma, e as- Termini chiave
segnata la funzione a ciascun gene, i genetisti molecolari I termini in grassetto sono definiti nel glossario, dispo-
possono raggruppare i diversi geni in base a processi mo- nibile all'indirizzo online.universita.zanichelli.it/
lecolari a cui i loro prodotti partecipano. Si può così indi- nelson-intro5e.
viduare quale frazione del genoma è associata a ciascuna anabolismo 14 configurazione 7
delle attività cellulari. In generale, più complesso è l’orga- archea 2 conformazione 9
nismo, maggiore è la proporzione del suo genoma conte- batteri 2 energia di attivazione,
nente geni coinvolti nella regolazione delle risposte cellu- catabolismo 14 G‡ 14
lari e minore è quella coinvolta nei processi basilari, come centro chirale 8 entalpia, H 12
la sintesi dell’ATP e delle proteine. citoscheletro 3 entropia, S 12
CAPITOLO 1
© 978-88-08-62118-4 Fondamenti di biochimica 21

equilibrio 13 reazione t Fondamenti di fisica


eucariote 2 esoergonica 12 Atkins, P.W., e de Paula, J. (2012) Physical Chemistry
genoma 2 stereoisomeri 7 for the Life Sciences, 2a ed., W. H. Freeman and Company,
metabolismo 14 variazione New York. [Trad. it.: Chimica fisica, Zanichelli, Bologna
metabolita 6 di energia libera, 2012.]
mutazione 17 G 12
Blum, H.F. (1968) Time’s Arrow and Evolution, 3a ed.,
nucleo 2 variazione di energia
reazione libera standard, Princeton University Press, Princeton.
endoergonica 12 Go 13 Un’eccellente discussione su come la seconda legge
della termodinamica abbia influenzato l’evoluzione
biologica.
Ulteriori letture
t Fondamenti di genetica
t Letture di carattere generale Griffiths, A.J.F., Wessler, S.R., Lewinton, R.C., e
Fruton, J.S. (1999) Proteins, Enzymes, Genes: The Carroll, S. (2008) An Introduction to Genetic Analysis,
Interplay of Chemistry and Biochemistry, Yale University W.H. Freeman and Company, New York. [Trad. it.:
Press, New Haven. Genetica: principi di analisi formale 9a ed. italiana condotta
Un famoso storico della biochimica traccia lo sviluppo sulla 8a ed. americana, Zanichelli, Bologna 2006.]
della disciplina e discute il suo impatto sulla medicina, Jacob, F. (1973) The Logic of Life: A History of Heredity,
le scienze farmacologiche e l’agricoltura. Pantheon Books, Inc., New York. Edizione originale
Kornberg, A. (1987) The two cultures: chemistry and (1970): La logique du vivant: une histoire de l’hérédité,
biology. Biochemistry 26, pp. 6888-6891. Editions Gallimard, Paris. [Trad. it.: La logica del vivente,
L’importanza di applicare il bagaglio tecnico e culturale storia dell’ereditarietà, CDE, Milano 1990.]
della chimica alla risoluzione di problemi biologici. Un affascinante excursus storico e filosofico su come
Monod, J. (1971) Chance and Necessity, Alfred A. Knopf, siamo giunti ad acquisire le nostre attuali conoscenze
Inc., New York. [Paperback edition, Vintage Books, molecolari dei viventi.
1972.] Edizione originale (1970): Le hasard et la nécessité, Pierce, B. (2012) Genetics: A Conceptual Approach,
Editions du Seuil, Paris. [Trad. it.: Il caso e la necessità, 2a ed., W.H. Freeman and Company, New York.
Mondadori, Milano 2004.] [Trad. it.: Genetica, Zanichelli, Bologna 2005.]
Una discussione sulle implicazioni filosofiche della
conoscenza biologica. t Fondamenti di biologia dell’evoluzione
Carroll, S.B. (2006) The Making of the Fittest: DNA and
t Fondamenti di biologia cellulare the Ultimate Forensic Record of Evolution, W.W. Norton &
Hardin, J., Bertoni, G.P., e Kleinsmith, L.J., (2011) Company, Inc., New York. [Trad. it.: Al di là di ogni
Becker’s World of the Cell, 8a ed., The Benjamin/Cummings ragionevole dubbio: la teoria dell’evoluzione alla prova
Publishing Company, Redwood City, CA. [Trad. it.: Il dell’esperienza, “Le Scienze”, Roma 2009.]
mondo della cellula, Pearson Paravia, Milano 2009.] Cavicchioli, R. (2011) Archea-timeline of the third
Un eccellente testo introduttivo alla biologia cellulare. domain. Nat. Rev. Microbiol. 9, pp. 51-61.
Lodish, H., Berk, A., Kaiser, C.A., Krieger, M., Una descrizione di livello intermedio sulla scoperta
Scott, M.R., Bretscher, A., Ploegh, H., e Amon, A. degli archea e sulle ricerche condotte su di essi.
(2012) Molecular Cell Biology, 7a ed., W. H. Freeman and de Duve, C. (1995) The beginnings of life on earth. Am.
Company, New York. [Trad. it.: Biologia molecolare della Sci. 83, pp. 428–437.
cellula, 3a ed. italiana condotta sulla 6a ed. americana, Una descrizione degli eventi chimici che hanno
Zanichelli, Bologna 2009.] condotto alla comparsa del primo organismo vivente.
Un testo classico, utile per approfondire gli argomenti di Lazcano, A., e Miller, S.L. (1996) The origin and early
questo e di altri capitoli. evolution of life: prebiotic chemistry, the pre-RNA
Sadava, D., Hillis, D.M.., Heller, H.C., e Berenbaum, world, and time. Cell 85, pp. 793–798.
M. (2010) Life: The Science of Biology, 9a ed., W. H. Una breve rassegna sugli sviluppi degli studi sull’origine
Freeman and Company, New York. [Trad. it.: Biologia, della vita: l’atmosfera primitiva, i vulcani sottomarini,
Zanichelli, Bologna 2003, 3a ed. italiana condotta sull’8a l’origine degli organismi autotrofi ed eterotrofi, il mondo
ed. americana.] a RNA e il mondo pre-RNA, e il tempo trascorso prima
della comparsa della vita.
t Fondamenti di chimica Parker, E.T., Cleaves, H.J., Dworkin, J.P., Glavin, D.P.,
Vollhardt, K.P.C., e Shore, N.E. (2011) Organic Callahan, M., Aubrey, A., Lazcano, A., e Bada, J.L.
Chemistry: Structure and Function, 6a ed., W. H. Freeman (2011) Primordial synthesis of amines and amino acids in a
and Company, New York. [Trad. it.: Chimica organica, 1958 Miller H2S-rich spark discharge experiment. Proc. Natl.
Zanichelli, Bologna 2005, 3a ed. italiana condotta sulla Acad. Sci. USA 108, pp. 5526-5531.
4a ed. americana.] Un moderno riesamine dei campioni prodotti negli
Una discussione aggiornata sulla stereochimica, sui esperimenti condotti da Miller nel 1958 utilizzando
gruppi funzionali, sulla reattività e sulla chimica delle l’H2S come uno dei gas atmosferici presenti nella
principali classi di biomolecole. miscela iniziale.
CAPITOLO 1
22 Fondamenti di biochimica © 978-88-08-62118-4

Problemi 3. Attività e stereochimica dei farmaci. Le diffe-


renze quantitative nelle attività biologiche mo-
Vengono proposti alcuni problemi correlati con gli argo- strate da due enantiomeri di un composto sono talvol-
menti trattati nel capitolo. Ciascun problema ha un titolo ta molto grandi. Per esempio, l’isomero D del farmaco
per facilitare l’identificazione dell’argomento e la discus- isoproterenolo, usato nel trattamento dell’asma, è 50-
sione. Per i problemi che esigono una risposta numerica, 80 volte più efficace come broncodilatatore dell’isome-
si tenga presente che nelle risposte i decimali devono sem- ro L. Identificate il centro chirale dell’isoproterenolo.
pre avere il numero corretto di cifre significative. Le solu- Perché i due enantiomeri hanno attività così radical-
zione abbreviate dei problemi sono disponibili all'indirizzo mente diverse?
online.universita.zanichelli.it/nelson-intro5e.

1. L’elevata velocità del metabolismo dei batteri. Le


cellule batteriche hanno una velocità di metabolismo
più elevata di quella delle cellule animali. In condi-
zioni ideali, alcuni batteri raddoppiano di dimensio- Isoproterenolo
ni e si dividono in 20 minuti, mentre la maggior par-
4. È possibile la vita basata sul silicio? Il silicio è nello
te delle cellule animali richiede 24 ore. Per un’eleva-
stesso gruppo del carbonio nella tavola periodica degli
ta velocità del metabolismo è necessario che sia ele-
elementi e, come il carbonio, può formare fino a quat-
vato anche il rapporto area della superficie/volume
tro legami covalenti. Molte storie di fantascienza han-
della cellula.
no descritto forme di vita basate sul silicio. È realistica
(a) Perché il rapporto superficie/volume influenza la
questa ipotesi? Quali caratteristiche del silicio lo rendo-
velocità del metabolismo?
no meno idoneo del carbonio a essere l’elemento fonda-
(b) Calcolate il rapporto superficie/volume per il bat-
mentale della vita? Per rispondere a questa domanda,
terio sferico Neisseria gonorrhoeae (diametro di
usate le informazioni presenti in questo capitolo sulla
0,5 m), responsabile della gonorrea. Confronta-
versatilità del carbonio e consultate anche un testo di
te questo valore con il rapporto superficie/volume
chimica inorganica per conoscere le proprietà di lega-
di un’ameba globulare, una grande cellula eucario-
me del silicio.
tica con un diametro di 150 m. Ricordate che l’a-
5. Identificazione degli stereoisomeri con un atomo
rea della superficie di una sfera è 4πr2.
di carbonio chirale mediante il sistema RS. Il pro-
2. Identificazione dei gruppi funzionali. Nelle Figure
panololo è un composto chirale. L’(R)-propanololo vie-
1.16 e 1.17 sono indicati i gruppi funzionali più comu-
ne usato come contraccettivo; l’(S)-propanololo viene
ni presenti nelle biomolecole. Poiché le proprietà e le
impiegato per trattare l’ipertensione. Identificate il car-
attività biologiche delle biomolecole dipendono dai lo-
bonio chirale nella struttura della molecola mostrata
ro gruppi funzionali, diventa particolarmente rilevan-
di seguito. Nella figura è mostrato l’isomero (R) o (S)?
te poterli identificare. In ogni molecola riportata qui
Disegnate l’altro isomero.
sotto, indicate i gruppi funzionali presenti.
O
HO P O
H O N
H O H
H C OH OH
C C COO
H H H C OH H

H3N C C OH H C OH Fosfoenolpiruvato,
un intermedio
H H H del metabolismo
Etanolammina Glicerolo del glucosio
(a) (b) (c)

O O
C
CH2
CH2 H O
C
NH 
H C NH3
COO C O
 HO C H
H3N C H H C OH
H C OH
H C OH H3C C CH3
H C OH
CH3 CH2OH
Treonina, Pantotenato, CH2OH
un amminoacido una vitamina D-Glucosammina

(d) (e) (f)


David L. Nelson Michael M. Cox

Introduzione alla biochimica


di Lehninger
Quinta edizione

Gli autori
David L. Nelson e Michael M. Cox sono professori di Biochimica alla University of Wisconsin-Madison.

Il libro
Il Lehninger è da oltre trent’anni il manuale di biochimica per antonomasia e su di esso si sono formate
generazioni di studenti in tutto il mondo. A tutt’oggi è rimasta ineguagliata la capacità del primo autore
e, successivamente, di Nelson e Cox di insegnare il linguaggio della biochimica, di chiarire il contesto
chimico, fisico e biologico in cui operano ogni biomolecola, reazione o via metabolica e di esaminare
e contestualizzare le tecniche sperimentali che hanno consentito l’attuale grado di conoscenza.
La quinta edizione italiana di Introduzione alla biochimica è la riduzione della sesta edizione di Principi
di biochimica (Zanichelli, 2014) e ne conserva le principali novità:
• trattazione aggiornata delle tecniche genomiche e delle loro applicazioni, che hanno trasformato la
nostra comprensione della biochimica;
• nuove schede su metodiche sperimentali e applicazioni mediche;
• nuovi esercizi di calcolo guidati;
• nuovi esercizi di interpretazione dei dati tratti dalla letteratura scientifica.

Le risorse multimediali
All’indirizzo online.universita.zanichelli.it/nelson-intro5e sono disponibili: i test interattivi, le
tecniche biochimiche, i videoesercizi, le animazioni 3D, i grafici attivi, i tutorial molecolari, la tavola
periodica interattiva, il glossario, le soluzioni dei problemi e la sitografia. Alcune di queste risorse sono
espressamente richiamate nel testo.
Chi acquista il libro può inoltre scaricare gratuitamente tutto il testo in digitale, seguendo le
istruzioni presenti nel sito sopra indicato. Il testo si legge con l’applicazione Booktab, che si
scarica gratis da App Store (sistemi operativi Apple) o da Google Play (sistemi operativi Android).
Per accedere alle risorse protette è necessario registrarsi su myzanichelli.it inserendo la chiave
di attivazione personale contenuta nel libro.

NELSON"COX*INTR BIOC LEHNING 5E LUM


ISBN 978-88-08-62118-4

5 6 7 8 9 0 1 2 3 (60F)
www.zanichelli.it

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