En 1964 los Hermanos Franciscanos, bajo la orientación de Fray Luis
Gomes, de nacionalidad española, fundaron una Institución Educativa con el nombre de Colegio Virgen del Valle, en la Quinta Liliam, Avenida Los Araguaneyes de la Urbanización Chuao, donada a los Hermanos Franciscanos por la Sra. Flora de León.
Para el año 1968 debido a la creciente demanda, el Colegio Virgen del
Valle cubre todos los niveles de Educación Primaria y, en ese mismo año, se finaliza la construcción del primer edificio de la nueva infraestructura que ocuparían los estudiantes y docentes del Colegio, ubicada en la Urbanización San Luis, El Cafetal.
El 12 de Julio de 1968 el Colegio Virgen del
Valle estrena la nueva infraestructura e inicia sus actividades para el año escolar 1968-1969.
En 1970, según resolución 110 y Gaceta Oficial Nº 29.226, el Colegio
Virgen del Valle cambia su nombre por el de Colegio San Luis. Asume su dirección el Hermano Franciscano Padre Alfonso Millán integrante del grupo de Frailes fundadores del Colegio.
Para el año de 1971, iniciado el nuevo año escolar, se otorgan los
permisos correspondientes para que la institución cubriese los tres niveles de Educación Preescolar, la Educación Primaria y los tres años del Ciclo Básico Común (actualmente, III Etapa de Educación Básica). El 17 de Mayo de 1972, el Ministerio de Educación, mediante una resolución, aprueba el funcionamiento de los niveles ya mencionados para dicha Institución y para el 5 de Marzo de 1974 se concede la permisología para cubrir el Ciclo Diversificado en Ciencias. En el año escolar 1992-1993 se dio apertura a la mención Humanidades en el Ciclo Diversificado. A partir del año escolar 1989 – 1990, como consecuencia de la desaparición física del Padre Millán, el Fraile Tarsicio Rodríguez, cofundador del Colegio, queda a cargo de la Rectoría Franciscana del Colegio y la Licenciada Nora Uzcátegui asume el cargo de Directora hasta la presente fecha. En Agosto de 2007, fallece el Padre Tarsicio Rodríguez y la Orden Franciscana designa al Fraile Joel Castro como nuevo Rector.
En su proceso histórico y evolutivo, la Institución ha obtenido logros
significativos, no sólo en el crecimiento de su capacidad física para albergar una población estudiantil de más de 1.200 alumnos, sino en la preparación académica, en la formación personal-social, en los valores y en la prosecución de los estudios superiores.
Además, en el Colegio se forma a los estudiantes para el compromiso
social y se ha venido ampliando la cantidad y calidad del trabajo comunitario apoyando activamente la vida espiritual de la comunidad con la apertura de una capilla interna abierta al culto de los fieles vecinos a la Institución. Por otra parte, el plantel se ha permitido el fundar y apoyar económicamente un colegio para niños de escasos recursos, un comedor para personas de la tercera edad, y actualmente una casa hogar para niños en situación de calle, todos ubicados en el sector Santa Cruz, 23 de Enero del Municipio Libertador.