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A/ LOS AMINOÁCIDOS
1 Generalidades
2 Aminoácidos proteicos
4 Reactividad
6 Solución tampón
A/ LOS PÉPTIDOS
1 Generalidades
2 El enlace peptídico
6 Los Neuropéptidos
2 Niveles estructurales
B/ Proteínas Fibrosas
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1 Las Queratinas
2 El Colágeno
1Generalidades
A/ Preparación de muestras
1 Homogeneización
B/ La Centrifugación
1 Generalidades
2 La Centrifugación Diferencial
4 Ultracentrifugación analítica
3 Dialisis
4 Liofilización
D/ Cromatografía
1 Generalidades
2 Cromatografía de Reparto
4 Cromatografía de Permeabilidad
5 Cromatografía de Afinidad
2
D/ Electroforesis
1 Generalidades
2 Electroforesis de zona
D/ Otros métodos
1Por su composición
2 Por su estructura
3 Por su función
1 Generalidades
C/ Las Apoproteínas
2 La Mioglobina
3 La Hemoglobina
D/ La Hemoglobina
1 Cambios conformacionales
4 El 2,3−Bifosfoglicerol
3
5 Inhibidores No Alostéricos
7 Patologías de la Hemoglobina
A/ Generalidades en Encimología
1Introducción
3 Los Cimógenos
4 Las proteasas
4 Los Cofactores
D/ La Inhibición Encimática
1Generalidades
4
2 Inhibición Irreversible
2 Regulación Alostérica
1 Las Isoenzimas
2 Agrupaciones Multienzimáticas
V/ Nucleósidos y Nucleótidos
A/ Introducción
3 Nomenclatura
B/ Nucleótidos no nucleicos:
4 El Coenzima A (CoA)
5 Nucleótidos cíclicos
5
1Generalidades
1 Generalidades
3 Las Nucleasas
1 Generalidades
1 Generalidades
2 La Transcripción en procariontes
4 La Transcripción en Eucariontes
1 Generalidades
3 La Activación de Aminoácidos
6
5 La maquinaria esencial para la síntesis de proteínas; Los Ribosomas
7.1La Iniciación
7.2 La Elongación
7.3 La Terminación
I/ Conceptos básicos
A/ INTRODUCCIÓN
1 Generalidades
B/ TERMODINÁMICA
1 Bases de la Termodinámica
1Generalidades
2 El ATP y el GTP
7
2 La Energía en las Reacciones Red−Ox
3 Regulación de la Glicolisis
1 Estereoisometría de la Aconitasa
1 Generalidades
3 Los Citocromos
5 La Fosforilación Oxidativa
1 Generalidades
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3 Lanzadera de Malato
A/ LA GLUCONEOGÉNESIS
1 Generalidades
B/ EL GLUCÓGENO Y SU METABOLISMO
1 Introducción al Glucógeno
1 Estructura y Nomenclatura
3 Los Triglicéridos
4 Los Fosfolípidos
5 Los Esteroides
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2 Degradación de los Triglicéridos en la mucosa intestinal
3 Lipoproteínas de la sangre
4 La Biosíntesis de Triglicéridos
5 El Ciclo de la Urea
6 Descarboxilación de aminoácidos
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B/ METABOLISMO DEL FRAGMENTO MONOCARBONADO
4 Biosíntesis de Aminoácidos
7 Biosíntesis de Desoxirribonucleótidos
8 Catabolismo de Nucleósido
A/ LOS AMINOÁCIDOS:
1 Generalidades:
− Los aminoácidos, aislados por primera vez en el siglo XIX, forman las proteínas al asociarse linealmente.
− Poseen un carbono central, con H, NH2 (amino), COOH (carboxilo) y una cadena lateral R variable.
− La región cte de los aa es siempre polar: presenta un grupo ácido con carga negativa, y uno básico con carga
positiva: NH3+ − CH − COO−
− Sólo 20 aminoácidos conforman las proteínas recién sintetizadas y son codificados por el ADN. Después de
maduración, las proteínas pueden presentar más de 100 aa distintos, todos derivados de los 20 iniciales (EJ;
Prolina > Hydroxiprolina).
− Los 20 aa iniciales se clasifican, entre otros, como ð−aminoácidos: Ambos grupos, amino y carboxilo, se
encuentran en posición ð. Reciben el nombre de aa proteicos.
− Muchos aa no proteicos son también vitales. Por ejemplo la ð−Alanina es un importante neuroransmisor.
2 Aminoácidos proteicos:
• Alanina (Ala; A)
• Valina (Val; V)
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• Leucina (Leu; L)
• Isoleucina (Ile; I)
• Prolina (Pro; P)
• Fenilalanina (Phe; F)
• Triptófano (Trp; W)
• Metionina (Met; M)
− SIN CARGA, pueden ser básicos con grupos alcohol (OH) o tiol (SH):
• Aspartato (Asp; D)
• Glutamato (Glu; E)
• Lisina (Lys; K)
• Arginina (Arg; R)
• Histidina (Hys; H)
− Pro es el único aa que no tiene su grupo amino libre: se encuentra unido a R por una estructura de ciclo
pentagonal. Otros aa tienen ciclos aromáticos en R.
− Todos los aminoácidos, salvo Gly, presentan en el C central del grupo constante un centro quiral,
produciendo efectos ópticos de polarización de la luz.
− A diferencia de los glúcidos naturales todos de la serie D, los ðaa proteicos son siempre de la serie L (L−aa),
polarizando la luz en un ángulo positivo.
− Todos los aa tienen propiedades espectroscópicas: absorven luz UV. Se puede obtener con un colorímetro
su absorvancia. ðMAX=220nm; para aa con cilos aromáticos ðMAX=260nm.
4 Reactividad:
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+ Amina > Amida
− Esta última reacción es utilizada para confirmar la presencia de aa en laboratorio, gracias a la aparición de
un compuesto coloreado. No aparece en el caso de Pro, puede aparecer una mancha amarillenta.
− Todos los aa presentan propiedades acido − base. En función del pH fisiológico, los grupos ððamino,
ððcarboxilo y otros grupos polares pueden encontrarse o no ionizados. Por ello los aa se comportan como
ácidos o bases, respondiendo a las leyes de Bronsted y Lowry.
− Cada ácido tiene su base conjugada y viceversa. Por ello se determina Ka, cte de disociación del ácido en el
punto en el que se alcanza el equilibrio entre acido y base.
pKa = −log Ka
pH = −log [H+]
− Los grupos se disocian por orden decreciente de acidez. Un aminoácido presenta siempre por lo menos dos
grupos con actividad ac/base (ððamino y ððcarboxilo), con Ka propia para cada grupo.
− A pH muy bajo, todos los grupos están protonados al máximo: COOH, NH3+.
− A medida que lo hacemos aumentar los grupos se disocian: El 50% de un grupo se ha disociado ya cuando
pH = pKa. Los estados de ionización se prosiguen ordenadamente.
− EJEMPLO: Alanina.
pH = pKa1 pH = pKa2
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50% [Ala +] 50% [Ala 0]
• En los puntos donde la curva es vertical, sólo se encuentra una especie (Ala +, Ala 0 o Ala −)
• En los valles, pH = pKa, y las concentraciones entre las dos especies son iguales (pKa1, pKa2).
− Conociendo el pH, podemos calcular en cada punto el estado de equilibrio de las especies gracias a la
ecuación de Henderson − Hasselbach.
− Los aminoácidos ácidos y los básicos presentan una curva con cuatro regiones verticales y tres mesetas,
pues tienen cuatro formas y tres pKa.
− Los aa ácidos tienen dos mesetas (pK) con pH < 7. Las especies presentes son: [aa +], [aa 0], [aa −], [aa 2−].
− Los aa basicos tienen dos mesetas (pK) con pH > 7. Las especies presentes son: [aa 2+], [aa +], [aa 0], [aa
−].
6 Solución tampón:
− Se forma por una alta concentración de ácido débil en sus dos formas (acido + base conjugada), al 50%.
− Para obtener un tampón con aa debe seleccionarse el aa cuyo pKa sea más próximo al pH dado para la
solución. (Caso ideal: pKa = pH).
A/ LOS PÉPTIDOS:
1 Generalidades:
− Cortas cadenas de aminoácidos unidos linealmente. Algunos, no codificados por el ADN, suelen derivar de
la hidrólisis de proteínas y de otros péptidos, por la acción de enzimas Proteasas.
− Los dipéptidos se forman por dos aa. Por ejemplo, la insulina es un dipéptido no derivado de proteína.
− Los polipéptidos son los péptidos más grandes. Incluyen a las proteínas.
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− Las uniones entre los aa son uniones covalentes que se producen entre el grupo ððcarboxilo del primer aa y
el grupo ððamino del siguiente.
− El péptido presenta por lo tanto polaridad: El primer aa presenta solo un grupo ððamino libre: el amino
terminal a−t. El último aa tiene sin embargo un único grupo ððcarboxilo libre: el carboxilo terminal c−t.
2 El enlace peptídico:
− Se trata de un enlace covalente y rígido. Al producirse por ataque nucleófilo, se desprende una molécula de
agua.
R' R''
NH2 − CH − CO − NH − CH − COOH
R' R''
+ H2O
− El CO que queda del grupo COOH presenta un doble enlace. Al unirse con el grupo amino del siguiente, el
carbono reparte el doble enlace con la siguiente proporción: 60 % C=O; 40 % C=N.
− Este enlace doble entre C y N hace del enlace una unión rígida sin propiedad de giro, a diferencia de los
otros enlaces N − C y C − C.
− Los péptidos presentan propiedades ópticas, desplazando como los aa proteicos el angulo de la luz
polarizada.
− También presentan propiedades químicas que permiten poner en evidencia su presencia: la reacción de
Binnet, exclusiva para proteínas y peptidos. En presencia de los ððamino terminal, las sales de cobre producen
color. La intensidad del color es proporcional a la cantidad de péptidos.
− Al igual que los aa que los conforman, los péptidos se comportan como ácidos y bases.
− Solo mantienen sus propiedades ac/base los grupo a−t, c−t, y aquellos grupos de R ionizables.
− Ala no tiene grupos ionizables en R, por lo tanto AlaAlaAla tiene los mismos grupos ionizables que Ala, y
su curva tendrá el mismo numero de mesetas y pKs.
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RRR
− Sin embargo, los valores de esos pK cambian: Cuantos más aa hay de por medio, más separados se
encuentran los grupos ð ionizables. En el caso de Ala, pKa1 = 2,35; para AlaAla, pKa1 = 3,12; y en el caso de
AlaAlaAla, pKa1 = 3,39. La fuerza del grupo ácido carboxílico disminuye visiblemente.
− Según aparecen en R más grupos ionizables, se añaden más mesetas a las dos básicas (a−t y c−t).
AlaAlaLysAla:
NH2 − CH − CO − NH − CH − CO − NH − CH − CO − NH − CH − COOH
RRRR
NH2
− En el caso de varios aa iguales con grupos ionizables en R, todos ellos se desprotonarían de golpe con el
mismo pH. Ejemplo: LysLysLysLys tendría, al igual que Lys, tres mesetas. Sin embargo, en la meseta
correspondiente a NH2 de R, se desprotonarían los grupos de 4 en 4, no de 1 en 1.
− Para calcular el pI de un péptido tenemos que tener en cuenta esto último como coeficiente.
NH2 COOH
pH BAJO
pKa1
pKa2
P +: NH3+ COO−
pKa3
P 0: NH2 COO−
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pKa4
pH ALTO
− En este caso encontramos cuatro pKs y cuatro mesetas en la curva (y no cinco), pues los dos NH2 de R de
Lys se desprotonan de un mismo paso.
− Para el calculo de pI, es decir, el valor de pH para el cual hay 100% de [P 0], debemos utilizar pKa3 y
pKa4, sin olvidar que [P +] ha de ser el doble de [P 2−]:
(P +) = 2(P 2−)
− Carnosina: ðAla_Hys.
− Glutatión: Glu_Cys_Gly. Muy abundante en todos los seres vivos. Unión Glu−Cys especial, mediada por el
carboxilo del R de Glu, no por el ð−carboxilo.
COO− R'
SH
− El grupo tiol puede reaccionar reduciendo otra proteína. En ese caso queda oxidado y pierde su protón. Dos
moléculas de glutatión oxidadas pueden quedar unidas por un puente disulfuro. Esta forma está presente en
eritrocitos: mantiene el hierro en forma ferrosa evitando que se oxide. Evita también la oxidación en otros
tipos celulares, por ejemplo, evitando enfermedades neurodegenerativas. R'1 − S − S − R'2
− Muchos Antibióticos son oligopéptidos o derivados de aa con uniones particulares, como la Penicilina,
Gramicidina S o Bacitracina A.
Gramicidina S:
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Penicilina:
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