28-02-2022

BIOLOGIA MOLECOLARE

DOGMA CENTRALE DELLA BIOLOGIA MOLECOLARE: si tratta di una regola che descrive il flusso di
informazione genetica che parte dal DNA, passa per RNA e infine viene convertita in proteine.
Dall'RNA le informazioni contenute in mRNA possono essere convertite in doppio filamento tipico
dei retrovirus (sequenze che possono retro trascriversi) --> RETRO TRASCRIZIONE

FIEDRICH MIESCHER (1844-1895) isolò per la prima volta il DNA che lui denominò “nucleina” poiché
si trovava all’interno del nucleo; mise un protocollo isolando gli acidi nucleici senza contaminare
proteine e altri elementi. Aveva isolato dal pus contenuto nelle bande infetta e dallo sperma del
salmone la sostanza da cui ricavò la nucleina; per questo protocollo di isolamento si servì di lisi
cellulare, uso di sali minerali. --> aveva scoperto che il DNA conteneva fosforo (P)

LEVENE dimostra che il materiale di cui sono composti i cromosomi è un tetranucleotide; inoltre, egli
scoprì che oltre al fosforo (P) vi erano zuccheri (si passa al nome acidi nucleici) e basi azotate che
componevano il DNA. Tentò inoltre di identificare la struttura del DNA, ovvero tanti nucleotidi legati
tra di loro con il fosforo in posizione 5’ e l’OH in posizione 3’ dello zucchero del nucleotide successivo
= reazione di condensazione che genera un legame fosfodiesterico (ponte tra due nucleotidi a
formare la catena) --> catene polipeptidiche con alternanza di purine e pirimidine (non si accorse che
vi era una ripetizione). Le catene avrebbero potuto essere lineari, secondo Levene, oppure essere
chiuse, ma fu dimostrata la prima ipotesi.

Affermarono che erano le proteine a trasmettere i caratteri ereditari ancora prima di capire la
struttura del DNA (acidi nucleici)

Il ribosio nella forma furanosica in C2 presenta l’OH, mentre il 2-desossiribosio presenta solo un H

5 tipi di basi azotate divise in: PURINE (adenina e guanina) e PIRIMIDINE (citosina, timina e uracile)

Lo zucchero e la base azotata si legano grazie alla presenza di un legame glicosidico (la base lega il
gruppo OH legato al C1 dello zucchero), formando un NUCLEOSIDE; il gruppo fosfato, invece, si lega
al C5 dello zucchero, dando forma al NUCLEOTIDE (zucchero + base azotata + gruppo fosfato). Il
nucleotide può avere il gruppo fosfato in due posizioni: C5 e C3

GRIFFITH nel 1928 aveva ideato un esperimento: prese una colonia di batteri streptococcus che si
differenziavano, uno più grande e uno più piccolo, con una superficie liscia con capsula (ceppo s) e
senza capsula (ceppo r). Facendo un inoculo con il ceppo s i topi morivano; facendo un inoculo con il
ceppo r i topi vivevano. Se si ripeteva il primo step con ceppi riscaldati, il topo viveva; se si prendeva
r e si metteva insieme ai batteri virulenti (o meglio con il loro estratto) il topo moriva. La conclusione
di questo esperimento fu che un qualche fattore trasformava i ceppi r in virulenti --> PRINCIPIO
TRASFORMANTE

BOMBA DI AVARY: egli ripartì da un ceppo s ed è stato possibile separare i vari componenti cellulari
(proteine, acidi nucleici, polipeptidi, ecc.) e miscelò ogni singola componente cellulare con i batteri
del ceppo, i quali svilupparono, in piastra, le classiche caratteristiche del ceppo s e notarono che, tra
le tante componenti, era il DNA ad essere il principale FATTORE TRASFORMANTE.

ERWIN CHARGAFF nel 1948 per primo misurò accuratamente la percentuale dei 4 nucleotidi nel
DNA. Dimostrò la stretta correlazione tra il numero di adenine e timine e tra il numero di guanine e
citosine (1:1).
WATSON E CRICK (seguivano Pauling che scoprì la struttura ad a-elica delle proteine)

Nel 1951 Rosalind Franklin riuscì a fotografare la struttura del DNA grazie ai raggi x (morì a causa
delle radiazioni) --> FOTOGRAFIA 51, vista da Watson e Crick, durante un convegno, i quali ebbero
un’illuminazione: determinarono che la struttura del DNA della foto poteva essere determinato solo
in un modo, conoscendo tutte le caratteristiche; insieme ai dati Chargaff ottennero la teoria della
DOPPIA ELICA, ovvero due catene nucleotidiche legate attraverso interazioni le basi. Pur non avendo
ancora alcuna informazione, loro idearono un processo di replicazione del DNA basandosi solo su ciò
che avevano ottenuto fino a quel momento.

I singoli nucleotidi possono essere: monofosfato (AMP), difosfato (ADP) o trifosfato (ATP)

All'esterno della doppia elica troviamo lo scheletro zucchero – fosfato (idrofili), mentre all’interno le
coppie di basi azotate (idrofobe), le quali si trovano a 3,4 Ampere di distanza l’una dall’altra
(informazione fornita da Chargaff). Il diametro dell’elica poteva essere dimostrato solo dal legame
tra una purina e una pirimidina; A e T formano 2 legami idrogeno, C e G formano 3 legami idrogeno.

(legami idrogeno --> sono legami covalenti glicosidici)

Watson e Crick smentirono Levene che diceva che vi era una ripetizione scandita e che era possibile
una grande varietà; da qui si può parlare di codice (genetico) che porta all’informazione, quindi si
può iniziare a parlare di decodifica del DNA.

Gli zuccheri sono rivolti dalla stessa parte creando distanze angolari, chiamate SCALATURE maggiori
e minori.

Equilibri tautomerici delle basi azotate. In soluzione guanina e timina possono esistere in due forme
tautomeriche di risonanza in equilibrio cheto-enolico, adenina e citosina hanno tautomeri in
equilibrio ammino-imminico. I tautomeri differiscono per lo stato di protonazione dei sostituenti e la
distribuzione dei doppi legami sugli eterociclici

Basi modificate che si possono trovare nel DNA e RNA: la citosina può essere metilata, l’adenosina
anche può essere metilata nei procarioti, mentre nell’RNA abbiamo basi modificate che differiscono
dal DNA come la CIP ADENOSINA che si ottiene da un’adenina trasformata dopo che si sono
sintetizzate, dato che ci sono enzimi mirati che effettuano queste modificazioni.
Il legame tra i carboni 3’ e 2’ del pentoso: è una molecola planare (le molecole planari sono
principalmente tetratomiche, gli atomi che compongono molecole planari si dispongono secondo
uno schema ben preciso che permette agli atomi di disporsi, fra loro, a 120°) che può cambiare
conformazione, è quindi possibile che il carbonio in posizione 3’ sia ENDO (trafigge il piano) e quello
in posizione 2’ sia ESO (?? Dal piano). I legami glicosidici tra le basi azotate e lo zucchero possono
essere sia in forma SIN che in forma ANTI (L'angolo χ intorno al legame glucosidico può assumere
valori vicini a 0°, conformazione sin, o a 180°, conformazione anti: le basi puriniche possono adottare
entrambe le conformazioni, mentre le basi pirimidiniche di norma prediligono la conformazione anti)