3.

1 Konstitution von DNA

"It has not escaped our notice that the specific

pairing we have postulated immediately
suggests a possible copying mechanism for
the genetic material"
Nature 1953, 171, 346
Nature 1953, 171, 737
 3.1 Konstitution von DNA

Zucker-Phosphat
Rückgrat

Wasserstoff-
Base brücken

• 2 Polynucleotidketten laufen in entgegengesetzten Richtungen

(antiparallele Doppelhelix)
• Beide Stänge winden sich um eine gemeinsame Achse
• Basen befinden sich im Inneren der Helix, Zucker/Phosphat-reste außen
• Neben Wasserstoffbrücken weitere Stabilisierung durch Basenstapel-
wechselwirkungen innerhalb des gleichen Stranges
3.1 Konstitution von DNA
 3.2 Basenpaarung

Watson-Crick-Basenpaarung

H
N O
H
C H H T
O N N N N N
R H R
N H O N O
N N
G A
N H N
N N N
R H R

G•C A•T
 3.3 Konformation von DNA
DNA Doppelhelix kann in unterschiedlichen Strukturen vorliegen
Übliche Form unter physiologischen Bedingungen:
B-Typ-Doppelhelix (B-DNA)

- Rechtsgängige Helix aus antiparallelen Strängen

- Basenebenen senkrecht zur Helix-Achse
- Eine Helixwindung entspricht 10.5 Basenpaaren
- Basenpaarabstand: 3.4 Å
- Enthält große und kleine Furche, beide von außen gut zugänglich
- Wassergehalt: 95 %
- Konformation der Zucker: C2‘-endo (S)
- Nucleobasen mit anti-Konformation verknüpft
 3.3 Konformation von DNA
kleine
große Furche
Furche

H
N O
H
C H H T
O N N N N N
R H R
N H O N O
N N
G A
N H N
N N N
R H R
 3.3 Konformation von DNA

Hoogsteen-Basenpaarung

H H
R N T O R N C N
O N
N N H H
H H T O C
O H N N N H O N N
H R R
N O Hoogsteen N H O
Hoogsteen N N
A G
N N H
N Watson-Crick N N Watson-Crick
R R H

dT • d(A/T) dC(H)+ • d(G/C)

 3.3 Konformation von DNA/RNA
Torsionswinkel χ in Nucleosiden

Definition von χ
Purine:
O4‘-C1‘-N9-C4
Pyrimidine:
O4‘-C1‘-N1-C2
Pseudorotationscyclus
 3.3 Konformation von DNA/RNA
Ribosekonformation
C2‘-endo und C3‘-endo bezeichnet die Lage des Atoms im Ribosering,
das sich oberhalb der Ebene C4’-O-C1’ befindet.

voet 766

N S
Zuckerfaltung bestimmt relative Lage der Phosphatsubstituenten
bezüglich der Ribose
 3.3 Konformation von DNA/RNA
Eigenschaften von A-DNA/A-RNA

- Vorkommen bei RNA-RNA- und RNA-DNA-Hybriden

- Rechtsgängige Helix aus antiparallelen Strängen
- Neigung der Basen zur Helixachse (20°), bei B-DNA: 0°
- Ribosekonformation: C3‘-endo (N) mit wenig
- Abweichung (starrere Konformation als in B-DNA)
- Kompaktere (gestauchte) Struktur
- Ganghöhe: ca. 28 Å
- Eine Helixwindung entspricht 11-12 Basenpaaren
- Große Furche tief und schmal (schwer zugänglich)
- Kleine Furche flach (leicht zugänglich)
- Dehydratisierte Doppelhelix (75 % Wasser), Überführung
von B-DNA in A-DNA durch Zugabe von Alkohol
- Hohlraum um die Helixachse
- Nucleobasen mit anti-Konformation verknüpft
 3.3 Konformation von DNA
Eigenschaften von Z-DNA
Zum Beispiel bei d(CGCGCG)2 (A. Rich 1979)

- Typisch für alternierende Pyrimidin-Purin-Sequenzen

- Linksgängige Helix
- Gestreckte Struktur (Ganghöhe: 45 Å)
- Zick-Zack-Anordnung des Phosphatrückgrats
- Kleine Furche tief und schmal
- Praktisch keine (sehr flache) große Furche
- Purine liegen in syn- und C3‘-endo-Konformation vor
- Pyrimidine liegen in anti- und C2‘-endo-Konformation
vor

Biologische Rolle ist noch weitgehendst ungeklärt!

 3.3 Konformation von DNA

kl.
Furche

flach tief gr.

Furche

A-DNA B-DNA Z-DNA

Vergleich
 DNA-Synthese: Triestermethode

DMTrO BSG DMTrO BSG

DMTrO BSG O O
O HO BSG N
O
NH N 2% I2 CCl3CO2H
N O O
O <1 min P O H 2O O P O
O BSG BSG 1 min
P CN O O pyridine O
N O O
(2:98)
CN O 1-2 min
CN O
β-Cyanoethyl-
phosphoramidit

nächster Synthesezyklus

HO BSG
O

konz. NH3, 55 °C Abspaltung von der Festphase

O
und Entschützung der Nucleobasen
O P O BSG
O
O

NC O

Synthese von Oligonucleotiden >100 bp möglich