Agentes químicos y enzimas que causan rompimiento

en la cadena

Bleomicina y otros agentes rompen la cadena de ADN al

general radicales libres
• Las bleomicinas son una familia de
glicopéptidos aislados del hongo
Streptomyces verticillus,
Dominio de unión a metales: Fe (II) y Cu (I),
este dominio contiene átomos de
nitrógeno que coordinan al metal,
formando un complejo octaédrico con
éste. y en presencia de oxígeno puede
catalizar el corte del DNA de cadena
sencilla y de cadena doble, además de
generar especies de oxígeno

Dominio de unión al DNA: la pirimidina de la

bleomicina, en colaboración con el grupo
bitiazol, son responsables de la unión con
el DNA. Las cargas positivas del grupo
bitiazol favorecen la unión electrostática
de la bleomicina con el DNA en el surco
menor
Carbohidratos: la bleomicina puede estar
glicosilada con α–D–manosa y α–L–gulosa.
No se conoce con precisión el papel de los
carbohidratos, pero existen evidencias de
que pueden modular la afinidad de la
bleomicina por el DNA.
 Β amino alanina
Amino
terminal

valerato

pirimidina

treonina

bitiazolona

Β hidroxihistidina
glucosa

manosa

carbomil
 • Para activarse la bleomicina requiere de la
MECANISMO DE ACIÓN unión con un metal de transición reducido
[Fe (II) o Cu (I)], la presencia de una
molécula de oxígeno y un agente reductor.
La bleomicina activa ejerce su efecto
citotóxico a través de la generación de
especies reactivas de oxígeno y por daño
directo al DNA al romper la cadena sencilla
y doble.

• Generación de especies de oxígeno

reactivas: la bleomicina activa puede
generar radicales hidroxilo, superóxido y
peróxido de hidrógeno, que reaccionan
rápidamente con cualquier molécula en
forma inespecífica, oxidando lípidos,
proteínas y ácidos nucleicos
Inhibidores deTopoisomerasa
• Para la transcripcion el DNA debe
abrirse la doble cadena

• Topoisomerasa I, corta una hebra y

permite que la molécula de ADN rote
alrededor del enlace fosfodiester
generando un acomodamiento en
posición anti. La topoimerasa tipo I
es independiente de ATP.

• Topoisomerasa II es una enzima

esencial para la replicación y
transcripción del ADN, así como para
la recombinación y segregación
cromosómica. Esta enzima hace
posible el acceso al ADN mediante
rotura y reparación de la doble
cadena. La topoimerasa tipo II es
ATP dependiente.
Las topoisomerasas I y II del ADN son enzimas nucleares que controlan, y
modifican las estructuras del ADN durante los procesos de replicación y
trascripción del material genético.
Algunos fármacos anticancerosos ejercen su acción a este nivel estimulan y
estabilizan los complejos ADN-enzima topoisomerasa provocando la escisión
mantenida de la cadena de ADN y la pérdida de su función.
Topoisomerasa I
• Derivados camptotecina: Irinoteca,
topoteca, se unen al Complejo ADN-
topoisomerasa I y lo estabilizan ,
impidiendo la reconstrucción de la
hebra de ADN, con ello, queda
paralizada la síntesis de nuevas
cadena de molé ADN
• Actúan en fase S
Enfermedades hereditarias como ataxia espinocerebelosa con neuropatía
axonal tienen una mutación en TDP1
Topoisomerasa II
• Agentes semisintéticos obtenidos de
la mandragora: Etopósido y
Tenipósido
• Inhiben la enzima topoisomerasa II
desorganizando el ADN e impidiendo
o alterando su síntesis
• Todos los inhibidores de Topo II retrasar la
transición G2 / M
Rompimiento de la cadena de
ADN por Toxinas Bacterianas
 endocitosis • Cytolethal Distending
Toxin (CDT)
• Causa el arresto del
ciclo celular en G2,
distención y muerte de
las células en mamíferos,
• las células crecen sin
dividirse, ocasionado que
las celulas se alrgen

• Subunudad CdtB, tiene

la secuencia de
aminoácidos similares a a
CdtB la DNAasa
• Es un heterotrimero, es
necesario un reareglo
conformacional para ser
activa
Dominio rico en lectina • Se une a un dominio rico
de lectina
E. coli, Shigella dysenteriae,
Haemophilus ducreyi ,
Actinobacillus actinomycetemcomitans,
Helicobacter hepaticus
Daño en la estructura de la
cromatina
• La cromatina
• En los organismo eucariotas el DNA
se encuentra en el núcleo en forma
de cromatina, la cromatina es una
fibra formada por complejo de DNA
y proteínas básicas denominadas
histonas y otras proteínas no
histonas, la unidad básica de la fibra
de cromatina es el nucleosoma

• Nucleosoma esta formado por 2

copias de H2A, H2B, H3 y H4 con
146 pb de DNA. La H1 se une a la
partícula núcleo y al DNA “ linker”
Nucleasa micrococal
 Rayos Uv forman fotoproductos en la
estructura de cromatina y otras proteínas de
unión
Radiación
Uv B y UvC
280 nm

La radiación ultravioleta induce la

formación de dos fotoproductos
relevantes, los dímeros de pirimidina
tipo cilobutano (CPDs), y los
fotoproductos de 6-4 pirimidina
CPDS
pirimidona (6-4 PPs).
10.5 pb

PPs
azar
 NER,nucleotide-excision repair
BER base-excision repair
Azúcar fosfatada

Base de purina Dímero de pirimidina ciclobutano

adenina o guanina) CPD
Dímeros TT tiamina- tiamina
Dímeros TC tiamina- citosina}
Diremos C-c citosina-citosina

Base de pirimidina
( timina o citosina)
La unión a proteínas puede proteger la estructura
del cromosoma contra el daño de bacterias
• Dps es una proteína que se produce en
grandes cantidades cuando la célula
bacteriana se enfrenta a un daño, lo que se
traduce en la protección del ADN
• Se activa cuando el microorganismo se
encuentra en amientes carentes de
nutrientes, condiciones de estrés oxidativo

• Dps es uno de los principales componentes

de las proteínas en la etapa final de la fase
estacionaria del crecimiento, proporciona
estabilidad al ADN al formar complejos
DNA-AD
• Compacta el DNA al máximo, limitando el
acceso al DNA y posible daño por radícales
libres
• Dps esta formada por un
dodecamero sus subunidades
idénticas, forman u a jaulas en el
centro tiene un ion hierro 2+
• similar a la proteína ferritina
• En este lugar lleva a cabo la reacción
de Fentom
• 2 Fe2+ + H2O2 + 2 H+ = 2 Fe3+ + 2 H2O
• protege DNA del
estrés oxidativo rayos
UV y radiación gamma,
estrés térmico, y daño en las bases
• Small, Acid-Soluble Spore Protein
(SASP)

• Son pequeñas proteínas de 6 o 7

residuos de aminoácidos
• Provén resistencia contra, calor,
deshidratación, radiación Uv,
variaciones osmóticas, estrés
exudativo, escisión enzimática
Efecto de la estructura de la doble hélice del
DNA
 uniones electrostática,
Puentes de hidrógeno y
van der Waals.

Netropsin,
distamicina

Donante
de hidrógenos
 Sitios aceptores de hidrógenos en el DNA

N del anillo de purinas O grupo carbonilo O anillo de azucar

Secuencia especifica de proteínas
de unión al DNA
• La vinculación de grupos hidrogeno de bases
del DNA provee un modelo de unión
secuencia específica que es leída por
proteínas. Esta interacción incluye enlace
hidrogeno donador e hidrogeno aceptor . El
grupo C5 de timina esta frecuentemente en
contacto por residuos hidrofóbicos de
uniones DNA- proteínas.

• La superficie de The major groove de doble

cadena de DNA presenta una mayor sintaxis
rica de interacción que the minor groove.
 El DNA es una molécula flexible
• La forma flexible del DNA también se
considera un factor importante que
contribuye al reconocimiento específico
de proteínas.
• Esta flexibilidad facilita la compactación
en complejos nucleosomales.
• El rango normal de movimientos dentro
de la doble hélice de DNA es gobernada
por las interacciones entre pares de bases
adyacentes a lo largo de axis helical
• La interacción apilada entre pares
de bases adyacentes dentro del A-
tract o estas uniones con secuencias
vecinas favorece el rol positivo entre
los pares sucesivos de bases que
causan curvatura de la doble hélice.

• Las cargas repulsivas de los fosfatos

adyacentes a lo largo del DNA
también contribuyen a la forma.
• La neutralización asimétrica de
fosfatos en una cadena duplex de
DNA puede puede inducir curvatura
por disminución de la condensación
de fosfatos a lo largo del propio
radio de la curva.
• Los mecanismos de unión y distorsión pueden
involucrar una baja afinidad inicial “complejo
encontrado” que evoluciona dentro de una
interacción mas intima por un incremento
progresivo en el número de contactos.

• El limite del DNA se hace más altamente

distorsionado y mejor ajustada a la superficie
de unión de las proteínas en el complejo
“estrecho”.
• Las proteínas represoras diméricas
están en contacto con dos sitios
operadores adyacentes los cuales
están separados por secuencias ricas
en AT en el centro del sitio de unión
que no están en contacto directo con
los represores.
• Los tractos ricos en AT son una hélice
altamente retorcida, que permite una
red bifurcada de uniones hidrogeno
que conectan pares de bases
adyacentes y endurecen el DNA entre
sitios operadores.
 Lectura indirecta de la secuencia
de DNA
• Las proteínas de contacto que se unen
específicamente a sitios del DNA necesitan
no estar directamente interactuando con el
DNA.

• Paul y colaboradores hicieron un

sorprendente descubrimiento que
ordenaba moléculas de agua localizadas en
la interface entre el represor de triptofano
de E. coli (TrPR) y su sitio operador de DNA
que participaba en el contacto mediado
por agua que especificaba las secuencias
de los sitios de unión al DNA
• Para mediar las secuencias específicas de interacción con el
DNA, la orientación rotacional del límite de las moléculas de
agua debe ser fijado por dos o mas puentes de hidrogeno con
el DNA y/o moléculas de agua adyacentes.

• Siempre que el ligado de moléculas de agua no pueda mover

su spin alrededor, los grupos hidrogeno disponibles tendrán
una orientación definida que podrá ser leída por una proteína
justo como los enlaces de hidrogeno de las bases subyacentes
de DNA. Sin embargo la evidencia estructural de la mayoria de
las proteínas de unión resulta de una interacción directa de la
proteína con el DNA.
 Unión a la cadena simple de DNA
• La cadena simple del DNA es altamente
recombinogénica y la acumulación intracelular de
cadenas simples de DNA puede activar checkpoints
de daño al DNA.

• Las proteínas ligantes al DNA (SSBs) son

componentes esenciales de todo el sistema de
replicación y SSBs también funciona en la
recombinación del DNA y en las vías de reparación.

• La estructura car4acteristica de SSBs consiste en

una o mas copias de pequeñas estructuras β.barril
conocidas como oligonucleotidos/oligosacaridos
binding fold (OB-fold)
• La reparación del DNA
dañado requiere la
separación de las cadenas o
algún otro tipo de distorsión
del DNA para exponer las
regiones dañadas a las
enzimas de reparación.
 Difusión facilitada de proteínas en
el DNA
• La posesiva actividad enzimática en los substratos del DNA
que contienen múltiples sitios de daño pueden ser explicados
por difusión de una enzima que no es objeto de secuencias
en orden para procesar múltiples lesiones antes de su
disociación del DNA.
• La fuerza iónica de las reacciones buffer afecta el
comportamiento con la actividad enzimática que se por las
concentraciones de sal.
• Por unión a secuencias no específicas y deslizamiento en el
DNA, incluso para una extensión limitada de concentración
de sal fisiológica, las enzimas de reparación pueden encontrar
sus sitios blanco en le DNA más rápidamente e iniciar la
reparación.
• Los químicos que dañan al
DNA pueden desestabilizar
los pares de bases o causar
otros cambios generales
en la estructura del DNA
que podría ser detectada a
través de perdida de
interacción con el DNA
 Selección de substratos por las
enzimas de reparación

• Paso A
La unión especifica de la enzima al DNA para formar un no específico complejo de encuentro.
• Paso B
Evoluciona en un complejo enzimático de alta afinidad que distorsiona el DNA para exponer los
substratos del nucleótido.
• Paso C
Inserción del sustrato dentro del sitio activo.
• Paso D
Reacción química que genera productos.
• Paso E
Se disocia la enzima.
 Exposición de substratos de nucleótido en el
DNA flipping de basesdel DNA

• Muchas enzimas que catalizan

reacciones de reparación con
las bases de la doble cadena de
DNA usa un proceso conocido
como flipping para extrudir sus
substrato de la doble hélice de
DNA y dentro del sitio activo
enzimático que tiene una forma
cóncava que acepta el flipped
out del nucleótido.
 Reconocimiento de pares de bases
no coincidentes en el DNA
• Los pares de bases no coincidentes son
detectados durante la replicación y
excisión por mecanismos de corrección

• La reparación postreplicativa es catalizada

por vías de reparación de mecanismos de
corrección, con proteínas de la familia
MutS que funcionan en los mecanismos
de reparación de pares de bases.
Gracias…
Mecanismos que contribuyen a una mutación
espontanea
• Sustitución de base por otra, ocurre como
un error durante la sientes de DNA

• Los errores en el apareamiento

incorrecto de las bases nitrogenadas
pueden ser detectados por la función
correctora de pruebas de la ADN
polimerasa III.

• Transiciones, en las que una purina es

sustituida por otra purina y una pirimidina
es sustituida por otra pirimidina

• Transversiones, por apareamientos

erróneos una purina por una piramidita,
• debidos a cambios tautoméricos. Pueden
realizarse si una base sufre un cambio
tautomérico mientras que la otra base
rota sobre su enlace glucosídico y quedan
enfrentadas sus cargas
• Las ADN polimerasas pueden añadir hasta 1000 nucleótidos por segundo
• Su tasa de error, para el apreamiento erroneo de bases es de 1 error / 1000
nucleotidos
• La DNA polimerasa pose actividad de exonucleasa3´5´con lo que puede corregir
sus errores
 Resultado de las mutaciones,
desajustes durante la síntesis de DNA

La mutación más común en la
Fibrosis Qúistica es la delta
F508 que consiste en la deleción
del aminoácido número 508: una
fenilalanina.
Mutaciones sin sentido corresponden a la
inserción prematura de un codón stop en la
secuencia de un gen. Puede ser un cambio en
un solo nucleótido
codón CAG que codifica glutamina
codón TAG mutado codón stop
Desfases: si hay una deleción de la base, el
marco de lectura cambia y se produce
cambio en la estructuta de la proteína y es
muy
grave.
Mutaciones silenciosas: son mutaciones sin
efecto:
Codón UUU (Phe)--->
Codón UUC (Phe)
El aminoácido que cambia es muy parecido y la
proteína sigue funcionando
Deleción de Triplete Este tipo de mutaciones
remueve exactamente un aminoácido del
polipéptido (lo que puede cambiar un
aminoácido en un sitio de mutación)
 El gen TSC1 de la esclerosis
tuberosa contiene un
repetido directo
de 4 nucleótidos,
AAAGAAAG. Se han
identificado 4 mutaciones
independientes en las que
1 repetido se ha perdido or
deleción de AAAG, lo que
lleva a un corrimiento del
marco del
marco de lectura y a una
prematura terminación de la
cadena.