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Le popolazioni di specie

apomittiche e di specie propagate


vegetativamente sono composte
da uno o più gruppi di piante
geneticamente identiche tra loro,
derivate da un unico capostipite
per mezzo di semi apomittici o di
parti vegetative (ad esempio,
rizomi, bulbi, tuberi e stoloni). Le
popolazioni naturali di queste
specie sono general mente
costituite da una mescolanza di
cloni (popolazioni multiclonali o
policlonali) e il numero
complessivo di genotipi clonali
può essere anche molto alto e la
frequenza relativa dipende dalla
loro capacità adattativa e
riproduttiva.

Le popolazioni di specie
apomittiche e di specie propagate
vegetativamente sono composte
di genotipi altamente eterozigoti e
segregano ampiamente: il rilascio
di variabilità presente nel clone
avviene, nel caso di specie a
propagazione vegetativa, tutte le
volte che si ricorre al seme (sia in
seguito ad autofecondazione che
incrocio) mentre, nel caso di
specie apomittiche, in seguito ad
eventi sessuali occasionali
(fecondazione incrociata,
partenogenesi aploide, ecc.).
Le popolazioni naturali di specie autogame sono normalmente
costituite da una mescolanza di linee omozigoti (linee pure)
strettamente imparentate che, sebbene viventi l’una accanto all’altra,
rimangono più o meno indipendenti nella riproduzione. In queste
popolazioni tutti gli individui sono il risultato di infinite generazioni di
autofecondazione e si possono pertanto supporre omozigoti a tutti i
loci, anche se per alleli diversi. Ciascun individuo possiede la capacità
di autofecondarsi ed è quindi in grado di produrre una discendenza
uniforme, cioè una linea pura.
Le mutazioni e le ibridazioni sono le principali fonti di
variabilità genetica.

In una popolazione dove una particolare coppia allelica è presente


con frequenze pari a p(A) e q(a), se la quota di autofecondazione è s
e quella di incrocio è c = (1–s), la proporzione degli eterozigoti che
viene teoricamente mantenuta nella popolazione dopo moltissime
generazioni (n = ∞), in condizioni di equilibrio è la seguente:
Considerando un genotipo ibrido a n loci con condizione allelica
eterozigote, la frazione di piante omozigoti a tutti i loci dopo m
generazioni segreganti è pari a:
FREQUENZE GENICHE ED
EQUILIBRIO HARDY-WEINBERG

• La struttura genetica delle popolazioni naturali


è fortemente influenzata dal tipo di unioni che si
verificano al loro interno;

• Una popolazione mendeliana è un gruppo di


individui sessuati ed interfertili che condividono
un pool genico (insieme di alleli) comune;

• Per studiare la composizione di una tale


popolazione dal punto di vista genetico è
necessario descrivere quantitativamente il pool
genico calcolando le frequenze genotipiche e le
frequenze alleliche che la caratterizzano;

• Una popolazione può essere quindi


considerata un complesso di genotipi che sono
derivati da una collezione di spermi e di cellule
uovo;
per un dato locus è possibile calcolare sia il
numero e la frequenza relativa dei genotipi che
il numero e la frequenza relativa degli alleli.
FREQUENZE GENOTIPICHE

Proporzione (o percentuale) di un certo


genotipo in una data popolazione

Per calcolare le frequenze genotipiche ad un particolare


locus, si divide il numero di individui con un dato genotipo
per il numero totale di individui nella popolazione:

D AA
Popolazione di N individui H Aa
R aa
D+H+R=N

Frequenze genotipiche relative:

f(AA) = D
N = x

f(Aa) = H
N
= y

f(aa) = R
N
= z

åf = x + y + z = 1
FREQUENZE GENICHE

Proporzione (o percentuale) di un certo allele


nei loci disponibili per un dato gene

Per calcolare le frequenze alleliche ad un particolare locus,


si divide il numero di copie di un dato allele nella
popolazione per il numero totale di alleli della popolazione:

Frequenze alleliche relative:

å loci A
f(A) = = p
å (loci A + loci a)
å loci a
f(a) = = q
å (loci A + loci a)

p+q=1
Descrizione del “pool genico” di
una popolazione

Vantaggi delle frequenze alleliche rispetto


alle frequenze genotipiche:

Negli organismi sessuati, i genotipi si riducono


agli alleli al momento della formazione dei gameti
(meiosi);
Sono gli alleli, e non i genotipi, a venire trasmessi
da una generazione all’altra con il processo della
fecondazione;

In una popolazione, esistono sempre meno alleli


che non genotipi.

Es. Locus con 3 alleli (a1, a2, a3)

f(a1) f(a1a1)
f(a2) f(a1a2)
f(a3) f(a1a3)
f(a2a2)
f(a2a3)
f(a3a3)
CALCOLO DELLE FREQUENZE ALLELICHE

1) numero dei genotipi osservati in un campione

Gli N individui della popolazione derivano da 2N gameti:

Genotipi No. individui

AA D 2D gameti, tutti di tipo A


Aa H 2H gameti, H di tipo A e H di tipo a
aa R 2R gameti, tutti di tipo a

2D + H D + ½H
p = f(A) = =
2N N

2R + H R + ½H
q = f(a) = =
2N N

No. di omozigoti AA + ½ No. di eterozigoti Aa


p = f(A) =
No. totale degli individui

No. di omozigoti aa + ½ No. di eterozigoti Aa


q = f(a) =
No. totale degli individui
CALCOLO DELLE FREQUENZE ALLELICHE

2) frequenze dei genotipi osservati in un campione

Frequenze genotipiche relative:

R
f(AA) = D
N= x f(Aa) = H
N= y f(aa) = N = z

p = f(A) = x + ½ y

q = f(a) = z + ½ y

frequenza degli omozigoti AA +


p = f(A) =
½ della frequenza degli eterozigoti Aa

frequenza degli omozigoti aa +


q = f(a) =
½ della frequenza degli eterozigoti Aa
METODO GENERALE per il CALCOLO delle
FREQUENZE GENICHE: ESEMPIO NUMERICO

Carattere: colore del mantello nei bovini Shorthorn


Mandria = 100 capi = N

R’R’ rossi 48 capi = D


R’R roani 44 capi = H
RR bianchi 8 capi = R

1) Numero dei genotipi:


D + ½H 48 + 22
p= = = 0,70
N 100
R + ½H 8 + 22
q= = = 0,30
N 100

2) Frequenze dei genotipi:

f(R R ) = D
N = x = 48/100 = 0,48
f(R R) = H
N
= y = 44/100 = 0,44

f(RR) = R
N = z = 8/100 = 0,08

p = x + ½ y = 0,48 + 0,22 = 0,70

q = z + ½ y = 0,08 + 0,22 = 0,30

p+q=1 q = 1 - p = 1 - 0,70 = 0,30


LEGGE DI HARDY-WEINBERG

Espressione matematica dell’equilibrio genetico


nelle popolazioni panmittiche:
descrive cosa accade alle frequenze alleliche e
genotipiche di una popolazione mentre i geni
vengono trasmessi nelle successive
generazioni in assenza di forze evolutive.

Un insieme di assunzioni:
1) popolazione numerosa; assenza di
mutazione differenziale, migrazione e selezione
costanza delle frequenze geniche;
unioni casuali.

Due predizioni principali:


2) le frequenze alleliche p e q per gli alleli A e a non
variano col tempo;

3) le frequenze genotipiche si
stabiliranno sulle proporzioni p2 A (p) a (q)
per i genotipi AA, 2pq per i A (p) AA (p2) Aa (pq)
genotipi Aa e q2 per i genotipi aa. a (q) Aa (pq) aa (q2)
La somma delle frequenze
genotipiche p2+2pq+q2=1
ASSUNZIONI DELLA LEGGE DI HARDY-WEINBERG

1) popolazione infinitamente grande


Popolazioni molto grandi si comportano in modo
simile a quelle teoricamente infinite (assenza di
deriva genetica)

2) unioni casuali
La probabilità che due genotipi si incrocino tra loro
è uguale al prodotto delle due frequenze genotipiche

3) assenza di mutazione differenziale


4) assenza di migrazione (flusso genico)
5) assenza di selezione naturale
Il pool genico non deve subire né perdite né aggiunte
di alleli, al fine di poter sapere come le frequenze
alleliche e genotipiche siano correlate sulle semplici
basi della meiosi e della fecondazione
PREDIZIONI DELLA LEGGE DI HARDY-WEINBERG

Assumendo costanti le frequenze geniche e


supponendo casuali le unioni è possibile prevedere
il destino di geni e genotipi nel corso delle generazioni:

Popolazione di genotipi Aa p(A)=q(a)=0,5

A (0,5) a (0,5)
A (0,5) AA (0,25) Aa (0,25)
a (0,5) Aa (0,25) aa (0,25)

f(AA) = 0,5x0,5 = 0,25 p2


f(Aa) = 2(0,5x0,5) = 0,5 2pq
f(aa) = 0,5x0,5 = 0,25 q2

Popolazione di genotipi AA, Aa e aa p(A)=0,7


q(a)=0,3
A (0,7) a (0,3)
A (0,7) AA (0,49) Aa (0,21)
a (0,3) Aa (0,21) aa (0,09)

f(AA) = 0,7x0,7 = 0,49 p2


f(Aa) = 2(0,7x0,3) = 0,42 2pq
f(aa) = 0,3x0,3 = 0,09 q2
LEGGE DI HARDY-WEINBERG:
Qualunque siano le frequenze genotipiche nella
popolazione (numerosa) iniziale, nella generazione
successiva, con unioni casuali ed in assenza di
fattori di disturbo, tali frequenze diventano:

p2 per AA, 2pq per Aa e q2 per aa

Godfrey Hardy (1908)


Wilhelm Weinberg (1909)
[W.E. Castle (1903)]

Enunciato:

data la costanza delle frequenze geniche, le


frequenze genotipiche raggiungono, in una
generazione di unioni casuali, un equilibrio ai
seguenti valori: p2 (AA)
2pq (Aa) (p + q)2
q2 (aa)

Formulazione algebrica:
p2 (AA) + 2pq (Aa) + q2 (aa) = 1
DERIVAZIONI DELLA LEGGE HARDY-WEINBERG

La legge di Hardy-Weinberg stabilisce che se la popolazione


rimane numerosa, ad unioni casuali e non subisce l’effetto delle
forze evolutive (mutazione, migrazione e selezione), le frequenze
alleliche e genotipiche rimangono costanti nel corso delle
generazioni.

Dimostrazione algebrica:
Frequenza Frequenze genotipiche nelle discendenze
Tipi di unioni delle unioni AA Aa aa
p2 AA x p2 AA p4 p4 — —

p2 AA x 2pq Aa 4p3q 2p3q 2p3q —


2pq Aa x p2 AA
p2 AA x q2 aa
2p2q2 — 2p2q2 —
q2 aa x p2 AA

2pq Aa x 2pq Aa 4p2q2 p 2q 2 2p2q2 p 2q 2


2pq Aa x q2 aa
4pq3 — 2pq3 2pq3
q2 aa x 2pq Aa

q2 aa x q2 aa q4 — — q4

Totali (p2+2pq+q2)2=1
p2(p2+2pq+q2)= p2
2pq(p2+2pq+q2)= 2pq
q2(p2+2pq+q2)= q2
La popolazione può venire rappresentata negli
stadi zigotici e gametici come segue:

zigoti gameti
p2 AA + 2pq Aa + q2 aa pA+qa

Ciascuna generazione di zigoti produce gameti


A ed a nelle proporzioni p e q, i gameti si
uniscono a formare zigoti AA, Aa e aa nelle
proporzioni p2 + 2pq + q2

Tali ciclo si ripete per un numero indefinito di


generazioni fino a quando reggono le assunzioni
della legge di Hardy-Weinberg

La composizione genetica della popolazione


rimarrà costante di generazione in generazione
rispetto al locus considerato
Verifica dell’equilibrio Hardy-Weinberg
La legge di Hardy-Weinberg può essere usata come
“ipotesi zero” contro la quale confrontare la struttura
genetica di una qualsiasi popolazione

Carattere: colore dei fiori in Mirabilis jalapa


Popolazione
R’R’ rossi 70 piante (D)
R’R rosa 20 piante (H)
RR bianchi 10 piante (R)
100 piante (N)
Frequenze alleliche:
D + ½H 70 + 10
p (R ) = = = 0,8
N 100
q (R) = 1 - p (R ) = 1 - 0,8 = 0,2
Frequenze genotipiche: Frequenze genotipiche:
osservate attese
f(R R ) = D/N = 70/100 = 0,7 p2 (R R ) = (0,8)2 = 0,64
f(R R) = H/N = 20/100 = 0,2 2pq (R R) = 2(0,8x0,2) = 0,32
f(RR) = R/N = 10/100 = 0,1 q2 (RR) = (0,2)2 = 0,04

Numero di genotipi
osservati attesi
RR 70 p2 xN = 64 n
(x - x ) 2
c2 = å
oss att
RR 20 2pq xN = 32 xatt
1
RR 10 q2 xN = 4 c2calc >> c2tab (1 g.l., P=1%)
Uso della legge di Hardy-Weinberg
per il calcolo delle frequenze geniche

Assumendo che una data popolazione sia in


equilibrio Hardy-Weinberg, la frequenza genotipica
degli omozigoti recessivi (o minus) può essere
utilizzata per il calcolo delle frequenze alleliche

f(aa) = q2 f(aa) = q

p+q=1 p=1-q

f(AA) = p2 frequenza genotipica


degli omozigoti dominanti
(o plus)
f(Aa) = 2pq frequenza genotipica
degli eterozigoti
Relazione tra frequenze alleliche e
frequenze genotipiche

Frequenze alleliche Frequenze genotipiche


p(A) q(a)=1-p(A) f(AA)=p2 f(Aa)=2pq f(aa)=q2

0,05 0,95 0,0025 0,095 0,9025


0,1 0,9 0,01 0,18 0,81
0,2 0,8 0,04 0,32 0,64
0,3 0,7 0,09 0,42 0,49
0,5 0,5 0,25 0,50 0,25

Ad una data frequenza allelica corrisponde


una sola frequenza di ciascuno dei genotipi
possibili ad un dato locus
Relazione tra frequenze alleliche e
frequenze genotipiche

Frequenza dell allele A nella popolazione (=p)


1,0 0,8 0,5 0
1,0

f(AA)=p2 f(aa)=q2
Frequenza dei genotipi

f(Aa)=2pq
0,5

0
0 0,2 0,5 1,0
0,33 0,66
Frequenza dell allele a nella popolazione (=q)

1) La frequenza massima dell’eterozigote è 0,5


quando p(A) e q(a) = 0,5
2) Se le frequenze alleliche sono comprese tra 0,33
e 0,66 l’eterozigote rappresenta il genotipo più
numeroso
3) Quando la frequenza di un allele è bassa, il più
raro dei genotipi è l’omozigote per quell’allele
4) Ogni singola popolazione è definita da una linea
verticale
ESTENSIONE DELLA LEGGE DI HARDY-WEINBERG
PER LOCI CON ALLELI MULTIPLI

Nel caso di loci con più di due alleli (A1, A2, A3, …. An),
la frequenza genica di ogni allele potrà essere calcolata
nel seguente modo:
å loci An
f(An) =
å (loci A1 + loci A2 + loci A3 + loci An)

Le frequenze genotipiche all’equilibrio sono ottenute


dall’espressione multinomiale:

(p + q + r + … )2

dove ogni lettera rappresenta la frequenza genica di un


dato allele.

Nel caso di 3 alleli A1, A2 e A3 si avrà:

(p + q + r)2 = p2(A1A1) + 2pq(A1A2) + q2(A2A2) +


+ 2pr (A1A3) + 2qr(A2A3) + r2(A3A3)

Esempi: gruppi sanguigni nell’uomo (alleli IA, IB e i),


leucina amino-peptidasi nel mitilo (alleli lap98, lap96 e lap94)
ESTENSIONE DELLA LEGGE DI HARDY-WEINBERG
AL CASO DI CARATTERI LEGATI AL SESSO

Nel caso di geni ubicati sul cromosoma X, gli individui


del sesso eterogametico possiedono per tali geni un
solo locus; le frequenze genotipiche (fenotipiche)
coincidono con le frequenze alleliche:

p (XAY) e q (XaY)

nel sesso omogametico le frequenze alleliche di loci


ubicati sul cromosoma sessuale sono le stesse che per
i loci di cromosomi autosomici:

p2 (XAXA), 2pq (XAXa) e q2 (XaXa)

In generale, per i caratteri legati al sesso, la frequenza


delle femmine omozigoti recessive è pari al quadrato
della frequenza fenotipica dei maschi che manifestano
il carattere:

f(XaXa) = [f(XaY)]2 = q2(XaXa) = q(XaY)


LEGGE DI HARDY-WEINBERG CON DUE GENI

2 loci 2 alleli

p = f(A) q = f(a) (p + q) = 1
r = f(B) s = f(b) (r + s) = 1
(p + q) = (r + s) = 1

p = q = 0,5 r = s = 0,5

Se le due coppie alleliche sono indipendenti, all equilibrio


i 4 tipi di gameti si formeranno con uguale frequenza:

AB Ab aB ab
0,25 0,25 0,25 0,25

f(AB) = pr f(Ab) = ps f(aB) = qr f(ab) = qs

e le 16 possibili combinazioni genotipiche saranno


presenti ciascuna con frequenza pari a 0,0625 (6,25%)

La situazione di equilibrio viene raggiunta quando:

1) i gameti si formano dall assortimento casuale degli alleli


2) i genotipi derivano dall unione casuale dei gameti
Popolazioni parentali composte di due genotipi presenti con
uguale frequenza: p = q = 0,5 e r = s = 0,5

AABB aabb AB ab
0,5 0,5 0,5 0,5
AB AABB AaBb
Popolazione gametica: AB ab 0,5 0,25 0,25
0,5 0,5 ab AaBb aabb
0,5 0,25 0,25

1a generazione filiale: AABB AaBb aabb


0,25 0,5 0,25

Popolazione gametica: AB Ab aB ab
0,25+0,125 0,125 0,125 0,25+0,125
3/8 1/8 1/8 3/8
2a generazione filiale: AB Ab aB ab
3/8 1/8 1/8 3/8

AB AABB AABb AaBB AaBb


3/8 9/64 3/64 3/64 9/64
Ab AABb AAbb AaBb Aabb
1/8 3/64 1/64 1/64 3/64
aB AaBB AaBb aaBB aaBb
1/8 3/64 1/64 1/64 3/64
ab AaBb Aabb aaBb aabb
3/8 9/64 3/64 3/64 9/64

AABB AABb AAbb AaBB AaBb Aabb aaBB aaBb aabb


9/64 6/64 1/64 6/64 20/64 6/64 1/64 6/64 9/64
Popolazione gametica:
AB 9/64 AB 3/64 Ab 1/64 AB 3/64 AB 5/64 Ab 3/64 aB 1/64 aB 3/64 ab 9/64
Ab 3/64 aB 3/64 Ab 5/64 ab 3/64 ab 3/64
aB 5/64
ab 5/64
AB Ab aB Ab
20/64 12/64 12/64 20/64
(31,25%) (18,75%) (18,75%) (31,25%)

Dopo un certo numero di generazioni i rapporti gametici si


approssimano a quelli attesi all equilibrio
EFFETTI DELL ASSOCIAZIONE SULL EQUILIBRIO

Il tempo (numero di generazioni) con cui viene raggiunto


l’equilibrio aumenta se i geni sono concatenati, ed è tanto
piu’ lungo quanto piu’ stretto è il grado di associazione.

Frequenza di
ricombinazione
0,8

0,05
0,6
Disequilibrium

0,1
0,4
0,2

0,2
0,3
0,5
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12
Generazioni

In condizioni di equilibrio è atteso che le due fasi di


associazione (gameti in cis AB, ab e gameti in trans Ab e aB)
siano ugualmente frequenti (infatti pr x qs = ps x qr) come nel
caso di geni indipendenti. Nel caso risultasse che una delle
due fasi sia piu’ frequente dell’altra (linkage disequilibrium), è
possibile che la popolazione non abbia ancora raggiunto lo
stato di equilibrio o che una combinazione allelica sia piu’
vantaggiosa delle altre.
RIEPILOGO degli ASPETTI CHIAVE

La legge di Hardy-Weinberg descrive cosa accade alle


frequenze alleliche e genotipiche in una popolazione
composta di un gran numero di individui quando le unioni
tra gameti sono casuali e non sono presenti mutazione
differenziale, migrazione e selezione naturale.

Se queste condizioni sono soddisfatte, le frequenze


alleliche ad un dato locus non variano nel corso delle
generazioni e le frequenze genotipiche si stabilizzano
dopo una generazione secondo le proporzioni p2, 2pq e
q2, dove p e q sono le frequenze alleliche nella
popolazione.

La legge di Hardy-Weinberg rappresenta uno strumento


potentissimo per studiare le deviazioni dall’atteso
secondo il modello (‘ipotesi zero”) ed individuare quale
delle assunzioni risulti violata.
La deriva genetica, la mutazione, la migrazione e la
selezione sono i processi che possono alterare le
frequenze alleliche di una popolazione insieme con le
unioni non casuali:

Variazioni casuali
Deriva genetica:
variazione casuale delle frequenze alleliche nelle piccole
popolazioni; determina differenziazione genetica tra
popolazioni e perdita di variabilità genetica entro popolazioni
Mutazione ricorrente:
variazione delle frequenze alleliche dovuta a tassi
differenziati di mutazione e retromutazione

Variazioni direzionali
Migrazione:
variazione delle frequenze alleliche dovuta a flusso
genico tra popolazioni; tende a ridurre la divergenza
genetica tra popolazioni
Selezione:
variazione delle frequenze alleliche dovuta a capacità
riproduttiva differenziale (fitness) dei genotipi; può produrre
numerosi effetti di diverso tipo sul pool genico di una
popolazione

Unioni non casuali:


variazione delle frequenze genotipiche a causa di unione
non casuale tra individui; l’inbreeding conduce ad un
aumento dell’omozigosi mentre l’outbreeding provoca un
aumento di eterozigosi

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