Università degli Studi di Firenze

Corso di Laurea in Medicina e Chirurgia

Insegnamento di Biochimica I

GLI AMMINOACIDI

Prof. Niccolò Taddei

 AMMINOACIDI

• Composti bifunzionali in cui è presente un gruppo acido e uno basico

• In natura ne esistono oltre 500
• 20 di questi entrano nella costituzione delle proteine
• a-amminoacidi: il gruppo amminico è in posizione a rispetto al gruppo carbossilico
AMMINOACIDI

19 dei venti amminoacidi delle proteine sono molecole chirali

AMMINOACIDI

Configurazione assoluta (CIP)

Quasi tutti gli AA hanno configurazione S

AMMINOACIDI

H. Emil Fischer (1852-1919)

AMMINOACIDI

a-amminoacidi della serie L

AMMINOACIDI Comportamento acido-base degli amminoacidi

Carica +1 Carica 0 Carica -1

pKa gruppo -NH3+

(ca. 9,4)

pKa gruppo -COOH

(ca. 2,2)
Acido Base
AMMINOACIDI Comportamento acido-base degli amminoacidi
AMMINOACIDI Comportamento acido-base degli amminoacidi

Curva di titolazione della glicina

Punto isoelettrico:
Valore di pH al quale l’AA
presenta carica netta pari a 0
pKa1+ pKa2
pI = -------------
2
AMMINOACIDI
Classificazione strutturale degli a-L-amminoacidi
AMMINOACIDI
Classificazione strutturale degli a-L-amminoacidi

Questa classificazione si basa sulla polarità della catena laterale

1) Glicina
AMMINOACIDI Classificazione strutturale degli a-L-amminoacidi

2) Amminoacidi con catena laterale Apolare (idrofoba)

2A - Alifatica
AMMINOACIDI Classificazione strutturale degli a-L-amminoacidi

2) Amminoacidi con catena laterale Apolare (idrofoba)

2A - Alifatica
AMMINOACIDI Classificazione strutturale degli a-L-amminoacidi

2) Amminoacidi con catena laterale Apolare (idrofoba)

2B - Aromatica
AMMINOACIDI Classificazione strutturale degli a-L-amminoacidi

3) Amminoacidi con catena laterale Polare (idrofila)

3A – Non ionizzabile
AMMINOACIDI Classificazione strutturale degli a-L-amminoacidi

3) Amminoacidi con catena laterale Polare (idrofila)

3B – Ionizzabile acida

pKa gruppo COOH

pKa gruppo COOH
(ca. 4,3)
(ca. 3,9)
AMMINOACIDI Classificazione strutturale degli a-L-amminoacidi

3) Amminoacidi con catena laterale Polare (idrofila)

3C – Ionizzabile basica

pKa gruppo imidazolico

(ca. 6,0)
pKa gruppo NH3+
(ca. 10,5)

pKa gruppo guanidinico

(ca. 12,5)
AMMINOACIDI Classificazione strutturale degli a-L-amminoacidi

Ionizzazione del gruppo imidazolo dell’istidina

AMMINOACIDI Classificazione strutturale degli a-L-amminoacidi

Il 21° amminoacido: la selenocisteina (Sec; U)

• Codificata da UGA, un codone di STOP che viene letto come codificante

in una particolare sequenza
• E’ caricato come serina da un particolare t-RNA
• La serina è successivamente trasformata in selenocisteina
• E’ presente in alcuni enzimi coinvolti nelle difese antiossidanti: glutatione
perossidasi, tioredossina reduttasi e diverse altre selenoproteine a
varia diffusione intracellulare
•
AMMINOACIDI Ingombro sterico
AMMINOACIDI
Gli AA da un punto di vista nutrizionale

Sono definiti essenziali gli AA che non possono

essere sintetizzati dal nostro organismo e devono
perciò essere introdotti con la dieta (7-800 mg/die)

Gli AA essenziali hanno vie biosintetiche particolarmente complesse

Treonina
Metionina Catena di 4 atomi di carbonio

Lisina Gruppo NH2 in e

Valina
Leucina Catene laterali ramificate
Isoleucina

Fenilalanina
Triptofano Anelli aromatici
Istidina

Arginina è essenziale nella prima infanzia

AMMINOACIDI Reattività degli amminoacidi

I gruppi –NH2 e –COOH comuni a tutti gli amminoacidi

non sono particolarmente reattivi in vitro.

Nelle particolari condizioni che esistono all’interno delle cellule,

questi gruppi reagiscono per formare i legami peptidici alla base
della struttura delle proteine.

Legame peptidico
AMMINOACIDI
Reattività degli amminoacidi

Per le catene laterali sono da ricordare i ponti disolfuro….

Cisteina

Cistina

Cisteina

…. e le basi di Schiff

O H
R’– C + NH2-Lys C = N – Lys + H2O
H R’
AMMINOACIDI
Proprietà spettroscopiche degli AA

Gli amminoacidi aromatici assorbono la radiazione UV

Legge di Lambert-Beer
280 nm
A = log I0 / I = e c l

Sono possibili determinazioni

quantititive

Il triptofano è anche fluorescente

 AMMINOACIDI
Alcuni amminoacidi particolari……

AA che si trovano nelle proteine (modificazioni irreversibili)

Nella protrombina

Nel collageno g-carbossiglutammato

4-idrossiprolina

5-idrossilisina

6-N-metillisina Desmosina

Nella miosina Nell’elastina

Selenocisteina

In alcuni enzimi
AMMINOACIDI
Alcuni amminoacidi particolari……

AA che si trovano nelle proteine (modificazioni reversibili con funzione regolatoria)

AMMINOACIDI
Alcuni amminoacidi particolari……

AA che NON si trovano nelle proteine

Ornitina

Nel ciclo dell’urea

Citrullina

Ve ne sono molti altri

AMMINOACIDI
Alcuni amminoacidi particolari……

AA che NON si trovano nelle proteine