Bioenergetica

• Il funzionamento di una cellula richiede più processi per lavorare in una maniera
orchestrata.

• Le proprietà di base della vita cellulare, come la proliferazione, la sintesi e la

degradazione delle macromolecole e il metabolismo cellulare, devono essere
strettamente controllate.

• Il fallimento nella regolazione di queste funzioni cellulari, può provocare un altro fenotipo
cellulare e, eventualmente, a livello dell'organismo, in malattie gravi come il cancro.

Gli organismi viventi non sono in equilibrio, richiedono un continuo a usso di energia per
mantenere l'ordine in un universo che produce continuamente disordine. Il metabolismo è
il processo complessivo mediante il quale acquisiscono e utilizzano energia.

In che modo gli organismi viventi acquisiscono l'energia necessaria?

I fototro acquisiscono energia mediante la fotosintesi, I chemiotro ossidano i composti
organici.

Qual è la natura del processo di accoppiamento energetico?

Di solito vengono sintetizzati composti intermedi fosfato "ad alta energia".

Metabolismo

Il metabolismo cellulare comprende:

• vie cataboliche, che scompongono le molecole per produrre energia,

• vie di reazione anabolizzanti, che forniscono gli elementi costitutivi essenziali richiesti
dalla cellula per sintetizzare le molecole di cui è costituita

Questi processi metabolici sono catalizzati da enzimi. Gli enzimi sono codi cati nel
genoma e sono tradotti dall'mRNA intermedio.

Controllo metabolico

Una cellula ha bisogno di controllare e adattare la produzione e il comportamento degli

enzimi in base alle proprie esigenze. I meccanismi di regolazione operano a livello di:

• Catalisi enzimatica

• trascrizione

• traduzione

Comunicazione con l'ambiente

meccanismi di trasduzione del segnale che sono strettamente correlati ai meccanismi di

regolazione attraverso cascate di segnalazione.

Le interconnessioni tra segnalazione, regolazione genica e reti metaboliche sono attivate

da segnali esterni. Il segnale viene propagato nella cellula per mezzo di cascate di
fosforilazione proteica. Queste cascate attivano o inibiscono i fattori di trascrizione (trfs).

I Trf controllano il livello trascrizionale dei geni e la produzione di mRNA. Gli RNA vengono
tradotti in proteine. Queste proteine sono a loro volta coinvolte nelle funzioni cellulari,
inclusa la trasduzione del segnale e la catalisi delle reazioni metaboliche.

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 È noto che metaboliti speci ci in uenzano l'attività delle proteine (ad esempio il legame al
sito allosterico) e possono anche in uenzare la regolazione genica

Metabolismo dei sistemi viventi

I sistemi viventi tendono a mantenere uno stato stazionario piuttosto che raggiungere
l'equilibrio (equilibrio = morte). Il usso di intermedi attraverso una via metabolica è
costante ( usso = velocità di usso). Il tasso di sintesi e scomposizione degli intermedi di
ciascun percorso intermedio è costante. La concentrazione degli intermedi e il livello del
usso metabolico variano con le esigenze dell’organismo.

Caratteristiche principali:

1) Irreversibilità. Le vie metaboliche (cataboliche) sono irreversibili: sono altamente

esoergonici, quindi la loro reazione va a compimento. Le rotte interconversione
indipendenti: se due metaboliti sono interconvertibili il percorso dal primo metabolita al
secondo deve di erire dal percorso dal secondo al primo. È consentito il controllo
indipendente delle velocità di reazione dei due processi

2) il passo impegnato. Sebbene le vie metaboliche siano irreversibili, molte delle loro
reazioni funzionano vicino all’equilibrio. Tuttavia c'è una reazione irreversibile che obbliga
l'intermedio a continuare lungo il percorso.

3) il regolamento. La fase di limitazione della velocità è regolata per consentire il controllo

del usso di metaboliti attraverso il percorso. Il primo passo impegnato è di solito il passo
limitante (funziona lontano dall’equilibrio). La maggior parte delle vie metaboliche sono
controllate regolando gli enzimi che catalizzano il loro primo passo impegnato. Questa è
una strategia molto e ciente poiché impedisce la sintesi non necessaria di metaboliti
lungo il percorso.

4) la compartimentazione. La sintesi dei metaboliti è spesso localizzata in speci ci

compartimenti subcellulari legati alla membrana. Fondamentale il trasporto di membrana
tra i compartimenti. Le membrane sono selettivamente permeabili ai metaboliti.

Il usso metabolico

Il concetto di usso e controllo metabolico

Una via metabolica è una serie di reazioni catalizzate da enzimi:

A → B ↔ C → . . . prodotti nali

Considerando ogni passaggio singolarmente:

Flusso di metaboliti attraverso ogni fase di reazione: J = vf − vr

All'equilibrio non c'è usso J = 0, tuttavia vf e vr possono essere abbastanza grandi

Lontano dall’equilibrio: vf > > vr

Il usso è essenzialmente uguale alla velocità di reazione diretta J ≈ vf

Il usso attraverso un percorso allo stato stazionario è costante ed è impostato dal

passaggio (o passaggi) che determina la velocità del percorso.

Il controllo attraverso una via metabolica richiede:

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 • il usso attraverso la fase di determinazione della velocità deve variare in risposta alle
esigenze degli organismi

• la variazione di usso deve essere comunicata lungo tutto il percorso

Il problema della comunicazione attraverso una via metabolica: la relazione tra le velocità
delle reazioni enzimatiche e il usso

Risposta di una reazione catalizzata da un enzima a un cambiamento nel usso della

reazione:

Il usso attraverso A ⟷ B è identico al usso attraverso il passaggio che determina la

velocità

Se ΔJ è uguale all’aumento del usso del passo di determinazione della velocità,

l'aumento viene comunicato allo step successivo da un aumento di vf

Questa equazione mette in relazione la variazione

frazionaria del usso con la variazione frazionaria della
velocità a termine

Se Michaelis-Menten tiene:

Questa equazione mette in relazione la variazione

frazionaria del usso attraverso la via metabolica che
determina la velocità della via metabolica alla
variazione frazionaria nella concentrazione del
substrato necessaria per comunicare tale variazione
alle fasi di reazione successive.

La quantità vf /(vf − vr ) è una misura della sensibilità

di una variazione frazionaria di usso di reazione alla
sua variazione frazionaria nella concentrazione del
substrato.

La quantità vf /(vf − vr ) è anche una misura della reversibilità di una reazione

• In una reazione irreversibile: vr si avvicina a 0 e vf /(vf − vr ) si avvicina a 1. La reazione

risponde a un aumento frazionario del usso con un aumento frazionario quasi uguale
nella concentrazione del substrato.

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 • Nelle reazioni che si avvicinano all’equilibrio: vr si avvicina a vf /(vf − vr ) si avvicina
all’in nito. La variazione frazionaria del usso è molto sensibile a una piccola variazione
della concentrazione. La capacità di una reazione di comunicare un cambiamento nel
usso aumenta man mano che la reazione si avvicina all'equilibrio

Fase determinante nel controllo di una via metabolica

Il usso metabolico attraverso un'intera via metabolica è determinato dal suo passaggio
(o passaggi) che determina la velocità. Il passo che determina la velocità è lontano
dall'equilibrio grande variazione di energia libera

ΔJ
Se vf > > vr (reazione di non equilibrio) la variazione frazionaria nel usso non è
J
Δ[A]
molto sensibile alla variazione frazionaria della concentrazione .

[A]
I cambiamenti nella concentrazione del substrato possono comunicare un cambiamento
nel usso al passaggio che determina la velocità ad altri passaggi di reazione vicini
all’equilibrio.

Altri meccanismi controllano il usso al passo che determina la velocità:

- Controllo allosterico: Gli e ettori sono: Substrati Prodotti Coenzimi. Spesso è presente
una regolazione del feed-back.

- Modi cazione covalente (interconversione enzimatica): Gli enzimi che controllano i

ussi di percorso hanno siti speci ci che possono essere fosforilati. Questo processo
modi ca l’attività.

- Cicli del substrato: vf e vr sono catalizzati da enzimi diversi e possono essere variati
indipendentemente. Il usso attraverso un ciclo del substrato può essere più sensibile
alla concentrazione di e ettori allosterici rispetto al usso attraverso una singola
reazione non contrastata.

- Controllo genetico: La sintesi proteica cambia in risposta ai bisogni metabolici.

Il concetto di accoppiamento di energia. Accoppiamento di energia mediante reazioni

chimiche.

Conservazione dell'energia biologica: il potenziale di lavoro (come rappresentato dal

−ΔG) per una reazione esoergonica andrà perso a meno che la reazione non avvenga di
concerto con (è accoppiata a) un'altra reazione che ha un +ΔG (reazione endergonica).

Il primo dei "Donatori universali di energia” è l’ATP e la fosforilazione a livello del

substrato.

La necessità di accoppiamento tra vie esoergoniche ed endoergoniche: la "valuta"

dell’energia. La valuta più comune è l'adenosina trifosfato che viene continuamente
prodotto e utilizzato dai processi che consumano energia gratuita. Tuttavia ci sono altre
molecole di accumulo di energia "a breve termine”.

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Quale compito dovrebbe svolgere una "moneta chimica"?

1) Il concetto di riserva di energia “a breve termine”: i legami “ad alta energia”.

Fosfoanidride: i legami si formano scindendo H2O tra 2 acidi fosforici o tra acidi
carbossilici e fosforici. Questi legami hanno un grande ΔG negativo di idrolisi. Quando
questi legami vengono spezzati, rilasciano o scambiano un'elevata quantità di energia.

Generalmente gli esteri fosforici, formati dalla scissione dell'acqua tra un acido fosforico e
un gruppo OH, hanno un ΔG di idrolisi basso negativo.

Esempi: il legame tra il primo fosfato e l'ossidrile ribosio dell'ATP.

Quale compito dovrebbe svolgere una "moneta chimica"?

2) L’alto potenziale di trasferimento di gruppo

Si dice che i composti con "legami ad alta energia" abbiano un alto potenziale di
trasferimento di gruppo. Ad esempio, Pi può essere scisso spontaneamente dall'ATP per
il trasferimento a un altro composto (ad esempio, a un gruppo ossidrile sul glucosio).

Il ruolo speciale dell'ATP: il valore intermedio dell'energia libera associata all'idrolisi del
legame fosfato:

ΔG di idrolisi del fosfato da ATP è intermedio tra gli esempi seguenti.

L'ATP può quindi agire come donatore di Pi e l'ATP può essere sintetizzato mediante
trasferimento di Pi, ad esempio da PEP.

La combustione del glucosio

Il glucosio è un nutriente rappresentativo. Nel processo di produzione dell’energia
cellulare, il glucosio rappresenta il principale combustibile.

La reazione fra il glucosio e l’ossigeno un processo altamente esoergonico:

Ossidazione completa del glucosio: C6H12O6 + 6O2 → 6CO2 + 6H2O

Due semireazioni:

C6H12O6 + 6H2O → 6CO2 + 24H+ + 24 e-

6O2 + 24H+ + 24 e- → 12H2O

Nei sistemi viventi i processi di trasferimento di elettroni che collegano le due

semireazioni avvengono attraverso un percorso multifase che sfrutta l'energia libera
liberata per formare ATP.

Le reazioni possono essere suddivise in tre passi principali:

1. Glicolisi: la pi importante via metabolica attraverso cui la maggior parte degli

organismi demolisce la molecola del glucosio allo scopo di trarne energia. La glicolisi
determina una parziale ossidazione del glucosio: da una molecola a sei atomi di
carbonio si ottengono due molecole di acido piruvico (piruvato) a tre atomi di
carbonio. Il processo si accompagna alla riduzione di due molecole di NAD+ a NADH
e fornisce l’energia necessaria per formare due molecole di ATP. La glicolisi procede
per tappe e comprende dieci diverse reazioni, ciascuna delle quali catalizzata da
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è
 uno speci co enzima. Nella fase di preparazione (endoergonica) la cellula consuma
energia sotto forma di due molecole di ATP per fosforilare la molecola di glucosio,
preparandolo alla scissione in due molecole pi piccole, no ad arrivare a due
molecole di gliceraldeide 3-fosfato. Nella fase di recupero energetico (esoergonica) la
gliceraldeide 3-fosfato ossidata a piruvato. L’energia liberata viene utilizzata per
produrre quattro molecole di ATP e ridurre due molecole di NAD+ a NADH.

2. Ciclo dell’acido citrico: Il punto di passaggio fra la glicolisi e il ciclo dell’acido citrico
consiste nella decarbossilazione ossidativa del piruvato ad acetile e nella
trasformazione di questo in acetil-CoA grazie al legame con il coenzima A. Una volta
formato, l’acetil-CoA entra in una via metabolica ciclica che va sotto il nome di ciclo
dell’acido citrico, detto anche ciclo degli acidi tricarbossilici o ciclo di Krebs. Una
molecola di acetil-CoA viene ossidata con liberazione del CoA, di due molecole di
CO2, una molecola di GTP, tre molecole di NADH e una di FADH2.

3. Trasferimento di elettroni e fosforilazione ossidativa: la catena respiratoria (o catena

di trasporto elettronico) ossida i coenzimi NADH e FADH2 a NAD+ e FAD. Per fare
questo, i coenzimi nella forma ridotta trasferiscono in modo graduale gli elettroni
all’ossigeno. Il processo di trasferimento degli elettroni all’ossigeno accompagnato
dal passaggio di ioni H+ dalla matrice mitocondriale allo spazio intermembrana.
La fosforilazione ossidativa il processo grazie al quale l’energia derivata dal
catabolismo ossidativo impiegata per produrre molecole di ATP a partire da ADP e
Pi. Questo processo avviene grazie a un complesso proteico associato alla membrana
mitocondriale interna, chiamato ATP sintasi.

Nel complesso, si producono 32 molecole di ATP per ogni molecola di glucosio ossidata
completamente a CO2 e H2O.

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